3WH8A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 isofagomine complex
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
439
structure length
437
Chain Sequence
RFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
source organism Metagenomes
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glucosidase
total genus 177
structure length 437
sequence length 439
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh8A00
2CBUA 1UWRA 3GH5A 3OGVA 3WELA 3AHVA 1H11A 5ABEA 5I78A 2G8ZA 3ARRA 3CHDA 3VGEA 5M5DA 2YA1A 1JXKA 1JZ4A 2WKLA 2WZHA 4MB3A 2WKGA 1GOKA 1HX0A 1NH6A 3WUGA 4Q7NA 3VMNA 4XZWA 4J27A 4BS0A 3WNPA 2ZXQA 2CBJA 1X6LA 3BAIA 4PTMA 3WDPP 2C8NA 2DPEA 4GI8A 1J18A 1Q6EA 3SURA 1MXGA 4LYQA 1UR8A 3WDQA 1WZMA 3O9NA 2D3LA 1DWFM 1M04A 2DT3A 2VZUA 9CGTA 1GONA 1GQKA 3OLGA 1F4AA 3MMUA 4KWUA 4H8VA 4M82A 3F5KA 3NYDA 1W1TA 4PMQA 2XTKA 3TTQA 1MQQA 2NT1A 1V02E 3VMOA 1CWYA 3AHYA 3CBWA 4YHEA 1DWIM 2XWEA 4C7GA 2XVPA 1JIBA 3CHCA 3T08A 4W7WA 3GZAA 3ZM8A 3MSDA 4KGJA 4HZ6A 3VUPA 3AYSA 1E0VA 1B1YA 3B9EA 2BVDA 2QHAA 3NSXA 1BVNP 4WKAA 1VRXA 3AMKA 3MV11 4AZHA 1JFXA 2YDSA 2GFTA 3TTYA 1B2YA 2PBOA 5C71A 2VRQA 1VEMA 2YBUA 1PIFA 3KL3A 3OGSA 2WHLA 6A3HA 5E09A 3VX0A 1GVIA 1E72M 1UKPA 4GI6A 1US3A 2G3MA 2ZIDA 5DT5A 3AIEA 5E9AA 5HOSA 1CXEA 2OSWA 3FHQA 3GH4A 3WEMA 4CN6A 2E0PA 1V6XA 1FFRA 3B8SA 3K46A 4QLKA 1JF6A 4JL2A 2JE8A 1J10A 3W29A 2XGIA 4A3YA 4Z2HA 1XRVA 4L4OA 1QNRA 4UQ9A 1R8LA 5A95A 3AS2A 4DM1A 8CGTA 3WY1A 3QHMA 3BSHA 5A6JA 1E4NA 4HA1A 4MB5A 1H5VA 3ZR6A 1BYCA 3BAJA 3GXIA 3K8MA 2HISA 2WW5A 2CERA 1OD8A 3WQ5A 3GXMA 3SCQA 1WNOA 1OCQA 2YA2A 3VO0A 5JUVA 5F7UA 5DF0A 1H1NA 2BV9A 3GBEA 1TVNA 3DHPA 1R86A 1ISXA 3AMGA 2J62A 1GQJA 2ZXDA 4JFUA 1A3HA 5CQ1A 1JAEA 2QMKA 4B3KA 1CGXA 5IXEA 1UKTA 1XYZA 1HJQA 4P8XA 1XSJA 3SUSA 1OINA 3OB8A 2PBGA 1PAMA 1LF1A 3RMEA 3WNMA 1E6NA 4GIAA 4WSJA 3DECA 5FL0A 1JI2A 5LYRA 5I77A 3EMZA 1NWSA 1WCGA 1W9XA 1ITXA 2RGMA 4JFSA 4TVCA 2CEQA 2WCAA 1XC6A 2JF7A 3VGHA 3VIMA 3N1AA 1HXJA 1EA9C 5ABGA 3BLPX 2VNCA 2BS9A 4ACZB 2C0HA 1JFHA 1BLIA 4JKKA 4ATWA 1KR0A 4Y7EA 4HOWA 3WMSA 2V5DA 3NUKA 3AIQA 2VX5A 3I3DA 2ZX7A 2ZICA 4BA0A 1MVYA 1V02A 1W2PA 3CZJA 4WJXA 1E43A 1UHVA 2WXDM 1EDQA 1J0ZA 1W3JA 3CH9A 3U7BA 4U3CA 2VVSA 1TCMA 2YL5A 3VGGA 2BY2A 3TOPA 4J3TA 1MQRA 3WFLA 1BQCA 1QI2A 3N17A 5D9OA 3AZRA 4PUEA 1D2KA 3VDAA 1CPUA 5FD0A 3D3AA 4KMQA 1UD2A 2GDUA 1WDRA 4MNJA 2JIEA 4MDOA 1BG9A 2YKKA 2W63A 5E0CA 2VVNA 1EDTA 4MTVA 5A3HA 2W66A 1G94A 2VZSA 5M17A 4A3HA 3NSMA 2V3EA 1WPCA 3HJEA 5A2BA 3VGBA 1RD6A 3QOKA 3F5JA 5HBFA 2FHCA 4FLOA 1WAWA 2DSVA 2UWFA 4FLRA 1ODZA 2ZUUA 4P8UA 3OLIA 5DFAA 3WQWA 1PX3A 1K9FA 2D24A 4QDMA 4RE2A 1FH7A 6CGTA 2FGZA 2VRKA 1LL6A 5JBFA 4PTVA 3U5YA 4BZYA 3CHEA 3PTKA 4FLSA 3ZMRA 1H2JA 1KR1A 3ZR5A 1J9YA 1NARA 3WKZA 3ZT6A 1CXHA 3WSUA 5EFFA 5CLWA 4CGTA 1FP9A 1TZ7A 1KWGA 6TAAA 2EPOA 1GUVA 1B0IA 4RL3A 1M7XA 1VFMA 4AISA 1B90A 2CKSA 3N9KA 4TX8A 4AZCB 4D6DA 1MYRA 2XG9A 2JF6A 1E6QM 2OWWA 1ZL1A 1JI1A 2EBNA 1B3WA 2WVVA 1HKKA 3NCOA 2AMGA 2EPKX 3W37A 1C8YA 4U3AA 1TFVA 3SUVA 2VQUA 5FIPA 3VTRA 4P8WA 3FN9A 4X9YA 5HPCA 1GNXA 1KXVA 1MQPA 1V3HA 3W38A 3SIMA 4MNLA 3THDA 4PTXA 3VIKA 4AZCA 4HOZA 4PMDA 4AC1X 1V3KA 3VIJA 2XFFA 4TVDA 1CTNA 5IFPA 4P7OA 4FMVA 2O9OA 2B31A 4H8HA 3L2LA 1I1XA 3PZTA 3WH8A 3L4XA 1CDGA 2A3EA 2CBVA 1JD7A 1J0IA 1CIUA 2X2YA 4D6EA 4AIOA 1LWJA 3BMVA 5KEZA 1H3GA 1BF2A 1HL8A 2WC7A 4C7DA 3ZIZA 2VZTA 1OT2A 3AJ7A 4UQDA 3ZSTA 5EBAA 3AFBA 4KRTA 1QPKA 4EE9A 1V0KA 5A6KA 3U5UA 4CUCA 1TE1A 4FF5A 3T2OA 1JYWA 3I3EA 3PZIA 3PBGA 2WANA 3UG4A 2WYSA 3T09A 4J3WA 1PPIA 4W93A 4AEEA 3AXIA 2W67A 1BYDA 1JNDA 1U30A 4BQ5A 1XD0A 3O6AA 4Z2JA 3GNPA 2J8FA 1E1FA 1BVZA 2ZX8A 4PMRA 1EOMA 2VZVA 1E15A 1X1NA 4H04A 5I3DA 4JIEA 5EMYA 1BFNA 2D0HA 1LG1A 2V3DA 4TX6A 4LYPA 1VBUA 1I1WA 2BXYA 4X0VA 1FP8A 1A47A 5HXMA 3DYOA 1CBGA 1J0HA 1VFFA 1C7SA 3SCOA 2NT0A 2QF8A 3VPLA 3U57A 4PYSA 5GNZA 1UQYA 1E56A 1V0NA 2WHMA 4AZ7A 1JZ3A 3PZUA 2VX6A 3WF3A 5CPQA 5BRQA 3SCPA 1GPFA 2E8YA 4ATLA 4AZIA 1ODUA 3SUWA 2DT1A 5CLTA 1NP0A 3ZT5A 1C92A 4UFHA 5JBEA 2CIPA 3F5LA 2ZXAA 4OBSA 1H41A 2X05A 4PUDA 4BCEA 1PX8A 2IXUA 4PSRA 4WKFA 2WZIA 4LX4A 3A4WA 5GPRA 1B3VA 4D6IA 2CBIA 1RPKA 4MJ2A 1MW2A 2CPUA 2XM1A 1SR0A 3NSNA 3WF0A 4W86A 4HZ7A 2CHNA 1TA3B 3CZ8A 1KGXA 3ARYA 3WNKA 1LJYA 5A1AA 1JXJA 1W32A 2VX4A 3WDIA 3IAQA 2O9PA 4LXFA 3WD1A 1KQZA 2VT0A 4JHOA 1WP6A 4UFIA 3VILA 1OD0A 2JEQA 2Y5EA 2GJXB 1VF8A 1BYBA 3N04A 1EIBA 1H09A 3WUFA 5A8NA 2ZOXA 2XWDA 1IZKA 1TA3A 1W3LA 1J0KA 1ZBKA 3RJXA 2A3CA 4B15A 3ZSSA 1EHNA 3L4ZA 3RM9A 2VOTA 1JZ6A 4W7VA 5I2UA 3CO4A 1MFUA 3RM8A 3WNNA 4AXNA 4D1JA 3ZJ6A 3ECQA 2GDVA 3FY1A 5CG0A 2GJXA 5CXPA 4IPNB 4FLQA 3MKKA 1BHGA 1JGIA 4YPJA 4CCDA 4D72A 1PIGA 2E9BA 1W9PA 3SCUA 2J75A 3CHFA 3IANA 2WMGA 4MAVA 1JZ7A 1QNQA 3DYMA 5GQBA 1KQYA 3TA9A 2WMHA 1L8NA 3KE0A 4GXPA 4OKDA 4YHGA 1P6WA 1MW1A 3MMDA 4H2CA 1OWQA 2O92A 2DH2A 3OZPA 4TXEA 3VD4A 4ZEPA 2DSZA 2D23A 4JHZA 1Q6GA 2VI0A 1UYQA 4W89A 1OIFA 1TR1A 1JL8A 2WPGA 1VFUA 4F66A 4WKHA 1UD3A 1ECEA 1UQZA 1UR9A 4F8XA 2G41A 2WC3A 2F61A 2V5CA 3QR3A 1HT6A 1E4IA 3TTSA 1S46A 3LMYA 1QW9A 1W2VA 2VZOA 3N15A 1JZ8A 1AQMA 3GTNA 4PN2A 1C90A 1KGUA 3CUJA 3MUZ1 3WH5A 5BROA 2XM2A 1UZ4A 1QBBA 2WC4A 2MANA 2PI6A 2CESA 1PZ2A 4GO9A 7CGTA 1US2A 2OYLA 4QAWA 3CMJA 1VBRA 2WBKA 3WQ4A 3VD5A 2WBGA 1CGTA 1I75A 1EH9A 3EDJA 2W4XA 1W9VA 3HU7A 2XFRA 2XSBA 3UCQA 3AMDA 3EMCA 1LL4A 4PMZA 1GQIA 4EKJA 4ML4A 3PZOA 1E55A 1W3KA 1B3ZA 1C3FA 1CENA 3ALFA 2F2HA 4AY1A 5DT7A 1HIZA 4R5EA 3VDHA 3ZOAA 1LL7A 2VMFA 2YL6A 1KCKA 5IHRA 4XUYA 1E0XA 2EPLX 2G3IA 2D20A 2Y8VA 4CCEA 3W0KA 1PJ9A 3VKKA 3RJYA 1JYXA 4NZCA 1GZJA 5A8MA 1CXKA 3N12A 1QVBA 3L4UA 4IPLA 4UZSA 1AMYA 3AISA 3CUIA 2XHYA 3VD3A 1WO2A 2UY2A 1IZJA 1PZ3A 2PF0A 3WIJA 1QOXA 1YQ2A 1TMQA 2CXGA 3VU2A 4CD6A 2CYGA 4D6JA 1FH8A 2JIWA 3BGAA 4XZBA 3L2MA 1R7OA 3WL1A 4JAWA 1UUQA 2DT0A 3A4XA 4HPHA 2DH3A 1GOMA 2TAAA 1Q6DA 4JCMA 3BH4A 2FH8A 3UERA 3UG5A 4IM4A 1HJXA 5CGMA 2W61A 3AYRA 4UR9A 1B3YA 3BXWA 3VDCA 3EMQA 1WDPA 4CD7A 4A4AA 2J47A 2QPUA 1JD9A 1EXPA 2GVYA 4AW7A 1XGZA 2WCSA 3E1F1 5DMYA 2PWGA 1UG6A 3CZGA 4OZOA 3W82A 2G4FA 2C7FA 3WMCA 4MB1A 3MS8A 5EFDA 1G9HA 5KZ6A 3UESA 5E6YA 2ZWZA 4BQ4A 3RILA 1V3MA 2ZUWA 4M24A 4U31A 2D22A 2WHJA 5BCAA 4CVWA 2GJPA 5CSYA 1KB3A 5I5RA 1E0WA 2VRJA 4E8DA 1VAHA 2WWCA 1DWJM 3II1A 2E8ZA 3GBDA 2E9MA 1U33A 1BSIA 4HP5A 2J7FA 2JEPA 2WMIB 4PRWA 4L4PA 2JALA 1HKIA 1UR0A 4QLJA 3K8LA 4CN4A 4JL1A 3UR7A 4GZJA 2YDQA 4UQAA 4J3SA 3OIHA 4OOUA 1CXIA 1OT1A 3PZNA 4P7LA 1VB9A 3SCRA 4Z2IA 1V3LA 1WZLA 1CEOA 1E5JA 3BMWA 3AXXA 3MV01 2WMJA 4GQRA 4WF7A 5BXTA 1DHKA 3A4AA 3PN8A 1BPLB 1UH3A 2UY5A 1W9BM 4HU8A 4HMDA 4AEFA 2HVMA 4ACZA 4M29A 3UR8A 5I23A 2BHZA 3WH7A 4YN5A 1UKQA 3LPPA 3MSGA 2CKRA 4LYRA 1E1EA 3GXDA 1JYVA 2EEXA 1BGAA 1JF5A 2BY3A 2ZWYA 5BXSA 2W62A 1YHTA 4PCSA 1KXQA 2QMJA 4AZGA 3B9AA 2J77A 2AOSA 3LPFA 1CXFA 3WNLA 5IFTA 4AZ5A 4ZENA 1EGZA 3DC0A 5GNXA 2ZX5A 4GQQA 2D1ZA 4UTFA 4M8UA 3WD0A 4DUXA 1GJUA 5ABHA 1FA2A 1V0LA 4DUWA 4W5UA 3TTOA 1Y7VA 3T0BA 5AC5A 1W9DM 3RPMA 2D0FA 2YL9A 4BQ3A 4CD8A 3KL5A 3WD3A 2PB1A 4W84A 1FFQA 3AICA 1EDGA 1KXTA 5C8BB 3WDHA 2Y24A 5A69A 2WM0A 2OSXA 4UFMA 4J7RA 1GJWA 1QNSA 4CU7A 1W1PA 3WEOA 1CXLA 2VJXA 3GDBA 3OG2A 4V2XA 1OGBA 1GOWA 1HVQA 1LLOA 2WNWA 4ZE5A 1UA3A 4CU6A 4LPCA 4F79A 1J01A 3ARTA 1AVAA 1UWIA 4UFJA 1CYGA 2DEPA 1W9UA 2YBTA 4E2OA 1QW8A 4EANA 3ARSA 3WD2A 5ECUA 1AQHA 5C70A 1NP2A 3AS0A 4J3VA 1UKSA 3TP4A 3VM7A 2DSKA 1KXHA 7A3HA 3AXHA 1F4HA 5A6LA 4PCTA 3IJ7A 2WMFA 2WAGA 4MB4A 5EB8A 1E71M 2QPSA 1K9TA 1QI5A 5FOOA 3VIGA 1E70M 4P7QA 3QHOA 3WEZA 1WKYA 2BY0A 3WQ8A 4N0RA 4ACYA 1UD6A 1E6XM 1TVPA 2J78A 4J3XA 2DDXA 3GM8A 3IAPA 3ARVA 1UWTA 5HNNA 2V3GA 2YDRA 1IV8A 3EYPA 1G01A 4UCFA 1V6YA 4NF7A 1K6AA 5A6MA 1HP5A 2WCGA 3AIUA 4WK9A 8A3HA 2OYKA 1XH0A 3W4RA 4R27A 3ARQA 4DWSC 3EDKA 4F9JA 2FHBA 1E73M 2ZUVA 3PZVA 4MPKA 3VIHA 1H49A 1W91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CBU A;  1UWR A;  3GH5 A;  3OGV A;  3WEL A;  3AHV A;  1H11 A;  5ABE A;  5I78 A;  2G8Z A;  3ARR A;  3CHD A;  3VGE A;  5M5D A;  2YA1 A;  1JXK A;  1JZ4 A;  2WKL A;  2WZH A;  4MB3 A;  2WKG A;  1GOK A;  1HX0 A;  1NH6 A;  3WUG A;  4Q7N A;  3VMN A;  4XZW A;  4J27 A;  4BS0 A;  3WNP A;  2ZXQ A;  2CBJ A;  1X6L A;  3BAI A;  4PTM A;  3WDP P;  2C8N A;  2DPE A;  4GI8 A;  1J18 A;  1Q6E A;  3SUR A;  1MXG A;  4LYQ A;  1UR8 A;  3WDQ A;  1WZM A;  3O9N A;  2D3L A;  1DWF M;  1M04 A;  2DT3 A;  2VZU A;  9CGT A;  1GON A;  1GQK A;  3OLG A;  1F4A A;  3MMU A;  4KWU A;  4H8V A;  4M82 A;  3F5K A;  3NYD A;  1W1T A;  4PMQ A;  2XTK A;  3TTQ A;  1MQQ A;  2NT1 A;  1V02 E;  3VMO A;  1CWY A;  3AHY A;  3CBW A;  4YHE A;  1DWI M;  2XWE A;  4C7G A;  2XVP A;  1JIB A;  3CHC A;  3T08 A;  4W7W A;  3GZA A;  3ZM8 A;  3MSD A;  4KGJ A;  4HZ6 A;  3VUP A;  3AYS A;  1E0V A;  1B1Y A;  3B9E A;  2BVD A;  2QHA A;  3NSX A;  1BVN P;  4WKA A;  1VRX A;  3AMK A;  3MV1 1;  4AZH A;  1JFX A;  2YDS A;  2GFT A;  3TTY A;  1B2Y A;  2PBO A;  5C71 A;  2VRQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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