3WH8A

Crystal structure of gh1 beta-glucosidase td2f2 isofagomine complex
Total Genus 177
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
177
sequence length
439
structure length
437
Chain Sequence
RFPADFVWGAATAAYQIEGAVREDGRGVSIWDTFSHTPGKIADGTTGDVACDSYHRYGEDIGLLNALGMNAYRFSIAWPRIVPLGAGPINQAGLDHYSRMVDALLGAGLQPFVTLYHWDLPQPLEDRLGWGSRATATVFAEYADIVVRQLGDRVTHWATLNEPWCSAMLGYYLGVHAPGHTDLKRGLEASHNLLLGHGLAVQAMRAAAPQPLQIGIVLNLTPTYPASDSPEDVAAARRFDGFVNRWFLDPLAGRGYPQDMLDYYGAAAPQPEDLTQIAAPLDWLGVNYYERMRAVDAPDASLPQAQRLDDPDLPHTADREVYPEGLYDILLRLHNDYPFRPLYITENGCALHDEIAEDGGIHDGQRQAFFEAHLAQLQRALAAGVPLKGYFAWSLLDNFEWAMGLSMRYGICYTNFETLERRIKDSGYWLRDFIAGQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Crystal structure and identification of a key amino acid for glucose tolerance, substrate specificity and transglycosylation activity of metagenomic beta-glucosidase Td2F2
pubmed doi rcsb
molecule keywords beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Metagenomes
total genus 177
structure length 437
sequence length 439
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2013-08-21
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3wh8A00
1DWIM 2YJQA 1UWIA 2GK1A 1VRXA 1KXVA 3CZLA 6CGTA 3IJ7A 1GHSA 2CHOA 2JIEA 3AJ7A 1WDSA 4AIUA 1LG2A 1C7SA 2F2HA 1CGTA 2WHMA 4PTWA 3THDA 1HL8A 3AXXA 1KR0A 1FHDA 3CMJA 3RM4A 2E4TA 2BY2A 2VRKA 4PMOA 4JHZA 1VAHA 1PX4A 3DHPA 3PZQA 2J75A 5A8OA 3DC0A 1W9UA 2WM0A 3WD4A 1R87A 1GOMA 2FDMA 2E9LA 1VB9A 5A95A 1PX3A 4TX8A 4W7VA 1LF1A 1E4LA 4U33A 4BZYA 4Z2LA 3WMBA 4PUDA 2MANA 5AC4A 2ZX9A 1G5AA 4JKKA 5DEZA 3MANA 4AZIA 1W9XA 1HKKA 2Y8KA 3OLGA 3VILA 4FMVA 4V27A 5I78A 2WHLA 3CLWA 1W9BM 3GYCA 5KEZA 3WIJA 1E6NA 4W86A 3PZMA 2ZUVA 1PX8A 2EPOA 1NARA 1HKIA 2WZIA 3GTNA 5D9PA 3WNLA 5CGTA 3T2PA 3K46A 1ZS2A 2CITA 2O9TA 1BSIA 4MNJA 4PTMA 3SCQA 3B8SA 3WH5A 4CCCA 4D6IA 4J3TA 4MTVA 2AAAA 4C7FA 4PUEA 4MPKA 4HZ6A 1K9FA 3RDKA 3WFZA 4ZE4A 3FNDA 2CBIA 3W29A 3QOKA 4UQEA 1W1VA 4GQQA 3DYPA 1TA3A 1MFUA 1OM0A 1E43A 1LL4A 1KQYA 1OB0A 4IPNB 1VFUA 3SCVA 4UOJA 2VTFA 3ZM8A 4NZCA 1GVIA 3BGAA 2YL6A 3G6LA 1EDGA 1OT2A 2ZUSA 3WDJA 3ZOAA 1SMAA 3CUIA 1G0CA 1B9ZA 4AD1A 1V3MA 5HDRA 4UQ9A 3TONA 3MS8A 5AYBA 5CLWA 1UUQA 1AQ0A 2XIBA 3WMCA 1HN1A 4HZ7A 2YA2A 2QPUA 4TX6A 3VIMA 4PTXA 1CIUA 3VD7A 1E0WA 1ZJAA 3U5UA 2ZWYA 3LPOA 4D6FA 4AD5A 2E8YA 4MB4A 2A3EA 2CBUA 1OIMA 2W5FA 5HPOA 1DWAM 3NCOA 3SCRA 5JIPA 5FOOA 2WZEA 1K9EA 3GXIA 1OCQA 3ARXA 1HX0A 4HA3A 1C7TA 3AXHA 1WDQA 3RILA 1MQRA 1XHGA 3AYRA 2YLAA 4PSPA 3NJ3A 1GNXA 2VZOA 3VGBA 3WUFA 5A69A 3ZT7A 1GONA 4CD5A 3CUFA 4ZFMA 2BHZA 4J3UA 4MDPA 5A3HA 3VU2A 2CBVA 3QOMA 1KR1A 2ZXAA 3IANA 3RCNA 3UERA 3VIFA 3PZOA 3UG4A 3WEOA 3OLIA 4P7LA 3VGDA 1BVZA 1HJWA 5FIPA 3CPUA 3CBWA 1MXDA 3VO0A 1AQMA 1UKPA 4E4PA 1MVYA 2WVVA 5JBEA 4R5EA 3AHXA 2J47A 2PI6A 4QCFA 1JD9A 4U2ZA 4AEEA 1PZ3A 3VD4A 3EDDA 3VDHA 1JZ3A 4CN6A 1Q6DA 5A6JA 4PMNA 1K6AA 1UHVA 1IZKA 3MUZ1 3M46A 4HPGA 4AY1A 2FHFA 5DT5A 2Q8XA 1WB0A 1XYZA 2G4FA 3MO4A 1CLVA 2WMGA 1NP0A 3VGFA 2WZHA 3L4UA 3WNOA 3WQ4A 1Q6FA 4X9YA 1E6PA 4J28A 1BYBA 1JNDA 4WJXA 1FOBA 1OGGA 1WP6A 1W3JA 3UCQA 3BXWA 5BXRA 2VX6A 1IT0A 3U5YA 4AD2A 3WDIA 2W66A 3CHCA 1UR0A 1GW1A 4B15A 3WD1A 1GQJA 5DO8A 4QP0A 1CGWA 4W93A 2O92A 3D5HA 1CBGA 2W92A 5BROA 2QPSA 3GNRA 1UWSA 3A6OA 4JIEA 1QVBA 1QI2A 1B3ZA 1J01A 4ZEPA 1IZJA 3VINA 2DT0A 3DECA 4NSBA 3O6AA 4URIA 3VGEA 1NQ6A 3W26A 1GPFA 4KGLA 3T0DA 4MB1A 3RM9A 3N1AA 2BXZA 1DHKA 2ZUNA 2Y2WA 4D1JA 4MADA 4PMYA 1Q6GA 4DWSA 1CXLA 4X0VA 2DSWA 1D2KA 3SEPA 4WK9A 2DEPA 4UZUA 4B3LA 4D72A 4UFMA 2XFRA 2VCCA 1BTCA 3WNPA 3CH9A 2J7FA 2Y8VA 4ACZB 3N18A 3VKKA 1G94A 4A3HA 2WCSA 4TVDA 3UG3A 4P8VA 1B0IA 1EOMA 1V3KA 3WF3A 1C3FA 1W2PA 3AOFA 3WL0A 3VTRA 3OGVA 4BQ5A 1EGZA 2WMJA 4EANA 1PJ9A 3GNPA 4CU7A 1BYCA 2OYMA 5I23A 1LQ0A 4AISA 4W5UA 4GI6A 5GNXA 2ZXBA 1JFXA 4HMEA 3VMOA 2D3LA 2J7GA 3SUWA 1JZ4A 2XG9A 4WKAA 5CXPA 1QBAA 1X1NA 3FW6A 3WBAA 2EPMX 3FXYA 4JFVA 4H8VA 5JUVA 2W62A 2O9PA 3AHVA 1DTUA 4Z2JA 3ZSSA 1V0MA 1ODZA 4DM2A 4HPHA 3F4VA 3WF1A 1EHAA 1CXIA 4UQCA 3UESA 4H7VA 1MW3A 1RP9A 4UOQA 4N42A 2BXYA 4RE2A 4V2XA 1H4PA 1NWRA 2ZIDA 5JBDA 4KGJA 4AD4A 2WC7A 1PIGA 2XTKA 1TG7A 1ZBCA 3BLKA 3VGGA 1H09A 2DT3A 2XFFA 1H2JA 1I75A 1EA9C 2ZXQA 2XVNA 3RJXA 3VX1A 3EDFA 1JZ8A 4E8DA 3N9KA 4GXPA 1CZ1A 4HTYA 1UH4A 2FGLA 3ARVA 4H8UA 2RGMA 4D6GA 2E0PA 3A4WA 3T08A 3L4TA 3WQVA 1E5NA 4P7OA 1KB3A 4UFJA 3LPPA 1WZAA 2XHYA 4UFLA 2XSAA 4OBSA 4JZ5A 3K4AA 5CPSA 2DT1A 3K8KA 1FFRA 3WFLA 4CCDA 3KL3A 3EDEA 1JDDA 2CKSA 1QW8A 3KE0A 2PB1A 1VIWA 1QI5A 3L4ZA 4UZSA 5FCZA 4AW7A 5E0FA 4Z2GA 3CO4A 2JEQA 4PSRA 1B3VA 2X0HA 3FAWA 2PWDA 4GINA 5CPQA 4UQAA 5EB8A 3WBEA 4TTUA 1HVXA 1UD6A 1V02E 3ZMRA 2OWXA 4A3YA 2RGLA 2CESA 4UQDA 2YL8A 4D6JA 3AHTA 1QHOA 4WSJA 5C71A 1UKSA 1KCLA 3AIEA 4ATWA 5BWFA 1GQIA 2WXDM 4OJYA 1EHNA 2ESCA 1KBKA 4L4OA 5D9OA 5BCAA 2PC8A 2EO7A 3OBAA 5A8QA 5HPCA 3TTQA 1E3XA 3WQWA 1JZ7A 2J7HA 3F5KA 3FHAA 5GQBA 2Z1SA 1CTNA 1CXKA 1CDGA 5E9AA 1GUVA 1C90A 4H2CA 1H11A 3FHQA 2UY2A 3AIUA 4F9DA 5ABFA 1NH6A 4PMQA 3MUAA 4KRTA 1WKYA 3QHNA 7TAAA 1H0GA 1W2VA 3CUHA 2D20A 1UWRA 1HNYA 4EK7A 1LL7A 4MNLA 4U5IA 2BVDA 1CXHA 3BAIA 4JHOA 1KBBA 4UFKA 4TOQA 3VMPA 5A8NA 4BQ3A 2X1IA 3DYOA 4NRSA 2ZX7A 2BS9A 4D1IA 1JDAA 3UETA 3OA5A 4YPJA 3TTSA 1R85A 4PCTA 4JL2A 3DYMA 5A6MA 2WVUA 3SUTA 3AS3A 5AYIA 4OOZA 3NSMA 4YHGA 2GJXA 3A4XA 1H5VA 1ZBVA 2WMIA 4XB3A 3CUJA 4OOUA 5EMYA 1TE1A 2XM2A 1ISYA 1BG4A 2X2YA 3WEZA 5I5RA 1QI4A 4FLQA 4P7NA 1E6SM 2EPLX 2XFYA 4HMCA 3UR8A 1EXPA 1W3KA 3AIQA 3KWXA 1WDRA 4AD0A 1LWHA 4UQBA 3FN9A 1E72M 1GQLA 3SCNA 1HIZA 3UEQA 1LWJA 1NWTA 1JXJA 3PTQA 1HKMA 3II1A 4FLSA 1ISZA 2VQTA 4ZE5A 4B3KA 3UG5A 2DSZA 1W9PA 3CHEA 4Y7EA 4GO8A 3TOPA 4GQRA 4D6CA 1BYDA 1NP2A 3AZTA 1EO5A 1J0YA 1WO2A 1HJXA 4LYPA 5CSUA 4EKJA 3PHAA 2G8ZA 1MXGA 1UOKA 2J4GA 2JEPA 1K9TA 5FL0A 1CPUA 4RL3A 4M29A 2D0GA 1E6ZA 2YIHA 3CGTA 5C70A 1NOUA 2YA0A 3GZAA 2Y4SA 1UWQA 2CCRA 2YL5A 1BF2A 4QDMA 5I24A 1UR8A 4UFIA 1GCYA 4QLLA 2IUZA 3WL1A 1JZ2A 3AS1A 3VX0A 1C91A 3GNOA 4AC1X 2ZUTA 1GOWA 2PWEA 4CVUA 1UQZA 3AHYA 4LX4A 2A3HA 3AFBA 3PTKA 3GXFA 1E55A 2VT0A 3JUGA 3NUKA 1L8NA 2YKKA 1BPLB 5HNNA 1VEOA 5IHSA 2ZUMA 1V0LA 4W88A 3TA9A 4JKLA 1CNVA 1US3A 3RPMA 2D0FA 1OT1A 3GH7A 5CGMA 3AMCA 1EDTA 2J25A 1QNOA 4AZHA 3AYSA 4L4PA 4CD7A 3CZKA 4ACYA 3FAXA 3DHUA 3SCOA 1B31A 4CD6A 3QR3A 1AMYA 2PF0A 4BQ4A 2G41A 1ISXA 2VMFA 2NT1A 3AS2A 1M03A 2DT2A 1I1XA 1J0ZA 5ABEA 3W6LA 4TUFA 1B3XA 4J3XA 2XYLA 4M56A 5A6KA 8CGTA 3AIWA 5BXSA 1DWGM 3MV01 4W8LA 2WNWA 1B90A 3MMWA 3AZSA 3HMCA 2ZX5A 1UKOA 2W61A 1E40A 1E9LA 4CU8A 4AZ7A 3SUVA 2GFTA 2FH6A 3L2LA 4FLOA 1E4NA 2PWGA 2CXGA 1G01A 3RIKA 4LPCA 2JALA 3LPGA 2XUCA 1OIFA 2EJ1A 2WBKA 3WD2A 4M81A 1HT6A 1KQZA 3IAQA 4F66A 2VL4A 2G3JA 1WZKA 1UH3A 1HF6A 1XSJA 2PBOA 3WQ5A 2BVYA 1NWUA 2GDUA 4UCFA 2EXOA 2J7CA 2VOTA 1E6QM 1W9DM 2ZUWA 1BVNP 1JIBA 3ZT5A 1A47A 4Q7NA 3ECQA 2VURA 2V3DA 2OSYA 3ZQ9A 1MW0A 2O9OA 4XV0A 2A3AA 4AZ5A 1G9HA 1ZBKA 3U7VA 2VCAA 1UKQA 2J78A 3VD5A 2EBNA 2Y24A 1ECEA 3VMNA 3AMGA 1TR1A 4W89A 4Q22A 3PZVA 3B9DA 3WY1A 3WN6A 2VR5A 4M82A 1ZL1A 2QLYA 2V3GA 1H1NA 3SURA 2G3NA 1QHPA 3PZUA 2DDXA 4LQ1A 3A47A 1VBRA 3KL0A 4UNIA 2VVNA 1QHZA 2GUYA 3GBEA 3W25A 3AHZA 4BF7A 2D22A 2YA1A 3ZT6A 2VRJA 5AY7A 1Q4NX 1ZBWA 4WIWA 1E6RA 1E0XA 1UZ4A 6TAAA 1J0HA 2YDRA 4D6EA 4HOXA 1WDPA 1HP5A 4NI3A 1KGWA 1B30A 2WW5A 4MJ4A 1XC6A 2OSXA 1FH7A 4P7RA 1I1WA 1JZ6A 4TTGA 1ISWA 1C8QA 4AD3A 1VFMA 3N11A 3GBDA 3BAXA 3OGSA 1YQ2A 4JL1A 1SMDA 4D6DA 4W84A 1O6IA 1VF8A 3W81A 5E70A 4IM4A 2WWCA 4PMZA 4JFTA 3TTOA 3ZJ7A 2A3BA 4DM1A 4PMUA 1LLOA 1PPIA 2XGIA 1H3GA 3OLEA 1WE5A 2YDQA 5D8ZA 3WEMA 3WENA 1RD6A 2J62A 3WSUA 4GO9A 1CLXA 1R7AA 3MSDA 4CN1A 2CKRA 3AXIA 4P8WA 2JFEX 1PZ2A 1A3HA 1Q6EA 1Y7VA 2DSKA 3BCFA 1UD3A 1C8XA 2BHYA 3WQ6A 1ZU8A 2DGAA 4DWSD 2V5DA 4OZOA 4CKQA 1GZJA 2V3EA 4RE4A 3OIHA 1DWHM 1V0NA 1M04A 2F61A 3PN8A 2VX4A 1V6WA 2WPGA 3BAWA 1UZ1A 3VVGA 2OWWA 5A6BA 5A6LA 3I3DA 1TCMA 1XCWA 2XVKA 1UA3A 1J18A 1LJYA 5IHRA 1R7OA 1GHRA 1MWOA 4TXEA 2VVSA 1E0VA 1UQYA 2W4XA 1GOQA 3WH9A 3CUGA 4MDOA 3W0KA 3SUUA 3M6DA 3WD0A 3L2MA 1KGUA 1E4MM 3B9EA 3ZR5A 3GXDA 1CECA 3GM8A 5I0DA 4EAMA 5EFDA 1VJZA 2J7BA 5GNZA 4AZCB 4Z2KA 1WAWA 1UWTA 1QNPA 1KWKA 2DPEA 1JF5A 1UKTA 4FLRA 2J7EA 2EEXA 4CD4A 2D0HA 3ARQA 1W1PA 3U7BA 3ALGA 2CYGA 2WHKA 2VX5A 2PWHA 3I3EA 1F4HA 2UY5A 3WDHA 3BMVA 3PZGA 3WQ8A 2BY1A 1JXKA 3I3BA 1TZ7A 1SR0A 1JF6A 3N13A 4B9ZA 5IXEA 2XWEA 3TTYA 3N15A 4ACZA 3D3AA 2VO5A 2YBTA 2ZE0A 2AOSA 2VX7A 1GJUA 4AEFA 1LG1A 1QW9A 3SUSA 3GXMA 2WWDA 3ZJKA 1OD0A 2BY3A 1W9VA 1C8YA 2WK2A 2Z1KA 4YHEA 1V6XA 3WDQA 1X6NA 4M24A 4X0NA 2E3ZA 3RMEA 3VIKA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1DWI M;  2YJQ A;  1UWI A;  2GK1 A;  1VRX A;  1KXV A;  3CZL A;  6CGT A;  3IJ7 A;  1GHS A;  2CHO A;  2JIE A;  3AJ7 A;  1WDS A;  4AIU A;  1LG2 A;  1C7S A;  2F2H A;  1CGT A;  2WHM A;  4PTW A;  3THD A;  1HL8 A;  3AXX A;  1KR0 A;  1FHD A;  3CMJ A;  3RM4 A;  2E4T A;  2BY2 A;  2VRK A;  4PMO A;  4JHZ A;  1VAH A;  1PX4 A;  3DHP A;  3PZQ A;  2J75 A;  5A8O A;  3DC0 A;  1W9U A;  2WM0 A;  3WD4 A;  1R87 A;  1GOM A;  2FDM A;  2E9L A;  1VB9 A;  5A95 A;  1PX3 A;  4TX8 A;  4W7V A;  1LF1 A;  1E4L A;  4U33 A;  4BZY A;  4Z2L A;  3WMB A;  4PUD A;  2MAN A;  5AC4 A;  2ZX9 A;  1G5A A;  4JKK A;  5DEZ A;  3MAN A;  4AZI A;  1W9X A;  1HKK A;  2Y8K A;  3OLG A;  3VIL A;  4FMV A;  4V27 A;  5I78 A;  2WHL A;  3CLW A;  1W9B M;  3GYC A;  5KEZ A;  3WIJ A;  1E6N A;  4W86 A;  3PZM A;  2ZUV A;  1PX8 A;  2EPO A;  1NAR A;  1HKI A;  2WZI A;  3GTN A;  5D9P A;  3WNL A;  5CGT A;  3T2P A;  3K46 A;  1ZS2 A;  2CIT A;  2O9T A;  1BSI A;  4MNJ A;  4PTM A;  3SCQ A;  3B8S A;  3WH5 A;  4CCC A;  4D6I A;  4J3T A;  4MTV A;  2AAA A;  4C7F A;  4PUE A;  4MPK A;  4HZ6 A;  1K9F A;  3RDK A;  3WFZ A;  4ZE4 A;  3FND A;  2CBI A;  3W29 A;  3QOK A;  4UQE A;  1W1V A;  4GQQ A;  3DYP A;  1TA3 A;  1MFU A;  1OM0 A;  1E43 A;  1LL4 A;  1KQY A;  1OB0 A;  4IPN B;  1VFU A;  3SCV A;  4UOJ A;  2VTF A;  3ZM8 A;  4NZC A;  1GVI A;  3BGA A;  2YL6 A;  3G6L A;  1EDG A;  1OT2 A;  2ZUS A;  3WDJ A;  3ZOA A;  1SMA A;  3CUI A;  1G0C A;  1B9Z A;  4AD1 A;  1V3M A;  5HDR A;  4UQ9 A;  3TON A;  3MS8 A;  5AYB A;  5CLW A;  1UUQ A;  1AQ0 A;  2XIB A;  3WMC A;  1HN1 A;  4HZ7 A;  2YA2 A;  2QPU A;  4TX6 A;  3VIM A;  4PTX A;  1CIU A;  3VD7 A;  1E0W A;  1ZJA A;  3U5U A;  2ZWY A;  3LPO A;  4D6F A;  4AD5 A;  2E8Y A;  4MB4 A;  2A3E A;  2CBU A;  1OIM A;  2W5F A;  5HPO A;  1DWA M;  3NCO A;  3SCR A;  5JIP A;  5FOO A;  2WZE A;  1K9E A;  3GXI A;  1OCQ A;  3ARX A;  1HX0 A;  4HA3 A;  1C7T A;  3AXH A;  1WDQ A;  3RIL A;  1MQR A;  1XHG A;  3AYR A;  2YLA A;  4PSP A;  3NJ3 A;  1GNX A;  2VZO A;  3VGB A;  3WUF A;  5A69 A;  3ZT7 A;  1GON A;  4CD5 A;  3CUF A;  4ZFM A;  2BHZ A;  4J3U A;  4MDP A;  5A3H A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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