3S9Y | Genus

Total Genus 131

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	131
sequence length	331
structure length	331
Chain Sequence	SGLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQNMES

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Structure-activity relationships of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase inhibitors as anticancer agents. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	131
structure length	331
sequence length	331
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2011-06-02

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3s9yA00

2ZTKA 3HGRA 4PEKA 1LOSA 1S5WA 3TNOA 1BEUA 2NLIA 3HOJA 4H3DA 4JIQA 2XN0A 3GDTA 3W1TA 1TTJA 4BF9A 1T99A 3GKAA 5MHBA 1QPRA 1YXDA 3M7WA 4AHPA 5F4WA 1OF6A 4X22A 3NL5A 1TREA 1GJPA 2J9ZA 4FNUA 2JKAA 2Y88A 4ICNA 3STCA 4DPQA 3NQMA 5TQLA 1GVQA 2YYUA 5SWUA 1Z41A 2FB2A 1LTDA 1H7OA 1RQEA 3PUDA 3FJLA 1TO3A 1EP1A 2B0MA 3L5LA 3LCLA 3BK0A 2C14A 3LI0A 2V2DA 3HO8A 5DY3A 3MI2A 3MYPA 4FIRA 2H3BA 1ME7A 3VNDA 1XXXA 1L9WA 4TO8A 3STFA 4ZQNA 2CZ5A 1H7PA 4AWUA 2E68A 4FNSA 4O14A 1H7NA 3G3DA 5HUPA 4TR9A 2CLOA 5K9XA 1PHQA 4LU0A 1XBVA 3S5YA 3SECA 3BW2A 3ZWTA 3R8RA 3U2OA 4MFDA 4NNBA 1GT8A 2Q8LA 1RR2A 3C2FA 4DO4A 1O60A 2VEIA 1G69A 4QAIA 3PF3A 3HG2A 1KBJA 1VPXA 1Q6OA 1TMHA 2CLHA 1FY6A 3B0VC 1K8ZA 2EKCA 5D2WA 3UWWA 4A2SA 4K8EA 1WOAA 1THFD 5AN7A 2GQAA 3M5VA 1SR9A 3TAOA 1H62A 1C8VA 3UWZA 4WZHA 1QAPA 1GG1A 1NF7A 3GDLA 4JTJA 3UWYA 1MEIA 4HSOA 1OFAA 3P80A 1K8YA 4S2CA 4E38A 3BLFA 1LLWA 2B7NA 2P10A 4HKPA 2OT0A 1F6KA 3C3NA 3G22A 3OHIA 1H61A 4NNCA 4UTMA 3TH6A 4OV9A 1OYCA 2JKEA 1LBFA 4UTTA 2A2IA 1NAL1 5KTLA 1XFBA 1I2RA 3W1MA 4JTIA 3P5ZA 3W1QA 5HWNA 4OHQA 1HO4A 5I3FA 1SO5A 2FPVA 5DBUA 2WQPA 5AHNA 4PCFA 4ZVJA 3PC0A 2DZXA 4WUIA 4RR4A 3MHUA 3RF9A 1H7XA 4IWWA 1ME8A 2WOQA 5CPLA 1LP6A 3UY8A 3HMJG 3EWXA 3M1ZA 1XBXA 2BWGA 2EF9A 3W7DA 4FX8A 1C9DA 4I7UA 4A2RA 4GXMA 1G7UA 4K7VA 3I68A 2ALDA 5AC7A 3P81A 3INPA 1W5MA 4OV4A 4UTWA 5K7JA 3O6DA 1Z44A 2HSAA 1I4NA 3SSJA 3MI3A 1JCXA 3CM4A 3UWQA 2NUWA 2QUUA 4OE7A 3E96A 3UPWA 3KRUA 1GVRA 3IV3A 4M7SA 3ABSA 3TXZA 4Q32A 3EEGA 5CZJA 5DCEA 5FEPA 4R33A 2WSRA 5FF0A 2WSYA 3L65A 1RD5A 3NQ6A 1TPH1 3NQEA 1F2JA 4TU1A 4FIQA 3TA6A 1GWJA 2A85A 4EOUA 1TPDA 1PL9A 3W7LA 2V8ZA 3G1VA 4FHAA 4UTUA 3DFPA 5G2WA 1ALDA 1FDJA 3NPWA 3NQFA 1K8XA 3BO9A 4HT3A 1RV8A 3W2MA 1JQVA 1OFBA 1WX0A 4O54A 1B9BA 1GYLA 1ML1A 3FYOA 1JVNA 4GRSA 4CLMA 4TMBA 2CZEA 4JDBA 4K7YA 4UTKA 3G1HA 2GVJA 3NZRA 4KFNA 5FF4A 4AH7A 1EUNA 1FQ0A 1FCQA 5LGXA 1LROA 3W2KA 4LVFA 1OFOA 3P62A 3IVUA 3NM1A 4K36A 1W37A 3IVTA 5BW6A 3FLUA 2R8WA 2YW4A 1V5XA 1GVSA 1EX5A 3ABQA 3HPXA 1L6WA 3MHFA 1JULA 2ZCGA 1SFJA 4JNMA 2V9DA 4LVDA 1S5TA 2ZRUA 3GXTA 3TC7A 4I7WA 3WFAA 1JRBA 2R91A 3P61A 3EKZA 3LB0A 3NEVA 1B3OA 3NQCA 4JD4A 4TIMA 3CQ0A 3L5MA 3LV5A 5FI8A 3QSRA 3PG8A 1IXNA 2QJIA 5BMXA 1K7FA 4XKYB 4HNTA 4JYFA 1Q6RA 2QDGA 4R53A 1TQJA 1CI1A 1SW7A 1QFEA 4UTHA 4QSHA 4POCA 1JRCA 3WJSA 2G96A 3IVSA 5D30A 1OFQA 2CW6A 4O0KA 4LOCA 1VZWA 1RQHA 4PL1A 4QITA 2A5HA 2B7QA 4DF0A 5DCDA 1I2NA 1TV8A 3VI2A 3C8FA 3TAKA 2NWSA 2J6XA 2BZNA 3VFLA 1SUXA 4UXDA 1GEQA 4KWVA 4MZ1A 5FEZA 5AC8A 2QCEA 2QCDA 1R2RA 3CHVA 1XKYA 1Q45A 2A0NA 4RKAA 3C6CA 3GLCA 4G1KA 5EA9A 3W1NA 1HL2A 4LV9A 4AEOA 2QCCA 4O1AA 2ZZ3A 3C2RA 3LCFA 4YCOA 2W6RA 3UZJA 3A21A 1FWSA 2Q8ZA 1GOXA 5AHMA 1ICPA 4A21A 4OT7A 4O17A 3LLDA 3PVFA 4PC8A 3TMQA 2FFCA 4O12A 3GAYA 5C54A 3T55A 4QJ1A 2EHHA 4LW7A 1LOLA 4U28A 3W73A 1P4CA 4MY8A 4EIVA 4K37A 1TTPA 3O07A 3STEA 1W3TA 3PS7A 2WJZA 3LHYA 3RMJA 1KM0A 3W23A 2FIQA 3GR7A 3M44A 5K3VA 2C18A 3P67A 1GTHA 3G0UA 1IF2A 2FPYA 4J9JA 2C6QA 4BK9A 2NX1A 1FWWA 1HUVA 4EF8A 2R94A 3NA8A 5AFDA 4HHPA 3IIPA 3NDOA 4RX0A 1P0KA 3GR8A 5IBXA 4K6AA 3LTPA 2X16A 3CEUA 5TBOA 2E6AA 1OG0A 5EY5A 1NF0A 3NPVA 3MP3A 4K39A 3S1UA 3QMRA 4LC8A 1QMLA 2PRMA 1YTDA 3O06A 4L4LA 3B0PA 1DVJA 2J9XA 4MVAA 3FJ6A 1TJRA 1IIGA 3HPSA 3LV6A 3CT7A 3PBYA 4DELA 4LRTA 2H6RA 1NFBA 5D32A 3EX4A 3W86A 4PFMA 1WOBA 2QDHA 3A22A 1T8XA 2BTMA 3GXPA 4NJHA 4IMEA 1H60A 3QPYA 1XCFA 1TIMA 2Y63A 1W8SA 3SZ8A 4UFKA 5AHIA 4MPQA 3FIGA 3OEXA 3W3OA 5I3JA 5AB3A 1T0OA 4W9TA 2C15A 3WK3A 1SZGA 2BSLA 3IIOA 4FNTA 2YSWA 3RLVA 1R2SA 3FYPA 4NJKA 3GVGA 3LRKA 1G4TA 4XZ9A 3NQAA 2GVGA 4YLWA 3LI1A 3GK0A 2RH9A 4XBKA 1OF8A 4NZFA 4O16A 3NQ8A 1OX6A 4GNJA 4MJMA 1LOQA 3QF0A 4FNRA 5D02A 1M5WA 1TJPA 1SW3A 3KFTA 1K7XA 3PUEA 5HNRA 1A5CA 3G1YA 3UNDA 2ZDRA 2EAWA 1LBLA 3RU6A 4IX0A 4BWLC 1W54A 3N9RA 2FDSA 2V2CA 1GYNA 4O4VA 3QRHA 1G7VA 3GAKA 4XTDA 2OZ0A 3MW7A 2HS6A 3T44A 3LBMA 4GC4A 4RZ4A 1H7RA 2NX9A 3DKJA 3KRZA 1KTNA 1D3HA 1W0MA 2RDTA 4X3ZA 2DJXA 1EIXA 1SZEA 3A23A 3BG5A 1SFLA 3M5YA 3MHGA 1UJPA 3JRKA 1S3HA 3N9SA 3OVPA 5D04C 3QQ1A 3LRMA 3I7SA 5HWJA 1RPXA 4P61A 1OX5A 5EKYA 3WJZA 4FX7A 2J9YA 1V7YA 5CSRA 1TTIA 1BTMA 3EWBX 3C56A 3MP4A 4M5PA 3ABRA 4JTTA 2PCQA 5EL1A 3LHWA 3W75A 5E93A 3EB2A 4WY0A 4KFPA 3TSBA 4JTFA 2E6YA 4QQ3A 4EF9A 1W1ZA 1TPC1 2QCGA 2ZZ7A 2QUTA 1EUAA 4YMZA 5EBUA 2C1HA 3L9CA 3VE7A 1D3GA 1TPEA 3LXAA 4GE8A 4LVGA 1LM1A 2JGYA 3D0CA 4RXGA 1X1OA 1P1XA 1QR7A 4JXCA 3R5EA 1OABA 2CLEA 1MO0A 3M41A 2VEPA 4JDYA 1FWRA 5C6MA 3LLFA 1IXOA 1IXQA 4GUJA 1GG0A 1HTIA 5LNSA 4LUIA 4MIMA 5KZDA 2VOMA 1H5YA 1A50A 3MYOA 4N02A 1UUMA 3NO5A 3RFAA 1FWTA 1PE1A 3T4CA 5ABTA 3LTSA 3W74A 4O53A 5F2LA 3EWUA 3PSWA 4N4PA 3KVJA 4DPPA 4ZQOA 1QOQA 3KVLA 4MOZA 3B8DA 3FKRA 4M6QA 1TPWA 1HO1A 1VGAA 2CLMA 3FS2A 3QZEA 3NXFA 4UFMA 4CCDA 2JGQA 3P7YA 2IQTA 4LVAA 4FXRA 2BX7A 4MZ8A 1WXJA 3LCGA 4MJZA 4ADTA 3MO7A 5D2TA 5T26A 5FF2A 4AB4A 4NX0A 3S5NA 4WY0B 2RKXA 3DFOA 1K02A 2YZRA 4R7JA 1FXQA 1FBAA 4MUZA 3W7JA 3MBFA 4UNLA 3CWOX 3G0SA 2YCEA 4NVTA 1O94A 4NXSA 5AYYA 2VFEA 4WJEA 5DCBA 3EX6A 3EX2A 4KWWA 2QJGA 3O63A 2E77A 4O57A 5HJLA 4UTLA 1TB3A 2V0TA 1ZFJA 1X1ZA 3F4WA 1DJQA 1O5XA 3TKFA 3SY5A 2RFGA 1QPQA 3MI6A 3PM6A 2YYTA 5H91A 3IIXA 2LLEA 3EX3A 2V82A 3DFSA 3TK7A 4RZ6A 2Y62A 4N2YA 4MY9A 3OVQA 4GBUA 5LNRA 4O50A 4PODA 1SU5A 3PAJA 5D09A 3MUXA 3GKFA 3N3MA 4PA8A 2KZHA 3BG3A 3TV8A 5HMSA 4DXVA 2C13A 1OFEA 4IJBA 5CZTA 1JR1A 3G0XA 2WPBA 2W79A 3FKKA 5CPNA 2QAPA 3GZ3A 2I14A 3W7RA 2WV8A 1QPNA 1TPVA 2NXIA 1J2WA 3W1RA 3LERA 1QO5A 2NUYA 1OJXA 2GPTA 2ZZ5A 3SJ3A 3NQVA 4U4MA 4LTSA 3NL6A 1F7BA 3L68A 4XBSA 2H3DA 3HG4A 5CZSA 5AOUA 2OMAA 3HIJA 2C0AA 2ZRXA 3W84A 4LS0A 2G95A 3KVMA 1FX6A 1F74A 1G6CA 1UCWA 1EWDA 3CC1A 4NNAA 3R12A 3N2MA 2E5BA 2HS8A 1RZMA 3NQGA 5AC6A 4CNOA 4FO4A 4S2BA 4LV4A 4IUOA 3MBDA 3BLEA 2PURA 2TPSA 4JR5A 2A7PA 3NM3A 3B0UX 2PRHA 2WSQA 3BGJA 1XI3A 1U5JA 3LDVA 3A9IA 1UBSA 1OVDA 3W7MA 2ISWA 1OK6A 3O1NA 1SZFA 4Y6GA 4AMAA 2UV8G 2CLKA 3DU0A 3W1AA 5GVJA 1DKWA 4JTKA 4E2DA 3S1WA 1Q3NA 1ZJIA 4O1CA 5LNWA 4UTIA 1MXSA 3DBPA 3L66A 3K30A 1DQXA 3EWZA 3FOKA 3LRLA 3P60A 1W5PA 1DQWA 4YCPA 4ZL1A 3HPZA 3WJXA 2E1DA 3N73A 2VENA 4O0ZA 1KLYA 2V5LA 3SGUA 2ZZ6A 1PCWA 3G8RA 3H54A 2Z1BA 1VYSX 2VFFA 1VS1A 2X30A 2FLIA 1KTCA 1JJKA 4HSNA 5K4XA 3DAQA 4UMAA 3QPZA 1HG3A 1ZY9A 2YX0A 1A5SA 5C2XA 1FUYA 4ONVA 3M6YA 4DF2A 4IXHA 2CU0A 1VCVA 3BPWA 1MZHA 2CZDA 3TR2A 1KM3A 2QCHA 1GPWA 4OGZA 2A1YA 3NGJA 4N4QA 3TQKA 1H7WA 4AHQA 1XUZA 4DQWA 1WYIA 5DY2A 2PE4A 3UWVA 1YXCA 3OA3A 1X8FA 3EX1A 1XC4A 5EYWA 1ME9A 2CFFA 3HQ1A 4CNNA 3DGRA 5E0KA 4N6FA 3HGJA 5BRBA 4HN4A 1SO6A 1FCVA 2ZZ1A 2C19A 1KV8A 4UFLA 2X1TA 1O4UA 1H63A 3O16A 3JR2A 1FDZA 3W1XA 4HPXA 5LNUA 1P5BA 1VYPX 4C1KA 3GDKA 3OG3A 3S1XA 3LCWA 2AGKA 1N55A 1R46A 3TJXA 4MFEA 5FEWA 2OJPA 2B4GA 5J5RA 3T7VA 2WKJA 1Q6LA 5D2VA 3VKJA 4UR7A 3TW6A 1K3UA 3NOEA 3TCEA 3LBCA 1QWGA 3TUUA 3B03A 2X2GA 1OYAA 3IIZA 3Q37A 4M19A 2V5BA 3P8IA 1WQ5A 1L6SA 4KFOA 5KMYA 3I7QA 3THQA 2Q3OA 3DKLA 3W88A 2Y7EA 2X1SA 1R47A 1LBMA 4YXGA 1PS9A 3NL3A 3KHJA 1Q6QA 4CQ9A 3C4UA 1VH7A 4UCGA 1XBZA 3LHUA 2RHGA 4O19A 4DO6A 2YFNA 5G1TA 4Z1CA 3CIWA 3BARA 3TQVA 3QFEA 3TROA 2QCNA 1ZAHA 5LGZA 1KFLA 3BLIA 1R30A 4LUJA 5I3GA 5K9CA 5CPMA 4YL2A 1YDVA 2NXHA 3L67A 3SI9A 1W5NA 2RDWA 2ZRVA 3M16A 1KBIA 1DL3A 3ANYA 4CQ8A 5LZLA 4OBTA 4GUHA 1ONRA 5D05A 4O1DA 3TXVA 3O15A 4K8HA 6TIMA 1QDSA 4A22A 3LHTA 3LHZA 2CZFA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3S9YA

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