1O60A

Crystal structure of kdo-8-phosphate synthase
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
281
structure length
269
Chain Sequence
QNKIVKIGNIDVANDKPFVLFGGMNVLESRDMAMQVCEAYVKVTEKLGVPYVFKASFDKANRSSIHSYRGPGMEEGLKIFQELKDTFGVKIITDVHEIYQCQPVADVVDIIQLPAFLARQTDLVEAMAKTGAVINVKKPQFLSPSQMGNIVEKIEECGNDKIILCDRGTNFGYDNLIVDMLGFSVMKKASKGSPVIFDVTHSLQRAQVTELARSGLAVGIAGLFLEAHPNPNQAKCDGPSALPLSALEGFVSQMKAIDDLVKSFPELDT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Haemophilus influenzae
publication title Structural analysis of a set of proteins resulting from a bacterial genomics project
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
total genus 78
structure length 269
sequence length 281
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2003-10-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1o60A00
4CQAA 1GOXA 1PHWA 3PAJA 2FPTA 2JKPA 1Z48A 1FDZA 3LHWA 3M5XA 4GUIA 2X2GA 2VFHA 3NXFA 4EF9A 2YW3A 3L5LA 2W6RA 5HMSA 1GVOA 1JULA 4AMAA 3L67A 3TIMA 2XN2A 3Q94A 4M7SA 3S8HA 3EX2A 1OK6A 5BMXA 1F05A 1DQXA 4QM1A 2DZXA 3VE9A 1GEQA 2WNQA 3RF9A 1VRDA 1HTIA 1L6SA 3VE7A 2BTMA 3E02A 3EEGA 4LS2A 3C4UA 3NL3A 5HR7A 1SW3A 3UYCA 3Q37A 3FYOA 1SZFA 3WJSA 2X1TA 4QJ1A 3MJYA 3P5ZA 4O1BA 3TROA 3ZWTA 1W3TA 1QWGA 1YXYA 2DZUA 3LCIA 4MUZA 4ZMGA 2CLOA 1SUXA 5A8GA 2R14A 3O1NA 5IBXC 1SSDA 2XN1A 2YSWA 4RR4A 3W3OA 2RDUA 3LB0A 3W2MA 4LOCA 4K36A 1XBVA 3IIVA 3KX6A 5FEPA 3O07A 4IUOA 5F1UA 4CNOA 3IVUA 3MW7A 3GXPA 3W7RA 1TPVA 3W1MA 4OQVA 1O60A 2OJPA 4OHQA 4N9DA 3TW7A 1OF6A 3MI6A 2JKAA 1OFDA 3B04A 4WY0A 2NV1A 4GUJA 3NQGA 4UTLA 3R8RA 3FKKA 3TSDA 2ATSA 3WK3A 3TJLA 2B7NA 5DELA 3UNDA 4LRSA 5H91A 1JUKA 4WXZA 1U83A 4PH6A 1DL3A 4XBKA 3M43A 4CQ9A 1L6YA 4H4IA 3SW6A 5DY2A 3W7IA 1P0KA 1SW7A 1FX6A 1YTEA 3GDRA 1KM1A 2FFCA 3SIZA 4N9CA 2YR1A 3HBLA 4HHPA 1MSSA 3HMJG 1LBMA 4RLIA 4AHQA 1FWSA 4NZFA 4RZ5A 4MPQA 2Y7EA 4O10A 1OFAA 2EKCA 1W5PA 3BO9A 4MY1A 4L4LA 3LRLA 3CIWA 4IMFA 4E38A 4BI6A 1MO0A 5EBUA 5CPLA 4UFKA 3UY8A 5HNRA 1MEIA 3O8AA 2QCFA 4GUFA 2QUTA 1VYPX 5CZJA 4YLWA 3HG5A 2ZRXA 1TPH1 4FHAA 5AC7A 2HS6A 3ATYA 1VZWA 2DZTA 4Z1BA 1DKWA 3L66A 1SPQA 3NQMA 1LOLA 1OX5A 4J9JA 3BGJA 1XBZA 5I3FA 4JTKA 2QDHA 1H1YA 4R7JA 2J9ZA 2FQIA 4WXYA 1AK5A 1KM2A 2ZCGA 3VI2A 3EWUA 1H51A 5F4SA 5L6UA 1WDWA 2WNNA 3BW4A 2Y70A 1IIHA 3PB2A 3M47A 3GDMA 3R12A 4UUIA 3BGGA 2KZHA 4CQ8A 2NX9A 3A23A 4EIVA 3IIOA 3ZFHA 2H3BA 1YADA 3T7VA 3C6CA 1ADOA 3W7CA 3TQ0A 1LROA 3EWWA 4OGZA 4DBDA 5LKYA 4FX7A 2H8ZA 1QFEA 4CCCA 3JRKA 3DU0A 3I68A 4NJGA 4N9EA 2CLFA 3C3NA 4YCPA 4CNNA 1IXQA 3QMTA 3QH2A 5CKSA 1W8SA 4ZQPA 1KTBA 3TH6A 1AMKA 3T55A 2YFNA 3P82A 2WV8A 1JQXA 3M5ZA 1EWDA 4DO6A 4MJMA 4O1CA 3P8IA 5D2WA 4FNQA 1DJQA 1PVNA 5DBTA 2ZRVA 3IV3A 3DFNA 4JNMA 4LVGA 3PSVA 1TV8A 3CEPA 5EA9A 5TIMA 5MHBA 3W7KA 3DZ1A 3G24A 5I3JA 3C2OA 2Q8LA 5EL1A 1PS9A 3SZ8A 4GE8A 3NL6A 5CPMA 3L0NA 1KFLA 4XTDA 3L9CA 3ABSA 5T26A 5DXYA 3EXRA 2VFFA 1RQEA 3LV6A 3R89A 3L5AA 3MI2A 5AB3A 3PUDA 2FTPA 4AEOA 1OX6A 3E12A 4LRTA 1WBJA 2EGZA 3QRHA 1F5ZA 3GR8A 3STGA 3W87A 1TPFA 2VEIA 4A2SA 3TFXA 3QEZA 1C9DA 4DEFA 1MEHA 2YPIA 3VNDA 3C56A 5LSMA 1X1OA 3QJAA 1M6JA 1F74A 2ZYFA 5K7JA 5BMWA 4UMBA 3I65A 1R30A 3U2OA 4EF8A 1JRCA 1BEUA 1O94A 4AAJA 2GQ8A 3HPZA 2QCHA 3QPZA 4X3ZA 5KSWA 5K3VA 3LI1A 3TKFA 5D32A 3QF0A 1OX4A 3TV8A 4OBTA 1FY6A 4KKXA 5AN7A 5D38A 1RD5A 3T40A 2CZDA 4O52A 2WJZA 2OX1A 3MP5A 1OABA 2X1RA 2CLEA 3LV5A 1ALDA 1OF8A 1KV5A 1EPXA 3CB8A 2QCDB 3TC6A 3VKJA 2NV2A 3U8GA 2ZTKA 4CNPA 3G0SA 4L4MA 2YDAA 1AW5A 2DORA 4LUJA 3PB0A 3NL2A 3B05A 4JIQA 3FA5A 3STFA 4S2BA 3S1UA 1RZMA 3W1QA 4EWND 3NQ2A 5FF3A 4A21A 2CLIA 4O15A 5C54A 1YYAA 4XUGA 1PL9A 3NQFA 3E49A 5A5WA 5AHEA 1IXOA 1K7XA 4BWLA 1VYSX 1GTEA 4NXSA 3THAA 4CCEA 3LHUA 3U6WA 3GDTA 3ZR4A 4KFOA 5I3KA 1A53A 3PG8A 1FUYA 3NZ1A 4LV4A 5BW6A 5HR6A 1R2SA 1FDJA 3O6YX 4RKAA 1YDOA 2O7QA 3DH7A 1RVGA 3HQ1A 1TPWA 4UTKA 1LTDA 1PE1A 1ZY9A 2JGYA 4JTTA 3DFQA 1C8VA 1KM4A 2V5BA 4DPQA 5I3HA 1Q6QA 3VFLA 3I6RA 3S5YA 1YPFA 2Z6IA 1UCWA 1W3IA 1Q6OA 4ML9A 4I7VA 1KFCA 1QPRA 3HJZA 3MHGA 3NDOA 3N2MA 4JX6A 3WJWA 4ZVJA 2LLEA 5D33A 4M6VA 1XL9A 4P2VA 3SGZA 2Y63A 5HULA 3LCFA 3NM1A 4H6KA 3KRSA 2NZLA 3TFCA 5D05A 1KFKA 1QO2A 4DELA 2A4AA 5F1VA 4O4WA 1JRBA 4K7YA 4E2BA 4HN4A 1LBFA 1YDNA 1T8XA 2VC6A 2DZSA 1DBTA 3C0JA 1LRNA 1S5WA 5L9FA 4QISA 1ZENA 2QCEA 3UQNA 1NSJA 3PBVA 1SO4A 4ZQOA 3O16A 2JKEA 4WOQA 3QYQA 2PRLA 4A3UA 1TQJA 1VPXA 3N19B 4UNLA 3FEMA 2E6AA 3LLFA 2E6DA 3B4UA 1I2NA 3TA6A 1EUAA 4DF1A 2OZ0A 2A6NA 2QJHA 3KVJA 3W2KA 3S1WA 1XM3A 3FFSA 4NX0A 4UMCA 1VCVA 2VFDA 1JR1A 4UTJA 3LBCA 1R2TA 1JCYA 2ATMA 3C2FA 4A2RA 3NQCA 1W1ZA 3CU2A 3GDKA 1TTPA 1BTMA 2V2DA 3PC0A 4WUIA 3NPVA 3W7LA 1GYNA 4JYEA 4UFJA 2C15A 4UR7A 3EKLA 4C1KA 3GXTA 4AF0B 3EWXA 1RR2A 1OFQA 3QMSA 4W9TA 4QITA 1KTNA 2X30A 2ZZ5A 4YL2A 3UXAA 2EAWA 4IJBA 4JEQA 1FWNA 2R94A 3TUUA 3W1RA 3EKZA 3SGUA 2V82A 3GAYA 2J6XA 5J5DA 4HSNA 5KZMA 2B7QA 4IMDA 5G1TA 3LERA 1FCUA 2YYUA 2VFIA 1HO1A 1DVJA 4M6PA 1MEWA 1R2RA 1K8ZA 1JJKA 1TV5A 1I4NA 4PEKA 1KBJA 3BW3A 5D30A 1G6CA 2CW6A 4JTFA 4I7UA 1ZAJA 2CLMA 2GVLA 5K2ZA 4MY8A 3DGRA 3NPUA 3PF3A 1JCXA 5D09A 4LS0A 4KWVA 4NX5A 2QUUA 3LGEA 2ZDRA 2V8ZA 4UC5A 3G1HA 3HGRA 3LRKA 3W1NA 4CLMA 4OWGA 1SZEA 3LRMA 5FF2A 5CGQA 5DCEA 5CZ0A 1M5WA 1AW2A 3CIXA 1LRQA 3WFAA 4UR8A 4MJZA 5AFDA 3N3MA 1H7PA 1LOSA 5HWNA 3L21A 3SFKA 3O6DA 1ZCOA 4LU0A 1W5QA 4CCDA 5IBXA 3I7RA 3QSTA 1A5AA 1G69A 4UFMA 2Y85A 3OVRA 4JXCA 3W74A 3OBKA 1FCQA 3KXQA 3MP4A 2QUVA 3GYEA 2BSLA 4PTNA 3BG5A 3PG9A 1K8XA 3P81A 2DJLA 1J5TA 2Y62A 3A5VA 1AL8A 5FF0A 3GAKA 3W88A 4QQ3A 2IQTA 4IPJA 5G2WA 1THFD 1OJXA 1NF7A 1TRIA 3PSWA 1NFBA 3LTSA 3GVGA 2ALDA 4UTTC 3SJ3A 4DO4A 1XDLA 2ZA3A 3NYZA 1GYLA 2QKFA 4O0ZA 3E0IA 3UXDA 3AJXA 3F03K 2CZ5A 1EWEA 4FNPA 1OHLA 1SR9A 4K37A 4O54A 3MYOA 3UWZA 4S1FA 2Y6ZA 1V5XA 4FX8A 3QQ0A 1G7UA 1W5MA 3PM6A 1UB3A 3EX3A 4O18A 4RX0A 4H3DA 3M41A 4IXHA 1TJPA 5KINA 4N6EA 1OYCA 4Z1DA 3HGJA 4Z08A 2BLEA 3ABQA 2TRSA 5I3GA 4K8HA 3G0XA 2WPBA 1QDSA 4O28A 5EMUA 2CU0A 3CEUA 3QC3A 1WOBA 3GR7A 1GVRA 2Y7DA 4M7TA 4LS1A 4MYXA 1QO5A 3B0UX 2G95A 4JYFA 1XKYA 1VQTA 1DQWA 3KVMA 3FKRA 5K9XA 4HNTA 4RV8A 4C1LA 3G3MA 4LC6A 4O4VA 1T99A 3GXNA 4JR5A 3M0ZA 2CLHA 2ISWA 2NX1A 3ZS4A 4JS3A 5G1YA 5K9DA 4JDBA 1OFPA 1VJIA 1SU5A 3EX6A 4AVFA 2OT0A 5FF4A 1XBXA 1TRDA 5ABTA 2VEMA 3DAQA 3GB6A 3F1QA 4UTMA 5FI8A 3M7WA 1HO4A 4UIOA 3BG9A 4AH7A 3L5MA 4HT3A 4ONVA 2DP3A 2X1SA 1N55A 3MWAA 5FF7A 4PCFA 3DHDA 3BARA 4PFMA 3C8FA 1GZGA 2C13A 4EOUA 1FXQA 2DZPA 2C18A 1N7KA 4O0KA 5G2IA 2A2IA 1TSIA 2QF7A 5G4WA 3TDFA 3RU6A 3FIGA 3KVLA 4UTIA 2E5BA 1Z44A 3TAOA 2V5LA 4ADSA 3NQ8A 2H90A 3M16A 4JY9A 4IGHA 4BR1A 2A85A 3F4NA 1F6PA 1DOSA 4Y96A 1RPXA 1D3HA 4KWWA 5F2IA 4MIMA 1VHCA 3CTLA 4TO8A 3I7SA 3DKLA 2Z0IA 4NUWA 3GNDA 1KW1A 5G5IA 1MXSA 3UWVA 3IVSA 5HUPA 3MHFA 5D2XA 2ZZ2A 5EYWA 4XKYB 4K7VA 3PS7A 5BRBA 1PIIA 4LUIA 4YMZA 2D73A 2QJGA 2NWSA 2V0TA 4JTSA 4JD4A 3EWYA 4WQ6A 1EA0A 3EXSA 4QSHA 3UY7A 2I9EA 3C2RA 1SFLA 4O1DA 1J4EA 3W1AA 1TPDA 4GJ1A 3NGJA 3OHIA 4NU7A 2QCMA 3EWZA 4NVTA 1TV7A 1FXPA 4QAIA 1I2OA 5LNVA 3CWNA 4ZL1A 1RQBA 3QPYA 1LLWA 2GPTA 4UCGA 2P0OA 2RHGA 3TQKA 3RK8A 2NX3A 1KLYA 1PV8A 1SZGA 4POCA 5LNRA 2WNZA 5EKYA 3TSBA 3HG3A 2C16A 1B3OA 3W70A 1TJRA 3KVKA 4GNJA 1GG1A 2Y88A 1XCFA 3FJ6A 3HF3A 1VYRA 4GRSA 1O5XA 3UWUA 5D2TA 5TQLA 3STCA 3NR0A 3SY5A 3DFSA 2NXHA 5GVJA 1FWRA 2VKZG 4JY8A 4MY9A 1JCLA 3NQ7A 4JTIA 3YPIA 1VC4A 2QCDA 3B0PA 2WOQA 5F4WA 4QIUA 4M19A 1C29A 4UTWC 4GUGA 3UPWA 4FNRA 4NJHA 5K4ZA 3NNTA 2QAPA 1X7FA 3DHFA 3L68A 1Z41A 3LHVA 4FNTA 4FNSA 2B7OA 3H55A 2ZRWA 2YZRA 2J9YA 1O5KA 4BI5A 3TXZA 1TPB1 2O7SA 2PURA 1YPIA 1YXDA 3NG3A 4JGDA 3NQEA 2R8WA 3TMQA 2ZRZA 3W7MA 4AHPA 1GTHA 2GQAA 3QZEA 1LDCA 3RNDA 2XFWA 3NAVA 1SO6A 4MLJA 1EEPA 3LTPA 3W07A 2DU2A 1KTCA 1KFEA 4EVZA 2J27A 1Y0EA 1VCGA 1TPC1 4LVAA 3DBPA 2F7FA 2J9XA 5AHIA 5DCBA 3GDLA 1WQ5A 4PC8A 1WV2A 2V2HA 5AYXA 3DFTA 3M1ZA 2DJXA 1S5VA 2VFGA 3ATZA 5AHLA 4Z1CA 3LHZA 3MMTA 1LOQA 2FDSA 1B9BA 3IEBA 5FEWA 4RK8A 3W2UA 1H7OA 2A7RA 5C6MA 4MFEA 4ZQCA 1W5OA 3HB9A 1QPQA 1A5BA 1OFEA 4ALDA 4ADTA 5U4NA 2AAMA 3TJXA 4WY0F 4FX6M 2JK2A 1CI1A 1SFJA 2ZZ3A 2C1HA 1IIGA 1EP2A 3GKAA 1L6WA 4NNCA 1K7FA 3JR2A 4Z1AA 5K9CA 3HGOA 1J2WA 3BV4A 4O1AA 3G1AA 3DI1A 2ZZ6A 1WA3A 1EP1A 1I2QA 3P67A 4DF0A 3QQ1A 4JTLA 1GT8A 4O14A 1FBAA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 4CQA A;  1QU4 A;  3BGA A;  3PAJ A;  1RSC A;  3E1F 1;  2FPT A;  3RCY A;  3M5X A;  1UIO A;  4MKV A;  3NXF A;  4EF9 A;  3L5L A;  1IYX A;  3RIL A;  3TIM A;  3S8H A;  4FR6 A;  1OK6 A;  3CUI A;  2POD A;  4LB3 A;  2R1L A;  1F05 A;  1DQX A;  2XGZ A;  5D9M A;  2CHN A;  1NP2 A;  4M24 A;  3VE9 A;  1PPI A;  3GTN A;  4LS2 A;  2PZN A;  3EEG A;  4B5X A;  1W91 A;  1SW3 A;  2ACR A;  1QNQ A;  3WJS A;  3MJY A;  4F40 A;  1ZBW A;  4O1B A;  1FVP A;  2ASH A;  5FJR A;  1V7A A;  1FP8 A;  1W3T A;  1QWG A;  2WZI A;  2DZU A;  3LCI A;  1Q2R A;  1E6S M;  2DSU A;  3CZG A;  3O1N A;  5AVN A;  5IBX C;  4EP8 C;  2YSW A;  5DMN A;  4HYV A;  3U9I A;  4AWE A;  4HN8 A;  4LOC A;  4K36 A;  1XBV A;  4JHZ A;  4GJI A;  3CZE A;  1QW9 A;  1E73 M;  4B9Y A;  3MCO A;  4IUO A;  3MW7 A;  1Q4W A;  3W7R A;  1TPV A;  4F8X A;  4JKM A;  1J6O A;  3HQN A;  4BKN A;  2FGL A;  2D69 A;  3VOC A;  3R0D A;  4CD7 A;  3TW7 A;  3MI6 A;  3D5H A;  4DJD A;  1M04 A;  4GUJ A;  4XB3 A;  4KWS A;  1B2Y A;  4FXF A;  2B7N A;  5DEL A;  3IJ8 A;  4WXZ A;  3ITL A;  5J04 A; 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