3VI2A

Crystal structure analysis of plasmodium falciparum omp decarboxylase in complex with inhibitor hmoa
Total Genus 108
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
108
sequence length
318
structure length
318
Chain Sequence
MGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase/lyase inhibitor
source organism Plasmodium falciparum
publication title The in silico screening and X-ray structure analysis of the inhibitor complex of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 108
structure length 318
sequence length 318
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2011-09-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3vi2A00
3OIXA 5T26A 3GAYA 5HWJA 4JX6A 2WPBA 5AC7A 5EPDA 1SU5A 1EP3A 4N4PA 2Z0IA 3TW7A 3U8GA 1VCGA 3EX2A 3DXIA 4RJEA 1ZAHA 3B05A 3BLFA 4WY0A 5LGXA 2VFHA 4OHQA 3W76A 3PBYA 2QCMA 1HFBA 1ICPA 1PE1A 3MYPA 4K6AA 4D2JA 2ISWA 2ISVA 1V5XA 1OF8A 1A50A 3G1YA 4L4MA 3ABOA 1SPQA 4BI6A 4IXHA 3GXNA 4MFEA 1TO3A 2B7QA 1W8SA 2QJIA 1TTJA 2BXVA 3PB0A 3C52A 1XXXA 2WO5A 1AG1O 1SSDA 2C0AA 2C1HA 4XTIA 2Y85A 3W7RA 1WOBA 2JKEA 4O0ZA 1GVRA 4XKYB 1PCWA 2WNZA 4UMAA 5E1QA 1EUNA 2O7SA 4M7SA 5AC8A 4QISA 5BMWA 3UNDA 3G3MA 4PH6A 2QR6A 3TFCA 2VEPA 3C61A 6TIMA 1TB3A 2FPTA 2P1FA 2Z1BA 3PS7A 1O4UA 3ELFA 3ATZA 3L67A 4UFLA 3NQ2A 4L4LA 1ME9A 3W9ZA 4LRTA 1LROA 1W56A 3W1MA 5KTLA 2OMAA 3C2VA 4YMZA 3QEZA 4UFKA 5EL1A 4FX6M 1T99A 3HGOA 5C6MA 3WK1A 3FYOA 3TC6A 3MW7A 2ZZ5A 3DAQA 1TRDA 5AOUA 1QPQA 1QOQA 1TYGA 2H6RA 3LCHA 1OJXA 1PHWA 5HNRA 4LVBA 1Q45A 5C5YA 3DH7A 3I7RA 1KTNA 4MY9A 3W1AA 5I3JA 3LLFA 1L6YA 5AYXA 4NVTA 1LBMA 1JCNA 3LHTA 1NSJA 4O54A 2QCEA 1H62A 3QJAA 4QAIA 1Q6RA 1UUOA 1G6CA 2X1TA 2ZA3A 3G1SA 3C2OA 4AXKA 1GJPA 5J5RA 2ALDA 2PCQA 4XUGA 1H61A 2FDSA 4OQVA 1QR7A 3LCLA 4ZVJA 5HMSA 5CZTA 1K7FA 3E0IA 2VFIA 3LTPA 4JTKA 4LY8A 4E2BA 3NQEA 3BARA 1PV8A 3LHVA 1LRQA 4N6FA 1D3GA 1G7VA 1SZFA 3EX1A 4NJKA 4QIUA 3M43A 5KITA 4GUJA 5DN1A 3UQNA 2CZEA 4RXFA 1XKYA 4AVFA 5CSRA 3K30A 3CEUA 3NYZA 3UWQA 4LW7A 1XFBA 2OZ0A 4BFAA 4P2VA 3W73A 5E0KA 4NJIA 3L0KA 4O11A 3G8RA 5AB3A 5K4ZA 3NM1A 1KFLA 3PBWA 5AYZA 1H7NA 1ICQA 2ZTJA 3V75A 3INPA 3HG4A 3IGSA 4DBEA 1W31A 4ZQMA 4ZQOA 3L65A 2BWGA 2ZRUA 1RVGA 4WY0B 4WX2A 3PG8A 1OX4A 2AQWA 4DPQA 2RFGA 1HL2A 1EIXA 3W7EA 2VKZG 2VXNA 3TE9A 5SWUA 4FX7A 4AMAA 1YLVA 3CLMA 3NPWA 1JCMP 2VEKA 1VZWA 3GKFA 5D04C 1OX5A 3CTLA 1KM0A 5KMYA 3NXFA 4ZZ9A 1IF2A 2V2HA 1B3OA 3A5VA 2X16A 2ZA2A 2B0MA 1LBLA 4C1LA 4LS2A 3LB0A 1H7PA 4I7VA 1FBAA 1I2RA 3A23A 3C2RA 4JYDA 4UNLA 5D03A 1AL7A 2YYTA 2DZVA 2V5BA 3STEA 1GVSA 4O4VA 2GQAA 4QJ1A 4TIMA 2CLKA 4UFMA 5K7JA 1PIIA 3LTSA 4TX9A 1TMHA 4RX0A 3DU0A 1SZEA 3W1PA 1H1ZA 3MYOA 1TV5A 5A5WA 4ADUA 1BEUA 4U4MA 5TBOA 4IMGA 5F2MA 3I6RA 1YDVA 3NL5A 3GK0A 1PHQA 3THQA 1X1OA 3MWAA 1R46A 4GUHA 4MYAA 4Q33A 1B4EA 1RV8A 3STFA 3A21A 1VR6A 4PCFA 4UMCA 4HN4A 1KW1A 3DFTA 3E49A 3PBVA 4JTHA 1G67A 2WV8A 3DBPA 4KFPA 3W75A 3GKAA 2FPYA 5FF4A 4O53A 1W3IA 1TJRA 3P8JA 5LSMA 5DCBA 4E38A 1KM5A 3GDLA 3S1VA 4CQ8A 2NV1A 4QQ3A 5G2HA 5IM51 2NWSA 4JNMA 4O1DA 3KVLA 3G1DA 1TV7A 2D73A 1XI3A 4NZJA 3IRDA 2C6QA 3ZWSA 2VFEA 5BRBA 2NV2A 4YWIA 3W22A 1UJPA 3AJXA 3W7JA 2R14A 3OA3A 4H6KA 3GLCA 4NNCA 3C0JA 3P82A 3W7NA 1FCQA 1Q3NA 4FNTA 4CQ9A 3P60A 4IJBA 4IX2A 1K02A 1LTDA 3OEXA 2TSYA 3B0UX 4NQ1A 3MHFA 1P0NA 3HG3A 1TREA 3M5XA 1YYAA 3O15A 3IVTA 3G1VA 2BTMA 3PWAA 4MLJA 4E0CA 2ZZ1A 1IGSA 3P62A 1TTIA 5AHEA 3KRUA 2JGYA 3GX9A 3CU2A 3LGEA 5FEWA 4ZL1A 4S1FA 4WQ6A 4S2BA 1R47A 1D9EA 1X7FA 1KV5A 3NPVA 2VC6A 1FX6A 1Y0EA 3W7DA 3R12A 1QMLA 2ABAA 3B06A 3W07A 1QPRA 3NNTA 4O12A 4LOCA 2QCNA 1H7XA 3GAKA 1SSGA 1GPWA 5BW6A 4UMBA 3GB6A 2WSRA 1U5JA 3GDRA 2Q8ZA 3LCFA 4K38A 1S5VA 1Z42A 1WDWA 1G7UA 3G22A 1TPDA 4NT0A 2C15A 3C6CA 3CWOX 2E6DA 4AAJA 3T55A 2BX7A 1O94A 4BR1A 4JXCA 5F1UA 4UTKA 3TSBA 3BG9A 3SFKA 3W87A 1DHPA 1JRBA 1AMKA 3C4UA 2A6NA 1ZAJA 3LXCA 4GUFA 4J9JA 1YPIA 4AH7A 1XUZA 3FS2A 2DP3A 4MVAA 4HKPA 4OGZA 4ONVA 4PC8A 4WOQA 3ZR4A 1THFD 2VELA 4Z1BA 3WJZA 1EA0A 2X30A 3GDKA 5I3HA 3S5NA 1GVFA 4N2YA 1LBFA 3HGJA 3BG3A 3QM3A 3QZEA 1W5PA 3TMQA 3TH6A 3NOEA 1A5CA 3QSTA 4M5PA 3LI1A 4MJZA 4ADTA 3NQVA 4UUIA 3SJ3A 3M1ZA 4I9AA 4LVAA 2GUUA 3FEMA 3M5ZA 3PSVA 3H54A 2ZZ2A 3ABRA 1XM3A 1KFKA 4RXGA 3NVTA 1XBXA 1A53A 4GXMA 1LOQA 5D2WA 3GDTA 2B4GA 1EP2A 1I2QA 4HPJA 3MP4A 1K03A 1RD5A 2AAMA 1DOSA 3W86A 1I2OA 1YPFA 4R34A 3N3MA 3NO5A 1GT8A 1DL3A 1QDSA 5G5IA 3SW6A 1OG0A 1TPFA 3W1TA 3P61A 4DF0A 2E1DA 5LNUA 5DBUA 3G3DA 4TO8A 4NJHA 3M16A 3SGZA 3P67A 4EF8A 2QJHA 1AK5A 1H7OA 3I7SA 3JR2A 3W6YA 2QEZA 3PM6A 4FNUA 1TRIA 3QYQA 5C54A 4IPIA 3T40A 1KM3A 3USBA 1D3HA 1C29A 5D37A 3O6DA 4W9TA 3OVRA 2JKAA 3TQKA 1W5MA 1C9DA 1W5OA 3LXBA 5LNSA 3KFTA 4MUZA 2WQPA 3AO0A 2E6FA 5AFDA 4RZ4A 3MMTA 2XN2A 1GVQA 2H90A 1AL8A 3TIMA 1MEWA 3W2JA 3TROA 4NXKA 4O28A 1WQ5A 4TMCA 3DHDA 1JUEA 1RQHA 1XCFA 2EPHA 3LXAA 3TSMA 3RFAA 2V82A 1SR9A 3R8RA 1GG0A 4ICNA 3SECA 1P5BA 2VOMA 1ZAIA 2Y7GA 1LOLA 3W2UA 3F1QA 3LERA 3WFAA 4DPPA 4UTTC 4GJ1A 2AGKA 3EWYA 3HJZA 4CLMA 3WK3A 4UTTA 1OYBA 3PG9A 3W1LA 3T44A 3MHUA 4FIQA 1QO2A 6ALDA 4ALDA 4FB7A 2NX9A 4HPXA 4UFHA 3O1NA 3SI9A 5K9DA 4RR4A 4XBSA 4JY8A 3W72A 1FWWA 3STCA 1OYAA 2HTMA 5AN7A 4TR9A 4CNOA 4DEFA 3FKKA 2FJKA 3S5YA 3BVJA 1ML1A 5CZSA 3LRKA 4K36A 4GRSA 1ZENA 5CPMA 4FHAA 1F76A 3QQ0A 4DELA 5HULA 2CW6A 5LHFA 1L2UA 4JICA 2G5WA 4CNPA 3MO7A 1W54A 1S3HA 3CPRA 4A22A 3G0XA 1L6SA 1XDMA 5FF0A 1FXQA 3HG5A 3IVUA 3TW6A 3M5YA 4UTUA 3M41A 4TMBA 1CI1A 1KM2A 2PRMA 1I45A 1TCDA 2QF7A 5H91A 3QMSA 3BGJA 3IEBA 2DORA 2VENA 3HF3A 3UZ5A 1DJQA 3NG3A 3B03A 1UCWA 1B9BA 4MPQA 1TQXA 1XDLA 4AWSA 4PTNA 2JGQA 5D2XA 4NX5A 4GWEA 4R53A 4C1KA 1G69A 2ZTKA 4DO5A 4A3UA 2FB2A 3EX4A 3WJYA 1HO4A 1H63A 1PVNA 4PL2A 4JTGA 2CWNA 3VI2A 4BWLC 3VFLA 4GUGA 4OWGA 2Y62A 2UV8G 3R5EA 1MEIA 3NR0A 1OFQA 3DKJA 4BWLA 4HNVA 3T4CA 4AF0A 5EMUA 3NZRA 1NF7A 2E77A 3MBDA 1V7YA 1ZJIA 1F74A 5LZLA 3D0CA 1HUVA 4JX5A 4UR8A 3KVMA 3MHGA 1G4TA 3T78A 5D2YA 3IIXA 1ZCOA 5MHBA 1Z41A 3EX3A 1R30A 1F6PA 5ABTA 1JCLA 3EWUA 1JUBA 1NEYA 3S5ZA 1KM4A 4O57A 3ZS4A 1B57A 3P7YA 4WUIA 2V0TA 3LBMA 3I68A 2G95A 3E9AA 3NQGA 2YX0A 3UYCA 4O1BA 1FUYA 4XBKA 4KWVA 3FJ6A 1VC4A 1WAUA 1PS9A 2VFDA 1OFRA 1GYLA 1W0MA 1JUKA 1ADOA 3RU6A 2ZRVA 3FFSA 2Y63A 4IQLA 4LNYA 5HQEA 3M5VA 1N8FA 5I3IA 1GG1A 3LBCA 4XQ6A 3SR7A 1SO3A 2QDHA 1L9WA 5AHLA 2H3DA 3TCEA 2YW4A 4PFMA 2VEMA 1BWKA 2PRLA 4OV4A 4N9CA 2PRHA 4M6VA 4IXXA 1W1ZA 1KFBA 5FESA 5KSWA 2HS6A 3UWUA 1JQXA 3F4NA 4Z0SA 4DQWA 2J9XA 5J5DA 3L5MA 1VYRA 5FF7A 5K9XA 2TYSA 1H5YA 2VFFA 4K7YA 5G1YA 1X8FA 2Z6JA 3S8HA 1FDJA 5CPOA 3L68A 2R8WA 4OV9A 5CPNA 1F73A 3NAVA 4O16A 1TTQA 1ZNNA 3G0UA 4NU7A 5D09A 2GPTA 3TQ0A 5K2ZA 4FNQA 3GDMA 3O06A 2ZZ4A 3CB8A 1BTMA 5EY5A 1MZHA 2C13A 4JTIA 2X1SA 2JK2A 1JQVA 4FEZA 1O5XA 1VQTA 1WYIA 3A9IA 1F05A 1KM1A 1ME7A 5AC6A 3L21A 3N2XA 4IOTA 4FIRA 5BMXA 1I8JA 3C2FA 3P74A 1DV7A 3UPBA 5HWMA 1TPEA 1W37A 2J24A 5HR6A 3TC7A 1EWDA 1J2WA 2Y7EA 3F03K 5KZEA 1G4EA 2DU2A 1JJKA 1XBZA 2RHGA 3GXTA 3JRKA 2HS8A 3W1QA 3W88A 2A21A 2YFNA 3BLIA 2I14A 1H51A 2IQTA 4LVFA 5F4XA 3NEVA 1IXOA 1GYNA 4N9EA 4X9SA 5HUPA 3W71A 3NQCA 3FLUA 3LHYA 4A21A 5AHIA 2E68A 3B4UA 1JR1A 2OJPA 2QAPA 4JY9A 3NQ7A 2I1OA 4JDBA 2OT0A 1QAPA 3WJSA 3FOKA 3V1PA 4JTUA 1HO1A 3G1FA 3Q58A 3P5ZA 3PUDA 4LC8A 5AYYA 4Z1AA 4JYEA 4A29A 1TTPA 3TQVA 4QSHA 2ZZ7A 5A8GA 2G96A 3N34A 4O17A 4JS3A 3PR2A 1VYPX 3S9YA 2OX1A 3BW3A 3ZWTA 3BPWA 1OK4A 1TQJA 3G1XA 4XTDA 3MP3A 1VHNA 5F2LA 2A1YA 3N73A 3W7KA 4FNPA 2XN1A 4JYFA 1FY6A 1OFBA 1IXNA 5DXYA 2E5BA 4LVDA 2DZTA 1T8XA 4POCA 4O0KA 3HQ1A 3W1RA 1M7OA 4AHOA 3LX9A 2CU0A 5DBTA 2J9ZA 3QPYA 2V9DA 2LLEA 1QNVA 3IGUA 1SO5A 1EPXA 3ABQA 1OX4B 1G4SA 1IIGA 3LLDA 3CEPA 3CWNA 1SFJA 4N9DA 3W1XA 2NUYA 3EKLA 4O18A 1HG3A 4MZ8A 3LI0A 3MI6A 4JR5A 3SIZA 1JCJA 4WY0F 1VH7A 3L66A 4DXVA 2A7NA 4O1CA 1OFPA 3HPSA 5HUOA 2H8ZA 1T96A 1K8ZA 4NNAA 3VKJA 3TU9A 3OG3A 3NM3A 4O13A 2E6AA 4NJJA 4HSOA 3TJLA 4FXSA 2TMDA 1UUMA 3N14A 3QRHA 1TPC1 1KBIA 4MIMA 3PUEA 1FCUA 3WK0A 1JCYA 3O6CA 4BI5A 4X22A 1ONRA 4IMDA 5H2ZA 3MP5A 3DFPA 3EKZA 4JIQA 3SY5A 1VLWA 3CQ0A 5D32A 3W2MA 5EKYA 4JIPA 2OCZA 3QFEA 1PCKA 4OU1A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OIX A;  4L1G A;  1E0U A;  3B0Y A;  4JX6 A;  5EPD A;  3OG2 A;  2Z0I A;  3EX2 A;  1NOU A;  1YNQ A;  5MKG A;  4GOA A;  4WY0 A;  4AMC A;  2GGE A;  3PBY A;  1ICP A;  4K6A A;  1Z9A A;  3GBD A;  2ISW A;  4P8W A;  1VFS A;  3ABO A;  1SPQ A;  3ITT A;  4MFE A;  4H00 A;  1BQG A;  1W8S A;  3GH5 A;  2PEV A;  1QHZ A;  2PPG A;  3C52 A;  2WO5 A;  1D2K A;  4C7F A;  3W6M A;  3W7R A;  4MAZ A;  2JKE A;  1GVR A;  2RGM A;  4XKY B;  5FCZ A;  2WNZ A;  5KET A;  1DJW A;  1EUN A;  4ERI A;  3WQF A;  5AC8 A;  3T6C A;  5ABE A;  2GWG A;  4M24 A;  3VNL A;  2QR6 A;  2V68 A;  3TFC A;  3AML A;  6TIM A;  2P1F A;  1XKJ A;  2Z1B A;  3WQ4 A;  1J2B A;  3WQC A;  2FHB A;  3L67 A;  3NQ2 A;  3OU8 A;  1SM9 A;  4PGL A;  1A5M C;  5EL1 A;  3HGO A;  4IM4 A;  3MW7 A;  3MDU A;  2ZZ5 A;  1EGZ A;  1TYG A;  3W02 A;  1E0W A;  1UMY A;  3RAO A;  4EXB A;  3FVD A;  3K46 A;  4H9Z A;  1Q45 A;  1J0I A;  4QAW A;  5C5Y A;  4IGM A;  1FHD A;  4QEH A;  5I3J A;  1QBB A;  5AYX A;  3FXY A;  4NVT A;  3KUM A;  4DB7 A;  3LHT A;  1BTC A;  4I5R A;  1H49 A;  4G7E A; 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