5FEXA

Hyde from t. maritima in complex with se-adenosyl-l-selenocysteine (tfinal of the reaction)
Total Genus 142
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
142
sequence length
346
structure length
345
Chain Sequence
TGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKISVFEKDTASIPSVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
publication title Carbon-sulfur bond-forming reaction catalysed by the radical SAM enzyme HydE.
pubmed doi rcsb
molecule keywords [FeFe] hydrogenase maturase subunit HydE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 142
structure length 345
sequence length 346
ec nomenclature ec 1.8.-.-:
pdb deposition date 2015-12-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5fexA00
2JKPA 1WBHA 3HGRA 2FFCA 3W9ZA 2BZNA 4LS1A 5KZMA 1W5MA 3FFSA 2PC4A 5CPNA 1QFEA 5K4XA 1KW1A 2XFWA 3NPXA 2EAWA 4A22A 1L9WA 2PRLA 1YLVA 2Y85A 4MLJA 3PF3A 4UFLA 3MHGA 3OG3A 2ZQ0A 2GVJA 1IIGA 1YPFA 4QNWA 3GIYA 1SO5A 1G4TA 4LRSA 5CKSA 1GVFA 2YZRA 1IXNA 5HULA 4BI5A 5DXXA 1LTDA 1VH7A 1JCJA 2FPTA 1VJIA 2TSYA 3MHFA 1VHNA 5LNWA 1PVNA 3O63A 3WK3A 4POCA 1M7PA 3W7LA 5D33A 3QW4B 3MBFA 3Q37A 3Q2DA 3W73A 4N4PA 2C14A 3FJLA 4HNTA 1NVMA 2BWGA 2G95A 3UXDA 3ANYA 1FCQA 2W6RA 3HGJA 2PCQA 3EX3A 1JCXA 2BXVA 1SQ7A 3PR2A 2HMCA 1FX6A 1L2UA 2CLIA 3P62A 2QF7A 5LGXA 5LNSA 1KFCA 4JN6A 1GVOA 4MOZA 1SZEA 4U4MA 4A3UA 4LV4A 3C8FA 3EXRA 4GXMA 5H91A 1FUYA 2E77A 3W7NA 3SGZA 1EP3A 3FEMA 3DAQA 4O57A 4AF0A 1PE1A 3IEBA 2V2CA 3M7WA 3EEGA 1I2RA 3NM3A 3GR8A 3I68A 4ORIA 1ZFJA 1OF6A 1R2SA 1TPH1 2B7OA 5CPMA 3NPVA 3VE9A 3EWWA 1GJPA 1G6CA 3TQKA 5C55A 3UWZA 4M19A 4ALDA 4NJJA 1F74A 4UTMA 3GAKA 5CPLA 1G7UA 1GTEA 2P1FA 2GQ9A 3TDFA 4CLMA 4MY9A 1EIXA 4FX6M 2WO5A 5AFDA 2QAPA 2UV8G 3N2MA 3TSMA 4JY8A 1L6WA 4ZQMA 3NQDA 2I14A 1LM1A 5K2ZA 2YSWA 3WK0A 5D05A 2AGKA 2ZA3A 5FEZA 3G1SA 2CZEA 5K9XA 5AHEA 1KFJA 1VLWA 1DOSA 2QAFA 3ABRA 3RFAA 3P5ZA 1OFAA 3S42A 3TXZA 1MZHA 3M5XA 1EUNA 2R8WA 1QOQA 1OFBA 3O16A 4Y6GA 1KBIA 4WXYA 3DZ1A 4MUZA 3VI2A 1K7EA 1FDYA 4DELA 1XFBA 4AWSA 2G96A 3L67A 1I8JA 3IIPA 1OK6A 2VEKA 2X1RA 3L65A 2DZPA 3B0VC 4IWWA 3ATYA 3QEZA 2VELA 4UTWC 1RQBA 2V8ZA 4M6QA 1UUMA 1QPQA 4O8RA 2E68A 2Y70A 3NQAA 3P74A 3GXTA 4AVFA 3HBLA 1RQHA 4GUIA 3W1PA 4RR4A 1OVDA 1JR1A 2X30A 4MJMA 3CT7A 3OVPA 5LNVA 2QCNA 3TIMA 3R89A 3NOEA 3JRKA 3NXFA 1NF0A 1FWNA 1TRIA 2NV1A 3G1VA 3LOTA 3PB2A 3QW3A 5E93A 1VR6A 1F5ZA 1QO5A 4JTKA 2A6LA 2Y89A 4IJBA 1D9EA 4OGZA 4X22A 4YL2A 1M6JA 3M41A 2CLHA 3PY2A 2QCGA 3P81A 1SFLA 3NQEA 4LTSA 8TIMA 3LXBA 3DH7A 3OBKA 3MP5A 3G0SA 3EX1A 3UZ5A 5F1VA 1WQ5A 2PURA 3ABQA 4O13A 4FIRA 4JS3A 1O94A 3PBUA 5AHMA 5I3KA 3LHVA 1ONRA 3W74A 6TIMA 1OYAA 3BPWA 4O28A 5K7JA 2J9ZA 1N8FA 5LKYA 3E0IA 4AWUA 1GG0A 4IMGA 2P10A 3EX4A 1ZAIA 4M7TA 4QJ1A 4IXXA 3E12A 3O6DA 5F4SA 1Z48A 2ZZ1A 2QCLA 4PFMA 3PC0A 2A7PA 1TPFA 4HNVA 2ZDRA 1X1OA 3FA5A 2WSRA 3S1VA 1DBTA 1FCVA 1QNVA 3BARA 3WJSA 4OQVA 2C3ZA 2DJLA 4G1KA 1Q6QA 5LSMA 1BWLA 3C2EA 3DBPA 1FCBA 3C2FA 3NL6A 4Q4KA 2NXIA 3LXAA 5IM51 2IQTA 2WPBA 1WDWA 2X1TA 3INPA 3RK8A 2WSQA 3DFPA 4UTJA 5DLCA 4PH6A 5HR6A 1OFPA 2WNZA 3NPWA 2R14A 5BRBA 2CLFA 1W56A 1PS9A 1KTNA 1OFDA 5D2VA 3W87A 1J5TA 4HT3A 4XBSA 1VQTA 2P0OA 1XL9A 4XTDA 1OJXA 1SZNA 2YW3A 4MZYA 2FQIA 4XBKA 3W1RA 1JQVA 3BG3A 4WQ6A 4DF1A 4TR9A 2LLEA 1VCGA 1TO3A 4GE8A 3LB0A 1GYNA 3RF9A 3JR2A 1TPC1 4NJGA 2ZZ6A 3TA6A 1X1ZA 4LW7A 1M7OA 4B5NA 4JNMA 3Q94A 4P61A 2A7NA 4IX0A 3LBMA 1TJRA 3PWAA 5DN1A 1XI3A 2CZ5A 3HPXA 3G1YA 3TU9A 2F84A 1ZENA 4UIOA 2YW4A 3P8IA 2A0NA 3L5MA 2A2IA 4OV4A 5G2WA 2BLEA 2V5BA 3DFNA 3I7SA 4JY9A 2YDAA 4CNPA 4GWEA 2A21A 1ICPA 4AB4A 2QCMA 2YGYA 3GDMA 3LV5A 1XKYA 2RFGA 5EPDA 4JTSA 4AWTA 4DO6A 1I2QA 5J5DA 4O4VA 1W5NA 3E49A 5D30A 4Z1DA 4UTUA 4LY8A 3C56A 3IVUA 1ME8A 2PRHA 1QWGA 3STGA 4PODA 3ZR4A 3HGSA 1H1YA 2W0UA 1FQ0A 1OX6A 2DZXA 2H3BA 1O95A 3W83A 4DF2A 2W79A 4IPJA 4JTIA 3W7PA 3TUUA 5AYXA 4XKYB 3LHUA 4GUGA 4ADUA 3QH2A 4DBEA 3M0ZA 1P4CA 5C5YA 4O18A 3PBYA 4S2BA 3B06A 4UFJA 2HS8A 3O07A 3STEA 3GYEA 3GNNA 1ZALA 1YTKA 3EWUA 4FNSA 2C0AA 3UQNA 3ZFHA 2BSLA 4IOTA 5L9FA 1I2NA 1O5KA 1QR7A 1TPWA 3O6CA 4I9AA 1B57A 2GJNA 4O16A 1FXQA 4C1LA 3BGGA 4JYEA 2Q3OA 4N6FA 5F2IA 1R30A 2WJZA 3CTLA 1K03A 2BX7A 1WYIA 5AHIA 3CWNA 2RDWA 5FF0A 1LORA 3SJ3A 1TMHA 3NEVA 2EPHA 1VHCA 1ADOA 2ZRZA 4OBTA 3TK7A 4NX5A 1IIHA 5D2XA 3QFEA 3W7JA 2C16A 1OFQA 1TTPA 4MLRA 3W7GA 3G1AA 1VYRA 3A22A 3BLIA 2ISSA 2WOQA 4E2BA 1GYLA 4TIMA 4UNLA 1NSJA 4LVFA 4NZJA 3GKAA 4RX0A 2ZZ5A 3C0JA 4PL2A 4K36A 2DP3A 1LOQA 4OT7A 1TTJA 2GVGA 1Q6RA 3OHIA 4WY0F 3TFXA 3T44A 5FF2A 2X16A 4ADSA 3U8GA 4HHPA 3S5YA 2QUVA 5KINA 4TO8A 3H55A 1NF7A 1ZNNA 1XDMA 3UWYA 3TXVA 3OIXA 2CLLA 2ZFAA 3W1LA 5K9DA 2XN1A 2Y63A 3A21A 1VS1A 1H61A 3M43A 5C2XA 3T4CA 5CZSA 2ABAA 4O1CA 3EB2A 4OHQA 1XXXA 2DZSA 1TV8A 1SO4A 4MY8A 3TJXA 6ALDA 4FNPA 5BW6A 4PCFA 3BLEA 5D38A 3UWWA 4RZ6A 2WSYA 3H54A 3FKRA 2ZRVA 3U2OA 4MYAA 3THQA 4K8HA 2QJHA 5AHNA 4UR7A 3M6YA 2D73A 4ML9A 4JTLA 1B4EA 2VEIA 1B4KA 3NZ1A 2H3DA 3KFTA 4UCGA 1TREA 2QR6A 3LRLA 1ZAHA 1V5XA 2RHGA 4FNTA 4NJKA 3BO9A 4UTLA 4JDBA 3N14A 3GVGA 4UMAA 4IXHA 4JTHA 4R34A 5HQEA 3MUXA 3LDVA 4K37A 1YPIA 4AHOA 1PCWA 4GFSA 3WFAA 1Q45A 4LS2A 1S5WA 1H7WA 3G3DA 3EWXA 5BMWA 2YFOA 3BK0A 1S3HA 3O06A 3QMSA 5HUOA 1LRQA 3W7MA 4N9DA 2YYTA 4NNAA 4BK9A 1BEUA 4KKXA 3L0NA 1H7OA 3DI1A 1MSSA 4WZHA 2Y6ZA 3NQMA 1HFBA 4IPIA 4KWVA 4BWLA 4FXRA 2E09A 1PHQA 1OFEA 3UYCA 4CNOA 2VFHA 3DENA 3L68A 3L21A 4QSHA 4QAIA 3LHYA 2Y88A 2ZBTA 3SR7A 5FI8A 4NXKA 3EXTA 4AEOA 1O4UA 3W07A 2E6DA 4CQ8A 1YADA 1SW3A 4K7YA 2ZRYA 1VZWA 1PCKA 1YDNA 4I7WA 1X7FA 3WK2A 2WNNA 7TIMA 4JD4A 2QJGA 3MP4A 1KM2A 3LCFA 1H1ZA 5F2LA 2PE4A 3E9AA 3LLDA 1FWWA 1RVGA 4ZQPA 3P7YA 4O10A 1EA0A 2VFGA 3C2RA 4HNUA 4DQWA 1QPNA 1YDVA 1SW7A 4UXDA 3W2LA 2V30A 2JKAA 5CGQA 2VKZG 4LNYA 1THFD 1H7RA 3DFTA 3QSRA 3IVTA 4GNJA 2VC6A 3THAA 1H62A 1QPRA 2CLOA 1TSIA 4R7JA 4DEFA 3EWZA 1KTBA 3P8JA 4U28A 1BTMA 1DQWA 2NLIA 4FNQA 1BWKA 4ZQCA 3TMQA 4I7UA 1Q6LA 4FNRA 3HG5A 4UFKA 4JTGA 1WAUA 1R46A 4FEZA 5AHLA 2TPSA 5F4XA 3C52A 5D32A 3M47A 3G22A 3GLCA 1A5SA 2VOMA 2XN0A 4NVTA 4JTFA 4GUFA 3ABOA 3CEUA 3P5YA 3HG4A 2C19A 3P67A 3PAJA 4QM1A 1VCFA 1U83A 4PC8A 5FF3A 3W3OA 2R91A 4JGDA 4TMBA 1MXSA 5CZ0A 3CPRA 1G69A 3B0PA 1Y0EA 1C8VA 4JYDA 2QCHA 2NUYA 1VLIA 3IV3A 2DORA 3QYQA 1XUUA 2QCEA 2Z6IA 4IUOA 1UB3A 3N2XA 2VEPA 3I7QA 3R13A 1YTEA 4MY1A 3W85A 2VFFA 4RKAA 3NR0A 3HPSA 2GPTA 3NNTA 3EWYA 2Q3RA 2ZZ4A 3KX6A 3EXSA 2RH9A 4XUGA 2I9EA 4CQ9A 3G1XA 1LP6A 3KRSA 3MI3A 5F4WA 4J9JA 3I7RA 3I6RA 3IGSA 1ME7A 3TR2A 4R53A 3STCA 4NXSA 4Q32A 4ONVA 4MKNA 3PBVA 4RXFA 1JUBA 5G1TA 3BG5A 1TQJA 3NVTA 1E51A 3HB9A 3SZ8A 4K7VA 3T55A 4DBDA 1K7FA 2OT0A 5AB3A 3D0CA 5CG7A 4FNUA 4NNCA 1KFEA 1K02A 2Y7EA 5FF7A 5HR7A 3UPWA 2ZRUA 1GOXA 1VGAA 4MFEA 1W37A 3ATZA 1PIIA 2OMAA 1W3TA 1ZJIA 1I2PA 2YYUA 3QMTA 4FX8A 4JTUA 1XBVA 1TRDA 4E38A 3LCGA 3LI0A 1T0OA 1W3NA 1MEHA 4YCOA 3AO0A 1EPXA 4E0CA 5HWJA 2ATSA 4BI7A 1ALDA 4HNNA 3TC6A 1LCOA 1KV5A 1YXCA 2CWNA 2E1DA 3UY7A 5AC8A 3E02A 4JTJA 2A85A 1W5PA 1JRCA 1OK4A 4NUWA 2NUWA 4CCDA 5HMSA 4ZMGA 2Y62A 4WY0B 1P0KA 3GR7A 3G18A 2EF9A 3N3MA 3M44A 3V75A 3CM4A 5EYWA 3TJLA 3DFSA 3W2UA 3F4NA 3IGUA 3TC7A 5LHEA 3KHJA 4IMFA 1QMLA 4CQAA 1F05A 3MI2A 4EOUA 3M9YA 3NPUA 3P82A 3MHUA 5LGZA 3SGUA 3F03K 3LX9A 2TMDA 3LBCA 3LGEA 1VC4A 2C15A 3W7OA 3S1XA 5FESA 1LRTA 5FEPA 1DV7A 2C13A 4RCXA 4GC4A 4UTTA 4YMZA 1X6UA 3M16A 3M1ZA 2Y7GA 4KFNA 4N9CA 2JBMA 1QDSA 3MYOA 4FF7A 1LLWA 1I2OA 3KVJA 2Z6JA 1J4EA 3I65A 3CC1A 5CSRA 2I1OA 2NX3A 4GUJA 3Q58A 1TV7A 4NU7A 1CI1A 1KFBA 2DZUA 3QPYA 5DCBA 1S5VA 3CLMA 4Z08A 2H6RA 1W31A 3TCEA 3FS2A 4LV9A 4O1DA 3S0CA 4K39A 2ZRWA 4H6KA 3MI6A 3SECA 3CIWA 3PG8A 3P80A 4HSOA 3C2VA 2H90A 4JIQA 2HS6A 1GPWA 3HQ1A 3TQ0A 4FB7A 1ZCOA 2JK2A 3TKFA 3W2KA 4RK8A 5EKYA 3RLUA 3S9YA 4XWUA 1O5XA 2B4GA 5G4EA 4S2CA 3DFQA 4QQ3A 5LHFA 5D03A 5AYZA 5IBXA 1FWRA 3NQ8A 2CW6A 3G1DA 3LV6A 5KZEA 5HJLA 1N7KA 1DQXA 3TAKA 1AW2A 5G4WA 3W7KA 3ZS4A 1VYSX 2VEMA 3DKLA 1OYCA 1HG3A 4HIBA 5KMYA 4AAJA 4E2DA 3W6YA 5MHBA 1W0MA 4A29A 4JTEA 5K9CA 3GK0A 1F2JA 5I3GA 1V7YA 3NA8A 3C2OA 1LLZA 1W54A 2G5WA 4HSNA 4Y9AA 1K8XA 3FYPA 3W75A 1VCVA 5F1UA 2E5CA 1JVNA 2HTMA 1YXYA 3W7QA 3W1NA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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