1HP4 | Genus

Total Genus 189

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	189
sequence length	499
structure length	499
Chain Sequence	DRKAPVRPTPLDRVIPAPASVDPGGAPYRITRGTHIRVDDSREARRVGDYLADLLRPATGYRLPVTAHGHGGIRLRLAGGPYGDEGYRLDSGPAGVTITARKAAGLFHGVQTLRQLLPPAVEKDSAQPGPWLVAGGTIEDTPRYAWRSAMLDVSRHFFGVDEVKRYIDRVARYKYNKLHLHLSDDQGWRIAIDSWPRLATYGGSTEVGGGPGGYYTKAEYKEIVRYAASRHLEVVPEIDMPGHTNAALASYAELNCDGVAPPLYTGTKVGFSSLCVDKDVTYDFVDDVIGELAALTPGRYLHIGGDEAHSTPKADFVAFMKRVQPIVAKYGKTVVGWHQLAGAEPVEGALVQYWGLDRTGDAEKAEVAEAARNGTGLILSPADRTYLDMKYTKDTPLGLSWAGYVEVQRSYDWDPAGYLPGAPADAVRGVEAPLWTETLSDPDQLDYMAFPRLPGVAELGWSPASTHDWDTYKVRLAAQAPYWEAAGIDFYRSPQVPWT

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

molecule tags	Hydrolase
source organism	Streptomyces plicatus
publication title	Crystallographic evidence for substrate-assisted catalysis in a bacterial beta-hexosaminidase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	BETA-N-ACETYLHEXOSAMINIDASE
total genus	189
structure length	499
sequence length	499
ec nomenclature	ec 3.2.1.52: Beta-N-acetylhexosaminidase.
pdb deposition date	2000-12-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00728	Glyco_hydro_20	Glycosyl hydrolase family 20, catalytic domain
A	PF02838	Glyco_hydro_20b	Glycosyl hydrolase family 20, domain 2

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	1hp4A01
3.30.379.10	Alpha Beta	2-Layer Sandwich	Chitobiase; domain 2	Chitobiase/beta-hexosaminidase domain 2-like	1hp4A02

1GQJA 5D8ZA 1HX0A 1B9ZA 1MQRA 4UQCA 3QHOA 4AIUA 1ISWA 3GNPA 5AC5A 1QW9A 2YBTA 1C7TA 3ZM8A 1E4LA 4ZE5A 2ZWYA 1GNXA 3KL3A 3WQ5A 4MJ4A 4GKLA 2A3EA 1OD0A 5CGTA 2D20A 4MB4A 4M80A 4H2CA 4S3JA 1J10A 2EPOA 4W84A 4AEEA 3N1AA 3WDPP 4B16A 3OLGA 4PTMA 2PB1A 3AS0A 2J79A 2Y2WA 4OUEA 1JGIA 1JNDA 4NRRA 2G3IA 2JALA 3KL5A 2WMKA 2J7FA 3CZEA 1UH4A 1M01A 3EBVA 3OZOA 3TTSA 5AYIA 1UA3A 5A8PA 4EAMA 2CBUA 4UR9A 3BSHA 4L4OA 4P8WA 4JKLA 1HJQA 2CBVA 3M07A 3WF0A 3IJ9A 1UWQA 3WD0A 3KL0A 2Z1KA 4TVDA 3SCVA 1AQHA 1E0XA 1JZ4A 2CKRA 4XZWA 1KR1A 4GZIA 3EMZA 4ZE4A 2XUCA 1PZ2A 5FL0A 4B3KA 1JI1A 3VIOA 3KEHA 2W66A 4D6HA 4ZXLA 3MS8A 3AROA 2PWGA 3RM4A 5M17A 4WJXA 1KFWA 4M56A 3BAXA 3RO8A 2XGIA 4PSRA 2ZWZA 5C8BB 1TA3A 3L2MA 1JZ8A 1LL7A 3RIKA 3J7HA 4Z2HA 4MNLA 4UFHA 1N82A 5IFPA 4AD5A 1K9TA 2OSYA 1JAEA 1BYDA 4Q22A 1I75A 2UY4A 1MQQA 2WCGA 1B3WA 4ZEPA 4PYSA 2ZXDA 1XSJA 1PIFA 5CGMA 2DDXA 3AMLA 2VT0A 1VJSA 1E6QM 3N04A 1MVYA 1UWTA 1CNVA 3T09A 5A1AA 3ZT7A 3SUUA 3ARUA 4P8XA 1LJYA 3U7VA 2W67A 3EMQA 5AYBA 1CGYA 1H0GA 2NT0A 2D23A 3PTMA 4F9JA 3UESA 3ZT5A 1UD5A 4C91A 3AIVA 4D6GA 1J0YA 4ZXOA 4BS0A 1JYVA 2X05A 3WNPA 2WBGA 3U5YA 3AHTA 2VL4A 2WVVB 2QPSA 4U31A 3SCSA 2OYLA 1UD6A 3FHAA 3VM7A 2BY2A 2ZXAA 3VM5A 1VF8A 1W9XA 3APGA 3CHEA 2WMJA 1CGTA 3LPGA 3WNLA 4YPJA 1JZ6A 3U7BA 4OIFA 5IHRA 2XJ7A 4X9YA 2YLLA 4W89A 3M6DA 1C8QA 3AHZA 1VBUA 2EBNA 3CLWA 3PZVA 3AXXA 4J3TA 4KH2A 4DWSB 3CPUA 5A8QA 4W7VA 1JZ7A 3CZGA 1W2VA 4TVUA 1XD0A 6CGTA 2WKGA 3VDHA 4WSKA 1WKYA 2V3DA 3OGVA 1BVNP 3MSDA 3VIGA 1L8NA 3GBEA 2DT2A 5KZ6A 1RD6A 3BAWA 1UR1A 4D6JA 1V0NA 3L4TA 2GDVA 2WCAA 2E4TA 5IDIA 4A3HA 3F4VA 4J3XA 4CCEA 1EQPA 1VENA 1EA9C 2WMIA 3U57A 1QBBA 4GINA 2BVTA 3PHAA 1E3ZA 2V3EA 1W1TA 1NWUA 2WB5A 3IJ8A 4GO9A 2B31A 3VDAA 3AXHA 3BGAA 2AMGA 3SCPA 1VFOA 3SUWA 3VGFA 5HOSA 2YL5A 4P7QA 1MFVA 4AIOA 1TVPA 1H41A 4E2OA 2V38A 2C7FA 1QI4A 1ZU8A 1OGBA 4OOUA 1PX3A 1XSIA 3W37A 1E73M 3T2OA 2E9LA 1OWQA 2YDRA 1ZS2A 3A47A 3ZQ9A 2DQXA 1EH9A 2CXGA 4QDMA 3WQ6A 2UY5A 2XFFA 3PZUA 2XVLA 4C7GA 1CXLA 4UFLA 3CO4A 4HOXA 5E9AA 3AFBA 1DWIM 4Y7EA 1OD8A 3WUBA 3NDZA 5AC4A 2GFTA 3VIKA 3G6LA 4BZYA 3EDDA 2J7EA 3SCWA 3W82A 1IZJA 1L0PA 4YHGA 4H8VA 1JF5A 5F7UA 2YL6A 4KRUA 1Y7VA 4MTVA 1GW1A 3VIJA 1UWUA 4B9YA 3TTOA 1I1XA 1VFMA 1GOOA 1ZJAA 1NM9A 3ZIZA 3MANA 2ZUWA 3IAQA 4OJYA 1KQZA 2CBJA 3EDEA 1WO2A 1MXDA 3ARVA 4JKMA 1UUQA 3AXIA 4JZ5A 5D9PA 4M8UA 3E1F1 1H49A 3OLEA 2EEXA 2XM2A 3AYRA 3D5HA 3VIHA 4GQRA 2MANA 1DTUA 3ZSSA 1QPKA 2PWDA 5ABHA 2CHNA 4OBSA 1MFUA 1GZJA 1C90A 2G3JA 1OIFA 2ZX6A 1J0JA 1HJUA 5CLWA 3MSGA 3K8LA 3RMEA 4C90A 1V08A 2OWCA 2FHFA 1LWJA 3OLIA 1FH7A 1UR0A 3WFLA 1ZBKA 1M03A 1KBKA 2DSKA 2OYKA 1V3HA 3WDJA 1V3KA 1C8YA 4BQ4A 2J7HA 4MNKA 3F5KA 3T2QA 2F2HA 2VC9A 1J12A 4QLKA 2WSKA 4S3KA 3BSGA 8CGTA 3UEQA 2CKSA 4XV0A 1KR0A 1TMQA 1E6SM 1W91A 2VNCA 2J25A 4PUDA 2CCRA 3N18A 4HZ6A 1E9LA 4P7NA 4AZHA 1US3A 1EHAA 3PZIA 1TZ7A 2OYMA 3TA9A 4DUWA 2F8QA 1E6RA 1FOBA 2WXDM 2D3LA 2XIIA 4KGLA 3CHFA 1H0IA 4ACYA 1MWOA 1QBAA 1V0MA 2JIWA 3OG2A 2O9RA 3SUVA 4XZBA 4YHEA 1NOFA 4TX6A 4Z2LA 4BQ5A 2VZVA 4HMEA 1UD4A 5DT7A 1HKMA 2BXZA 1M04A 4PTVA 2WAGA 3VD3A 4Z2IA 4J3WA 1G94A 1KXHA 3F5JA 5A8NA 1XD1A 1UR8A 2WHMA 3PTQA 1R86A 3LPFA 2FH8A 5E09A 3VILA 2VVSA 3HMCA 3W24A 4MNJA 1UYQA 5A8MA 2WLYA 3BCFA 4EKJA 1XH0A 3UETA 1A3HA 3W53A 3RILA 2C0HA 4CD8A 1IV8A 3BH4A 4PMNA 1C91A 4F79A 3ARSA 1V0LA 1V3IA 4W5UA 3VOCA 1KXTA 1B90A 1ZB5A 2J7DA 1OGGA 2EO7A 4IISA 4AC1X 2HISA 1BG4A 1GPFA 4JFUA 4PMYA 4GI6A 4W8AA 3GNOA 4D1JA 3ZSTA 2CYGA 4J3SA 3SCTA 4B3LA 5A94A 1RP8A 3VUPA 3VGEA 3DHUA 3ZJ8A 4CCDA 1E6ZA 1JFXA 4GO8A 1KWGA 3K8KA 1W1PA 1OSEA 2D2OA 2YDQA 2E9MA 3W6LA 1WZLA 1YHTA 2WBKA 2W5FA 1UKOA 1LQ0A 3L4VA 3AMCA 1JDDA 2ZUUA 2JE8A 2FHBA 1V3JA 4DWSC 5BXSA 3CBWA 5FCZA 4W8BA 3AI0A 4ZFMA 4EE9A 5E6YA 4D72A 2VX7A 3VINA 2PC8A 2VX5A 5E0CA 5A6KA 4CCCA 1GOQA 2VCCA 4UOQA 2C8NA 2OSWA 2VX4A 1H4PA 1JZ3A 1X6NA 3W25A 4PTXA 1Q6CA 1AVAA 1DEDA 1FFRA 4H41A 3WEZA 1J0ZA 1Q6FA 3AISA 5A3HA 2J4GA 1BFNA 3GH4A 3N17A 2XVKA 2WSPA 3AMKA 1KB3A 5BROA 5A6LA 2GK1B 5BRQA 1ECEA 2QMKA 2DSUA 5ABFA 1SMDA 4AZ5A 3WMSA 3AMDA 1Q6EA 3RDKA 5E70A 5AY7A 4JAWA 3CMGA 3RJXA 3WD4A 4GIAA 3NSXA 3BC9A 4LX4A 2VRJA 4H8UA 4UNIA 1GQKA 1ISZA 1IT0A 4F9DA 1X6LA 4Q7NA 5I77A 3L2LA 3W27A 1JNEA 4FF5A 4PMVA 1XSKA 3RCNA 1MXGA 3CH9A 5GNZA 3T0DA 2GJXA 1DWGM 3BCDA 4CU7A 3W38A 1AQ0A 1XCWA 4JL1A 4KWUA 4H04A 1HIZA 4AZ6A 1HJSA 5M3WA 4GI9A 1UG6A 3IJ7A 1D2KA 5BRPA 4FLRA 1O7AA 2Y5EA 2DH2A 3CUJA 3HJEA 3QGVA 4AEFA 4E4PA 2DSZA 4JIEA 3O6AA 2J7BA 3MV11 2O9PA 1BLIA 4NSBA 1TCMA 5I78A 3BAJA 4HA3A 3II1A 3EYPA 3THCA 1V6XA 2W63A 5DEZA 1Z32X 2WMHA 4L4PA 1FP9A 4UZSA 1XCXA 2ZE0A 4CUCA 4LGXA 1V3MA 3CUIA 2PWFA 1PIGA 4JFWA 2FH6A 4P8UA 3VVGA 3SCNA 4BF7A 1E56A 3CUHA 2XG9A 3I3BA 4WKAA 3G6MA 2GSJA 2VZTA 3UERA 1CXKA 3K8MA 3WL0A 3VMOA 1OT1A 3TOPA 2WZHA 4QCEA 4A3YA 1ZL1A 2QMJA 3N9KA 3VO0A 1E5NA 1VB9A 4CU8A 4H8HA 1ISYA 1ODZA 1NQ6A 2ZXBA 4WSJA 5DFAA 4ACZA 1W9DM 3MV01 1QI3A 1DWFM 1WZAA 5GNXA 3VKKA 4HPHA 3NDYA 3PZGA 1EOKA 2YA0A 3FHQA 2QV4A 2GVYA 1CGXA 2WWDA 1MW0A 1EO5A 4NF7A 3UCQA 5FD0A 3AQUA 1ODUA 2IUZA 3A6OA 4AZCA 1W3JA 4BCEA 1W9PA 3ZMRA 3GTNA 3AZTA 1MW3A 1GVYA 4UFJA 2J7CA 1H11A 4GZEA 1EOMA 4C7DA 4JKKA 4YN5A 3FXYA 5A6JA 3GNRA 3TP4A 3MUAA 4J27A 2WPGA 1E3XA 4PCSA 4X0NA 1W3LA 3L4ZA 1XYZA 3IAPA 1BPLB 4TUFA 1E6NA 5JUVA 5M5DA 2VZUA 4Z2GA 3DHPA 4D1IA 1HP4A 3GH5A 1GONA 4UQEA 4CN4A 4B15A 1B3XA 3EDJA 4J28A 2W92A 3BMWA 4J3VA 1PAMA 2BY1A 4OBRA 5GNYA 2XTKA 1JYXA 1B3VA 2RGMA 2WC4A 5HDRA 1GORA 2NW0A 1FH9A 1LL6A 4MDOA 2BHZA 2J75A 1UR2A 5I79A 5HNNA 2X1IA 3FN9A 5EFFA 3VD4A 2DSWA 2EPKX 4FK9A 3VIFA 3WD2A 1UD8A 5DF0A 3WH6A 3CZJA 2ZUSA 2J78A 4M82A 4MB5A 3T0BA 1EIBA 1UQYA 2BXYA 5DMYA 1C7SA 4NRSA 3AHYA 3WNMA 4BQ2A 1ZBCA 5I23A 1ITXA 2YJQA 4AZBA 1K9EA 4UQBA 2XPKA 2CBIA 3S2CA 1W32A 1RP9A 1K9DA 4N42A 3LPPA 3O9NA 1CGVA 2E3ZA 1CGWA 4UZUA 3WH9A 5E0FA 4AW7A 1AQMA 3CUGA 3IANA 5BXRA 3L4UA 2XM1A 2G4FA 5C71A 4D6DA 4MAZA 1JG9A 2X2YA 1CZ1A 1DP0A 3D3AA 2YL9A 3UG4A 2DIJA 1EDGA 3POHA 2BS9A 3ZJ6A 1R85A 1IZKA 4RE3A 3VMPA 4HP5A 1UA7A 2A3HA 2VRKA 4AISA 3SCQA 1WDPA 5ECUA 5LYRA 2J8GA 3SUSA 1E43A 2VQTA 1QVBA 2EJ1A 4HMCA 1HVXA 3RM9A 1QNQA 1KWKA 3WKZA 3ZR6A 1CGUA 1QI0A 2OSXA 3AZRA 1O6IA 1JXJA 2UY3A 2WK2A 3L4WA 1UKPA 4IPNB 4M29A 5D9MA 5I5RA 1HJXA 1PJ9A 1OGSA 2JF6A 4MB1A 3POCA 1QNOA 3CZKA 2ZUVA 4JFVA 5IXEA 3HU7A 3VU2A 1QW8A 1C8XA 1WCGA 5JIPA 3AIWA 2DH3A 1M7XA 1SMAA 2FHCA 2XVNA 3DYMA 2E0PA 2UY2A 2YA2A 1QNRA 2V5CA 5CQ1A 4JFSA 1V6VA 1US2A 4DUXA 4RE4A 3CIVA 3WDQA 2Y24A 4E8DA 5CZKA 1DWHM 2E9BA 2JEQA 5FL1A 1OM0A 1E1EA 5CPQA 1GVIA 1XHGA 4PMUA 3VDBA 1FFQA 3FW6A 3PZNA 1WPCA 4JL2A 1R87A 1X1NA 4P7OA 2WWCA 1UQZA 2WVTA 1QHZA 3OGRA 4HU0A 3OA5A 2WANA 4WF7A 1ISXA 1QNPA 5CSYA 3ZOAA 1F4AA 1NP2A 4U3AA 1UWSA 1HKIA 1FHDA 4ATLA 3GXMA 3K46A 4UQAA 1BQCA 1KBBA 2D3NA 3WN6A 3WQ4A 1QNSA 4PTWA 1HKKA 3A4AA 4XX6A 3WDHA 2XVGA 5E6ZA 1OBAA 1F4HA 1VEPA 4P8VA 3KWXA 1H1NA 4LPCA 1BVZA 1GQIA 3KZSA 1QI2A 1WNOA 3ARYA 3CZ8A 5IHSA 2VMFA 2G41A 1QI5A 4AD4A 4W7WA 2WZEA 3CHCA 4PUEA 3SCRA 4JHOA 3NYDA 3LPOA 1EDQA 2EQDA 3RM8A 3NCOA 3ARPA 1NP0A 1UHVA 2D0HA 3OB8A 4UOZA 1E15A 1CWYA 4HMDA 4M1RA 4U33A 3VGBA 4N0RA 1E71M 2DEPA 2XSBA 5CG0A 2EXOA 1E55A 3PZQA 4PMRA 4GI8A 2DT3A 5C70A 3ARQA 3EMCA 5A6MA 3QOMA 4JHZA 2BHUA 2WVVA 1TG7A 3WF2A 2VZSA 2VUYA 3MMWA 2IXVA 4FLOA 1TA3B 3W0KA 3RPMA 1BYAA 2EPNA 1HF6A 4IPLA 4WIWA 1UD2A 1WDQA 2OLHA 2VJXA 2AAAA 3L4XA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 2CIP A;  1DWA M;  4JFT A;  4HPG A;  5BYW A;  2ZX8 A;  5M03 A;  5JBF A;  4QCF A;  2DT0 A;  4D6F A;  4UQ9 A;  3OLD A;  4EK7 A;  5KEZ A;  2A3B A;  3FND A;  4AZ7 A;  2EPM X;  3BLK A;  1HL9 A;  1V0K A;  2GDU A;  3OBA A;  4LYP A;  1JYN A;  1BYB A;  3PZT A;  2J8F A;  4PN2 A;  1K6A A;  4ACZ B;  2D0G A;  3SCU A;  4GZJ A;  3WBA A;  1V02 E;  3WIJ A;  1XYF A;  4E8C A;  1OT2 A;  3BMV A;  4MJ2 A;  4TTU A;  1HT6 A;  1XV8 A;  5A69 A;  5BCA A;  3EDK A;  1H09 A;  5FIP A;  4AZC B;  2WZI A;  2PI6 A;  4NZC A;  1B3Y A;  4GXP A;  1K9F A;  3AIB A;  3B9D A;  2J74 A;  5GQB A;  4D6I A;  1BG9 A;  5CPS A;  4AD3 A;  3T2P A;  1EDT A;  4Z2K A;  1W9V A;  2QLY A;  2D22 A;  3MO4 A;  4W5Z A;  2DSV A;  2FGZ A;  3VNZ A;  2VR5 A;  1HJV A;  1LG1 A;  1FA2 A;  2W62 A;  2AOS A;  4FLS A;  3ARR A;  1EO7 A;  1VIW A;  1BAG A;  1V3L A;  4AD0 A;  1TUX A;  1MYR A;  3QHN A;  1R7A A;  3MMD A;  3PZ9 A;  1XGZ A;  2ZOX A;  1CXH A;  3ARW A;  3BAI A;  3HN3 A;  4HA4 A;  3B9A A;  5EFD A;  3GDB A;  3NSM A;  1RH9 A;  2PF0 A;  2E8Z A;  2GJR A;  1GJW A;  1JXK A;  2ZIC A;  4CVU A;  3ZO9 A;  1HKJ A;  2XWD A;  2XYL A;  1GHS A;  3ARZ A;  1UKT A;  1PZ3 A;  2VR4 A;  4V27 A;  4CGT A;  4AZG A;  4ATD A;  4UOJ A;  3EDF A;  1R7O A;  2XFY A;  1WAW A;  4P7R A;  4HTY A;  3GBD A;  1YQ2 A;  2VI0 A;  1E4M M;  1ITC A;  3WQW A;  5ABE A;  2WHL A;  5D4Y A;  3ZJK A;  1UWR A;  3QR3 A;  5A6A A;  1J11 A;  3ZJ7 A;  1UKQ A;  2CNC A;  3WEO A;  1M53 A;  3AHV A;  3PN8 A;  4MPK A;  2O9T A;  1DHK A;  1V6Y A;  3VMN A;  1SFS A;  3VD7 A;  2V3F A;  2QHA A;  4W7U A;  2TAA A;  1J9Y A;  1C93 A;  1VRX A;  1WDR A;  1CLX A;  3ART A;  4KRT A;  1GOW A;  1W3H A;  4U5K A;  1WB0 A;  1P6W A;  5A2B A;  2D1Z A;  5JBE A;  3FY1 A;  3GH7 A;  2QPU A;  2E8Y A;  4JCM A;  5LA1 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1HP4A

Total Genus

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Chain Sequence

Structure visualization

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