3W07A

Atomic resolution structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanothermobacter thermoautotrophicus bound with ump.
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
215
structure length
215
Chain Sequence
VMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Methanothermobacter thermautotrophicus
publication title Atomic resolution structure of the orotidine 5'-monophosphate decarboxylase product complex combined with surface plasmon resonance analysis: implications for the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus 83
structure length 215
sequence length 215
ec nomenclature ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date 2012-10-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00215 OMPdecase Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3w07A00
3ATZA 4UTLA 1RV8A 2DORA 2QCCA 4UR7A 3NVTA 3FIGA 2GVLA 3EKZA 5D38A 3TSBA 1FQ0A 3I7QA 1UBSA 5IM51 4X22A 2A85A 1JR1A 3I6RA 3W73A 1EUNA 3LCFA 1H7OA 3R12A 1LRQA 2P0OA 2OJPA 4EIVA 1YDVA 4O4WA 5FF4A 3W7CA 3DFTA 2QKFA 1Z44A 1XDLA 4O19A 3QFEA 3NM1A 4O14A 2RDWA 3W7OA 4TX9A 3MJYA 3GYEA 1W3IA 1SU5A 3QQ1A 4JTFA 1FDJA 4RZ6A 3GDLA 3WK3A 4IX0A 3S9YA 3HMJG 5D09A 1LLZA 1XBZA 1F74A 3SZ8A 1QPQA 2E6AA 2Y88A 3BVJA 4O12A 5A5WA 1OHLA 3W1RA 4AAJA 3LCXA 1D9EA 1G4TA 1YDNA 4RXFA 3DFPA 1H7XA 3M5YA 5CZTA 4Z1BA 4LT9A 4H6KA 3CTLA 3RLUA 3OVPA 4LUIA 3MI6A 4O1CA 2CLFA 3P61A 1ZCOA 4Y9AA 1SZNA 1I8JA 3VI2A 1LRTA 3EWZA 1JRCA 4GUIA 1LM1A 1OF8A 2WOQA 3FKKA 4JTHA 2A21A 2YDAA 4ADTA 3SFKA 4UMBA 3LHWA 4K7YA 3U8GA 4JDBA 2J6XA 5CPNA 1L9WA 3BGGA 3W7JA 4O53A 3QYQA 4MZYA 2ISVA 2ZQ0A 3HPXA 2H8XA 5FI8A 1R46A 5EY5A 1TV8A 2PRHA 1F73A 3PBWA 3RLVA 1G4SA 3DI0A 5IBXA 5F1UA 3NZ1A 5HUPA 1P1XA 2ATMA 3QH2A 7TIMA 2OMAA 1FCBA 3LRLA 1YXYA 3W7RA 3CPRA 3OVQA 1H63A 3O6YX 1Y0EA 2CZFA 3O6CA 4MLRA 3D0CA 1OFEA 5FEPA 1RZMA 1R2RA 1UJPA 1MZHA 2NUWA 1S5WA 5L6UA 4HNUA 3EXRA 1RR2A 4R53A 3UXAA 4Q4KA 3W88A 4HPJA 1BWLA 3G1FA 1P0KA 5T26A 2H3DA 4BWLC 3BARA 4BFAA 3L21A 2RKXA 5F1VA 3IVUA 5E0KA 3P67A 4NUWA 1SSGA 2AQWA 4BI6A 4ZQOA 1DORA 1TO3A 1EB3A 1XDMA 4QIUA 5EPDA 3OEXA 2NLIA 2GJNA 3R89A 1OFRA 4AHOA 3LI1A 2C13A 3UWZA 1ZJIA 2ATSA 1G6CA 2DZSA 2VKZG 1DV7A 3ABOA 1Z41A 3W87A 4YMZA 1O5XA 5AYXA 1TQJA 3MWAA 4TMBA 4HKPA 5EYWA 1QNVA 2B7PA 5TQLA 1SFLA 3HGJA 1GEQA 2V81A 5K4XA 1TV7A 2H90A 5BMWA 3HBLA 4JX6A 1JULA 2E68A 1ZALA 4PA8A 4RCXA 1XKYA 2B7NA 4NNCA 1JCMP 1VH7A 1T0OA 1M7OA 1C8VA 1KW1A 3M5XA 5D2TA 1L6SA 4K36A 2LLEA 3A5VA 5L9FA 5FF7A 5DY2A 3O8AA 4MFEA 4EWND 2CLMA 4HT3A 3T44A 1D3HA 1DBTA 2Y70A 3NEVA 2GQAA 4DO5A 4DEFA 1UASA 4A29A 3QW3A 1O4UA 2CLEA 5J5DA 2ZZ7A 4ZQMA 1VC4A 4NNBA 4GE8A 3R8RA 3P5YA 1YYAA 1AL7A 1UUMA 5D2YA 2ZRWA 3HJZA 2JKPA 1OX6A 2NXHA 3C2VA 2ZA1A 3LLFA 1O60A 4X2RA 4MY1A 2FTPA 3HO8A 1EWEA 2NV1A 5FEWA 1JUBA 4HN4A 1PHWA 3E49A 1IF2A 2YW3A 1ME7A 4GNJA 4NXSA 1DHPA 4LU0A 5CPMA 1S3HA 1F6KA 1G67A 1VGAA 2WQPA 3DI1A 3S1VA 1QPRA 5DCEA 1Q6OA 1W5NA 3OA3A 3W1TA 3M0ZA 3TXVA 3GXTA 4MOZA 2H3BA 4I7VA 4K8EA 1FWSA 3P8JA 3UD6A 4N9BA 3NGJA 2NWRA 3BG9A 1PHQA 2ZRUA 1QO2A 3KRUA 4EOUA 4N6EA 4A2RA 1ICSA 3F4WA 2BXVA 4PEKA 1YLVA 2F84A 1N55A 4UCGA 4G1KA 2DZVA 3H53A 4WXZA 4GUGA 4RR4A 1KBJA 1XM3A 3HGSA 3WJWA 4QQ3A 2C0AA 4JR5A 2Z0IA 3E9AA 2J24A 4FNTA 5KTLA 1W5PA 3CWOX 1XI3A 1TPFA 3KX6A 3EWYA 3ABQA 1OX5A 2PC4A 3NL6A 1LLWA 5HINA 1R30A 3MP4A 3B0UX 4L4MA 1QWGA 4UXDA 1B4EA 1YPIA 1KV5A 2FFCA 1OFQA 3TAKA 1QAPA 3PG8A 2ZCGA 5K7JA 5DN1A 2NX3A 2QCNA 3ZFHA 5LNWA 1EX5A 3CB8A 2WPBA 1IXPA 2V5LA 4JTKA 1O94A 1JQXA 3W7HA 4J9JA 3N9SA 1GJPA 1VYSX 4U4MA 4E38A 2DJLA 5KZDA 2RFGA 3RMJA 4A21A 1SO6A 1TTJA 1TTQA 4UTHA 3BLFA 1HO1A 3NXFA 2Q8ZA 5AHFA 3LHTA 3FJ6A 2X1RA 4LVBA 1P5BA 2YPIA 3HG5A 3W1LA 3C2OA 5CPLA 2GVJA 1SW0A 4NX0A 2KZHA 3LHVA 1WOBA 1PCWA 3LB0A 1KA9F 1Z42A 2A7RA 1KLZA 2PURA 2TYSA 2EPHA 1VLWA 1W0MA 3CLMA 2A6NA 2Y89A 3NAVA 4BI7A 1H1YA 3PBVA 4FIRA 4FXRA 5HJLA 2ZRYA 4Z1DA 1LOLA 4PODA 3IV3A 5CG7A 3TIMA 3GB6A 3QF0A 5C6MA 2PCQA 1I45A 1H50A 1LBLA 2C3ZA 4JN6A 3TK7A 1FXQA 3S5NA 3G3DA 4RXGA 4MVAA 1EP3A 3W1UA 1MSSA 4NJHA 3VNDA 5LNRA 1GVRA 3CQ0A 1JCYA 1VCFA 4DELA 3KRZA 4OBTA 3O06A 1TCDA 1MEHA 4FIQA 4TU1A 1TRDA 1W8SA 4UTIA 1QPOA 4CQ9A 3PUEA 3R2GA 1T99A 3LBMA 2CLLA 3P5ZA 2EGZA 1EP1A 4GUJA 4S2BA 1WA3A 5F2IA 3W72A 5EL1A 4K8HA 3DH7A 2A5HA 3EXTA 4FX8A 4D2JA 1VCVA 4JTUA 4S2CA 3UYCA 4WQ6A 2VENA 2C14A 5LNVA 3FYOA 5HULA 4H4IA 3E0IA 3K30A 1V7YA 3W71A 1P4CA 1Q6QA 3KVLA 4DQWA 4M19A 4M6QA 1I4NA 4A2SA 1ONRA 3H55A 4GC4A 1VCGA 2Z6JA 2NUYA 4HHPA 2YXGA 4EVZA 4P61A 4O1BA 1OK4A 1QOQA 4NT0A 4DF0A 2GOUA 1SUXA 3PF3A 4AWSA 4PC8A 3TUUA 3M41A 4IMCA 3DHFA 3W74A 3LCWA 1FXPA 2ZRXA 2GQ8A 3W7EA 2H8ZA 3LBCA 2GUUA 3NZRA 4K38A 3G24A 3M44A 1KFCA 3BLIA 2EF9A 3NQEA 3PY2A 1JJKA 4OWGA 1R2SA 2ZTJA 1NAL1 2ZZ3A 4TR9A 4MJZA 4WUIA 1VRDA 3P8IA 2OZ0A 1GWJA 1KFEA 4LC6A 3TROA 2VFGA 3M16A 3W7PA 3TCEA 3N3MA 3TKFA 4N6FA 4O8RA 3VKJA 1GVOA 2FB2A 4LVFA 5AOUA 3WJZA 1XUZA 3MP5A 3W1XA 1KTBA 2FB3A 3O16A 2W6RA 2BTMA 2QUUA 5G1YA 3S1UA 4DF1A 4BF9A 1PL9A 4QJ1A 4Q33A 4FB7A 4RK8A 3L9CA 2W79A 1DKWA 1OYCA 4P2VA 4AHQA 4BK9A 5HWJA 1WOAA 3NG3A 2G95A 3L5MA 3KOFA 1DQXA 1RQHA 1HG3A 2CFFA 1GG1A 3C0JA 1THFD 4JTIA 4IUOA 4ZQRA 3LV5A 5LSMA 1SO5A 2Q3RA 5SWUA 1FWRA 1RVGA 4MY8A 3UY8A 5HWMA 3SJ3A 3H54A 3G1YA 3P81A 3UPBA 5BNKA 1AG1O 3S0CA 2IQTA 2HSAA 3RNDA 3G1VA 1AW5A 5K2ZA 3HGOA 1XUUA 1K8XA 2ZZ4A 4QNWA 1Q6LA 4S1FA 3W83A 4M6PA 3IIOA 4PCFA 1M7PA 1H7NA 2YFNA 3ABSA 2A7PA 1C9DA 3MI2A 3TC7A 3QMTA 4JXCA 3LCHA 2QEZA 4JYDA 3TX9A 1IIHA 5LHEA 1YDOA 3SECA 3GDMA 4UNLA 1CX9A 5U4NA 4M7SA 4E2DA 5EBUA 5LNUA 4ZQNA 4JX5A 4I7UA 3O63A 3BK0A 3OIXA 2WSQA 1IIGA 4K7VA 1K02A 3GDTA 1UCWA 2VFIA 1FX6A 1TPUA 5DBUA 1K8YA 2DZPA 4FNRA 4OV9A 1GTHA 4XKYB 2CLHA 4NJGA 3DFQA 3LCGA 3FS2A 2C6QA 2QUVA 1TREA 1M6JA 4JNMA 1UB3A 2TSYA 3W86A 3MI3A 4RZ5A 3ZWSA 5I3KA 2OCZA 3L2IA 3IIPA 4OQVA 3E02A 2VEPA 3QSRA 3A23A 4IOTA 3JR2A 1IXNA 3TV8A 2R94A 4C1LA 3A9IA 1SPQA 4X3ZA 5FESA 1FDYA 2D73A 1WBJA 3ZS4A 3RF9A 1B9BA 2VEIA 2QDHA 2DZXA 5D04C 4K6AA 4XTIA 3TH6A 2CLOA 3LGEA 4CNOA 2Y62A 2FIQA 4RKAA 4E0CA 4XKYA 4O50A 1FCQA 1YPFA 3C61A 3P84A 4UUIA 1J5TA 4IGHA 5EKYA 1VR6A 4LS2A 5DELA 5FF2A 1ZNNA 3N14A 2Y7GA 2G96A 4O4VA 1JUEA 3BGJA 3M7WA 1AW1A 5IBXC 3NL5A 3Q37A 1UUOA 3M5VA 1HO4A 3TJXA 3N34A 3LHUA 4CCCA 4ORMA 1MO0A 2VEKA 1X1ZA 2X2GA 4NVTA 2YW4A 2QJGA 5HNRA 1SO4A 1S5TA 1I2NA 1SR9A 2ABBA 1LDCA 2Y63A 2X30A 2QR6A 4ONVA 5CZSA 4RLIA 4RZ4A 4NQ1A 4ZVJA 3DHDA 2C18A 4AWUA 1VPXA 4Y8FA 4FHAA 3QC3A 4NJIA 1BEUA 2A7NA 2QCEA 4RJEA 2A6LA 3W1MA 5MHBA 2FQIA 3DFSA 3NQVA 3AJXA 3SW6A 3W7KA 3W07A 2VC6A 5K3VA 4JGDA 4ZQCA 3Q94A 2VXNA 3W75A 5J5RA 3W7MA 3G1HA 3NPVA 4FXSA 2E6FA 3W1NA 1KLYA 3CEPA 4JYFA 1K03A 2NUXA 5C55A 4O18A 1W5OA 1YXCA 3LOTA 3C4UA 4W9TA 5DCDA 5U7SA 2E6YA 2XFWA 3UWVA 5H2ZA 4UFMA 3WJYA 2V2DA 3DKLA 1O95A 1W3TA 1H7RA 1EWDA 3W6YA 4PL2A 4UTKA 3MW7A 3L0GA 2ZZ5A 1OJXA 1OFPA 1TIMA 1GG0A 1L6WA 3LV6A 1DJNA 3VE9A 2CZEA 1W54A 3S5OA 2QAPA 4LVGA 5H91A 5D2XA 3MHGA 3VE7A 3CEUA 3MP3A 4LVAA 4CNNA 1OFAA 1QPNA 5GVJA 2NXGA 2QCLA 1FBAA 4U28A 4PH6A 3YPIA 1TYGA 4JDYA 5HUOA 3QQ0A 4UFJA 2YFOA 2DU2A 4NZJA 3T4CA 3L66A 4Z0SA 5CGQA 1X1OA 1FDZA 2ZA3A 3BPWA 1JCXA 1KFLA 3TMQA 1Q6RA 3IIVA 4NX5A 3G1DA 3PWAA 2ZZ2A 3BW2A 3PC0A 3I65A 1K7FA 3TJLA 1J2WA 2WNZA 1OK6A 4C1KA 5EMUA 1NEYA 3DXIA 4I9AA 3N9RA 3W7DA 1I2OA 1U5JA 4H3DA 3INPA 2G97A 3O6DA 1KV8A 4AEOA 3NQDA 1PCKA 3Q58A 4O16A 4OV4A 1TJRA 4ZZ9A 4NNAA 3PS7A 5D37A 5AHNA 3WK0A 3DKJA 1HFBA 3UWUA 1IGSA 4IMDA 3HG2A 4FNPA 2NWSA 1TTPA 3ZR4A 4AVFA 3FYPA 4N9CA 3W2KA 1HUVA 3IGXA 4MZ8A 3UPWA 2NZLA 2V82A 1TSIA 3P7YA 3W3OA 4O52A 3NYZA 3A22A 2XN2A 1CW2A 2E5BA 3A21A 1OX4B 4K39A 2C1HA 2E77A 2ZZ6A 5AFDA 4UFLA 2C16A 4XZ9A 3B05A 1ML1A 2RHGA 3OVRA 3EXSA 3IIXA 1K7EA 1DOSA 4XTDA 3RFAA 3G22A 2OT0A 3W2UA 1QCWA 1W37A 4DPPA 2QCGA 1LBMA 3G18A 2ZBTA 5CSRA 1W31A 3L68A 3TDFA 4TO8A 5D03A 2VFEA 1A5BA 1OX4A 2AGKA 3MHUA 2UV8G 3PG9A 4M7TA 3U6WA 5DLCA 3IIZA 3KAOA 3SY5A 2YYTA 1NF7A 4OU1A 1NF0A 3NPWA 4QITA 1F76A 5C54A 3HGRA 3GIYA 4IPJA 2R14A 5HWNA 1DJQA 1F6PA 4EF8A 2NX9A 3C3NA 3EX2A 1F05A 3SSJA 4LV4A 3VCRA 4X9SA 5ABTA 2F7FA 2QCFA 5D33A 4YLWA 4O10A 1WV2A 1EUAA 2DZWA 2XN0A 1B4KA 3STEA 1PE1A 2O7QA 5F2MA 1KFKA 5KSWA 3O07A 2TRSA 3WK1A 4EF9A 3F1QA 3I7RA 4Q32A 1TPDA 3T40A 5FF0A 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 1KTC A;  1KFJ A;  4JY9 A;  5CPO A;  2JKA A;  4A22 A;  3NQA A;  4N2Y A;  5DXY A;  1NVM A;  3N19 B;  3QMR A;  1YTK A;  4LVD A;  4XBK A;  4UFI A;  5DBT A;  3I68 A;  3LER A;  4O0K A;  2C19 A;  4DPQ A;  1NFB A;  3PSW A;  5DCB A;  1I2Q A;  2QJH A;  4GJ1 A;  1HTI A;  3PSV A;  4M5P A;  3QPZ A;  1WBH A;  1ZAH A;  2DP3 A;  3W70 A;  5G2I A;  2GQ9 A;  1G4E A;  4IME A;  5F4W A;  1KM1 A;  2QAF A;  4ORI A;  5CSS A;  1LBF A;  4PTN A;  1K7X A;  1SO3 A;  2VFD A;  2QF7 A;  3CHV A;  3G3M A;  4O1A A;  3WJX A;  1MEW A;  5HMS A;  3UQN A;  3IEB A;  4YXG A;  3V1P A;  3G1A A;  5F2L A;  3LTY A;  3FEM A;  4CQ8 A;  1XL9 A;  2O7S A;  3BO9 A;  3I7S A;  2I14 A;  5D32 A;  4LC8 A;  3DGR A;  3UWY A;  4JX4 A;  3ANY A;  1H60 A;  3L0K A;  3MUX A;  5G5I A;  5D30 A;  2V0T A;  1YAD A;  2YYU A;  5G4E A;  3NPU A;  4ZL1 A;  4JTS A;  3QPY A;  2Z1B A;  4MFD A;  3L5L A;  5LNS A;  5A8G A;  2NX1 A;  1H5Y A;  2WNN A;  3GX9 A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 1EDQ A;  4UTL A;  1RV8 A;  4E4F A;  5D38 A;  4HQV A;  3AWO A;  3CQI A;  2QHA A;  4KEZ A;  3W73 A;  3LCF A;  5C9Z A;  3BAX A;  3GFZ A;  3N2B A;  1IR2 A;  4CUC A;  3W7C A;  4O19 A;  3VDC A;  4O14 A;  4TX9 A;  3SIM A;  1ZJB A;  4H9T A;  1W3I A;  3QGV A;  1BXC A;  3S9Y A;  3HMJ G;  3IAQ A;  1F74 A;  4PMD A;  3SZ8 A;  5HMF A;  3W1R A;  1JDA A;  4AAJ A;  3KW3 A;  3LA4 A;  2Y8K A;  3AOF A;  2VX7 A;  5CZT A;  1E0W A;  4XD6 A;  4F0S A;  3OVP A;  3AJ7 A;  2I5G A;  3R7M A;  1ODU A;  4LBS A;  3FHQ A;  2PGE A;  4JIE A;  3VC5 A;  2IPJ A;  1E4I A;  1I8J A;  3S6O A;  3CH9 A;  1LRT A;  4GUI A;  1LM1 A;  2YDA A;  4ADT A;  3AU2 A;  3O9N A;  1MQQ A;  2HRO A;  4HJW A;  3TWA A;  3RM4 A;  4S3A A;  5G1M A;  3AYV A;  3K46 A;  3W7J A;  4O53 A;  4MZY A;  3HPX A;  2EPN A;  4UQC A;  3VK5 A;  1TV8 A;  2PRH A;  3OYZ A;  3PBW A;  3RLV A;  1XLJ A;  4FLR A;  1G4S A;  1WDP A;  1KRM A;  1EZ2 A;  2G4F A;  1RAK A;  1LT8 A;  4NYY A;  3QH2 A;  2E7F A;  5HJX A;  1FCB A;  4P7R A;  2G0W A;  3LRL A;  2ACU A;  2XGZ A;  3RX2 A;  1I0D A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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