3EWB | Genus

Total Genus 103

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	103
sequence length	276
structure length	271
Chain Sequence	SLKKIQFFDTTLRDGENFDVKEKIQIALQLEKLGIDVIEAGFPISSPGDFECVKAIAKAIKHCSVTGLARCVEGDIDRAEEALKDAVSPQIHIFLATSDVHMEYKLKMSRAEVLASIKHHISYARQKFDVVQFSPEDATRSDRAFLIEAVQTAIDAGATVINIPDTVGYTNPTEFGQLFQDLRREIKQFDDIIFASHCHDDLGMATANALAAIENGARRVEGTINGIGERAGNTALEEVAVALHIRKDFYQAETNIVLNQFKNSSDLISRL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Listeria monocytogenes str. 4b f2365
publication title	Crystal structure of N-terminal domain of putative 2-isopropylmalate synthase from Listeria monocytogenes. rcsb
molecule keywords	2-isopropylmalate synthase
total genus	103
structure length	271
sequence length	276
ec nomenclature	ec 2.3.3.13: 2-isopropylmalate synthase.
pdb deposition date	2008-10-14

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
X	PF00682	HMGL-like	HMGL-like

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3ewbX00

5D05A 3AJXA 3CWNA 4XUGA 4UNLA 2Y63A 3N34A 3W07A 1LDCA 1MZHA 2A21A 1EA0A 1KTCA 3PBVA 2R94A 4FNPA 5TBOA 3G1AA 2E5CA 3I7QA 3TQ0A 5AB3A 4GUFA 1WA3A 4LOCA 1DJNA 2ZA3A 3LHTA 2VFHA 3EB2A 3MUXA 5F1VA 4GJ1A 3LTPA 2Y7GA 1QPQA 4WXYA 3AO0A 3UNDA 3O1NA 4OBTA 1KFKA 2RFGA 1XDMA 4K39A 2Q8LA 3QEZA 3BG3A 4R33A 3INPA 3W7KA 6TIMA 3W1XA 1D9EA 1HO1A 5H2ZA 3BPWA 2A6NA 4CNPA 4LVAA 4YMZA 1GPWA 1NF0A 1LBFA 4Q32A 5DCEA 1OVDA 3C6CA 2A7RA 3H55A 4UUIA 4NJHA 2RDTA 2QR6A 1LROA 2DZUA 1TJPA 3STFA 5D2XA 1DORA 2QDGA 4I7UA 3W6YA 4ZQPA 1YDVA 4BK9A 3W76A 3SSJA 2QUUA 3MW7A 1MEWA 2QKFA 3KAOA 1DHPA 3PC0A 3KVJA 1ZENA 1ALDA 1AMKA 4UFIA 1SFLA 4AWTA 1KFLA 2VFGA 3QJAA 3TA6A 4QQ3A 1ADOA 3U2OA 3LLDA 4IXHA 3OA3A 1K7XA 2YXGA 3DENA 1I45A 3CHVA 4QNWA 2NUYA 1KM6A 3NL2A 3V1PA 2Z6JA 2JGYA 4MY9A 4E2DA 1XXXA 4NJJA 2V2DA 1YYAA 2A4AA 4M7TA 4A2SA 1GTEA 4UTTC 5F2IA 2G5WA 3LBMA 4CQ8A 4DO6A 3DKJA 2GPTA 1R30A 3NQVA 5KMYA 5I3FA 3B03A 2G95A 4UTUA 3I68A 3TQVA 1MO0A 1RQEA 3LX9A 2PCQA 3EWXA 4MYXA 4UFJA 4HNUA 4PODA 3W7RA 1J2WA 1TREA 1FCBA 3FLUA 2WOQA 1B9BA 3ABSA 4X3ZA 5L9FA 2GVLA 3QYQA 3UWYA 1TV8A 4LC6A 1H7RA 3OBKA 1W3IA 1Y0EA 1YPFA 4UFMA 4IGHA 4MVAA 3L65A 2HSAA 3G1FA 1WAUA 4EVZA 4DBDA 3HMJG 2EPHA 2A0NA 2GQ8A 3EWZA 1JCNA 1L9WA 1DL3A 3PULA 5BRBA 2G96A 3G0UA 5KTLA 2CWNA 8TIMA 5EKYA 4O4WA 3NXFA 2JK2A 5D2TA 4OU1A 1JJKA 5I3JA 4MZYA 3G22A 3P82A 3TW6A 1VZWA 1XBXA 1A53A 3M5ZA 5CPMA 2CLHA 3L2IA 2LLEA 3PSVA 3TK7A 4JTGA 5G4EA 1VCGA 1T0OA 4OT7A 4JTFA 5LKYA 3HF3A 3NM1A 3O8AA 3BO9A 5D03A 1M7PA 1S5VA 2CZFA 1KFBA 2ISVA 2VENA 4A22A 4FIQA 3W86A 4K8HA 3EXRA 1JVNA 1SO4A 4G1KA 1W1ZA 3WK2A 2WKJA 4PL2A 5AC6A 1HTIA 1G6CA 2VEIA 1B4EA 1OHLA 4UTTA 4MKNA 4JTTA 4IMGA 1ZJIA 3Q37A 1N7KA 4TMBA 4JTSA 5LHFA 1GVOA 5LNUA 2E09A 2C19A 4CCEA 2O7QA 2H6RA 3L66A 2PRMA 2A6LA 1JULA 3UPBA 5KINA 1SW7A 3RF9A 1H7PA 4ADSA 3O15A 1GYNA 3UZ5A 4O13A 4WD0A 2AGKA 5DCDA 4N6EA 4AXKA 3LOTA 2C1HA 3LB0A 2V5LA 3P7YA 2E77A 3STCA 1W5MA 4FX7A 3NOEA 1FWTA 3LHWA 3L5MA 4LVFA 2CZ5A 3TIMA 3W72A 3B0PA 1G4PA 3K30A 1DV7A 1XBVA 3LHZA 2Z2UA 1U5JA 2YW3A 1ME7A 3E49A 5C55A 4HT3A 3GR7A 1H1ZA 3RFAA 3ZWSA 4K8EA 5J5RA 4D2JA 4RZ6A 1OK4A 1KTBA 4WY0A 5BW6A 1TTQA 3TW7A 3RLVA 4MY8A 1ICSA 4JR5A 5FF0A 1ZY9A 4YXGA 2PRHA 4UFLA 5AC8A 3NNTA 4EOUA 1TIMA 3GDTA 3WK0A 1E51A 3VE7A 4JY9A 4NNCA 2H90A 5LGXA 2FB3A 1EP2A 1NEYA 3Q94A 3CT7A 4I7WA 5E1QA 3T55A 1XCFA 5EYWA 4GBUA 1M5WA 3VKJA 1UBSA 3O05A 2WNZA 4DPQA 1KBIA 4K36A 1KLYA 2V0TA 4O19A 3QW4B 2FJKA 5C2XA 1TV5A 3WJYA 1FBAA 1RVGA 4JYEA 3A9IA 1LP6A 4DXVA 3MI2A 4JDBA 1DQXA 2A5HA 3BLEA 4AHQA 1GG1A 3TE9A 3ZWTA 3LHYA 3UWVA 1JCLA 4PFMA 2I1OA 4O4VA 2J27A 3W9ZA 1FCQA 1G4TA 4IQLA 1W0MA 1QO5A 3C56A 3N9SA 3ABRA 3B04A 3NQCA 3NQMA 4I9AA 2NWSA 1LTDA 4IOTA 3DFSA 2V81A 4N9EA 1VH7A 3LM7A 1TO3A 2XN0A 2VXNA 2YDAA 4C1KA 5K2ZA 4AF0A 1OF8A 2B7OA 4PCFA 3M16A 2JKPA 2WJZA 3C8FA 4P61A 4UTKA 1G7UA 1D3GA 1NFBA 3TJLA 3BG9A 1C9DA 3L5LA 1XBZA 5FEPA 5CGQA 1TTPA 2J88A 3VCRA 3OVPA 3THAA 2ZZ1A 3TCEA 5LGZA 3T4CA 1D3HA 1DQWA 4AF0B 5K9XA 3E02A 2WO5A 1JCYA 1OFDA 3R5EA 4IX2A 2CW6A 4LUIA 3UXAA 1F2JA 1QPNA 1SUXA 4GWEA 1B57A 3HO8A 1JCJA 2Q3RA 1YXCA 3LTSA 3BGJA 3RK8A 3DH7A 5CZSA 4IXXA 2I14A 3FKRA 3NR0A 3LCWA 3L0GA 2BZNA 4RXGA 3TH6A 4ICNA 5AOUA 1GOXA 4QAIA 4IWWA 2NX1A 3NM3A 1TQJA 2AAMA 4E38A 1TPC1 1W5NA 3BW2A 4OE7A 5TQLA 5BNKA 3QSTA 2FIQA 3NQ7A 5K4ZA 1XUZA 1FDYA 3T44A 2QCDB 3IVSA 1TV7A 1UCWA 1WV2A 2CZDA 4M7SA 4AH7A 1LRNA 2QCNA 3HJZA 4Y9AA 1ZFJA 5C54A 2WNNA 1KBJA 1OG0A 4PEKA 3S5NA 3KRUA 4OV9A 2DJLA 1FUYA 2ZBTA 1W31A 3P8IA 4JX5A 5F2LA 3W7LA 1WOBA 2UV8G 1GVFA 3GDLA 3FS2A 1DBTA 4GUIA 2CFFA 4O10A 3TAOA 3VE9A 4M19A 3FOKA 2X16A 3OIXA 3LI0A 4HPJA 1GQNA 3A5VA 3O16A 2ZRUA 2E5BA 1EUNA 3W1MA 2A2IA 2D73A 4O50A 1GG0A 2G97A 3A21A 3B06A 1OX4A 2E6YA 4RLIA 2FTPA 1EUAA 4YCPA 1K03A 1LYXA 3W7OA 1KV5A 5KZEA 1O5KA 3TR2A 4IMEA 4IMFA 5AHLA 5L6UA 1WBJA 1GVRA 4N9CA 2QJGA 3LRMA 2DZPA 2Y61A 3TUUA 2Y6ZA 2PRLA 3S5ZA 2H8XA 2VFEA 5FI8A 4UFHA 1OX4B 3CM4A 1N8FA 3HBLA 4FIRA 4MFEA 1Q6RA 3T78A 3DFOA 3MP5A 3TU9A 3BW4A 1LZOA 4WXZA 3W1UA 2CLIA 4M6QA 5DELA 3HPSA 4Z1DA 1SSDA 1HFBA 1ICPA 3W1RA 4RZ4A 1H60A 2QCFA 2P10A 2ZQ0A 4N4QA 4Y96A 2BLEA 5LNWA 1I2PA 3FJLA 3IIZA 3W2JA 3MYPA 1B4KA 3LCFA 3IGUA 4Q4KA 5CZ0A 2OMAA 1QOQA 1IIGA 1R47A 1EWDA 3USBA 2ZRZA 3TSBA 4ADUA 2VEPA 3TSMA 1SSGA 3PM6A 3UXDA 1KA9F 3W7DA 3W70A 1FDZA 1XUUA 2QCHA 3MP3A 4OHQA 1XL9A 4GNJA 4NQ1A 2RDWA 5AYYA 3MYOA 1JCXA 1WX0A 2A7NA 2W0UA 3QM3A 3NQ8A 3MO7A 1RV8A 4IMDA 1FWRA 1HO4A 3CEUA 3QRHA 5D32A 3QFEA 4FNRA 4AB4A 4O53A 1P5BA 1OX5A 2C15A 4NJIA 3TFCA 5HUOA 4UFKA 4N9BA 1G7VA 3FFSA 1VYSX 4ZVJA 5K3VA 2GOUA 3KVLA 2FQIA 4RX0A 4JTIA 5D2WA 1R2RA 4HKPA 5I3IA 4LNYA 5A8GA 3BG5A 2ISWA 1OFAA 2EF9A 3NL5A 1MXSA 4ZL1A 1X1OA 4N4PA 2OX1A 3C2FA 4QIUA 3L67A 1PHQA 4ORIA 1JUBA 3KFTA 4MIMA 2E1DA 1PCKA 1RQHA 4DELA 5U7SA 2ATMA 1VHCA 3G18A 4L4MA 3IIPA 2BSLA 3W7JA 3ATYA 3TC7A 3S1UA 4IMCA 1OYAA 4UTWC 3R13A 4FX6M 1GJPA 3EXTA 4RR4A 5D38A 2YSWA 3H54A 2E6DA 1QPOA 3UWWA 1AW5A 4DO4A 1H51A 4O54A 2YFNA 5HJLA 3N73A 4KWVA 3UPWA 5AYXA 3LCHA 3ELFA 1TCDA 4YCOA 2B7PA 2H3BA 1FXQA 3W7CA 1VC4A 1I4NA 2A85A 1F6PA 2WSYA 4M5PA 1YXYA 1SO6A 5HNRA 4DEFA 3PUOA 3RNDA 1L2UA 4X2RA 3QH2A 1DKWA 2NX9A 3GAYA 4ORMA 3W83A 5F4WA 4FNUA 5EY5A 4X22A 3S6DA 2B4GA 5D2YA 1KM1A 2A1YA 4NJKA 1JQVA 3LXBA 4JEQA 5FF2A 3HPXA 4UTJA 5AHIA 3SR7A 3W22A 2NZLA 3LHVA 3CLMA 5H91A 4UTMA 2J9YA 1F76A 3QPZA 1TRDA 3BK0A 2ABBA 3TFXA 1SW0A 3O6DA 4MY1A 4UR7A 2QAPA 2VC6A 1TMHA 4O1BA 5CSRA 1VR6A 2FB2A 3M5YA 4BI7A 1QAPA 2VFDA 4ZQCA 3M7WA 5C5YA 3G24A 4CQAA 1F74A 1GWJA 3EX3A 1JUKA 3N2MA 2NXHA 3L68A 4NUWA 3SJ3A 4A21A 4S2BA 4QSHA 1TPVA 3T40A 3W75A 3KXQA 1FWSA 3M5VA 2KZHA 1TQXA 2DZWA 4MZ1A 3WK1A 3ABOA 1W5QA 4LT9A 5BMWA 1H5YA 3R8RA 3ABQA 2YYUA 3NA8A 3MP4A 5FF7A 3F4WA 4CNOA 5KITA 1R46A 1WOAA 3NPUA 3LI1A 4MJZA 4K7YA 1W56A 4FO4A 4XTDA 3QQ0A 5ABTA 2GQ9A 3W1PA 1I2QA 1O5XA 4Z08A 4IJBA 2YX0A 3KX6A 1AG1O 2F7FA 3NVTA 2ZRXA 3STGA 1K3UA 3CC1A 4UTWA 1C8VA 3VI2A 5I3GA 4DF2A 1G4SA 1OFPA 3JR2A 2V2CA 3PY2A 3N3MA 4XWUA 3PG9A 3B05A 4DPPA 5LNVA 3UWUA 3W1NA 1LOSA 3O06A 3GDMA 3PB2A 2FPVA 4NNBA 5HR7A 1J5TA 4S2CA 1JR1A 3G1SA 1OJXA 1IXOA 1W8SA 4LRTA 4Y90A 5DY2A 2EAWA 1Q3NA 4NT0A 3CU2A 3IEBA 3P5YA 3PS7A 2QCGA 3WJSA 1H63A 1XI3A 3QZEA 1KM4A 4K7VA 5F2MA 1OX6A 4CQ9A 4QNEA 4HHPA 4TX9A 5AHNA 3W7QA 5HWNA 1SU5A 5K7JA 2X1TA 3SGZA 1I2OA 2I9EA 1WQ5A 4QITA 5DBTA 4OV4A 1ZAHA 1UUMA 1KV8A 1H7OA 1VLWA 2ATSA 4LVDA 5D02A 4O15A 3MHFA 2FFCA 2WPBA 3OG3A 2J6XA 5EMUA 3W2LA 3LRLA 1LRQA 1CX9A 1SO5A 4JGDA 3PB0A 1WBHA 4DF0A 3KHJA 1N55A 1ZNNA 1W37A 3HB9A 1VCVA 3W74A 4FNQA 2VKZG 1PL9A 1L6SA 3OEXA 5CPLA 3DHDA 1XDLA 1QNVA 1H62A 3UY8A 4HPXA 3S0CA 4IUOA 1SQ7A 3G1VA 4LS2A 4ZQRA 1AL8A 4UTHA 4AEOA 1Z41A 4JX6A 1Q6OA 3HG4A 1KM3A 3EKLA 3NEVA 3W1LA 1PIIA 4H4IA 3U6WA 2GJLA 1EEPA 5EPDA 3C61A 2ZZ5A 4LS1A 5CSSA 3SY5A 3STEA 2ALDA 3IV3A 3S1VA 1QO2A 2X1UA 1UUOA 4XQ6A 3S8HA 2YGYA 4HN4A 2QUVA 3LV6A 1MEIA 2JKAA 3JRKA 3LRKA 4JY8A 2C14A 1S3HA 4LW7A 3G1HA 3G0XA 2V5BA 4DF1A 3PVFA 3BW3A 4HSNA 1VRDA 2XN2A 3YPIA 3DBPA 1YXDA 3D0CA 3H53A 5CZJA 2OT0A 2WNQA 1G69A 3G8EA 1W5PA 1RZMA 3S1XA 1I2NA 3M43A 2QEZA 5F4SA 2QUTA 2A7PA 4O12A 1LOLA 1T8XA 3PUDA 3TX9A 1ME8A 3G1DA 2E68A 1RD5A 4CCDA 4U28A 1IGSA 2BXVA 2ZA1A 4ALDA 1U83A 1BKSA 1VYPX 3GXTA 4Q33A 3LGEA 3DKLA 2FPYA 2X1SA 3CWOX 3GXNA 1LOQA 2GJNA 3UWZA 2ZRVA 2ZYFA 1FCUA 4LRSA 3S5YA 3GDRA 3MBDA 4GXMA 3LCGA 2GQAA 3PAJA 4ZZ9A 1OFBA 4L4LA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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3EWBX

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Chord Diagram

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