4JYDA

X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound fe4s4 clusters.
Total Genus 137
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
137
sequence length
347
structure length
346
Chain Sequence
MTGREILEKLERREFTREVLKEALSINDRGFNEALFKLADEIRRKYVGDEVHIRAIIEFSNVCRKNCLYCGLRRDNKNLKRYRMTPEEIVERARLAVQFGAKTIVLQSGEDPYMPDVISDIVKEIKKMGVAVTLSLGEWPREYYEKWKEAGADRYLLRHETANPVLHRKLRPDTSFENRLNCLLTLKELGYETGAGSMVGLPGQTIDDLVDDLLFLKEHDFDMVGIGPFIPHPDTPLANEKKGDFTLTLKMVALTRILLPDSNIPATTAMGTIVPGGREITLRCGANVIMPNWTPSPYRQLYQLYPGKICVFEKDTACIPCVMKMIELLGRKPGRDWGGRKRVFET
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title X-ray snapshots of possible intermediates in the time course of synthesis and degradation of protein-bound Fe4S4 clusters.
pubmed doi rcsb
molecule keywords FEFE-HYDROGENASE MATURASE
molecule tags Oxidoreductase
source organism Thermotoga maritima
total genus 137
structure length 346
sequence length 347
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-03-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF04055 Radical_SAM Radical SAM superfamily
A PF06968 BATS Biotin and Thiamin Synthesis associated domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4jydA00
1I2OA 3G1AA 3W7MA 1DHPA 3N2XA 1KFLA 1N7KA 2ZFAA 4ZL1A 3VE9A 1FCQA 5TQLA 5FF2A 2ISWA 5D05A 4JY8A 3IGUA 2C14A 1THFD 2PC4A 4WZHA 3C56A 3NQFA 4OT7A 4A21A 2OT0A 2GVLA 5HWMA 3HJZA 1GYNA 1PV8A 3W1LA 2FFCA 4QQ3A 4FXRA 2VELA 2VFDA 1VLIA 5U4NA 1KV5A 3A5FA 2B7QA 2HS6A 2P0OA 5BMWA 1EUNA 2J9XA 2ZZ2A 1UBSA 2ZZ3A 2J9ZA 4PL1A 3EX6A 4E38A 2B4GA 1I8JA 4WOZA 3L65A 4UR7A 3TR2A 2R91A 1SQ7A 2CZEA 4LRSA 3LI0A 4N02A 1OHLA 3CEPA 1YTEA 3SECA 2V8ZA 4AMAA 5C6MA 4ZQMA 1G4EA 4XQ6A 2Y89A 5E1QA 5A5WA 2X1SA 3TMLA 3NG3A 4FNRA 4N9BA 4Z0JA 1N55A 2CLEA 1FUYA 1VRDA 2E6DA 1T0OA 2ZA3A 5F1VA 5IBXC 2CW6A 2OT1A 4AHPA 3ZWTA 4CCEA 4HNVA 3L68A 3IIVA 3QPZA 1K02A 3NZ1A 1HO1A 1XUUA 3MMTA 3EKZA 4EF8A 3CTLA 2C18A 3B0VC 1OYBA 4O1CA 4HPXA 3LERA 2Y7GA 6ALDA 1K8ZA 3LOTA 4JTIA 3MP3A 1SPQA 3GZ3A 1BTMA 2CFFA 2X30A 2WQPA 3L0NA 3LCFA 1RR2A 1RPXA 1JCLA 3GKFA 5K4ZA 4GWEA 1TPB1 5EKYA 3W2NA 1TYGA 1X1ZA 5HUOA 4IXHA 1HTIA 5IBXA 1M7OA 5K3VA 5D2WA 4JEQA 3FFSA 4A29A 2PURA 4ONVA 1DJQA 4FIQA 4TO8A 3I65A 3LXAA 4LS1A 3W7GA 1X6UA 3C6CA 4CCCA 2GVGA 2W6RA 5D37A 1G6CA 3S9YA 2WSQA 1R47A 4O0ZA 1FDYA 3QQ1A 4UTTC 3AO0A 4XBKA 3HOJA 4LTSA 3O6DA 3ABSA 4LC6A 3MHFA 5D30A 1EEPA 1OX5A 1OX6A 1GOXA 3G22A 5G1YA 1P5BA 3DENA 1FWWA 4JN6A 3YPIA 1FQ0A 4C1LA 3UPWA 2ZZ1A 3W1AA 1H61A 1NSJA 3INPA 4KWWA 4I9AA 1A5SA 1MEWA 3CM4A 3B04A 2R94A 2V2DA 3MYOA 2QCEA 2E6YA 4DO6A 3EX2A 1QWGA 4FNTA 1G4TA 1C8VA 5DCDA 2Q8ZA 2BTMA 1TQXA 5AHMA 1QAPA 5GVJA 3STFA 3EXSA 3NXFA 2W79A 1FCUA 5ABTA 1K8XA 1QCWA 1HFBA 3CWOX 2YPIA 3W7KA 3C61A 1F76A 1M6JA 4MZ8A 3BLIA 1Z44A 4WD0A 3KX6A 3NQ6A 2OJPA 2QCNA 2Z6IA 3ZS4A 2V5LA 4UTTA 3O6CA 3UPBA 4XBSA 3Q2DA 4HNTA 2QCDA 4Y6GA 1GJPA 3B05A 4NZFA 4U4MA 1GT8A 4K7VA 4MJMA 5AYZA 4ML9A 3E9AA 5CPNA 3TFXA 3C0JA 1WBJA 3TNOA 3ABQA 2VOMA 3TA6A 3W1TA 3PR2A 5KSWA 3NQAA 4FNUA 2BZNA 1LTDA 4HSOA 1GTEA 1LYXA 3M5VA 1A50A 3M16A 1BKSA 4AB4A 4O14A 1Z42A 4N9CA 3LHVA 3NOEA 1OFBA 4JXCA 2ALDA 2XN0A 1L6WA 3LCIA 4MY8A 1QDSA 3M5ZA 1MSSA 2ABAA 4O17A 4O52A 2TYSA 1JUKA 2EPHA 1SW0A 1FDJA 1A5CA 1SR9A 3S5NA 1LOSA 1HO4A 3QZEA 2ISSA 1SSGA 2TMDA 3C2VA 3PC0A 4HPJA 3W87A 1WX0A 1O60A 4GJ1A 1W31A 1WBHA 1GQNA 1H7RA 3VI2A 2FB2A 1L6SA 1GZGA 5AYYA 1XC4A 1EWEA 2GJLA 3ZWSA 3EXTA 2C3ZA 3FA5A 2ZRVA 3QH2A 3R2GA 5AC7A 4MYXA 4N4QA 4YMZA 3PWAA 3LCWA 1TPWA 4E0CA 2DZXA 5AC8A 2BLEA 3TQKA 4JYDA 4AHOA 1YTDA 1FXQA 4LVFA 3A23A 5A8GA 5LSMA 5H2ZA 3W71A 3LDVA 3TH6A 2BXVA 5C2XA 3R13A 4K36A 3FJ6A 3PG8A 3R12A 5DXYA 3LHUA 1D9EA 1B57A 3HIJA 3K30A 3O63A 4RLIA 4WY0B 3N73A 2BWGA 1QR7A 1FX6A 1IIHA 4JTLA 4QSHA 5LGZA 3O05A 1F5ZA 3WJXA 1FXPA 3MI3A 1XI3A 1TPC1 3PVFA 1LRTA 3C2EA 4IPIA 7TIMA 3TMQA 4GBUA 5D32A 3GXNA 1KFBA 1TPVA 4ICNA 1L2UA 3TXZA 3BARA 1ADOA 3NL3A 1H7XA 1IIGA 2A7PA 3HPXA 1ML1A 3DFQA 3U2OA 2WNZA 2JKAA 5LNRA 2HTMA 3A21A 3GAKA 4AHQA 5G2WA 3NPVA 1W5OA 3GXTA 4PA8A 5CPMA 5K2ZA 5D33A 4E2DA 4E2BA 1R2TA 1Q6OA 5F4SA 2CLMA 1PCKA 3GIYA 3NVTA 3F1QA 4R53A 3NO5A 3OHIA 4MKNA 4IMCA 3TQVA 4IJBA 1NFBA 1JCMP 3G0SA 1OYAA 4QITA 3DHFA 1XL9A 3GKAA 1VGAA 3W7JA 1KBJA 2CLHA 1FWTA 2DU2A 5F4XA 4RK8A 5CSSA 3UWWA 1SZNA 4UC5A 3W1MA 2Y85A 3TKFA 2A7NA 4ZQPA 3MHGA 3HG2A 3L5MA 3CEUA 3LCXA 5BMXA 1VYSX 2F84A 3GNDA 1KM0A 4N4PA 3OBKA 3UWUA 1ZENA 1XCFA 3LV6A 2NV2A 3S5OA 4ADUA 4BFAA 1B9BA 4NVTA 1R46A 3EWUA 3NGJA 3DU0A 3W7IA 3W83A 3R89A 2FPVA 4OU1A 1VLWA 2QCGA 4PEKA 2ATMA 1OK4A 2YDAA 1T96A 3G0UA 4BWLC 1JVNA 4MFDA 1KLYA 1JQXA 2Q8LA 2NXIA 4RCXA 1K03A 4NNAA 4ADTA 3TJLA 3P80A 5AC6A 4MY9A 3S1WA 3W1QA 5LNSA 2B7OA 3O15A 1P4CA 3BGGA 1WOBA 2FJKA 3GDKA 1I45A 4DF0A 5K7JA 4WXYA 1O5KA 3T4CA 4D2JA 1RV8A 2NWSA 1F6PA 1KTBA 4UNLA 3UWZA 3TV8A 5DELA 1IF2A 3CT7A 4JX6A 1MXSA 1JUBA 4M5PA 4IMEA 4UUIA 3KRZA 1KW1A 3KHJA 3DBPA 1TTPA 2O7QA 1LROA 3F4NA 4BWLA 5D38A 4UFMA 4XZ9A 4NXSA 1V7YA 4TMCA 4FEZA 4FO4A 1G7VA 3A22A 3M1ZA 1IXOA 2FLIA 2A21A 3UWYA 4UTLA 2GOUA 2DZWA 5EA9A 3NQGA 3B8DA 1QPQA 3BW2A 2VXNA 2J9YA 1YXDA 3NPXA 4MIMA 5I3FA 3UWVA 3WK2A 4IMGA 3G1HA 2UV8G 1XBZA 2ZRUA 4AVFA 3M41A 2YFNA 4RKAA 3RK8A 3S5YA 3MYPA 3THAA 1EWDA 1KM5A 4FF7A 3EWXA 4BR1A 1OF8A 4LS0A 3JR2A 5DLCA 3FKKA 4CNOA 4TX9A 1KFCA 3STEA 2Z1BA 2H6RA 4MVAA 2R8WA 1F74A 2GPTA 3U6WA 4BK9A 4N9EA 5AN7A 4R34A 3W86A 4AWTA 2NZLA 2Y88A 1YDVA 5BOOA 4LC8A 1KM1A 1GPWA 2NWRA 3G8EA 4O54A 4M6QA 4Y96A 1JCYA 1GTHA 4L4LA 1H50A 4LWWA 1C29A 2VFIA 3LM7A 4JTTA 1O4UA 1JQVA 3PB0A 3CHVA 5I3KA 4QIUA 1OABA 2PRHA 2ZA2A 1HL2A 1LCOA 2GQAA 2WNQA 1ZFJA 3SGUA 3PS7A 1SFJA 2F7FA 2G96A 3FEMA 3PUEA 3OEXA 4U28A 2DZVA 4IWWA 2P10A 5BRBA 3FS2A 2QJHA 1YDOA 4GUIA 2BX7A 2QCHA 1C9DA 3W88A 1I2QA 1W56A 3HGJA 1XUZA 3N9SA 1L6YA 3VNDA 4YXGA 3DI1A 1KM2A 4AXKA 4QISA 3TJXA 1JRBA 1JCNA 3LI1A 2DJXA 3HQ1A 3M43A 3UQNA 3RLVA 2YW4A 5LHFA 3C2RA 5LGXA 3IIZA 5SWUA 3PSWA 4OV4A 4W9TA 3KVMA 3L0KA 1PE1A 3STCA 3OG3A 5K9XA 3MBDA 3TC7A 3G3MA 1AK5A 4N2YA 3TW6A 4M6PA 1FWRA 4O1AA 1U83A 3LTSA 3S1XA 4JX4A 1KFKA 4QM1A 3SSJA 3F03K 1LLWA 2KZHA 3KRSA 2QCCA 4UTKA 4JTHA 3NL6A 4Q33A 4AWUA 3PAJA 4JS3A 1QPNA 1CW2A 3BPWA 3NR0A 2CZ5A 1H60A 1OFAA 1SFLA 5T26A 3L21A 1A5BA 4BF9A 3TU9A 3QPYA 3GLCA 4AAJA 1H62A 1H7PA 4PTNA 1D3GA 1S3HA 3PBYA 3W2LA 3WJWA 4EWND 3M7WA 5LNVA 5D2VA 4LVDA 5CPLA 4UTUA 3I7QA 4I7UA 2H90A 1OFQA 4LVAA 3MW7A 1I2NA 2JGQA 1XXXA 2PCQA 4UTHA 4FNQA 1O5XA 4I7WA 1KV8A 4DO5A 2V2CA 4PC8A 1E51A 3NYZA 3KVKA 2V2HA 3C2FA 5CZTA 3W7RA 1QMLA 2AQWA 3T40A 3S5ZA 3LLDA 1YADA 2CLKA 3UY8A 4HKPA 4ZVJA 1SZGA 2RDWA 5FF3A 2X1RA 3P84A 4NZJA 5D2YA 2AGKA 2Y63A 1OJXA 1OFEA 3QMTA 4PODA 4YWIA 1ZALA 1PVNA 3LRKA 3TFCA 3W1UA 5DY3A 1P0KA 3O07A 1WDWA 3LTPA 3H53A 2C16A 1EPXA 1F05A 5IM51 2C0AA 1VCVA 3O6YX 3W70A 5KZMA 1QFEA 1A53A 4FX6M 4DPQA 3A24A 2A0NA 4FX8A 4K39A 2YSWA 3ATZA 1GVFA 4P2VA 4ORIA 5LNWA 3C8FA 2HSAA 3HPZA 3R8RA 3GDLA 1GG0A 2PE4A 5L9FA 4LVBA 1SO4A 5AHNA 4LS2A 4M7TA 4UNKA 3HGOA 3NPWA 4AF0A 4TMBA 5KZEA 5HR7A 3H55A 2ZZ6A 3SW6A 3GAYA 3OVQA 1H7OA 5HINA 2NX9A 1LP6A 3O8AA 3TIMA 4MOZA 4KKXA 4GUGA 2NUXA 1I2RA 3B0PA 5AB3A 4O15A 5FEXA 4RX0A 4CNNA 3W3OA 3NAVA 4LNYA 4LUIA 4O11A 4HNNA 4WY0F 3BVJA 1EP1A 1O94A 3EWYA 3QMRA 4UTJA 2ZZ7A 2OX1A 3VCRA 4XWUA 3WJSA 1W5MA 1DL3A 4EIVA 1K7FA 2RFGA 5HWNA 3L0GA 3P60A 1ZJIA 1H1ZA 1LRNA 4GXMA 4FB7A 3MUXA 5L6UA 2ZA1A 4PCFA 6TIMA 4NJIA 1ALDA 3L9CA 1U5JA 3W7HA 2RHGA 4O0KA 4L4MA 3RNDA 2CLIA 2DZPA 3IVUA 2ZTJA 1ZAIA 2G95A 1QO2A 4MY1A 1AW1A 3STGA 3V75A 3GDTA 4JD4A 1QOPA 4K8HA 4S2BA 1S5WA 4JTSA 1UJPA 3WK1A 5LHEA 4NX5A 3NQ7A 2X1UA 5FESA 1AW5A 1BWKA 4R33A 4QJ1A 4OWGA 3LRLA 3LBMA 5H91A 3C2OA 3GR8A 4HNUA 3FLUA 3DFPA 2ZYFA 2VFFA 3BLFA 5FF7A 5F2IA 5D04C 4XTDA 5I3JA 4UCGA 4LY8A 1F73A 2QCFA 2NX1A 1DBTA 3P67A 3G24A 3G1VA 3PUOA 1K8YA 5FEPA 4KFNA 2I14A 3GDRA 2IQTA 1FWNA 4ADSA 4ZQOA 3TSBA 5D09A 3I7RA 1ICPA 1Q6LA 3S42A 3HG3A 4IOTA 4MZ1A 1W8SA 3IRDA 1QPRA 4JDYA 3W76A 4NJJA 1ME8A 4RZ4A 3E0IA 3B06A 3BK0A 3IV3A 1GEQA 2JKPA 3HGRA 2E1DA 1UCWA 2C6QA 1QNVA 1W3IA 3P7YA 1GVOA 4CNPA 1XFBA 2ZDRA 2A85A 2R14A 3GXPA 1W37A 1JRCA 2Y6ZA 3NEVA 3FIGA 2VC6A 3B0UX 1SUXA 4WUIA 4IGHA 1GVQA 4DEFA 1H51A 2YXGA 2ZRZA 1OFPA 1NF0A 3AJXA 2NUYA 2J6XA 4JDBA 3LLFA 3TC6A 3DGRA 1OFRA 1TJRA 3O16A 1XDMA 1XDLA 3QEZA 1YDNA 5AHFA 1VCGA 4Y90A 1EP3A 4RZ5A 1OX4A 2HS8A 2QCDB 1DVJA 4UIOA 4Z1AA 1J4EA 4CLMA 3W07A 4WX2A 4K37A 3C52A 2GUUA 1KA9F 1TRIA 4NX0A 3BW3A 3DHDA 2O7SA 4JYEA 2QDGA 4NUWA 2FB3A 1M7PA 2NV1A 1FBAA 3W1PA 3DFTA 3QJAA 3W7PA 1TV5A 1TJPA 1FDZA 1ZAJA 3G18A 4O1DA 2EAWA 2VFEA 3Q37A 4UFJA 3MI2A 5F4WA 3DFOA 3OVPA 1XKYA 2E68A 4UMAA 4OE7A 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3MO7 A;  4PH6 A;  3KBS A;  1F6K A;  5IHR A;  3KRU A;  3UT0 A;  1SZF A;  2AOS A;  4G1K A;  3W23 A;  4DO4 A;  2YL9 A;  4JNZ A;  1PTA A;  1F3W A;  5D9M A;  4ZOA A;  5H1W A;  1M7J A;  2CZF A;  3LBC A;  2PC8 A;  3WDR A;  1AZ1 A;  4P7O A;  3W6L A;  2NVD A;  3D46 A;  3NEH A;  1JR1 A;  1YBQ B;  2VEN A;  2Z26 A;  1UUM A;  1FVP A;  1V51 A;  3SM0 A;  1XIH A;  2B31 A;  3VE7 A;  1KTN A;  1X7I A;  1SJA A;  5CCZ A;  1Q45 A;  3AML A;  4P7L A;  3W84 A;  1H0G A;  3L4W A;  4RNF A;  5G4W A;  4AZB A;  1KM4 A;  1H5V A;  2QXW A;  5C5Y A;  4LV9 A;  3IEB A;  3Q94 A;  2WKL A;  2V0T A;  1DQU A;  4M80 A;  3V1P A;  1C90 A;  5D9N A;  3H8A A;  3UY7 A;  3O6A A;  3PJT A;  3WD4 A;  3HTW A;  4LW7 A;  3WIJ A;  3MWA A;  3GR7 A;  2PDN A;  1RJR A;  2VZU A;  1JUL A;  2NT1 A;  3ZLH A;  3B8U A;  3V0U A;  1UYQ A;  3M64 A;  5DBT A;  3UFY A;  1TPU A;  2YZR A;  5LNU A;  1JAE A;  2E77 A;  1X1O A;  3VGG A;  4MUZ A;  1V3I A;  5IDZ A;  1WZL A;  1VBR A;  5LIX X;  5EPD A;  4IMF A;  5F1U A;  3RPT A;  3S2M A;  2PEV A;  3HM7 A;  3ONC A;  1OK6 A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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