1XXXA

Crystal structure of dihydrodipicolinate synthase (dapa, rv2753c) from mycobacterium tuberculosis
Total Genus 114
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
114
sequence length
296
structure length
296
Chain Sequence
GFDVAARLGTLLTAMVTPFSGDGSLDTATAARLANHLVDQGCDGLVVSGTTGESPTTTDGEKIELLRAVLEAVGDRARVIAGAGTYDTAHSIRLAKACAAEGAHGLLVVTPYYSKPPQRGLQAHFTAVADATELPMLLYDIPGRSAVPIEPDTIRALASHPNIVGVKDAKADLHSGAQIMADTGLAYYSGDDALNLPWLAMGATGFISVIAHLAAGQLRELLSAFGSGDIATARKINIAVAPLCNAMSRLGGVTLSKAGLRLQGIDVGDPRLPQVAATPEQIDALAADMRAASVLR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Mycobacterium tuberculosis
publication title Crystal structure and kinetic study of dihydrodipicolinate synthase from Mycobacterium tuberculosis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 114
structure length 296
sequence length 296
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2004-11-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1xxxA00
2C18A 5EBUA 3HGRA 1K7EA 2B7PA 5BRBA 3IIVA 2VC6A 3E49A 1TTPA 1GTEA 1R47A 3LBCA 5D09A 3P8JA 4JNMA 4R53A 2FDSA 3C2EA 4AF0A 3OIXA 3WJZA 1ZENA 3N9SA 1JCJA 3SJ3A 2VXNA 2V82A 4MVAA 1A5CA 3WFAA 4XKYA 4O0ZA 3N9RA 1SFLA 1TIMA 1QR7A 2QUUA 4NXSA 1C29A 4BI5A 3HF3A 2BWGA 1TTQA 2AGKA 2BX7A 1XBXA 5LGZA 1IIGA 1G6CA 5J5RA 1EB3A 1NFBA 2YCEA 2ZZ1A 2R94A 3STCA 1ZAIA 3L2IA 3P60A 2BSLA 3C0JA 1VRDA 1ICQA 2TYSA 4YCPA 1NF0A 1KFKA 3O05A 1JCLA 3H54A 4KKXA 5A8GA 3HPSA 4MYXA 4P61A 2V9DA 3LB0A 4IX0A 3PSWA 1XC4A 3S5NA 4O1BA 3W1AA 4B5NA 3SGZA 1KBIA 3TH6A 2YSWA 1JRCA 4M6VA 3TSMA 3GDKA 2ZZ2A 2OT0A 3LOTA 4WXZA 1A5SA 1F7BA 2WSYA 5EA9A 3BK0A 2OCZA 3HG4A 3TC6A 2RH9A 5EL1A 4GJ1A 1JRBA 1H51A 1VPXA 2I9EA 4UMAA 3EWZA 3NPWA 1P0KA 3VNDA 2A7NA 4ADSA 3W7GA 1TPWA 2F84A 4X22A 3NPUA 3ZR4A 3NZRA 2X16A 1TJPA 1W1ZA 1K7FA 3DXIA 3QZEA 4A2SA 3CB8A 2EGZA 1JCXA 1OX4B 5L6UA 5K2ZA 4EF9A 3E0IA 4TU1A 2J9ZA 1ME8A 3GNNA 5D32A 1VS1A 2EPHA 5E93A 4D2JA 1P0NA 3QYQA 2HS8A 1XDLA 4GBUA 2QJHA 4ZQOA 3DFTA 3EWUA 5KMYA 4CNOA 2NLIA 4UC5A 2FLIA 1JUEA 3G1DA 1RZMA 1XBVA 2QKFA 4OQVA 4KWWA 4QSHA 4JX5A 3IVSA 3T4CA 1BWKA 2Q8LA 4K6AA 4JYEA 3LM7A 3LERA 3K30A 2QCLA 5FF7A 1OX4A 2E6FA 4MIMA 4DO5A 1A5BA 3IVTA 3Q2DA 3GXPA 3NQDA 4NJIA 3S5ZA 1JUKA 3M5VA 3BLFA 3HQ1A 2TRSA 3ANYA 1KFJA 3B03A 4X2RA 4JS3A 2HSAA 3MI2A 4N4QA 1TPB1 3NQ6A 3B06A 3QJAA 1ICPA 1B57A 1U5JA 2BLEA 3KVJA 4BWLC 3ATYA 1WYIA 4ZQNA 5H91A 2NWSA 3HO8A 3MUXA 4YWIA 3NA8A 4O1CA 3IGUA 2QCCA 4N9EA 4QNWA 3W7CA 3TMQA 1KM3A 1KV8A 1C9DA 4I9AA 4O10A 1KFBA 4OV9A 1I2NA 1OVDA 1JULA 1KFCA 3R12A 3IVUA 4TMBA 3PS7A 4O11A 3RK8A 4JICA 1G7UA 3M7WA 2OZ0A 2ZQ0A 4FNSA 3PB2A 4CQ9A 2FB3A 1MSSA 2NXIA 3W6YA 1VYSX 2CLHA 1TREA 2YPIA 2X2GA 4H4IA 5HWJA 3KX6A 4NJHA 4FNQA 3MYOA 1LTDA 3LXBA 3OHIA 1W5QA 1QMLA 3M9YA 3RU6A 5G2WA 4ZQRA 2VEPA 3EWBX 3TU9A 2RDUA 1LZOA 4RX0A 4UMBA 2Y7GA 4YXGA 1UASA 4U28A 3DU0A 3I7SA 4MZYA 4GWEA 4M19A 1TTJA 3WJYA 2P10A 1DV7A 2WPBA 2NX1A 5EMUA 2C0AA 4Z1DA 1QO2A 2OMAA 4LU0A 3S5OA 2DJLA 2Y7DA 1TTIA 5C2XA 4K38A 4XUGA 4MY1A 3T55A 3OG3A 1LRNA 3LI0A 3IGSA 3WK0A 2ZRVA 3DFOA 3TC7A 5HQEA 1RV8A 2YZRA 3G1AA 2RDWA 3L5AA 4EWND 3ATZA 1YXCA 1TYGA 4NX5A 3W2NA 3S8HA 4FNTA 1OX6A 4DPPA 1KFEA 2VKZG 4BI6A 1X7FA 5LHFA 5K4ZA 3S6DA 4S2BA 5KSWA 4MY9A 1IXPA 2KZHA 3R5EA 3UWVA 3UWUA 1FQ0A 2DZWA 1Q6LA 4N9BA 3G24A 4HPXA 4IWWA 3UXAA 1WA3A 5D38A 3LHZA 3EWWA 2V8ZA 4CCEA 3G18A 3MP4A 2CZDA 5F4SA 3P74A 4FX7A 2NV2A 5AYZA 2VFHA 3A22A 1IIHA 2O7QA 3M41A 5TIMA 2GVLA 2YR1A 3U6WA 1J5TA 4O1DA 3BV4A 4JXCA 2JKEA 4UFKA 1TPEA 1ME7A 4LT9A 5E1QA 3A5FA 2QJIA 5HWMA 3PB0A 1E51A 3V1PA 3DI0A 2Y62A 1LP6A 1TSIA 3EX2A 1Q45A 4Y96A 2ZZ3A 2ZTJA 1VLWA 4OU1A 3W1MA 4GNJA 3GR7A 1YDOA 2GQ8A 2QAFA 5LNUA 3W7HA 3W73A 5EYWA 2ZBTA 2VENA 1BKSA 5L9FA 1DORA 4AB4A 2A2IA 4CCDA 1KA9F 2ZDRA 3UY7A 5BW6A 2Y7EA 4UTWA 4MOZA 4AHOA 2ZA2A 2G95A 3SIZA 1KLYA 3E9AA 3STEA 3L0KA 3NVTA 1PHQA 1D3GA 3L65A 1OJXA 3YPIA 4FX8A 2C6QA 4O50A 1UB3A 4UTTC 3C6CA 2V2HA 1W5NA 4AAJA 5K3VA 1GJPA 1AL7A 2D73A 3TAOA 3BVJA 2ZZ5A 2W79A 2Y88A 3LRLA 5CPMA 3C2OA 1QAPA 3EXRA 2VOMA 3QM3A 3C2RA 1L9WA 3KXQA 4GFSA 1K8XA 4HPJA 3W1RA 3R89A 5HR7A 4AEOA 4JN6A 5K9CA 3LTPA 1TO3A 3HMJG 3V75A 1TV8A 2PRMA 1LYXA 1TQJA 3L0NA 4LVDA 5EY5A 4O52A 1B4EA 2ZA3A 5IBXA 3GVGA 3AJXA 1IXNA 4JY8A 3W7LA 3L68A 1X1OA 1QOPA 3G1VA 5BMXA 2ZTKA 1ZAJA 3PWAA 2B7OA 2QUTA 3QMTA 4I7WA 4JX4A 3G3DA 3IV3A 3EWXA 3FKKA 1ZCOA 3QPZA 5CKSA 1I45A 3IIXA 5FESA 3CM4A 1RQHA 4LWWA 2FPTA 1QPNA 1PV8A 3S0CA 5U4NA 5LSMA 4UTUA 3FEMA 4PCFA 1R30A 4M5PA 3TXZA 4JTIA 1FXPA 2HS6A 3NR0A 2V5BA 1W0MA 4DXVA 2WSQA 3P8IA 1XUZA 2QUVA 1WOAA 2J6XA 3KOFA 3FYOA 2QCHA 2Y63A 1K3UA 1YXDA 4ONVA 4NZFA 1GZGA 4CCCA 3GDRA 3PUDA 5D33A 3C8FA 1K02A 3NQ7A 1EUNA 5AC7A 3EX1A 5C6MA 3HGJA 2YW4A 3DENA 4LTSA 1DQXA 3ABOA 3DH7A 4DEFA 3UWZA 4QQ3A 4HN4A 4ZZ9A 3W85A 5HMSA 4M6QA 3VFLA 2JGQA 5K4XA 1IXQA 2ISVA 5K9DA 3GB6A 3KVLA 5DLCA 3P62A 4HHPA 5AB3A 3PUEA 1HO4A 2A21A 4PTNA 3SR7A 1R46A 3EX3A 3QSTA 3O06A 3B0VC 1EWDA 3W7MA 4RK8A 2X1TA 1SPQA 4MKNA 1JCYA 5EPDA 3W76A 1FWTA 1QNVA 1AW1A 2TMDA 1EP3A 1V7YA 1LBFA 3LX9A 3P81A 4TMCA 4YCOA 1FDJA 1M7PA 2NUYA 1EX5A 3A9IA 4ZQMA 1YLVA 4AWUA 1KTNA 3MJYA 3N2MA 4H3DA 3LCLA 2C1HA 1IF2A 3P61A 1I4NA 2CW6A 4M6PA 1W3IA 3EKZA 3S42A 3THQA 4WZHA 3GAKA 2WO5A 1OYAA 4UFIA 1W31A 1H1ZA 4AVFA 3C2FA 4JTUA 1L6SA 3N2XA 1ME9A 2H8ZA 3R8RA 3S1UA 1GQNA 4PL2A 5H2ZA 2ZRWA 2ZZ6A 1X6UA 5DCBA 3TSDA 1N8FA 3E96A 4C1LA 1EWEA 1G4TA 2PRHA 4WD0A 3LV6A 2NWRA 1Z42A 1XBYA 4X9SA 3W1XA 2CLEA 4RKAA 3QQ1A 1J4EA 3PBVA 4QM1A 1QFEA 3W1TA 1GOXA 1GTHA 3T7VA 3TQKA 3H53A 3LTSA 3O15A 1LM1A 4Z1BA 4RLIA 1XXXA 2CLOA 1I2PA 1VGAA 4Y6GA 3DKJA 1VHCA 5BMWA 1VJIA 4N4PA 2R8WA 4GUHA 1K03A 1K7XA 4QAIA 1Y0EA 3W3OA 1KV5A 3PF3A 5D37A 4IUOA 1TV5A 4RR4A 3BPWA 1S3HA 2J24A 2YGYA 3LDVA 4R33A 3W1NA 5ABTA 4HNVA 4JTTA 1SW0A 4XWUA 4A2RA 5AHLA 3C61A 3KRUA 1A50A 3I65A 5HR6A 4IMDA 4ICNA 3BW3A 3HGOA 4JTGA 2CLIA 2VFEA 3GNDA 3O8AA 3W86A 6ALDA 2NUXA 3M1ZA 4OT7A 1ML1A 2JKAA 2WNNA 2XN1A 4FB7A 1SZEA 3W7QA 4IMFA 1DHPA 1JQXA 4RXGA 3QW4B 3L5MA 4Z0JA 3DFPA 1I2QA 4JR5A 3BO9A 1XUUA 1AL8A 2CLKA 2ZYFA 1AW2A 3RMJA 2VFDA 2JGYA 5KZEA 4KFOA 5I3HA 5DN1A 3FLUA 4O4VA 1DVJA 4MZ8A 4E0CA 3OBKA 6TIMA 1KLZA 4NJKA 2E5DA 1Q6RA 3UWQA 2W0UA 3TE9A 3NQGA 2GJLA 1EPXA 3W1UA 2Y61A 1YDVA 3L67A 3QRHA 3EB2A 3M47A 3PR2A 2QAPA 3VCRA 4ZL1A 3TR2A 4ZVJA 3W88A 4Q32A 3G1YA 2V0TA 3MBDA 3Q58A 1OFAA 2FIQA 3TKFA 1FCVA 1HL2A 4LRTA 2G5WA 4HSNA 4JYFA 2YYTA 3TW7A 1EUAA 2FPYA 5DY3A 2ALDA 3SY5A 1XKYA 1TQXA 4C1KA 3B04A 3N34A 4K7YA 4PA8A 2RFGA 3SECA 1TRDA 3P67A 3PAJA 4LVAA 1DKWA 3O6DA 4RZ5A 4JTHA 2A7PA 3G0XA 3SGUA 4E2BA 1H61A 1KM5A 4HKPA 4NJGA 2Y70A 2J27A 4IXXA 1S5WA 4FIQA 3M43A 4WOZA 1OABA 1FBAA 1QO5A 5F1VA 2ATMA 1FWNA 3FIGA 5I3GA 5CPLA 3W9ZA 3STFA 3T40A 5E0KA 1TPVA 4JIPA 3W1LA 1Z48A 2VFGA 3R13A 4JDYA 1LCOA 2Z6IA 4P2VA 4R34A 1YYAA 3W7OA 3VE7A 1TPUA 1YDNA 4O4WA 3DFSA 1LLWA 1PVNA 4AHQA 1LRQA 4LW7A 2CLLA 2CLMA 4LUJA 4O57A 4CLMA 2BZNA 5G1TA 3PM6A 3UD6A 5FF3A 3E02A 1MEIA 3HBLA 5F2LA 1LLZA 1C8VA 4U4MA 4Y90A 3W74A 4AH7A 2X1UA 1OG0A 2OT1A 4FNRA 3KVMA 4DPQA 3T78A 5CSSA 4IQLA 4XBSA 4J9JA 3PBWA 3FS2A 1TV7A 3MHUA 1GG0A 1WBJA 4PL1A 2EHHA 3FOKA 4IJBA 3KRZA 4Z08A 3VE9A 1Q6QA 3GLCA 3S9YA 1OYBA 4MY8A 1YPIA 2ZRZA 4LVFA 2W6RA 3HPXA 1H62A 2C16A 4ML9A 1SW7A 2GUUA 4JTLA 1EP1A 3O63A 4WY0F 1ZY9A 4O53A 4K8HA 4RZ4A 3USBA 1K8ZA 2E68A 1HTIA 2H90A 4GRSA 3L21A 3W87A 2FJKA 4GUGA 4WUIA 2EAWA 4DQWA 4RJEA 2YFNA 4XTIA 3DHDA 2DZPA 3DFQA 5CSRA 5D2TA 2V2CA 4JTSA 2XFWA 5F1UA 4GXMA 2A85A 3NQMA 1A5AA 1MZHA 3W7KA 1VYPX 1LBMA 5LGXA 3W2UA 1MEWA 5AFDA 3P5ZA 1DOSA 4XBKA 1VR6A 3Q37A 4Z1CA 1H60A 3NQVA 4YMZA 5G4WA 4AWSA 3BLEA 3KRSA 4OBTA 3MP3A 5CPOA 3N73A 3B0PA 4UTMA 3D0CA 2GOUA 1EA0A 1FWSA 5DBUA 3NEVA 4NQ1A 5A5WA 4IOTA 2R91A 3NO5A 4LV9A 1UUMA 1WOBA 2XN2A 1AMKA 3LLDA 3MO7A 4FX6M 4AXKA 2EF9A 2GPTA 4A22A 1I2RA 1O4UA 3W75A 2E6YA 4IMCA 3ABQA 2A0NA 2NX3A 3I7QA 1O5XA 4CQAA 2H8XA 1AG1O 3IIOA 5I3KA 3TROA 4DELA 4O14A 2NXGA 3LXCA 4XQ6A 1R2TA 4NVTA 3QQ0A 2A6LA 1XDMA 2QCEA 1FXQA 3EWYA 1W5OA 3I7RA 3CEPA 4JX6A 4AHPA 2C19A 1QWGA 3TFXA 3MWAA 3F1QA 5D05A 3PG8A 1U83A 4EF8A 2PE4A 1W37A 3F03K 3W72A 2JKPA 4OE7A 2ZFAA 4K37A 2ISWA 1KTBA 1ONRA 2QCNA 4NT0A 4LVGA 3U8GA 5F2GA 2Y89A 3QC3A 3N19B 5C5YA 4I7UA 3UXDA 2NXHA 2V5LA 2A4AA 4KWVA 1GVOA 4CQ8A 3GIYA 2ISSA 3O6CA 4LS1A 1JUBA 4UIOA 2E6AA 4A29A 2HMCA 3OVPA 4UTHA 3BW4A 1SFJA 3WJWA 2YFOA 3DKLA 3IIZA 4UFJA 1NF7A 2ZA1A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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