3MBD | Genus

Total Genus 135

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	135
sequence length	336
structure length	336
Chain Sequence	MDCDHLLRLGMTAKKILENGKGILAADETPKTLGRRFEKLGITNTEENRRKFREILFSTKGIERYIGGVILNQETFEQTSGSGVPLTELLKKKGIEIGIKLDKGLIDYKEKEKISVGLEDLDLRCKSSAFKDATFAKWRSLFYFYDGIPSEDCINENCSILAKYAIICQKNGLVPIVEPEVFLEGDYSMKRSYEVTRQILSTLMKYLNYELVYIPGVLIKASYVTSGQLSNEKYTPKKVATFTLRALLSTIPCGIPGIVFLSGGHGSEDAIGFLNAINMERGCRTWSLSFSFARALTDGVLETWRGDDSNIEEAQKILLETSFKACRGAEGKLWDQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Encephalitozoon cuniculi
publication title	Structure of fructose bisphosphate aldolase from Encephalitozoon cuniculi. pubmed doi rcsb
molecule keywords	Fructose-bisphosphate aldolase
total genus	135
structure length	336
sequence length	336
ec nomenclature	ec 4.1.2.13: Fructose-bisphosphate aldolase.
pdb deposition date	2010-03-25

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00274	Glycolytic	Fructose-bisphosphate aldolase class-I

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3mbdA00

1T8XA 3LXBA 4MPQA 1GT8A 3W2KA 1SQ7A 3LHWA 3M5YA 2A6LA 3E12A 2A85A 2E6DA 1FQ0A 4JTGA 3PBYA 1TTPA 3LTSA 4GBUA 1B4KA 4GUFA 3UY7A 4K36A 4UTHA 1JCYA 4TR9A 3I65A 3TQVA 4MYXA 3C4UA 3W70A 3KVMA 1PHWA 1FWWA 2NXHA 2FPTA 4O8RA 3DFPA 4LY8A 3CTLA 2ATMA 3I68A 3LI0A 3KX6A 4E2DA 3NZRA 3A5FA 2TPSA 3EXTA 4B5NA 2JKAA 1VH7A 4XUGA 5DY2A 4Y90A 2ABAA 1D3GA 3P7YA 4JYDA 3VI2A 1LRNA 1FDJA 4GUJA 3T7VA 3W07A 3LHZA 5MHBA 3WK3A 3P5ZA 3FLUA 5T26A 4Q4KA 5HWMA 4JNMA 2RDWA 4S2BA 3W7HA 4K7YA 5EKYA 1PL9A 3IIVA 3VE7A 3SY5A 3TMLA 4A21A 3G0UA 3GDTA 4LVBA 3WJWA 2I1OA 1TYGA 3S9YA 1VRDA 4FF7A 3Q94A 3W1QA 3TFXA 3ABOA 3TW7A 1TIMA 3KVLA 5HWJA 1H7RA 1AL8A 3BV4A 3W7LA 3RF9A 3MHGA 3CWNA 1R47A 5AHLA 1I8JA 3C56A 3SI9A 2QDHA 1YYAA 1VR6A 2Z1BA 4UR7A 2P0OA 1F6PA 4UFJA 1XFBA 1W5PA 3LHVA 1JJKA 5K4ZA 2PRHA 4UNLA 2NXIA 2EGZA 4Z0JA 1KTBA 3OEXA 3LCIA 3ATYA 1J5TA 2V5LA 4UFKA 3ZFHA 1BWKA 5D09A 3W1XA 2YYUA 4H4IA 3ABQA 3W6YA 4E0CA 5DBUA 1TJRA 2ZA1A 1R2RA 3DKJA 2XFWA 3NPWA 4E38A 4EF8A 4DELA 3WK1A 2QJGA 2QEZA 6TIMA 3ZWTA 1G69A 5HUPA 3GKFA 1H7NA 1ZCOA 4RZ6A 5K2ZA 4TMBA 2DU2A 4TO8A 3TKFA 1G4EA 1WDWA 1JUBA 1B57A 4AB4A 1SUXA 3LDVA 5HQEA 5G5IA 2ZDRA 4FIQA 3DKLA 3GXNA 3KXQA 4E2BA 2QCLA 3TE9A 4NNAA 3CC1A 3SSJA 4O4WA 4DPQA 1KLZA 1EP1A 1X1OA 3HPZA 2RDUA 3W1NA 3OG3A 1GTHA 2ZZ1A 3W76A 4S2CA 1W8SA 5FEWA 1A5BA 3MJYA 1DJNA 3M1ZA 4O11A 5DXYA 3SJ3A 3TJLA 5D05A 5D33A 1TTQA 4FNSA 4I7WA 4NJJA 4A3UA 5I3IA 3FKRA 3NL6A 3LI1A 3RNDA 4R53A 1L2UA 3UWYA 1W54A 1X7FA 3NQDA 5HR7A 3P8JA 4U4MA 3MBFA 4IMDA 2A0NA 3QW3A 1JQVA 3LX9A 5L9FA 3TW6A 5G4WA 3E49A 1PIIA 1OFOA 3NQ6A 1HUVA 4CNOA 2CWNA 4FNQA 3W1LA 1THFD 4M6VA 4BK9A 5KITA 4WQ6A 1LOLA 3NR0A 3GX9A 3P60A 1TCDA 4UR8A 2H3DA 3T55A 1GJPA 1BEUA 3CEUA 2QF7A 3DBPA 2PC4A 4JS3A 2C1HA 1KW1A 4FIRA 1AW2A 3G3DA 4JIPA 1OHLA 3S1XA 5D32A 3TXZA 2FPVA 1OJXA 5EY5A 4UIOA 1LTDA 4IXXA 1H61A 4TX9A 1K8ZA 5D02A 3G1FA 4RZ5A 1W37A 3A24A 2FB2A 1I2QA 2QR6A 1BKSA 4I7VA 4WD0A 3NQMA 4CQ9A 1FCBA 3EEGA 3RFAA 1OK4A 5FEZA 5D2WA 4LUJA 4XQ6A 1TPC1 2WO5A 1KA9F 1DVJA 1O60A 4RV8A 3DU0A 3PUOA 1P0KA 2I14A 1ME7A 3TQKA 2JKEA 4LS0A 2X1TA 2QUUA 1VLIA 2G97A 3M43A 3IVTA 5HMSA 4QITA 5AN7A 2DZUA 2HSAA 1TPWA 4O57A 3W7GA 1FWRA 4BWLA 3SW6A 2E09A 2GPTA 3M47A 4HNNA 3V1PA 2QUVA 1S5WA 4KFNA 3TH6A 4IGHA 3QSTA 2YFNA 4Q33A 1AW1A 1LBLA 2CLFA 5E0KA 3BW3A 1OVDA 3O63A 4GUGA 2C6QA 4RXFA 3T40A 4PA8A 1TO3A 3U8GA 1LCOA 2B7OA 3PSWA 3UQNA 2Y70A 4NXSA 3ZWSA 3B04A 1QDSA 4DEFA 1TPH1 4BI6A 3ANYA 1XUUA 2J9XA 1TB3A 4AVFA 1TV5A 1UUMA 4Z1DA 3TSBA 4WZHA 4AXKA 3QC3A 5EMUA 3IRDA 2B4GA 4MY1A 3N73A 3BLEA 1TV8A 3NA8A 5AYZA 3G18A 4BF9A 2QUTA 2CLLA 3TMQA 3STFA 2V2HA 3S5OA 4MY8A 2VFFA 3CWOX 3I7RA 5BOOA 2OMAA 3TROA 5EBUA 1SR9A 3E02A 1G7UA 1TPB1 2ZCGA 4PC8A 3FKKA 5F1UA 4YXGA 1GG1A 3LCFA 1Q6OA 1TPVA 1R2TA 3AO0A 1W5MA 1VCVA 4MIMA 4LC6A 3W86A 5F4SA 3UWVA 1YDVA 3LERA 3HG2A 1GVRA 4ONVA 2VEMA 1RQEA 1FWNA 4AH7A 4R33A 2YGYA 4N2YA 3A9IA 4NNBA 2A5HA 4O54A 3SECA 4MJMA 1GOXA 4HIBA 4JR5A 3WJSA 3L68A 2NUWA 3LCGA 1XKYA 4O50A 2GUUA 3BO9A 2PE4A 1LRTA 2RHGA 3IGUA 4UTIA 4NX5A 4OQVA 2C14A 2VEKA 2E1DA 4IOTA 4IQLA 5IBXA 1AL7A 3P74A 3BW2A 5FF3A 3NQ7A 2DZPA 4N4PA 2CFFA 1OYAA 4QM1A 3EKLA 3O8AA 3U6WA 1FXQA 1MXSA 4X3ZA 5F4XA 5F2IA 3VE9A 4GJ1A 1Z41A 3W7MA 5C5YA 3IIXA 1IXQA 1K3UA 3MMTA 4IPIA 4R34A 3W7CA 3S1VA 4WY0B 4DPPA 1Z44A 3QJAA 1WBHA 4JTHA 4DQWA 4CQAA 1W0MA 1I2RA 1H51A 1XDLA 4RK8A 4MYAA 2WNZA 3M9YA 1B9BA 1LBMA 3SFKA 1TSIA 4Z08A 4OT7A 3F1QA 1C9DA 3W71A 4O10A 1ICQA 3QMSA 3GYEA 3W23A 5TQLA 3UPBA 1A5AA 2AQWA 1HFBA 3G0SA 5K9CA 4ALDA 4BI5A 1MEHA 3PBWA 2X2GA 3BG9A 4IPJA 3LOTA 4ORMA 2Z0IA 1F05A 2B0MA 4RJEA 3NM1A 5D38A 3E0IA 2ZZ4A 2WQPA 3NO5A 4UC5A 3TC7A 3HG4A 7TIMA 5J5DA 4UTTC 1KTNA 4IX0A 1VCGA 4HPJA 3KVJA 4TMCA 2YX0A 1LYXA 3L5MA 2ALDA 2Q3OA 4P2VA 2VFDA 2C0AA 2VENA 4L4MA 1KFKA 1OX5A 3DENA 3N9SA 1JVNA 5BMXA 4JTLA 3TQ0A 3DI1A 3FIGA 1OF6A 3VFLA 3S0CA 2G96A 4ZVJA 3Q2DA 3LCHA 4NU7A 3F03K 1XUZA 1GWJA 3LCLA 3EX6A 2J9YA 3TFCA 2ZBTA 1G67A 3UWQA 3HF3A 6ALDA 5FF2A 2QCHA 4JTIA 5D03A 4YLWA 5D04C 3L2IA 4K8EA 2H6RA 3M5VA 1K8YA 5LZLA 1LP6A 1K7XA 5CSSA 4GUHA 3G8RA 3WJXA 3PS7A 4GUIA 3EWZA 2CLEA 2X1RA 2J27A 3MO7A 1SFJA 3MP5A 2Y88A 5KINA 3NEVA 3NDOA 4RR4A 4EOUA 3DXIA 1OF8A 4JYEA 2C13A 4UTJA 1TQJA 3CB8A 2JK2A 5E1QA 2J88A 4O0ZA 4JTJA 4C1KA 2ISVA 1B3OA 4KFOA 1F6KA 3EWYA 1I4NA 4UUIA 1T96A 2QCMA 1GVFA 3L65A 1H63A 1TMHA 3IIZA 4OV9A 4GC4A 1QPRA 3EXRA 1UUOA 3MHUA 4O12A 3UWUA 3PR2A 2EHHA 4Y96A 3QYQA 3GXPA 4O53A 3QSRA 5AHMA 2A4AA 3KOFA 3IGSA 4ZL1A 3TU9A 4HT3A 2C18A 4BFAA 4O28A 3BLIA 3TCEA 4QIUA 3QEZA 3M5XA 4IMCA 5GVJA 1IIHA 2NX1A 3S1WA 4FNTA 1EP3A 4NUWA 3GNDA 3MUXA 2ZZ2A 1UJPA 4J9JA 5IM51 2AAMA 1UBSA 3O15A 4JTTA 5G2WA 5DCDA 3W2NA 3W7DA 2Y63A 3QQ0A 3PSVA 3W83A 3M44A 3GR8A 3QM3A 3GB6A 4PEKA 1DOSA 3DHFA 3C8FA 1VS1A 2V0TA 3WK2A 4CCCA 3DGRA 1O5KA 3NPUA 3Q58A 4TU1A 4NJKA 3SZ8A 5LKYA 1WXJA 1KFLA 2QCDA 1VPXA 3C2RA 3LTPA 4O16A 4ZQMA 1PV8A 2FPYA 1S5VA 4XBKA 3B4UA 1NSJA 2C15A 3STCA 4A2SA 2CW6A 1EWDA 3UZ5A 5FF0A 2EKCA 3LXAA 4FNUA 2E5BA 1KM4A 5D37A 1QWGA 1FDZA 4LUIA 4ZQNA 1ZAHA 2Z6IA 5AOUA 5I3GA 3R89A 4XKYA 3P61A 4NVTA 1WV2A 1TRIA 4CLMA 1QAPA 2ATSA 1SW7A 4LV4A 3W7EA 1XCFA 3HQ1A 4UTTA 3EWWA 1JRBA 2YFOA 2V8ZA 4O19A 1R2SA 1O95A 3R13A 3NZ1A 3O1NA 1H60A 2J6XA 4NXKA 3S1UA 1O4UA 1SZFA 4O1AA 3M0ZA 1GPWA 2QAFA 2ISSA 1NEYA 3HG3A 2ZZ7A 3MYPA 4NNCA 3TXVA 2NV1A 3FJLA 4RKAA 1PS9A 4GNJA 1HO1A 2H90A 3G1SA 3LHTA 2PCQA 3VCRA 3KRZA 3RLVA 3CLMA 1NAL1 3THQA 3WJYA 1HO4A 3G1YA 5DCBA 2V9DA 5KMYA 3CT7A 3W9ZA 3EKZA 5DY3A 1NF7A 1JCLA 1L6WA 3DI0A 5K9DA 4LVAA 4AMAA 3HB9A 5FEPA 1FXPA 4JTUA 1SO5A 4N02A 2FB3A 3SR7A 2ZQ0A 4KFPA 5I3KA 2B7PA 1QFEA 1TPFA 2YCEA 5HNRA 4MZ8A 1KFEA 5BRBA 1WYIA 1KBJA 2YDAA 3PULA 1BTMA 1RVGA 1ZALA 1EX5A 2C3ZA 2E77A 1VC4A 5CZ0A 3PBUA 3P82A 3ELFA 1VJIA 4MOZA 3TSDA 4O18A 1WQ5A 3BLFA 2WSYA 2NWSA 4FNRA 5AHIA 4UMBA 8TIMA 4LC8A 2WNNA 1QCWA 3N2MA 3WJZA 1ICSA 1M5WA 5D2VA 2V82A 3DFQA 2GVGA 1TV7A 1AW5A 4I9AA 4H6KA 3G1AA 1EEPA 2C16A 3LRMA 4UMAA 1M7PA 3G3MA 1SO3A 4FNPA 4OGZA 2DJXA 3W7OA 2E68A 3W72A 1J4EA 1KM5A 4WY0F 1QO5A 1KV5A 3NOEA 1KFCA 1GTEA 3N2XA 5C2XA 3BGGA 4IMEA 3TAOA 4AHPA 4EIVA 3TR2A 3IIOA 2NWRA 3EB2A 1W56A 2R8WA 2QJHA 4XTIA 3W2UA 1VYRA 2VXNA 3K30A 3MI2A 2BTMA 3KRSA 3LM7A 3TDFA 2WSQA 2OT0A 4DBDA 3CIWA 2WSRA 2P1FA 1YPIA 3DH7A 1JULA 3IGXA 1BWLA 1U5JA 4MJZA 4AWSA 4FXRA 2X1UA 1WAUA 1QO2A 1HTIA 3KAOA 3B05A 4LWWA 5A5WA 4HSNA 1L9WA 2CU0A 2WNQA 2ZRWA 3P62A 4O15A 1A5SA 1DV7A 3F4WA 4JTFA 1OK6A 4K37A 4YCOA 2QKFA 3QFEA 1L6SA 4QNEA 3RU6A 2YXGA 5C55A 1AG1O 3LLFA 3A22A 3N34A 4KWWA 4M7TA 1HL2A 3GLCA 2NX3A 3LHYA 2FFCA 4LOCA 4L4LA 3W74A 2QDGA 1Q45A 4H3DA 4LRSA 3OHIA 1A5CA 5F2LA 2QCNA 2AGKA 5HUOA 3C2VA 2E6YA 2ISWA 4MVAA 3PBVA 2X16A 3MW7A 3QQ1A 5CPLA 1GYNA 5CG7A 4PODA 4QISA 3NQVA 5C54A 2J24A 5EL1A 1EPXA 3G1XA 2TMDA 5AHFA 1K7FA 4JDYA 3GDKA 3A21A 4RZ4A 1MEIA 2QJIA 5LSMA 2A7PA 3A5VA 3NM3A 4A29A 4O1DA 4O4VA 1ADOA 5FESA 1VCFA 4A22A 3QF0A 1KM1A 4JYFA 4UNKA 4O17A 4IWWA 2GQ8A 2WKJA 3HBLA 3N3MA 4N9EA 4Z1CA 4JX5A 3OVQA 3EXSA 3LRKA 3O6YX 1OX4A 5KZEA 4PFMA 1PCWA 4OHQA 5F2MA 5G1YA 1YADA 3S6DA 5TBOA 1ZENA 3CU2A 2NLIA 3GIYA 3MBDA 4GXMA 4RLIA 3QH2A 2YSWA 2KZHA 1FX6A 3C52A 2ABBA 2W0UA 2ZRYA 5CSRA 1P4CA 4YWIA 3TJXA 2R94A 2ZYFA 3GAKA 4OU1A 5F2GA 1Z48A 1EUAA 1DQWA 2ZZ5A 5DLCA 2E6AA 3IVSA 1Q6QA 3G1DA 1ICPA 3G8EA 1ZJIA 3QMRA 2E5DA 3HG5A 3GDLA 3SGZA 2X30A 3HJZA 2WJZA 2Y61A 1OFBA 2QAPA 1XC4A 2GOUA 1DJQA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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