1IXQ | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	242
structure length	235
Chain Sequence	AELLLGVNIDHIATLRNARGTAYPDPVQAAFIAEQAGADGITVHLREDRRHITDRDVRILRQTLDTRMNLEMAVTEEMLAIAVETKPHFCCLVPEEGGLDVAGQRDKMRDACKRLADAGIQVSLFIDADEEQIKAAAEVGAPFIEIHTGCYADAKTDAEQAQELARIAKAATFAASLGLKVNAGHGLTYHNVKAIAAIPEMHELNIGHAIIGRAVMTGLKDAVAEMKRLMLEARG

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Enzyme-ligand complexes of pyridoxine 5'-phosphate synthase: implications for substrate binding and catalysis pubmed doi rcsb
molecule keywords	Pyridoxine 5'-phosphate Synthase
molecule tags	Biosynthetic protein
source organism	Escherichia coli
total genus	90
structure length	235
sequence length	242
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.6.99.2: Pyridoxine 5'-phosphate synthase.
pdb deposition date	2002-06-28

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF03740	PdxJ	Pyridoxal phosphate biosynthesis protein PdxJ

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ixqA00

4LRTA 2WO5A 3QC3A 3W7CA 5K2ZA 3FOKA 3GX9A 1ALDA 1TSIA 3M5YA 4NJGA 1G7UA 5G1YA 1FDYA 3WK2A 1Z44A 4UTJA 4GBUA 3PB0A 2E68A 1ZALA 1DVJA 1KM0A 3E02A 4POCA 4UR7A 3LRLA 1XM3A 2ZZ7A 2CWNA 4YMZA 2DZPA 1MO0A 1UASA 5CZ0A 1KW1A 1V5XA 3TKFA 4NVTA 2CLIA 5I3FA 3G1FA 3UWUA 3A22A 1TTQA 1BTMA 4PCFA 3LHWA 1M6JA 3DHFA 4JIQA 1NF7A 2CLLA 3MUXA 3B03A 3BG3A 1VCVA 3QMTA 4EIVA 3GDMA 4IPJA 3PUEA 2J27A 3MI3A 2E6FA 3KX6A 4FNTA 4TR9A 1G67A 3M16A 2PC4A 3R2GA 3M9YA 3E49A 3LERA 4IGHA 4RK8A 3LCIA 3IIOA 4O1CA 1XBYA 3NQEA 3OBKA 4LT9A 2I1OA 3HMJG 1W3IA 1OFPA 3BVJA 1R2TA 4JTTA 5EL1A 1UUOA 1AW2A 4X3ZA 3DU0A 4DO4A 1OFOA 4K8EA 3UPWA 3W1RA 2ATMA 4WOZA 4WXZA 1FQ0A 3SECA 2B7OA 1GVQA 3W87A 3DHDA 2VEPA 3M1ZA 4WJEA 1UJPA 2VEKA 4K8HA 2ISWA 3FKRA 2VENA 3IVSA 3RFAA 2HMCA 4O18A 3MJYA 1K7FA 2RFGA 4DO6A 3FIGA 1GQNA 2XN2A 3GDKA 3QF0A 5J5RA 4Q4KA 1SO5A 1SSGA 2DZSA 4LTSA 1CX9A 3L67A 4PODA 4UC5A 1TPWA 4JX5A 3NNTA 4N2YA 1RQEA 1HO4A 1NEYA 2OT1A 3TU9A 2NUWA 3W1UA 3GNDA 1H7PA 2Y61A 3W7EA 2WSQA 1MEIA 3CQ0A 4JS3A 3QW3A 3G1VA 4GC4A 1TPH1 3NZRA 1KTCA 1KM2A 1FCBA 2DJLA 4JEQA 3HPXA 3SR7A 1QPOA 2HTMA 4DF2A 2V5BA 4EF9A 3FKKA 3USBA 1ZAHA 3HG4A 1XBXA 1LORA 1FXQA 3EX4A 3E96A 3KFTA 4GRSA 1P4CA 1TV7A 5FI8A 3B0VC 3UXDA 1UB3A 3HQ1A 3LB0A 3W1LA 2A0NA 3NM1A 1OYBA 2A85A 2ATSA 3A9IA 3F03K 2GQAA 3H55A 3A5FA 2ISSA 3EX2A 7TIMA 3F4NA 4JXCA 5BW6A 3HB9A 1LTDA 1EB3A 3W6YA 4KWVA 2E6DA 3SIZA 1DKWA 1KM6A 3LOTA 1F76A 2CLMA 2QKFA 3DFOA 3W7PA 5BOOA 2C3ZA 2RH9A 2ZCGA 2C16A 3MBDA 4NNBA 5DN1A 3DKJA 3N2XA 2V82A 1ML1A 3UY8A 1YTDA 1HFBA 4HT3A 5KZDA 3CM4A 4AHPA 4PC8A 4O53A 3LHTA 3B0PA 2ZRXA 1GG0A 1FCUA 2PRLA 4IPIA 1TRIA 1QO5A 1AG1O 4MLJA 1ADOA 2BSLA 3W7HA 1EUNA 4HNVA 3W7KA 2QCLA 4UTUA 2C6QA 3QMSA 2PE4A 1WAUA 1SO4A 2QAPA 3EXSA 4B5NA 4R7JA 3TIMA 2Q3RA 5EYWA 1QOPA 1IXQA 4O1DA 4RKAA 1MZHA 5KZEA 2GVLA 3FEMA 3O16A 2RDWA 4Y6GA 4JX4A 3W1TA 2WNNA 1FDJA 5U7SA 3RLVA 2WQPA 4I7UA 3QSTA 2Y7FA 5J5DA 5HR7A 5KMYA 2VFFA 1GVSA 2EGZA 5BMWA 1L9WA 3I7RA 4MZ1A 3P82A 1YLVA 2BX7A 1SFJA 4OWGA 5F4WA 3STFA 3W1PA 1K7EA 3EXTA 2FTPA 4FNPA 4O0ZA 4CQ8A 2QDGA 3O1NA 4JTHA 1NFBA 2NX1A 1KM4A 3MI2A 2CLHA 3IIZA 1VRDA 3GNNA 1WA3A 1BEUA 4NJIA 5LZLA 4JY9A 3QRHA 3EXRA 5I3IA 1Q6QA 3NPUA 4UTMA 4LY8A 5HJLA 3TW6A 4A22A 3I65A 1XDLA 2W0UA 4AWTA 1JULA 2NXGA 3T4CA 5LHFA 1P0NA 4DELA 1ME8A 2YYUA 3S1XA 3E12A 4NU7A 1VCFA 2NZLA 3GAYA 4FO4A 4OGZA 3PF3A 1SW7A 1JUBA 1VZWA 5DXYA 1L6YA 2Z6JA 2BWGA 1W5QA 1TYGA 3W2JA 3TW7A 3CIXA 1L6WA 1LBMA 1SQ7A 5CG7A 1PVNA 3W1NA 5BMXA 1NAL1 2E5DA 4ZQCA 1I2QA 3Q2DA 2EKCA 3NXFA 4N4PA 1OFRA 3P5YA 4UFIA 1D3GA 2J9XA 1W5NA 1A50A 3PB2A 1PE1A 1SSDA 2OCZA 2YCEA 4AEOA 3P60A 5DY3A 3LXAA 3TFCA 2C1HA 3DI1A 5EA9A 3NL3A 3P67A 4BI5A 2TSYA 4AHOA 4MJZA 3PM6A 2H6RA 2CLFA 5LSMA 3HGRA 3N9RA 1B9BA 5IBXA 1ZHAA 1ICSA 1OF8A 2QDHA 1I8JA 3F4WA 2ZZ5A 3CLMA 5D2TA 1OFBA 3PBWA 1WX0A 5AFDA 2V5LA 4IMFA 1MSSA 4IXHA 3QM3A 4N4QA 3KAOA 5FF7A 1EUAA 3C2OA 4ZVJA 4AVFA 1W5OA 3UQNA 5G2HA 3GZ3A 3L2IA 5I3JA 2JGYA 4GWEA 4D2JA 1TTJA 1FWRA 1JVNA 1SUXA 3VI2A 1YADA 4AAJA 3TUUA 1TREA 3DH7A 2YW3A 5FF0A 3FS2A 4BFAA 3B06A 1FDZA 1LBLA 4ZQRA 1KM1A 3N34A 3L68A 3WK3A 4O13A 1T99A 3UWQA 3TSBA 4GXMA 3P5ZA 5AHFA 3EKLA 1RR2A 5E93A 5E1QA 2X2GA 3L0NA 4JTUA 4IUOA 1JJKA 1PHQA 3BARA 4AXKA 4NXKA 3PULA 3ZFHA 2GQ8A 1TPVA 1XDMA 3MP3A 1YDOA 4NJJA 3S6DA 3VCRA 3IEBA 1QMLA 4JTEA 4AF0B 2CW6A 1H61A 4CNPA 3L9CA 3M44A 5G5IA 1JCLA 1F7BA 3P7YA 3T40A 4HNTA 3TDFA 4MOZA 4AH7A 5KITA 3TAOA 3G1AA 3LV5A 4LV9A 3W7MA 5HWJA 4HPJA 2G96A 3PWAA 3THQA 1QPQA 1XI3A 1I2OA 1IIHA 4UFMA 3MYOA 3LLDA 1CI1A 3JS3A 2QF7A 4LS1A 3TNOA 2BTMA 3TC7A 1LDCA 2ZZ2A 2VOMA 4OV4A 3O15A 3PY2A 4XQ6A 3RK8A 3KHJA 1Q45A 4LVGA 1ZCOA 2X16A 1RVGA 3G3MA 3D0CA 2E5BA 2GPTA 4O16A 2Y63A 1LM1A 2CFFA 1T8XA 2VEMA 1G4SA 4JYDA 4IX0A 4GUGA 4Z1DA 1NF0A 1LZOA 1A5AA 1ME7A 2OX1A 1LYXA 1LROA 1H50A 3DI0A 2GOUA 4YWIA 4IJBA 1LP6A 3N3MA 1VGAA 3EX1A 4O54A 3HO8A 3UZ5A 1Z41A 3W23A 3G24A 1FCQA 2NLIA 4BK9A 4GE8A 2JK2A 1TQXA 3DBPA 5FEWA 3EWWA 4GFSA 3GK0A 3G1HA 3GKFA 2ZA1A 3W7DA 5D09A 5AHNA 4ZQNA 3GB6A 2XFWA 2NV1A 2YGYA 2W79A 3MHGA 3B8DA 1TPC1 4UNLA 2IQTA 2QJIA 3G8EA 2V0TA 4JTKA 2FFCA 2QUVA 2UV8G 5LNVA 2V9DA 3O05A 3LBMA 1O95A 4FNSA 1H60A 4MIMA 4DPQA 4UXDA 3BGJA 3NQMA 4E2DA 2Y7DA 2F7FA 2V8ZA 5G2IA 5C6MA 4RJEA 3DXIA 5TBOA 2BZNA 3L66A 2CZDA 3DZ1A 1EP3A 4I9AA 3LCGA 1C9DA 3R13A 1LRNA 1LRTA 3W70A 2RDTA 3T44A 3GDTA 2PCQA 1PV8A 2F84A 1J2WA 2R8WA 3DGRA 5K9XA 3DFNA 3TXVA 2FJKA 1TPEA 2XN1A 3O07A 4MZ8A 1GZGA 4P61A 5AYXA 2TMDA 1EA0A 1X1OA 4UTWC 4UNKA 3O63A 2QUTA 3U2OA 4NX5A 4TO8A 1DJNA 3PS7A 4K6AA 1T96A 1LLZA 1I45A 1EWDA 4O28A 3LXBA 4OHQA 1DV7A 3B4UA 4WUIA 1RQBA 4N9DA 3MHUA 3PC0A 1SZFA 3TJXA 5G2WA 3W7RA 3TSDA 4OE7A 1JCMP 2ZA2A 4G1KA 1XFBA 5EMUA 5CZSA 4ZQOA 2WNQA 4KFNA 1TV8A 3GAKA 1YXDA 8TIMA 3CTLA 1TTIA 5CKSA 4QIUA 4XKYA 4N9BA 2C18A 1YDNA 3NEVA 1QPNA 2H8XA 5H2ZA 1ICQA 3B0UX 1GVOA 3TR2A 3W2LA 1KA9F 1GTEA 1X1ZA 3CWOX 3S9YA 3GDLA 1HUVA 4HSOA 4CNOA 4NZJA 3TE9A 3KVKA 1J4EA 2Y89A 4RV8A 3GXPA 3W2NA 3EX6A 3NVTA 2C15A 2JKPA 3KRUA 2Z0IA 3CT7A 3O06A 2EF9A 1GJPA 5DCDA 2B0MA 3KOFA 3O6DA 1KFEA 4XKYB 3NPWA 3R12A 4Z0JA 4QISA 3MP4A 1OX6A 4CCCA 2YYTA 2QEZA 4MFDA 3MYPA 4WY0A 3EWXA 3LGEA 3MHFA 1H62A 1JCYA 2ZZ6A 2ZYFA 4O8RA 1I2PA 4P2VA 3TQ0A 2ZZ4A 4FXSA 3BG9A 4RZ5A 4ML9A 1ME9A 1QAPA 1GPWA 1QDSA 1Z48A 3KVMA 2C0AA 4UMAA 3BW2A 2FB3A 1SPQA 4MFEA 3QYQA 1JCXA 5AHIA 2P10A 3ZWTA 5D30A 2C19A 3WJSA 1H63A 3EKZA 4HHPA 3C2FA 3CWNA 3LTSA 4AHQA 3HG3A 1OX5A 1AW1A 4O4VA 1K8ZA 1UUMA 1QO2A 4ICNA 4E0CA 1F73A 1QR7A 5LNUA 4ORIA 1SZEA 3I7SA 2ZFAA 4S1FA 3NR0A 4LUIA 4N02A 1A5CA 1C8VA 1WBJA 5DLCA 3BO9A 4NNCA 4E38A 4IQLA 5LHEA 1VC4A 4BF9A 4UFHA 4K37A 3PR2A 3SJ3A 1KM3A 3VKJA 5CPOA 3GKAA 2A7PA 6ALDA 1RQHA 4NZFA 2HSAA 4M5PA 5FF2A 1OFEA 1W5PA 3TV8A 4K38A 4CCEA 4Z1AA 1X7FA 4NT0A 1FWSA 4UR8A 5C5YA 4I7WA 2NV2A 2A21A 2ZRUA 5H91A 4AWUA 4FEZA 4O19A 4E2BA 2E6AA 3SSJA 1YYAA 3B04A 2J9ZA 3KVJA 4IOTA 4RLIA 2TPSA 4K7VA 3OVPA 3NA8A 1H51A 2A6NA 4TX9A 4O52A 1IF2A 1TIMA 4HPXA 1A5BA 3FYOA 3LTYA 1KLZA 3LHVA 3G0UA 4KKXA 4X2RA 5A8GA 5F2LA 4C1LA 1K03A 3S1VA 3NO5A 4ONVA 4A2RA 4N9EA 4LC8A 4LOCA 3C0JA 4O11A 2PRMA 1FBAA 1S5TA 4K36A 2ZTJA 3OA3A 1WV2A 5E0KA 1SO3A 2WSRA 1JRBA 1KV8A 1PIIA 4XTIA 1EX5A 1M5WA 3W3OA 2CZFA 3C61A 1TO3A 3GXTA 1SO6A 3G22A 4MY8A 1SU5A 3Q94A 1H7RA 2I9EA 1M7PA 4AB4A 4KFOA 3YPIA 1TMHA 5DCBA 3WJXA 3W7OA 4QJ1A 1NVMA 4CCDA 1O94A 2RKXA 5DELA 5HMSA 2ISVA 5K4ZA 4O50A 3DENA 4LVAA 4GNJA 1L2UA 1OG0A 1VH7A 4M6VA 1DORA 4ADSA 3MI6A 3TFXA 1K7XA 4FIRA 5D04C 4WXYA 1I2NA 3T78A 4O10A 4OQVA 1W5MA 1XUUA 3EB2A 3TH6A 5LGZA 2J24A 5U4NA 5HWMA 3M41A 4JIPA 4LUJA 5D2WA 4UTIA 4DBDA 4XZ9A 1GYLA 3N73A 3NYZA 2G97A 3L65A 3OVRA 4LRSA 4PFMA 3W75A 2EAWA 1FWNA 3TSMA 3HPSA 1WQ5A 1YPIA 4O1BA 4OT7A 3RNDA 1KV5A 4S2BA 1I4NA 1QPRA 1H1YA 1O60A 1P5BA 2W6RA 3ATYA 3UY7A 4JNMA 4R33A 5AB3A 3DAQA 4ZQMA 3HGSA 4Z08A 1VHCA 3W72A 3PSWA 1W31A 2QCGA 4N9CA 3G1YA 3PG9A 3GR7A 2E09A 4UTTC 1QWGA 2VFDA 4MUZA 3OHIA 1B4EA 1XCFA 4YLWA 5KZMA 1VS1A 3W7IA 3FA5A 4IMGA 5C2XA 2ZQ0A 5FF3A 4R34A 3W1MA 1KTBA 3LX9A 1W3TA 1TPDA 3TJLA 1VLIA 4ALDA 4M6QA 2E1DA 1ZAIA 4MY9A 1KBJA 4PA8A 4HIBA 1DHPA 4MJMA 2QJHA 1GG1A 5DBUA 3QZEA 1FX6A 1TQJA 1DL3A 4XBSA 2RHGA 3CEPA 1ZAJA 1EEPA 3QPZA 2QCFA 4PH6A 5I3HA 3IIVA 4N6FA 4K7YA 1KFKA 4A21A 3C6CA 3L5MA 1PS9A 5IM51 3QJAA 3C2EA 2CLOA 2G95A 2ABBA 1XC4A 4UTHA 4AWSA 1GVRA 1RPXA 4JD4A 1WYIA 2Q3OA 4HKPA 1BWKA 4H6KA 2YXGA 4MVAA 3W2KA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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1IXQA

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