3DU0A

E. coli dihydrodipicolinate synthase with first substrate, pyruvate, bound in active site
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
publication title The high-resolution structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli bound to its first substrate, pyruvate
doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 109
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3du0A00
4NVTA 4JX4A 3IIZA 1VHNA 4LT9A 1QPNA 2YFOA 3W70A 2CFFA 1KFCA 3TJLA 5CZSA 1WYIA 4LVAA 2OMAA 2QCDB 5IM51 5G5IA 1HUVA 3NOEA 2Q8LA 3W2LA 4IX2A 2QCGA 4QJ1A 5TIMA 1AL8A 5LNRA 4LUJA 3IEBA 3QQ0A 5K3VA 3LHTA 5D38A 5ABTA 3BG5A 1L9WA 3FLUA 5EKYA 2Q8ZA 2W6RA 3WJSA 1OFRA 3P80A 1K7XA 5K9XA 4Y90A 3S1VA 1TJPA 5LNSA 1Z48A 2A7NA 3NEVA 4H4IA 2CZDA 4ORIA 3FS2A 4LV9A 1X8FA 4Z0SA 4DF2A 3V75A 3ABOA 3S5YA 4YWIA 2VEKA 1QR7A 1FCUA 3NQ6A 3LXBA 1VH7A 1OK4A 1DL3A 5HULA 4ALDA 3SECA 2J9ZA 3EX4A 1JCNA 1R46A 3R12A 3CLMA 3ATZA 3CTLA 4LRSA 4LVFA 2V2DA 3W2MA 1XCFA 3LCFA 1GG1A 3QSTA 1MSSA 2ZRVA 1F2JA 2X16A 4LS1A 3W7PA 3OVPA 3M5XA 3EX6A 3C2FA 2RDUA 2ZA3A 3HO8A 1B3OA 5U7SA 1H7OA 4JYFA 3INPA 3QRHA 3BPWA 4AHOA 4WOQA 1XDLA 4GUFA 4UR7A 2NWRA 4ICNA 4JTGA 3VI2A 1W5NA 3FIGA 4O17A 2DZTA 1KFBA 3S6DA 3M5ZA 5HNRA 3TU9A 3FYPA 3W83A 1G4TA 4JX5A 2CLLA 3LRKA 3EWUA 4O12A 1VYRA 5I3IA 4O1DA 1JQVA 4AMAA 3LTPA 3EB2A 2QUVA 3UY7A 1GVRA 4RX0A 3TV8A 4BI6A 1QO2A 2EF9A 1Q6OA 4JTIA 4N02A 5FI8A 3ELFA 3WJXA 4R7JA 5I3GA 5LNUA 3TROA 4O54A 1L6SA 2YPIA 3W7EA 2A4AA 1H7WA 2I14A 3W7MA 1YPFA 2VXNA 2FJKA 5HWJA 1UUMA 2Y7GA 1OFQA 4KFPA 3GAYA 5AYZA 1O95A 1ZENA 3IRDA 2E77A 3SJ3A 3W72A 1JCLA 1A53A 2G96A 3M6YA 1KV8A 4M7TA 2ZQ0A 3E0IA 3HPSA 1G67A 1OABA 3M5VA 3G22A 4Z1AA 3DI1A 1SU5A 3PG9A 4DQWA 1F6PA 4O8RA 4U4MA 3IVUA 3LGEA 1F76A 3NPVA 4FF7A 2VFFA 3NM3A 3TW7A 3IV3A 3KVJA 1KTNA 2DU2A 1M6JA 1X1OA 3DHFA 1FDZA 3NVTA 1R30A 5L9FA 1GTEA 2ABBA 1SR9A 4YCPA 3UQNA 3RLVA 3W1PA 3C2OA 2E09A 4IGHA 1JJKA 1XI3A 3OEXA 4Y96A 3H54A 3NGJA 4FO4A 3KVMA 1Q45A 3NO5A 5CPOA 3FJ6A 1EP3A 1QOPA 1SW7A 4EVZA 2Y7EA 4UXDA 3B05A 3QSRA 3NPXA 3NL5A 1HTIA 2VENA 3LLFA 2QKFA 2NUWA 4CCDA 4WZHA 5F2GA 4HNUA 4IPJA 2QEZA 4CLMA 4CCCA 2CZEA 3CQ0A 3PAJA 4NT0A 5I3FA 3DFNA 1JRCA 1MEHA 5KITA 2H8XA 2C3ZA 3P62A 1W54A 3G0SA 4X9SA 3P8IA 3PWAA 4LS2A 2VOMA 1OG0A 2H3BA 1SO4A 5D09A 4X22A 4UIOA 5G2WA 1RQHA 3W22A 4L4MA 5TQLA 4HT3A 2NUXA 1W1ZA 1TPFA 3HGOA 2VEIA 2Y7FA 4S1FA 1PHWA 1NSJA 1EEPA 2X2GA 3JRKA 3NQEA 2VEPA 1F73A 3EX2A 2QCNA 1SO5A 1G4EA 3MWAA 3W7IA 5CKSA 4GNJA 3T78A 3W1XA 4N2YA 3W74A 2CLKA 2NUYA 2E6DA 3SSJA 1QOQA 3TX9A 2QUTA 4M6PA 5LHFA 1ME9A 3L0GA 1FUYA 5T26A 1GVFA 1OFAA 1EWEA 2CLHA 4M6VA 5LKYA 4MZ1A 3NQ7A 4K37A 3ZWSA 1M7PA 2QJIA 3W85A 1C9DA 4M5PA 4FIQA 4WY0B 3W9ZA 3S1WA 1QMLA 4PTNA 2WSRA 2ATSA 2VFEA 5H2ZA 2YGYA 3C4UA 1R2SA 4BR1A 2G95A 1JUBA 4Y6GA 1K03A 3BV4A 3DBPA 3GB6A 3GKAA 5CSSA 3DFTA 4NNAA 3W7GA 2HTMA 4PFMA 4JTJA 1BWLA 3P74A 3MBFA 2GVLA 2GVGA 1GJPA 3WK1A 5KSWA 3B0VC 4K7YA 1SSGA 3AJXA 3E12A 4O50A 4LV4A 4U28A 2QCLA 2R94A 1XBXA 4RKAA 4MUZA 5AHLA 3W75A 5D2VA 3UWUA 5AYYA 4GUIA 4Z1CA 2CWNA 4LVGA 5KMYA 4PL2A 4TX9A 3SZ8A 1VGAA 3F1QA 2VEMA 4G1KA 3L67A 2FPTA 3M9YA 3HG5A 3W86A 3WJZA 3IVTA 3TH6A 2WNQA 1KFEA 2C6QA 2OCZA 3LI1A 1TV7A 3LCXA 2RDWA 2Y70A 4EF8A 1VC4A 3HF3A 5FF0A 4O4WA 2C16A 4IXHA 3B0UX 1FQ0A 4HIBA 1W5QA 4FEZA 1G6CA 5DBUA 1LROA 4DO6A 3GR8A 2DZVA 1H7PA 1FWWA 2XN0A 3NQCA 4MFDA 1YXYA 4UTJA 2OJPA 4UCGA 2XFWA 3MMTA 1TTJA 4UTWA 3HG2A 3TFXA 3W1NA 1DV7A 4LWWA 1OF6A 1NVMA 4GFSA 2F84A 2A7PA 4GUHA 4AXKA 1OFDA 2EPHA 1KFLA 4Y9AA 3UXDA 4JTLA 2G97A 1IXOA 4DBEA 3TR2A 2E5CA 3L5AA 4UTTA 1B57A 4IPIA 4AWSA 3W2NA 3PB0A 5MHBA 1OX4B 4Y8FA 1F6KA 3EWZA 3OA3A 1T0OA 5F4WA 2QCCA 3G0UA 5CG7A 2BTMA 4UNLA 2ATMA 3KFTA 1PCKA 1MEWA 4GUJA 2J88A 1UUOA 2P0OA 3DZ1A 1GWJA 3TQVA 2RKXA 3N14A 1I2NA 3W84A 5BRBA 3DI0A 4NUWA 3HQ1A 3P5YA 4JXCA 4PH6A 3B4UA 2QCFA 1K7EA 4O11A 2NLIA 2ZA1A 1ZAIA 1PVNA 3LI0A 1N8FA 4JDYA 3TSBA 4MOZA 5K4ZA 2PCQA 3QC3A 4LNYA 3PF3A 2E6AA 1TPDA 1XC4A 1U83A 4YL2A 4OT7A 1NFBA 3O6CA 1TRIA 1QWGA 3G24A 3ABRA 2AAMA 1TRDA 2PRMA 4BI7A 1FBAA 1NF0A 1VLIA 5BW6A 2CLOA 4HPXA 1TPH1 4XTIA 1N55A 3MI2A 4JTSA 3DENA 4O0KA 4S2CA 1WBHA 1FWTA 1EWDA 1KM5A 3W7DA 3WJWA 3B0PA 5FF7A 4JTKA 3L5LA 3NAVA 1OYCA 4O28A 3UZJA 1EX5A 1QDSA 3QQ1A 4DO5A 4PCFA 2YR1A 5A5WA 3C61A 4JD4A 1C29A 1LOSA 1H5YA 1EP1A 3U8GA 2YW4A 3RK8A 4NJKA 3W1QA 2FDSA 4LU0A 5D04C 1MXSA 1TV8A 3HOJA 4O52A 1BTMA 2FB2A 1OYAA 1QFEA 1KM0A 1S3HA 1X6UA 1LDCA 4IWWA 2KZHA 2FQIA 1U5JA 2A6NA 2DZPA 4CQ9A 4RK8A 3TUUA 2YSWA 2CLMA 5FEWA 1Y0EA 1JUEA 4UNKA 3NA8A 1DOSA 1ALDA 3G0XA 5LGXA 4FX6M 4TR9A 1IXPA 2DZXA 2ZZ1A 1XKYA 3N34A 3ABQA 4ZQCA 2DORA 1QPQA 1F7BA 2BSLA 3QH2A 4ADUA 4LVDA 4W9TA 3W1LA 3BK0A 1LORA 1ZJIA 4DEFA 4LOCA 2ZRYA 4IX0A 4O1CA 3STFA 3CM4A 1H7NA 1DBTA 5K9DA 5DN1A 3NQGA 4IOTA 3GDTA 1N7KA 1XXXA 4GBUA 1PV8A 2A1YA 4WUIA 3UWZA 3NL3A 5FESA 3STGA 1Z44A 5DY3A 3QFEA 2OT0A 3N2MA 3KOFA 3DFPA 2QUUA 1SW0A 1LP6A 3P82A 4JTHA 3GIYA 1K8ZA 1SFJA 2EGZA 2WV8A 3PY2A 3OG3A 4WQ6A 4DELA 3ZR4A 5E93A 2Z1BA 2ZFAA 2ISSA 3W7QA 2G5WA 3M47A 3O06A 4Z1BA 1I2OA 3TCEA 3C2RA 3QW3A 4KWWA 2FTPA 5AHMA 5EBUA 5IBXC 2Z0IA 4UFJA 4WJEA 5AOUA 1QO5A 3MO7A 3MUXA 1UJPA 1LOQA 2NXIA 4P2VA 3KRUA 1H63A 3HPXA 3N9SA 2XN2A 1G4PA 5AHFA 3KX6A 3F03K 3A23A 3FA5A 3IGUA 4YCOA 3WJYA 5I3JA 1D3GA 2A6LA 3UPWA 1TPEA 3G1AA 1P0NA 3MJYA 3NL2A 2JKAA 1KLYA 2TRSA 2B7QA 5D2XA 2DJXA 3LHYA 2NWSA 3TMLA 1WX0A 3TXZA 3SGUA 4ZL1A 1W37A 3GDMA 4QISA 1TPB1 2RDTA 3QYQA 2H6RA 4JX6A 4NNCA 4AHQA 3PBYA 3W88A 4RV8A 3I68A 4FB7A 2CZFA 4CQ8A 2ZRXA 4FX8A 3C2VA 1W3NA 4NXSA 2A2IA 3O63A 5A8GA 2VELA 3P67A 3DH7A 1O60A 4AF0B 2WSYA 2GOUA 4O16A 3OBKA 4A21A 5AN7A 4RZ6A 4RZ5A 5C54A 2B7OA 2E5DA 3GNDA 3EKZA 3BW4A 1HO1A 5CPMA 2PC4A 3T7VA 3O05A 4GWEA 4JIQA 2R8WA 4ADTA 1ZAHA 3TQKA 2X1SA 5D05A 3DGRA 4X3ZA 1KW1A 2I1OA 4HNNA 3W1MA 2ZRZA 3LCIA 3RLUA 1VZWA 4AAJA 3TIMA 4OU1A 1TB3A 1VQTA 1P1XA 3O6YX 2DZSA 4XBKA 5AHEA 5EYWA 1R47A 2DJLA 5D03A 4ZQPA 3W7HA 2Y6ZA 4O18A 5KZDA 3IIXA 2B4GA 2J27A 4LS0A 3C2EA 4JN6A 1SZEA 2CLIA 4XKYA 5AC7A 4AVFA 3LCLA 4OWGA 4HNVA 1ICPA 3L65A 3BW3A 3N73A 4NX0A 3P61A 1AK5A 4R53A 5HR7A 1YTDA 1G69A 2CLFA 3O6DA 1D9EA 2J9XA 3TNOA 1F5ZA 2A85A 3E49A 4MIMA 1BKSA 1PS9A 4IMDA 1PCWA 4PL1A 3PBUA 2NV2A 3KVLA 1DVJA 1TJRA 2BX7A 4ORMA 3PSWA 1D3HA 4Q4KA 1E51A 5LNWA 1YADA 3G3MA 3HGJA 5CZ0A 2ZDRA 4Z0JA 4NU7A 3TAKA 3KRSA 2WSQA 3NM1A 5D32A 3W1TA 1S5TA 2FPYA 2ABAA 4CNOA 4UMCA 2QAPA 5DCDA 2NX1A 1GT8A 1DHPA 3LXAA 4I7WA 4JY8A 3L68A 3W2UA 3CEUA 3S1UA 1W5MA 4HN4A 1XBVA 3PULA 3D0CA 2WKJA 1KBIA 4IMFA 4IQLA 1FCBA 1ZCOA 3W73A 1ZHAA 4ZZ9A 1ML1A 2UV8G 4M6QA 5D33A 5AHNA 5EA9A 1K8XA 2W79A 4N6EA 1JCYA 1MO0A 1FWRA 1ICSA 2C19A 4MPQA 3HMJG 1VYPX 3CIXA 2XN1A 1YTKA 6ALDA 5LNVA 3IGXA 2ZZ4A 3B8DA 4A29A 2EAWA 5AB3A 1R2TA 4LY8A 1KBJA 3MP4A 3LERA 2X1TA 2CW6A 2C15A 2NX9A 1Z42A 1QNVA 2Z6IA 1TO3A 2NXHA 1WBJA 1YPIA 3W2JA 4C1LA 2WNNA 4HSOA 1F05A 1LLWA 1UASA 4CNPA 1TREA 3GDLA 1SFLA 3T44A 3LLDA 1GYLA 2HS8A 3JR2A 4UFIA 3CWNA 1CW2A 2ZTJA 4I7VA 5C2XA 3M5YA 1XBZA 5EMUA 4NJIA 4GC4A 2F7FA 3R2GA 3LXCA 3WFAA 3NPUA 3M16A 1ME8A 4LW7A 3QMTA 2C14A 2YYUA 5J5DA 2QDGA 3LB0A 1VS1A 1GOXA 5LSMA 3KXQA 2H8ZA 3W7JA 2YCEA 5D30A 2NXGA 3RFAA 3N2XA 2YYTA 3TK7A 1YDVA 2WPBA 3C56A 5DY2A 1WV2A 3TFCA 1YTEA 2V82A 4ZQRA 1O94A 3L9CA 3MYPA 4O19A 1Z41A 1JCXA 1DQWA 3WK0A 3LV5A 1DJNA 2V0TA 1LTDA 1PE1A 3VFLA 3R8RA 1IGSA 3NQ2A 1I2QA 2LLEA 1M5WA 2DZUA 3VE9A 4MY8A 3LBMA 1BWKA 4OE7A 3GXPA 3R13A 3SGZA 3LRMA 5G1TA 4MYXA 3QJAA 4IUOA 3GR7A 1P5BA 5CZTA 4BF9A 4JICA 4N4QA 2IQTA 3NZRA 2WO5A 3HG4A 5AC8A 1LZOA 4XZ9A 3G1HA 3TKFA 3DHDA 3TW6A 3O1NA 4O10A 3A9IA 7TIMA 1TPC1 3NG3A 4UFMA 3QEZA 4LVBA 3UWWA 1RVGA 2QCDA 2GQ9A 1XFBA 1OK6A 3W7RA 3U2OA 2OZ0A 3B03A 1TTQA 4QAIA 4UUIA 3RMJA 1W8SA 1OVDA 3NQAA 3CEPA 4AWTA 3MHUA 3LHZA 4JYEA 1LBLA 2E1DA 1AW2A 1P0KA 2HS6A 3CPRA 3E9AA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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