3DU0A

E. coli dihydrodipicolinate synthase with first substrate, pyruvate, bound in active site
Total Genus 109
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
109
sequence length
292
structure length
291
Chain Sequence
MFTGSIVAIVTPMDEKGNVCRASLKKLIDYHVASGTSAIVSVGTTGESATLNHDEHADVVMMTLDLADGRIPVIAGTGANATAEAISLTQRFNDSGIVGCLTVTPYYNRPSQEGLYQHFKAIAEHTDLPQILYNVPSRTGCDLLPETVGRLAKVKNIIGIEATGNLTRVNQIKELVSDDFVLLSGDDASALDFMQLGGHGVISVTANVAARDMAQMCKLAAEGHFAEARVINQRLMPLHNKLFVEPNPIPVKWACKELGLVATDTLRLPMTPITDSGRETVRAALKHAGLL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
publication title The high-resolution structure of dihydrodipicolinate synthase from Escherichia coli bound to its first substrate, pyruvate
doi rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 109
structure length 291
sequence length 292
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.3.3.7: 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate synthase.
pdb deposition date 2008-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3du0A00
2ZZ2A 1K7EA 5KZDA 3N2XA 5FEPA 4UTTC 3RFAA 1MSSA 3VE7A 3M41A 2DZXA 3R5EA 2EKCA 3NQMA 3INPA 2CLKA 1ICQA 1O5XA 3C0JA 4CQAA 1AMKA 3ABRA 4LUJA 1HFBA 1VQTA 4DO4A 3NGJA 4ONVA 3S1WA 3P8JA 3P5YA 2E5BA 2ZA3A 1NF0A 2C15A 1FWRA 3OEXA 4CQ9A 5D33A 3TQKA 4O17A 1FY6A 3S42A 1OFBA 2DJXA 2Z0IA 2X16A 3B03A 4UTUA 1LOSA 1DBTA 4LC6A 2RDWA 3W1UA 1O60A 2DZUA 3WJXA 3CEUA 5D38A 5AHNA 4K8EA 4MZ1A 2CLLA 4IXXA 1YADA 2HMCA 1EX5A 4FNSA 2VELA 4LS0A 3QMTA 3CTLA 3K30A 1AL7A 3C2OA 1FWWA 2I1OA 3BO9A 4TX9A 2GVLA 3P61A 4GJ1A 1I8JA 4Z0SA 4IXHA 4OBTA 1B4EA 2WKJA 4NJIA 4BWLA 3UY8A 3TSDA 2ZCGA 1LRTA 4MJMA 2DZTA 4FNTA 1YPFA 3I7SA 3DI1A 3MJYA 4ADTA 3LHYA 3W7IA 1L6WA 4JY9A 1IGSA 2CLIA 3G1AA 3W71A 3SIZA 1YLVA 1FDYA 3G8RA 5K9DA 4RZ4A 3C8FA 4FIQA 4QSHA 3NAVA 3KRUA 5FEWA 1R47A 2P1FA 1XBYA 3TU9A 3M0ZA 3N2MA 3IIPA 2XN2A 1SFJA 2NX3A 4IOTA 3IV3A 4OE7A 4A21A 5K4ZA 2OT0A 3TJLA 3N19B 4DO5A 4AMAA 1VLIA 4WXZA 2C0AA 3CHVA 1F5ZA 3VI2A 3PBVA 3GR7A 3HPXA 1N8FA 2YYUA 1SW0A 4H4IA 3W7QA 4DF1A 1RQEA 3U8GA 3W7HA 2O7QA 5D2VA 3EX2A 4BFAA 3QPYA 3VKJA 3WJYA 3OIXA 4P61A 2Y7EA 1BEUA 3UPBA 3R8RA 4FNUA 3FKKA 3OVRA 2CLHA 3SJ3A 3I65A 3T44A 4MFEA 3PUOA 1DV7A 4GUFA 1U83A 3F4NA 3W84A 1TPUA 3QH2A 3W7KA 1QPQA 3GR8A 2CZEA 2ABBA 1XKYA 4Y6GA 5DCEA 5BNKA 3DFQA 2P10A 1PHWA 2RH9A 1ZY9A 2DZWA 1TRDA 5H2ZA 4HPJA 1Q6LA 1DJNA 3N9SA 3B04A 4JD4A 5D30A 3NQVA 3TE9A 2I14A 2VFFA 3UWVA 2C6QA 1TPVA 1OHLA 3FYPA 1RV8A 5HUOA 3SY5A 3T78A 3NQCA 3Q37A 2PURA 1L9WA 1P0KA 5IM51 2YCEA 3T4CA 3QM3A 5DELA 5F2IA 4CNNA 3N14A 2JGQA 3MWAA 3NL6A 1JQXA 2ATMA 2NX9A 4XUGA 3N9RA 3CQ0A 4AVFA 1QOQA 2E6FA 4NNBA 2VFGA 1FXQA 3HG5A 2QCLA 4QM1A 5HQEA 3DZ1A 4LOCA 1WBHA 2QDGA 3E96A 1Y0EA 1WV2A 5HUPA 1R30A 2ZRZA 3W1MA 1QNVA 3B06A 3NZ1A 5TQLA 2WOQA 1N55A 4O57A 3L9CA 3HG3A 3W1RA 1EB3A 3H55A 4IMEA 3C2EA 1KV8A 4MZYA 1RVGA 3U2OA 3TQVA 3ZWSA 1OJXA 1W3NA 5DCBA 1LZOA 1LLWA 4POCA 3M6YA 3Q58A 1VRDA 4EF8A 4XKYA 5K2ZA 1AG1O 1SQ7A 5LGXA 1B9BA 5EBUA 1I2RA 3CU2A 2ALDA 4JICA 4N4QA 2B0MA 4MJZA 3RF9A 2RFGA 2X1RA 3LHZA 3QSRA 3MI6A 4NNCA 1O5KA 3RK8A 1H60A 2OJPA 3W07A 3HF3A 2QCCA 4O54A 1JJKA 4MYAA 1YXCA 5LGZA 1H63A 2V2CA 3E9AA 4NVTA 5I3IA 3QSTA 5J5DA 4UTTA 1W56A 2Y85A 1J4EA 4GNJA 5E0KA 3T55A 3L2IA 4PEKA 3W73A 2X2GA 2ZYFA 4WD0A 4LW7A 4MKNA 3NPUA 2NX1A 1H7PA 1F7BA 3DENA 1H5YA 3S1VA 1OFAA 3O6YX 5KINA 4C1LA 1W5OA 5CKSA 1W37A 3W70A 3TMQA 4M5PA 4MVAA 3IEBA 2H90A 3GX9A 4PH6A 5DY2A 3A23A 1DHPA 1JUKA 4JNMA 4LU0A 4IWWA 5EPDA 2GQ8A 1HG3A 2H6RA 4XKYB 1YPIA 2HS8A 2ISWA 2PRMA 3LXAA 3B0PA 4GFSA 5AHIA 4LTSA 5I3JA 5AFDA 4TU1A 4NJGA 1XM3A 4UFJA 2FB2A 1I45A 2X1SA 1K7FA 4OGZA 4YLWA 4DBDA 1QO5A 1SW3A 2CLEA 4S2BA 5FEZA 1VCFA 5TBOA 4AF0A 5FF0A 1D3GA 1X8FA 2UV8G 2KZHA 2GJLA 2CLOA 3NQFA 5LNSA 2LLEA 5BMWA 4RZ6A 1OABA 2NUXA 4UXDA 4ZQMA 3IVUA 4HT3A 3VNDA 3CC1A 4O1BA 2NXHA 1W5PA 1LROA 1K3UA 3W22A 2Z2UA 5LNRA 2QCMA 4XTDA 3SW6A 3EKLA 1H1ZA 2P0OA 2R94A 4UR7A 3N73A 4I7WA 5HINA 6TIMA 5K3VA 5MHBA 3W2UA 5A8GA 1XUUA 5DBTA 5F4WA 2C16A 3NQ2A 3G1XA 3W74A 1OX6A 5LSMA 2QCNA 5T26A 4K6AA 3TJXA 3BW3A 1EA0A 3NQ6A 1JCXA 3QJAA 3EXRA 4OU1A 2JK2A 4JTFA 4PCFA 5TIMA 3EEGA 4KWWA 2C18A 4DF0A 2VXNA 2ABAA 4UR8A 4C1KA 4RZ5A 3HGSA 3P60A 1H7RA 1FWTA 1Q6QA 4MOZA 5D2XA 1UCWA 2V5LA 1EP3A 3SFKA 3THAA 1XBVA 3KXQA 1FCVA 2A0NA 5IBXC 2Y6ZA 1SW7A 5LNVA 1TRIA 1OF6A 5I3HA 4FF7A 3DFSA 3DU0A 1BTMA 3C4UA 1J5TA 4FXRA 3GKFA 1S5WA 3NPVA 4O50A 1Q3NA 4Y9AA 3RLVA 3W7GA 5CG7A 2H8ZA 3O63A 4LT9A 4N9BA 1ZALA 2GQ9A 5KZMA 1QWGA 4MIMA 1IIGA 5C5YA 2XN1A 4N9DA 3CLMA 1G7UA 5D32A 3HB9A 4NXKA 2XFWA 4R7JA 3O05A 4JGDA 2J24A 1VH7A 3PBWA 3HGJA 3SSJA 3C61A 1KTCA 3G3MA 5F1UA 3I68A 1V5XA 1GWJA 4UFLA 4ZZ9A 1KW1A 1TTPA 5DLCA 1TTIA 2J6XA 3DAQA 3V1PA 4A2SA 4XBKA 4H3DA 4K37A 3GIYA 5AN7A 1AW2A 3O15A 4ZL1A 1VGAA 4UC5A 5KITA 4LV4A 4ZMGA 1JCLA 5FF4A 3DFOA 4JIQA 4Z0JA 1KM3A 4O15A 1OFDA 1H7NA 2H3DA 3IGXA 2Y88A 4IMGA 1D3HA 3KVKA 4HNTA 1I2PA 1DQXA 3RU6A 5KZEA 3NO5A 3BG3A 3CPRA 3PC0A 5CZSA 3TQ0A 4O1CA 2A2IA 1OX5A 4TMBA 1M7PA 1RZMA 2WV8A 1W31A 1NEYA 2DZSA 1CI1A 3ZWTA 4HKPA 4ZQPA 4A3UA 1OFPA 4JIPA 3W72A 3NPXA 4LRTA 3EWUA 5F2LA 5DBUA 4WOZA 4PA8A 2WQPA 1SZNA 4XQ6A 5C6MA 3HOJA 3LBMA 2QEZA 3IVSA 4AXKA 4ADSA 4A22A 4BF9A 1BWLA 1YDNA 3M47A 3GB6A 2GVJA 5EA9A 3O6CA 4EVZA 4CCEA 3BV4A 1TCDA 3KVJA 3FLUA 3MP4A 1H7WA 2QDHA 4FNPA 3M9YA 1ONRA 3THQA 2E09A 3NNTA 2QCHA 1I2OA 2NXIA 3RMJA 3NQ8A 1TYGA 3ABSA 2ZTJA 1QPRA 2ZDRA 5I3GA 1UBSA 2PCQA 3O06A 1JQVA 1VPXA 2V5BA 1XC4A 1MEHA 2VFDA 5FI8A 3DH7A 2NV1A 1KM1A 2E1DA 1W8SA 2VFHA 3E0IA 4UUIA 1DL3A 1EEPA 3W1LA 4MPQA 3TK7A 3LM7A 3KX6A 4OV9A 4JN6A 5G5IA 3G1FA 4RXGA 5D05A 3Q2DA 2ATSA 1P1XA 2GUUA 2PRHA 1XL9A 4LV9A 4FIRA 4Z1AA 3TC6A 1B57A 2JGYA 1HL2A 2E68A 3HBLA 3FFSA 4JY8A 4LVBA 3PM6A 2B7OA 5AHLA 3NQGA 3WJSA 5AYXA 3KVLA 4OWGA 2AAMA 3LTPA 1WA3A 4RV8A 1KM0A 2WSRA 3TMLA 3W2NA 4QISA 1KLYA 3ATYA 4Y96A 2B7PA 3B4UA 3M5YA 4NT0A 3PG8A 2J9XA 2Q8ZA 1IIHA 1NVMA 1K02A 1LBLA 5LHEA 1PIIA 3LCFA 3W87A 4HSNA 4JDBA 4U28A 1TPC1 2G95A 2ZRWA 5ABTA 1SO6A 1EUAA 1F76A 1TREA 2OMAA 1AW1A 3A9IA 4UNKA 2FJKA 3AO0A 3BLIA 4WZHA 2YR1A 3TW6A 4HNVA 1DJQA 1I2QA 3QC3A 2A6LA 2Q3OA 6ALDA 3UY7A 1NAL1 1OFQA 3GDRA 1ZFJA 4E2BA 1OFRA 4AWUA 3S6DA 3IIOA 4O1DA 3UWZA 4ORMA 2Y7DA 1T99A 5FESA 3LERA 3S5YA 3KVMA 4JTSA 3TSBA 2A4AA 2QCFA 2TPSA 4LS2A 1J2WA 2JKPA 3UWWA 2NXGA 1DORA 3FEMA 3UQNA 1W54A 1FCQA 3KOFA 4PFMA 3A21A 3NQDA 2FFCA 3SZ8A 1ZAJA 4AH7A 2CLMA 3DHDA 3Q94A 2CLFA 2A85A 5AC7A 1FWSA 3P80A 5LNUA 1QCWA 3CWNA 5IBXA 5AOUA 2B7NA 4WY0F 2BX7A 4O10A 4GC4A 4IX0A 4JTEA 4IPJA 2WNZA 3B05A 3RNDA 3M5XA 1P4CA 4UMAA 1L6SA 5F2GA 3TIMA 1TPB1 4MY1A 3UD6A 1VHNA 2NV2A 3DBPA 3OHIA 5G2HA 3DFNA 1L2UA 4I7VA 4O13A 3I7RA 4LC8A 3U6WA 3CEPA 3OBKA 3G0UA 4KWVA 2EAWA 3JR2A 2Y70A 1YTDA 1ML1A 2VEPA 1HO1A 1TPEA 4MLJA 2FTPA 5G2IA 4DELA 4YXGA 4ML9A 3LCXA 3QQ0A 2V2HA 2RKXA 2VENA 1KM4A 2R91A 3NYZA 3W7MA 3C3NA 1ZNNA 3HPSA 4N6EA 3O1NA 4NUWA 3LRLA 2CZ5A 1SSGA 3IRDA 4Q32A 2WSYA 3E02A 5D2YA 5L9FA 2F7FA 2NLIA 3TSMA 2GVGA 1KLZA 1DKWA 4X2RA 4NZJA 2DORA 3G1VA 2E6YA 3PBYA 4ZQOA 2X1UA 1SO5A 5D2WA 3ATZA 3IIZA 4S1FA 3T7VA 4HHPA 1P0NA 1A5BA 5E1QA 4OQVA 5SWUA 3DGRA 3NVTA 3IIXA 4O4VA 2DP3A 3RLUA 1SO3A 5CSSA 2OT1A 4R53A 4M7SA 4UTHA 5LKYA 2BLEA 1SZGA 4AEOA 4UTWC 2OCZA 1OVDA 7TIMA 3GDMA 4LVDA 3HGOA 4AHQA 1GVQA 1E51A 4K7VA 2ZZ7A 1TPH1 1EIXA 3AJXA 1NSJA 4LY8A 4EIVA 2ZQ0A 2WO5A 3P5ZA 3WK2A 3L5LA 1GTEA 4NJKA 1DVJA 1LTDA 2QJGA 5HNRA 3I6RA 3GXTA 4U4MA 1WOAA 3O16A 3JS3A 3TKFA 3BG9A 2CU0A 4TO8A 1GVSA 4FX6M 1UUOA 1H7XA 3ZR4A 3W1TA 5D02A 1OFOA 1XXXA 1YXDA 3KAOA 5FF2A 3W3OA 1IXOA 2GPTA 1FX6A 3W76A 2FDSA 5DCDA 1BKSA 2GJNA 3P8IA 4M6VA 4MY8A 3UPWA 1FDZA 1PHQA 2QCDA 3PSVA 4O8RA 4DQWA 4I7UA 1F74A 5CZJA 3TXVA 1TPDA 3SGZA 5D37A 2VC6A 2Q3RA 3DKJA 2W6RA 4UFIA 4WJEA 4CCDA 1W5NA 4TIMA 4O1AA 4CQ8A 2HSAA 1F73A 2C13A 2QR6A 2TRSA 5D03A 2VEIA 3QPZA 1ADOA 2YX0A 3NM3A 1I2NA 3L0NA 1O95A 4L4MA 1YYAA 4M6PA 1VYRA 1Z41A 3LLDA 2BXVA 3HIJA 3IGSA 3G0SA 3G1SA 4CCCA 1C29A 4GRSA 4FNQA 4M7TA 5G1YA 4HNUA 5FF3A 4A29A 4M19A 3EWZA 4NJHA 5F1VA 2CWNA 5G4WA 1FUYA 2QUTA 3EWXA 1GYLA 3LCIA 4PL2A 4IMFA 4BI5A 4ZQNA 3GAKA 1SO4A 5K4XA 1KFBA 2QCDB 2I9EA 2C1HA 4UMCA 1ME7A 1LBFA 1VCGA 2V0TA 4JTKA 5DY3A 1WAUA 3LHWA 3G0XA 4HN4A 1D9EA 4N4PA 2YFOA 4I9AA 4FB7A 1KBIA 2V9DA 4JYEA 2YZRA 5EY5A 3JRKA 3PG9A 1OX4B 1YDOA 5EKYA 1XBXA 4MUZA 1AW5A 1N7KA 4WX2A 3L0KA 3L21A 3PS7A 5HR6A 2ISVA 3TCEA 5E93A 1UB3A 1GTHA 4NX5A 1WX0A 2NZLA 3M7WA 3EB2A 1G4SA 5AHEA 2V8ZA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2ZIC A;  3NL6 A;  1JQX A;  3T09 A;  4FA3 A;  4AVF A;  3ISI X;  4DZI A;  3WLQ A;  1HW6 A;  3VTR A;  4QM1 A;  3THC A;  1KGW A;  1WBH A;  2QDG A;  3E96 A;  1NP2 A;  1Y0E A;  1TIW A;  5HUP A;  1QNV A;  3NZ1 A;  3KCL A;  1W2V A;  1MNS A;  5A6J A;  4WDX A;  2ZXA A;  3C3U A;  1RCX B;  4JQ1 A;  2D2J A;  3HG3 A;  4MNJ A;  1BRL A;  3W1R A;  1PPI A;  5DO8 A;  4XZW A;  1KV8 A;  4MZY A;  3EDK A;  1EQP A;  5FJT A;  1LZO A;  3ES8 A;  1LLW A;  3M6Y A;  3HN3 A;  3Q58 A;  3E38 A;  4XKY A;  5K2Z A;  1AG1 O;  1BXB A;  1MQP A;  4GYJ A;  3WBW A;  2B0M A;  2ZX5 A;  3DYM A;  1GW9 A;  2X1R A;  3LHZ A;  2VM8 A;  3QSR A;  3MI6 A;  1O5K A;  4MAZ A;  1H60 A;  3RK8 A;  3W07 A;  4GCA A;  2PC8 A;  3WNK A;  4KCV A;  1FWI C;  4MYA A;  3KUM A;  2POT A;  4UTT A;  3BCF A;  1W56 A;  4GJJ A;  3K4A A;  2ISD A;  4E8D A;  4MKN A;  2YB4 A;  4HU0 A;  1CT5 A;  1XIN A;  2NV9 A;  1W5O A;  5JIP A;  5CKS A;  1UA7 A;  3ES7 A;  3W70 A;  4PCP A;  4GFI A;  3TMQ A;  4S3G A;  2PDI A;  3WQP A;  3QYS A;  1SJD A;  1V3M A;  5EPD A;  2GQ8 A;  2H6R A; 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