1IF2 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	249
structure length	249
Chain Sequence	AKPQPIAAANWKCNGTTASIEKLVQVFNEHTISHDVQCVVAPTFVHIPLVQAKLRNPKYVISAQNAIAKSGAFTGEVSMPILKDIGVHWVILGHSERRTYYGETDEIVAQKVSEACKQGFMVIACIGETLQQREANQTAKVVLSQTSAIAAKLTKDAWNQVVLAYEPVWAIGTGKVATPEQAQEVHLLLRKWVSENIGTDVAAKLRILYGGSVNAANAATLYAKPDINGFLVGGASLKPEFRDIIDATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Structural determinants for ligand binding and catalysis of triosephosphate isomerase. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags	Isomerase
source organism	Leishmania mexicana
total genus	91
structure length	249
sequence length	249
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	2001-04-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1if2A00

1G4SA 4BWLA 1PL9A 4YL2A 1RVGA 1VH7A 3I68A 1UUMA 1AL7A 3TSMA 2ZFAA 1J4EA 3LXBA 5U7SA 4ZQNA 1JCYA 3MWAA 2GVJA 3R89A 3NOEA 4PTNA 3LHTA 3BG5A 5I3JA 1SZGA 5DXYA 1Q6RA 1OX4B 1VRDA 3LHYA 2R8WA 2QUVA 4N6FA 3T44A 5F2LA 3G0UA 3NQ8A 4UR8A 3UWUA 4C1KA 2VEIA 1H7RA 2DZVA 4Y8FA 1TPWA 3RU6A 3TQKA 3M44A 3EWBX 1RZMA 4WY0F 1ZALA 1VQTA 1S5VA 1PV8A 3G1SA 1TPFA 4XZ9A 1OX5A 4CCDA 5AHMA 4LVAA 2ZZ2A 1WDWA 5I3FA 3QQ1A 4UFJA 3WFAA 1KM5A 4ALDA 3P80A 5HINA 1R2SA 4BI6A 5FEZA 1EP3A 1OFRA 3NZ1A 3QFEA 4Z1AA 2ZZ5A 3G1VA 2CWNA 1DL3A 3SGUA 1LOLA 1X1OA 3LHZA 1W5MA 3CTLA 1R47A 1LBFA 5K9XA 1ML1A 2A4AA 5FF3A 3FA5A 1O94A 3N34A 3PG9A 1SFLA 1NSJA 2Z6IA 4O53A 4XTIA 3TW7A 2G95A 5AOUA 2Z6JA 1WYIA 3PF3A 1EWEA 2X1UA 2X30A 3SI9A 3W74A 3KRZA 5K4XA 1K03A 3G8RA 3P5ZA 3VI2A 3KXQA 4CNNA 1CW2A 3P67A 4UFMA 2Y7DA 1ICSA 1W3NA 3DI1A 4PC8A 3S9YA 1JCMP 2V2DA 3PM6A 3NEVA 3ABRA 4MVAA 1OABA 1J2WA 1LRNA 3C2OA 1W5NA 5G1YA 5IBXA 2H8XA 2A5HA 2C14A 4WZHA 2Q8ZA 3N9SA 1VS1A 1NEYA 1IXOA 5AFDA 1Q3NA 3MHFA 5HJLA 4QNEA 1TRDA 1LYXA 3W70A 5KZEA 1C29A 3CEPA 1WAUA 1EX5A 2VEMA 3PC0A 3MI3A 1SW3A 4D2JA 4G1KA 3W2MA 2BSLA 2NXHA 3EX4A 1FCQA 1SR9A 2C1HA 2HTMA 4AVFA 4YXGA 2R14A 3M47A 1THFD 3TC7A 1UJPA 4KKXA 3C2RA 1TV5A 5F4WA 1SO6A 4UMAA 1RD5A 2FJKA 4NX5A 5C6MA 3EX6A 4N6EA 2QCMA 5TBOA 2VEKA 4WY0B 4RV8A 1TO3A 4JTKA 1ICPA 2WV8A 3PS7A 1SFJA 3Q37A 4S2CA 2VOMA 1F7BA 4K38A 4UTLA 1ZFJA 1FDZA 1QO2A 3L0GA 5CSRA 1TPH1 4YCPA 1EA0A 3G1AA 1WOBA 3BLEA 1YDVA 3U2OA 2ZZ7A 5D33A 2J9XA 1D3HA 3S6DA 2XN0A 5D37A 3OVPA 4NXSA 5U4NA 4UTWC 4FEZA 3KVLA 2E6AA 3GXTA 3LCGA 3S5ZA 3N2MA 2FPTA 3TQ0A 2A7PA 4Q32A 1RV8A 1B3OA 2NLIA 3GVGA 3P84A 2YXGA 1XFBA 3C0JA 4H6KA 1Y0EA 2PC4A 1LZOA 4XUGA 1CI1A 2JKAA 5AHLA 2TYSA 3S42A 3QF0A 4O17A 1JCJA 1TREA 1FY6A 3O6YX 1YLVA 2ZZ4A 3GNNA 3HGRA 3L0KA 2WO5A 4LUIA 1A53A 1VJIA 3L0NA 3P60A 3W1PA 1TPEA 4M5PA 2C3ZA 1QOQA 1KM6A 1SU5A 3P62A 1FXQA 3PB0A 5IM51 5DBUA 5D04C 1TRIA 5C55A 5C54A 1TTJA 1HTIA 1X7FA 3W7HA 4GUJA 3HGOA 4O57A 1TPUA 3PR2A 4A2SA 3LX9A 4A22A 2YDAA 3M5YA 5CPNA 2QKFA 4UTJA 2H8ZA 1Z44A 4M6VA 3GIYA 3BVJA 1AMKA 4N9DA 4PL1A 4LC6A 2JKEA 4IPIA 1AW5A 5DCDA 2XN2A 2A7RA 3TROA 2QAPA 3TXVA 4K7VA 4HSNA 4E38A 1MEHA 2C18A 3T40A 3W1RA 4ONVA 1PVNA 3TXZA 3G18A 4JTIA 4OE7A 1L9WA 2XN1A 3PBVA 3N73A 5HUOA 4E2BA 2VENA 3UZJA 4RXGA 3KFTA 1OF8A 4K36A 2Z2UA 3TH6A 3EKZA 2F7FA 4FNTA 3VKJA 2A1YA 3C3NA 4UTKA 1W0MA 1YDOA 3GR7A 4EVZA 1KTNA 1SPQA 3KX6A 3LB0A 3IIZA 2C16A 3TV8A 2BZNA 2R94A 4WD0A 4W9TA 5FI8A 1U83A 2FDSA 3QYQA 4UFKA 1JUEA 2WPBA 4ZL1A 4UXDA 1XM3A 4DQWA 3G8EA 4M6PA 3QSRA 1OFOA 3DFSA 2RDWA 4LVFA 4FX8A 5I3KA 3NPUA 3W83A 2ZA2A 5ABTA 3HG5A 2HS6A 3PUDA 3UY8A 4AF0A 3TIMA 3DZ1A 4ZQOA 1LORA 1ZCOA 2YZRA 5AC8A 5CPLA 1P4CA 3W7RA 4XQ6A 1IIGA 1VCFA 2CLOA 3P81A 4Z0JA 3HPSA 3PUOA 4WX2A 2EF9A 3DI0A 4MKNA 4LV4A 4ICNA 3PG8A 2E6YA 3N14A 3O6CA 1XI3A 3N9RA 1EEPA 2UV8G 4NJJA 3MP3A 1SZEA 3LBCA 3H55A 1VPXA 3L65A 3WJWA 5FESA 3GZ3A 5D32A 5EA9A 2DORA 3DBPA 1VYSX 1SO4A 5CPOA 1GT8A 3NQFA 4BF9A 2ZDRA 4NJIA 3HBLA 4UTIA 2F84A 1JJKA 2FFCA 3CPRA 5K4ZA 1O5KA 4O15A 5FF4A 3W22A 4I7WA 3I7SA 3W1LA 4PEKA 5CZTA 3NZRA 4IOTA 1Q6QA 4JEQA 5DN1A 1TTIA 1FCBA 3HIJA 3UWYA 1H7OA 2G5WA 3A5FA 1R2TA 3NDOA 4PODA 3ZFHA 4MZYA 3HPZA 2NX1A 3EWUA 2C13A 2A0NA 2LLEA 2X1TA 3WJZA 4HSOA 4K37A 3M6YA 1H7WA 3LI1A 3TX9A 1Q6LA 3GLCA 1BWKA 2G97A 2QCHA 4OHQA 5LNSA 2EAWA 2WOQA 1T96A 1EB3A 5GVJA 2CZDA 4UMBA 1GQNA 5J5RA 1JCNA 2Q3OA 1VLIA 1BTMA 1HFBA 5EPDA 3W7QA 5CGQA 5HMSA 4JTGA 4BFAA 2VFFA 2ZRUA 2OT1A 3W7GA 3LV6A 3W9ZA 1UUOA 5LGXA 1AG1O 1SW7A 3LCHA 1F2JA 4XTDA 3H54A 1GPWA 4Y90A 4PA8A 4WJEA 3S1XA 2A21A 5D38A 1FQ0A 1IXNA 1C9DA 1G67A 4IQLA 3P8JA 3NQ2A 3NL2A 3NXFA 3GXNA 2E5CA 1K7FA 1KW1A 2X1RA 2NXIA 4LU0A 4LS2A 3P74A 3V75A 4O28A 4UTUA 3GAKA 3VNDA 4O14A 3G1XA 3P61A 1W5QA 1AW2A 4QJ1A 2DZUA 3G1FA 3IVSA 3SY5A 3ZWTA 3W84A 1F76A 3DFQA 3TC6A 3O63A 1I45A 1KM0A 4IXHA 1B9BA 4YMZA 3EWWA 3LHVA 5F4SA 4FB7A 2QCNA 4GXMA 3KVKA 2ZTJA 3GR8A 1XXXA 1JVNA 2GQAA 1JR1A 5D03A 3H53A 4R53A 3YPIA 4HHPA 3S5NA 1OX6A 4PCFA 3BV4A 3DFPA 1H51A 1MEWA 1SW0A 3W1TA 2PRMA 4O8RA 2QJGA 3VE7A 3W7IA 2A2IA 4Y96A 4JTJA 4YWIA 3NPXA 2QEZA 3TW6A 3SW6A 2C19A 4UC5A 1JCLA 4FNQA 1LBLA 4NZJA 1VGAA 3GKAA 1SSDA 3SZ8A 2Y7FA 4HPXA 1QOPA 2VFGA 4ZQPA 4Z0SA 3M5XA 1XKYA 4O1BA 3M16A 4MFDA 2H6RA 3IEBA 1ZAIA 3STEA 1KLYA 1QFEA 3O16A 1FX6A 1KFJA 5D2TA 4J9JA 4L4MA 4ADTA 1F05A 3R13A 2O7SA 3LRMA 5HWJA 3BO9A 3LRLA 2J9YA 2ZRYA 3ZS4A 5HWNA 2CZEA 4JDBA 4POCA 3HB9A 4UTTA 2I14A 2A6NA 3C61A 4QSHA 3W7DA 5FF7A 2ABBA 3ANYA 1G4PA 4N9BA 4DELA 2AGKA 4OV9A 3M7WA 2IQTA 4AHPA 4IX2A 5AHEA 4QISA 2G96A 5HWMA 3Q94A 4MZ1A 3GYEA 3JR2A 2VFHA 3MMTA 4CCCA 3TU9A 4FXSA 4RJEA 4IMEA 3W73A 4M7SA 3TR2A 4JD4A 1TMHA 1L6SA 5CZSA 2ZA3A 4YLWA 3ABSA 4GUIA 2Q3RA 3GDKA 3P5YA 4O1DA 1EUAA 4O0ZA 4MOZA 3L66A 2WJZA 3VCRA 4FNPA 3O6DA 4K8EA 4O4VA 1UBSA 4DF2A 1H63A 2QCGA 5BW6A 4UMCA 1H1YA 3W1AA 3ZWSA 2Y7EA 4P2VA 2FTPA 3A22A 1KV8A 1J5TA 3HMJG 3FKRA 3HG3A 1NAL1 4TX9A 1SO3A 2JKPA 4WOQA 2Y63A 2I1OA 4QIUA 2DZWA 1RQEA 2NXGA 3A23A 3MYOA 4M19A 1PE1A 1B4EA 2HSAA 2QCDA 3ATZA 3IV3A 4FHAA 1LLZA 5KZDA 4QAIA 3STFA 4RXFA 4FX6M 2RDTA 3QC3A 3LTYA 1F6PA 1GVQA 1KFCA 2BXVA 3W2NA 1F5ZA 4JTUA 1XBZA 4FF7A 5FEPA 5A5WA 4A29A 3W75A 4ADUA 4MJZA 3Q2DA 3E9AA 1TPB1 4UFLA 2GOUA 3TJXA 3KVMA 2PURA 2D73A 3INPA 4GFSA 1X6UA 3DU0A 2ZRVA 5CPMA 5G2HA 2P10A 3IIXA 1FUYA 4QITA 4GC4A 1H7XA 1VZWA 2BX7A 1KM3A 3RMJA 2PRHA 2EHHA 2X1SA 3WK0A 3PBUA 3STCA 1LOQA 2ZZ1A 1PHQA 2J6XA 4GNJA 3W2KA 3TFCA 4WXZA 1ALDA 3HOJA 5CSSA 6ALDA 3HJZA 3O15A 5L9FA 2ZZ3A 1ZHAA 1TV7A 4UNKA 3LTSA 3DKLA 1MO0A 1K7XA 2BWGA 1XBVA 4HT3A 2RFGA 4JTSA 4JTFA 4CNPA 1U5JA 5BMXA 3GK0A 1KBIA 5AYZA 3CWNA 1DVJA 1K02A 2I9EA 3PWAA 2PE4A 2QCLA 3NQDA 3AO0A 1LM1A 1RQBA 3QM3A 1FDYA 3E12A 5KZMA 3GDTA 4A21A 3EEGA 3FYOA 4C1LA 4JXCA 4MIMA 1V7YA 2JGQA 2TMDA 3TE9A 3HG4A 3OBKA 4JY8A 4U28A 1WBHA 5FF0A 1G4EA 3NYZA 5TIMA 2GPTA 2C0AA 2DZPA 1AL8A 5DELA 4NNAA 2CLFA 1O4UA 1F6KA 2YGYA 4ZMGA 3WJXA 3W7PA 2ATSA 5I3GA 4XKYB 5AHIA 4I7VA 2Y89A 5AN7A 1S5WA 1IXPA 4PFMA 2QCCA 3UWVA 2XFWA 1MXSA 3TDFA 2DZSA 2V30A 2ZYFA 1QR7A 1BKSA 4Y6GA 1Z48A 4AH7A 3EX3A 3UPBA 3B0PA 1UB3A 4KFNA 3NGJA 5BOOA 3C2EA 3WJYA 4ZQRA 4A2RA 3PY2A 1JUBA 4NJHA 3U6WA 2CLHA 3ABQA 3G24A 1XDMA 1YADA 3L2IA 1XUZA 1FBAA 4HNNA 3LXCA 3Q58A 5FEXA 3FLUA 3EX1A 3LHWA 1W3IA 5LNRA 1DBTA 3E0IA 2YPIA 1SO5A 4FNRA 1GWJA 5CG7A 3O07A 3I65A 4FIQA 1TQJA 1FWNA 1TIMA 5E0KA 4PL2A 1H50A 3MI2A 3PAJA 3TUUA 4GWEA 2H3BA 3W6YA 3FIGA 1XUUA 3O06A 5E93A 1D3GA 2JK2A 1KTCA 4X3ZA 4Y9AA 2WNQA 1VCVA 1LBMA 4P61A 4NXKA 4NU7A 4HNUA 4JICA 1H7PA 1TPDA 2DZXA 5AHFA 3F03K 4NJGA 1YXCA 3LLDA 4LS0A 1GVFA 4GE8A 4K39A 1JQVA 1WXJA 3DFTA 1N8FA 4NVTA 1BEUA 1P5BA 1P1XA 2NWRA 3CWOX 4O54A 3W85A 2GQ8A 3M43A 1LROA 2TPSA 4DO4A 1W1ZA 4DXVA 4JYDA 4Z1BA 5KITA 4BR1A 1ZY9A 2TSYA 5DBTA 5EL1A 2CLMA 2HS8A 4LVDA 1G4TA 4U4MA 1A5AA 4UTWA 2NUWA 5AB3A 2Z0IA 1OFAA 1GOXA 3IRDA 4O0KA 1OX4A 2Y62A 1OFBA 1GG0A 4TO8A 3UPWA 2QDHA 6TIMA 4X22A 3QQ0A 3GDLA 3U8GA 1AK5A 3TKFA 1IIHA 5LNWA 4JY9A 3S5YA 2OCZA 3DFOA 2E77A 3QW3A 3OVQA 2H90A 1L6WA 4ML9A 3S0CA 4UTHA 3SSJA 4JYEA 2QJIA 1R46A 2YX0A 3VE9A 2AQWA 5K2ZA 1O60A 4HPJA 4K7YA 4N02A 3B06A 3ELFA 1DOSA 3LLFA 3PB2A 3V1PA 3D0CA 3STGA 4AB4A 3LCLA 4RLIA 4IMCA 4K6AA 2DP3A 1OG0A 2Y6ZA 5F2MA 4A3UA 4JTEA 5H91A 2ZQ0A 2V2CA 4QM1A 1L2UA 1XDLA 1VHNA 4E0CA 1W37A 2OJPA 5DLCA 1W56A 2BTMA 1I2PA 1YYAA 1HUVA 4O52A 2ZBTA 5D30A 2FIQA 4BI5A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1IF2A

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