3FKK | Genus

Total Genus 105

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	105
sequence length	304
structure length	304
Chain Sequence	TPRHRGIFPVVPTTFADTGDLDLASQKRAVDFMIDAGSDGLCILANFSEQFAITDDERDVLTRTILEHVAGRVPVIVTTSHYSTQVCAARSLRAQQLGAAMVMAMPPYHGATFRVPEAQIFEFYARVSDAIAIPIMVQDAPASGTALSAPFLARMAREIEQVAYFKIETPGAANKLRELIRLGGDAIEGPWDGEEAITLLADLHAGATGAMTGGGFPDGIRPILEAWREGRHDDAYARYQAWLPLINHENRQSGILTAKALMREGGVIASERPRHPMPELHPDTRAELLAIARRLDPLVLRWAH

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Azospirillum brasilense
publication title	Structural analysis of L -2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase an enzyme involved in an alternative bacterial pathway of L-arabinose metabolism in complex with pyruvate rcsb
molecule keywords	L-2-keto-3-deoxyarabonate dehydratase
total genus	105
structure length	304
sequence length	304
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.43: 2-dehydro-3-deoxy-L-arabinonate dehydratase.
pdb deposition date	2008-12-17

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3fkkA00

3LTPA 3E0IA 4BFAA 1A5CA 3UNDA 4LRTA 4UTKA 5C55A 4Y8FA 2Q3OA 3IIPA 1XDMA 1ICSA 1R2RA 4FX7A 4TO8A 4CQ9A 3EX4A 1CW2A 4O14A 1G4SA 3BLEA 1YYAA 5EMUA 4DPQA 3CHVA 4UTUA 1QO5A 4JTTA 3KX6A 1JUEA 1XUZA 3TA6A 3ZWTA 3GB6A 2VEMA 1VJIA 4NXSA 5HJLA 1R2TA 1XBXA 1EWDA 4O1AA 1DQXA 1D3HA 1OF8A 1EX5A 3LCWA 5IBXC 2NV1A 4E38A 2GOUA 4Y90A 1ADOA 4AF0B 4AXKA 4RXFA 1QPNA 4I7VA 5AHLA 4X9SA 2Z2UA 3FKKA 1LBMA 1OFAA 4UFLA 1GWJA 4UMAA 3NO5A 1HG3A 3LXAA 4Z1CA 5I3GA 3PBUA 1GVQA 1TPC1 1EA0A 4MOZA 5I3JA 3TSMA 2A2IA 2VOMA 4GE8A 1M5WA 1UB3A 3T44A 2X16A 3LCLA 3N14A 1LRNA 1BWLA 3NQDA 1AG1O 3MP5A 3MHGA 2I14A 4FNUA 4WD0A 4KFOA 4N6EA 4GUHA 2V0TA 1YDVA 4ZVJA 2R8WA 3I7SA 3NZRA 4K7VA 4LOCA 4TU1A 3UY7A 3PY2A 3BW3A 4S1FA 4W9TA 4DO6A 1WV2A 3TV8A 4ZQNA 4ZMGA 3UPBA 2EPHA 3CQ0A 4NNCA 5A5WA 1KM3A 2FDSA 1D9EA 2B7OA 1ME8A 1IXNA 3SY5A 3DFPA 2ZDRA 3W7JA 1DV7A 4NZJA 3G1YA 1T96A 5C5YA 2I1OA 4UTHA 4DQWA 3FIGA 2QCCA 3SGUA 3HO8A 4ADSA 1I2OA 3KVLA 2QCDA 5I3KA 4GFSA 3G0UA 4WOZA 3M5VA 2B0MA 2ZRZA 2YW3A 3W7QA 4CLMA 2G97A 2X2GA 4AWUA 4EOUA 3C6CA 4QJ1A 1GVRA 2YDAA 4N9EA 2BXVA 1F05A 2H6RA 1GZGA 1VLWA 1L2UA 4UMBA 3NEVA 1WBJA 4ZQMA 3CC1A 2QCHA 2CFFA 1EP1A 2ZA1A 3DBPA 4BWLC 4PCFA 1IIGA 2YPIA 1RQEA 4K8EA 3GKAA 1MEWA 4DO5A 4JTEA 1LOSA 1G4EA 4UNLA 4RK8A 1SO3A 3HBLA 2QJIA 1LCOA 1JVNA 1H7OA 1V5XA 3HJZA 1S3HA 4O53A 4IX0A 1FWTA 2WOQA 4NX5A 2JBMA 4O1DA 1TO3A 1P4CA 1XC4A 4MPQA 3DFTA 1JQVA 4XWUA 1FXPA 2NWSA 3M47A 2H3DA 1R30A 2ISVA 4EF8A 1XKYA 2VC6A 3LRLA 1Z44A 2CU0A 3C8FA 3DH7A 4NT0A 1TPDA 3RU6A 1PIIA 2EKCA 2TSYA 4LRSA 3GK0A 1UBSA 1TIMA 4JYDA 4LW7A 4UXDA 3GDMA 3W2NA 1RQBA 1DJQA 2QAPA 3W6YA 4NUWA 2NX9A 1ONRA 4FO4A 3DU0A 5FEXA 5J5RA 2ZA2A 3UYCA 3G1VA 1SZEA 1E51A 5K9DA 3HIJA 2J27A 4FNTA 4IMGA 4DBDA 1CI1A 1XFBA 2A4AA 2X1SA 1GTEA 2OJPA 1N7KA 1F7BA 4K7YA 4YCOA 1W54A 3L5LA 1FCBA 4JTSA 3SW6A 4LVDA 3A21A 1DHPA 1OFDA 5K9XA 1P0KA 4BI6A 3W7LA 1YTEA 4RCXA 3W2JA 1AL8A 4O57A 5E0KA 5IM51 4M6PA 1WBHA 1J4EA 4A3UA 4UTTA 1VCGA 4HPXA 3GVGA 3OVQA 4JXCA 4C1LA 1GG0A 2B4GA 4JEQA 3DFQA 5CKSA 2VFGA 3SFKA 2GVGA 3GX9A 1PCKA 1JCJA 4N9DA 1RR2A 1O5KA 2H8ZA 2WNZA 3NL5A 2J9ZA 3O07A 1I2NA 1W5PA 3SJ3A 2E5CA 3VE9A 3RLUA 4GNJA 3RMJA 1X6UA 4H4IA 3UXDA 5G2IA 1O94A 3INPA 4U28A 4A2RA 1LLWA 2E77A 3STEA 4RKAA 1EEPA 3QYQA 2YSWA 5CPMA 4JIPA 3WK3A 3GR7A 3S9YA 2CLIA 1QDSA 3S0CA 3WJSA 5FF0A 2DORA 3UWVA 2O7QA 2ALDA 3P84A 4QIUA 1TJRA 2Y7DA 1YXCA 3A9IA 1TTQA 1O60A 2HMCA 3PM6A 4QNEA 4DEFA 1BTMA 2A1YA 2F84A 3QFEA 1H7PA 3PULA 3M16A 3TFXA 3W22A 1ICQA 2AQWA 2C19A 1YXDA 3EWWA 1H62A 2CLOA 4S2CA 1O5XA 3MI3A 3W1MA 1ZFJA 2WKJA 3LTSA 1XBVA 1KM2A 4Y6GA 2DZTA 4MYXA 2PRMA 1TREA 3P81A 1RQHA 2EAWA 4NU7A 4O1BA 2RDUA 4YCPA 3NDOA 3PB2A 4O18A 3T40A 1K3UA 2E6DA 4H6KA 3RLVA 1W8SA 3B06A 4FXRA 2NV2A 3KVJA 1IXQA 3THQA 3NQ2A 1B57A 1GEQA 1VZWA 3TSBA 1QCWA 3L0KA 3FKRA 3UWYA 3NG3A 2CZFA 2E6YA 1H7NA 5LGXA 3CIWA 3G0XA 1YTKA 3RNDA 2E09A 5AHFA 4AHOA 4AHQA 1X8FA 4XBSA 2QDHA 3MI6A 3P61A 3TQKA 1S5WA 3CB8A 3CPRA 4AF0A 1Q6QA 1K03A 5EPDA 2WSQA 1XXXA 1AL7A 4PTNA 3PBVA 3PUDA 1H1YA 4UTWC 1KFBA 4N4QA 4OGZA 2ISWA 3ELFA 4GUFA 3P74A 3RK8A 3LHUA 3NGJA 4ZQOA 3ANYA 3GZ3A 4ZQRA 4MUZA 3QF0A 4C1KA 2JGQA 2WPBA 1EPXA 5KZDA 3G1FA 3M0ZA 1W5MA 3W2MA 1XBYA 3PBWA 2EF9A 4OE7A 1JUKA 3B0VC 4JY8A 2BTMA 3OG3A 4HHPA 5C6MA 3P60A 3JS3A 6TIMA 1EUAA 2QDGA 1GVFA 4IPIA 2G5WA 3MI2A 3ATZA 5HWJA 3CU2A 2OZ0A 4B5NA 3LGEA 4OWGA 1OJXA 4A22A 1OYBA 5DLCA 1IXOA 3P8IA 2V2CA 5G4EA 1YPIA 3IIXA 1H7WA 1D3GA 1NFBA 2PRLA 1H51A 4FEZA 3LI0A 1TPUA 3C0JA 3W1LA 4ONVA 3S5OA 3P8JA 1T8XA 3ABOA 2CLMA 4UIOA 3FA5A 5DBTA 5D38A 1XI3A 1WAUA 2QF7A 3BPWA 4JGDA 1YADA 2YGYA 1H1ZA 3QRHA 4CNPA 3S1UA 5F4WA 2BLEA 5EKYA 3M7WA 2V2DA 3QZEA 1QPOA 4O16A 3OHIA 4UUIA 5H91A 4UTTC 3MYOA 5F2GA 3GAKA 4L4MA 1B4EA 4YMZA 3NVTA 4OHQA 1TPH1 4MIMA 1OK6A 4QNWA 1KV8A 5LNWA 1AW5A 4X2RA 5G4WA 1ZNNA 3W74A 3IGUA 5A8GA 5LNSA 3N73A 2JGYA 3W76A 3TROA 3LBCA 3DZ1A 2ZFAA 3C2EA 3NA8A 5HQEA 3C2RA 2Z0IA 4JYEA 3KFTA 4RZ5A 1WX0A 3BARA 1Q6OA 4KKXA 4N02A 3G8RA 3GIYA 2PRHA 3GAYA 4QSHA 3A5VA 3T55A 5LZLA 2DZWA 4N6FA 4O28A 4BI7A 4HNNA 3SIZA 2NUYA 3B8DA 5G1YA 1HO1A 4JX5A 2QCGA 5F1UA 5K2ZA 5K4XA 3IIZA 3W2LA 1L6WA 5F1VA 1THFD 1XM3A 5L6UA 3CM4A 3GNNA 3UWQA 1Q45A 1J2WA 3WJWA 4RZ4A 4MLJA 3L9CA 1Q6RA 5D03A 5E1QA 3G1XA 2W0UA 1LTDA 3DHDA 3I65A 2UV8G 3S1VA 3C2VA 4IQLA 5AHNA 2VEPA 3NPXA 2GUUA 1SSDA 4K39A 3W7IA 5EL1A 1XDLA 5EYWA 4MY1A 3ZS4A 3TW6A 4FB7A 5D09A 1JR1A 5FF2A 3PUEA 2QKFA 5HUOA 3R89A 1FXQA 2A7RA 2E5BA 3WFAA 4LTSA 1TPEA 4JD4A 3CLMA 1C9DA 4TMBA 4QISA 1OFPA 3NPUA 3HPZA 2CLFA 4UC5A 1EWEA 5CPLA 3NQMA 1OABA 4GUIA 1OK4A 4UTMA 3EWYA 3I7RA 3LRMA 3FEMA 5KZEA 3NQVA 2Q3RA 3PG9A 3B4UA 3JRKA 1B3OA 5CZSA 3FJLA 3G0SA 2C15A 1W5QA 3NQCA 4LC8A 1F6KA 2D73A 4NNBA 1VS1A 2XN2A 1VRDA 2OX1A 4POCA 1MO0A 4K37A 3E9AA 1SO5A 4UR7A 3HQ1A 5DCDA 5TQLA 3VCRA 3E02A 5AB3A 2PE4A 3PF3A 2NZLA 1VGAA 3N3MA 2OMAA 3GDTA 4HIBA 1WYIA 3O06A 3W7EA 1Q6LA 3TC6A 5D33A 4QM1A 3G3MA 1A50A 4JX6A 1QAPA 5G2HA 3P7YA 3W73A 4JN6A 4EF9A 3DFSA 4IX2A 4OU1A 2CLHA 2QUVA 1KFEA 5DY2A 3BLIA 3PUOA 5C2XA 2BWGA 1QFEA 3M9YA 2WJZA 4K6AA 4S2BA 3ZWSA 3WK2A 4O8RA 3C52A 4OV4A 3NQ6A 2YZRA 4BI5A 5C54A 1F6PA 4Z1BA 3OVPA 3TU9A 3W83A 4QITA 4WZHA 3NL6A 5HR7A 4ORIA 1IF2A 3HOJA 5AC7A 3O1NA 4O19A 3W23A 2HTMA 4DELA 4LS1A 2J88A 3STFA 3DKLA 3LRKA 3E49A 3LB0A 3HG3A 1KTBA 1PHQA 3L21A 4IXHA 1GVOA 2YXGA 1JJKA 1NEYA 3A23A 3O8AA 3UPWA 4FX6M 3M43A 1VHNA 5FF7A 4DBEA 3L68A 1SQ7A 3PR2A 2Y89A 1HUVA 4LS2A 1IGSA 2TMDA 1F5ZA 3CEPA 4N4PA 4E2BA 4O12A 3PSWA 1KW1A 3PBYA 3PB0A 5CZJA 1B4KA 3GLCA 4UFJA 1GG1A 4WQ6A 3VE7A 3HG4A 3DFNA 4P2VA 3TK7A 1G6CA 5D32A 1EB3A 3W7MA 3LHWA 3P5YA 1OX6A 4TIMA 1ZAHA 3IGSA 4QQ3A 2B7QA 4JTJA 3B0UX 4MFEA 5LHEA 4XKYB 4DO4A 2JKAA 3CIXA 3T78A 4JR5A 4NJJA 3H54A 2X1UA 4WX2A 4QAIA 1JUBA 1G4PA 3V1PA 1W37A 4K36A 2Y7FA 2DZSA 2WSRA 3LM7A 2Y6ZA 1OX4B 1P0NA 3IVTA 4CQ8A 2H90A 4MLRA 2G96A 2ZTJA 1TQJA 3W1RA 1VCFA 3QPYA 1VR6A 1WDWA 4JYFA 1MEHA 5LNVA 1VQTA 4J9JA 4JDYA 2ATSA 5DELA 3NQAA 2ZRVA 1N8FA 3NQGA 4WXZA 4LS0A 4ICNA 2O7SA 4L4LA 5F2MA 1TQXA 1W3NA 3U6WA 4R7JA 4O17A 4U4MA 4MY9A 2V5BA 3QMSA 1H7RA 1I2PA 2ZZ1A 3KRSA 3DAQA 5CZTA 2OT0A 4ML9A 1MXSA 3GNDA 1KBIA 3L66A 3LXCA 4GWEA 3W07A 4JNMA 2V8ZA 1AK5A 2GJNA 1SW3A 2PC4A 1L9WA 2E5DA 3FLUA 3TW7A 2P0OA 3NQ8A 2ZZ6A 2FIQA 4RXGA 3W1UA 1PHWA 4MFDA 3CWNA 2B7PA 3FYOA 1SW7A 1ZALA 5D05A 1W5OA 3UQNA 5MHBA 2F7FA 3F03K 2VELA 3EX6A 3S5ZA 2JK2A 1FCVA 5AHIA 3LCHA 1CX9A 1NSJA 2AAMA 2W6RA 5D30A 1SO6A 1OFQA 1YTDA 5DCEA 5H2ZA 1ME9A 3F4WA 1H60A 4O50A 2CZDA 2GPTA 2R94A 2VFHA 4CNNA 4NJGA 2QUUA 3LV5A 3EWZA 4O11A 3HMJG 5LNRA 1IXPA 2X1TA 3HF3A 1X1ZA 5ABTA 1OF6A 4WUIA 4FHAA 1TRDA 1U83A 3RF9A 2TPSA 1LOQA 4JTHA 3W7RA 2NXGA 1FQ0A 1XBZA 3S1XA 1W3TA 1OFEA 3P80A 2A7NA 3FS2A 4PODA 1KM6A 5T26A 3QPZA 2E6FA 4NJHA 4IJBA 3IIOA 2VXNA 3O05A 1T99A 5FI8A 1U5JA 3WK1A 4Y9AA 2A0NA 1W3IA 1PL9A 1F73A 1QR7A 5K3VA 1YDOA 3W75A 4IUOA 4GXMA 3L5MA 1JRBA 3BO9A 1ALDA 5SWUA 3MJYA 4XUGA 3TH6A 1MSSA 1AMKA 5F2LA 2DZVA 2Y63A 4YLWA 1VCVA 1KFCA 1PS9A 2FTPA 2QCMA 3E12A 3LDVA 2A85A 3FFSA 3QQ0A 1RZMA 3W3OA 3W85A 4ADTA 4LVGA 1GOXA 3BG9A 4KWVA 2J24A 1Z41A 4RV8A 2P1FA 4HN4A 3D0CA 2WV8A 4O0ZA 2BSLA 3ZFHA 5HWNA 3W1NA 4UTIA 4ZL1A 4O10A 1RPXA 2ZCGA 4NX0A 4CQAA 3IRDA 2PURA 4ZQPA 2V9DA 3MHFA 3M5YA 4FNSA 3W7PA 8TIMA 1DKWA 3SI9A 5KSWA 1ZCOA 1TMHA 1F74A 3G1SA 1X7FA 1Y0EA 3QSTA 5AYYA 1K8YA 1JCMP 3U2OA 3GXTA 4Q32A 4LT9A 3GDRA 3M44A 4JTKA 5IBXA 1R2SA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 3FVM A;  4ZOB A;  1TJ0 A;  1GGO A;  2HJP A;  3C3N A;  1SFJ A;  3WNK A;  3NM3 A;  4ZR8 A;  4IXX A;  5HWM A;  4AB4 A;  3D46 A;  4H19 A;  4TVD A;  1V77 A;  1X97 A;  2EHH A;  1T7L A;  4CEU C;  3ME3 A;  3MKC A;  2ZKM X;  4DF1 A;  3TJX A;  2Y5J A;  3UG3 A;  2QVH A;  4Z2L A;  4ROP A;  4PC8 A;  1EL3 A;  4GPN A;  5A94 A;  3PAJ A;  2YCL B;  1F8M A;  3E0L A;  2VFF A;  4TX6 A;  1NTH A;  3TML A;  5G2W A;  3G5E A;  1E9L A;  4LVB A;  5CG7 A;  3KL0 A;  1REQ B;  4S38 A;  1YRR A;  3ARY A;  1ZGD A;  1B30 A;  1JPM A;  3EEG A;  2QJN A;  2A7P A;  1DP0 A;  5I79 A;  4BY3 A;  1M01 A;  2WVS A;  3CL6 A;  4XKM A;  2DIE A;  3C4U A;  2VEI A;  1QI0 A;  4H9T A;  3CEU A;  1A5S A;  3QGA C;  4GVG A;  4LWW A;  3TW9 A;  3UWZ A;  1SMD A;  5HPO A;  2FMO A;  3W7H A;  2C79 A;  2YIH A;  4L9X A;  2X8R A;  4TUF A;  5HXM A;  4HOW A;  4D8L A;  4MTV A;  1EOM A;  3OZP A;  3UNT A;  4HU4 A;  3VCC A;  1M65 A;  1XL9 A;  1UWU A;  1XIN A;  1CLX A;  1MWO A;  5FD0 A;  3MBD A;  3GG1 A;  3O6C A;  3AHT A;  4GYP A;  4O52 A;  3E38 A;  2VYO A;  1B3Y A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3FKKA

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