4O8R | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
total genus	85
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-12-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4o8rA00

4NZFA 3HOJA 4O0KA 5IBXC 1EWDA 1SZNA 1YTKA 3O15A 2G96A 4BI5A 4O57A 2A21A 1AW1A 5F4XA 5HUOA 1UJPA 2HS8A 4Z08A 3DH7A 1ZAIA 3M16A 4IJBA 2WSRA 3B0VC 4MZ1A 1OX4B 2X1SA 3G1VA 3W86A 2AAMA 3H54A 1QO5A 1OFAA 2VXNA 1K8XA 3R8RA 1X8FA 1VRDA 3LRKA 4LVFA 4WD0A 4FX7A 4NNCA 1R2TA 5CSRA 4JDBA 3W7QA 1OFDA 4WQ6A 1YXDA 5DBTA 4DXVA 4Y9AA 5HR7A 1HO1A 2VOMA 3DFTA 1A50A 4HSOA 3W7RA 1SFJA 3PSWA 2EKCA 3IRDA 1YDOA 4UFLA 1BKSA 3GDMA 3ATYA 4RZ5A 1G4EA 3FKRA 4NJIA 1B3OA 2H8ZA 2R8WA 3W7CA 4UTMA 5L9FA 4FIRA 5TQLA 1SO3A 4PL2A 3PSVA 2AGKA 1VYRA 3P67A 3R5EA 3WFAA 1MEHA 4ORMA 4ALDA 3DKJA 3B0PA 5AHLA 1FCQA 5F4WA 3S6DA 3HB9A 1HO4A 4S2BA 3DENA 1WOAA 4TIMA 5G4WA 1XUZA 5D38A 3S0CA 3GZ3A 3BG3A 1ZJIA 3AO0A 1Z44A 2DJXA 1RR2A 2GQAA 4RK8A 3S9YA 5C6MA 3NG3A 1W5QA 2Y89A 3B0UX 3WJWA 5HULA 1OYCA 2OT1A 3G3DA 1EEPA 4OBTA 2EGZA 1SSGA 4FIQA 1KA9F 5TIMA 4EVZA 1FY6A 5HQEA 2YSWA 3U2OA 3SSJA 4A2RA 2YZRA 4JX6A 1ZY9A 4WJEA 5CZ0A 3STEA 3PB0A 3QPYA 1TV5A 4TMBA 4MYXA 1MZHA 3C4UA 1W5MA 1X7FA 1JCXA 4O15A 3S5YA 4UTTC 1FXQA 4GWEA 5AC8A 5DLCA 5KTLA 3MP3A 4ICNA 3HF3A 4TU1A 5LGZA 4MY9A 2QEZA 1ALDA 1H7WA 4UTIA 3GVGA 4Q4KA 4XUGA 1M5WA 3W2KA 4MZYA 5CZSA 3KRUA 1AG1O 2B7PA 1QR7A 2B0MA 2ZTKA 4EWND 3NOEA 1LROA 3LV6A 2WSYA 3LTPA 3NL2A 1YPFA 5AFDA 4OGZA 3OIXA 5D2VA 5D37A 5LNRA 4HPXA 3GK0A 1TRIA 5F2IA 3NPVA 3LI1A 4E38A 2YGYA 2NV2A 1QWGA 4A22A 1MXSA 5MHBA 3GXNA 1E51A 1QOPA 4RXGA 3TXZA 1QAPA 2ZRWA 2P10A 1GVFA 3P61A 3MP5A 4M7SA 4KWWA 2ALDA 4IPIA 1GTHA 1OYAA 3C2OA 3G0UA 2VELA 2CLKA 3NQ6A 2E5BA 5EBUA 5CKSA 3KRSA 3FJLA 1SO5A 1AK5A 4Q32A 1TIMA 5C2XA 3M7WA 4DPQA 1YDNA 3UY8A 1J2WA 3L5MA 3UXDA 4JTUA 3QW4B 3BLIA 1WOBA 4U28A 4CCEA 1H5YA 4AHOA 2ZA3A 1UB3A 3CU2A 2Y85A 2ZDRA 3BO9A 3NQEA 1ZNNA 1WXJA 3PUDA 4N9EA 4BWLC 2WV8A 3KHJA 5H2ZA 2CLMA 3HG2A 3G24A 1XFBA 3W76A 1XM3A 4TMCA 3L0GA 2FFCA 2ZZ1A 3SGUA 3G1FA 1GPWA 4GJ1A 3FLUA 4Z1CA 2CZ5A 1IGSA 2BSLA 2VFHA 2ISSA 4FO4A 3W2LA 3BLFA 3G8EA 1HFBA 2E6YA 1IXPA 5A5WA 3UWZA 2CZFA 1IXNA 3NM3A 1TV7A 2NX9A 3TW6A 1C8VA 3TAOA 1OX4A 1TCDA 4DF1A 5I3KA 3IGXA 1VHCA 1O60A 4CNNA 3KVMA 2B7NA 4O1CA 3ZR4A 1TSIA 5F1UA 3FS2A 3OEXA 3W7MA 1P5BA 4CQAA 3TXVA 3S1VA 4EIVA 3LHTA 1LLZA 3W1PA 3UZJA 1IXOA 2CLIA 4LU0A 1B9BA 3EXRA 1G67A 3C2EA 1HTIA 4LS2A 3YPIA 4R33A 2BX7A 2NWRA 1U83A 4UNKA 1I2PA 4HIBA 3QSRA 1JRCA 2ATMA 1C29A 4O14A 4MLRA 4HNUA 4UFIA 4QQ3A 1A53A 4FNRA 3DZ1A 3CQ0A 3TC6A 1EUAA 1MEWA 5EMUA 3GIYA 3KX6A 4ZQPA 2OT0A 1LORA 1QPOA 1FWNA 5I3GA 3DXIA 2DZTA 1P1XA 2Y70A 1ICSA 3P5ZA 2P1FA 4I7WA 2Z6JA 3PS7A 1UUOA 4O12A 5LHFA 1WBJA 3NZRA 3FEMA 2B7OA 4XTDA 5AHFA 3C56A 3DHFA 3PC0A 4LS0A 3W7HA 3H55A 1DQXA 2XN2A 1EX5A 5LZLA 2WNQA 3G22A 1VLWA 3MO7A 5J5RA 1W8SA 1R30A 1K7EA 3SECA 4N9DA 2FB3A 3TA6A 4C1KA 3NL6A 4KKXA 1R2RA 3WJXA 4XTIA 3TSDA 4QM1A 5EKYA 2ZTJA 4MLJA 1W56A 1N8FA 4H4IA 3RK8A 3P62A 5AHMA 1K03A 3AJXA 3BGGA 3EWZA 1KM5A 2NLIA 4NT0A 2RDUA 1PHQA 4HHPA 1SQ7A 2EPHA 4X9SA 3SFKA 5IM51 1DHPA 2QCEA 3W7KA 1A5AA 3ANYA 1THFD 3T44A 5LNSA 1KLZA 3FOKA 2TPSA 5EYWA 1XDLA 3TDFA 3NXFA 3G1DA 4BFAA 1GVRA 2V0TA 1LRQA 4GUIA 1KM4A 3E49A 3N2XA 3W1TA 3EX2A 2J88A 2Y63A 1P0NA 4UCGA 1KTBA 2Z6IA 3S8HA 4K37A 3SIZA 3L67A 2DZUA 4X2RA 4LT9A 3U8GA 1K3UA 1R2SA 3MI2A 5AC6A 2BLEA 1VGAA 2A5HA 5G2WA 4IX2A 4MY8A 1QPQA 4DF2A 4AH7A 2OJPA 5SWUA 3LB0A 2OCZA 4S1FA 4IQLA 1KBIA 3SR7A 4U4MA 1BWLA 3S42A 3HGOA 4IMDA 1Q3NA 1VJIA 2E5DA 1TTIA 1KW1A 1LOSA 1PV8A 5AYXA 1AMKA 2YYUA 4HNVA 3CT7A 3UWVA 3W7EA 2FQIA 1QCWA 3P7YA 1GQNA 3KVKA 5F2LA 5BW6A 3EKLA 5FF7A 2GJLA 3UPBA 3HG3A 4P61A 2X30A 2IQTA 3RNDA 2NWSA 3TUUA 3R13A 2YFNA 4IWWA 5DN1A 1KFLA 4FXRA 5G1YA 3NGJA 5G4EA 4YXGA 4C1LA 3HG4A 2FPTA 1J5TA 3BK0A 1L6WA 4MYAA 4WXYA 3NQVA 3S5OA 1K02A 1F5ZA 3NPUA 1H62A 4LVDA 3ABSA 3P8JA 3A24A 2XN0A 4X3ZA 1GWJA 2RH9A 3BW3A 3O07A 4LWWA 4JTFA 5CPMA 2Q8LA 1L6YA 2ATSA 3DGRA 4IMGA 4MUZA 2FJKA 3N19B 3WK3A 2ABAA 4UTLA 4WXZA 3TJXA 3FKKA 4O17A 4CQ8A 3TIMA 4XBSA 5HR6A 3JS3A 4M7TA 4JD4A 4GBUA 3DU0A 3G1XA 3OG3A 3W84A 3TSMA 1TPUA 2VFIA 1I4NA 1ME7A 4UFHA 3SI9A 3O06A 2ZZ6A 1WA3A 3C52A 3OVPA 1G6CA 1GEQA 3IEBA 2QCMA 5K9DA 3EEGA 4N4QA 4JIPA 1EPXA 5D33A 1XC4A 3NYZA 4Z1AA 1DV7A 4KFPA 3TFXA 3N14A 4WOZA 2NXIA 3G1SA 3PB2A 4RZ4A 3W2NA 1AL8A 1DVJA 3MWAA 4GUGA 3QQ1A 1HL2A 2A7PA 3GKFA 1GTEA 2B4GA 5J5DA 2XN1A 3LV5A 4LUIA 4DBDA 3A5FA 3W1UA 1M7OA 2ZA2A 4PC8A 4HN4A 3O1NA 4O8RA 3R2GA 3LHYA 1SO6A 1ZAJA 1FCVA 3BW4A 3G8RA 1B4KA 2FLIA 3ZWTA 2A0NA 1JUKA 3A5VA 3E0IA 5D04C 3UWWA 2V9DA 3DHDA 3NPXA 4JTJA 4JTHA 3O8AA 1UBSA 5K2ZA 3P74A 3CM4A 1FWSA 2Y62A 2E6FA 4R7JA 3L66A 3E02A 4K39A 1PHWA 2CZDA 3STGA 1IIGA 3M5YA 2O7QA 1PE1A 3L65A 4O28A 1PS9A 2CLHA 1YXCA 3TMLA 3M5VA 4RCXA 2VC6A 4HNTA 3LERA 1D3GA 3I7QA 3R12A 4JY8A 2DZVA 3UD6A 4E0CA 1JJKA 4AHQA 3WJSA 3VKJA 4O1DA 5G1TA 3A21A 1YLVA 3L68A 4BK9A 1W0MA 3LTYA 4K8EA 4CLMA 3T7VA 3QJAA 2E1DA 3IIVA 1KFKA 2GVLA 3CWOX 4K6AA 1GVOA 4QAIA 1FCUA 4GUFA 5AN7A 3SW6A 3BW2A 3N2MA 5F2GA 1F05A 4PCFA 3EWXA 2R94A 2LLEA 3O6DA 3W22A 6ALDA 3GDRA 4MFDA 1W5PA 3ABQA 5CSSA 4IUOA 2Z0IA 1RV8A 4JX5A 1UASA 3TMQA 3WK2A 4ADTA 1RQBA 4X22A 1W5OA 3IGUA 3S5ZA 1S5WA 1I2NA 3R89A 4S2CA 3GXTA 4O18A 1SUXA 1F73A 2Y6ZA 2A85A 4UXDA 3TK7A 3BGJA 1JCJA 2HS6A 3S1WA 1KV5A 2V2DA 5BRBA 5EA9A 4L4LA 3LI0A 4QSHA 3HGJA 1H50A 3M44A 4KFNA 1JUBA 4Y8FA 5AYZA 2QUUA 4BR1A 3TX9A 4RR4A 3NAVA 4UMCA 3HG5A 1H7PA 1RQHA 3UNDA 4JXCA 2DORA 2Z1BA 5KSWA 1T8XA 3W87A 1XL9A 1LBLA 1ADOA 3CEPA 2O7SA 4YMZA 2ZRVA 4UMAA 1JVNA 5K9CA 1B57A 4NZJA 1FWWA 5FI8A 3C0JA 1WBHA 3VCRA 1LBMA 3JR2A 1SO4A 4ONVA 2GPTA 2J24A 1JULA 3CWNA 2Z2UA 3MMTA 4JICA 2QCHA 2ZRXA 2QCFA 4Z0SA 1VCVA 5BOOA 4UR7A 2ISWA 1W37A 1XBZA 2DZXA 4N9CA 3ZWSA 2DU2A 1WQ5A 1H61A 3I68A 3IIZA 1SFLA 1VHNA 1LP6A 4JTSA 5KZMA 1YDVA 4OE7A 5CGQA 1I45A 1XXXA 1F76A 3G1AA 2DJLA 5LNVA 2CLLA 3NO5A 2WQPA 2NX3A 2J6XA 3S1UA 2QCCA 4K7YA 1D9EA 4JR5A 1FX6A 2FPVA 4ZMGA 1LYXA 1OVDA 4BI7A 4O11A 1SW0A 1G4PA 4P2VA 1AW2A 4LV9A 2TYSA 1VQTA 1NF7A 4NX0A 3C2VA 5DXYA 2VFGA 4XZ9A 3TNOA 1EP1A 3GYEA 1CW2A 4LRSA 5D30A 1QOQA 3G3MA 2E6AA 4IMFA 2FB2A 4NJGA 4ADUA 3P81A 5CPOA 3SGZA 4YCOA 3O05A 1NFBA 5C55A 1QO2A 2QDGA 3GNNA 3RLVA 3W83A 3LHWA 3P8IA 3B04A 2EF9A 4PODA 3KAOA 3G18A 1DKWA 1TTQA 1V7YA 3DFOA 4JNMA 1TPEA 1W3IA 4MPQA 4O53A 3S5NA 3PBUA 1K7XA 4TO8A 3LCLA 1LCOA 4N6FA 5AYYA 4JGDA 2CZEA 3PBYA 2G5WA 1G4SA 2BWGA 4JN6A 1GVSA 2GVGA 4Q33A 3W9ZA 3LBCA 5DY2A 1EA0A 4NUWA 3QQ0A 1AL7A 2C18A 3THQA 1W31A 3FFSA 2WNZA 2H3DA 1TO3A 3EX6A 2QJHA 3W7IA 3P82A 1OK4A 2WSQA 4JIQA 3HMJG 3GDLA 4FF7A 2QAPA 5HUPA 1OG0A 2E09A 2WKJA 5TBOA 2G97A 1KM2A 2VKZG 1I2RA 5I3IA 1DL3A 1Z41A 2A4AA 1Z42A 4GUJA 3RMJA 4MOZA 2Q3OA 1XBXA 4IXHA 1VS1A 1O4UA 5EPDA 3WK0A 3DKLA 3PY2A 2ZZ7A 3TV8A 4FHAA 3LCFA 2ZBTA 1OX5A 4AWTA 4LV4A 2A6NA 3TQ0A 1FBAA 3LCWA 3IIOA 3HGSA 2JGQA 1O5XA 2AQWA 1OFRA 3SZ8A 2YCEA 1ZCOA 2GUUA 3KOFA 5AHNA 4DO6A 1GVQA 1W3NA 4L4MA 4UTUA 1TJRA 1QDSA 4LS1A 3EX3A 3M41A 2ZRUA 1QPRA 2ZZ3A 3W23A 2NZLA 3PUEA 3PVFA 5CG7A 2A2IA 1HUVA 3W75A 1OHLA 1LBFA 4WZHA 4JTTA 3N73A 4ORIA 1I2OA 3NEVA 2ZCGA 3TE9A 3MJYA 5H91A 5FF2A 3QFEA 1GG0A 3LCGA 5G2IA 2FDSA 1LM1A 3W07A 3UYCA 5DCDA 5K9XA 4ZVJA 3G0SA 3TQKA 4WUIA 3D0CA 3M5XA 4FXSA 4B5NA 4AWSA 4ZL1A 4UTWA 1PL9A 1DQWA 1TYGA 4JS3A 1A5SA 2NUYA 1XDMA 3O63A 4EOUA 3BG5A 3TR2A 4NJHA 2F84A 2NXHA 4GC4A 1FDYA 3T78A 2EHHA 4E2DA 3C2RA 3LCXA 5AOUA 5T26A 5DBUA 4NNBA 3NQ7A 4FNQA 4O4VA 3PG8A 2P0OA 3E96A 1G4TA 5HMSA 3MBDA 3TQVA 3TW7A 4K8HA 3NNTA 1O94A 2YYTA 4O54A 2YR1A 3TKFA 3PR2A 4O19A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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4O8RA

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