4O8R | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	220
structure length	220
Chain Sequence	RVDVMDVMNRLILAMDLMNRDDALRVTGEVREYIDTVKIGYPLVLSEGMDIIAEFRKRFGCRIIADFKVADIPETNEKICRATFKAGADAIIVHGFPGADSVRACLNVAEEMGREVFLLTEMSHPGAEMFIQGAADEIARMGVDLGVKNYVGPSTRPERLSRLREIIGQDSFLISPGVGAQGGDPGETLRFADAIIVGRSIYLADNPAAAAAGIIESIKD

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Crystal structure of orotidine 5'-monophosphate decarboxylase from methanobacterium thermoautotrophicum complexed with 5,6-dihydrouridine 5'-monophosphate rcsb
molecule tags	Lyase
source organism	Methanothermobacter thermautotrophicus
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	85
structure length	220
sequence length	220
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2013-12-29

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	4o8rA00

2DZPA 3GK0A 1LYXA 1IXOA 4N9DA 1XBZA 1PL9A 2ISVA 2TPSA 4R34A 1I2OA 1SSGA 3W1MA 1F6PA 1IXPA 1THFD 1HO1A 1H1ZA 3TX9A 1OX5A 3L2IA 1GYLA 3CWNA 2VFHA 3KVLA 1JUBA 3L5MA 1GJPA 1LM1A 5KINA 1XUZA 4XWUA 3KXQA 5CPNA 4O1DA 3HOJA 3NO5A 5BMWA 2A21A 4JEQA 3SY5A 1KFCA 1FUYA 2E77A 3KHJA 4YXGA 3GXNA 5AHIA 1Q6LA 2F84A 4AVFA 2Z6IA 2RDWA 1A5BA 4MYAA 3I65A 4YWIA 4PH6A 3W85A 3W7QA 5C2XA 4XBSA 2IQTA 3LI0A 2RDUA 1YTDA 3IGUA 1RVGA 1C9DA 4E0CA 4DBEA 3W2MA 1VR6A 4HN4A 3PG9A 2DU2A 1LDCA 2E5BA 4LVGA 3C61A 1EWEA 1DKWA 1H7XA 2YZRA 4WY0A 3S0CA 4HNTA 3IV3A 2PRLA 2CZEA 4O52A 1OK4A 3BW4A 1Q6OA 1O5XA 1JCYA 4AAJA 3O6CA 3B05A 3A9IA 2E09A 1SZEA 2B4GA 2E6FA 1YXYA 1W5PA 5KZEA 4LTSA 4A2RA 1ZHAA 3TQVA 1CX9A 2LLEA 3W7HA 3UYCA 1TMHA 1IXQA 4HSOA 5D09A 2QCDA 4MLJA 3DKLA 1L6SA 4MFDA 4AB4A 1KA9F 1W5NA 4UTUA 5KITA 4LWWA 3G1XA 4QM1A 3KVKA 1A5AA 1O4UA 3JR2A 4ZQCA 4L4MA 2C19A 4S2CA 3E02A 4DPQA 5HWMA 1XM3A 1GWJA 1W5QA 3TFCA 2OMAA 3R89A 1JQVA 1UUMA 2QCHA 2ZZ4A 2PURA 2YCEA 4Q4KA 2V2CA 3HPXA 4Z1DA 1F5ZA 3P8IA 3LHWA 4XBKA 4O54A 1D3HA 3BV4A 3M5ZA 2CLLA 4ZQPA 1H62A 3BG9A 3HB9A 5E1QA 2VELA 2YSWA 4TIMA 5EYWA 3DENA 5CGQA 3RNDA 1AK5A 2V5BA 1TV7A 1GEQA 1GZGA 3IIZA 3PG8A 2GVJA 1X1ZA 3OVQA 3QF0A 4DO5A 4MFEA 4WZHA 2X1SA 1XL9A 3G1FA 1VHNA 1XI3A 4A29A 2NV1A 3FJ6A 4C1KA 4O12A 1G69A 1G7VA 1SSDA 2G5WA 4DPPA 4Z1AA 2VFDA 3R13A 4QQ3A 4BI5A 2QCNA 3B0PA 1ONRA 1TV8A 3GX9A 5LNSA 4GJ1A 3D0CA 3SECA 1ME7A 5G4WA 1YDVA 3W86A 2ATMA 4IPIA 4UMAA 2WSYA 3N2XA 4IX2A 2QJIA 3W7JA 4AWSA 4NX0A 2ZZ3A 4K7VA 4FNRA 2B7PA 2CZDA 3GDLA 2QCCA 2A1YA 1Q6QA 4RV8A 2B7QA 2C6QA 1G4TA 3UPBA 3CIWA 1TQJA 1LP6A 2J88A 4UC5A 3W1QA 3C2FA 3EB2A 1JCXA 1SQ7A 3TNOA 4KKXA 1UCWA 5K9DA 3M5VA 5G1TA 1F74A 1LLWA 4K36A 4P2VA 4WX2A 1SW7A 4NUWA 1IXNA 4DELA 1DORA 3FEMA 4GFSA 3UPWA 4LRSA 1JR1A 1TIMA 3FIGA 5TBOA 3W2LA 1GTEA 1KBJA 3DHFA 3TSBA 1LORA 2QCMA 4UNKA 3Q37A 3M5XA 3L66A 5F4SA 5DCBA 3C52A 2ZA3A 3IIPA 1DL3A 2Y70A 2Y7EA 1DQWA 1LBFA 3PUDA 4UCGA 3W2KA 4AF0B 3LDVA 1D9EA 5AHFA 5U4NA 2DZVA 3M0ZA 4UXDA 3G22A 4HNUA 1QPOA 3EWXA 3C56A 2E5CA 1JUKA 1UB3A 3SSJA 1M7PA 2R91A 3DXIA 4EIVA 5L9FA 4YL2A 3T78A 3C4UA 1FDYA 2B7NA 1ME8A 2J9ZA 3W23A 3LCFA 3UWWA 1A5CA 3IIXA 3GDKA 1VGAA 2V2HA 5EBUA 1OX4B 2WSRA 5EL1A 1H63A 4K39A 2GUUA 2E6YA 1H7RA 1NF0A 1PHWA 2YDAA 3P67A 3MHFA 3BARA 5HQEA 1R2SA 1BWKA 3EKLA 2QUVA 3W2JA 3GAYA 5AHNA 5HR6A 4XZ9A 4MY9A 4UFLA 4Y8FA 1SW0A 2NXGA 2F7FA 4GUFA 3HQ1A 3LXCA 5HUOA 1ICPA 1YTEA 3WJYA 3BK0A 3WJZA 3NPXA 3G24A 4UUIA 1K8XA 1UBSA 2CLEA 3BGJA 3UXAA 5BOOA 2JKPA 3L68A 4DQWA 3TXZA 2W6RA 4FNTA 3UQNA 5D05A 4JX5A 1F2JA 2E1DA 4GNJA 4FX8A 4O18A 1W56A 5AC6A 1C29A 4IMFA 1KFKA 2WNNA 1FCQA 2E5DA 5KSWA 1AW1A 1X8FA 1JCJA 1ZCOA 3VI2A 4YCOA 1RD5A 4UIOA 1KM1A 2NWRA 3N73A 3M1ZA 4IMEA 2FQIA 1WV2A 1LOLA 3PM6A 4JY8A 1VLIA 3W1PA 1I2NA 1HTIA 3IIOA 4JX4A 3GVGA 3W83A 2VENA 3TSDA 3UNDA 1K3UA 4WJEA 3QEZA 3E49A 2C15A 2ZZ6A 3JRKA 3GR7A 3NGJA 3W1AA 2WKJA 4LY8A 1KLYA 3RLVA 2R8WA 4NJGA 1T0OA 2DJXA 3W1RA 1LOQA 1TTIA 1TQXA 3UWYA 3PVFA 3LBMA 3O6DA 5D33A 3C2RA 1OX4A 3RK8A 2BXVA 2ZRUA 3PWAA 3O05A 4WOQA 1VYRA 2V30A 3PB0A 4S2BA 1VC4A 3P80A 1XCFA 2JGYA 5K2ZA 2QDHA 1W5MA 3KVMA 4WXZA 2CLKA 3A5VA 1FQ0A 4JTSA 3GDMA 5EA9A 5D2TA 5D2WA 3GNNA 3P8JA 2V8ZA 4UMCA 2VEMA 3FKKA 3STCA 2QJGA 1ZNNA 2FB2A 3Q58A 1LLZA 4JDYA 2A4AA 3QH2A 3MI6A 4N2YA 1EUNA 4MKNA 1B9BA 1FWSA 3G8RA 4LT9A 4FNSA 3FA5A 2V81A 1RQHA 3IVUA 5D37A 2TSYA 3M44A 1KM0A 5HULA 4NT0A 3QSRA 4MPQA 3EKZA 3L65A 1OX6A 2YX0A 2NUWA 4BWLA 5A5WA 1EA0A 3MWAA 3P74A 4IGHA 1WOBA 1TCDA 1YLVA 3KFTA 3UD6A 1A50A 4OWGA 5FEZA 2GQ9A 2CFFA 2Y62A 1BTMA 4JTKA 5LGXA 3W87A 5D32A 4NNBA 4RK8A 5DXYA 1KM6A 4K38A 2DZWA 3I6RA 2H3DA 3WK0A 3NQDA 4GUHA 5DBUA 5CPOA 2CLFA 3TMQA 3LCWA 3U2OA 1GTHA 1YPFA 2BZNA 1MEIA 3PSWA 5HMSA 1QOPA 1YTKA 4X3ZA 1W31A 2WJZA 5D03A 4ADUA 5G2HA 3PBWA 2YYTA 8TIMA 1FY6A 3TJXA 2ZBTA 5LNVA 5AC7A 3QM3A 4M6PA 1QPQA 4JGDA 3VE7A 1A53A 1AG1O 3TW7A 5FF2A 1H50A 4LUJA 2R94A 4ZQRA 2XN1A 3EX4A 2NX3A 2NX1A 2ZRYA 1QOQA 4TMBA 3TROA 3U8GA 3G3DA 2DZUA 4CNNA 5D04C 1N7KA 4LV9A 3NPWA 3H54A 2EPHA 4Y96A 4G1KA 1CI1A 3MHUA 3NQMA 3W9ZA 4NVTA 5AB3A 2YR1A 3NXFA 3CB8A 5I3GA 3LHZA 3NQ7A 1YYAA 3OHIA 5FEPA 3UZ5A 3W2UA 3M41A 4JXCA 3FOKA 4Z0JA 5EPDA 2J6XA 1KV8A 4S1FA 1KLZA 1FWTA 2KZHA 1EP2A 4YMZA 3EWYA 4UTTC 3SW6A 3OIXA 2C18A 1ICSA 1GT8A 4IXHA 1KFBA 4LNYA 1O60A 4H4IA 3F4WA 1KTNA 1VQTA 5CSSA 2VEPA 5F4XA 1JUEA 1PCWA 4QITA 5K4XA 3WJSA 5D2YA 5FEWA 1ADOA 2ABBA 3MUXA 1R2RA 5LZLA 1PIIA 3H53A 5SWUA 4GE8A 1IF2A 3NPVA 3C8FA 3CT7A 4YLWA 3T7VA 2V9DA 1TPDA 3HPSA 3W7MA 5HUPA 4UFHA 2BWGA 3LCHA 1LCOA 4PODA 5AHLA 1J5TA 4GUJA 4WUIA 1FXQA 4A3UA 1VLWA 5AHMA 4PCFA 4GUGA 1KBIA 2EKCA 3S1WA 4IQLA 4NX5A 1VZWA 2Y61A 1TRDA 4O10A 2C3ZA 1LRNA 3TU9A 1KV5A 4A21A 3O07A 3OVRA 4GC4A 4WQ6A 3WK3A 3KRUA 1F73A 4JS3A 4O14A 2Y7DA 1OFOA 3PUOA 3EWWA 2YFNA 2JBMA 4CLMA 5DN1A 1TTJA 3LTPA 1BWLA 3EEGA 4WY0F 3IGSA 2XFWA 3CIXA 3T55A 4RZ5A 5CKSA 5AYXA 1U83A 3LTYA 2RKXA 4XTIA 4M6VA 1EX5A 4EOUA 4DF1A 2OZ0A 1MXSA 2Y63A 1R47A 3EXRA 3B0UX 4DBDA 3TC7A 2J9XA 3WK1A 3NQAA 3WJXA 4AMAA 3B06A 1NFBA 4EF8A 1HUVA 5K4ZA 1YDNA 5HR7A 3KRZA 1TPEA 3KX6A 1OFAA 3NQFA 2FPTA 3LERA 2O7SA 2B7OA 2GQ8A 3UWQA 3HBLA 2AQWA 2EGZA 2A85A 4O53A 2H90A 3N9SA 4M6QA 4WXYA 2RFGA 2ZRWA 3C0JA 5DLCA 3S42A 1HO4A 5AYYA 2CZ5A 2HS8A 3S5YA 3QFEA 4P61A 1QR7A 3P84A 5DBTA 3W7LA 4K8HA 1R2TA 3B0VC 1KW1A 2I9EA 2ZA1A 2DZXA 1X1OA 2TMDA 1M5WA 4Z0SA 3TQ0A 1KM2A 1XBVA 3O15A 4K8EA 2AGKA 4FNUA 3SZ8A 1VCFA 1FCVA 2NUYA 2YYUA 4HPJA 4CCCA 3TC6A 2ZRXA 4Q33A 4ZVJA 4JTTA 1EUAA 3TAOA 3M6YA 3NQGA 4TO8A 1J4EA 3TXVA 1FCBA 3P81A 3TK7A 3SJ3A 3IIVA 1TJRA 1RV8A 3RF9A 2Q8LA 2ZZ7A 3GDRA 2GVGA 3BGGA 3JS3A 2P0OA 2QAPA 4MZYA 3Q2DA 1R46A 5KMYA 2FIQA 2YGYA 4TMCA 5G4EA 1Z44A 4O17A 5CZ0A 5U7SA 1L9WA 4JTHA 2VKZG 4LVFA 2YFOA 1RPXA 3W2NA 2XN2A 3DU0A 4XUGA 1TREA 3W7RA 2H8XA 1MSSA 4ZZ9A 1M7OA 3I7RA 3QJAA 4Y9AA 3NQ8A 5CZJA 3OEXA 3STGA 2YXGA 2QCLA 3HGRA 2E6DA 1XFBA 3RLUA 3HIJA 5F2MA 5BNKA 1OYCA 3BO9A 5F2IA 1ME9A 2ZYFA 5LNUA 3ZWSA 4O1AA 1DHPA 3LLDA 1RQEA 1D3GA 1U5JA 3DHDA 4DF0A 2E6AA 3NEVA 3G1YA 3PSVA 3SGZA 3G1DA 3GKFA 2A6NA 1GPWA 3W7IA 5IM51 3YPIA 3HPZA 5AN7A 1QNVA 5HWJA 3SIZA 3TIMA 2Y6ZA 1P5BA 1O94A 4NNCA 1C8VA 5TIMA 2CLIA 4UMBA 3O63A 1B57A 3TUUA 3TKFA 4E38A 3MO7A 3QW3A 1K7XA 2C16A 2GJLA 1UUOA 1SO6A 3NA8A 3W1TA 3L0NA 2X1RA 4MVAA 1P0KA 2QUUA 4POCA 1H7WA 1H7OA 2QAFA 1VS1A 3PF3A 3HMJG 4PA8A 1Z42A 1I45A 3THAA 1OFEA 3CQ0A 3G8EA 2G96A 1LRQA 1HFBA 3MW7A 4U4MA 3FFSA 1W5OA 3HG2A 4UTWC 2DP3A 4MJMA 1R30A 4L4LA 2Y89A 2Y7FA 5LNWA 4LS2A 4NXSA 3ANYA 3DI0A 4JTGA 5DCEA 4H3DA 4O1CA 3IGXA 1GVOA 3EX6A 4R7JA 4AHQA 5FF4A 5MHBA 3FKRA 2RHGA 3NDOA 3A21A 5I3HA 2VC6A 3PBVA 2B0MA 3C2OA 1WBHA 1H51A 2Q8ZA 2FB3A 1F05A 1XKYA 3UY8A 4HT3A 4OGZA 5DY3A 3PS7A 3B03A 4O11A 2ZDRA 4BF9A 1LZOA 4DO6A 2FFCA 4B5NA 4NU7A 1JRCA 3HG3A 4O8RA 1AW2A 3VFLA 1S5VA 3QMRA 1L2UA 5FF3A 4IWWA 5F1UA 4N9EA 3NQVA 4JY9A 3UWVA 2HSAA 1G4PA 2GOUA 1TO3A 1Z41A 3TDFA 2QJHA 2NUXA 1V5XA 1FCUA 5D38A 1VPXA 3CPRA 3I7QA 1K7FA 1OFQA 5FI8A 1PE1A 3LRKA 4FHAA 3I68A 2UV8G 4AF0A 1I2PA 4U28A 1FBAA 1JJKA 1SO5A 1SFJA 2QDGA 2V5LA 2QR6A 5CPMA 3A23A 1FDJA 5HINA 3PB2A 1DV7A 3CEUA 3GYEA 3M16A 3G1VA 3G0SA 3LXAA 3HGJA 2QCEA 1OFRA 3L67A 4KFPA 3MBDA 1FWNA 2A7RA 3HGSA 3AJXA 1SZNA 2H8ZA 3ATZA 1K03A 2QF7A 1W3NA 3QMSA 1Q6RA 3W72A 3R8RA 2PRMA 1QWGA 3FYPA 1QCWA 1SUXA 1N8FA 1EB3A 3TE9A 5HWNA 1GVQA 4NZJA 4O0ZA 3RFAA 1EIXA 1SW3A 4CQAA 2CU0A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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4O8RA

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