4Y9AA

Crystal structure of triosephosphate isomerase from streptomyces coelicolor
Total Genus 89
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
89
sequence length
254
structure length
254
Chain Sequence
RTPLMAGNWKMNLNHLEAIAHVQKLAFALADKDYDAVEVAVLAPFTDLRSVQTLVDGDKLKIKYGAQDISAHDGGAYTGEISGPMLAKLKCTYVAVGHSERRQYHAETDEIVNAKVKAAYKHGLTPILCVGEELDVREAGNHVEHTLAQVEGGLKDLAAEQAESVVIAYEPVWAIGTGKVCGADDAQEVCAAIRGKLAELYSQELADKVRIQYGGSVKSGNVAEIMAKPDIDGALVGGASLDSDEFVKIVRFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Streptomyces coelicolor
publication title Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Triosephosphate isomerase
total genus 89
structure length 254
sequence length 254
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 2015-02-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4y9aA00
2ZRWA 3STEA 2PC4A 4M5PA 4JEQA 1EUAA 2YCEA 4GBUA 4ICNA 4N9EA 4ORIA 5I3FA 1UBSA 3VFLA 2O7SA 3M5XA 1M6JA 3QJAA 1W56A 5D38A 3OG3A 5AYZA 3HPZA 1PS9A 4AEOA 2OX1A 1W0MA 1RQBA 3PBWA 1YXCA 3LBCA 1QDSA 3S42A 3TC6A 1G7UA 1HO1A 1GPWA 2J9ZA 5TQLA 3TIMA 1WA3A 3E12A 1W8SA 2Y7FA 4K8HA 2DZVA 3ZS4A 4NJKA 3THAA 3DZ1A 4MOZA 2Y6ZA 1TJRA 2WPBA 1EEPA 2GQAA 2WKJA 3O1NA 3KRSA 5K4XA 3W7IA 6ALDA 3QQ1A 2QCDB 3MWAA 4O54A 3B0UX 7TIMA 3S5ZA 2AQWA 1AL7A 1XBYA 3KHJA 4MUZA 4K6AA 4LS1A 3TCEA 2QF7A 3NZRA 2V5BA 4Z08A 4GWEA 2BSLA 3EWWA 4LNYA 2BX7A 5CSRA 3BPWA 5F1UA 5LNWA 2E6FA 3Q58A 1FBAA 4PL1A 2CW6A 3CB8A 1RR2A 1H7WA 3I7RA 1EP3A 1O95A 4FEZA 5KZMA 2XN2A 5DBUA 4P2VA 3Q2DA 3LHVA 1IXNA 3W1XA 4GUHA 1SZGA 3LERA 2ZRXA 3S1WA 2A4AA 2AAMA 5LHFA 4IPJA 4UMAA 1XUUA 2QCLA 2WSYA 4UTLA 3LBMA 4O0KA 4HN4A 1YTEA 4AWUA 3M1ZA 3MP5A 5AC6A 3TAOA 3DGRA 3W70A 3UY7A 5AHEA 1VLWA 3B03A 2H8XA 3G1YA 3N9SA 4ZL1A 4E2DA 3PM6A 2YX0A 5D2XA 2QKFA 4D2JA 1ONRA 3SJ3A 5G1YA 5C5YA 2YR1A 3NL3A 2Z1BA 1K7EA 3G1DA 3LHUA 4CNPA 3GYEA 4LVAA 3HGSA 1SW7A 2EGZA 1IF2A 2EKCA 1QPNA 2Z2UA 1JCXA 3MUXA 3H54A 1EWEA 1RVGA 3IIPA 4B5NA 5FF3A 3NPVA 1KW1A 3GLCA 3GK0A 4RV8A 1KM3A 3GDTA 3C2FA 3LLDA 1B4EA 1TSIA 4N9CA 3OEXA 2DU2A 4K37A 3P7YA 4JX4A 3GIYA 1QNVA 5KSWA 3VE9A 4MY1A 3WFAA 2DZXA 4XBKA 1TQXA 3R89A 4JTSA 4LVBA 1CI1A 3R2GA 4G1KA 4ZQRA 1OYBA 1A5AA 5KMYA 4HNNA 4S2CA 3GB6A 1HG3A 1T96A 1UJPA 2RH9A 1GTEA 2QCGA 3W7NA 2X30A 3EKLA 1UASA 1VPXA 4P61A 1JR1A 3OHIA 2E77A 1Z48A 3FOKA 5D30A 2ZZ5A 2E5CA 4K36A 4UMBA 3OA3A 3SFKA 2C14A 2V8ZA 4X3ZA 3ANYA 2QCNA 2FLIA 2F7FA 1Q6RA 3MP4A 3G1XA 4PH6A 4JX6A 1TTJA 1TV5A 3G0UA 1YLVA 5G2WA 3GNNA 5F2LA 1BWLA 3NXFA 1ADOA 3H55A 4UXDA 3T78A 5K3VA 2DZPA 1SFLA 3NL2A 3IIZA 3DFNA 4DO5A 4M6PA 1ZCOA 2X1UA 1KM6A 5DY3A 2C15A 2GVLA 3C2RA 3W1AA 2Y7DA 2P0OA 5AB3A 3B0PA 2QJIA 3M5ZA 3PG8A 3G1HA 2Q3RA 5F2MA 2BTMA 2A21A 2Z6JA 4IX2A 3GX9A 2FB3A 2QUVA 3E9AA 1RPXA 4U4MA 3TUUA 4H3DA 2HS8A 1WX0A 5L9FA 3UWYA 1YDOA 4UTWC 4IWWA 2B0MA 1LTDA 4FX6M 4QISA 1GZGA 4IMDA 3RF9A 4JX5A 3NQ8A 4GNJA 4AB4A 3G24A 3E96A 2QCDA 2RKXA 5EL1A 2R14A 3SGZA 3WJXA 3RLVA 3MHFA 3UWZA 2QEZA 2C6QA 3P67A 2VFEA 1ME9A 5E0KA 3C2OA 4UFKA 1Q6QA 3P82A 4HSOA 4JS3A 1H50A 4NT0A 4ADSA 1LBFA 5FF2A 5J5RA 1QOPA 4JIQA 2NWSA 3GDLA 3LI0A 3PG9A 1DJQA 4POCA 3MMTA 4DXVA 1FCQA 3N73A 1OX6A 2Q8LA 1ICQA 1G7VA 2E68A 2O7QA 3A23A 2YW3A 3NEVA 1KM2A 3ATYA 1Z41A 3NOEA 3IRDA 3THQA 5D09A 4XQ6A 3U2OA 1L6WA 1JRBA 5I3JA 1MZHA 4HT3A 3TMQA 1VYRA 1F2JA 1OG0A 4JIPA 4L4MA 3PUEA 1TPEA 1I8JA 2P1FA 2GJNA 3NM1A 3O06A 1TTIA 3S1XA 4RKAA 2IQTA 2NXHA 2NX9A 1G4EA 3QW3A 3TFXA 4FNPA 1KTBA 4MZYA 4M19A 2V81A 3W9ZA 3PSVA 3LRLA 4AHPA 3LXCA 3BVJA 1KM5A 2JBMA 4IJBA 2PRLA 4IMGA 4K7YA 1LRTA 1HTIA 2W6RA 4AHOA 2ZA2A 3HBLA 3TFCA 1U5JA 4J9JA 4OE7A 2R8WA 1O4UA 1T99A 1QR7A 1GTHA 3M43A 1RD5A 3QSTA 5HULA 3TQVA 4CCEA 5BMXA 3W7DA 1Q45A 2XN1A 2J9XA 4JY8A 1SZEA 3IIVA 4NVTA 3W85A 1H51A 1QO5A 4CQAA 3UPWA 4O1CA 2VFIA 5I3KA 1UB3A 3W1RA 1OFEA 3DKLA 1ZFJA 3NYZA 1TRIA 3WK0A 3VCRA 5D32A 1BWKA 3L21A 4MJMA 3NM3A 1RQHA 3P5YA 4WJEA 4R53A 4CCCA 2VFHA 1F7BA 1KLZA 4LOCA 4HPXA 2X1TA 1AMKA 1MXSA 1XBZA 2QCEA 1ICSA 3U6WA 3DENA 3NO5A 3LXBA 1TO3A 2OJPA 2JKEA 3L67A 3DHFA 1LLWA 3BG5A 4UTKA 2Y88A 3P60A 2HS6A 5D03A 1OX4B 3MI3A 1S5TA 3MBDA 1LORA 3RMJA 3W73A 3EWYA 4YXGA 3FEMA 2JGQA 3G0XA 4NJGA 4R33A 3BO9A 2CZEA 1KFJA 3NQFA 3MI6A 1PL9A 4LT9A 3KVKA 1SR9A 3TMLA 3G1FA 1KM0A 3A5FA 3TE9A 2C3ZA 3GAYA 1ZJIA 4IMFA 4CCDA 1QWGA 3ABRA 1H1YA 3C52A 4IX0A 4RX0A 4M6VA 4UCGA 3IV3A 3QM3A 3W7RA 4EOUA 1FY6A 3HIJA 5SWUA 3L0KA 5HR7A 1LM1A 2WJZA 4PL2A 5IM51 4JY9A 4UTWA 1V7YA 3NDOA 3I7QA 3TU9A 4GXMA 3W7HA 2B7OA 5EMUA 3G8RA 3T40A 4RCXA 1H7OA 3F4WA 1TPWA 1OYCA 1H63A 1W3IA 3ABOA 3KOFA 1JRCA 4LVGA 1W5QA 4CLMA 1I2QA 1A50A 1Q3NA 3KX6A 5C2XA 3TROA 1KV8A 3TSBA 5G2HA 3NA8A 4OQVA 3DH7A 3DI1A 2NUXA 2NUYA 3CEPA 3G3DA 2FB2A 1CX9A 1X1ZA 5G4WA 3NPUA 4CNNA 1UCWA 3W1MA 2HTMA 4PCFA 4PFMA 3BW4A 2B7PA 5HMSA 1A5BA 3UWQA 4BI7A 5AN7A 2OCZA 4NX5A 5I3HA 3O6DA 2DZTA 3W1LA 3TXVA 3L2IA 3V1PA 1OF8A 2CFFA 1UUMA 4GUJA 4MLJA 4Z1DA 3S1UA 1X8FA 4LC6A 1H60A 1TPH1 3N34A 4FNTA 4GC4A 3R13A 1FCBA 1PHWA 2VFDA 4Q33A 3W2LA 3HQ1A 4PTNA 3W1UA 1PV8A 4HKPA 4K38A 1WOBA 1GVRA 3EWZA 1V5XA 4A2RA 5E1QA 5LHEA 4AWSA 4DQWA 3I7SA 1H61A 1FWSA 3M44A 4AAJA 1QPRA 3N14A 3NL5A 3WJWA 4E2BA 1WXJA 3G1AA 4O15A 3NGJA 5DELA 2KZHA 3E49A 4O50A 3W88A 5LNSA 1A5CA 1EA0A 1OFBA 3UYCA 3I65A 3IIOA 3QMRA 4M7SA 1SO5A 2ZZ6A 3LHWA 5DXYA 1XFBA 4O1AA 4NQ1A 5CPOA 3EWBX 1VHNA 3P61A 4DPPA 2QUUA 5FEPA 3EXSA 5DY2A 2ZCGA 3DFSA 1DOSA 1WQ5A 3S5YA 3WJSA 1GWJA 5C54A 2J88A 5LSMA 4TMBA 4CQ8A 3O6YX 3BW2A 3PWAA 5GVJA 3N19B 3T55A 3OVQA 3UD6A 4UTTC 1OFDA 1R46A 4UTHA 3EX3A 3NNTA 2G97A 4AMAA 5HINA 4Z1AA 4RJEA 1SFJA 1X6UA 5F1VA 5D2TA 3IEBA 4N6EA 5BMWA 2NXGA 4IUOA 1YXDA 4I7WA 3FYOA 5FF0A 2ZYFA 5HWJA 1OFQA 5HUOA 5TIMA 2GQ9A 2BXVA 1B9BA 3QMSA 3RFAA 3SSJA 1M7OA 1LROA 4ZVJA 4L4LA 1GVQA 5DLCA 3P8IA 2AGKA 3IVTA 1TTPA 3W75A 5FEXA 1KV5A 1VS1A 4BI6A 1N8FA 1TRDA 1VYSX 1QFEA 1JULA 2YXGA 1TPDA 2CZFA 1SO6A 4UTIA 3Q94A 4LU0A 3MW7A 3DXIA 1GQNA 1OX4A 3W2NA 5FEZA 4WX2A 2QAPA 3KVLA 4FX7A 1ICPA 1IXQA 1TYGA 2FPTA 3L65A 1DVJA 1SSGA 3T4CA 4O10A 3TQ0A 3NQ6A 3GNDA 4UIOA 3B0VC 2FQIA 1G4PA 3BLEA 2OT1A 1SUXA 4LTSA 3LCWA 1GG0A 1GOXA 3U8GA 4JTEA 3W7GA 1VLIA 3NQEA 4NNBA 2FPYA 3GXNA 3LXAA 2ISSA 2X1RA 1SPQA 2H3DA 5I3IA 2VKZG 3UWUA 5ABTA 2E6YA 3NR0A 4MZ8A 1JJKA 3S5NA 4QM1A 1IGSA 5BNKA 4W9TA 4O1DA 1W37A 1TJPA 3PBYA 3WJZA 2VENA 4DF1A 2A7RA 1L2UA 3A24A 3HG5A 5HJLA 2ZFAA 2A0NA 4I7UA 1WAUA 4RR4A 1K8ZA 4A2SA 4RZ6A 4QIUA 4WY0F 3LDVA 3RNDA 2PURA 1OVDA 5D2YA 2NXIA 3G18A 4KWWA 1C9DA 5CZSA 1XL9A 1XI3A 2ZA3A 4OHQA 4Y6GA 1AW2A 2A85A 2WQPA 3GR8A 3RK8A 3NPWA 1R2TA 2YW4A 1VCFA 1DBTA 2C18A 2Y85A 2ZZ4A 2V2DA 3CU2A 3LHYA 1O5KA 2ISVA 2QR6A 2WNNA 1FUYA 3HOJA 4FNSA 3SGUA 4FXSA 3O05A 4MFEA 2QUTA 2J27A 3L5AA 3LHTA 1L9WA 1MO0A 3MP3A 1K7XA 4ZQNA 5CG7A 8TIMA 3C2VA 5D02A 3FS2A 1LRQA 3VNDA 2V5LA 1HO4A 2PRHA 3WK3A 2ZZ7A 3TH6A 3CWNA 5CPMA 2RDTA 2FJKA 1NVMA 1NFBA 1JVNA 5IBXA 2YSWA 4JD4A 1I2OA 5EKYA 1ML1A 1VHCA 3GXTA 3UXAA 1P4CA 1ME7A 3T44A 1ZALA 2ZZ2A 4N9DA 2J24A 2VFFA 1UUOA 4GJ1A 3W1TA 1DV7A 4FX8A 2VEIA 3F03K 4K8EA 3MO7A 3E0IA 2FFCA 1EUNA 3W7KA 2D73A 4ZQCA 5E93A 1HL2A 1IIHA 3NQMA 3EXTA 2RDUA 2NX1A 1SQ7A 1GT8A 4JTJA 3TQKA 3FFSA 1N7KA 1JCLA 5DCDA 4UTTA 4UTUA 3DFPA 1FCUA 1OJXA 1P0KA 3GVGA 1BTMA 1ZAHA 1TPUA 4DO6A 1LYXA 4JTTA 1NSJA 2V2HA 4Z1BA 4KKXA 1OFOA 2JKAA 3O15A 1DQXA 2NV2A 4UC5A 4PC8A 2V82A 3GZ3A 1XC4A 4O1BA 3LCHA 1OFRA 1P1XA 2ZRZA 1PVNA 3L0GA 3W76A 1JCYA 4UUIA 3LCGA 2H90A 1TV7A 4MJZA 1F74A 4ZQOA 1I2RA 1F5ZA 3KRZA 3C0JA 4FNUA 1EX5A 3FJ6A 1YXYA 3CWOX 1KFKA 1DORA 2X16A 3DHDA 2CLFA 2ABAA 5I3GA 3W87A 4FHAA 3LCIA 1OYAA 1P5BA 2I1OA 1DQWA 3GXPA 3NPXA 1XUZA 2JK2A 3HGJA 4WZHA 3OVPA 3QH2A 1WYIA 4PA8A 2WNZA 3NG3A 5AHFA 3ZWSA 1JUBA 4JICA 2WO5A 3A21A 4N2YA 4RLIA 2ZZ3A 3TV8A 2G5WA 2YZRA 3C6CA 1ZNNA 3CM4A 1R47A 3W7CA 4MVAA 5HWNA 1SZFA 3W2UA 4LW7A 4XZ9A 4UNKA 5TBOA 1SO3A 1JCJA 4NNCA 2EAWA 1G4TA 4QNWA 1GG1A 3NAVA 2CLEA 3SIZA 1I2PA 1TV8A 2C1HA 3A5VA 1I45A 1BEUA 2BLEA 1D3HA 4TIMA 2TRSA 5K4ZA 3LTYA 3UZJA 2TYSA 3HGOA 4FF7A 4UTMA 1JUKA 3F4NA 3S5OA 5LZLA 1GEQA 1G69A 1LCOA 4DBDA 4LRTA 5AC8A 1TPC1 3W7PA 4O17A 1H7XA 5J5DA 1YPIA 2V0TA 4BI5A 4A22A 1DJNA 1JQVA 3W07A 1FWWA 2H6RA 3WK1A 2B7NA 3P5ZA 2EPHA 4NX0A 2H3BA 5KZDA 2NZLA 1H7RA 3PC0A 2A1YA 4OV9A 3TJXA 1PHQA 2JGYA 1OFPA 3STFA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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