5H91A

Lbdera mutant-t29l/f163y
Total Genus 88
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
88
sequence length
217
structure length
217
Chain Sequence
LTTEQLAKYIDHTNLKADATEADIKQLCDEAKKFNTASVCVNSYWIPFVTEQLKGTDVNPIAVVGFPLGAMATESEIFEATTAIDQGAEEIDMVLNVGELKGGNDEKVLADIQGLADAVHAKGKILKVILENALLTKDEIVRACQLSEKAGADFVKTSTGYSTSGAKVEDVKLMRETVGDRLGVKASGGIHSREEALAMIDAGASRMGVSATVAILT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structure of 2-deoxyribose-5-phosphate aldolase LbDERAT29L/F163Y at 1.77 Angstroms resolution
rcsb
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Lactobacillus brevis
total genus 88
structure length 217
sequence length 217
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-12-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5h91A00
3FEMA 1DQXA 3PUEA 5AC6A 2B7NA 3LHTA 1GVRA 2WJZA 4EWND 4UMBA 1H1ZA 4XZ9A 3CB8A 3N3MA 1KFCA 4YL2A 2Z0IA 3W1PA 1ZENA 3PULA 2OZ0A 2Q3RA 5L9FA 4JX5A 4OV9A 3MWAA 2CLEA 1GEQA 3LCWA 5FF3A 3BG5A 1R30A 1JCXA 3EX6A 3KRZA 1TPFA 1KFKA 3UPWA 1TTJA 4UTWC 1FDYA 3CTLA 3SSJA 1FXQA 3M43A 1VS1A 2ISVA 3MHFA 3JRKA 1TB3A 3KXQA 3S5OA 2YYUA 3L5MA 4L4LA 3IVTA 1Z44A 1GQNA 5F4XA 1MXSA 3PF3A 3GDTA 2BWGA 3NQAA 3IGSA 4JN6A 1SFLA 5K9CA 2V8ZA 3LCIA 1XBYA 4QM1A 1KBJA 1YXYA 5AB3A 4WUIA 4POCA 5DLCA 3EXSA 4ICNA 2CLIA 4FX7A 3LI0A 2B7PA 4WOQA 1DVJA 3G3MA 1LBLA 1HUVA 2EKCA 2NX1A 1FCQA 4ADTA 5F2IA 4HNVA 2QDGA 3DFTA 3S0CA 3G8EA 3PVFA 3LHVA 3B4UA 4GBUA 3SW6A 3BW3A 4RKAA 3V75A 3GXPA 4X9SA 3UXAA 3EKLA 2E6AA 1M7OA 4WXZA 1ONRA 1A5AA 1V7YA 4JTEA 4PL1A 1SZNA 4ZQMA 1SZEA 3O6DA 3W72A 2BZNA 1T8XA 2TSYA 3ABSA 4X3ZA 4DQWA 1AL7A 5D30A 3MBFA 5KTLA 4IMGA 1TYGA 4OHQA 2IQTA 1U5JA 3W1UA 2HMCA 3L0KA 1OHLA 2Z1BA 5HJLA 3IIVA 4N9CA 2E6FA 2GVJA 2NZLA 2QF7A 3R13A 1JCMP 1QWGA 1ZALA 3TQKA 3LTYA 3HO8A 3W3OA 1T96A 3PB2A 5DXXA 5C2XA 5KZDA 3PS7A 1UASA 5BMWA 5IM51 1VRDA 1F5ZA 1XXXA 2E5DA 3N19B 4DF2A 1DORA 3P67A 3GYEA 1OX4A 5G1TA 3CC1A 3QMTA 4UNKA 4RZ5A 1VYRA 4O0KA 3C0JA 4IMCA 3W1RA 1T99A 1LM1A 2YW3A 3W88A 3UY7A 4LTSA 2F84A 1RQHA 3M6YA 1CX9A 3STFA 4JEQA 4A3UA 1SZFA 3L68A 2ZTKA 3L0GA 3MBDA 1TV5A 3IIXA 1K7FA 4XTDA 3W87A 3G0UA 3EWYA 1MZHA 1THFD 2XN1A 4NX5A 1LZOA 3FJLA 3C56A 3N73A 4RX0A 3B8DA 1WQ5A 2GPTA 3W9ZA 3LBMA 1VYSX 3S6DA 3I68A 1EX5A 4LUJA 1H1YA 3MW7A 2H8ZA 4JTLA 4BWLA 1OG0A 3HF3A 3LRKA 2G96A 3HPZA 1EUNA 4LVAA 1L2UA 3HOJA 3W76A 1OFDA 1J5TA 1I2PA 2BSLA 2GUUA 3NM1A 4N9DA 1OJXA 4Z08A 1ZNNA 1L6YA 4CNNA 1EB3A 3KHJA 5HWJA 4EVZA 5MHBA 1JRCA 5DXYA 3RU6A 3TK7A 2WNNA 1UCWA 4JTKA 4Y8FA 1YTKA 4GXMA 2ALDA 2V2HA 2A7NA 3DFNA 3C6CA 1F2JA 3FJ6A 3BO9A 4FNUA 3QPZA 1OFPA 3NPVA 1F76A 3PBWA 2DZUA 5AYZA 4N2YA 4WX2A 1D3GA 1TQXA 1OABA 2A0NA 4GFSA 3C2EA 1JR1A 3LV5A 1I8JA 3S1VA 2C0AA 1TPVA 2H3BA 1OYBA 1VC4A 2ZTJA 3FIGA 5C6MA 3ZWTA 2V2DA 1H7OA 4OBTA 3HGOA 3TR2A 3BGGA 4UFJA 2G95A 3GIYA 3W7LA 1JUEA 1RZMA 1KM2A 5LGXA 3GK0A 3EX4A 1GOXA 3EWWA 4AWTA 3CPRA 5D2YA 4LRTA 1LLZA 1OX4B 3BK0A 1DHPA 1VGAA 3G1SA 4OWGA 3VFLA 1JCLA 1NEYA 2JBMA 4GE8A 4MZ8A 2I1OA 4ADSA 2FPVA 4FIQA 4AWSA 3R2GA 2QCFA 4UFIA 2J9XA 4EF8A 4OE7A 4BR1A 2RKXA 2E6DA 1SR9A 1FBAA 2PCQA 1F6KA 2VKZG 3A22A 2DZTA 3CEUA 2J9YA 2QJGA 4MLRA 1XKYA 4U4MA 3CT7A 4NNAA 4OT7A 2Q3OA 5LHFA 1AG1O 1W5PA 1IIHA 4QAIA 4MZYA 3TKFA 3NQDA 4Q33A 3A5VA 3AJXA 3P61A 2Y7EA 5CPMA 4O16A 1R2TA 1SW7A 4ZQPA 3G1DA 3HGSA 5DN1A 3LOTA 3OIXA 3NR0A 5EL1A 2A6LA 3M9YA 3GXNA 3QW4B 4MFEA 5DY3A 3L9CA 3CIWA 5DCEA 1YADA 4OV4A 3USBA 2VFGA 4NZJA 1J2WA 1YXDA 3TC7A 4ZQRA 4NXKA 2XN2A 4O1BA 3W86A 1I2NA 3LLFA 3UZ5A 1FWTA 2RDTA 1X1ZA 5HUPA 4PA8A 1SSDA 3DFOA 3GNNA 3W7KA 5G1YA 1ME7A 3UQNA 3EEGA 3WK1A 4N4QA 2X16A 3QQ1A 1W0MA 3W7OA 3P62A 4JTUA 4LC6A 1DOSA 2C1HA 1TPDA 3BV4A 4BF9A 4FNTA 1BKSA 4IMEA 2AQWA 2A4AA 4O17A 4WOZA 3W1LA 3UWVA 3N9RA 3PBUA 4AHPA 3GKAA 4ZQCA 3PC0A 4MVAA 3GDLA 1SO5A 1JCYA 3S5NA 1QFEA 4HPXA 3HG3A 4FNRA 4AB4A 2CZFA 2FJKA 3FS2A 1W5MA 2QJHA 1ZFJA 2YSWA 3W1XA 2CLOA 1OFAA 2TRSA 1NVMA 4CNPA 3THQA 4O8RA 3C61A 5E0KA 3ZR4A 2ATMA 3TAOA 1JULA 4M19A 5AHIA 1G4EA 4LC8A 1B4EA 4HIBA 1PL9A 2YZRA 5EPDA 5AHFA 4KWWA 4YCOA 3SGUA 4WY0B 1K3UA 3LHUA 2C18A 1A5SA 2WSYA 2VEKA 2ZBTA 4JYFA 5HUOA 1XBZA 2A85A 4G1KA 3QPYA 3F4NA 3I7SA 1V5XA 4IGHA 1OFEA 3WK2A 3MP4A 2WSRA 1PS9A 2J27A 3LI1A 3TSDA 2WPBA 3Q58A 4PFMA 1OK4A 4E2DA 4Z1AA 4O50A 2QCDB 3BW2A 1W37A 4NXSA 3TUUA 1B57A 3PM6A 2TYSA 3TX9A 3VKJA 1S3HA 4HSOA 3W7PA 3CM4A 1K03A 4E0CA 3P84A 5DCBA 3P5ZA 3WFAA 3PAJA 3NDOA 4GJ1A 3CQ0A 2XN0A 1W3TA 3NQVA 4JTJA 1Z41A 3K30A 1I2RA 4NJIA 1VYPX 3EWZA 2GJLA 1VQTA 4DPPA 3HPSA 4JX6A 4JTHA 4PL2A 4I9AA 5D2VA 1C9DA 5D2TA 5HWNA 3W70A 5LNVA 4UTJA 6TIMA 4O1DA 5AC7A 1W8SA 2NXHA 4LNYA 1W3NA 1TTQA 4UR8A 2YR1A 4NX0A 4GUHA 3H54A 2OX1A 1KLZA 1O5KA 5GVJA 1L6SA 3A5FA 5U7SA 4DEFA 5FEXA 3PY2A 3E02A 1MO0A 3NQCA 2PE4A 3W7DA 1F73A 2FB2A 5J5DA 2Y7FA 4AWUA 3C8FA 3G1YA 3TXZA 4LS2A 2NLIA 4ORMA 1YLVA 3QQ0A 2KZHA 4BWLC 1D3HA 2YYTA 3UZJA 2OT0A 1KFEA 4LY8A 3DHDA 3S5YA 4M6VA 1JRBA 3NNTA 3DGRA 3W84A 4JY9A 1R46A 1TPC1 5CZSA 3M5YA 3DFQA 3GR7A 5EYWA 1HL2A 4JTIA 5FF2A 1DKWA 2DP3A 2DZXA 2YDAA 4AHQA 3FYPA 4FX8A 1OYAA 5AC8A 3BPWA 3VE7A 2D73A 2QJIA 4NJJA 3I7QA 1GTEA 3W1MA 2E1DA 1CI1A 3PBYA 3NOEA 4RXFA 3M44A 3NQGA 3NPXA 4GUGA 3UWYA 3LCFA 3UYCA 3LCHA 3U8GA 3STGA 1RD5A 1OF8A 8TIMA 1SQ7A 1MEHA 2A5HA 4JYEA 2AAMA 2I9EA 1YPIA 2E68A 2J9ZA 1NF7A 3E0IA 2LLEA 3VNDA 1ZCOA 2CLKA 2VELA 2GJNA 3N9SA 3OBKA 4CLMA 1ME8A 2C3ZA 4I7UA 4YWIA 4IX0A 3F4WA 1P0NA 5FESA 3GAKA 3LLDA 1X6UA 1TV7A 2ISWA 1VCGA 3RLVA 1GG0A 3NO5A 3WK3A 3EX1A 1EWDA 1QPRA 3T7VA 3ELFA 1VCVA 1XUUA 2CZDA 2ZRUA 4AMAA 4LV4A 4TMCA 2C13A 2GVGA 4NJHA 4XKYB 5AOUA 4J9JA 1K7XA 3TSMA 2X30A 1JCNA 1ML1A 1KBIA 3NQMA 4XBKA 4PEKA 4Z1DA 2X1TA 3FFSA 1Q45A 2ABAA 2QUVA 3KVMA 1M6JA 3BW4A 2E5BA 4RK8A 1MEIA 4M7TA 1QDSA 4P2VA 3GDKA 4WJEA 4LS0A 3HG4A 4A21A 4DF0A 4S2BA 3CLMA 3IVUA 2VC6A 1N7KA 1OK6A 5DY2A 1DL3A 4LUIA 4ORIA 1YTEA 4O14A 1ZAJA 5I3FA 1TV8A 1L6WA 4WQ6A 3RNDA 5HINA 3LDVA 4C1LA 1LYXA 1XBVA 3IVSA 2OT1A 4LVGA 3W22A 2YPIA 3NQ7A 2WNZA 1SW0A 2RDUA 4TR9A 1OYCA 2YCEA 2HTMA 4WY0F 3W1AA 2QDHA 5ABTA 2NXGA 3OHIA 5LKYA 3FKRA 4UTHA 2ZZ3A 3G1HA 3QYQA 5EBUA 3BG3A 4FNPA 1H61A 1EA0A 4ML9A 1JCJA 2EF9A 1RQEA 1EWEA 4HT3A 2ZZ5A 1B3OA 4LU0A 2C19A 1ICPA 1G4TA 3OEXA 1S5VA 5I3HA 5CZJA 4JXCA 1OVDA 2QCLA 3SFKA 4K7YA 3WJWA 4NU7A 3PSVA 3OA3A 3W1NA 1C29A 4UNLA 4N6FA 1YXCA 1QCWA 3W6YA 3G0XA 2WNQA 4RCXA 3GDRA 5D32A 3M0ZA 3B0UX 1TRDA 1ZY9A 2WKJA 5DBTA 2JGYA 4JNMA 4JTGA 4K7VA 2VXNA 1A5BA 3W07A 4E2BA 1X8FA 5LNWA 3L2IA 4IQLA 4UCGA 1UB3A 2YFNA 3O06A 4GRSA 1GT8A 5EKYA 3LHYA 5D37A 1SSGA 2EGZA 4JD4A 4MKNA 1TREA 4HNNA 5CPOA 1Z42A 3W85A 5D03A 1VCFA 3QEZA 2VOMA 3MI2A 5CSRA 3KOFA 4CQ8A 1QO5A 3HG2A 3OG3A 1I4NA 2TMDA 1OF6A 4HHPA 4FNSA 5F4SA 2V82A 4H6KA 3W7JA 2NWRA 4MUZA 2V30A 5T26A 1HG3A 2Z2UA 4O4WA 1OFQA 3WJXA 2J88A 1Q6LA 3HMJG 3KRSA 4W9TA 3VI2A 3NZ1A 3KRUA 2GVLA 4FXRA 1KFLA 4EIVA 3Q2DA 2R91A 3OVQA 3GB6A 4Q4KA 1WOBA 2NXIA 4JTTA 4JICA 4JR5A 2JKPA 3WJYA 1A50A 3NA8A 3BVJA 2W79A 4AAJA 4R7JA 2P0OA 4MJZA 3G1XA 2ZRVA 2B7QA 1ZHAA 2CWNA 2YX0A 3TW6A 4MZ1A 3TU9A 3O07A 3EWBX 5AHEA 5BRBA 4ALDA 4RR4A 5KZMA 2Q8LA 4FXSA 2O7QA 4TMBA 1LBFA 3QRHA 3W7CA 3TFCA 1Q6RA 5AHMA 2ZA1A 1KTCA 3QW3A 2GQ8A 1JUKA 4A22A 2E6YA 3S8HA 2BLEA 3TCEA 1KFJA 4IMFA 3ATYA 4A2RA 1QOPA 2Y70A 4CCEA 3N34A 2FPTA 2F7FA 3I65A 1FXPA 3G1AA 3G24A 4LWWA 1KM6A 3NQ8A 3TE9A 2FPYA 4O53A 3DAQA 4Z0SA 3TMQA 3KX6A 1I2OA 2V81A 4IXHA 1UUMA 4DO6A 4WY0A 2A21A 5AFDA 4O28A 3P74A 2E09A 4QSHA 5I3GA 5D05A 3DHFA 1MSSA 3Q94A 3TMLA 2VEMA 2RH9A 3C4UA 1K02A 3EXTA 4YMZA 3RFAA 2RFGA 5G2WA 2OJPA 1FCBA 1OFBA 4Y96A 4WD0A 1A53A 2H8XA 1R2SA 1N8FA 2QCDA 5CG7A 2DZVA 4QQ3A 3TJLA 1FY6A 3NYZA 3E9AA 2NX3A 5F1VA 3ABOA 2JKAA 3N2MA 3C2FA 3W2MA 1I45A 2CU0A 5HR6A 4RV8A 1H7WA 1GPWA 1YPFA 3KVKA 1X1OA 2VFFA 3HGRA 3W7MA 2HSAA 5I3KA 2NUWA 1KM1A 1FWSA 3G0SA 1QPQA 2TPSA 1VZWA 4NUWA 1O60A 3B04A 3TFXA 4ZL1A 1LOQA 4CCDA 3VCRA 4GUJA 4N02A 4UTMA 3FKKA 1XC4A 3S1XA 4BK9A 3ABQA 2X1UA 2UV8G 4RZ6A 5CZ0A 1P5BA 3O6YX 1TO3A 1S5TA 3ANYA 3M47A 4QIUA 3P5YA 4KWVA 5HR7A 3AO0A 1AL8A 4LOCA 4Q32A 1O4UA 2PRLA 3LV6A 3FLUA 1WDWA 4QJ1A 3TQVA 4IMDA 4JS3A 3UWUA 2ZQ0A 4Z1BA 5F4WA 5FEWA 1GVSA 2VEPA 3O1NA 4QITA 5H91A 1K8ZA 3HG5A 1H60A 2NWSA 1TIMA 3B0PA 2QCMA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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