3N34 | Genus

Total Genus 124

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	124
sequence length	327
structure length	327
Chain Sequence	GLVPRGSMGFKVKLEKRRNAINTCLCIGLDPDEKDIENFMKNEKENNYNNIKKNLKEKYINNVSIKKDILLKAPDNIIREEKSEEFFYFFNHFCFYIINETNKYALTFKMNFAFYIPYGSVGIDVLKNVFDYLYELNIPTILDMKINDIGNTVKNYRKFIFEYLKSDSCTVNIYMGTNMLKDICYDEEKNKYYSAFVLVKTTNPDSAIFQKNLSLDNKQAYVIMAQEALNMSSYLNLEQNNEFIGFVVGANSYDEMNYIRTYFPNCYILSPGIGAQNGDLHKTLTNGYHKSYEKILINIGRAITKNPYPQKAAQMYYDQINAILKQN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Plasmodium falciparum
publication title	Crystal structure of Plasmodium falciparum orotidine 5'-monophosphate decarboxylase complexed with 5-fluoro-6-amino-UMP, produced from 5-fluoro-6-azido-UMP rcsb
molecule keywords	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase
total genus	124
structure length	327
sequence length	327
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2010-05-19

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3n34A00

3D0CA 3BGGA 3LI1A 5LNSA 5FF4A 5FESA 1GPWA 2OZ0A 3QMSA 2RDTA 3P67A 1I2QA 4RR4A 4ML9A 3W7MA 1KFJA 4JTLA 3O6YX 1TPC1 1EP2A 4R53A 3UNDA 3BW4A 1Q45A 3GXPA 4CNNA 3LX9A 2C13A 4M7SA 4RZ4A 3HGJA 3ABSA 1A50A 2RHGA 3S42A 4N9BA 3LCXA 3JRKA 1GEQA 4UR7A 1LRQA 4M19A 3O07A 4Z1DA 2E09A 3W84A 5CKSA 4TMCA 4K7VA 1Y0EA 1XBXA 2F84A 3N9SA 1W31A 4C1LA 4MY8A 3LXBA 4JS3A 1KM4A 4O1BA 1G6CA 3U8GA 1FWRA 1F05A 3MHFA 4TR9A 2FTPA 2D73A 2A85A 4RV8A 3GAYA 4OQVA 4AWTA 4JEQA 4UTLA 4WXYA 1QCWA 3TMQA 2FPYA 4DO4A 2FDSA 2Y7FA 1H61A 3P81A 4CQ8A 2HTMA 1QR7A 5K2ZA 3B04A 4GRSA 1B57A 1UJPA 2HMCA 5EMUA 3OVQA 1XUZA 1XDLA 3A21A 1KLZA 2NUWA 2EAWA 3MP3A 1EEPA 3RLVA 4UFJA 4MZYA 3WJYA 2YX0A 4K6AA 4CCDA 1G7UA 1VPXA 2OJPA 3DHFA 2J9YA 4Z1CA 4UFLA 2X1SA 3C8FA 5HWJA 2WSQA 1LOSA 3F4NA 3EX6A 3MJYA 3CM4A 3E96A 2Y88A 4O4VA 2TYSA 4FEZA 3H53A 2P0OA 2G97A 1I2PA 4N9CA 1QMLA 3GR8A 2VELA 2YGYA 1F76A 3LHTA 5KITA 2NLIA 4WD0A 5AOUA 2ZA1A 4MYXA 1FDJA 3DAQA 3FKKA 3GX9A 4NXSA 3TMLA 3LCFA 5LGXA 5LSMA 4Z0SA 3P82A 4CNOA 1EIXA 4IMDA 3FYOA 4XBSA 2ZZ6A 3PSVA 1YTKA 4JTIA 3HG2A 1EWDA 1Z48A 3O6CA 2ZZ7A 3S1XA 1W0MA 3W1MA 2RDWA 2V5LA 2YW4A 5AYXA 2E77A 1GT8A 3FEMA 4PCFA 5F1VA 2VENA 5T26A 1RQEA 4YMZA 1SW7A 3UWYA 3UWZA 4BFAA 3TIMA 4JIQA 1F73A 1R2SA 4NQ1A 4AWSA 2EPHA 3UWVA 1VS1A 3LHVA 4EIVA 3QMRA 1LLWA 3EXRA 3W88A 2YXGA 4EWND 4NZFA 1WQ5A 4JTFA 3L67A 3LGEA 2FB3A 4ZVJA 1CX9A 5C55A 1A5BA 1BKSA 1EWEA 3W07A 4FXSA 4BWLA 4MY1A 1PCKA 3MI6A 5G2WA 3HGSA 3PS7A 3F1QA 2QCDA 2X2GA 3QM3A 3UYCA 4JR5A 1TRIA 1IXPA 2GVGA 1H7WA 1T0OA 3SY5A 1K8ZA 4YWIA 1H63A 1ME8A 1FCVA 5CPMA 3NQ2A 3CQ0A 4LVAA 2JKPA 3L5LA 2NWSA 1GOXA 2CWNA 3S0CA 2BTMA 3CWNA 1XBVA 2H3DA 1Q6RA 2J6XA 4KFPA 1G7VA 3M5VA 1FUYA 4AAJA 1LRTA 1OVDA 4Z08A 1TREA 1Z44A 3S1VA 3ZFHA 1FCBA 1W5NA 3E0IA 3BK0A 1O4UA 3SIZA 5BOOA 3QW3A 2RKXA 3ABRA 4JIPA 2ZZ2A 4UNLA 2QKFA 1UB3A 4I7WA 3H55A 3OA3A 3BG5A 3WJSA 1RZMA 4NZJA 1RV8A 3PSWA 3FA5A 3HJZA 4DBEA 5KINA 1F7BA 3DBPA 2OT0A 1F6KA 4BF9A 5CPNA 4LC6A 3I68A 3O15A 3QEZA 2GVJA 2QR6A 2EHHA 1Q6QA 3E49A 5AYZA 2Q3RA 3OVRA 2WNQA 1S5TA 4FHAA 1FXPA 1MSSA 4XQ6A 5BNKA 2NV2A 1KFBA 1TPEA 4GUFA 2B7PA 4WOQA 1ZALA 3IGSA 4JNMA 2NX9A 1K3UA 2QCGA 3QQ1A 4UFKA 4K7YA 1G67A 4IMCA 4OE7A 1NAL1 3RNDA 5AC8A 3EWZA 4CNPA 1W5OA 3P8IA 4LU0A 3BG3A 2WSRA 2W6RA 5E0KA 1KM1A 1WXJA 1O60A 3NA8A 4HNNA 1DQXA 1ZHAA 1B4KA 5J5RA 1TSIA 3PBYA 4DELA 5L9FA 1M7PA 2W0UA 2ZTJA 4HIBA 3IRDA 3L66A 2GVLA 3E9AA 3TROA 3JR2A 4M6VA 4NNBA 4AHPA 2G5WA 4LNYA 4I7UA 2JKEA 3A5FA 4U4MA 3TAKA 3QZEA 4KFOA 4D2JA 3NGJA 3IGUA 1JULA 1VCVA 3E02A 5EBUA 1QO5A 1SZEA 3LXAA 1NFBA 3LLDA 1ICSA 2CFFA 2E6AA 5EYWA 3NDOA 4O53A 5D04C 3WJZA 3R13A 4FNRA 2YZRA 3NM3A 1U83A 4IWWA 1IF2A 5BRBA 1KBJA 2C19A 5DY3A 2I14A 3NEVA 3IIZA 5D05A 1VR6A 2ZRUA 2XFWA 1XC4A 4UMAA 4AHQA 4RXFA 1PHQA 4NJGA 1H5YA 3RK8A 1GVQA 2V81A 3MWAA 5CZSA 3GIYA 3SW6A 3L5AA 2H8XA 3LV6A 2B0MA 1VC4A 4ICNA 2QEZA 2F7FA 3WJWA 1J2WA 1KFLA 3GLCA 3NPUA 4EF8A 4BI6A 3IGXA 1ADOA 3R12A 3GDTA 2CLMA 2NX3A 3GZ3A 3W7RA 2Y70A 1LYXA 3PWAA 1T8XA 4Y8FA 3HBLA 3OEXA 2ZZ5A 5L6UA 5K9DA 3C2FA 5D2WA 1OFAA 3O06A 3WK1A 4FNTA 4O28A 7TIMA 3P8JA 5LNRA 3O63A 1OYBA 1KV8A 3G1YA 1KFEA 4MVAA 4I7VA 5D2VA 4NXKA 1FQ0A 4MUZA 1JQXA 4AWUA 3DFTA 3W7DA 2C0AA 4MLJA 3NQDA 2OCZA 1NF7A 3TJXA 5FI8A 1L6YA 1A53A 2RH9A 1AW1A 3TU9A 4MYAA 2ALDA 4A2RA 3B03A 4RLIA 3T7VA 2GPTA 1X8FA 4LUIA 1JCYA 3T44A 1H62A 1W54A 1YDOA 4JTEA 3W71A 4JICA 3MP4A 1HTIA 4NJJA 4EVZA 4X2RA 3U6WA 4GC4A 3DXIA 3CEPA 2LLEA 1GVRA 2Y63A 2QCEA 1TQJA 4IXXA 4LW7A 2WO5A 1HO4A 3NPVA 1GJPA 3PULA 3R8RA 3MHGA 4MLRA 4UMCA 5LHEA 1L6WA 3W2JA 1KA9F 3BO9A 4AEOA 3PG9A 5H91A 1ZENA 3BLIA 1KFKA 2DZVA 3E12A 1W5MA 1XKYA 1OX6A 4WY0F 3TXZA 4WZHA 4LC8A 2C16A 4CCEA 3EEGA 4UTWA 2TSYA 3MO7A 5FF3A 3TW6A 3R2GA 3TSMA 4HNTA 3NL3A 3VNDA 2VFDA 3LHZA 3TQVA 4LRSA 3KVJA 3FIGA 3MBDA 3HPZA 3TCEA 3W1AA 4N2YA 2VKZG 2Y7GA 3G1AA 2ABAA 1LORA 3KRUA 5A8GA 1JRCA 1JQVA 2FFCA 4ZQRA 3QFEA 3KRSA 1IXNA 3UWQA 1C9DA 5F4WA 3HIJA 4UUIA 2YDAA 3W7HA 1JR1A 5KZDA 5H2ZA 1KLYA 5FEXA 3BV4A 3UZ5A 2YR1A 4IPJA 3KXQA 1EP1A 2C15A 3NR0A 4FNPA 3M1ZA 3PB2A 3G1DA 1IGSA 1B3OA 5D32A 3W7NA 2V2HA 4TMBA 3GDRA 4HPXA 1E51A 4L4LA 3EWXA 1D9EA 5G4WA 1G4PA 3N73A 2BSLA 3G1VA 4AF0B 1JUKA 2QCHA 4ZQMA 3V75A 1XI3A 4UTMA 2P1FA 3W85A 1NEYA 3UWWA 1ZAIA 4O13A 4JX4A 3G0SA 1QAPA 1W3IA 4O16A 4K8HA 5F2GA 3P7YA 3CC1A 3W1LA 3W7PA 1IXQA 1PVNA 2DZSA 1VH7A 4Y6GA 5AC7A 2E5CA 2YYUA 5I3JA 2Z6JA 1I45A 2V2CA 3EX2A 5AN7A 1T99A 2O7SA 3CT7A 5F2IA 5FF2A 1WOBA 1FX6A 3LTPA 3NAVA 2ZCGA 1T96A 2QCNA 2Y7EA 3RFAA 3B0UX 4KWVA 3UPWA 3C0JA 2KZHA 1N55A 2NUYA 2H90A 3DFQA 3PUOA 2A5HA 1I4NA 5DCEA 3MHUA 1FWSA 4ADTA 5TIMA 3NVTA 2V82A 1QPNA 1B9BA 1R30A 4E2BA 4QM1A 3W22A 3GYEA 4PFMA 3LLFA 3DFOA 3W2NA 1FCUA 2ZYFA 2FLIA 3USBA 1KM0A 4NJHA 4E38A 2C18A 3W6YA 4MJZA 3I65A 1H60A 3B05A 4ZQCA 2YFOA 1O95A 4S2BA 4LVFA 3STEA 3NL6A 1AK5A 3S1WA 2VFFA 2CZEA 4NUWA 1ZAJA 3NQAA 4QJ1A 2VFGA 1SZFA 2YPIA 5FEPA 1PE1A 1OF8A 4UFIA 1Z41A 2CLOA 3M41A 4WJEA 1H7OA 1SR9A 1UBSA 3B8DA 3KOFA 1GVSA 3G1FA 4FIRA 4N9DA 1XM3A 1SQ7A 2VEIA 4DF1A 3A5VA 3W7QA 4O4WA 1KTNA 3VCRA 4JTHA 4BI5A 4LRTA 2A0NA 2CZDA 1LM1A 2Q3OA 4JY9A 1WAUA 4CCCA 3NQGA 4MOZA 4JD4A 2BZNA 4JTTA 1FBAA 3UZJA 1V7YA 4WQ6A 3LTYA 1X1ZA 3VKJA 4DF0A 1XBYA 5FEZA 1N8FA 1PV8A 1GWJA 3EKLA 3GKFA 3W76A 3HMJG 1AW2A 3NM1A 1FWTA 1TPVA 3M6YA 2QJGA 4N02A 4GWEA 4GXMA 5ABTA 3N34A 5LGZA 1FCQA 3LRMA 1G4TA 1KM3A 1N7KA 2AGKA 4NNCA 1DL3A 4XTDA 4PTNA 1XL9A 2NZLA 1OFDA 3IIOA 2A4AA 1TCDA 3L65A 4FXRA 2ZRYA 4RK8A 3EWUA 1YTEA 1LLZA 2A7NA 4M6PA 4MPQA 1SUXA 4HSNA 1JCLA 2H3BA 1OFQA 4YLWA 4O15A 1VRDA 4B5NA 5LHFA 5I3HA 2B7NA 2Y6ZA 3BARA 1FWNA 4XBKA 1KTBA 3FKRA 3PM6A 1YPIA 3NQ8A 3ANYA 3LXCA 4HN4A 4O1DA 3EWWA 1FWWA 1YYAA 4UFMA 5EL1A 2NXIA 2WOQA 2B7QA 2C14A 4QISA 3TC7A 1R47A 4RZ6A 4YL2A 3CPRA 5CG7A 3DI1A 2ZBTA 3AO0A 1XDMA 8TIMA 3BLFA 2RDUA 3M16A 2CW6A 4WY0B 3W7EA 3SGUA 4C1KA 4HNVA 4PC8A 4JTSA 4UC5A 3O16A 4A29A 4JDBA 4LS1A 3L0KA 1V5XA 1WYIA 4I9AA 5G1TA 2QJIA 3LCWA 5C5YA 2ZZ4A 3N3MA 1SU5A 4PL1A 2J88A 2EGZA 4JTGA 4RCXA 1TPFA 4EF9A 1DKWA 3TR2A 1S5WA 4Z1AA 1O5KA 5I3FA 2Y89A 1LCOA 3Q58A 1OABA 3QH2A 3P61A 2CLLA 3C3NA 1DJQA 4AF0A 1WOAA 5G5IA 3HF3A 5D38A 4K37A 3IIPA 3M44A 5E1QA 3STFA 4MFEA 1HL2A 2QUVA 3W7LA 3ZR4A 4DBDA 3YPIA 3TC6A 3LHUA 3SJ3A 2QAPA 3MW7A 5G4EA 3EWYA 1IXOA 3HPSA 1FDZA 3FOKA 2NXHA 4JN6A 1KTCA 4JTJA 1TQXA 1YDNA 2FB2A 2PRLA 3G1XA 5D30A 1QPOA 1J4EA 1X6UA 4AMAA 3SGZA 3O8AA 3DZ1A 4K36A 2FIQA 3BVJA 1H7PA 3W7KA 3W23A 2E6YA 3TAOA 5BMXA 3GB6A 1EA0A 3CWOX 3ZWSA 3WK2A 1ICPA 3R89A 3G18A 4W9TA 2Y62A 3GKAA 1UASA 1PHWA 1KM5A 3L5MA 4Y96A 3WJXA 3V1PA 1MEWA 3G0XA 3NO5A 4LVGA 1VJIA 3TE9A 1TPH1 1OHLA 3W7IA 3LCHA 2J9XA 4NJIA 4YCPA 3ABOA 1QO2A 3M9YA 1P5BA 4G1KA 2BLEA 1H51A 1X7FA 5HMSA 5G1YA 2WV8A 4H6KA 2QCCA 3FJ6A 4M5PA 5C2XA 4KKXA 3EX1A 3P62A 4RZ5A 3K30A 3M47A 2Y85A 1O5XA 3LHWA 4DPPA 1MEIA 3NG3A 4QQ3A 1XBZA 3GDLA 1DQWA 1HUVA 4XKYB 4LWWA 3QPZA 1I2RA 3I7RA 4Q4KA 3HOJA 4MIMA 1HG3A 1I2OA 4XWUA 4TO8A 4O57A 1NSJA 1YXYA 2C1HA 5AHMA 4N4QA 4ADSA 3TFCA 5KSWA 4HPJA 4IMFA 3DKJA 4ZL1A 3GVGA 5EY5A 3TNOA 2BX7A 4R7JA 2A1YA 1GYNA 2Q8ZA 2FQIA 3C52A 3N19B 3NYZA 3QRHA 4O50A 3QMTA 1VCFA 2VEPA 4QITA 2CLFA 3PBVA 3WFAA 5HJLA 3P74A 2VFIA 3GNDA 1TRDA 2VXNA 2QF7A 1VYRA 3L68A 1KM6A 2P10A 1R2RA 3RF9A 1HO1A 3T4CA 1OFEA 2QCFA 5F2MA 5D03A 4FX7A 5TQLA 3UD6A 3PB0A 1TTPA 1H7NA 5LNVA 4YCOA 3VE7A 1AG1O 5CGQA 3DFSA 1P0KA 2QCLA 3BLEA 2FPVA 1K02A 4LV4A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
 3D0C A;  3BGG A;  3LI1 A;  5LNS A;  5FF4 A;  5FES A;  1GPW A;  2OZ0 A;  3QMS A;  2RDT A;  3P67 A;  1I2Q A;  4RR4 A;  4ML9 A;  3W7M A;  1KFJ A;  4JTL A;  3O6Y X;  1TPC 1;  1EP2 A;  4R53 A;  3UND A;  3BW4 A;  1Q45 A;  3GXP A;  4CNN A;  3LX9 A;  2C13 A;  4M7S A;  4RZ4 A;  3HGJ A;  3ABS A;  1A50 A;  2RHG A;  3S42 A;  4N9B A;  3LCX A;  3JRK A;  1GEQ A;  4UR7 A;  1LRQ A;  4M19 A;  3O07 A;  4Z1D A;  2E09 A;  3W84 A;  5CKS A;  4TMC A;  4K7V A;  1Y0E A;  1XBX A;  2F84 A;  3N9S A;  1W31 A;  4C1L A;  4MY8 A;  3LXB A;  4JS3 A;  1KM4 A;  4O1B A;  1G6C A;  3U8G A;  1FWR A;  1F05 A;  3MHF A;  4TR9 A;  2FTP A;  2D73 A;  2A85 A;  4RV8 A;  3GAY A;  4OQV A;  4AWT A;  4JEQ A;  4UTL A;  4WXY A;  1QCW A;  3TMQ A;  2FPY A;  4DO4 A;  2FDS A;  2Y7F A;  1H61 A;  3P81 A;  4CQ8 A;  2HTM A;  1QR7 A;  5K2Z A;  3B04 A;  4GRS A;  1B57 A;  1UJP A;  2HMC A;  5EMU A;  3OVQ A;  1XUZ A;  1XDL A;  3A21 A;  1KLZ A;  2NUW A;  2EAW A;  3MP3 A;  1EEP A;  3RLV A;  4UFJ A;  4MZY A;  3WJY A;  2YX0 A;  4K6A A;  4CCD A;  1G7U A;  1VPX A; 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3N34A

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