4PN2A

Crystal structure of gh10 endo-b-1,4-xylanase (xynb) from xanthomonas axonopodis pv citri complexed with xylotriose
Total Genus 123
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
123
sequence length
305
structure length
305
Chain Sequence
AAPLAATASKFLGCAYGAQQAPGFAQYWNKLTPENGGKWGSVEAVRDQMDWSTLDAAYRFAQANQMPFQMHVMVWGNQQPEWIKTLRPAEQRREIEQWFAAVAQRYPDIALLEVVNEPLNDPPSKADTGGGNYLQALGGNGDSGWEWVLQSFRLARRHFPHTKLMINDYSITSSAQATQKYLQIVRLLQRENLVDAIGVQEHAFETTPEVAVSVHRDNLDALAATGLPIYITEFDLDGPTDAQQLADYKRVFPVFWEHPAVHGITLWGFRPGLWRDKEAAYLIRADGTERPALTWLRDYVAAHPG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Xylanase
publication title Molecular mechanisms associated with xylan degradation by xanthomonas plant pathogens.
pubmed doi rcsb
source organism Xanthomonas axonopodis pv. citri
total genus 123
structure length 305
sequence length 305
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4pn2A00
4DWSC 5E70A 2J75A 2YOCA 4UCFA 3DYMA 3FAXA 3OA5A 4UNIA 4DM1A 3NUKA 1UA7A 2WSKA 3LPFA 3PTQA 4J27A 4OUEA 4NSBA 3T0BA 2O9TA 3ZQ9A 3WUEA 1MFUA 4HPGA 3VM5A 3VNZA 1B3XA 1QHZA 1MW3A 2ZUTA 1GOKA 3WFZA 3JUGA 2DIEA 2UY3A 3BAYA 1LQ0A 4P7OA 6A3HA 5CZKA 1KXQA 3PZQA 1G5AA 1OT2A 2VCCA 4XX6A 3GXFA 4RE2A 4FMVA 3DYOA 1BG4A 1J0YA 1V0MA 4AISA 3EDKA 2XGIA 3NSXA 1PX8A 5ECUA 1JD7A 2CESA 1GHSA 1W1YA 1WDPA 4UFHA 2PWFA 4D1JA 2D0GA 3GBDA 4PTXA 4UR9A 4YHGA 1W3HA 5BWFA 3ARWA 3BAJA 1I1WA 1HXJA 4E8CA 1AVAA 2QPSA 2OWWA 1FP8A 1Z32X 1M03A 1C8YA 4B9ZA 3WDJA 3D5HA 4QLJA 3VILA 4B3LA 1WPCA 1HKMA 1V6WA 3GNOA 1PIGA 5E6YA 1HP5A 1JZ2A 2HVMA 2DPEA 1OIMA 1OGSA 1E6NA 3VU2A 1HVQA 4D6IA 1GORA 1E4LA 4HOZA 1E1EA 1G94A 4NRRA 1PX3A 3RCNA 2VX6A 1IV8A 4ZXLA 3VIMA 2WCAA 4GI8A 4AD3A 3A47A 2BHZA 2VL4A 3W6MA 1V6UA 5ABFB 3CHCA 3WQ8A 2CIPA 3LPPA 2OLHA 5HPOA 1UH2A 2WANA 1H4PA 1J0IA 1GOQA 1TVPA 1QBBA 2VMFA 2X0YA 4AW7A 1Q6EA 3MUIA 3SEPA 4MB4A 4JL1A 4PMNA 2VC9A 1MXDA 3AIBA 3MO4A 3MKKA 1VBRA 3GBEA 4D6CA 4BF7A 1HJSA 5A6BA 1UD6A 1QI0A 5IFTA 1W1PA 4GPNA 1D7FA 2O9RA 1CEOA 3TTYA 4QLLA 5BXPA 1B3VA 1FP9A 3KEHA 1WZMA 3RJYA 2GVYA 1E3XA 1L8NA 1E6RA 3BLPX 3SUVA 4PN2A 5ABGA 4F8XA 2OYMA 1L0PA 3VVGA 4CD8A 1W91A 1LF1A 4K68A 1UD2A 1H2JA 3MU7A 4CN4A 1CGVA 4IPLA 3OGRA 2XVGA 1CPUA 3WUFA 6CGTA 3WBAA 1SYTA 5A6SA 3CIVA 5I5RA 3VGDA 4MB5A 3W29A 2BHUA 3SCUA 1EDGA 4E8DA 7CGTA 1KWGA 2V3FA 1QNOA 3N11A 4W7VA 3D3AA 1W3JA 4TXEA 1GW1A 2CKSA 2CNCA 2PC8A 2GSJA 3BAIA 1RP8A 3M6DA 3WF2A 3MMDA 1QVBA 4W89A 3IAPA 1EOKA 4PMVA 4PMRA 2A3EA 1V3KA 4S3JA 2YL5A 4PSPA 3WDIA 3B9DA 4NF7A 4AC1X 4KRTA 4JKKA 2D20A 4PMDA 2CHNA 3FAWA 2XFFA 4TTGA 3M7SA 2DSKA 4D6GA 2ZX9A 4UFKA 2X0HA 3KZSA 1B3ZA 2XSAA 2EXOA 3W37A 1N82A 1HL8A 4HU8A 2BXZA 1GQJA 3AHXA 3VGFA 3OGVA 2J25A 4P7QA 1W3KA 3FY1A 4KRUA 2XWEA 2A3BA 1GCYA 3WD2A 2JALA 1H0GA 2DSVA 4XZBA 2Z1SA 3WIJA 3L4XA 2VCAA 4Z2KA 1H0IA 1W9XA 4FLRA 3GYCA 4P8XA 4QAWA 4ATWA 2V3DA 1BTCA 4LYRA 1J0HA 1ITXA 2WZIA 3ARSA 4CN1A 4FLOA 2E3ZA 2VT0A 4CVUA 1UZ4A 5BRPA 1JL8A 4XB3A 3U7BA 3GH4A 5FL0A 2X8RA 2BNJA 2VX4A 3VDBA 3CUGA 4AZ7A 3HJEA 4PMUA 5HDRA 2OSWA 3OLEA 4B16A 2E9BA 4AIOA 2G3NA 3VDCA 4GI6A 3QOKA 2XHYA 2BY2A 3OLIA 5CPQA 2XUCA 5CLWA 3IK2A 2ZIDA 1DWIM 2ZWZA 1DWJM 3QHOA 4D6JA 4HMCA 5DF0A 5LA2A 9CGTA 3RIKA 1B1YA 1JNDA 2Y4SA 1GVYA 3WL1A 7A3HA 2XVNA 1JZ8A 4UOJA 4U31A 1HX0A 1V0LA 2CEQA 1WP6A 4WLCA 1U33A 4Y7EA 5A8PA 4OOZA 2CYGA 2Y24A 2JIWA 5CSUA 1E73M 1FHLA 5CXPA 2WVUA 1E0WA 1MW1A 3I3DA 1ZBWA 4J7RA 3SCSA 3WF4A 3DYPA 4D6EA 1X6LA 1GOOA 1WKYA 1ITCA 1WNOA 3CMJA 1TMQA 1E4MM 3CLWA 3WD1A 3MUZ1 1ZS2A 4WKFA 1KBBA 4BQ3A 4X0VA 4UQDA 2GJRA 2UY2A 2VX5A 3AYRA 2UY5A 1J10A 1I1XA 1GHRA 2D23A 3L2LA 2YDRA 1JF6A 5FD0A 3POHA 1XGZA 1B90A 1EGZA 3GXDA 3SCTA 1BYAA 3ZJ7A 1CLVA 2EPOA 1TZ7A 1GNXA 1WDSA 2OWXA 3EMCA 4J3TA 3CHEA 3BSHA 4MJ4A 1VIWA 4J3UA 3WNOA 3FHAA 4HTYA 1GOWA 3VNYA 4W7UA 1W9UA 1W3LA 3EDJA 1ODZA 4KH2A 1ISWA 3SUSA 3WNNA 3MUAA 5A69A 4BQ5A 1J12A 1JYXA 1UR0A 4AIUA 3IJ7A 3DECA 2J8GA 4GQQA 4WJXA 3PHAA 3BH4A 5FL1A 2VI0A 1JI2A 2OWCA 1B30A 4CD6A 1TCMA 2NT0A 1JDAA 4P8UA 1UQZA 3LPOA 3GTNA 5E0CA 1GOIA 3TTOA 3L4VA 1KQYA 1V6VA 2HISA 1LLOA 3M07A 3AHYA 1M53A 4WK9A 2CITA 1R7OA 5A8MA 2J47A 1XH0A 2A3HA 1OWQA 3N15A 3VDHA 4OBRA 1EDTA 4M8UA 1UR4A 3EMZA 4ZXOA 1BYDA 3O9NA 1B3YA 2E4TA 1R86A 5D8ZA 4AZGA 1KXVA 1JXJA 2CBVA 4R27A 1W32A 1C91A 2W4XA 3WMBA 2XWDA 4AD4A 1HKIA 1FFQA 1V3LA 4W5ZA 4DWSA 4GO8A 4W7WA 3PZTA 2V3EA 4XV0A 1UQYA 1EQCA 2ESCA 1JG9A 3N12A 4FF5A 1K9FA 1ZJBA 5I3DA 4QCFA 1CXLA 1K9EA 4WKHA 4IUGA 1O7AA 3MS8A 1CGXA 3BMWA 1JIBA 3SCRA 2JE8A 1KB3A 3L4UA 5A2AA 1US3A 3NCOA 3VD9A 5LA1A 3UCQA 1UR9A 3BAWA 1KXTA 2WLZA 1MW2A 3VIIA 3N1AA 3CZKA 5GNYA 4WKAA 1JFHA 2EJ1A 3M46A 1LWHA 1H41A 3B8SA 4BCEA 3CZLA 5KZ6A 3N13A 3WNKA 1EHAA 4MDPA 5FCZA 3T2OA 1E6PA 3AMGA 1NWSA 1E3ZA 1G0CA 1SMDA 1VFMA 3NJ3A 1H09A 3GNRA 3W53A 2RGMA 2CETA 4D72A 2XIIA 3ARRA 1RD6A 4AZBA 5JBFA 2WAGA 1S46A 2QHAA 4J28A 1MQRA 3W26A 2Q8XA 3SIMA 4MB3A 2ZX7A 4HOXA 2DT3A 1EQPA 3ARXA 2E9LA 4MNLA 2YL8A 1BGAA 2YL6A 3VTRA 2CBJA 4OBSA 2PWEA 3W82A 1FA2A 4CKQA 4MTVA 4EKJA 5GNZA 2BVTA 2F8QA 2VO5A 3T08A 1AQ0A 4JKMA 3L4ZA 2X09A 5JUVA 2JF6A 2GDVA 4AD0A 3GXMA 2G41A 4MNMA 1UR1A 1VEMA 4HOWA 5I79A 4CVWA 1GJUA 1KFWA 1I75A 1SMAA 2YJQA 3PN8A 2UY4A 3CMGA 2G8ZA 4YPJA 3PZMA 3OLDA 3AS3A 4HA4A 5C71A 4MJ2A 1XV8A 2DT2A 3W6LA 1B0IA 3QHMA 1B2YA 3WMCA 3VKKA 2PF0A 4GO9A 3MV01 1CXIA 4PTWA 3LMYA 1V08A 3TA9A 5A2BA 3SUUA 3N9KA 4ML4A 2PWHA 3CUIA 4M82A 4JCMA 4GI9A 1NARA 1JXKA 4CCCA 4DWSB 1BAGA 1JDDA 2EEXA 2X05A 1JZ6A 2JF7A 1E56A 2IXVA 3HMCA 4CCDA 1JAKA 3UR8A 1M7XA 1OD0A 1OGGA 4JFWA 1A3HA 3AIUA 2VZTA 2DH3A 3AHVA 2ZUVA 1QNRA 2WMJA 1TE1A 1CENA 1IZJA 3PZUA 1UR8A 4BS0A 1ZBVA 3S2CA 1Q6FA 3EMQA 4H8VA 3CPUA 1BQCA 1WE5A 1KXHA 1NWUA 2YDQA 2ZE0A 4KGJA 2A3AA 4W85A 1EO7A 4IPNB 1JD9A 1UOKA 4WSJA 3AHZA 1AMYA 2VVSA 3VO0A 3AFBA 3ZJKA 3A4WA 1CGTA 1CXEA 1XYFA 3F4VA 3WNMA 5IHSA 3SUTA 1JI1A 4UQAA 2QV4A 1E5JA 3W28A 1CDGA 1E6QM 3VINA 2EPMX 4AZ6A 1MVYA 2PBGA 3AS0A 1AQMA 4W88A 1TG7A 4F9DA 1G01A 2PWGA 1BG9A 2ZWYA 3IANA 1FHDA 3T0AA 1ZU8A 3VIJA 1EIBA 3VD3A 4M29A 1CXKA 1FH7A 4Z2IA 4PCTA 5A6KA 4PTVA 1JFXA 1UWQA 4TTUA 3CUHA 4OOUA 1VF8A 2ZXQA 1W9DM 2YA2A 3UG5A 2WCGA 1NOFA 2QPUA 2XM2A 3AQUA 3HU7A 2E9MA 3WD0A 1WZLA 2V5DA 1RH9A 2EPLX 1DWFM 1XH1A 3GZAA 3KE0A 1WZAA 3OB8A 1OIFA 1GJWA 2J7DA 2WC4A 5ABEA 2JEPA 2JFEX 5HXMA 1YHTA 3WNLA 3MSGA 8A3HA 3MMWA 3OBAA 3ZR5A 3WF0A 3NIYA 1HVXA 1RPKA 1BYCA 3CO4A 1ESWA 1NOUA 3OZOA 2VX7A 1GPFA 3VGBA 1W1VA 2DT0A 1EOMA 1UH4A 1JYWA 4ZE5A 2W5FA 2ZUWA 1TUXA 3KL0A 4BZYA 1J18A 4JCLA 1ZB5A 5IXEA 1VFUA 2W66A 1DEDA 3GDBA 4AZHA 4CD4A 3N04A 4M81A 4X0NA 2XVPA 2FGLA 5A6MA 3EYPA 3AMDA 5DMYA 2CBIA 5CSYA 1JZ5A 1OSEA 3VM7A 5A6JA 4U3CA 2RGLA 4P8VA 1E0VA 3SCPA 5JBDA 1QI2A 3W0KA 2YL9A 3AMCA 3OLGA 1DWHM 1HL9A 3GH7A 5BXTA 1KWKA 1K9DA 4HZ8A 2YBUA 2C7FA 1CIUA 1F4HA 4CD5A 2ZX5A 1Q4NX 2O9PA 2O9OA 3VMNA 1TA3A 3WD4A 5DT7A 2E8YA 5IDIA 2ZX8A 3WEMA 1QNQA 5AYIA 5JIWA 3UETA 2UWFA 1F4AA 4JHZA 1WB0A 3F5JA 4Z2JA 3CUJA 1PIFA 3AZRA 2C8NA 3BC9A 1U30A 1UWUA 2D0HA 1E0XA 2VZUA 6TAAA 2CXGA 3NDYA 2V5CA 1JDCA 4MB1A 1CYGA 2OSXA 5BRQA 1UKTA 3AYSA 1CXHA 2XTKA 1BPLB 2J7HA 2W91A 3ARZA 4H04A 3WSUA 3WEOA 1C7SA 1M04A 5TD4A 5DFAA 3VMOA 2BVYA 3TOPA 2DH2A 5LA0A 3ARTA 4W8LA 2BV9A 2FDMA 3VGGA 3II1A 2WZEA 1JYNA 2E8ZA 1VFFA 3WQ6A 4JFTA 4DM2A 1VEOA 1WAWA 3MUY1 4GZIA 3ALGA 1V6XA 3VX1A 4J3WA 4JHOA 3BCFA 3CZGA 4RE3A 3VPLA 2VCBA 2WC7A 1JNEA 1V02E 3WEZA 3EBVA 3APGA 4EAMA 3UG3A 4EANA 1MFVA 4UTFA 3A4XA 3GM8A 5FIPA 2J4GA 3OZPA 5IFPA 2WBKA 4E2OA 2W63A 4ACYA 1R7AA 1W2PA 4W8BA 3RMEA 1E6XM 1CGUA 2YA1A 5HPCA 1BGGA 2QMKA 3ARPA 4AIEA 3VIHA 3CGTA 3ZR6A 3POCA 4KGLA 5A3HA 3WH8A 5F7UA 1E4IA 1UHVA 1XH2A 3WMSA 4RE4A 1QHPA 3MSDA 1E6SM 2NW0A 2W61A 3ZT5A 4LPCA 2FHBA 1LL7A 1LL6A 1FFRA 3AOFA 4QDMA 1E1FA 3NYDA 3AS2A 1W9PA 1J0JA 4UQCA 2BXYA 3WF1A 1VENA 1W1TA 3T2QA 3SCQA 2NSXA 1ISXA 3AXHA 1CGYA 2DSUA 2BY3A 1NP0A 4V2XA 3PZVA 1E55A 1UWIA 1R8LA 4AZ5A 2BY1A 1C93A 1CNVA 1EH9A 3OG2A 1JGIA 1JZ7A 2W92A 1GQLA 2BVDA 5AY7A 4NZCA 4HPHA 3VIKA 4CU6A 2Z1KA 2F61A 1MQQA 2DSWA 2GJXA 3ALFA 2A3CA 3AXIA 1UKSA 1TA3B 2WZHA 2ZUNA 2GDUA 4M24A 1VAHA 1B9ZA 1QW9A 2MANA 2VVNA 3AIWA 2PBOA 4C7FA 3ARYA 1BVNP 2ZICA 4LXFA 4FLQA 4JFUA 4H7VA 4NI3A 3TTQA 1A47A 2DIJA 4U3AA 3RPMA 3PBGA 1TR1A 1FOBA 4W84A 1V03A 4A3YA 2EBNA 2VQTA 4H8UA 1YQ2A 2ZX6A 3B9AA 3RILA 1BF2A 1BFNA 2J62A 1G1YA 1ODUA 4UQ9A 2QMJA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4DWS C;  5E70 A;  2J75 A;  2YOC A;  4UCF A;  3DYM A;  3FAX A;  3OA5 A;  4UNI A;  4DM1 A;  3NUK A;  1UA7 A;  2WSK A;  3LPF A;  3PTQ A;  4J27 A;  4OUE A;  4NSB A;  3T0B A;  2O9T A;  3ZQ9 A;  3WUE A;  1MFU A;  4HPG A;  3VM5 A;  3VNZ A;  1B3X A;  1QHZ A;  1MW3 A;  2ZUT A;  1GOK A;  3WFZ A;  3JUG A;  2DIE A;  2UY3 A;  3BAY A;  1LQ0 A;  4P7O A;  6A3H A;  5CZK A;  1KXQ A;  3PZQ A;  1G5A A;  1OT2 A;  2VCC A;  4XX6 A;  3GXF A;  4RE2 A;  4FMV A;  3DYO A;  1BG4 A;  1J0Y A;  1V0M A;  4AIS A;  3EDK A;  2XGI A;  3NSX A;  1PX8 A;  5ECU A;  1JD7 A;  2CES A;  1GHS A;  1W1Y A;  1WDP A;  4UFH A;  2PWF A;  4D1J A;  2D0G A;  3GBD A;  4PTX A;  4UR9 A;  4YHG A;  1W3H A;  5BWF A;  3ARW A;  3BAJ A;  1I1W A;  1HXJ A;  4E8C A;  1AVA A;  2QPS A;  2OWW A;  1FP8 A;  1Z32 X;  1M03 A;  1C8Y A;  4B9Z A;  3WDJ A;  3D5H A;  4QLJ A;  3VIL A;  4B3L A;  1WPC A;  1HKM A;  1V6W A;  3GNO A;  1PIG A;  5E6Y A;  1HP5 A;  1JZ2 A;  2HVM A;  2DPE A;  1OIM A;  1OGS A;  1E6N A;  3VU2 A;  1HVQ A;  4D6I A;  1GOR A;  1E4L A;  4HOZ A;  1E1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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