1OFAA

Crystal structure of the tyrosine-regulated 3-deoxy-d-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase from saccharomyces cerevisiae in complex with phosphoenolpyruvate and cobalt(ii)
Total Genus 132
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
132
sequence length
347
structure length
343
Chain Sequence
VRILGYDPLASPALLQVQIPATPTSLETAKRGRREAIDIITGKDDRVLVIVGPCSIHDLEAAQEYALRLKKLSDELKGDLSIIMRAYLEKPRTTVGWKGLINDPDVNNTFNINKGLQSARQLFVNLTNIGLPIGSEMLDTISPQYLADLVSFGAIGARTTESQLHRELASGLSFPVGFKNGTDGTLNVAVDACQAAAHSHHFMGVTKHGVAAITTTKGNEHCFVILRGGKKGTNYDAKSVAEAKAQLPAGSNGLMIDYSHGNSNKDFRNQPKVNDVVCEQIANGENAITGVMIESNINEGNQGIPAGLKYGVSITDACIGWETTEDVLRKLAAAVRQRREVNK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Substrate and Metal Complexes of 3-Deoxy-D-Arabino-Heptulosonate-7-Phosphate Synthase from Saccharomyces Cerevisiae Provide New Insights Into the Catalytic Mechanism
pubmed doi rcsb
molecule keywords PHOSPHO-2-DEHYDRO-3-DEOXYHEPTONATE ALDOLASE
molecule tags Lyase
source organism Saccharomyces cerevisiae
total genus 132
structure length 343
sequence length 347
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date 2003-04-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1ofaA00
4HT3A 1PL9A 4KFPA 2CLLA 2QUTA 1JRCA 2H8XA 1H63A 4JGDA 2EGZA 2DJLA 4Y9AA 3W72A 4EF8A 2ABBA 2V5LA 4Q32A 2C13A 2CLEA 3QQ1A 1JUBA 3W2UA 1QAPA 4NJHA 6ALDA 4O50A 1OJXA 3Q37A 5K3VA 3RFAA 1OFAA 3W7OA 3VKJA 4DF0A 2DP3A 5AN7A 1IXPA 3FJ6A 4HNTA 1VC4A 2V8ZA 4OV9A 1JVNA 1V5XA 3DFPA 2XN0A 3OIXA 1TV5A 5FF4A 3DFNA 5MHBA 1FX6A 2NXHA 2V81A 3D0CA 1RPXA 3PS7A 1HO4A 2Y63A 4C1LA 3INPA 1K8XA 1B9BA 4O8RA 3DAQA 1JCYA 2ZRUA 5HWMA 1BEUA 2DZSA 2F84A 3NG3A 5DY3A 3I7SA 2OJPA 2ISWA 1TPFA 3W7RA 1WOAA 4ZQNA 2W6RA 1A5AA 3L68A 4UFLA 3GDTA 5AHNA 1JUKA 5C54A 3M5VA 4UFKA 3B0PA 5CZ0A 4LUIA 1I2NA 4BF9A 4QNWA 1K8ZA 3FYPA 1T8XA 3EX3A 4UNKA 4H3DA 1GVQA 1G4TA 3CM4A 5FF2A 1HUVA 3L0KA 3HGSA 4P61A 3W7LA 1R2SA 3A23A 3HO8A 4LTSA 1TJRA 2V82A 1JQVA 4FX8A 3NNTA 1TIMA 1MEHA 3N34A 2I14A 4BWLA 2FB2A 5D2VA 3GZ3A 3MYPA 3C2RA 2V5BA 3H54A 4WOZA 2ZDRA 5CZSA 3STCA 3LRLA 3FYOA 5BW6A 4M6QA 4A2SA 4FEZA 2BXVA 3STEA 4JYFA 3FKRA 3TC7A 2C1HA 3LCHA 4UTMA 4LC6A 3PULA 3KHJA 4PL2A 3UXDA 4AAJA 1FDZA 3LCLA 2NXIA 5DN1A 4CNPA 1QWGA 2V2CA 4NX5A 1BKSA 2CZFA 3O05A 3EWZA 5K7JA 2BTMA 5FI8A 3HOJA 1PV8A 1TPUA 1W8SA 4O14A 5LHEA 4EF9A 2Y62A 1NSJA 1OG0A 1T0OA 2VFDA 3CC1A 4IMDA 4LW7A 3MO7A 4QNEA 4X22A 3UXAA 4UC5A 3M43A 4UTTA 4PH6A 3IVUA 2A6LA 2A85A 3UWWA 2X1RA 4LRTA 3A22A 1KW1A 3C8FA 1GG0A 4GBUA 4UTWA 2G96A 5K4XA 4M6VA 1HL2A 4FNRA 3WK2A 3NDOA 3MP3A 1LBLA 1RZMA 2Y89A 1FBAA 4MY9A 4JTSA 4N4PA 3R8RA 5LGZA 4DF2A 1RV8A 1TMHA 2DZUA 1DOSA 3VE7A 2WJZA 2YFNA 3IEBA 4JX4A 3C2VA 5HR6A 4UR8A 1D3HA 1ICSA 5HWNA 3IIXA 4MY8A 1SSDA 3LM7A 1FXPA 3WJWA 4PTNA 3ABOA 3VCRA 3FFSA 2OZ0A 2FPVA 2ZZ7A 1VHCA 5HWJA 1YPFA 5CPOA 1UB3A 1H7NA 1LP6A 4B5NA 1ICPA 4FIQA 2CLHA 4FNSA 2QCFA 4OE7A 4FNUA 1FDJA 4AF0B 5F2GA 3NQCA 3UD6A 4ZL1A 3NPUA 5AOUA 1OFPA 2A4AA 4O15A 1GPWA 5I3IA 1DKWA 1SZFA 5HQEA 2BSLA 3P5YA 5K9XA 3L5AA 2JK2A 3L66A 3USBA 3QMTA 2EF9A 2P1FA 3IIPA 4EWND 1NF7A 2J9ZA 2NX9A 3W6YA 2C0AA 5D32A 4IXXA 4S2BA 3STFA 3OEXA 3S42A 1EA0A 3EWWA 1OF8A 3QPZA 2FJKA 3L9CA 4R7JA 4ZQPA 3P7YA 1BWKA 1UCWA 4JXCA 3H55A 1VJIA 1LCOA 4MZYA 3BLEA 4RR4A 3N19B 3OVQA 4MOZA 4QAIA 1PE1A 3QH2A 1LM1A 5KTLA 1J4EA 3PSWA 3JS3A 2DZXA 1SFJA 1IXQA 3NZRA 1DBTA 3IV3A 5AB3A 4E0CA 5D09A 5I3FA 5AHIA 5DCDA 1A5SA 3M5XA 3LCFA 1VH7A 4AWSA 3KRZA 2VEMA 2I1OA 2BX7A 2YW4A 1BTMA 4RJEA 3WK1A 3HPZA 1JJKA 1EP2A 4MVAA 2RKXA 1QOPA 4UTHA 2Y70A 1TPVA 5KSWA 3MMTA 4GWEA 4A3UA 4BI6A 4I7VA 5K9DA 1Q6RA 4ZQCA 4MYXA 1QPNA 3MBFA 3L21A 5DBUA 3E9AA 1SW0A 1PHWA 4O54A 4MJMA 1F6KA 1W37A 1A53A 3LHUA 3G8RA 5G1YA 3S0CA 1VQTA 4G1KA 3DKLA 3THQA 1Q6QA 3DFTA 4NVTA 5DXXA 2V0TA 4MIMA 3LLDA 1H1YA 2A5HA 3Q58A 2ATMA 3GB6A 4CQAA 4WUIA 4RX0A 6TIMA 1KFCA 1N7KA 1MEIA 1P0NA 4ZVJA 1W3IA 2G95A 1F76A 2Q8ZA 2NX1A 3B03A 1W56A 3BK0A 3MHFA 1ZHAA 3W7DA 1RVGA 4K37A 1NEYA 3QC3A 4O57A 3S9YA 1ZAJA 1IXNA 1HTIA 2NWRA 2J9XA 2JKAA 3FKKA 3QPYA 1MSSA 3OVPA 4UXDA 1C9DA 3CIWA 3U8GA 1WBJA 2QJHA 3O1NA 2B7NA 1SFLA 2GOUA 2NUWA 1O5KA 1OK4A 1WBHA 2YYUA 3PBYA 5H2ZA 1PHQA 4IMCA 5F4XA 2X16A 2ZZ6A 3EXRA 1G4PA 4NJJA 2VXNA 2OMAA 3UNDA 1LLZA 3LCIA 3M5ZA 1Y0EA 4KKXA 3W75A 4JD4A 4IQLA 1CI1A 3E02A 4UMCA 4U4MA 1X6UA 2RDWA 3QQ0A 3TFXA 1P0KA 1WYIA 2Y85A 4GJ1A 2VEKA 3WK0A 3DBPA 4AHOA 3PB0A 5AYYA 2E6AA 5AHMA 1QFEA 1ADOA 4ZZ9A 5AFDA 3SFKA 1OVDA 5BOOA 2FFCA 3O6DA 2X30A 3EB2A 3LV6A 3C2FA 1CX9A 4BK9A 1VCFA 5I3GA 1ZCOA 3S5OA 4BI7A 5F1VA 4A2RA 4XUGA 3ABSA 4HIBA 3LCGA 3WJSA 4NT0A 4IX2A 1TV8A 3B4UA 4LV9A 5EL1A 4DELA 3W23A 3PUEA 5D37A 4JTIA 3G1HA 3R13A 3W1TA 1AW5A 4UCGA 5DY2A 3DZ1A 4EIVA 3L5LA 5LNSA 2R91A 4DO6A 1M7OA 3QJAA 2YR1A 3DHDA 4MLRA 2ZRZA 1OFRA 3V1PA 4I9AA 5FF3A 5BNKA 4K7VA 2IQTA 5G2HA 3W76A 4K38A 4OT7A 1XUUA 4QISA 3M9YA 3RLVA 5F4WA 5KITA 3W7CA 3W22A 3E96A 1R30A 4O1DA 4BFAA 1TB3A 1RR2A 1M5WA 2ISVA 1I2PA 1CW2A 5D05A 4CCEA 5D2XA 1AW2A 3C61A 3S5NA 4YXGA 1VPXA 4JTTA 3DHFA 3W74A 3TUUA 1SU5A 1EX5A 1XDMA 1SW3A 3F03K 2ZRWA 4H6KA 3WFAA 1UASA 3HMJG 2ZQ0A 1H1ZA 3M16A 5AC6A 3G1YA 1F7BA 3NZ1A 1TTJA 2RHGA 3G22A 3W1AA 4K8HA 4LOCA 2WNZA 4HKPA 1FUYA 1JRBA 2Y88A 5I3KA 2YSWA 4IUOA 4GNJA 2O7QA 1EB3A 5HULA 5IBXA 3ZFHA 3O6YX 3TW7A 4ADSA 1QNVA 3VNDA 3HPSA 5FEZA 2OT0A 1K02A 5F2LA 2W79A 4Q4KA 5EBUA 1VZWA 1JCMP 4GC4A 3IVTA 3W1QA 1SO4A 1ALDA 1U83A 3LV5A 1Q6LA 3I6RA 4IMFA 1DJNA 3TMLA 1A5BA 2FPTA 4FX6M 3W1PA 3W7MA 3A21A 1F5ZA 4JICA 5D03A 1ZFJA 2F7FA 4ZQMA 3E0IA 3G3MA 2CWNA 3G0UA 2O7SA 3P8IA 4N9EA 3OVRA 3G1DA 3W7HA 1AMKA 2PRLA 2PCQA 1Z41A 3B06A 5CPNA 3GVGA 4HNUA 3PAJA 3PUDA 3R89A 5IM51 4IOTA 3O15A 3TR2A 3DFQA 2DZTA 3M6YA 5L9FA 4KWVA 3IIVA 2PC4A 2FPYA 3G0XA 2J9YA 1ZJIA 3HPXA 3NL3A 2H3DA 4O1CA 4YWIA 3SR7A 3UWQA 4DPPA 1L6YA 3HG2A 3I65A 4DO5A 1GVRA 3FIGA 3LXBA 4JTFA 3UWZA 4TU1A 5CGQA 2ISSA 3W84A 2WKJA 1KV5A 4UTLA 4BWLC 5E1QA 4JYDA 1KLZA 3TDFA 1YDNA 1HO1A 3NOEA 4K8EA 2I9EA 3KVKA 1J5TA 3NA8A 3BARA 2E6YA 2NV2A 2NX3A 3CWNA 4NJGA 1XFBA 2E5CA 2Z6IA 3I68A 1Z44A 1NVMA 3RK8A 4ORIA 2D73A 3EWUA 1YDOA 3W7QA 3TROA 2ZA3A 1MO0A 4WX2A 3KXQA 3N9SA 1X7FA 1FXQA 4RZ6A 1YPIA 3EKLA 4RK8A 3ZWSA 3OA3A 4LUJA 4X3ZA 3GR7A 3FLUA 3L5MA 3TA6A 4O4VA 1GYNA 4FNQA 3O06A 5G4EA 3NYZA 4O13A 2ZA1A 3HG3A 4TO8A 2XFWA 5I3HA 4RV8A 1I4NA 1ME8A 4NX0A 4JR5A 4TX9A 7TIMA 1W54A 1WA3A 1GG1A 1TRDA 3ATZA 3IRDA 3NQ8A 3WJYA 3PF3A 1JCLA 4MZ1A 4ONVA 4LVGA 4R34A 1WX0A 2C18A 1JUEA 3A24A 3GDRA 4UTTC 5DELA 3K30A 4O0KA 3NQ7A 2NZLA 2J27A 2FLIA 4AXKA 4KFNA 2PE4A 2GQ8A 4UTWC 1W5QA 2RFGA 2GJNA 5D02A 3QMRA 1XXXA 4IPIA 5DCEA 3O07A 3PSVA 2H3BA 1WQ5A 1TCDA 2CLIA 4XBSA 1I8JA 3GYEA 5CG7A 5G5IA 4YCPA 2VOMA 1AL7A 2ATSA 3NEVA 4N4QA 4AEOA 2GUUA 4IWWA 1X1ZA 3P74A 4MKNA 2TYSA 4NU7A 3LTYA 2X1SA 3A5FA 3NR0A 1PCWA 3KVMA 3PG9A 1LRNA 4GRSA 3TXZA 1L6WA 2HS6A 2OX1A 2QUUA 3LHTA 1XC4A 3RU6A 1M7PA 4LU0A 2Y61A 1Q3NA 1W3NA 3S1UA 3L2IA 3LB0A 3LHYA 2ZRYA 1KM5A 1FCQA 2AAMA 3GDMA 4GXMA 3G1VA 3G8EA 2V9DA 1QOQA 3KVLA 3OBKA 3TSBA 2Y7GA 1F6PA 3SJ3A 3THAA 4JDBA 4JIQA 3PBVA 2QCDB 3UZJA 2DZWA 5I3JA 1GT8A 3GLCA 3NPVA 4GFSA 4JTUA 3TKFA 4WJEA 2NLIA 2GQAA 2TSYA 3M41A 2PRMA 1A5CA 1LRQA 3C2EA 3M44A 2V30A 3TW6A 2DZPA 1KFLA 4FX7A 4IMEA 1JR1A 4JTLA 5D04C 5K2ZA 3MI2A 1ME9A 2X1UA 3HF3A 1X1OA 1W0MA 1FCVA 3PG8A 4HHPA 3UWYA 3R12A 1SUXA 5HUPA 4QIUA 2GJLA 3TQVA 3BV4A 3DI0A 2WSYA 2TMDA 2WNNA 4LC8A 3GR8A 3MBDA 3W85A 1E51A 1GVSA 3ZR4A 1KM4A 1SZNA 2NUXA 2NXGA 2QDHA 4ICNA 3WJXA 2HMCA 1KA9F 2GPTA 3GXPA 3NQ6A 4S2CA 1FWNA 3ZS4A 4TIMA 1KLYA 3N9RA 2ZBTA 2A6NA 2WSRA 4K6AA 3UPWA 4TMCA 3PWAA 2HSAA 3SSJA 1R47A 4FF7A 1GZGA 1N55A 2C19A 3DXIA 4MPQA 3GAKA 4JN6A 2ZRVA 4NNCA 3BG3A 1SZGA 1LOSA 5CZTA 4ALDA 1MEWA 4LS0A 2GQ9A 1XM3A 4D2JA 1RD5A 1R2TA 2ZCGA 1VLWA 3UWUA 2VFFA 2H90A 2A7RA 1QPQA 3V75A 2A7PA 1ZENA 5E93A 5F2IA 2NWSA 4X9SA 1FWWA 3NM1A 5EY5A 4GUIA 3B8DA 4XZ9A 1PCKA 2H6RA 1OFEA 1H60A 1ML1A 4N9DA 4KFOA 3BGGA 1A50A 1KFEA 1EEPA 1W31A 3G18A 3L65A 5G1TA 4LVDA 3HG4A 4NNAA 4WY0B 3SECA 1SQ7A 1LLWA 3SIZA 1H62A 1DQXA 1MXSA 4JDYA 3LCXA 1OX5A 1KM0A 3LERA 4EVZA 3W70A 1SO5A 3LXCA 1FWTA 3BVJA 3W2LA 1U5JA 3DI1A 1EWDA 3BGJA 3HBLA 3NQEA 5BRBA 2AQWA 4AVFA 1KM6A 1NFBA 1TQXA 3QEZA 1WDWA 3CHVA 1MZHA 1SPQA 3NAVA 2CLOA 3FJLA 4MLJA 1QDSA 1LOLA 3SY5A 3O63A 3LHWA 1KV8A 3EEGA 1OK6A 1OYAA 2UV8G 3DGRA 3DH7A 3W1RA 5ABTA 1OFQA 1P4CA 4FNTA 3DKJA 3M7WA 3W1UA 3PVFA 3QM3A 1TRIA 1ICQA 2QCNA 3W07A 1D9EA 1LYXA 3MW7A 5TBOA 3LTPA 3I7RA 1QO5A 1LDCA 1B57A 3TE9A 3C2OA 5HINA 5K9CA 5DLCA 2E6DA 4WD0A 4JTEA 4R53A 1RQHA 3W7IA 2H8ZA 2EPHA 5CPMA 5EMUA 5KZMA 1BWLA 4HPXA 2C15A 3B0VC 2QKFA 4LRSA 1GYLA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 3OBA A;  4KFP A;  3VFC A;  1NWU A;  4QS5 A;  4PCT A;  1X6L A;  2HNE A;  2ZXD A;  4HK7 A;  1S1P A;  4MKV A;  3DN5 A;  1QRQ A;  2ABB A;  2C13 A;  6ALD A;  5A94 A;  3EEZ A;  3RFA A;  1H0G A;  1UR1 A;  1VEN A;  2IMR A;  3VKJ A;  1NP2 A;  5FAJ A;  1IXP A;  1S2A A;  1TMQ A;  1UJQ A;  1VC4 A;  3N29 A;  4OV9 A;  3V5O A;  4NP7 A;  3LUT A;  1TV5 A;  3DFN A;  1F4A A;  5MHB A;  1FX6 A;  3KL5 A;  1K8X A;  2VCC A;  4HA0 A;  1B9B A;  4LUS B;  2VZV A;  2X40 A;  3DAQ A;  1Q85 A;  1BEU A;  4WRH A;  2I57 A;  3NG3 A;  3QY8 A;  6XIM A;  2EG7 A;  4KWU A;  3KUM A;  2ISW A;  3DHP A;  4NHV A;  4ZQN A;  4PB4 A;  4D6J A;  1M53 A;  2HXU A;  1A5A A;  3WLS A;  3OYX A;  4ATD A;  4RNI A;  4BEU A;  2GSJ A;  4OTK A;  3BJS A;  3ITT A;  1I2N A;  4BF9 A;  1KQY A;  4QNW A;  4MG4 A;  4TQT A;  4P8X A;  2QJM A;  3ITO A;  5FF2 A;  1HUV A;  3L0K A;  4P61 A;  3G6M A;  5H8M A;  4YN5 A;  2C1G A;  1P6C A;  1A5N C;  1D8W A;  2MUC A;  4JIH A;  4FX8 A;  4DBU A;  1TIM A;  2AAA A;  1G5A A;  1Q7Z A;  4US5 D;  4AW7 A;  3MYP A;  4DXK A;  2V5B A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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