2OWCA

Structure of a covalent intermediate in thermus thermophilus amylomaltase
Total Genus 178
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
178
sequence length
499
structure length
498
Chain Sequence
MELPRAFGLLLHPTSLPGPYGVGVLGQEARDFLRFLKEAGGRYWQVLPLGPTGYGDSPYQSFSAFAGNPYLIDLRPLAERGYVRLEDPGFPQGRVDYGLLYAWKWPALKEAFRGFKEKASPEEREAFAAFREREAWWLEDYALFMALKGAHGGLPWNRWPLPLRKREEKALREAKSALAEEVAFHAFTQWLFFRQWGALKAEAEALGIRIIGDMPIFVAEDSAEVWAHPEWFHLDEEGRPTVVAGVPPDYFSETGQRWGNPLYRWDVLEREGFSFWIRRLEKALELFHLVRIDHFRGFEAYWEIPASCPTAVEGRWVKAPGEKLFQKIQEVFGEVPVLAEDLGVITPEVEALRDRFGLPGMKVLQFAFDMENPFLPHNYPAHGRVVVYTGTHDNDTTLGWYRTATPHEKAFMARYLADWGITFREEEEVPWALMHLGMKSVARLAVYPVQDVLALGSEARMNYPGRPSGNWAWRLLPGELSPEHGARLRAMAEATERL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Three-way stabilization of the covalent intermediate in amylomaltase, an alpha-amylase-like transglycosylase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords 4-alpha-glucanotransferase
molecule tags Transferase
source organism Thermus thermophilus
total genus 178
structure length 498
sequence length 499
ec nomenclature ec 2.4.1.25: 4-alpha-glucanotransferase.
pdb deposition date 2007-02-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02446 Glyco_hydro_77 4-alpha-glucanotransferase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 2owcA00
5E70A 5JBEA 3QGVA 1EOKA 2VC9A 2ZX9A 5M3WA 4UFHA 1XD1A 3NUKA 1UWQA 4H8VA 1JIBA 3SCTA 3CGTA 4JFWA 2JEQA 1RPKA 1KR1A 3WBEA 1E6QM 4PMYA 1XYFA 4OUEA 3CZJA 4J3WA 1JZ2A 1R7OA 3TONA 1GJUA 2YJQA 1MW2A 1ITCA 3AMGA 1PPIA 5BXTA 4TX8A 5GPRA 3WUGA 1MVYA 1CTNA 2WXDM 1Q4NX 4PMQA 5HNNA 4XUYA 1UWTA 2J7EA 1CLVA 4W7WA 2VOTA 5A8NA 1NWSA 3IANA 4HPHA 3W37A 3IAQA 3MO4A 2PBGA 3F5LA 1VFUA 3VKKA 3WH7A 2UY4A 5CSUA 2VUYA 3NDZA 1QNQA 1DP0A 1UR4A 1C7SA 4U33A 3DYOA 1CGVA 1XRVA 3BAJA 2YA2A 3MUY1 3WQWA 1VEOA 3WQ4A 1XH1A 4Z2JA 2ZUSA 3WNNA 3PZOA 4S3JA 4UOQA 1MFUA 1XCXA 1W3KA 1BGGA 1EDTA 1OT1A 1E3XA 1MYRA 4MPKA 2XJ7A 5BROA 4P7QA 2WMIA 1MXGA 1R86A 3ZR6A 1V02A 1C8QA 1PAMA 2XTKA 4CCEA 4D6FA 2YL8A 4W5UA 1HL9A 2V3GA 1G0CA 4FLRA 3CO4A 1VFFA 4RE4A 3AIRA 2FDMA 1H0GA 3L4VA 2EO7A 2WB5A 4PMNA 3WQ6A 1X6LA 1VJSA 2PWEA 3WH9A 1MQPA 4LGXA 1QI0A 1AQMA 4P7OA 4AY1A 1E5JA 1US3A 4NI3A 2RGLA 4JZ5A 1U30A 4PMUA 4N42A 2DT1A 3VM7A 4D6GA 4E2OA 3M6DA 2XM2A 4QCEA 1H11A 3RO8A 4HU0A 3NSXA 4D6JA 5I5RA 3AYRA 3LPGA 3BAWA 3KL5A 3W53A 1E43A 5BRPA 2HVMA 2OYMA 1V6XA 3WF0A 1UYQA 3QHNA 3AXHA 4Z2KA 1G9HA 3W27A 2D20A 2GVYA 4HZ6A 3ARZA 4HZ7A 4LYQA 1V6UA 4U2ZA 1KCLA 3OG2A 3TTYA 3AHYA 2A3BA 3GH7A 1YHTA 1GW1A 1A47A 4CU7A 2FH6A 1JFXA 1ODZA 2EPMX 3VX0A 2C7FA 4IPLA 2RGMA 4D71A 1MXDA 2QMKA 1Q6CA 4ZEPA 2ZXAA 3GXIA 1VIWA 1LLOA 1JYXA 1KWKA 5A6BD 2VO5A 1UKQA 1GORA 4P7NA 1GOOA 4D1JA 1B3ZA 3PBGA 4UQEA 4AISA 1LWJA 3ZJ7A 5IHRA 1DWIM 1H3GA 4OBRA 2X2YA 2XFRA 2OYLA 3CHCA 3CZLA 3NIYA 4MB1A 2D1ZA 4S3KA 4W8AA 3KL3A 2VZVA 3WH5A 3MUAA 2XVPA 1JD7A 2DSZA 3UESA 3VOCA 3DC0A 3ZJKA 2BHYA 4TX6A 5DMYA 4M8UA 3VIIA 1V03A 2O9TA 3VIJA 2EPLX 4DWSB 4JKKA 2W66A 1LL6A 3M7SA 1UWUA 1W1TA 1ZB5A 1JDDA 1QHPA 1G94A 3N1AA 4AZ7A 2WW5A 5I77A 1DWFM 2ZX6A 3B8SA 2YDQA 1KWGA 3AZTA 1J0KA 1HP5A 3HMCA 2X05A 1W2PA 2EPNA 3POHA 2VTFA 3AHZA 3W28A 2Y24A 5HXMA 1WNOA 3GXDA 2VQTA 5DT5A 2DDXA 1CDGA 1QNOA 4OIFA 4F9JA 2CITA 3AMDA 1V08A 3BAXA 3UR8A 1IZKA 2Y8VA 2O9OA 4ACZA 1HJQA 2V3EA 1E71M 2NW0A 3N9KA 3POCA 1BYBA 3VIMA 4DWSD 1O6IA 1E6NA 1UA7A 4Z2LA 2UY2A 5A2CA 1QHOA 1FA2A 3GBDA 1XV8A 2NT0A 1V0LA 4B15A 1H41A 2J7GA 4XX6A 4GI8A 5DEZA 4R5EA 2BXYA 4W89A 1S46A 1QW9A 1MW0A 1V3HA 2W67A 1QI5A 3N04A 1V0KA 4JHZA 4UZUA 1CWYA 1FH7A 3WNOA 3S6TA 3WD1A 4TVUA 1NOUA 4KGJA 3CUGA 3AI0A 4Z2GA 3L4TA 4PMZA 3K8MA 2YDRA 3EYPA 4MTVA 1A3HA 4UFKA 4PBGA 1KQZA 3ARXA 3N15A 2ZOXA 4DM2A 1OBAA 3BAKA 1ODUA 3VUPA 6CGTA 3OBAA 3VO0A 1VFOA 2VZTA 3WD2A 5DFAA 4X9YA 4GQQA 1ZS2A 1TE1A 3ZJ8A 2ZUMA 2YLLA 4AZCB 3D5HA 4DM1A 1FHDA 1QPKA 4UQBA 1WZMA 4W85A 2JFEX 2BS9A 5FOOA 3WDJA 4ZE5A 1UG6A 3ARYA 1JYNA 1E73M 4GXPA 2WANA 2DT3A 1WDRA 1E0XA 4J27A 1E1FA 1UZ1A 5EFDA 2ZE0A 1BSIA 4HU8A 1OGBA 1V02E 4WSJA 1BTCA 4D6CA 5D9NA 2E9MA 1JF5A 2UY3A 1B3YA 4HPGA 5CLWA 1NQ6A 5IHSA 4RL3A 2QLYA 1E4MM 3PN8A 3RM4A 1UR1A 1QI2A 1M7XA 2QPUA 3WIJA 2ZWZA 4D1IA 3NYDA 3VILA 2ZX5A 5D8WA 1WP6A 3RJYA 3SIMA 3VDHA 2ZUNA 1WDQA 2J75A 3UR7A 4MJ2A 5CGMA 2J8GA 1NOWA 1EO7A 3EDFA 1HN1A 5CPSA 3U5UA 1E5NA 5E0FA 3WFZA 3AICA 1V6VA 4X0VA 4P8WA 1KGWA 5HPCA 2DIEA 3UEQA 3VIKA 2WCGA 4CU6A 3PZVA 1FH8A 4AZ5A 1LQ0A 2Y5EA 2OYKA 4WKAA 2HISA 2XVNA 2YBUA 2AMGA 1D3CA 1EDQA 3VGBA 5A8PA 5BCAA 2PB1A 1LL4A 1ZJAA 5M03A 1CYGA 5LYRA 3W38A 2XG9A 5HBFA 2CHOA 4CUCA 5DF0A 5AYIA 1GQIA 2J7HA 3WY1A 1MW1A 3AS3A 4TVDA 1TUXA 1BYDA 5EFFA 5CGTA 2FH8A 1H4PA 4NSBA 1RD6A 3ARTA 1LF1A 3VINA 3WEZA 4ZXLA 2CHNA 4U31A 4GZEA 4F9DA 4TUFA 3RMEA 4Z2HA 4W93A 4X0NA 2PWFA 1NH6A 2ZUVA 1W9DM 5I23A 2EBNA 3MV11 1LG1A 3T0AA 4W86A 1Z32X 2WMJA 1HXJA 2OSXA 3ALGA 3T2QA 4BA0A 5HPOA 1TCMA 3WQVA 5BXSA 3ZSTA 2WCAA 3ECQA 4EAMA 3WNLA 2J4GA 1JZ5A 2J79A 1VEMA 5D9OA 1QBAA 1J01A 5E9AA 1BQCA 1UHVA 3L4YA 4UOZA 3FW6A 2TAAA 1L0PA 1OIMA 1CGTA 1V3LA 2BVTA 1EQPA 1QVBA 1VF8A 4J3UA 2IXUA 3WQ8A 4ZXOA 1HX0A 4HA4A 4F79A 4WIWA 3NDYA 2F2HA 3VDAA 4AD0A 2NT1A 5A6MA 1QW8A 2W4XA 4H2CA 4KWUA 4PTMA 1B30A 3ZQ9A 5A2BA 2BFGA 1OCQA 3AS1A 1EA9C 2E3ZA 3WF2A 1E0WA 2FHFA 1E56A 4PUDA 2XIBA 1XD0A 4UZSA 2W5FA 4GI6A 2A3EA 3VNYA 3PZ9A 2XSAA 5IXEA 2WC3A 2FHBA 3WDHA 3AYSA 3SCSA 3OLIA 3AMKA 2VRKA 3WDPP 2Q8XA 3CH9A 3UG3A 1ZBVA 2DQXA 1MFVA 1UD8A 1V3JA 4QP0A 3SCUA 4LYPA 1DHKA 1E6RA 3GM8A 1GPFA 2OLHA 4H8HA 2WC7A 3CMJA 4FLOA 4JL2A 3UCQA 4PEEA 4QDMA 4GPNA 1BLIA 2D3NA 2FHCA 3WNMA 4W84A 4M29A 4ACYA 8A3HA 2YLAA 1JF6A 1M01A 1Q6DA 3WKZA 3AHVA 1E55A 3U5YA 3T0BA 3SEPA 3B9AA 1OIFA 3A3HA 3I3DA 1GNXA 1SMDA 4IPNB 2WCSA 4L4OA 1TA3B 3VMNA 1W3HA 4JCLA 3FHAA 1AQ0A 1E4IA 4P8XA 4OOUA 3RCNA 4YN5A 1GONA 2W62A 5A6JA 2JF7A 4XZWA 2WZEA 3K4AA 1OINA 5LA2A 4UQCA 4HTYA 5CLTA 3GXFA 1JDAA 4WLCA 1NWRA 3WF3A 2V5DA 3W29A 4AD4A 5ABFA 1JAKA 3PTMA 5JUVA 2Y2WA 4MDPA 3G6MA 1D7FA 1WB0A 5AYBA 3VMPA 2WBGA 1B31A 2CIPA 2XGIA 3AFBA 2BNJA 3WF1A 3PZNA 3L4WA 3ARQA 5JBFA 1QNPA 1Q6FA 1FH9A 3CZ8A 1PIGA 2VX6A 1PBGA 4IUGA 2WHLA 2CCRA 4AEEA 4ACZB 4W8LA 1CGXA 3NSNA 4AZGA 2W61A 1CXFA 3KWXA 1H1NA 1W9PA 4AIOA 1UA3A 4K68A 3TTSA 1H49A 4W7UA 1X1NA 1JI1A 2OWXA 3MUZ1 2CBJA 2XYLA 3WDRA 2JIEA 1CIUA 4A4AA 5BYWA 2E8ZA 4AD3A 3AS2A 4UOJA 4AEFA 3OZPA 1FOBA 3VX1A 3II1A 3L2LA 3FXYA 1HJSA 3VVGA 3ZT5A 1VENA 4MAVA 3F5JA 1E6PA 4KRTA 1CZ1A 1TR1A 1CGWA 4PMOA 2JIWA 3AJ7A 5I78A 3QOKA 5AC4A 3A4WA 1DTUA 1ZL1A 3U7BA 4D6DA 3A4XA 1QHZA 1B9ZA 2WHJA 3SUSA 4DUVA 2PWGA 3LPFA 3OLEA 2DSVA 3QHOA 1ISYA 4H04A 1RP9A 2DH2A 2VR5A 1EGZA 3L4UA 3ALFA 1KR0A 1WKYA 1UD4A 4D72A 1EQCA 1J9YA 4DUXA 2X0YA 3WSUA 2UWFA 1E6SM 5KEZA 1K9FA 2OSWA 1C93A 5CXPA 1EXPA 3PZQA 2E4TA 1LL7A 3RIKA 4QCFA 4JFTA 1ZBKA 4HP5A 4WKFA 1FP8A 1MQRA 2CXGA 2EJ1A 4MB5A 1B3XA 3AXXA 4AWEA 5E09A 3B9DA 4MB4A 3OIHA 1DWHM 3WD4A 1YQ2A 2ZUUA 1J0IA 1C91A 4MJ4A 4UQDA 4HZ8A 1WE5A 1EO5A 1JNDA 2W63A 1JGIA 4CD8A 4AZHA 2BY3A 4CD5A 4D6IA 1E15A 5AY7A 1U2YA 5A95A 1E6ZA 4QLKA 1LJYA 1XSIA 2F8QA 2XIIA 4IISA 3EDKA 1AVAA 3OLGA 3WL1A 2JF6A 4UNIA 3WQ5A 2O9PA 4C7GA 3BLKA 4FLQA 5DO8A 2XUCA 4ATWA 3ZIZA 3VIHA 1JZ3A 4KH2A 3AISA 3QHMA 3VIGA 2VCBA 1R85A 1W3LA 2GDVA 2WHMA 1P6WA 1TA3A 4OBSA 1W2VA 1BYCA 2CKRA 2WWCA 5IFTA 1JAEA 1JG9A 5GNZA 2E40A 1GOQA 4JKMA 3GH5A 3VIOA 3E1F1 1UKTA 2J7BA 4AIUA 4QLJA 5HOSA 1DWGM 1E9LA 3VGFA 3I3EA 1KB3A 4P8VA 1UQYA 2GJXB 1OD0A 3FN9A 1CXIA 4HMCA 4A3HA 4HA1A 1NWUA 1KXQA 2IXVA 3BAYA 4D6HA 3W6MA 3ZSSA 1V3KA 3UG4A 1CXHA 2DSUA 1VFMA 3AHTA 3IJ9A 1E4NA 3AHXA 4OOZA 3I3BA 1ZBCA 3CZKA 1J0HA 3SCNA 4UFJA 4JKLA 2BY2A 1JXJA 2JE8A 3BCFA 1QI3A 4LYRA 3SCRA 3PTQA 3OB8A 7CGTA 3AIQA 4JFSA 1J18A 2XFFA 1UR8A 2C0HA 1AMYA 2QHAA 3QOMA 4U5IA 4JFUA 4L4PA 3VPLA 4MNJA 2UY5A 3CZEA 1WZKA 4JL1A 1JNEA 1G01A 1V3IA 2YA0A 5I0DA 1K6AA 3CZGA 1VB9A 4E8CA 4UQAA 2WC4A 2QF8A 3BXWA 2PI6A 1XYZA 3AQUA 2GK1B 2VCCA 4JCMA 4HOXA 1HKKA 2DT2A 2NSXA 2CKSA 2XPKA 1R8LA 3BSGA 1EHNA 1XCWA 2J62A 1GZJA 4E8DA 1B90A 4MDOA 1UR9A 4JHOA 1F4AA 4AZIA 1NARA 1U33A 3T08A 3WF4A 1BYAA 4BS0A 4WK9A 3SCQA 1FHLA 2V3DA 1QNRA 5CQ1A 4J3TA 3MSDA 4HA3A 2IUZA 4LQ1A 2BHUA 4PSRA 3SCVA 3NJ3A 4TVCA 1Y7VA 1CXEA 2A3AA 3AIEA 2E0PA 2E8YA 5I6SA 1B0IA 1ITXA 5E0CA 3A47A 2BY0A 2O9RA 4JAWA 4N0RA 3CUJA 1V6YA 1I1XA 5D9MA 4M56A 3TTQA 4AD1A 4J28A 2VRQA 1AQHA 2CYGA 1OB0A 2XHYA 1JZ6A 1KGXA 1IV8A 3BSHA 3THCA 2CEQA 1CGUA 1ESWA 1JZ8A 2D0GA 1PX4A 1ISWA 1H09A 3AS0A 4URIA 3GNPA 3AIBA 4J3XA 4V27A 4QLLA 3WBAA 3WNPA 3VM5A 1K9DA 3GTNA 4MAZA 4H7VA 4CN6A 4Z2IA 1D2KA 4AYSA 3VMOA 1GOMA 4MNLA 3VDBA 1B3WA 1BHGA 3A4AA 1Q6EA 2WBKA 4UFLA 3WUBA 1WAWA 1UD6A 1JYVA 3FAXA 1XC6A 4LPCA 3K1DA 3MANA 2A3HA 1WZLA 4PRWA 5ABFB 7A3HA 1ZJBA 4UFMA 2WHKA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E70 A;  5JBE A;  3QGV A;  1EOK A;  2VC9 A;  2ZX9 A;  5M3W A;  4UFH A;  1XD1 A;  3NUK A;  1UWQ A;  4H8V A;  1JIB A;  3SCT A;  3CGT A;  4JFW A;  2JEQ A;  1RPK A;  1KR1 A;  3WBE A;  1E6Q M;  4PMY A;  1XYF A;  4OUE A;  3CZJ A;  4J3W A;  1JZ2 A;  1R7O A;  3TON A;  1GJU A;  2YJQ A;  1MW2 A;  1ITC A;  3AMG A;  1PPI A;  5BXT A;  4TX8 A;  5GPR A;  3WUG A;  1MVY A;  1CTN A;  2WXD M;  1Q4N X;  4PMQ A;  5HNN A;  4XUY A;  1UWT A;  2J7E A;  1CLV A;  4W7W A;  2VOT A;  5A8N A;  1NWS A;  3IAN A;  4HPH A;  3W37 A;  3IAQ A;  3MO4 A;  2PBG A;  3F5L A;  1VFU A;  3VKK A;  3WH7 A;  2UY4 A;  5CSU A;  2VUY A;  3NDZ A;  1QNQ A;  1DP0 A;  1UR4 A;  1C7S A;  4U33 A;  3DYO A;  1CGV A;  1XRV A;  3BAJ A;  2YA2 A;  3MUY 1;  3WQW A;  1VEO A;  3WQ4 A;  1XH1 A;  4Z2J A;  2ZUS A;  3WNN A;  3PZO A;  4S3J A;  4UOQ A;  1MFU A;  1XCX A;  1W3K A;  1BGG A;  1EDT A;  1OT1 A;  1E3X A;  1MYR A;  4MPK A;  2XJ7 A;  5BRO A;  4P7Q A;  2WMI A;  1MXG A;  1R86 A;  3ZR6 A;  1V02 A;  1C8Q A;  1PAM A;  2XTK A;  4CCE A;  4D6F A;  2YL8 A;  4W5U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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