1VS1 | Genus

Total Genus 91

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	91
sequence length	270
structure length	270
Chain Sequence	VAGFKGVKLALKSEERRETVVEVEGVRIGGGSKAVIAGPCSVESWEQVREAALAVKEAGAHMLRGGAFKPRTSPYSFQGLGLEGLKLLRRAGDEAGLPVVTEVLDPRHVETVSRYADMLQIGARNMQNFPLLREVGRSGKPVLLKRGFGNTVEELLAAAEYILLEGNWQVVLVERGIRTFEPSTRFTLDVAAVAVLKEATHLPVIVDPSHPAGRRSLVPALAKAGLAAGADGLIVEVHPNPEEALSDAKQQLTPGEFARLMGELRWHRLL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Transferase
source organism	Aeropyrum pernix
publication title	Crystal structure of 3-deoxy-D-arabino-heptulosonate-7-phosphate synthase (DAHP synthase) from Aeropyrum pernix in complex with Mn2+ and PEP rcsb
molecule keywords	3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase
total genus	91
structure length	270
sequence length	270
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 2.5.1.54: 3-deoxy-7-phosphoheptulonate synthase.
pdb deposition date	2006-03-09

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00793	DAHP_synth_1	DAHP synthetase I family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1vs1A00

1G4EA 4FHAA 1ME8A 2YZRA 1R47A 3TSMA 3TR2A 3LHYA 4NU7A 1IXNA 1GYLA 2A2IA 1SW3A 2QR6A 3G1SA 3STGA 3C61A 1OYBA 4DBEA 5AC7A 1LOSA 4BK9A 2Y70A 2E09A 3IGUA 5D09A 3V75A 2VC6A 5D37A 4JIQA 2R94A 4EWND 2E6FA 5BMWA 1W1ZA 4JTTA 5G2IA 3P84A 5AC6A 4CCCA 2TSYA 1XC4A 5G5IA 4JTIA 4R53A 3LGEA 4MY1A 3L2IA 3NQFA 3M5XA 1FWRA 3UZ5A 2B7NA 2V2HA 1N55A 3GLCA 3HGOA 4LS1A 1TPUA 1BEUA 3W73A 1B57A 3G1DA 5DY3A 1AW1A 2VEMA 2ALDA 5FEXA 2RKXA 3S1VA 3BW2A 3BG5A 2EGZA 2G5WA 3KX6A 4IX0A 5K3VA 4O1DA 4K36A 1OF6A 1V7YA 5AYXA 4ZVJA 5EMUA 1XBZA 1OFRA 3C52A 1FWTA 1SSGA 2VFDA 1X6UA 1GG1A 1OYCA 3SGUA 4YCPA 1O95A 2W6RA 5FEPA 3MP5A 2P10A 2ZRWA 4POCA 3KOFA 5KTLA 3AJXA 3LLFA 2Y88A 2DJXA 4DF1A 3G1AA 3MI3A 1S5TA 5C6MA 2A5HA 2Y85A 3H55A 1Q6OA 1KBIA 3IIXA 2XN2A 4HSOA 3GKAA 4LW7A 3QH2A 1TCDA 4GWEA 2A1YA 3RFAA 1M5WA 3GNDA 3LCHA 3IIZA 4N9CA 4ZMGA 4L4LA 4RZ5A 1KLZA 4UTHA 5LGXA 4WOZA 3F4NA 4JTKA 1JCLA 1JVNA 4DO5A 4K7YA 1RQEA 4ZZ9A 1UUMA 5A8GA 4H6KA 4NX0A 3M16A 4GJ1A 5C5YA 1B3OA 1EWDA 3W2LA 2EAWA 1T0OA 1TO3A 4O4VA 2RDTA 3MHFA 2C14A 1RQHA 4E0CA 3UXAA 3T44A 4BFAA 4ZQCA 3QMTA 4X2RA 3PB0A 2ZFAA 1I8JA 2Y61A 4IPJA 5FF7A 3GZ3A 2C16A 1LCOA 3GR7A 1F5ZA 3LCLA 4FO4A 3DENA 4FNUA 3W88A 1VYSX 4QAIA 3UWZA 2A21A 3FEMA 4UTTA 5E0KA 3LRLA 4O19A 3LXBA 1KM2A 2VFFA 3NQCA 4G1KA 2CLHA 3DFSA 3CWNA 4O16A 3TE9A 5HNRA 5I3GA 1G7UA 3EX1A 2LLEA 1AL7A 2QCHA 1J5TA 1TSIA 1OFBA 4UTTC 4BF9A 1OFAA 1YADA 2NWSA 3TDFA 1O5XA 2X1TA 1P0NA 2F84A 2QUVA 3B03A 1TTIA 4MFEA 2ZRZA 3DKJA 1QWGA 2V0TA 3SI9A 1MO0A 3EWUA 2BTMA 3NQ8A 1AMKA 3TROA 3U6WA 2DP3A 4AB4A 4JEQA 1KBJA 1EP2A 1KM0A 3IGXA 1SU5A 3R2GA 3TJLA 3P60A 1GVRA 3W6YA 3IVSA 1JULA 4ICNA 1SFJA 2YR1A 3P61A 3EWWA 2C3ZA 2ZZ2A 3GK0A 2BLEA 1I4NA 8TIMA 1WAUA 3BGJA 3YPIA 1Y0EA 1DJNA 5F1UA 1K7FA 2GUUA 4ZQRA 1DJQA 3MP3A 3LV6A 1F6KA 5IM51 4LV4A 2CZEA 3QMRA 2CLEA 3B4UA 3UWQA 3PVFA 4IQLA 4MKNA 3E02A 3LX9A 2RFGA 3HG2A 4GRSA 1RQBA 5EL1A 1ZNNA 3LHWA 3MHGA 5DBUA 3W7JA 3SIZA 5FESA 1H63A 2VEPA 5D2TA 3PWAA 4TO8A 5AN7A 3W83A 3LOTA 2D73A 1XBVA 3TCEA 3PUEA 5HMSA 3O16A 3MUXA 4ZL1A 3LCXA 4JTEA 2VFHA 2GQ9A 2X1SA 1QPNA 4BI7A 1DVJA 2E5BA 4IMDA 5LHEA 5KZEA 2JGYA 3PR2A 4HT3A 3ABQA 5LGZA 1TJRA 3BVJA 4JR5A 4GC4A 1QFEA 1SO4A 1VPXA 3NPVA 1RD5A 1AK5A 1ICSA 2Y62A 4UXDA 1HTIA 3N9SA 4MLJA 1TPC1 5AYZA 1A5SA 4DF0A 3UQNA 2NUXA 4XUGA 1I2QA 2QEZA 3GR8A 4JY9A 1NF0A 3NQAA 1TPB1 2CW6A 2ZYFA 1ZJIA 5D2VA 3LV5A 3DKLA 3FYPA 4XTIA 4WXYA 2HS6A 3VNDA 4FNPA 2DZPA 2J88A 3MYPA 3TW7A 3FJLA 4NJHA 3QSTA 1GT8A 4RV8A 1F74A 2EPHA 1T99A 3NL6A 3HG3A 5DLCA 4NQ1A 3NQ7A 4XZ9A 2VXNA 1LTDA 2OZ0A 3MO7A 1H61A 3M1ZA 4UR7A 3GX9A 1L9WA 3VE9A 4LVDA 4AMAA 3W07A 1TV7A 4Z1DA 3RMJA 3OVQA 2BZNA 1GVFA 1X1ZA 4I9AA 1QNVA 4NJKA 4O12A 3NDOA 3L0GA 2J9XA 1XDLA 1NEYA 2PRHA 2EKCA 5K4XA 2NX1A 3C0JA 1JCYA 4Y6GA 1SW0A 2CLMA 2NX3A 1OJXA 5CG7A 4HNTA 4Z1BA 1SO6A 1FX6A 4K8EA 1A5CA 2TPSA 2ZCGA 5EA9A 2BSLA 2ZZ1A 2YPIA 1LRQA 1VLIA 4WX2A 2E68A 1H7OA 2BXVA 3P8IA 2GJNA 4IMFA 5F2IA 1T96A 2ZA2A 3CEPA 4GUGA 1TQJA 1I2RA 4KFOA 4WY0B 1O5KA 3C2OA 5CPOA 2QCNA 2QJGA 3LDVA 2B7PA 3EX4A 3GAYA 4GNJA 3SSJA 3MW7A 1C8VA 1H60A 3M6YA 3PG8A 3G1YA 1K7XA 2QCDA 3PSVA 4XBSA 4YLWA 3RK8A 3W1RA 1HL2A 1QPQA 1NVMA 1H62A 3EB2A 4XKYA 3W84A 2J24A 4YWIA 5AHFA 3HF3A 4DPQA 5LSMA 2A7PA 2VELA 2C15A 4OE7A 3WK3A 1C9DA 3WJYA 1J2WA 3PUOA 1W31A 3BW3A 1GOXA 3ATZA 4M6VA 4LUJA 5D30A 4EIVA 1Q45A 3PULA 4WY0F 3VI2A 4O8RA 1QO5A 1VQTA 3M44A 1TPFA 3SJ3A 4AF0B 3ZR4A 3LHVA 4WOQA 4M5PA 1YDOA 4LV9A 3S42A 3S5YA 4TIMA 1ZAHA 4QSHA 3MBFA 3TXZA 4M6QA 1W3NA 3HO8A 5GVJA 3HPXA 2X2GA 2NUWA 1JRBA 1QO2A 3QQ0A 3HJZA 4PCFA 3NM1A 3T78A 1XUUA 3INPA 3G3DA 4QITA 4MY9A 1H1ZA 4UTJA 5D03A 4C1KA 2GOUA 3LTYA 4JX4A 3W2NA 1EUAA 2FPVA 4I7UA 5CZSA 3FJ6A 5G2WA 1JRCA 4JTHA 3W1TA 1LOLA 3PY2A 2B7OA 3EKLA 4FXRA 1LROA 3G1HA 3L5AA 1WV2A 3VFLA 1CI1A 1AW5A 4JN6A 2VEIA 2DZUA 1VR6A 1VC4A 1B4KA 3B0UX 3PBYA 1YXCA 5K4ZA 5BMXA 2GQ8A 3LHZA 1RR2A 4GUFA 3GAKA 5I3JA 3DU0A 5J5DA 4JD4A 4BR1A 3TFXA 3E0IA 2Z2UA 1QAPA 4LU0A 3P67A 4O15A 3QMSA 4UTIA 1P0KA 1H7WA 2V81A 2BX7A 3G8RA 2ZZ7A 5E1QA 4LS2A 4I7WA 3W7EA 4HPJA 2DORA 4NVTA 3W85A 2E6DA 2GVGA 3PAJA 4UFIA 3NL5A 2R91A 4FIRA 4NNBA 1SSDA 4R33A 4XBKA 2WSYA 4GFSA 3QFEA 1FBAA 3A24A 1P4CA 1EPXA 4CNNA 1TV8A 3B8DA 3QQ1A 3GDTA 3C6CA 3KHJA 4O54A 1B4EA 4JTLA 2GPTA 4MYXA 4K38A 1W5OA 2TYSA 3S5OA 3NPXA 1QR7A 2C18A 1TRIA 4U28A 5EBUA 2YSWA 3NL2A 3NPWA 4XWUA 1HO4A 1WA3A 4OHQA 4N02A 4LVGA 3FS2A 4UMBA 4CCDA 4CQ9A 2ZA1A 1OFDA 5AOUA 1LOQA 2WOQA 3B0PA 1YXDA 4ZQMA 1VRDA 3LCWA 2A7NA 1IF2A 1FCVA 4JY8A 4GE8A 4AWTA 3DI1A 3DFTA 3IVTA 3KRZA 3G1VA 5D32A 5DCEA 3W7OA 4P2VA 1PIIA 4E38A 2E1DA 3MP4A 1R46A 3OVPA 3S1WA 4JTGA 4PL2A 1L6SA 1ZFJA 4PTNA 1MEIA 3Q58A 2ZZ5A 2DZWA 4HNVA 4S1FA 4A21A 2G95A 4CQ8A 5AHNA 3ZWTA 3DFNA 3PSWA 4Q33A 4O17A 4Z0SA 5LHFA 3KVKA 2XFWA 4FNTA 1A50A 3MMTA 3NQDA 4ADSA 1KFBA 2QUUA 2A6LA 4S2BA 1KFJA 1VHCA 1ZAJA 3FFSA 4RXGA 3B0VC 3CPRA 2O7SA 3NQ6A 2G97A 3EWBX 4UIOA 1TPEA 2YX0A 2VEKA 1AG1O 3BO9A 1F76A 3N14A 4DF2A 4EOUA 2XN1A 4RZ6A 3EXTA 2QJIA 1A5BA 1SFLA 3SZ8A 4LWWA 2JGQA 3UWVA 1G7VA 2R14A 4PH6A 1TB3A 1YTEA 1G4PA 2A6NA 4Q4KA 3TX9A 3U2OA 2Y7GA 3W2JA 4EVZA 1I2PA 5LKYA 1T8XA 4HN4A 4JYEA 3G0UA 4IX2A 3KXQA 2C1HA 1K3UA 3IGSA 1OF8A 3TAKA 5I3IA 1FDJA 2FB2A 2FFCA 1D9EA 1NFBA 2C6QA 3G1XA 2B7QA 3NQMA 5KZDA 3TU9A 2C19A 1FXPA 1SUXA 4GUJA 1OG0A 1YPFA 3KVLA 3WJXA 2VFEA 1DQXA 3NL3A 5EKYA 1FQ0A 3MI6A 3CC1A 1CX9A 3W2KA 3CB8A 3NZRA 2ZZ6A 1VZWA 2FJKA 2ATMA 2QF7A 1KV5A 2OMAA 4D2JA 2OCZA 5KSWA 4E2DA 4MZ1A 3LRKA 1F73A 4LY8A 1ZCOA 1Q6LA 1P1XA 3TSBA 4AHPA 1H5YA 3NXFA 1VS1A 4LC8A 4LS0A 3FKRA 7TIMA 1OFQA 3S1UA 4IUOA 3P8JA 2AQWA 3T7VA 1ZAIA 3W71A 1DHPA 5IBXA 1IXOA 2HMCA 3IIVA 2UV8G 3LBCA 5D33A 3H54A 4OU1A 4ADTA 5DN1A 4HNNA 1GJPA 3C4UA 3MJYA 3VE7A 5IBXC 1VYRA 5EYWA 3EX2A 1VCFA 1KFKA 3BG9A 1VYPX 4UFHA 4E2BA 2J6XA 1WXJA 2ZA3A 3KVJA 1W3TA 4LUIA 3MYOA 1W5NA 1YYAA 1SQ7A 3LERA 4CQAA 4MJZA 3W3OA 2QAFA 2V30A 3N19B 2XN0A 1FWSA 3NEVA 2PC4A 3EX6A 4LC6A 5CSRA 4JYDA 4AHOA 4LT9A 1V5XA 1I2NA 3HPSA 3Q2DA 1LORA 4JS3A 3QJAA 4O28A 1TPH1 4Y96A 1JCMP 1NF7A 3OA3A 4RJEA 1E51A 4HPXA 4RR4A 3UYCA 3TV8A 4JGDA 2QJHA 4X9SA 1G4SA 3NA8A 3U8GA 5CZ0A 4MOZA 3CLMA 2ZDRA 2H3BA 1ML1A 2ISSA 3E49A 4K37A 1EP3A 1WBJA 1JUBA 2QDGA 3ABOA 3N3MA 2WSRA 3NNTA 3PG9A 1W56A 1UJPA 4QM1A 3S8HA 1H7PA 1VLWA 1J4EA 3P5ZA 3TC7A 3BW4A 2Q3RA 3WK1A 4ZQNA 1UBSA 5MHBA 3A5VA 1VH7A 5HQEA 1KTNA 2PURA 4UTUA 1XXXA 4I7VA 3WJZA 1JCXA 2JBMA 3GDMA 1G69A 4MFDA 4PODA 3ABSA 3MI2A 2B4GA 5F4XA 3RF9A 2V2CA 1PL9A 1UASA 2A0NA 2YFNA 4UNKA 3W74A 4NXSA 1YTDA 2QCGA 4TU1A 2FPTA 3OBKA 4DBDA 3TSDA 2WO5A 2QDHA 1M6JA 2RDUA 2ABAA 4UMAA 2FQIA 3NO5A 3TIMA 3L68A 4HHPA 3HIJA 2KZHA 4MIMA 3TNOA 3BARA 3THAA 2Z1BA 2E6YA 3EWXA 5DXYA 4DO6A 5FI8A 3IV3A 3ATYA 3QEZA 3F4WA 4JYFA 1XBYA 1LRNA 2V5LA 1QPOA 2V82A 3M43A 3STFA 5K9CA 2ISVA 6ALDA 1NSJA 1QMLA 1XL9A 1DBTA 2V9DA 3W2UA 2V5BA 4ORIA 1EWEA 1RZMA 3C2VA 2GVJA 1ZENA 1GVOA 2NXGA 3M5YA 4ADUA 2J27A 1KFCA 5K2ZA 3MBDA 3THQA 5AB3A 2WV8A 3W1UA 2ISWA 5K9XA 1OYAA 1TPDA 2WQPA 4PEKA 2PRMA 4LOCA 4IWWA 4NZJA 3W7KA 4HSNA 4YMZA 4AAJA 5I3FA 3NYZA 2B0MA 1L6WA 5HR6A 4BI5A 3USBA 1TYGA 3LLDA 4FXSA 4WXZA 1SZEA 2H90A 4XQ6A 3UNDA 4IMEA 3NQGA 4O57A 1WDWA 5DBTA 5DY2A 3S1XA 3KVMA 2VOMA 1YDNA 3NPUA 4AF0A 4JTFA 3KAOA 2VFIA 2FPYA 4IPIA 3S5NA 4KWWA 5DCBA 5AC8A 5K7JA 3WJSA 4ONVA 3T40A 4Q32A 2ZRUA 1YTKA 3F03K 4RXFA 1SO3A 5LNUA 2GJLA 4S2CA 1KW1A 1PCWA 2YGYA 5I3KA 2Z6JA 3R12A 4PC8A 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1MEWA 4WD0A 3RLVA 1JUKA 3TK7A 5LZLA 2YW4A 5G4EA 3EEGA 4JXCA 1GWJA 2J9ZA 3DHDA 1R2SA 4AEOA 5H2ZA 1K7EA 5HWMA 3GDLA 1DOSA 3TAOA 2QUTA 2E6AA 3SECA 2YYTA 3NQ2A 1IXQA 2C13A 4DEFA 4OGZA 1ZY9A 5FF4A 3DZ1A 1YLVA 3W1XA 1DORA 1FUYA 4OBTA 1S5VA 4MYAA 4OQVA 1MXSA 4UFMA 1ZALA 5SWUA 1KFEA 4O10A 3NOEA 4JDBA 3G8EA 3L66A 4N6EA 4QIUA 5DXXA 3TQ0A 1RVGA 2ZRYA 3C2EA 4CLMA 3DI0A 3W1NA 3GKFA 3T55A 4EF9A 1EB3A 1ME7A 5I3HA 3L5LA 3AO0A 4O0KA 1TQXA 2ZZ3A 4NJGA 1TTJA 4HKPA 1F7BA 3A21A 3G0XA 3LI1A 2WNQA 3NM3A 1H7NA 2WSQA 5H91A 4A2SA 4KFPA 3LCIA 2CU0A 3W23A 2WNZA 3A23A 5F4SA 5D02A 2IQTA 4UTKA 1GEQA 5A5WA 2YFOA 3NZ1A 4JTSA 4W9TA 4LRSA 3Q37A 4O50A 1R30A 3GB6A 1EX5A 1OX6A 1SR9A 3TA6A 1XCFA 1K02A 4NNAA 5TBOA 5BNKA 1A53A 2CZDA 2FDSA 4R7JA 2V8ZA 4KWVA 3NAVA 1BTMA 2PCQA 3A22A 5TQLA 3TXVA 5AHLA 1HG3A 4O1BA 1SPQA 1R2RA 4MJMA 1I2OA 3W7IA 2G96A 2H8XA 1IIHA 3G3MA 1DV7A 4JIPA 4RK8A 1IXPA 4UNLA 1SO5A 1H7XA 1M7PA 3PBUA 4N9BA 3FYOA 1U5JA 3G18A 3OVRA 1JQVA 5C55A 3FOKA 2DZVA 5FF2A 2WNNA 4M6PA 4NJIA 2OX1A 5D2XA 2QCEA 1WX0A 4TMCA 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chains in the Genus database with same CATH superfamily

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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1VS1A

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