2CLIA

Tryptophan synthase in complex with n-(4'- trifluoromethoxybenzenesulfonyl)-2-amino-1-ethylphosphate (f9)
Total Genus 101
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
101
sequence length
268
structure length
258
Chain Sequence
MERYENLFAQLNDRREGAFVPFVTLGDPGIEQSLKIIDTLIDAGADALELGVPFSDPLADGPTIQNANLRAFAAGVTPAQCFEMLALIREKHPTIPIGLLMYANLVFNNGIDAFYARCEQVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNIAPIFICPPNADDDLLRQVASYGRGYTYLLSRSGVTGHLIEKLKEYHAAPALQGFGISSPEQVSAAVRAGAAGAISGSAIVKIIEKNLASPKQMLAELRSFVSAMKAASRA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Synthesis and Characterization of Allosteric Probes of Substrate Channeling in the Tryptophan Synthase Bienzyme Complex.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRYPTOPHAN SYNTHASE ALPHA CHAIN
molecule tags Lyase
source organism Salmonella typhimurium
total genus 101
structure length 258
sequence length 268
ec nomenclature ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date 2006-04-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00290 Trp_syntA Tryptophan synthase alpha chain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2cliA00
4NJJA 4RKAA 3VE7A 3TC7A 1Z44A 4NZJA 3S6DA 3TKFA 3SFKA 2J88A 2E6AA 1JUEA 2XFWA 1I2OA 3UWVA 4A21A 1SW0A 2GJNA 2OZ0A 5CSSA 3QRHA 1TQXA 4EF8A 1BWLA 1ZY9A 3HPZA 3TJLA 4TX9A 1W3TA 4K7YA 3B03A 4HNUA 2V81A 2AGKA 2B7NA 2VEPA 1J4EA 2NXIA 3NQVA 1TPWA 4Z1DA 2GVJA 3W1NA 3SR7A 1LOLA 4UFLA 2Y7FA 3LX9A 2Q3RA 5BW6A 3EX3A 1JRBA 3LCGA 5EYWA 4XWUA 1X6UA 1GVSA 2V2HA 3FA5A 2V5BA 1ZAHA 1XBZA 3TXZA 4NJIA 3RK8A 3T4CA 5LNSA 2C1HA 4HPJA 5D09A 4OGZA 3W7OA 1FWNA 3P5ZA 2CLIA 2V30A 3HOJA 4D2JA 4UTLA 3TROA 1KM5A 1WBHA 1K02A 4UFJA 3T44A 3EX2A 4E0CA 2E5CA 4O53A 1T96A 3G1SA 3W2UA 2JKEA 5LNVA 1ZAIA 2R8WA 5HR6A 2XN2A 2XN0A 3M0ZA 3L65A 5F4XA 3C4UA 5D2YA 5HR7A 1FBAA 4ZMGA 3LV6A 1O95A 1EPXA 5L9FA 3M47A 4DBDA 1DHPA 2VOMA 3W7QA 2YW4A 1FY6A 3ATYA 1AL7A 1TREA 1OFQA 1P4CA 1W56A 3F03K 3Q58A 2P0OA 3EWXA 3TE9A 2WQPA 1WXJA 3UPBA 4RXGA 1MSSA 4QM1A 4PC8A 2QCDA 4EIVA 4R53A 1TV8A 5HUOA 1RV8A 4K38A 3SW6A 1KV5A 5K2ZA 3UWUA 3LI1A 3B0PA 1W8SA 1ZNNA 3PSVA 4YMZA 1KM4A 3QJAA 5AC8A 2OCZA 3E0IA 4FNPA 4JGDA 3GIYA 4N9BA 1JCLA 5FI8A 3UZJA 3IIZA 2H8ZA 5I3HA 1YTDA 5F2GA 1OX4A 4K7VA 4JIQA 4LC8A 3FYPA 1TPFA 4OT7A 1F73A 1OK6A 3OG3A 4X9SA 1PVNA 3LV5A 3BLEA 5EKYA 3NQCA 3W2NA 3GYEA 4K8EA 5D04C 4OU1A 4Z1BA 1X8FA 2OMAA 3UY8A 1SZFA 4QNWA 4OE7A 2BSLA 4GUJA 4AWUA 1D3HA 3TAKA 3F4NA 4Z08A 3NM3A 4FB7A 1SO5A 3BG3A 4UTTA 4I7UA 1XBYA 3LHVA 1AG1O 2WSRA 3EX4A 2X2GA 3L2IA 1M5WA 1M7PA 4DF0A 2J9ZA 1ADOA 4IJBA 4NVTA 4I7WA 4UUIA 3CTLA 5K9DA 4IXHA 3T78A 3ZFHA 4JD4A 4O57A 4Q4KA 1GVRA 1S5WA 3TNOA 3TA6A 3HG5A 1PL9A 3VE9A 3QSRA 3INPA 2FPTA 3M5YA 1DBTA 4JR5A 3Q2DA 5DCBA 1KM6A 3W71A 1HG3A 1SUXA 3OA3A 4LS2A 1M6JA 4BI5A 2Y63A 4LC6A 1IXNA 3W87A 3C61A 1UB3A 5C5YA 3O16A 4MZYA 4XBSA 3W6YA 2W0UA 3CC1A 3GR8A 4CNPA 1TTJA 2BXVA 4TMCA 4AB4A 3LCHA 3M16A 3GK0A 5L6UA 2FQIA 3DGRA 5AC6A 1PIIA 3KHJA 3OBKA 1C8VA 4UNLA 1XFBA 3W70A 3W2MA 2VFHA 2QDGA 2A2IA 5LNRA 2Z6IA 1H51A 3LHWA 3O1NA 2V82A 4DF1A 1SFJA 4PODA 3R89A 5AOUA 4IMFA 3MHGA 3PM6A 2CLFA 3MYOA 2I1OA 5BMXA 4Y96A 1BWKA 1HL2A 1YXYA 2GPTA 1EP1A 3GKAA 4O4WA 3SGUA 4LVDA 3SGZA 1LLZA 3UZ5A 3HJZA 3KVJA 2E1DA 4ADTA 2PRLA 4TMBA 4GUHA 4R33A 5DBUA 3TFXA 1LBMA 4IOTA 1K7FA 2H6RA 4NXKA 1A5AA 1KFCA 4MKNA 3UQNA 1XBXA 1P1XA 4O1DA 1TSIA 1NSJA 3LTYA 4MY9A 3O6CA 3SECA 2QJGA 5E93A 1R46A 2ZRYA 1JR1A 1QFEA 3GDLA 1W5QA 4UMCA 3TJXA 5CSRA 5AN7A 2CFFA 4C1LA 1HTIA 2JKAA 4MIMA 5J5DA 4P61A 2NXGA 4FNUA 4H4IA 5BNKA 2I9EA 1H1ZA 3W7MA 3W7KA 1P0KA 3DI1A 1XI3A 4XUGA 3NNTA 4LTSA 3ANYA 5G4EA 3G3DA 3HO8A 2NUYA 4XBKA 2R14A 2J27A 3OVQA 2B4GA 1RQBA 1AW5A 3HG2A 5AFDA 3R5EA 4LY8A 4MLJA 3NDOA 3S0CA 3FJ6A 1IXPA 1MEIA 3FFSA 2EF9A 3DU0A 3KAOA 1FDZA 3ABQA 3GVGA 1W5MA 1WV2A 1Z48A 3IIOA 1XXXA 3P8JA 1Q6QA 4EOUA 5AHLA 3TW6A 2OJPA 2G97A 1I4NA 1H50A 3IVUA 2QCHA 1IIHA 3E49A 1ME8A 1KM1A 1DORA 2ZBTA 4UR8A 1YXCA 2CZDA 3LCWA 3I7SA 5EBUA 2O7SA 3STGA 1KM3A 2RDTA 2XN1A 5HWNA 1WOBA 4WZHA 1VS1A 1SO4A 1TYGA 3W22A 4JTLA 1OG0A 1IXQA 1QCWA 1LLWA 2Y7DA 5EL1A 4R34A 3NG3A 1EP2A 4A29A 5F2LA 4RCXA 1JVNA 3QW4B 4HIBA 2NUXA 4RXFA 4IMEA 2Q8ZA 4O1CA 3VFLA 5KTLA 5LHFA 4UMAA 1OFDA 3PBUA 4LOCA 1FQ0A 1G7VA 1OFOA 3F1QA 3W2LA 3RMJA 3ZWTA 3STEA 4CNNA 4L4LA 4DBEA 4RLIA 3M41A 3BV4A 5KZMA 2TRSA 4WXYA 2QDHA 3L68A 2G95A 3I6RA 3LCLA 3A9IA 1O4UA 5HULA 1I8JA 2ZCGA 2TSYA 4OHQA 3NL2A 1HO4A 3C56A 2E77A 4ZZ9A 3OHIA 2VFEA 1SZGA 5AYYA 4O10A 3W7NA 4LRSA 4YL2A 1H7NA 3B04A 1DJNA 1O94A 3MBFA 3NO5A 5G1TA 2GUUA 3LXCA 1ZCOA 4QITA 1JCYA 1H7WA 3M9YA 3NQDA 4WY0A 3I7RA 4S2BA 1TJRA 4N4PA 1TPH1 3WJZA 4WX2A 4MLRA 3G0XA 5K3VA 1LP6A 3SJ3A 3LRLA 4DO5A 2CLKA 2QF7A 2VFDA 3V1PA 3MW7A 4O50A 2QJIA 1H62A 4KFOA 4YCOA 2YCEA 1L6WA 5CG7A 2Y6ZA 4QNEA 3W7DA 5IM51 1B9BA 1RR2A 2Y7GA 3KVLA 3NYZA 3P81A 3W7HA 1QMLA 1H7XA 5SWUA 4AVFA 4LV4A 2E5DA 3ELFA 5F1UA 4NX0A 3W3OA 2D73A 1GPWA 2BX7A 4GNJA 2A0NA 3Q37A 1KLYA 2AQWA 2DZSA 1WA3A 3W7EA 1SZNA 3SY5A 1W3IA 4WOQA 4ZQCA 5BOOA 1WAUA 3UXDA 5TIMA 2P1FA 3PBWA 3BW4A 2G96A 4QJ1A 3TXVA 1RQHA 1T99A 4FNRA 1GYNA 3S1XA 4Y6GA 2CZ5A 3QZEA 3G1VA 3G1XA 4POCA 1GVOA 1YDVA 1H63A 2C15A 1FXQA 2X1UA 2ISWA 3GX9A 1P0NA 3WFAA 4LT9A 3O6YX 5D38A 1I2PA 2ZRXA 1A5CA 4CQ8A 3PSWA 4EVZA 2RDUA 5C2XA 3BG9A 3P82A 4LVGA 3MHUA 5H91A 4E2DA 3O8AA 5U4NA 4N6FA 2E6YA 4ALDA 2V5LA 3CU2A 1L6YA 2ZFAA 3UYCA 1GVQA 3G8RA 1XCFA 4K6AA 2JGYA 1PCKA 1LZOA 4WY0F 1A5SA 1TV5A 1IXOA 3GZ3A 3OVPA 3CIWA 3LGEA 1OYAA 1TTIA 4QISA 3DH7A 4ORMA 5CZTA 5AC7A 4W9TA 2GVLA 4O28A 1XUZA 1VC4A 3WJYA 2V9DA 1VPXA 3TV8A 4DXVA 4E2BA 1VYSX 3IVTA 1DQWA 1UBSA 1XDMA 2E6DA 1KV8A 1ONRA 3KRUA 2CZEA 3P67A 2NUWA 1NFBA 5LGZA 4TIMA 1OFRA 3C52A 3BLIA 1KBIA 3LXAA 5F4SA 4GWEA 4CQAA 4K8HA 3QYQA 3F4WA 3RF9A 2ATMA 3BO9A 3TQKA 3TSMA 3B4UA 3GNDA 2ZYFA 5F2MA 3G22A 1RQEA 3S5NA 1W5PA 4HNVA 3BARA 3CQ0A 4N6EA 1H60A 1JCNA 2WJZA 1YTKA 3EEGA 1OF8A 3DFQA 3TMQA 1LRQA 1B3OA 1VCVA 4LS0A 4O8RA 4Z1CA 3W88A 2CLOA 2ZZ3A 4KWWA 3RLVA 1TPDA 1JCMP 1N7KA 3UD6A 2NV1A 2PRHA 3ZR4A 4JTGA 3WK2A 3C8FA 5A5WA 2YW3A 2WPBA 3RNDA 3DENA 1GEQA 4FNTA 4GRSA 2QCNA 1XUUA 3LHUA 2HMCA 3W75A 3B05A 1GJPA 2CZFA 4JY8A 1TRIA 4JDBA 5DXXA 3W1TA 3QC3A 4O0KA 1E51A 5FEXA 4XKYB 4UNKA 5G5IA 4BR1A 5LGXA 3R12A 3USBA 3EWZA 4YCPA 4HHPA 3FYOA 3PBVA 4MJZA 5AYXA 1TCDA 1JJKA 1NEYA 3HG4A 3LI0A 2Y85A 2ZZ4A 4BF9A 1R2RA 3DZ1A 2Y62A 1VCFA 1QDSA 1VGAA 1Y0EA 1JUBA 2NX1A 2TPSA 3NL3A 3HQ1A 5G2HA 3S1WA 4RZ6A 4OV4A 1QPQA 7TIMA 1UUOA 4K39A 4IWWA 3NQ2A 2A4AA 2ABAA 2VKZG 3TR2A 1K7XA 3H54A 3ABOA 4PA8A 4MFDA 1PV8A 5KITA 1G4SA 1F6PA 1QWGA 3W84A 5FF0A 5FF2A 4ZQPA 2ZRWA 3HB9A 4GXMA 1BTMA 4JX6A 4O12A 3AO0A 3TSDA 3C2FA 1QPRA 3MBDA 4FXRA 4AAJA 3W7CA 2NZLA 1W3NA 4O15A 3LCFA 1TPVA 1BKSA 3HGRA 5FF4A 4MY1A 2QR6A 1A50A 1QPOA 3TAOA 2ISSA 3GLCA 3HGOA 4UFHA 4WJEA 3W1XA 4HSOA 2GQ9A 1LM1A 2E68A 1O5XA 1OABA 4TO8A 3GDKA 4NJHA 3CWOX 5K4XA 2FLIA 1VCGA 2VENA 3G1AA 4IMDA 3DFNA 6ALDA 3M5ZA 3KXQA 4JXCA 1C29A 2E09A 3B06A 3NL6A 3S9YA 2QCGA 1TTPA 2CWNA 4MY8A 3BG5A 2QCLA 5I3GA 3QPZA 2ISVA 2FFCA 3WK3A 1DOSA 1C9DA 1JULA 3UPWA 4JIPA 3L21A 3C0JA 4EWND 2G5WA 2QCDB 3C2VA 2YYUA 3BVJA 3C2OA 3G18A 1G4TA 4NT0A 1TV7A 4LS1A 2CLMA 2J9YA 3FIGA 4RK8A 2X16A 2FDSA 3W1LA 4IXXA 1TJPA 3WK0A 1K8YA 3W86A 3O15A 1F74A 3MI2A 1UCWA 3DAQA 3EWWA 1NVMA 4WXZA 4ADSA 1SQ7A 3G1YA 1PHQA 3N9SA 3NA8A 1JCXA 3DKLA 1G4PA 3ZS4A 3E02A 3R8RA 1KFKA 4MYXA 3ZWSA 3L0KA 3FKKA 3KVMA 3FS2A 4Q32A 4AF0B 3PG8A 1PHWA 2GQAA 4NQ1A 2H3BA 2YDAA 1DVJA 2A7PA 2FB2A 1Q3NA 1SO6A 3I65A 4OQVA 4FXSA 4X3ZA 4MOZA 2YYTA 3BW3A 1H5YA 3PUDA 1FCBA 2CLEA 2HSAA 4FX6M 4A2SA 3U8GA 3CLMA 1KA9F 1S5VA 4NNCA 1SPQA 2UV8G 1KTCA 2EHHA 3G0UA 4CQ9A 2QCMA 4UTWC 3EXTA 3NQAA 3HF3A 2GJLA 4UR7A 5LNUA 1Q6LA 1OFPA 4UFIA 1QNVA 4M6VA 1LDCA 1AMKA 1XL9A 3SIZA 2EGZA 3TIMA 4UIOA 3DHFA 4PL2A 2VELA 3MHFA 4GUFA 3OVRA 2DZWA 1FCUA 4RX0A 2X1SA 8TIMA 2C19A 4O14A 4M7SA 2A1YA 4Q33A 1O5KA 4GBUA 2Y88A 5D05A 5CPLA 1LRTA 4I9AA 3A5FA 1S5TA 3NR0A 3DBPA 1OX6A 1XDLA 2FB3A 1LBLA 4HNTA 4FEZA 1Q6OA 1DQXA 4JEQA 1LCOA 1PS9A 3H53A 3IGSA 4H6KA 3YPIA 5F2IA 4CLMA 1QO2A 1W37A 1KTBA 5E1QA 2ZZ6A 4DEFA 4O13A 3O63A 1GVFA 1SZEA 4U28A 3V75A 3CEPA 1X7FA 3LTPA 3P60A 4RZ5A 1FWWA 3A5VA 5AYZA 1F2JA 2QCEA 3FEMA 3E9AA 1A5BA 3NPWA 5J5RA 5K9CA 4CCCA 3PULA 1WQ5A 1N8FA 3MYPA 5BRBA 2WO5A 1T0OA 1YPIA 3LHTA 2NX9A 4JICA 4UTHA 3GB6A 5FF7A 3QQ1A 1K3UA 2FIQA 3W7PA 1I2RA 5AHNA 4AWTA 3TFCA 3E96A 4O16A 5H2ZA 3LERA 3EB2A 3STFA 1EX5A 2V2CA 5AHIA 5TBOA 1L6SA 3W76A 1EP3A 2QKFA 1GOXA 3NPUA 2Z0IA 3LHYA 3FKRA 4IPIA 1VJIA 4RV8A 3W1AA 1EA0A 1FWTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2OEM A;  3VC5 A;  3BL3 A;  4NJJ A;  3VE7 A;  3UJS A;  3NYD A;  4RNF A;  3LPG A;  4QE5 A;  1HVQ A;  3UWV A;  5CSS A;  1TQX A;  2R82 A;  3VOJ A;  4CNT A;  2XVP A;  1BWL A;  1ZY9 A;  3WSU A;  4K7Y A;  5DRC A;  6XIA A;  3B03 A;  2AGK A;  1B3W A;  2B7N A;  1HNY A;  1J4E A;  2VEP A;  4Z1D A;  3CGT A;  4GYK A;  3KTX A;  1LOL A;  1FWF C;  3WQF A;  1MW0 A;  5AY7 A;  3EX3 A;  5EYW A;  3AHY A;  3GY1 A;  3FA5 A;  4AST A;  1UP3 A;  3V35 A;  4F0S A;  3UJE A;  5BOE A;  4GI9 A;  1RBO B;  2BY1 A;  2C1H A;  4HPJ A;  4IIB A;  5T8G A;  2CLI A;  4UTL A;  2FHF A;  3PPF A;  3T44 A;  3WMS A;  1FWH C;  1K9F A;  4KQN A;  1EL3 A;  1ZAI A;  2R8W A;  3QHN A;  4NAE B;  1P43 A;  3L65 A;  4DWS C;  5F4X A;  2FZ8 A;  5D2Y A;  3IAR A;  2FMO A;  3L2L A;  1LQ2 A;  3LV6 A;  2FHC A;  5L9F A;  4S3B A;  2CIP A;  1EJ7 L;  4INF A;  1P4C A;  2P0O A;  3THC A;  3F7J A;  3D47 A;  3UPB A;  4RXG A;  4LCR A;  3WQO A;  4QM1 A;  4PC8 A;  2BV9 A;  2Q09 A;  5FJJ A;  4HZ8 A;  2YCL B;  3B0X A;  3MMW A;  2YIH A;  3R0U A;  2CER A;  1KV5 A;  3UWU A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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