2ZRXA

Crystal structure of sulfolobus shibatae isopentenyl diphosphate isomerase in complex with fmn and dmapp.
Total Genus 147
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
147
sequence length
364
structure length
364
Chain Sequence
DIVNRKVEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTGGRNELGRINKIIAEVAEKFGIPMGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEYQIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWGVPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSKDVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Isomerase
source organism Sulfolobus shibatae
publication title New role of flavin as a general acid-base catalyst with no redox function in type 2 isopentenyl-diphosphate isomerase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Isopentenyl-diphosphate delta-isomerase
total genus 147
structure length 364
sequence length 364
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 5.3.3.2: Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase.
pdb deposition date 2008-09-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01070 FMN_dh FMN-dependent dehydrogenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2zrxA00
3S1VA 5DBUA 4K7VA 2Z2UA 3G18A 4E2DA 1X7FA 3GDTA 1EWDA 5TBOA 1UCWA 3S1UA 3QMRA 4E2BA 4CLMA 1IIGA 4O57A 3PSWA 1N7KA 3W1NA 5H91A 4O1AA 1GT8A 5AN7A 1ADOA 3B06A 4GBUA 4JTIA 1QR7A 4MLRA 1JJKA 2ABAA 1H7RA 3I7QA 5H2ZA 2EGZA 5L9FA 1RQHA 1LLZA 1RD5A 2Y7DA 1B4EA 3ABQA 3IIPA 4JTLA 4UNKA 1LRQA 1EEPA 1JUEA 3LCGA 2VEKA 1QAPA 3W7JA 3DFNA 5BOOA 4N4QA 1VHCA 4A21A 3O63A 1SO6A 3E9AA 1OFBA 1V5XA 3FLUA 1NF0A 3CIWA 1Q6QA 1SZGA 4UR8A 1QCWA 1VLIA 3OIXA 3L67A 4UXDA 1Q6OA 4WXZA 4UTUA 3PR2A 4ZQNA 1RV8A 4RK8A 3GAYA 4LV4A 5KZDA 5D33A 1H63A 4XQ6A 4I7UA 3W1RA 3O1NA 3HGJA 4RZ5A 5HNRA 3NAVA 3A9IA 5HWMA 1T96A 5CG7A 1JCJA 4IMEA 3BW3A 2O7QA 1G69A 4UC5A 2NWSA 3LLDA 2CZEA 1JUKA 4MFDA 5D38A 1B4KA 3G1VA 1I2OA 4WOZA 4KKXA 4UFHA 5D09A 1SW0A 2C16A 5IM51 1GTHA 3NPUA 2QEZA 3TA6A 3WK0A 1G6CA 4UMBA 3IIXA 4Z0SA 3PAJA 2P1FA 3MI6A 2YYTA 4FNPA 2OCZA 2F84A 4NNAA 3EX4A 3CQ0A 4AHQA 5I3KA 5DN1A 5EY5A 1UJPA 3W75A 2CFFA 2Y88A 3PVFA 3QZEA 3VKJA 3F4NA 4CNNA 2H90A 2PE4A 4BWLC 2TMDA 3S5YA 4HSNA 4A2RA 1WOAA 3IEBA 1RVGA 3NQ6A 5CPLA 2V9DA 3SR7A 3W7DA 3W2NA 3UWZA 3HPSA 1I8JA 5F2LA 4NUWA 3LCXA 5DY3A 4DPQA 4M5PA 1Z48A 2NX3A 1GJPA 3A5VA 1YADA 1H1ZA 4PL2A 1SW3A 4NJHA 4DF2A 3NDOA 3WJXA 4LRSA 3HQ1A 3W1MA 4GNJA 4JX5A 1W37A 2JGQA 3HPXA 3GB6A 2ATSA 3EXRA 4O8RA 4ADTA 4JTHA 1DQXA 5HUOA 5A5WA 5AB3A 3AJXA 3R5EA 4NX5A 4Q4KA 1SZEA 1GVFA 1TO3A 1TPVA 1ICPA 1TV8A 1DBTA 2HSAA 4UFJA 3OVQA 4IMDA 1MEIA 2HTMA 1DOSA 2ZDRA 3DXIA 3LV5A 3T55A 3VE9A 3L68A 3P62A 1TTJA 4M6VA 2QUUA 3T4CA 3W70A 1H5YA 2ZBTA 5KMYA 1KA9F 3BGJA 3UQNA 1JRBA 2RKXA 1F6KA 3B0UX 1WDWA 3NPVA 2WKJA 2ZRWA 4Z08A 1GYNA 1KW1A 1L9WA 3M41A 3W7KA 4QITA 4MYXA 3C2FA 1RZMA 1MEHA 2LLEA 3TQVA 1XXXA 2DZVA 4QNEA 2KZHA 1H7OA 4NXKA 4UMAA 1LROA 3IGUA 1OFOA 4Z1DA 1I2RA 3S5ZA 1B9BA 2J9YA 3DFTA 3L5MA 3G24A 2V5BA 5D05A 4QAIA 5EYWA 2ZRZA 2HS6A 3MW7A 4HNNA 4UFIA 6ALDA 3C2VA 3AO0A 3HG2A 4ZQOA 2DORA 2NV2A 1PCKA 4Y96A 1GYLA 3W88A 4M7SA 4JYDA 4WY0A 2QCDA 3RK8A 4GUIA 5BNKA 1TTQA 3UNDA 3F4WA 4LY8A 5G2WA 2QCFA 4H3DA 1R2SA 3NQGA 1JCNA 1W5MA 3P81A 3PS7A 2CZDA 1IF2A 3P80A 5AFDA 1TPEA 3UXAA 4RKAA 4LRTA 2P0OA 1O5XA 3GDLA 2ZRXA 1O4UA 3OHIA 4MKNA 3NQMA 5I3FA 2ZA2A 3W7NA 5AYZA 4NQ1A 5FEZA 5G2HA 3IVUA 2FTPA 2V2HA 4KFOA 4AMAA 3PULA 1J5TA 1HFBA 3LV6A 3N9SA 4DF0A 3NL6A 3ZS4A 4BF9A 2W79A 4NU7A 1ZHAA 2OX1A 1P0KA 1N8FA 4RXFA 5C55A 3BG9A 1K03A 1ONRA 4YLWA 4PTNA 1OX6A 1T99A 3PUOA 3N2XA 4I7VA 1G4EA 1CX9A 1OFEA 3FJ6A 3LI1A 1HUVA 3NM3A 4ZMGA 1A5CA 4LV9A 3MO7A 4XTDA 3ANYA 3P82A 3W2UA 1TPUA 5CZSA 3UYCA 2QUTA 1LZOA 2NUYA 3L66A 1ZCOA 5L6UA 1UB3A 2PCQA 5G4EA 3IGXA 3UD6A 3DI1A 4DO5A 2VFGA 4FB7A 2CLHA 2G95A 3MI3A 1VRDA 1AMKA 3GAKA 1UBSA 4RX0A 4HNVA 1TQXA 3G1FA 5C54A 4LWWA 4R53A 4LUJA 3D0CA 1L6WA 2WNQA 2YFNA 4TIMA 1D9EA 2FDSA 4H6KA 1ZJIA 4LW7A 1ZAIA 3UWUA 2CU0A 5D2WA 4JTJA 1W56A 3A5FA 4IMGA 4M6QA 3UZJA 2YW4A 1TB3A 4ZZ9A 3IGSA 3SZ8A 4A2SA 1KM2A 2FPYA 1YTKA 3TKFA 3EWXA 3M1ZA 5J5DA 1TTIA 1CI1A 1G4PA 2H6RA 2YR1A 3P74A 3S0CA 3ABRA 3RF9A 3DGRA 5BMWA 1X1OA 4MZ1A 5HR7A 2XN0A 2DZSA 4LVBA 1KTBA 3F1QA 3PUEA 1PE1A 3BPWA 1KFBA 3BVJA 3NGJA 3NPWA 3HPZA 2YZRA 2E6AA 2GPTA 2YX0A 3BW4A 1OF6A 3OBKA 3CWNA 1PS9A 2WSQA 3PBUA 3O6YX 3W73A 4LU0A 3O06A 4BK9A 3OEXA 2QCCA 5J5RA 3S8HA 2H8ZA 3EB2A 4NVTA 3E0IA 2VEIA 3N3MA 4QISA 2FB3A 1YXDA 1ZAHA 3LHVA 3W1LA 4BWLA 4LS2A 2WNNA 4JTGA 4YMZA 4NJGA 4MZYA 1UUMA 4POCA 3HG5A 3W7EA 4AEOA 4CNOA 3PC0A 3KVJA 4LVAA 4O4WA 1F6PA 3M5XA 3NYZA 2QCGA 1QPRA 3LDVA 1MZHA 4DBEA 4JEQA 4DQWA 1SO4A 4RXGA 2A4AA 2QUVA 2WJZA 4WOQA 4TX9A 4ZQRA 1OG0A 1EB3A 1S5WA 1LBFA 3OVPA 4NNBA 3QQ1A 1KM1A 4LNYA 4WZHA 3C3NA 4UTKA 4WY0B 2QCDB 2NV1A 5AHNA 2JKPA 3O6CA 4HNTA 1U83A 5A8GA 3DKLA 4GUFA 1I2PA 3BGGA 3NQCA 3QPYA 1SQ7A 3W76A 3GX9A 1EUNA 1W3TA 2DJLA 2VKZG 3MHUA 4MJMA 2BSLA 3SECA 3NL3A 2R94A 1TRIA 5F1VA 2WQPA 4WQ6A 6TIMA 3WK2A 3TJXA 5FF0A 1YLVA 3QMSA 4LC6A 3PWAA 3W1QA 1AW1A 3OG3A 1H7NA 3P8IA 4X9SA 3W2JA 2B4GA 3MBDA 3LCHA 3QSRA 5F4WA 3QMTA 2H8XA 3W9ZA 4K8EA 3BV4A 3QM3A 3FFSA 3A21A 3M7WA 5U7SA 3NZRA 3E12A 2YGYA 3WJWA 2C3ZA 2GUUA 1TJRA 4GUHA 3BW2A 3TU9A 1YPIA 5EKYA 4EF8A 4K7YA 2X2GA 3NQEA 2Z1BA 1W54A 1JCYA 3NVTA 5CZTA 3EX2A 5D2VA 4W9TA 5MHBA 2TRSA 3W6YA 1Q45A 3TXZA 3HG4A 4CCCA 5K4XA 5AC7A 1EUAA 4QSHA 5DXXA 1SSDA 4N4PA 2ZZ2A 3VNDA 3TSDA 4M6PA 3HGSA 1YXCA 4LUIA 2A5HA 1VCGA 1FDYA 2A0NA 3ABOA 2ZQ0A 1FX6A 1LOQA 1VYRA 2R14A 4UNLA 4YWIA 3G22A 2C19A 2VXNA 5LGXA 3FS2A 3H53A 4BI7A 3LERA 2J9XA 3TK7A 1OFAA 1OK4A 4Z1AA 1JR1A 4IPIA 1GVOA 4EF9A 1TPB1 1DL3A 2QKFA 3N2MA 1KBIA 3UPWA 1WBHA 2PRHA 4QQ3A 3MJYA 4ALDA 2Q3RA 3TFCA 4PH6A 1CW2A 4N02A 1EIXA 2X16A 3NL5A 3BLFA 3NEVA 5G1YA 2FPTA 5AYYA 3T78A 4S2BA 5FF2A 5T26A 3BG3A 1PHQA 4JTEA 3C2RA 2ZTKA 4JY9A 3SY5A 1LM1A 2E5DA 1WV2A 2Y62A 3BARA 3C4UA 4AWTA 3TAKA 3M47A 2PURA 2FQIA 2J6XA 3EKZA 2Y63A 3Q37A 1XM3A 1KFJA 1TCDA 3C0JA 3EXSA 4OGZA 3ZWTA 3M5VA 4PEKA 2YDAA 3TC6A 4O16A 1WAUA 3OVRA 2CLLA 1VYPX 2DZUA 1YDNA 4A22A 3GVGA 1IIHA 3NQAA 3QPZA 3R89A 2ZYFA 1EX5A 1FWWA 1NFBA 2NUXA 3QRHA 4XWUA 1XBVA 1VJIA 2OZ0A 1OYBA 2XN1A 3PM6A 3GXTA 5FF3A 1GVRA 4UTJA 4JXCA 3SW6A 5AHIA 3ZWSA 2A6NA 4XKYB 5K7JA 1XBZA 2V0TA 1XBYA 1LBMA 3LXAA 3T7VA 5AC6A 1LORA 2OT0A 5HWNA 1PCWA 4N2YA 3IV3A 4JYEA 1FBAA 3W7MA 3PG8A 2A21A 4UFLA 5C6MA 4GWEA 1TYGA 5CGQA 4O18A 2QJGA 4MY9A 1ME9A 1YXYA 3NQVA 4LTSA 4FX8A 2PRLA 2HS8A 2WOQA 3W2LA 2Z6IA 1OFRA 2RDTA 5D32A 1SFJA 4OU1A 2C6QA 3DFQA 3GYEA 1WXJA 4WD0A 1JQVA 4NJJA 1VC4A 1SFLA 1LOLA 3NQ8A 3CEUA 1XCFA 3IVTA 1NEYA 1XUUA 3G8EA 3V1PA 2GJNA 2CZ5A 1GQNA 2NX1A 5CZJA 3R2GA 2EHHA 4EIVA 3UPBA 1TV7A 4Y90A 4O54A 1EP2A 2V81A 3W07A 4O1DA 2GQAA 2YFOA 3TXVA 3PG9A 4UTWC 5K2ZA 1G67A 3M16A 3VE7A 5K3VA 1G4TA 3EEGA 1KM5A 2V2CA 1Z44A 2Q8ZA 3GDRA 4ADUA 4K38A 5BMXA 3LI0A 3NXFA 3W7RA 1F7BA 2ZTJA 1FXQA 2ZZ1A 4LVFA 4CNPA 1VCFA 5DCEA 1IXOA 3WK3A 2A7PA 1TPFA 1F5ZA 4EVZA 3TR2A 3WJSA 3DI0A 1O5KA 4N9BA 3ZFHA 3PBWA 1NVMA 3JR2A 1W5NA 4Z1BA 5HUPA 4HSOA 1XI3A 1QWGA 4OBTA 3CWOX 1QPQA 3CM4A 1OYCA 3G0SA 4RV8A 3Q2DA 1FWTA 3G1XA 2ZRYA 1M7PA 3PUDA 4FXRA 4IMFA 3W1PA 2C15A 2ZZ5A 1R2TA 2DZWA 3TQ0A 3SGUA 3Q94A 3NM1A 1FQ0A 1X8FA 2FB2A 4MFEA 2O7SA 3N9RA 4JD4A 4FF7A 1JCLA 1W31A 4GFSA 1WOBA 3DZ1A 4GRSA 1S5TA 2QCLA 4MZ8A 1KTNA 5AC8A 2E68A 1YDVA 4LT9A 1OFDA 2RHGA 3EWBX 5AHEA 1SZNA 2R8WA 5C5YA 4IWWA 4ZVJA 4IX0A 3L0KA 2J9ZA 1JRCA 2E6YA 4IGHA 3DFOA 3F03K 3G0XA 2I14A 4S1FA 5DBTA 1YDOA 1G7VA 1FCUA 2E77A 3P67A 1K7FA 2W6RA 3HO8A 2CLOA 5F2MA 4J9JA 2EKCA 2NX9A 2BLEA 5F2IA 1PL9A 4O53A 2X1UA 3I68A 4MYAA 1DQWA 3KRSA 2ZRUA 3E96A 4BI5A 2Y89A 2AGKA 4TO8A 4JIPA 2NZLA 1M5WA 1A5BA 2GQ8A 3LHZA 5AOUA 1OFQA 1OF8A 3T44A 3W1XA 3B0VC 5D2XA 3W22A 3BG5A 3DU0A 3M6YA 2Y7EA 3LXBA 3H54A 2YW3A 4K36A 2FIQA 5HULA 3A23A 2VFHA 3KVMA 4XBSA 5DELA 1E51A 2XFWA 5DY2A 2DZTA 7TIMA 3W7QA 3EX6A 4CCEA 3SIZA 3W87A 4LC8A 3LB0A 3S42A 3W2KA 5FEPA 1YTDA 5HINA 1GG1A 3BLEA 2C14A 2OT1A 2NXIA 2WSYA 1QPOA 1G7UA 1ZFJA 4RZ4A 1AK5A 2QJIA 3L0GA 2TSYA 1QO5A 4D2JA 3SJ3A 3TH6A 1RR2A 1XC4A 4JYFA 3W7OA 1K8YA 3O8AA 5KINA 4QJ1A 3C52A 5KZEA 3W3OA 4O0KA 4AF0A 3NA8A 4X2RA 1DV7A 2J88A 2YCEA 2RFGA 1ME8A 2ABBA 3KVKA 5F2GA 2GOUA 3TAOA 3M43A 1O94A 1UASA 1LLWA 1DORA 3Q58A 3W71A 3DKJA 3QYQA 5DCBA 1S5VA 3USBA 1O60A 1TRDA 5G2IA 4IJBA 2Z0IA 1NSJA 4PL1A 4O50A 1TPH1 4RZ6A 1G4SA 1K7EA 3LTPA 1AL7A 1D3HA 3BO9A 4MPQA 1JQXA 3NQ2A 4MOZA 1EPXA 4FNQA 4ICNA 3LOTA 3KRZA 3L5AA 2ALDA 3TV8A 3JRKA 1GZGA 2WPBA 5K9DA 2CZFA 3ATZA 1C29A 1W0MA 3VCRA 3W86A 3STCA 5EA9A 5CSRA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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