2TPSA

Thiamin phosphate synthase
Total Genus 79
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
79
sequence length
226
structure length
226
Chain Sequence
HGIRMTRISREMMKELLSVYFIMGSNNTKADPVTVVQKALKGGATLYQFREKGGDALTGEARIKFAEKAQAACREAGVPFIVNDDVELALNLKADGIHIGQEDANAKEVRAAIGDMILGVSAHTMSEVKQAEEDGADYVGLGPIYPTETKKDTRAVQGVSLIEAVRRQGISIPIVGIGGITIDNAAPVIQAGADGVSMISAISQAEDPESAARKFREEIQTYKTGR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Thiamin biosynthesis
publication title Crystal structure of thiamin phosphate synthase from Bacillus subtilis at 1.25 A resolution.
pubmed doi rcsb
molecule keywords PROTEIN (THIAMIN PHOSPHATE SYNTHASE)
total genus 79
structure length 226
sequence length 226
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.5.1.3: Thiamine phosphate synthase.
pdb deposition date 1999-03-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF02581 TMP-TENI Thiamine monophosphate synthase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2tpsA00
1RQBA 3W7CA 1EUNA 1KTCA 4JIQA 3BW2A 3O15A 1DKWA 4MJMA 4M6QA 1BTMA 3HJZA 2NUYA 2TYSA 1WBHA 3SR7A 4NVTA 3C2RA 2LLEA 4O54A 3T7VA 4RR4A 4XTIA 1R46A 3NR0A 1RQHA 2V82A 2WNZA 3UWYA 4AHQA 2YSWA 3E02A 5EPDA 4MIMA 1QFEA 3STFA 3INPA 1Z44A 1OYBA 4MFEA 4GUFA 4WOZA 3NNTA 4LC8A 5BOOA 4O0KA 4M5PA 2A5HA 1K7FA 2Y7DA 4XUGA 3ATYA 3HG5A 2ZZ3A 4UTHA 4E2DA 2PRMA 2PC4A 5U4NA 4NJIA 5U7SA 4O16A 4IQLA 1HTIA 4LVDA 2FPTA 1ICQA 1LRNA 4M6PA 3TAOA 3O6DA 1TPEA 3GZ3A 2WO5A 3OVRA 3R13A 2I1OA 3HG2A 2CW6A 1DHPA 4LOCA 1TRIA 3C3NA 2VOMA 3UPBA 5HWMA 1Z42A 4AEOA 3DHFA 2ZZ4A 4DELA 3ZS4A 3QRHA 3GXNA 4O53A 4FXSA 3C2EA 3ABQA 4LY8A 1EPXA 5CZTA 3E9AA 4AB4A 4FHAA 4BWLA 3O07A 3C2OA 3NQGA 1AK5A 1GG0A 4ICNA 4O18A 1R2SA 4Z1CA 1LBMA 3CM4A 2H3DA 4FX6M 1TPB1 1C9DA 2E5CA 3OVQA 3GIYA 2YYUA 1W5NA 4FNUA 4NU7A 1SO4A 1SW7A 1KFKA 4UC5A 4E0CA 3CIXA 3S5NA 1SSDA 4A22A 2A7RA 5A8GA 1MEIA 4DF0A 5CPOA 1H61A 3MP4A 2J24A 3M16A 1EEPA 1NAL1 3S1XA 3TC6A 5J5DA 3QEZA 1XUUA 5LZLA 1OFEA 3TMLA 1H60A 2I9EA 2OX1A 4I7UA 3W84A 2X2GA 4LVFA 5FF4A 2ATSA 1IF2A 4ZVJA 5K9XA 2BLEA 4ZQOA 2V2DA 2NX1A 1EUAA 4O8RA 1A5SA 4K7YA 4R34A 4JTUA 3G24A 1I2RA 3GYEA 1O95A 4H4IA 1FX6A 1TB3A 1KM5A 1X8FA 4BI5A 3TJXA 1DQWA 1AG1O 2H6RA 3N34A 3GKFA 4Z1BA 4O1CA 3HF3A 3G1DA 3E12A 2FFCA 5AN7A 2A7PA 3L65A 3WJXA 1XFBA 3GR7A 1P5BA 2PE4A 2W6RA 1D3GA 2B4GA 3HGSA 2OT0A 3KFTA 3NGJA 4I9AA 3GNDA 2G96A 2O7QA 1TIMA 1TPUA 2Y70A 5D2XA 2A6NA 2QF7A 4ALDA 1LYXA 4NNCA 1XCFA 3ELFA 4CLMA 3W23A 4JIPA 4CCEA 1L6YA 2WSRA 2E5DA 2Z1BA 4Y90A 2CU0A 1P1XA 5SWUA 3KXQA 3P7YA 5I3HA 1B4EA 5EY5A 1L9WA 2E77A 4IMFA 1OX4B 3KOFA 1FWSA 4TR9A 2RDUA 1KFJA 3DH7A 3YPIA 1YXYA 3KAOA 1W5PA 4BWLC 4IPIA 4YL2A 5G2HA 1NSJA 2G95A 3HGOA 1W3TA 3W7MA 1CW2A 1KM4A 1TTQA 2WSQA 3IGXA 4RLIA 1UUOA 1JUKA 1K03A 1QOQA 2F84A 3TV8A 2ZRZA 3DAQA 4IMEA 4LS0A 1QCWA 2H8XA 3L5MA 4IXXA 1RZMA 3QF0A 5FEZA 1GQNA 1M6JA 4N4QA 5AHNA 4MY1A 1W1ZA 2X1TA 3FJLA 3OA3A 4WY0A 4MY8A 4MLJA 1KFLA 1A5CA 1H7WA 2P10A 5EA9A 1P4CA 2GVJA 3D0CA 1JRCA 3O16A 3W1NA 3H54A 1PVNA 4EWND 3EB2A 4PCFA 1G4PA 2WJZA 1SFJA 2NV2A 1R2TA 5HNRA 2VFHA 5E93A 4JTEA 1W5OA 3H55A 1OK4A 1QAPA 1H7RA 4J9JA 1I2NA 2JKAA 3NEVA 1L6WA 1WDWA 4HT3A 1W56A 2VXNA 3UWWA 2ZRVA 4Y6GA 1Q6QA 3TXZA 3GXTA 3OVPA 4POCA 5AHEA 3EWBX 4JTJA 3G1YA 1B4KA 2RDWA 2QJHA 1ZAIA 4JNMA 3R8RA 1RR2A 5AC7A 3CQ0A 2JGQA 4N2YA 2ZA2A 5DXYA 5G4EA 5DXXA 5D37A 4BK9A 3NQ6A 1JCNA 4AH7A 2OZ0A 3ZFHA 4NJGA 3L5LA 1L6SA 3LHYA 2RHGA 1SFLA 2QCGA 3S1VA 1VZWA 3M7WA 2YZRA 5G4WA 3HG3A 3PB2A 4LV9A 4M7TA 2ZA3A 4RXFA 3T55A 2VFIA 1GYLA 1KBIA 3IV3A 4O19A 4MKNA 1ZHAA 3I7SA 1VR6A 5KTLA 4OE7A 1T96A 2GQ8A 4PA8A 1ADOA 1AMKA 3UWVA 1FWTA 2FPVA 2EPHA 4QIUA 1Y0EA 4FO4A 1KTBA 2BXVA 3JRKA 4XQ6A 5G2IA 4GE8A 3T40A 3N2MA 1TV5A 4LS2A 1I2QA 3GXPA 4DO6A 5HULA 5I3IA 3W1PA 2W0UA 1PL9A 5F2IA 4MZ8A 4OQVA 2AAMA 4MFDA 1HO1A 2W79A 2Y89A 3BW3A 1O5XA 4O0ZA 3MUXA 2PURA 3I65A 3HPZA 5E1QA 3RF9A 3N2XA 1M5WA 1TPH1 3GAYA 3CU2A 4UUIA 4ZQPA 3THQA 2QJIA 4JDYA 3CHVA 4I7VA 5LHFA 3CB8A 3EWUA 3NPWA 4AWUA 3A21A 4UFKA 1LDCA 4DEFA 4HNNA 4DPPA 4GRSA 3QSTA 5MHBA 3O6CA 4LT9A 4P61A 2NZLA 3W3OA 2E1DA 4ML9A 3A23A 1JVNA 2DZVA 2XN0A 1F6PA 2EAWA 4WOQA 2ZTKA 3P60A 3EXSA 3M5ZA 1GVRA 5AFDA 3FOKA 4K7VA 3W7HA 3TSDA 3LLDA 1CX9A 2PRLA 4MPQA 3UNDA 4DXVA 2C3ZA 4XKYB 3KRZA 4NNBA 4NZFA 2Q8LA 4JYDA 3B0UX 1TRDA 5T26A 3W22A 4ADTA 3G8RA 4NQ1A 3EX1A 5G5IA 4PH6A 1XBXA 3LHZA 3LCHA 3G3MA 4HPXA 2FB2A 1ME9A 3KHJA 1KM1A 1I2PA 4UFIA 4RZ4A 5F1UA 3W74A 4JTIA 2CLMA 3A24A 1OFRA 1TPVA 3CEPA 1H51A 3BGGA 3B03A 1FDJA 4LC6A 3SGZA 1WAUA 3UXDA 3TQVA 3P67A 1KA9F 3NQVA 3UZ5A 3M43A 3UQNA 4HNUA 3SGUA 4D2JA 5LNVA 2EHHA 2JGYA 1R47A 4CCDA 4ZQCA 2QAFA 3W1QA 5I3JA 5K4XA 1LBLA 1MZHA 3W07A 3TA6A 1VS1A 3S9YA 2X1RA 3NXFA 2E68A 2C19A 3L0GA 1VLIA 1B9BA 2B7PA 2DZTA 4TIMA 3LI0A 1IXOA 3PBYA 3EX3A 5C55A 2QKFA 3FKRA 2OCZA 4FIQA 1T99A 1TO3A 1YYAA 5DCEA 4U4MA 1SW3A 4ZL1A 4NX0A 1TQXA 4OWGA 1RQEA 3GNNA 3I7QA 1ONRA 3EEGA 1H62A 5IM51 4PODA 1BKSA 3G1XA 2Y7FA 3LCFA 2Z6IA 2E6AA 2A2IA 3QFEA 5AYXA 2E5BA 3IRDA 3TE9A 5CKSA 4HPJA 3M0ZA 3LXBA 3O8AA 5HUOA 1JUBA 3EX2A 3BGJA 3CC1A 3W7OA 1R2RA 1TV7A 4WUIA 3QC3A 5ABTA 1I4NA 3O1NA 1J4EA 1JULA 2VFGA 3GDMA 3P74A 3RFAA 3STEA 4S1FA 1FCBA 4L4MA 4R33A 3W1LA 3GDKA 4TU1A 4JDBA 4JTKA 2E6YA 4WJEA 1PCWA 3WFAA 3NYZA 3W7QA 3LCLA 4UTMA 2RKXA 2X16A 4HNTA 5FESA 4Q4KA 5HWJA 3QQ0A 5HMSA 3MBDA 3OG3A 4O50A 1GTEA 1X6UA 3MYPA 4Y8FA 3C2FA 2QCDB 5DBTA 3TIMA 5CZ0A 4O15A 5C6MA 3GR8A 1F7BA 3SIZA 1C8VA 2NV1A 3GK0A 4K6AA 3SW6A 5DY3A 1FWWA 2GVLA 4X22A 2V2HA 3PS7A 3ZWTA 4A21A 2DU2A 1X1ZA 3STCA 4WX2A 2B7QA 3Q2DA 3DKLA 1FWNA 2QJGA 2QCHA 1SR9A 1IIHA 3RLVA 1OK6A 3P5YA 1VYSX 3IGUA 4O28A 2QUUA 3LCWA 4IMDA 2CLEA 1ZNNA 2YW4A 1O94A 4X2RA 4JTLA 4RJEA 4WD0A 1P0NA 1SO5A 3TK7A 1W3IA 3LI1A 4MUZA 4RV8A 2PRHA 3THAA 5HJLA 2RH9A 2GQ9A 3VKJA 1QPOA 1VCVA 3P8IA 1OYAA 4LU0A 3NQAA 2HSAA 1LM1A 4WY0F 5HR6A 5FEXA 1TPDA 3BK0A 3TX9A 2DP3A 3K30A 3IVUA 1ME7A 2Z6JA 1KLYA 3M44A 1GPWA 1JQXA 5D2TA 3QW4B 1G7VA 4XZ9A 1JJKA 2WKJA 5F4XA 3W7GA 3HG4A 3MYOA 3HOJA 3W86A 2ZQ0A 2WNQA 1RPXA 3CTLA 1YADA 1SZGA 3KVJA 2YGYA 5FF7A 5F2LA 4UFMA 5CPMA 4M6VA 3RK8A 1PCKA 4OBTA 1FXPA 2WSYA 3LXAA 4YLWA 4WQ6A 4O12A 4GBUA 1FQ0A 3B06A 3EX4A 3MBFA 3QW3A 3IEBA 2TMDA 4EF9A 8TIMA 3R89A 4BI6A 3MI6A 3A22A 3BG5A 3VI2A 3NOEA 1KW1A 3I7RA 1LP6A 3W72A 3PC0A 5AC8A 3DENA 5AHMA 3BG9A 3NQCA 3PUEA 4JR5A 4PTNA 3DZ1A 5IBXA 1KV8A 4R53A 1SZFA 1SW0A 5TBOA 4MYXA 5D2YA 3MMTA 1PS9A 1UJPA 2G5WA 4ADSA 1SQ7A 4JXCA 2DORA 3B4UA 4UCGA 1OF8A 4N9EA 1G67A 1LRTA 3W2MA 1C29A 4W9TA 3NQFA 5KZDA 4Z1AA 3G3DA 3DFPA 1NF0A 1VYRA 3SFKA 2WV8A 1QPNA 4IXHA 1OFAA 3W1AA 5AHIA 4FF7A 4AHPA 2A4AA 1LTDA 1A50A 4ZQNA 2YFOA 1TQJA 4LS1A 4QJ1A 1W0MA 3KX6A 5I3GA 2ISSA 4JYFA 3QH2A 2J27A 3WK0A 1VHCA 3HGRA 1JCJA 3VFLA 1ZJIA 2H3BA 4KKXA 4TMBA 1ZENA 1WOAA 4WXZA 2Y61A 2ZTJA 4OV4A 1A5AA 4WZHA 2WQPA 4RK8A 4KWVA 5FEPA 3NPVA 3BARA 2JK2A 3P80A 3DI0A 3DFQA 2FJKA 1XM3A 3RNDA 1ICPA 1QMLA 5F2GA 3FLUA 2X1SA 3LV6A 4GNJA 1DJQA 3L66A 3LLFA 4JTSA 5HWNA 3G0SA 4AMAA 4GJ1A 3P5ZA 4GXMA 3BLIA 4NXKA 3MHUA 4QNEA 1T8XA 3C2VA 4ZZ9A 5AC6A 2NX9A 5LNUA 2QR6A 3S5ZA 1TPFA 3S6DA 3WK1A 1F74A 2CLHA 3LHUA 1K8ZA 1ZFJA 4JN6A 4AHOA 2JKPA 3QPYA 3W1UA 4X3ZA 1VGAA 1UUMA 4LWWA 4EF8A 4QITA 5TIMA 3Q37A 5IBXC 5D04C 3U8GA 3NQEA 2ABBA 3NVTA 3WK3A 3W83A 2DZPA 3ABOA 3B0VC 4O4WA 3BLEA 1I2OA 1X1OA 2YDAA 4IMGA 2AQWA 2JKEA 1Q6OA 3P84A 1OX5A 1EP2A 3MP5A 3LX9A 1JCLA 1VH7A 3W7NA 2VC6A 2UV8G 4UFLA 3WJYA 4A29A 2GUUA 1OHLA 1ICSA 2V2CA 1WX0A 2JBMA 3M5YA 4G1KA 3TJLA 4K37A 3E49A 3PF3A 4N4PA 1LLWA 2R8WA 3MI3A 1EP3A 4DO4A 2DZUA 3LCGA 3NG3A 4JTTA 2B7NA 3PVFA 1L2UA 1JUEA 1H1ZA 4CQ8A 3W7EA 2X1UA 5LGXA 3R2GA 2P1FA 3QM3A 4HKPA 1KFCA 3UWQA 3SSJA 1NVMA 3LTSA 3W7DA 1F2JA 3W75A 5D2WA 5AYZA 4AWTA 1MEWA 2CLOA 1DVJA 3DBPA 3W1TA 4LTSA 1JCMP 3NL6A 3DI1A 2V81A 3VCRA 4K38A 4Z0JA 2AGKA 5G1YA 2A85A 4MOZA 1D3HA 5HR7A 1DJNA 3TXVA 1VJIA 1U83A 2ZZ1A 2VFEA 1EX5A 4N9BA 5CGQA 3R5EA 5HUPA 3TFCA 4GUIA 5FF0A 3G1FA 1YTEA 3W71A 1JRBA 2XN1A 4RXGA 4IOTA 2Y62A 1TTIA 2NXHA 4UTIA 3LHVA 4UMBA 2ALDA 3NDOA 4DO5A 3TR2A 4TO8A 1FWRA 3ABRA 3LCIA 4DBDA 3W7JA 3W2UA 3NM1A 4H3DA 2WPBA 1B57A 2NXGA 1GVFA 3UYCA 2ISWA 3CLMA 3FJ6A 5GVJA 3L68A 3W6YA 4UTKA 4HSNA 1TPWA 3MO7A 2NXIA 5D03A 4K39A 3M6YA 1XL9A 3P82A 4E38A 5D09A 1G7UA 2VEKA 2V0TA 1OFDA 2P0OA 1QO5A 1K8XA 2VFFA 3M47A 3W2LA 2CZFA 1A53A 4CNPA 4O1DA 1B3OA 1H7PA 1M7PA 1EWEA 4IUOA 5F2MA 5G2WA 2GQAA 4YCPA 5LSMA 3TC7A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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