1WDSA

The role of an inner loop in the catalytic mechanism of soybean beta-amylase
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
492
structure length
492
Chain Sequence
DSNMLLNYVPVYVMLPLGVVNVDNVFEDPDGLKEQLLQLRAAGVDGVMVDVWWGIIELKGPKQYDWRAYRSLLQLVQECGLTLQAIMSFHQCGGNVGDIVNIPIPQWVLDIGESNHDIFYTNRSGTRNKEYLTVGVDNEPIFHGRTAIEIYSDYMKSFRENMSDFLESGLIIDIEVGLGPAGELRYPSYPQSQGWEFPGIGEFQCYDKYLKADFKAAVARAGHPEWELPDDAGKYNDVPESTGFFKSNGTYVTEKGKFFLTWYSNKLLNHGDQILDEANKAFLGCKVKLAIKVSGIHWWYKVENHAAELTAGYYNLNDRDGYRPIARMLSRHHAILNFACLEMRDSEQPSDAKSGPQELVQQVLSGGWREDIRVAGENALPRYDATAYNQIILNARPQGVNNNGPPKLSMFGVTYLRLSDDLLQKSNFNIFKKFVLKMHADQDYCANPQKYNHAITPLKPSAPKIPIEVLLEATKPTLPFPWLPETDMKVDG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural analysis of threonine 342 mutants of soybean beta-amylase: role of a conformational change of the inner loop in the catalytic mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-amylase
molecule tags Hydrolase
source organism Glycine max
total genus 185
structure length 492
sequence length 492
ec nomenclature ec 3.2.1.2: Beta-amylase.
pdb deposition date 2004-05-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01373 Glyco_hydro_14 Glycosyl hydrolase family 14
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1wdsA00
4M24A 3VDCA 3VPLA 1GVIA 5HXMA 1VJZA 1HF6A 5E9AA 3VIJA 2W92A 1JZ8A 3SCUA 1HT6A 1MQQA 2EPOA 3WMCA 1GW1A 3A4XA 2CITA 3ARPA 2D23A 1CXEA 4U3CA 2YBUA 3T0AA 4HOZA 4H04A 1QI0A 3PTQA 3VX1A 4BCEA 4H8HA 2FHBA 4PMUA 1UR9A 1L8NA 2J8GA 2DT2A 3CMGA 4W8BA 1QI5A 3OLDA 1W1VA 4D1JA 1WNOA 1TR1A 4AZ7A 4F9DA 1ZBWA 4BZYA 3L4VA 1RP8A 2PWGA 3ZJ6A 2WHLA 5A3HA 2PBOA 3BLPX 4LYQA 2BVYA 5GPRA 1CTNA 1TVPA 1CXKA 3IJ7A 3BAWA 4P7NA 3OG2A 2YA1A 4W89A 1BG4A 2F2HA 3EMQA 3O6AA 1ZU8A 4QLKA 2XFFA 4PTXA 2C8NA 4FMVA 2XJ7A 1EDGA 1M01A 4PMZA 1UKPA 3TONA 1H49A 5M17A 4UOZA 1JYVA 4MB4A 3WUBA 3OLEA 3VGDA 1BYCA 1Q6CA 2W5FA 4F79A 1A3HA 3WH9A 4DM1A 2ZXAA 4RE3A 3I3EA 4U33A 3WMBA 1DP0A 4L4OA 2YA2A 4W93A 4XUYA 3NIYA 1PIGA 2YL8A 5HPOA 4ACZB 1KXTA 2D0GA 4H8VA 4ATDA 3VMNA 5JIPA 3CLWA 1UD4A 1CIUA 1ISZA 2V3FA 1P6WA 3RCNA 4EANA 4TX6A 4KGJA 2ZIDA 3QHOA 3WQ5A 1WDPA 5LA2A 4LQ1A 2BXYA 1M04A 3VGFA 1TA3B 4M29A 4JAWA 3RDKA 1QI3A 3CHFA 2Y5EA 4MNMA 3SUUA 4W7WA 3AHTA 1OM0A 1UWUA 4UQCA 1KGUA 1CPUA 1KCKA 4MDPA 1M03A 5I0DA 1XD0A 3N15A 1CGVA 3FAWA 3B9EA 1CNVA 4AD1A 1CENA 2WHMA 4UQDA 1KQZA 3CHCA 1W32A 3THDA 2BVDA 1EQCA 1E56A 1U2YA 1EGZA 1LL6A 3PZ9A 1J12A 2VNCA 4AZ5A 1OT1A 1UH3A 2VOTA 4MADA 4TVUA 5IHSA 3QOMA 1NOWA 1D7FA 2YLLA 5A8QA 1HP4A 5FIPA 4UNIA 2ZXQA 9CGTA 3AIQA 2Q8XA 1MVYA 4PN2A 4PMXA 5A6SA 1HJUA 3VIPA 4TXEA 1QW9A 4PRWA 3N13A 2VT0A 2DH3A 3M6DA 3SCVA 4W86A 1CXHA 2GK1B 1JZ5A 2OYLA 1UWRA 1MW1A 3CZJA 2BFGA 1JAKA 1W2VA 2XVPA 5LYRA 2WPGA 4CKQA 2UWFA 3CGTA 3E1F1 3GDBA 5A8OA 4UFMA 1VAHA 2FHFA 3HU7A 1LQ0A 5BYWA 4D6CA 3RM8A 4ATWA 3KL3A 4IPLA 1TMQA 3OB8A 3VX0A 3EDFA 3DYPA 1E5JA 2A3BA 2IXUA 3WFLA 1IT0A 3BSGA 1R86A 2ZXBA 1B0IA 1CXIA 3MS8A 4AIEA 1ZBVA 1BAGA 3BAYA 5DEZA 3QHNA 1BF2A 3AYRA 2ZUVA 1H1NA 3HJEA 2ZX8A 5M5DA 3I3DA 3RM4A 2WYSA 2YIHA 2J7GA 2MANA 2WVVA 5GNXA 1PZ3A 2CERA 3NCOA 1NWSA 1UA3A 1JF6A 3SUSA 2AOSA 1XH2A 2BVTA 3FY1A 2XIIA 2DSUA 1QHOA 3BMWA 3ZMRA 4JKLA 2ZUUA 1QI2A 2GDUA 3LPGA 1V3LA 1FP9A 4XV0A 3AI0A 1ISWA 3K1DA 3IK2A 2E4TA 2O9TA 3DYMA 1BPLB 3CPUA 4B3LA 4MJ4A 4GINA 1UR1A 4PTWA 1E43A 5BCAA 2ZX7A 3AS3A 4KWUA 3VD3A 4FLRA 2RGLA 4HMEA 3K8MA 1WDQA 1W9DM 2NT1A 4M8UA 4CD5A 2EPKX 5BWFA 2XUCA 4B9ZA 4MB3A 1UD6A 1E1EA 3RM9A 4GZJA 3WD4A 2CBVA 1WZMA 1E0XA 3AS0A 4AIOA 3U7BA 4Y7EA 3VNZA 3WQWA 1NARA 1G5AA 1LJYA 2ZWZA 3ZM8A 4BF7A 3VIFA 4CGTA 1FH8A 2VO5A 1V6XA 3OIHA 2Y2WA 4AY1A 3WDIA 5I5RA 1WP6A 4KMQA 2VRQA 4YN5A 1PBGA 4AC1X 4UZSA 2YJQA 4DWSB 1PIFA 3OZOA 1VF8A 4OJYA 2DQXA 2YKKA 1C7SA 1KB3A 1E70M 4WJXA 3UEQA 4NI3A 4DWSC 3WEOA 1XC6A 3BCFA 1A47A 2GJPA 3PZTA 5DT5A 4W87A 1FOBA 2IXVA 1HJVA 2EQDA 2WC3A 5JBFA 1J18A 2VURA 2C7FA 2J7FA 2O9PA 1UA7A 3NJ3A 1FA2A 3K46A 1NOFA 4RE4A 3SCQA 1GORA 4XZBA 1OD8A 1RPKA 4GQQA 3POCA 2JIEA 5HDRA 2XVLA 3J7HA 3MMDA 3GXDA 1BLIA 2ZWYA 3EMCA 5E0CA 1NH6A 1BHGA 4F66A 3ZO9A 1HL9A 1UKQA 3CUIA 3UERA 2CYGA 2X0YA 4ZENA 3MANA 1CECA 1CDGA 1EDQA 2DSWA 1HKKA 1B3ZA 1WPCA 3VM5A 2UY4A 1H5VA 1E55A 3SCNA 4CN1A 4QDMA 3VIMA 6A3HA 1JZ3A 2VCAA 1KQYA 7CGTA 3ARXA 1H0GA 2GJXA 4HA3A 5M03A 3AXXA 1JGIA 4W85A 5CXPA 1W1PA 2BNJA 4WK9A 4P7RA 4PMNA 3II1A 4PSPA 4B3KA 2DSVA 5M3WA 3CMJA 3K4AA 1KR0A 5GNYA 4WKFA 2QV4A 5HPCA 5BXPA 3M46A 3DECA 3U5YA 4CN6A 1QI4A 2ZUMA 4E4PA 4D6IA 4KGLA 3DYOA 4U5KA 2VZVA 1CGWA 2QHAA 3ARQA 1KBKA 5DO8A 2O9RA 5BXRA 2QMJA 4U3AA 3O2LA 1V3HA 3N1AA 2WZIA 3PHAA 4AZ6A 3DHUA 1CYGA 1ODUA 2XGBA 4ACYA 3OLIA 3QGVA 5A8PA 3KL0A 1I1WA 4H41A 2W4XA 2ZUNA 4W88A 4A4AA 3FXYA 1UKOA 2CPUA 1TG7A 3GH4A 3WQ6A 5E0FA 3WD3A 3B9AA 4AYSA 1XV8A 1J0HA 1NQ6A 1E71M 2JF6A 3AIEA 4ATLA 1CGXA 5DFAA 2AAAA 1N82A 3ARSA 3QHMA 3MUZ1 1Q6GA 1VEOA 2XVKA 1QNSA 5CLWA 4U2YA 3VUPA 1QNPA 5E6ZA 5GQBA 4C7DA 1HVXA 2UY2A 4V28A 2NW0A 2PB1A 3S6TA 3CTTA 1NWTA 3WH6A 1J0JA 3T0DA 1QBBA 1V3KA 2FHCA 5EFDA 5A6LA 2QPSA 3ZOAA 1FH7A 5KEZA 3SCPA 2JFEX 3MU7A 1ZS2A 3PZGA 3ZSTA 4BA0A 5EBAA 4OKDA 2WBKA 3MSGA 4PCTA 1HNYA 1E3XA 4BS0A 1HKMA 4D6EA 1KXHA 1TVNA 1JYWA 3VD9A 3A3HA 2A3AA 4IISA 3UR8A 3D5HA 1W1TA 2XVGA 3AS1A 2YL9A 3SIMA 1B31A 1W9XA 4M80A 1KGXA 5F7UA 3EMZA 2VVNA 5ABHA 4Z2IA 2VZTA 1B9ZA 1DWFM 3WF1A 3TA9A 4PMDA 3VMOA 2G3NA 5TD4A 3S2CA 2CBJA 1UOKA 4LYPA 1WZAA 4WKHA 1W3KA 4W8LA 3W82A 1FFQA 1EO7A 4GO8A 2OSXA 3WUEA 3GNRA 1DWAM 1OB0A 3ARUA 1JZ7A 2X0HA 3U5UA 1E15A 1MQPA 2BY2A 2DGAA 5D4YA 3AROA 2A3HA 5BXSA 3ZR6A 3VKKA 2CHNA 3I3BA 3WH5A 2JIWA 1C3FA 3AS2A 4HPGA 4PUDA 3A6OA 4FLQA 1LL4A 3EDEA 1UYQA 3BAJA 1QNOA 2J78A 3ZIZA 2XPKA 1WO2A 3CZ8A 2QMKA 1BG9A 3PZMA 1W9VA 4D6GA 4HPHA 2BXZA 3ZT6A 3MSDA 3WDPP 4AZCB 1E6ZA 2BY0A 1B3WA 2W62A 3VIHA 4AD2A 2DT1A 3MUIA 1BFNA 5A6JA 4F9JA 1W3JA 2V3GA 3L4TA 2ZX6A 3T0BA 1CZ1A 2FDMA 1XGZA 3M07A 4PMOA 1EIBA 1E3ZA 3N18A 2WHJA 4JIEA 1GJUA 2WMGA 1MXDA 2VZSA 4DM2A 4TX8A 5C70A 2J7CA 3A4AA 4J3VA 1V6YA 1UWTA 3WY1A 3AMKA 1PJ9A 3UESA 3UCQA 5D8ZA 5ABFA 1IZKA 2CHOA 1H41A 1EXPA 4S3KA 2O92A 4OZOA 1E4LA 5BRQA 1I75A 2XIBA 1KXVA 3BH4A 4UFJA 4D6HA 4QCFA 1HKIA 4P8VA 3CH9A 2WWCA 3AMGA 1GVYA 1QPKA 1UUQA 5A8MA 1JD7A 1KCLA 2G4FA 5BROA 4CD4A 1WDSA 2C0HA 4OOZA 3FHQA 1IZJA 1GHRA 1ZBKA 3GTNA 4GI9A 3NDZA 3NSXA 1JG9A 3WBAA 3WSUA 1D3CA 3W6LA 5HNNA 1WB0A 3OGSA 1WZLA 4PMVA 1ESWA 1ODZA 3SCSA 4A3YA 1V6WA 1V3JA 5A6AA 3AMCA 4QFUA 4XX6A 3SCTA 1ISVA 2PI6A 2WMIB 1K9DA 4W8AA 4WIWA 2WC7A 2W91A 2VQUA 3PZNA 1V03A 4X0NA 5E09A 2VRKA 1VFOA 3AXHA 1ZJBA 3AHXA 5A2CA 4UQAA 3BAXA 2G41A 4AZBA 2FGZA 1WKYA 4GKLA 4QAWA 1YHTA 2DSKA 3T08A 2PC8A 1E6QM 3IAQA 3ZJ7A 1JZ6A 1Y7VA 3CHEA 3N04A 1BVNP 3RJXA 2OWCA 2D20A 2BV9A 3PZUA 5ABGA 3VINA 4A3HA 4UQ9A 1ZJAA 4W7VA 4ACZA 2J7EA 4Z2HA 2VTFA 3ZJKA 5CPTA 2WVVB 3G6MA 1KXQA 1E6PA 4GI6A 3MMUA 3VGHA 2EPNA 4HOXA 4QP0A 1NM9A 1JDDA 1BYBA 4N42A 3BAKA 2VX7A 3WL0A 1LG2A 2D22A 2WLZA 2O9OA 1KWKA 1TA3A 3WUFA 4Q7NA 1BYAA 1AMYA 4C7GA 4WSKA 1QNQA 3VDHA 5I78A 2VR4A 5GNZA 1V08A 2X09A 4U2ZA 3FHAA 3ARZA 4MTVA 4JHOA 1UG6A 4M82A 1UD3A 3CUGA 4OOUA 1UH4A 4CD6A 1WCGA 4JCLA 1W3LA 1H0IA 3WUGA 4LXFA 3WQ4A 3VO0A 1EHNA 1UR8A 2DSZA 4HMDA 2VMFA 1DEDA 5LA1A 1NP0A 1JF5A 1V0MA 1XH0A 3BSHA 1JL8A 1OWQA 1UR2A 3G6LA 4NZCA 3AHVA 4ZEPA 2CEQA 1HP5A 1EHAA 3KWXA 2ZXDA 2OWXA 3CUFA 3DC0A 1DWGM 4CCEA 2J77A 2GUYA 2XM2A 2XGIA 4UFHA 1H4PA 3AICA 2W63A 5EMYA 4JCMA 4WSJA 5FD0A 1M7XA 1J0KA 5I24A 3CZEA 3IJ9A 3ECQA 2DIEA 2W66A 4KRTA 3QOKA 3VMPA 2GK1A 5CSUA 2J4GA 2UY3A 3SCWA 3WNKA 4PCSA 3SUVA 1JI2A 1OIMA 1VRXA 2XHYA 3EDJA 1XHGA 1L0PA 3MO4A 5ABEA 2DT0A 2V5CA 1BGAA 1UQZA 4NRRA 4KH2A 4AZIA 1K9FA 4JL1A 1FH9A 4GPNA 3UG5A 1GOKA 1V0LA 2VL4A 2VJXA 3WKZA 3VNYA 5I79A 5C8BB 4PUEA 2WCGA 1UWSA 4MNJA 4CU6A 3O9NA 1OGSA 2CXGA 3EBVA 3PZQA 3L2LA 2GDVA 4JFWA 1UZ1A 4UOQA 4H8UA 3WQVA 4IM4A 4AZHA 2E8ZA 4CVUA 5I3DA 2VX5A 4OBRA 1F4AA 3OGRA 1C93A 3AMDA 3UETA 5BXTA 4CVWA 1EA9C 1H3GA 3SUWA 3WH7A 1QOXA 2XG9A 4P7QA 4NRSA 4TTUA 1LLOA 3GZAA 3U7VA 1BTCA 3KE0A 3VILA 4ZXLA 1C8QA 2WZHA 1G94A 1UHVA 4CU8A 5CGTA 6CGTA 2CETA 1JI1A 4XB3A 3THCA 3KL5A 3BCDA 3IANA 5I6SA 4U5IA 3VIOA 2D3NA 2FH6A 2J47A 5DF0A 3AYSA 1EDTA 2DH2A 2ZX9A 2ZUWA 1HJSA 1MW0A 3F5JA 1R85A 1B30A 3TTSA 3NSMA 1VIWA 2GVYA 1B3XA 2CESA 2WNWA 4U31A 4HZ7A 2X2YA 1FP8A 3VU2A 3TTQA 5I77A 1V3MA 4UCFA 4D6DA 1PX4A 1ZB5A 1W91A 1E6SM 1GONA 1LG1A 4IPNB 3WN6A 1PZ2A 2Y8VA 3ZR5A 1XD1A 4MJ2A 1IV8A 1JZ4A 1TZ7A 2FGLA 3L2MA 4EK7A 4J27A 3ALFA 1HJQA 2V3EA 1B1YA 3F4VA 4FLOA 2A3CA 3W38A 1GCYA 2E8YA 2WKLA 3APGA 1B3YA 1G9HA 3GBEA 3N11A 4C7FA 1Q6EA 2OYKA 1UR0A 4GZIA 2HVMA 1FHLA 1D2KA 1JYNA 2WHKA 1VJSA 4EE9A 2VX4A 1XCXA 4P8XA 3W28A 3L4YA 1K6AA 4HZ6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4M24 A;  3VDC A;  3VPL A;  1GVI A;  5HXM A;  1VJZ A;  1HF6 A;  5E9A A;  3VIJ A;  2W92 A;  1JZ8 A;  3SCU A;  1HT6 A;  1MQQ A;  2EPO A;  3WMC A;  1GW1 A;  3A4X A;  2CIT A;  3ARP A;  2D23 A;  1CXE A;  4U3C A;  2YBU A;  3T0A A;  4HOZ A;  4H04 A;  1QI0 A;  3PTQ A;  3VX1 A;  4BCE A;  4H8H A;  2FHB A;  4PMU A;  1UR9 A;  1L8N A;  2J8G A;  2DT2 A;  3CMG A;  4W8B A;  1QI5 A;  3OLD A;  1W1V A;  4D1J A;  1WNO A;  1TR1 A;  4AZ7 A;  4F9D A;  1ZBW A;  4BZY A;  3L4V A;  1RP8 A;  2PWG A;  3ZJ6 A;  2WHL A;  5A3H A;  2PBO A;  3BLP X;  4LYQ A;  2BVY A;  5GPR A;  1CTN A;  1TVP A;  1CXK A;  3IJ7 A;  3BAW A;  4P7N A;  3OG2 A;  2YA1 A;  4W89 A;  1BG4 A;  2F2H A;  3EMQ A;  3O6A A;  1ZU8 A;  4QLK A;  2XFF A;  4PTX A;  2C8N A;  4FMV A;  2XJ7 A;  1EDG A;  1M01 A;  4PMZ A;  1UKP A;  3TON A;  1H49 A;  5M17 A;  4UOZ A;  1JYV A;  4MB4 A;  3WUB A;  3OLE A;  3VGD A;  1BYC A;  1Q6C A;  2W5F A;  4F79 A;  1A3H A;  3WH9 A;  4DM1 A;  2ZXA A;  4RE3 A;  3I3E A;  4U33 A;  3WMB A;  1DP0 A;  4L4O A;  2YA2 A;  4W93 A;  4XUY A;  3NIY A;  1PIG A;  2YL8 A;  5HPO A;  4ACZ B;  1KXT A;  2D0G A;  4H8V A;  4ATD A;  3VMN A;  5JIP A;  3CLW A;  1UD4 A;  1CIU A;  1ISZ A;  2V3F A;  1P6W A;  3RCN A;  4EAN A;  4TX6 A;  4KGJ A;  2ZID A;  3QHO A;  3WQ5 A;  1WDP A;  5LA2 A;  4LQ1 A;  2BXY A;  1M04 A;  3VGF A;  1TA3 B;  4M29 A;  4JAW A;  3RDK A;  1QI3 A;  3CHF A;  2Y5E A;  4MNM A;  3SUU A;  4W7W A;  3AHT A;  1OM0 A;  1UWU A;  4UQC A;  1KGU A;  1CPU A;  1KCK A;  4MDP A;  1M03 A;  5I0D A;  1XD0 A;  3N15 A;  1CGV A;  3FAW A;  3B9E A;  1CNV A;  4AD1 A;  1CEN A;  2WHM A;  4UQD A;  1KQZ A;  3CHC A;  1W32 A;  3THD A;  2BVD A;  1EQC A;  1E56 A;  1U2Y A;  1EGZ A;  1LL6 A;  3PZ9 A;  1J12 A;  2VNC A;  4AZ5 A;  1OT1 A;  1UH3 A;  2VOT A;  4MAD A;  4TVU A;  5IHS A;  3QOM A;  1NOW A;  1D7F A;  2YLL A;  5A8Q A;  1HP4 A;  5FIP A;  4UNI A;  2ZXQ A;  9CGT A;  3AIQ A;  2Q8X A;  1MVY A;  4PN2 A;  4PMX A;  5A6S A;  1HJU A;  3VIP A;  4TXE A;  1QW9 A;  4PRW A;  3N13 A;  2VT0 A;  2DH3 A;  3M6D A;  3SCV A;  4W86 A;  1CXH A;  2GK1 B;  1JZ5 A;  2OYL A;  1UWR A;  1MW1 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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