5EKYA

Crystal structure of deoxyribose-phosphate aldolase from escherichia coli (k58e-y96w mutant)
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
248
structure length
248
Chain Sequence
DLKASSLRALKLMDLTTLNDDDTDEKVIALCHQAKTPVGNTAAICIYPRFIPIARETLKEQGTPEIRIATVTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAWGADEVDVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLKVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADFIKTSTGKVAVNATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFKPAGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADARHYRFGASSLLASLLKALGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Lyase
molecule keywords Deoxyribose-phosphate aldolase
publication title Mechanism-based inhibition of an aldolase at high concentrations of its natural substrate acetaldehyde: structural insights and protective strategies.
pubmed doi rcsb
source organism Escherichia coli
total genus 106
structure length 248
sequence length 248
ec nomenclature ec 4.1.2.4: Deoxyribose-phosphate aldolase.
pdb deposition date 2015-11-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01791 DeoC DeoC/LacD family aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 5ekyA00
4JY9A 5I3FA 1ME7A 2CZDA 1OX6A 2DU2A 2E5CA 4FNUA 4O0KA 4OHQA 4YXGA 5E1QA 3NAVA 3PSVA 4ZQNA 1T99A 4N02A 3RMJA 4PC8A 1Y0EA 1YXCA 5AHMA 1FQ0A 1VPXA 1JCYA 1J2WA 3UWQA 4LS0A 1TV5A 3W7MA 1V5XA 3W85A 4PL1A 1RQEA 4LNYA 4AH7A 5AOUA 3NQ8A 4IX0A 4NNCA 1XBXA 1DHPA 4LVBA 2Q3RA 3NPUA 4RJEA 2J9XA 2WO5A 4K36A 3GX9A 2NXHA 3TROA 3LI1A 1XXXA 2QKFA 1KLYA 3W7LA 1JUKA 1WBHA 2D73A 5CPLA 3JR2A 1WYIA 3M6YA 5DXXA 4N2YA 3HG2A 2C6QA 2NV1A 3LXAA 5A8GA 3T7VA 4UTHA 4HNTA 3PAJA 2QAPA 3G0UA 3F1QA 1H7RA 1G6CA 5D37A 3LDVA 3LXBA 2YYTA 3A24A 1QPOA 4MPQA 1LZOA 4LS2A 1WBJA 3RF9A 5K3VA 1ZALA 3EX3A 1VYSX 4QITA 3TH6A 4WQ6A 1K7EA 3TSBA 3CIXA 1P0NA 4MLJA 4FNTA 2XN2A 4LC8A 1LLWA 3CT7A 4ADUA 3L67A 5I3KA 4E2BA 1H7NA 3FYPA 2FB2A 3LTSA 4K37A 1GVRA 3ZR4A 5HUPA 3LB0A 2BX7A 4AEOA 3MYOA 3MI2A 3FFSA 4O18A 5BW6A 3BO9A 3S1WA 1SQ7A 2C0AA 4QQ3A 2B7QA 3O06A 2J24A 3DI1A 1Z42A 3ZWTA 1WDWA 3STFA 1PCWA 2RDUA 3E02A 5KMYA 3DFSA 1SUXA 4WX2A 2I14A 1TO3A 1VJIA 4WY0F 3HPZA 1H1ZA 5CZSA 2ZRXA 1GT8A 1TPFA 4HSOA 5LNRA 1Q45A 1U83A 1H63A 1LBFA 1FWNA 5I3JA 1Z48A 3VCRA 3FS2A 1A5CA 1O5XA 3IIXA 3S5NA 2ZA2A 5FEXA 3LTPA 1ADOA 4NNAA 3DFQA 5T26A 5D02A 2QCHA 3EX1A 2YXGA 1IF2A 3DGRA 2NX3A 1X7FA 2AAMA 1KFEA 3WK3A 2TPSA 3NG3A 1XUZA 1H5YA 4DF0A 3PBUA 3M5XA 4FIQA 5D32A 3BW2A 5HNRA 3HJZA 3HG4A 1DORA 3R8RA 2OMAA 5TIMA 4NUWA 4C1KA 4LS1A 3LV5A 3LRKA 5H91A 3EWXA 3LLFA 4KFNA 2CLFA 3GK0A 3HBLA 3IVTA 2VFFA 2OT0A 1XKYA 3L0NA 1K02A 3NQMA 5EBUA 1I2OA 1SZGA 1ZJIA 4Z1DA 3R5EA 3NL6A 4DF1A 2ZYFA 1H7OA 1MO0A 3VNDA 2LLEA 4Z0SA 1VYPX 4UFKA 2YW4A 3BPWA 6TIMA 3S1XA 1UUMA 1AW1A 2AQWA 3G18A 2V2CA 3LGEA 2F7FA 1H51A 3PULA 3KRZA 2Y62A 2NLIA 4O52A 4LRSA 1SU5A 2TSYA 4NVTA 3LCIA 1IXNA 1OYBA 3GNDA 1A5AA 2HMCA 2Y85A 3P74A 5F2MA 3FIGA 1C29A 2VEIA 4JD4A 3GXNA 4GUIA 2H3DA 1QOPA 5CKSA 3TUUA 2FPYA 1LRNA 1T96A 3IGXA 3P5ZA 4LW7A 4RZ4A 3P81A 4FF7A 4MY8A 2HS6A 4AWSA 1KM1A 3B03A 2RH9A 4DBDA 1FWTA 4O4WA 1W3TA 1TTPA 2QCFA 2Y7EA 3P82A 1ONRA 3KHJA 1ICSA 2ZZ2A 1YLVA 5D05A 2XN0A 3S42A 2P0OA 3ABSA 1O4UA 1EA0A 3G1YA 4UTKA 2JGQA 3OEXA 5K4ZA 2QJIA 3PUOA 2OJPA 3W1LA 3NL2A 1VLIA 4KKXA 4KWVA 2ZZ1A 1BWKA 2YPIA 3BLIA 4OV9A 3KRSA 1LDCA 5I3IA 3MYPA 4DF2A 4MY1A 4MZ1A 4Z0JA 3QRHA 5HWJA 3EWBX 4OWGA 4PFMA 5C6MA 4RLIA 4M19A 1KM4A 2QCCA 5KITA 2FB3A 1PHWA 4DBEA 5D04C 1QPQA 4K7YA 4UTTC 1DQXA 3A21A 3PUDA 3W07A 1W56A 3P8IA 3QF0A 2R14A 2EPHA 4OQVA 3OVRA 1EEPA 1L6WA 1Z44A 2YGYA 4TMBA 5G5IA 2JGYA 3DKJA 3RK8A 2A6NA 2FTPA 4DO5A 4B5NA 1GG0A 1GVQA 2WSRA 1FXQA 4I7UA 4K8EA 3TCEA 4NZJA 5HWNA 4UTIA 3KOFA 2NV2A 4M7TA 1H61A 2C19A 4M6QA 4AWTA 2ZA3A 1K3UA 4GRSA 3W3OA 5I3GA 1ZAHA 4LVAA 4ZQMA 2YR1A 1OF8A 2VC6A 2JK2A 3CLMA 4BI7A 1OJXA 4AHOA 5D09A 1EP2A 4NXKA 1TV8A 4FXSA 2A7NA 1W0MA 5GVJA 3QM3A 1DKWA 3MP3A 1HFBA 1AL7A 2WOQA 5C5YA 1AW5A 3M5ZA 1TQXA 3FKKA 1TPB1 1BWLA 3L5AA 4IUOA 3W87A 3BK0A 2X1RA 1O60A 4ORMA 2Q8LA 4O13A 3UZJA 4DO4A 1XFBA 3KAOA 4M6VA 2J6XA 1WV2A 3TC7A 5LNWA 1BKSA 3P7YA 3G8EA 1SW7A 1D3GA 3SW6A 4POCA 3CM4A 3GVGA 3K30A 2ALDA 3HO8A 1LM1A 4BR1A 3HMJG 2VFDA 4BI5A 4A2SA 2I9EA 2NX9A 5CSRA 2QCDA 5C54A 3RNDA 3LXCA 4JX4A 1S5TA 3NQVA 3GAKA 4O1AA 3PS7A 2O7SA 4LVGA 5E93A 1ALDA 3KX6A 2X1SA 4O17A 3HF3A 1M7PA 1U5JA 5AB3A 1KFJA 4O28A 5MHBA 3ABRA 1KA9F 3BLEA 1LYXA 5AC6A 5DCEA 3DENA 4XTIA 3DAQA 2FJKA 4JR5A 2VOMA 4HPJA 1OG0A 4XBKA 4PODA 2ZZ5A 3WFAA 1W3NA 4FHAA 2FPVA 3IIVA 5K9DA 3DFTA 1GYNA 3W74A 1GYLA 3HGJA 1TB3A 4FO4A 4JEQA 1GOXA 2YFNA 2VKZG 3W2LA 1K8XA 2HTMA 3G3MA 1H60A 2Y88A 3LOTA 3NO5A 3Q2DA 1K03A 1W8SA 3PBVA 1YTEA 2QJHA 4N6FA 4YWIA 4DPQA 4Y96A 4R34A 1LP6A 3NPWA 1YYAA 4N9CA 3STCA 3LM7A 3N34A 3LBCA 3BG9A 4IXXA 1VCGA 3DH7A 3BGJA 3W88A 5DY3A 2H90A 4HN4A 3TE9A 3G1FA 5IM51 2Z0IA 2C18A 4O53A 2WJZA 5AYYA 1W5NA 4TR9A 1Q6LA 3ABOA 1D3HA 3L66A 4IMFA 3I7RA 4JTFA 4EOUA 5TQLA 3HIJA 4JTUA 5HULA 3HG3A 1HG3A 1J4EA 1NF7A 4MLRA 4UFHA 4ZZ9A 3M1ZA 3EWWA 3QMTA 3E96A 3OIXA 3KVLA 1VZWA 3EX6A 5G4WA 3GZ3A 1OFEA 2QUVA 1Q6RA 5AHIA 3O16A 4FX7A 2O7QA 1JCMP 3NQEA 4JTLA 4XKYA 4HIBA 2GJLA 1ICPA 3NZRA 1P4CA 1QNVA 3W76A 4CQAA 1EP3A 3O8AA 4QIUA 3ZFHA 3CEUA 3PC0A 3E9AA 2ZRUA 1YPIA 2WSQA 1K7XA 4HNNA 3SFKA 2Q3OA 1OF6A 2E09A 1DOSA 2VXNA 4R33A 3TK7A 1RVGA 2VEPA 1QCWA 4G1KA 4JYFA 4AB4A 3MI3A 3H54A 2PRMA 4UTMA 4Q32A 1R2TA 3RU6A 1I2NA 2GUUA 2ZZ7A 2R94A 3W1QA 3IVSA 3QSRA 1UB3A 2VFIA 2PCQA 4ADSA 3I7QA 4OU1A 3W7KA 1XCFA 3QW4B 5F2IA 2R91A 4K38A 1F05A 1A53A 3W7JA 1LORA 3G1HA 3EXTA 4UTWA 3GXPA 1SO6A 1FDZA 1JCNA 1L6SA 2ZDRA 4MY9A 3PM6A 1X1ZA 4X3ZA 2WKJA 3O63A 3TJXA 3NQ2A 3RFAA 1JCXA 7TIMA 3PBYA 1OYAA 1EUAA 1XC4A 1FDYA 1TPVA 2WQPA 2V0TA 4FEZA 3YPIA 1DVJA 3KVKA 3R12A 3LV6A 3TW6A 1O94A 1RR2A 5F4SA 1OFPA 1K8ZA 3NPVA 3P8JA 3DHDA 4UTTA 2W79A 1SW0A 2RDWA 4TX9A 5CG7A 1H62A 3PUEA 4UTLA 3GDKA 3MHFA 3TV8A 1KLZA 2V8ZA 4O8RA 2F84A 4Y8FA 2ISVA 3GB6A 2Y61A 1I2PA 2Y63A 1G7VA 3W23A 3W86A 4QNWA 5J5DA 4UFIA 2V82A 3TIMA 5AHFA 4MYAA 2V9DA 4LV9A 1JRCA 1TREA 1KV8A 4AAJA 1FCBA 5U7SA 3W7QA 2ZFAA 1R30A 3KVMA 1H50A 5HINA 1TPUA 2ZTJA 3LRMA 4YL2A 1JR1A 5H2ZA 2TMDA 5G2HA 4JY8A 1GJPA 3TXZA 1CW2A 2WNZA 1I4NA 4PL2A 3LERA 3WJWA 3LX9A 5FF0A 2WNQA 1KBIA 1X1OA 1P1XA 1RV8A 1W5PA 1OK4A 3MP4A 3STGA 3NVTA 3SR7A 2X1TA 1YXYA 5EYWA 2GOUA 4IWWA 1C8VA 1VLWA 4JDYA 3G0SA 3MMTA 4O4VA 4LC6A 4RK8A 1XDMA 5AFDA 4PTNA 1SZEA 2VEMA 1DL3A 4HSNA 1VR6A 4RKAA 3DFOA 1XUUA 4XBSA 3LHTA 1TIMA 2H6RA 3ANYA 5CPMA 1ZHAA 2CLMA 1B4EA 1ZNNA 3WK1A 3IV3A 1IIHA 3SZ8A 1R46A 2NZLA 3TJLA 5DXYA 4JX6A 4KFPA 2I1OA 1THFD 3NL3A 3O07A 1KBJA 1TQJA 5EPDA 3Q94A 1IXPA 1QPNA 5DLCA 3N2XA 2ZZ4A 3NR0A 4JTHA 3W7RA 2Z6IA 1LTDA 1JULA 4IMGA 3SSJA 4A21A 3CU2A 3EKZA 1OX4B 3ABQA 5LZLA 3P62A 1O5KA 2NUYA 3RLVA 4M6PA 2R8WA 3TX9A 3W84A 2H8XA 3DKLA 4XZ9A 1FX6A 3HPSA 4NXSA 4N6EA 4X22A 5F2GA 4NJGA 4ONVA 2VFHA 4RXGA 3H55A 4IMEA 3IIPA 1Q6OA 1UUOA 3W22A 1DQWA 4WY0B 3QPZA 2X2GA 4K6AA 5J5RA 4UUIA 3DFNA 1ZCOA 2C3ZA 2ZZ3A 4H3DA 1AG1O 3PSWA 4RX0A 3N9SA 4M7SA 3M16A 3DI0A 5LKYA 2WV8A 2BTMA 1FY6A 3CQ0A 3AO0A 4AF0A 3EB2A 2PE4A 2B7PA 2QCEA 4LWWA 2A6LA 3VFLA 3QYQA 4JS3A 3U8GA 4JYEA 5DBTA 2X1UA 2EF9A 4OE7A 1SFJA 1LOSA 3NEVA 5DCDA 4JIPA 4O50A 5TBOA 4JGDA 4IQLA 4ZQOA 1M7OA 3NQCA 4ADTA 3HOJA 2C13A 5LNUA 4R53A 1P5BA 1Q3NA 3B04A 1TYGA 3LCFA 1OHLA 3NA8A 4IOTA 3VE7A 2PRLA 2P10A 1TPC1 3DU0A 3CC1A 2Z2UA 3G24A 4FNRA 4HHPA 4EIVA 3UYCA 5DN1A 1XBZA 1TMHA 5AHNA 1JCLA 3Q37A 3W7GA 2J27A 4FX6M 1TPWA 4JTEA 4IPIA 4WXZA 1LBLA 3W7DA 2NWSA 2QCNA 3OVPA 2EAWA 3TAKA 4I9AA 1FDJA 1CI1A 4H4IA 3I7SA 2WSYA 1QMLA 5FEZA 4CNPA 3FOKA 3O1NA 5D03A 2A85A 4O54A 2FIQA 4FNSA 1VH7A 4UTWC 4EF8A 3NQ7A 3TSDA 3I65A 2ATMA 1EX5A 1XBYA 3IEBA 4FB7A 1PIIA 1KFBA 3UXAA 3QH2A 2E5DA 3PB2A 4AHPA 4LOCA 4IGHA 1TPEA 5AYXA 1WQ5A 1S5WA 1UBSA 2V5LA 3E12A 2FLIA 1MZHA 3L65A 2BXVA 1FBAA 1G69A 3NM1A 3L5MA 1QOQA 1D9EA 3TDFA 5CPOA 2E6YA 1GPWA 3FEMA 1WA3A 5A5WA 1W37A 2VELA 3L9CA 1RQHA 3B0PA 1PCKA 2X30A 1M5WA 3D0CA 1XM3A 4UMCA 3G22A 3UWYA 1EWEA 4QNEA 3TMLA 2TRSA 3U6WA 3QFEA 1LOQA 1KV5A 4JNMA 2JKEA 2IQTA 5BRBA 1I2RA 3BW3A 3FJLA 2CZ5A 4JYDA 1OFAA 4GNJA 2QJGA 3THAA 4K39A 3WJSA 1H1YA 1MEWA 4TIMA 2DJLA 5HQEA 1X6UA 5DCBA 5AC8A 5D2WA 3QSTA 5C55A 1YDNA 1UASA 1OK6A 3W73A 3NQFA 3QQ0A 3T4CA 5C2XA 4MJMA 3GDRA 5D2VA 5F1UA 1FWWA 3NXFA 4HKPA 3N14A 2RHGA 4AMAA 4GUGA 3W7IA 2VFEA 1PV8A 2QEZA 2QF7A 2OX1A 3W70A 4KWWA 3MHGA 1ZFJA 3S8HA 2Y7GA 1SSGA 3AJXA 3M43A 2GPTA 2FFCA 4WXYA 1LRTA 2ATSA 4HNVA 4LRTA 3TNOA 3W1XA 3CEPA 5K9XA 3M47A 4AVFA 1HO4A 3GKFA 3NQ6A 4UNLA 2CZFA 2BLEA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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