1YPI | Genus

Total Genus 85

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	85
sequence length	247
structure length	247
Chain Sequence	ARTFFVGGNFKLNGSKQSIKEIVERLNTASIPENVEVVICPPATYLDYSVSLVKKPQVTVGAQNAYLKASGAFTGENSVDQIKDVGAKWVILGHSERRSYFHEDDKFIADKTKFALGQGVGVILCIGETLEEKKAGKTLDVVERQLNAVLEEVKDWTNVVVAYEPVWAIGTGLAATPEDAQDIHASIRKFLASKLGDKAASELRILYGGSANGSNAVTFKDKADVDGFLVGGASLKPEFVDIINSRN

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism	Saccharomyces cerevisiae
publication title	Structure of yeast triosephosphate isomerase at 1.9-A resolution. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	85
structure length	247
sequence length	247
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date	1990-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1ypiA00

3BARA 3P7YA 3T44A 2FB3A 1SSGA 3QW3A 4ORIA 4PTNA 3I65A 2HMCA 5DELA 3BG3A 4FXSA 1WX0A 4WOZA 1KLYA 4IMGA 2QCGA 4E2DA 1ME7A 4WY0F 5K2ZA 2VFGA 4A2SA 3WJZA 3TW6A 5LKYA 4YXGA 4K7YA 4O16A 4BFAA 2CLOA 1KFEA 4OQVA 3STFA 1XM3A 3P8JA 1K8ZA 3BW3A 1C8VA 3O05A 3ATZA 3GDRA 3ANYA 2ABAA 5AYYA 1A5CA 2J9XA 2V30A 5AC7A 2QCFA 2NX1A 4IPJA 2DZTA 3KRUA 1TB3A 3BGGA 4NZFA 4JD4A 3W07A 3TJXA 3E02A 1HG3A 1G6CA 2GQ8A 1W37A 1XBXA 1QWGA 2NX9A 1F73A 1TMHA 2QDGA 3TQ0A 1WBJA 3M5ZA 5AN7A 3S6DA 4O17A 2JKEA 2J9ZA 4JTIA 1IXOA 3F03K 1F6PA 3M44A 1GVQA 4UTIA 3PBWA 3W1RA 1G67A 3A9IA 3BLFA 2PC4A 4K38A 3PF3A 3JRKA 4WZHA 1EP2A 1KV8A 3EKLA 1A5BA 4FX6M 1F7BA 2C1HA 5EPDA 3C56A 2RKXA 3LI1A 2CLEA 3PS7A 2YR1A 1DQXA 4TO8A 5D2VA 2V5LA 2XN0A 3F1QA 3KVMA 1ZAIA 4ADTA 1NF7A 2YZRA 3INPA 3KVLA 5HUPA 5G2HA 1TRDA 1PV8A 3VCRA 3R12A 3MYOA 5CZSA 1PS9A 1KM3A 3A5VA 4HPJA 4BI6A 5KMYA 1JRBA 1SW7A 4DQWA 2JKAA 4UC5A 3TKFA 5K4XA 1VC4A 4RR4A 3PSVA 2ZRVA 1I2QA 3N14A 1GQNA 5D2YA 2C14A 2X1RA 2I1OA 4RXFA 4JTKA 4ML9A 1QAPA 2A7RA 5CPOA 4ZMGA 4JY9A 5K3VA 3LXCA 3OHIA 1TV8A 1ALDA 1JJKA 4LT9A 4H3DA 2V2CA 2GOUA 3LHVA 1TRIA 4LOCA 2QR6A 4N6FA 4WY0A 1FXQA 3FYOA 2C6QA 1FWRA 1FWNA 1W3IA 4PH6A 4O52A 1TPDA 2YSWA 2DJXA 4UIOA 1N55A 2XN1A 4FNTA 1HO1A 2CLKA 2J6XA 3A24A 5AC6A 3M7WA 4C1LA 1TQJA 4XUGA 2Y7FA 4ONVA 1WOAA 4Y90A 1J2WA 3PBVA 1KTBA 5HR6A 3TUUA 3NQDA 2VKZG 2A85A 4TMCA 1SO4A 1MO0A 3KAOA 4UUIA 4HN4A 5D09A 2R8WA 3C61A 2ZRZA 3W6YA 3GAYA 5LHFA 1XBZA 3GX9A 4DF1A 4A2RA 4ZQOA 1L9WA 2Y7GA 2D73A 2ZA1A 1G7UA 1P0NA 1Q6OA 3LTSA 3QYQA 1ADOA 3NL6A 3QPYA 4YWIA 2ZZ6A 4BI5A 3UXDA 3LCLA 5HR7A 4XKYB 3WFAA 1VYRA 1Q6QA 4UTLA 3OG3A 2H6RA 4KKXA 2YX0A 1OG0A 4Z0JA 3TAKA 4FNRA 5L9FA 3W1UA 2NZLA 5AB3A 3W7MA 3UPWA 4PC8A 1OYAA 2E1DA 2GUUA 1L6SA 3HPZA 2AAMA 4A3UA 4RK8A 3KRSA 1LBMA 4O50A 2BTMA 5H2ZA 3MBFA 3NNTA 2BX7A 5EY5A 1YPFA 1CX9A 4IMFA 2OCZA 4DPQA 1DQWA 3TC6A 2FTPA 1F2JA 3N2MA 3IRDA 4NX5A 5CZ0A 2VC6A 2E5DA 3EWZA 1D3HA 1GYNA 4QNWA 2ATMA 4PA8A 2ZBTA 1QCWA 1QDSA 3G8RA 3L0NA 3L5AA 5BW6A 2ZRWA 2VEPA 1NVMA 2CLIA 2HTMA 1GYLA 3W75A 5FI8A 4EVZA 1M7PA 3N34A 4LNYA 1RR2A 4ORMA 1TPB1 1H50A 1TIMA 3U8GA 1BKSA 3B04A 3WJYA 4S2CA 5I3IA 4MOZA 3W1TA 1XCFA 4HNUA 1G4TA 4WD0A 3O6YX 3HPSA 4KWVA 1W54A 4C1KA 1AMKA 3GNDA 4LVGA 4UTTA 1HFBA 3UPBA 4FX7A 3IVUA 1VGAA 4RKAA 1G4SA 3EXSA 3WJXA 3S5OA 4OV4A 3CTLA 1ZENA 2XFWA 4M5PA 1GVSA 1FCVA 1K7XA 4JY8A 2DZWA 2JK2A 5FEPA 3S1XA 4XTDA 4MZ8A 3N9SA 4OT7A 5L6UA 3VKJA 3V75A 1I2OA 4O8RA 2FPVA 2VFDA 3GIYA 3GZ3A 5G1TA 2QCDA 3W2MA 1KBIA 4IXXA 3PUDA 2FDSA 5DLCA 1YDOA 3R13A 5HNRA 3N73A 4NJHA 2Y61A 1OF8A 2QCMA 4PFMA 3UYCA 4AAJA 4FXRA 2NX3A 1R2SA 2P10A 1FCUA 3G18A 1ZCOA 3IVSA 2W0UA 5G5IA 3W9ZA 3HGSA 5KZEA 1OX4B 1I2NA 3OBKA 2ZZ1A 3M16A 4GUIA 1YTDA 3IGSA 3KOFA 4JX5A 1PCKA 3G1DA 4UNLA 5LZLA 4YCPA 1TCDA 1UBSA 2ISSA 2TRSA 3PBUA 4UTKA 1XI3A 1LRTA 4IQLA 4WUIA 2B7QA 4LS1A 3O63A 4UTMA 4UMBA 4O19A 4UFJA 2F84A 3WK1A 3H53A 4CCCA 3MJYA 1BWKA 2DJLA 1O94A 2OMAA 3B05A 2VFIA 3MHUA 1XXXA 3LDVA 2Y7EA 3WK2A 2V2DA 1X8FA 2ALDA 3DFPA 1T96A 4JTTA 1VLIA 1BEUA 4TU1A 4HHPA 3W7GA 4O15A 2CU0A 2WNQA 5DCBA 6ALDA 3B0PA 4LY8A 1MEWA 3NZ1A 1B3OA 5LNWA 1NFBA 2H8XA 1V7YA 3LCFA 5BMWA 1U83A 3VNDA 4GE8A 3SFKA 1VQTA 1YPIA 1K8XA 1LORA 2ISVA 5KITA 3DHDA 5LNSA 2ZTKA 4NNAA 3MW7A 2QCLA 2DZUA 1JR1A 4O1CA 2DZXA 1SZGA 2QF7A 4W9TA 5D03A 4MYXA 3HO8A 3L2IA 4AHQA 4PEKA 3RNDA 3GKFA 3G0SA 4JICA 1QNVA 1GZGA 4DF0A 3THAA 1ZAHA 2GVJA 3QQ0A 3B0VC 2Z6JA 3MYPA 5SWUA 1ME8A 1L2UA 3SECA 2QJIA 3PSWA 4N9EA 1IF2A 3RFAA 1YTKA 1W5QA 1KFCA 2DZPA 3DFOA 2GVLA 3W2NA 2BSLA 2X1SA 4CNPA 1W1ZA 3W2LA 1H60A 2YPIA 2G5WA 4DXVA 3IIOA 3HG3A 1ZHAA 1R47A 4I7UA 5D2WA 1T0OA 2Q8ZA 2YFNA 3W87A 1R2TA 1W56A 1GEQA 2DP3A 4FIQA 1TO3A 1DL3A 1JUBA 1OX5A 1QO5A 3O8AA 3IIVA 5D37A 1FDJA 3NGJA 3PR2A 4IOTA 1XKYA 4OU1A 3I6RA 4JEQA 5I3KA 3LTPA 3W22A 3C2RA 1LRQA 5LNVA 2YW4A 4YLWA 3E12A 1QMLA 1HO4A 3AO0A 3ABQA 4Y9AA 3ZWSA 5D2TA 3FFSA 4L4LA 1N8FA 4JIPA 3PB0A 5K7JA 1Q6LA 2B4GA 5KTLA 2WOQA 3LCGA 3DKJA 2LLEA 4XBKA 3HPXA 3S1WA 3QF0A 3B8DA 4O10A 3NYZA 3KVJA 2CW6A 2ZRYA 3HG2A 1BTMA 4MFDA 5ABTA 1C29A 4N4QA 1Q45A 1H51A 3M1ZA 4R34A 2A6LA 3PM6A 2EF9A 2I14A 3PUEA 4D2JA 2QCHA 3RLUA 1KM4A 4K39A 3H55A 4XWUA 4QAIA 3DGRA 2VEMA 1F5ZA 3LHZA 5AHFA 2WJZA 3Q2DA 2V2HA 5FEZA 3EX1A 4UTUA 1H1ZA 3GK0A 4H6KA 2AGKA 3KRZA 4A21A 1JCXA 4POCA 4BR1A 3NQAA 2ZA3A 2V82A 3BGJA 2WKJA 5H91A 1YADA 3RMJA 5D02A 5HMSA 3KXQA 1R46A 3BK0A 1VYPX 1F6KA 3P5ZA 3WJWA 3A5FA 1LOLA 4JYFA 2QAPA 5E1QA 3DFQA 3NZRA 3W7LA 3GXPA 2O7QA 4O28A 4M6QA 1VZWA 3S1VA 4O57A 3CHVA 2QJGA 3MWAA 3MUXA 3NPUA 3C2FA 4I9AA 1G7VA 1FQ0A 2C18A 2ZQ0A 4G1KA 2YFOA 5FF0A 1H63A 4HPXA 4Z1CA 3W7RA 3LV6A 4M19A 1XBVA 1TREA 1VCFA 4XTIA 2BZNA 2Y6ZA 1QPQA 3GYEA 1WXJA 3NQGA 3STGA 5CG7A 5AC8A 4JYDA 4AEOA 3NA8A 4WY0B 5CZJA 1RVGA 4MJMA 3M43A 4LU0A 4UR7A 4UTTC 5DCEA 3GDMA 3UZJA 2EKCA 4AF0B 4EF9A 4NT0A 2TPSA 1VLWA 2JGQA 1Z48A 5TBOA 3UY8A 1Z42A 1AW2A 3LBMA 3W1PA 3W7QA 1QPOA 3P67A 4QITA 1HUVA 3IIZA 5CSRA 3MI2A 4MZYA 3PC0A 4CQ8A 3C4UA 4KFNA 1A50A 2B7PA 3GB6A 4TR9A 2P0OA 3I68A 5K9DA 5KSWA 3N3MA 4OV9A 1H62A 5C2XA 4MVAA 3DU0A 2YYUA 4O1AA 4UTJA 4NJJA 1VRDA 1GJPA 1F76A 4S1FA 3QMTA 1H7PA 2R91A 3TROA 3L21A 4OBTA 3CEUA 4Q32A 4AWUA 1OFPA 3B06A 3FKKA 3BO9A 4DO5A 2GQAA 4H4IA 4ZQRA 3LV5A 1OFAA 1V5XA 5G4EA 4N9DA 5AOUA 3W73A 2Y85A 1TYGA 2QCEA 2DZVA 4A22A 3DBPA 3W7HA 2FJKA 1XUZA 5AHMA 2C13A 3TK7A 3DI0A 3W1XA 1AG1O 1ICQA 1JCYA 1OYBA 4ZQPA 5D38A 5EMUA 1WDWA 1W3NA 1PHWA 4OWGA 5EKYA 3STCA 3PB2A 3FKRA 4LWWA 1XDMA 4RZ6A 2RH9A 1TTJA 2CZEA 1W0MA 2X1TA 2PRLA 1EPXA 5HWNA 1YTEA 3USBA 5F2LA 2FFCA 1SW3A 4O53A 3MO7A 4IGHA 1GVRA 1KM2A 3CLMA 4WX2A 3RF9A 3SJ3A 3BV4A 1FWWA 3DAQA 4JIQA 4GUJA 4UTWC 3G1AA 1LOQA 4Z1BA 3S8HA 2ISWA 5D2XA 4R33A 3G3MA 3KHJA 2ZZ5A 1NEYA 2EGZA 4X2RA 3P81A 2CLHA 3W7OA 3W7CA 3HGRA 1WA3A 2ZZ2A 2ZRUA 3UXAA 4JYEA 3TCEA 1FBAA 2A5HA 1HL2A 3VE7A 4KFPA 2O7SA 4LVDA 3Q94A 4JNMA 3W7KA 1OFBA 1NSJA 1EWDA 1TJRA 1KFJA 3IEBA 2PRHA 1A53A 3PBYA 1B57A 4Z08A 3FYPA 2VFHA 1KTNA 5J5RA 1DVJA 1H7WA 2FPYA 2VELA 3P82A 1SO6A 1G69A 2NV2A 3GDKA 5D30A 4LV9A 1LYXA 3DFTA 2R94A 3G0XA 1VS1A 2VOMA 3L5LA 3UWWA 1DORA 5F1VA 4ADUA 1JUKA 1A5SA 2H90A 3EKZA 3CIWA 4CCEA 4QM1A 4XZ9A 2GQ9A 2CLFA 2QCDB 3M6YA 3QFEA 1JQVA 4N4PA 2V8ZA 5CKSA 2UV8G 3CIXA 4QISA 5U4NA 3LX9A 2QCNA 4WXYA 4UCGA 3QH2A 3EB2A 3FOKA 4WXZA 4NJIA 2A0NA 1Q6RA 3OVRA 4LTSA 3UWQA 1TV7A 1JQXA 2FQIA 1OF6A 4E2BA 1EP1A 3BLEA 1QPRA 3UD6A 5DBTA 1H7NA 1W5OA 2Q3OA 1P0KA 4LS0A 1TPVA 1TPUA 4EWND 1GVFA 1XDLA 1NAL1 1IXNA 4JXCA 1ONRA 4N9CA 3L65A 3LOTA 4ICNA 4CLMA 4JDBA 3MP4A 2J88A 2NUYA 4FB7A 4GBUA 5GVJA 1VR6A 3B03A 2Q3RA 3H54A 3P5YA 3EWBX 5DY3A 4TMBA 1I8JA 1SW0A 3EXTA 4R53A 1N7KA 3ATYA 4ZQCA 4AXKA 2CZDA 3OIXA 1X7FA 4L4MA 2Z2UA 4WOQA 1LZOA 5CPNA 4NQ1A 4K7VA 1J5TA 3M9YA 2Z1BA 3QRHA 3M5YA 3THQA 2Y63A 5DBUA 3BW4A 4CNNA 3DFSA 4MYAA 3PG9A 5FF4A 1BWLA 3TW7A 1SFLA 3FA5A 4XKYA 2YYTA 3MBDA 2NV1A 3AJXA 3FEMA 5IM51 2BWGA 1IIGA 1KW1A 3SR7A 4DELA 4ZL1A 1EUNA 2YGYA 2W79A 3LCHA 5AHNA 2WNZA 1SZEA 1PL9A 3ABOA 1H7RA 1TSIA 4ZQNA 3NM1A 3BLIA 2GVGA 3O06A 4N9BA 1DJQA 3GR8A 2G96A 4MJZA 3UWUA 3T4CA 2E5CA 2E6FA 5F2IA 1PE1A 1YLVA 3PVFA 5BNKA 1R2RA 3LBCA 4E0CA 1P5BA 2A6NA 4PODA 3LCXA 4O13A 2WO5A 3TAOA 3TC7A 1AL7A 3W2UA 4DO4A 2YXGA 1PVNA 4BF9A 4IJBA 4O0KA 1KFBA 2HS8A 1TTPA 3NEVA 3HG5A 4NNCA 4UTWA 1EP3A 3P8IA 4WJEA 3W2KA 5LNRA 3GKAA 3P61A 3U6WA 3M0ZA 1X1ZA 1VCVA 1QFEA 3L5MA 3R2GA 3N19B 3TR2A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1YPIA

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