5A8QA

Crystal structure beta-glucanase sdgluc5_26a from saccharophagus degradans in complex with tetrasaccharide a obtained by soaking
Total Genus 136
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
136
sequence length
336
structure length
336
Chain Sequence
NDWWDIPYPSQFDVKSLKTQSFISVKGNKFIDDKGKTFTFRGVNIADTGKLLSRNQWQKSLFEELANNWGVNTIRLPIHPVSWRKLGPDVYLGHIDEAVRWANDLGIYLILDWHSIGYLPTEQYQHPMYDTTIKETRDFWRRITFRYQNVPTVAVYELFNEPTTMGNTLGERNWAEWKTLNESLIDMIYASDKTVIPLVAGFNWAYDLSPIKKAPIEREGIAYAAHPYPQKAKPEVKNDKNFFKLWDEKWGFAADTYPVIATQLGWVQPDGYGAHIPVKDDGSYGPRIVKYMQKKGVSYTVWVFDPDWSPTMINDWDFTPSEQGAFFKQVMLEAKK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title The Quaternary Structure of a Glycoside Hydrolase Dictates Specificity Towards Beta-Glucans
pubmed doi rcsb
molecule keywords PUTATIVE RETAINING B-GLYCOSIDASE
molecule tags Hydrolase
source organism Saccharophagus degradans 2-40
total genus 136
structure length 336
sequence length 336
ec nomenclature ec 3.2.1.73: Licheninase.
pdb deposition date 2015-07-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00150 Cellulase Cellulase (glycosyl hydrolase family 5)
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 5a8qA00
4GO9A 4AZ7A 1XSJA 4ACZA 2GJXA 3F5JA 4MAVA 3WDJA 3M46A 3NCOA 3W6LA 3FHQA 1BVNP 1F4HA 4CVUA 2E9LA 1EQCA 1E56A 1UHVA 3VGFA 1OGGA 3CZJA 3F4VA 3AQUA 1ECEA 4J28A 3N13A 3F5LA 4XB3A 1W9XA 3WD2A 2XGIA 1XHGA 1RP9A 3CZGA 5A69A 5DMYA 4EAMA 1R8LA 1XSKA 2WVVB 2VR5A 4L4PA 3PZMA 1JYWA 3WIJA 2VX5A 1MXDA 6CGTA 2WVTA 2E9BA 1LWJA 2XM1A 2BY2A 3OLEA 2DGAA 3SCVA 4AIUA 1MW3A 1GCYA 4AD1A 1UH2A 4W87A 1V6UA 3VD5A 3SCPA 3QHNA 3ZO9A 1MW1A 2Y8VA 3WBAA 5EMYA 1HP5A 1LQ0A 1UD8A 1JI1A 3HN3A 4ATLA 3WDRA 4HMDA 1W1TA 2D0HA 2E9MA 4JCLA 1UR9A 2XFRA 1HJQA 4DWSA 1V3HA 1NWSA 2W4XA 2D3LA 3L4XA 4PYSA 3WEOA 1PX8A 1JGIA 1UKSA 2VC9A 1CGWA 1AMYA 4ZE5A 4F66A 3EBVA 3KL5A 5BXTA 4DWSC 2MANA 1VFUA 4UQDA 3WF3A 2FH6A 1QHZA 3CIVA 1JDCA 2WHMA 2WCGA 1BG4A 4CU6A 1EGZA 1NP2A 3DYPA 5CXPA 5DT7A 3GTNA 1WDPA 4PSPA 3ZJ7A 2XWDA 3WDQA 1ITCA 4Q7NA 1UOKA 2DT0A 4C7FA 1JFXA 2BVDA 2G3NA 3GNPA 1EA9C 5DF0A 1GOQA 3CMJA 5CGTA 3MUY1 1KB3A 2AOSA 4TX6A 4W85A 1H3GA 1NOWA 3FW6A 4WJXA 2VT0A 1VFOA 1WZMA 1IT0A 1DWFM 1WDRA 1BPLB 3VIIA 2VCAA 3GNRA 1XCWA 1EQPA 4E4PA 3CTTA 3TTYA 3ZOAA 1E0VA 3T2PA 1XH0A 1PX4A 3TTQA 4PMYA 1JXJA 3T0BA 4H8VA 3AIBA 1MQPA 4D6GA 3CBWA 4QCEA 5CQ1A 1E3XA 1X6NA 4OZOA 2YOCA 4EE9A 1NOUA 2WB5A 5HXMA 3WL0A 2XSBA 4U3AA 4AZBA 3WF0A 3NSNA 1MFUA 2YDRA 1E43A 3EDKA 1JDDA 3VO0A 3W81A 4M8UA 4QP0A 1BSIA 2FGLA 1WZAA 3K1DA 4CCEA 5BROA 3NYDA 1KCLA 1QW8A 2CHNA 3W26A 2EBNA 4PMUA 2BY3A 2J7CA 1H2JA 3AS3A 1IZKA 4D72A 3AIVA 3N15A 5A6BD 2YL9A 1C93A 1OD0A 1FHLA 1J12A 4JHOA 4JL2A 1CZ1A 3RM9A 2DPEA 4JAWA 3S6TA 2WXDM 4C7GA 1VJZA 1V6YA 1B3YA 1NQ6A 3MU7A 3ZSSA 5A94A 3VGGA 1XGZA 3AMGA 1ZBKA 3WL1A 1UKPA 4N42A 2GJXB 2IXUA 3AXHA 2DH3A 4Z2IA 4P7QA 1TZ7A 1CGXA 3ZQ9A 1WKYA 3EDDA 4MNLA 3N04A 1CGYA 1E3ZA 1OGSA 2WBKA 4W5ZA 3BAKA 1W9DM 4W93A 2XGBA 2JFEX 4LPCA 4GI9A 1JAKA 4J7RA 3OZOA 3AHVA 1NOFA 4PMDA 2WHJA 1RP8A 4ZFMA 1KXQA 2WWCA 3M7SA 2UY3A 3VIMA 3VD9A 1JNEA 3UG5A 2BXYA 3MMWA 3KE0A 2GK1A 1F4AA 1VRXA 4MADA 4S3JA 2V3GA 4UNIA 3NJ3A 5E09A 1JZ5A 1B3VA 4FF5A 2V3DA 2V5DA 4MDOA 3TTSA 1UWUA 2CXGA 1V03A 4WK9A 4GZIA 1WNOA 4MB5A 1L0PA 4URIA 1B3XA 4BZYA 4NF7A 4FLQA 1ODUA 1E6ZA 1LF1A 3WEMA 5EFDA 1HVQA 5C8BB 4D6EA 4FLSA 3WF4A 1JF6A 4HTYA 4JKKA 2WSKA 4ATDA 3MANA 4UOJA 1EH9A 1EOMA 3TP4A 4U3CA 1OIFA 5A2BA 4H8HA 1JIBA 3OLDA 2J78A 4UQCA 1H09A 4UZUA 5BWFA 3BMVA 2WW5A 2ZWZA 2J79A 1QHPA 1JYVA 4D6HA 1W91A 2DT3A 1J18A 4UR9A 3SCWA 1R87A 5JBFA 2YBTA 1V02A 4KMQA 3BSGA 2VQUA 4NRSA 2F2HA 3FAXA 1O7AA 3BAXA 4J3TA 3VGDA 3RIKA 1Q6GA 4W84A 3GH5A 2J77A 1V3JA 3VINA 5D8ZA 1GHRA 3ARUA 4F9DA 4JFTA 1CENA 1KGUA 1TR1A 1OGBA 1CLVA 1B30A 1R86A 3SIMA 3AZRA 1VF8A 3ZT6A 3VOCA 1WAWA 1S46A 2WVUA 1X1NA 5A8MA 2CBUA 4CD7A 4RE2A 2W67A 5BRPA 4J27A 1QVBA 5CZKA 3ZM8A 2E8YA 1V6XA 1BG9A 3BXWA 4FMVA 1HIZA 3ZJ6A 2V3FA 4TVDA 2WHKA 2JF6A 2VZUA 3A4XA 1HF6A 4XX6A 2G8ZA 5CPSA 2A3AA 4TTGA 1KXVA 1H0GA 1KQZA 1V3LA 2VO5A 5A6BA 4JCMA 4QFUA 2GJRA 2WVVA 3AHTA 3KZSA 1SYTA 1M53A 3WFZA 2DSZA 3WD1A 1FFQA 1H1NA 4QLLA 2CPUA 1JF5A 1XD0A 4PMRA 4BQ3A 2D23A 3WKZA 3K4AA 3WELA 5ABFB 1GVYA 2QPSA 1EDQA 3OLIA 2NW0A 1AQ0A 1J01A 3POHA 4JFUA 3T08A 2VVSA 2VUYA 5KEZA 3SEPA 4AZGA 3WDHA 5LA0A 4XV0A 1CXHA 2ZUVA 2GUYA 1UQZA 1VEPA 4HOXA 2WANA 2Q8XA 1JZ6A 1HJSA 1J0HA 2J8FA 3VIGA 3SCSA 3WENA 5M17A 2J7EA 4WF7A 2WMKA 1BF2A 7CGTA 3WQ6A 1XSIA 3O2LA 4UZSA 4J3WA 3OIHA 1OCQA 4GZEA 3CMGA 1DWAM 2YL8A 3LPOA 4UOZA 4TXEA 4FK9A 4M56A 2G4FA 3CLWA 2WC4A 4EANA 1LG2A 1E6QM 2CITA 3PBGA 4LQ1A 1W9BM 3TA9A 1CXEA 1D2KA 2PWDA 3ARRA 2A3EA 3B8SA 1ISWA 2YBUA 3EYPA 2WMFA 4AIOA 4W5UA 5D9MA 3K4DA 3UEQA 4MJ2A 1GQLA 1U33A 2G3IA 1I1WA 4QLJA 3BAWA 1EXPA 1MQRA 1E55A 1ISZA 3AHXA 5E6ZA 4HA3A 3THDA 4W8AA 3WY1A 3W37A 4U5KA 4F9JA 5IFPA 4WSKA 2BVTA 3VPLA 4AD2A 2OSXA 5A6MA 2GFTA 5DT5A 5EFFA 1V3KA 3A3HA 4GQQA 1E4IA 1ZJAA 2ZUTA 2FGZA 1UZ1A 1JNDA 1LG1A 5D8WA 1E70M 1FH8A 4OOUA 3RO8A 2YA2A 3IJ7A 4U2YA 4PUDA 1UR0A 5DEZA 1B3ZA 3M6DA 4P8VA 1M01A 4NSBA 2ZX5A 3FAWA 2WVSA 1HKIA 3I3BA 3PHAA 3OB8A 1BHGA 2E40A 5BXSA 2W5FA 3UETA 4UFHA 3WSUA 2J74A 2XTKA 3WH9A 1NM9A 1A3HA 1NWUA 3BLKA 3BMWA 2OSYA 3O9NA 1CXKA 3ECQA 1CWYA 2BHUA 4W7WA 4DUVA 4ML4A 4AW7A 5IHSA 2JIEA 1K6AA 4D6FA 4TOQA 2B31A 2IXVA 1DWJM 1UG6A 3L2LA 3K46A 2EPKX 2XFFA 4MB4A 5A8PA 1XH2A 1SMDA 1US3A 1R7OA 2QF8A 2WK2A 3VGHA 2CEQA 4H2CA 3VVGA 2PWFA 2WSPA 1W3LA 3QHOA 3VGBA 5D9PA 2PF0A 5IDIA 2ZXDA 2IUZA 1HXJA 3SCOA 4FLRA 3LMYA 1J0YA 1V08A 4EK7A 3AMCA 1UKQA 3WUBA 5GNZA 4MTVA 2PBOA 4UCFA 5M5DA 1ZB5A 3I3DA 4CKQA 4PSRA 3SUWA 3IAQA 4R5EA 3WNLA 2RGMA 3SCQA 1W32A 5JUVA 1MW2A 5HDRA 1UUQA 2WWDA 3WNMA 1GUVA 5A8NA 3A4AA 1TG7A 5A2AA 2GDUA 3SUVA 1XD1A 4M29A 4CN6A 2Z1SA 3ALGA 3A47A 3CHEA 4LX4A 2CCRA 3PZNA 4GZJA 4V2XA 2CETA 4MB1A 1A47A 2WYSA 1UKOA 1W2VA 3GXFA 4PUEA 3ARWA 2XIBA 1E6SM 3B9DA 3O6AA 5E6YA 2CBIA 1JYNA 1AQMA 3UESA 3CUFA 2D0GA 5I78A 5FKYA 4CU8A 1CNVA 4WIWA 3CGTA 5A6KA 1TVNA 4B9ZA 3WNPA 1ESWA 3WBEA 1UWTA 2WC7A 2JEQA 3N1AA 1V3MA 4D71A 1E71M 2VX4A 3GBEA 4JIEA 1PZ3A 1JAEA 1W9UA 3OGRA 3WQWA 5A8QA 3VM5A 1Q6DA 4MPKA 4B3KA 1XV8A 2Y8KA 4E8DA 2OYKA 3CPUA 1Q6CA 4HPHA 3GM8A 4OIFA 1B31A 3PTKA 2XPKA 4OBSA 5FD0A 2BFGA 1EHAA 3WF2A 5I0DA 5IHRA 1KGXA 1YHTA 4GKLA 1UWSA 2VX7A 1VJSA 1W9PA 3VX0A 4UOQA 1ISVA 3GDBA 4ZENA 1MXGA 3WD3A 2G41A 5LA2A 4CD5A 4U31A 2O9RA 3OG2A 1B2YA 4F8XA 1CYGA 1HVXA 2WLYA 6A3HA 2BS9A 3GH4A 1XYFA 1MW0A 3CUIA 1GORA 2YIHA 3W28A 3ARPA 3IK2A 5ABHA 2D0FA 1CEOA 4WLCA 2VNCA 2WCAA 4QAWA 8A3HA 4AISA 4YHGA 3VD7A 1E6NA 2F61A 5A8OA 1HKKA 1KQYA 1GOKA 2GDVA 4FLOA 2G3MA 1J11A 2CBJA 4D6IA 4JFVA 4BF7A 3D3AA 4A3HA 3U7VA 1CXIA 4YPJA 1QI0A 4AD4A 3L4WA 2XM2A 3ARXA 5C70A 4X0NA 2XVLA 2OWXA 2VVNA 3LPPA 4AD5A 3VDHA 4LGXA 5ABFA 3RILA 4IPLA 4P7NA 2YA1A 1J0IA 5HOSA 2PC8A 3CZ8A 4GO8A 3S2CA 4P7LA 2BHYA 3IJ9A 5E0CA 4C7DA 1CGTA 3ARYA 3U7BA 2UWFA 1V02E 3AYRA 1BGGA 1LL6A 1U30A 4PMQA 4AXNA 4X9YA 1V0KA 3KL3A 3PZUA 3NUKA 1QBAA 3RM4A 2HVMA 2TAAA 4W88A 3SCUA 4DUXA 3POCA 1JZ8A 5I3DA 1QNOA 4B16A 3W24A 1BGAA 3VIJA 2X05A 4J3VA 1JXKA 3WQ8A 3OGVA 4S3KA 4GPNA 1UD4A 2EPLX 3CH9A 1XRVA 1YQ2A 1LLOA 1MFVA 1BYDA 2OYLA 1CXLA 2Y5EA 5HNNA 3W0KA 3AIEA 1JZ4A 4UQEA 1HT6A 5JIWA 4PRWA 4BQ2A 5CG0A 1J10A 2J7HA 1E15A 1C92A 1W1PA 2A3BA 2X0YA 4E2OA 4M81A 1W2PA 1ZBWA 3WMBA 3WUGA 1TA3B 4W89A 3L2MA 1FOBA 2QV4A 4UQ9A 1G01A 2GSJA 1Q4NX 1V0NA 4KWUA 1WDSA 5GNXA 3RMEA 3ZJ8A 5AYIA 4AYSA 2YL5A 1GJWA 1WDQA 2C0HA 1B90A 4JHZA 1K9DA 2QHAA 2X0HA 3EMQA 3VTRA 3PZTA 4W7UA 1JDAA 4A3YA 3WEZA 2VZVA 5FL1A 3LPFA 1G9HA 4Z2KA 3VIPA 2OWCA 1E1FA 1LL4A 3AYSA 1EOKA 3DC0A 4H8UA 4A4AA 1EHNA 4CCDA 3A6OA 2QMJA 3AMKA 2VTFA 3G6LA 1VENA 1QPKA 2ZE0A 3WF1A 1G0CA 4PMZA 1NARA 1V6VA 5I5RA 4HZ7A 3GH7A 3ZT7A 3HMCA 1HJVA 2WAGA 3WH6A 1W1YA 3WQVA 5DO8A 3U5YA 3UR8A 5HBFA 3W6MA 1J0ZA 1OIMA 4P7RA 1CBGA 2ZOXA 5I24A 5KZ6A 4CD6A 3BCDA 3WD4A 1JG9A 1Y7VA 2DIEA 2EEXA 1KBKA 2AAAA 3AZSA 1DWHM 1V0MA 1W1VA 4PTXA 2DDXA 2CKSA 1P6WA 4HA1A 1OWQA 4AWEA 4KRUA 3K8MA 4AY1A 3T09A 1JI2A 2PWEA 4GI8A 3VMOA 1UD3A 1EDGA 4UFMA 3U5UA 1C8QA 1TCMA 1VBUA 4GINA 4YHEA 4WKHA 1WZKA 2D24A 3N12A 4XUYA 2VL4A 3WH5A 3VDAA 3ARSA 1E6PA 4TVUA 4J3SA 1C8YA 3RDKA 1QNQA 4LXFA 1UZ4A 3PZ9A 2WMIB 4HU8A 1KCKA 1MQQA 1UR2A 1H41A 3L4ZA 4QCFA 3SURA 3UG3A 4OJYA 2JEPA 1SFSA 2W61A 1GVIA 3N18A 5A2CA 2J62A 4H7VA 1QW9A 3TOPA 4OOZA 4NI3A 2FHCA 1EO7A 2DT1A 2VZTA 2D2OA 3L4YA 3SUTA 1TFVA 3PTQA 2O9PA 3MV11 2BY0A 2G3JA 2PBGA 4Z2LA 1GPFA 3RJXA 5CLTA 4AEEA 3AMLA 4TVCA 1JD7A 2ZX9A 4JKMA 3B9AA 1J9YA 1CLXA 2BVYA 3N17A 5A95A 1Z32X 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4GO9 A;  4AZ7 A;  1XSJ A;  4ACZ A;  2GJX A;  3F5J A;  4MAV A;  3WDJ A;  3M46 A;  3NCO A;  3W6L A;  3FHQ A;  1BVN P;  1F4H A;  4CVU A;  2E9L A;  1EQC A;  1E56 A;  1UHV A;  3VGF A;  1OGG A;  3CZJ A;  3F4V A;  3AQU A;  1ECE A;  4J28 A;  3N13 A;  3F5L A;  4XB3 A;  1W9X A;  3WD2 A;  2XGI A;  1XHG A;  1RP9 A;  3CZG A;  5A69 A;  5DMY A;  4EAM A;  1R8L A;  1XSK A;  2WVV B;  2VR5 A;  4L4P A;  3PZM A;  1JYW A;  3WIJ A;  2VX5 A;  1MXD A;  6CGT A;  2WVT A;  2E9B A;  1LWJ A;  2XM1 A;  2BY2 A;  3OLE A;  2DGA A;  3SCV A;  4AIU A;  1MW3 A;  1GCY A;  4AD1 A;  1UH2 A;  4W87 A;  1V6U A;  3VD5 A;  3SCP A;  3QHN A;  3ZO9 A;  1MW1 A;  2Y8V A;  3WBA A;  5EMY A;  1HP5 A;  1LQ0 A;  1UD8 A;  1JI1 A;  3HN3 A;  4ATL A;  3WDR A;  4HMD A;  1W1T A;  2D0H A;  2E9M A;  4JCL A;  1UR9 A;  2XFR A;  1HJQ A;  4DWS A;  1V3H A;  1NWS A;  2W4X A;  2D3L A;  3L4X A;  4PYS A;  3WEO A;  1PX8 A;  1JGI A;  1UKS A;  2VC9 A;  1CGW A;  1AMY A;  4ZE5 A;  4F66 A;  3EBV A;  3KL5 A;  5BXT A;  4DWS C;  2MAN A;  1VFU A;  4UQD A;  3WF3 A;  2FH6 A;  1QHZ A;  3CIV A;  1JDC A;  2WHM A;  2WCG A;  1BG4 A;  4CU6 A;  1EGZ A;  1NP2 A;  3DYP A;  5CXP A;  5DT7 A;  3GTN A;  1WDP A;  4PSP A;  3ZJ7 A;  2XWD A;  3WDQ A;  1ITC A;  4Q7N A;  1UOK A;  2DT0 A;  4C7F A;  1JFX A;  2BVD A;  2G3N A;  3GNP A;  1EA9 C;  5DF0 A;  1GOQ A;  3CMJ A;  5CGT A;  3MUY 1;  1KB3 A;  2AOS A;  4TX6 A;  4W85 A;  1H3G A;  1NOW A;  3FW6 A;  4WJX A;  2VT0 A;  1VFO A;  1WZM A;  1IT0 A;  1DWF M;  1WDR A;  1BPL B;  3VII A;  2VCA A;  3GNR A;  1XCW A;  1EQP A;  4E4P A;  3CTT A;  3TTY A;  3ZOA A;  1E0V A;  3T2P A;  1XH0 A;  1PX4 A;  3TTQ A;  4PMY A;  1JXJ A;  3T0B A;  4H8V A;  3AIB A;  1MQP A;  4D6G A;  3CBW A;  4QCE A;  5CQ1 A;  1E3X A;  1X6N A;  4OZO A;  2YOC A;  4EE9 A;  1NOU A;  2WB5 A;  5HXM A;  3WL0 A;  2XSB A;  4U3A A;  4AZB A;  3WF0 A;  3NSN A;  1MFU A;  2YDR A;  1E43 A;  3EDK A;  1JDD A;  3VO0 A;  3W81 A;  4M8U A;  4QP0 A;  1BSI A;  2FGL A;  1WZA A;  3K1D A;  4CCE A;  5BRO A;  3NYD A;  1KCL A;  1QW8 A;  2CHN A;  3W26 A;  2EBN A;  4PMU A;  2BY3 A;  2J7C A;  1H2J A;  3AS3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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