1JJK | Genus

Total Genus 64

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	64
sequence length	231
structure length	231
Chain Sequence	VTNSPVVVALDYHNRDDALAFVDKIDPRDCRLKVGKEMFTLFGPQFVRELQQRGFDIFLDLKFHDIPNTAAHAVAAAADLGVWMVNVHASGGARMMTAAREALVPFGKDAPLLIAVTVLTSMEASDLVDLGMTLSPADYAERLAALTQKCGLDGVVCSAQEAVRFKQVFGQEFKLVTPGIRPQGSEAGDQRRIMTPEQALSAGVDYMVIGRPVTQSVDPAQTLKAINASLQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

publication title	Selenomethionine substitution of orotidine-5'-monophosphate decarboxylase causes a change in crystal contacts and space group. pubmed doi rcsb
molecule keywords	OROTIDINE 5'-PHOSPHATE DECARBOXYLASE
molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
total genus	64
structure length	231
sequence length	231
chains with identical sequence	B, C, D, E, F, G, H, I, J, K, L, M, N, O, P
ec nomenclature	ec 4.1.1.23: Orotidine-5'-phosphate decarboxylase.
pdb deposition date	2001-07-06

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00215	OMPdecase	Orotidine 5'-phosphate decarboxylase / HUMPS family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1jjkA00

3L5AA 1W31A 3SIZA 4X9SA 4PL2A 3LTSA 1W5MA 4KFOA 4MY9A 1VLIA 1WXJA 3STFA 2J24A 2PC4A 3PF3A 1E51A 3UWZA 1I2PA 3W85A 1JUBA 4FIRA 5E1QA 1TB3A 2O7QA 3BLFA 3PC0A 4GUIA 3TFXA 4JTTA 2VFDA 2OJPA 3A22A 4CNOA 2C15A 3FKKA 3G1XA 3MO7A 4HN4A 4M7TA 4M7SA 1TYGA 5K7JA 2YFOA 2DJLA 5LNWA 2XN0A 1Q6QA 2V2HA 1TPUA 1DJQA 1SW7A 3GZ3A 1RQEA 2HTMA 1EX5A 2ZZ2A 5G1YA 2E6YA 3LV5A 2QCNA 2V2CA 3CIWA 2FIQA 4DBDA 3UY7A 4JDBA 1P0KA 4U28A 4JN6A 3ZWTA 5HNRA 3C56A 4FXRA 4WX2A 3TFCA 3QW4B 4A2RA 4UFIA 4RLIA 2BTMA 3NL5A 3GR7A 1TRIA 2E77A 2V2DA 4TMCA 2NV2A 3IGXA 1G69A 3VFLA 2VEIA 5AHEA 3UXAA 2G95A 1MO0A 4KFNA 1S3HA 1T99A 4JTGA 3G1FA 3ZR4A 4A22A 1F05A 1LLZA 2V5LA 1I45A 3W7HA 1XDMA 3E0IA 4IX0A 1WOAA 3NQ7A 4FIQA 1L2UA 2WJZA 5G2IA 2QAFA 1JCJA 3D0CA 3W1NA 2BLEA 3LERA 1XCFA 3T55A 1X7FA 3DI1A 1ZAIA 1QDSA 3TJLA 3TU9A 1F7BA 5CPNA 5D2YA 3EX4A 1OFEA 3BG5A 3LBMA 5K9CA 3PUOA 3GAKA 4DEFA 3GVGA 3NL3A 3W83A 1YDVA 3W2LA 3ZWSA 1Q6OA 1EUNA 3B0PA 3NZRA 2CLKA 5CZTA 2FQIA 3RNDA 1HG3A 3G1SA 1OFOA 3KVKA 1P1XA 1W3NA 4N9BA 2YYTA 5KITA 3JS3A 4ADSA 5DXYA 3UQNA 4OE7A 4HPJA 4EF8A 3GXTA 4NJGA 1G7VA 1Q6LA 3EX2A 4AHOA 1GG0A 5AYZA 2C18A 3IGUA 5BNKA 1UBSA 4DO5A 4WZHA 5I3HA 5DELA 3VE9A 2V0TA 2BSLA 2VFEA 4QQ3A 3TDFA 3TMQA 4JTJA 2CLOA 1EA0A 3CTLA 1SO4A 3I65A 1GT8A 1SO6A 3W7QA 3TA6A 3O63A 4A21A 3VKJA 3M44A 3QSRA 5FF0A 4LS1A 5DXXA 4X3ZA 3B06A 1RD5A 1H7RA 1Y0EA 1IXOA 3L67A 1THFD 5CSRA 3P7YA 4CQ9A 2NXIA 2XFWA 1W56A 3A5FA 3NL2A 2OMAA 4MIMA 4OV4A 4JYFA 3H53A 4YCPA 4JTUA 3PBUA 4PA8A 3PSWA 1B4EA 2NX3A 3W1RA 4IOTA 4UR8A 3EXTA 3PG8A 1K03A 3SR7A 1GG1A 1BEUA 1YXCA 3C3NA 4PH6A 5C5YA 1FQ0A 3HJZA 2FB2A 2ATMA 4DPQA 2GJLA 1ZFJA 4DPPA 3DFSA 3KRUA 3G24A 1TV8A 5G4EA 3M5XA 5D02A 1KA9F 2E6AA 3O06A 2E5CA 1KFCA 5KTLA 3G22A 1Q45A 4QAIA 2NZLA 4AXKA 1KFEA 4LVFA 3CQ0A 2E6DA 5D37A 1W1ZA 3L65A 5CZJA 3A21A 2I9EA 1Z48A 2Y70A 5KZDA 1YLVA 1RR2A 4R34A 3DHDA 1NF0A 2Y6ZA 4LW7A 1F76A 3MWAA 3TW7A 1VGAA 2GQAA 3CEUA 5C54A 5BMWA 4NXKA 4IUOA 3W7PA 1H7OA 4GNJA 1I2QA 3MP4A 5FF3A 3QFEA 5F2LA 2GVLA 4NXSA 4UCGA 2VENA 3MUXA 4QISA 3JRKA 4MKNA 2C6QA 5BMXA 4PC8A 4Q32A 3Q58A 1CX9A 3LLDA 4H4IA 1H7XA 2QCFA 2C3ZA 3P8JA 3EWZA 4CCDA 1K7XA 3QM3A 4AMAA 3NNTA 1LCOA 3RF9A 5K9DA 2Y89A 3W9ZA 4O50A 2YDAA 4IMGA 2WSQA 1GWJA 1UUMA 4O1BA 3PUDA 4I7UA 3IEBA 3N9SA 3C8FA 1N7KA 3KRSA 2VFFA 4QJ1A 4DF2A 1VH7A 1FWWA 3TQVA 1G67A 3W3OA 2JKPA 4RXFA 4LT9A 3V75A 4M6PA 3W1UA 2ZZ6A 1OFDA 3R13A 2C13A 3S42A 1L6YA 3LV6A 5KSWA 2ZDRA 1O94A 1OABA 1R46A 3QSTA 5FEZA 4JNMA 1PVNA 3LHZA 3P74A 3TXZA 4OT7A 4AWTA 3G3MA 3KAOA 3QEZA 3EXSA 4GUJA 2YX0A 3ABOA 3O16A 3FIGA 1KM3A 1Q3NA 2VELA 2TYSA 5DN1A 1GYLA 3CWNA 5MHBA 3W1XA 4KWWA 3RLUA 4MFDA 1WBHA 2XN2A 1EPXA 5U4NA 3ABQA 4UMAA 4AHPA 4AF0A 3C52A 4UIOA 2CLHA 4Y90A 4N4PA 3CWOX 5E93A 4JYEA 3G0UA 4TR9A 2JBMA 2NXGA 4UMBA 3P62A 2Y61A 1UB3A 3FKRA 3TAOA 2QCGA 5G2HA 3FEMA 3E96A 1PE1A 4O53A 1GVOA 3KOFA 1TIMA 3BGJA 1HTIA 2PRMA 3NA8A 1I2RA 5I3IA 1KM0A 2J6XA 4ZL1A 3W7RA 1O60A 2H8XA 3MW7A 4AB4A 2WSRA 1HO1A 3QQ1A 4TIMA 1Z42A 3W84A 1OYBA 2PRLA 3SJ3A 3MYOA 3DFPA 1KM5A 2ZZ3A 4ZQRA 5J5RA 5AYYA 2PCQA 4LY8A 1JQVA 3LCXA 4QIUA 3I7QA 4JY9A 3LCHA 1DHPA 2O7SA 4NZFA 1ZCOA 3LHWA 1QCWA 5AYXA 2C1HA 3F03K 1TQXA 3BW4A 3N9RA 4AAJA 4Z1BA 4H3DA 1RVGA 3EWYA 5DBUA 1OHLA 1M5WA 1TRDA 2YW3A 4XKYA 2YR1A 1DJNA 3LCGA 2DZTA 5HUPA 3PUEA 3LDVA 2YCEA 1S5VA 2VXNA 3IIOA 3S6DA 5KZMA 1IXQA 4XTDA 4UTWA 2LLEA 5IBXC 1TREA 3R8RA 1SFLA 1LORA 3HPXA 4LOCA 3A24A 1OFQA 4GJ1A 2ZZ7A 1XC4A 3PULA 4UTMA 4GWEA 3WJXA 2X1SA 3TW6A 2Q8ZA 3E9AA 3R12A 3WJZA 2ISVA 4JXCA 4A29A 5BW6A 5T26A 3ABRA 3FJ6A 3GR8A 3W7GA 2JGQA 4XZ9A 3N14A 3BO9A 1OX5A 2ZTKA 4CLMA 5KZEA 1O4UA 5HMSA 1R30A 3LXCA 4IPIA 3QC3A 2QCLA 1QWGA 3H54A 1OK6A 2R8WA 3GAYA 5AC8A 1IXPA 5LNRA 1EWDA 3W71A 3V1PA 4DO4A 4I7VA 5DBTA 1ZHAA 3GX9A 1LRQA 2DU2A 5BOOA 3TUUA 5FF2A 4Y96A 4E2BA 1VHCA 1ICPA 2B7OA 3LB0A 3SSJA 3T44A 4R7JA 1LBMA 3UXDA 4IMDA 2QDHA 5CPMA 2WV8A 4UTIA 1ICSA 4BI5A 2YSWA 5C2XA 1T0OA 2GQ8A 1YTDA 2ZBTA 4IQLA 3OBKA 2B7NA 1VLWA 4FNQA 1XL9A 1BTMA 1QOPA 3BARA 1KFLA 3H55A 3W86A 3FS2A 3MBDA 1VCVA 2DP3A 4LV9A 4N9EA 3HGOA 5D04C 3T4CA 3W22A 1WOBA 1OVDA 4JGDA 3G1HA 3QYQA 4IPJA 2CLFA 1A5CA 3SW6A 2V5BA 3EWUA 1B4KA 1HL2A 3GDKA 3C2EA 4MJZA 4UTKA 2OT0A 1JCNA 2B0MA 2QJGA 1NF7A 4O0ZA 1SFJA 2RH9A 4U4MA 3BLIA 1QPOA 3W1LA 3HQ1A 7TIMA 3BK0A 3IIZA 1OX6A 4K8EA 5EY5A 3M41A 1ZJIA 5EBUA 3GDTA 1XUZA 1G4PA 1VC4A 4N6EA 4XQ6A 1LBLA 3IRDA 3HG4A 1QFEA 3SY5A 1M7OA 3NEVA 2Y7GA 3S1WA 3G1VA 3GXPA 4UTWC 2FPYA 4WQ6A 4BF9A 4E2DA 1VYPX 1FX6A 2WPBA 3TCEA 3KHJA 1R2RA 3DXIA 4O52A 4YCOA 1W8SA 2D73A 1ME8A 1L9WA 3THQA 2NXHA 3GKFA 3P5YA 1H60A 1A5BA 1OFBA 4FNRA 4K36A 1LBFA 2P1FA 1X6UA 1TPWA 2X16A 2ZRYA 4CQAA 1LTDA 1WV2A 4L4LA 4K8HA 4MJMA 5FI8A 4LVGA 3K30A 3G3DA 5SWUA 3A23A 3MYPA 2FB3A 3LTPA 4S2CA 2A7RA 4WY0A 4FO4A 1LDCA 2XN1A 1WYIA 5D03A 3S5NA 3CEPA 4O17A 4NJJA 1KBIA 2UV8G 2WKJA 2QDGA 1OF6A 4A3UA 4OGZA 4LVBA 3W2JA 4Y6GA 1A53A 1PCKA 3S0CA 1GVFA 1XM3A 1GOXA 3S5YA 4C1KA 1IF2A 1OX4B 2H90A 3LHTA 5HQEA 3HBLA 1GTHA 3UD6A 3M7WA 4JX5A 1B3OA 2W6RA 4RJEA 1FWSA 4UFLA 5D30A 2H8ZA 5AC6A 1TJPA 3G18A 1H5YA 4P2VA 3GYEA 4HHPA 4EWND 4AWUA 4JIQA 4GFSA 4MZYA 1XBVA 4J9JA 3IVTA 5I3KA 3HPSA 5C6MA 3LXBA 4O57A 4ZVJA 3UZ5A 3CHVA 3I7RA 4UNLA 2ZRVA 1EWEA 1MEIA 3W1AA 1H1YA 4IXXA 3TROA 3HF3A 4RKAA 1LOQA 1BWLA 4O28A 2DORA 2CWNA 4MLRA 2E5BA 2GQ9A 5G4WA 5CPLA 4XTIA 5D2WA 4JYDA 1L6SA 2ISSA 4NX5A 2J9XA 1GQNA 1I2NA 4WOQA 4YLWA 4C1LA 3I7SA 3G8RA 2QUVA 5DCBA 3TNOA 4YXGA 5AC7A 1F2JA 3NPUA 2VFIA 3PB0A 4HKPA 3UWYA 2V81A 3ATZA 4FNSA 1FDZA 3M6YA 1FCUA 2ALDA 3STEA 3QPYA 2GVJA 3P5ZA 2DZXA 1VZWA 3GK0A 4XUGA 3MI6A 3M47A 3LCLA 4O18A 3OIXA 3NQVA 5LHEA 1FDJA 3PBWA 3MHGA 4NJHA 4K7YA 5KINA 1J5TA 5EYWA 1XUUA 1JCXA 4MZ8A 3W70A 3OA3A 1TMHA 3EXRA 3CU2A 4JEQA 5FEWA 1ME7A 2JKEA 3LRKA 3NQDA 1SSGA 2C16A 4UXDA 3PSVA 3GIYA 2FPVA 3MI3A 1EP2A 1G4SA 3QPZA 3L0GA 2J27A 3TSBA 3C2OA 3IV3A 3PM6A 4AVFA 2GVGA 1OYAA 3F4NA 2Q8LA 2VEKA 2J88A 1FWTA 3T78A 3WK1A 3IVUA 1QPRA 4ZQMA 4DXVA 4QM1A 4Q4KA 3L2IA 2WNZA 4NZJA 3L5LA 3DH7A 3NQGA 1I4NA 4UTHA 3O6YX 4QITA 3WK0A 5CGQA 5AHNA 3TJXA 3CIXA 3C2VA 3G1YA 4OHQA 3UWWA 4RV8A 3W07A 1H61A 1X1ZA 3LI0A 1AG1O 3M5YA 4JTEA 5D2VA 1OG0A 4RZ4A 3OVQA 4ZQNA 4HIBA 1JCLA 3NQ2A 4GUFA 5HWMA 4MFEA 1XBXA 4UMCA 2HSAA 3RMJA 3IGSA 2GOUA 3C2FA 3W7JA 2Q3RA 2X1TA 5LSMA 4O54A 3EKZA 3L9CA 5H91A 4DQWA 2CLEA 5LHFA 8TIMA 1LM1A 2H6RA 4X22A 2ZRUA 2PURA 5AN7A 1JULA 5EL1A 4NQ1A 4FF7A 1WDWA 1QMLA 2NX9A 5K2ZA 1HFBA 1OF8A 4KFPA 2A4AA 1SU5A 4ORIA 3L0NA 3QMSA 4UFHA 2ZYFA 4HPXA 2E68A 3DKJA 1NFBA 2Y7DA 2A0NA 1RQBA 2DZSA 3TR2A 1SW0A 4LUJA 1H51A 2ATSA 4O12A 4JDYA 4DF1A 3BW2A 3EEGA 3ZS4A 3NM3A 3QQ0A 3CPRA 4RK8A 5C55A 3W76A 1N55A 2B7PA 4ML9A 4O13A 4BWLC 1K02A 3OVRA 1YADA 3S9YA 3M1ZA 3NQFA 3LCFA 1TJRA 3NOEA 6ALDA 3P84A 3DZ1A 3T7VA 3TSDA 3W7DA 1QOQA 2CU0A 1O5XA 3NDOA 1TO3A 1YYAA 3UPBA 2Y88A 3L66A 4PODA 1ADOA 4ALDA 5E0KA 4UTLA 4XWUA 4QNEA 5IBXA 3UNDA 1K8YA 2QCDB 4HSOA 1YXDA 2NWSA 5EKYA 2NWRA 1B9BA 1H7WA 2RKXA 2E1DA 1C8VA 1GVQA 5LNVA 3LOTA 1AL8A 3PBYA 2X2GA 1H50A 3N73A 1RV8A 3SECA 3KVLA 1OJXA 4LNYA 3LRLA 3UYCA 3N2MA 1MXSA 1WX0A 4O0KA 3SZ8A 5HWJA 1DORA 3S1VA 5HR7A 3W7KA 3NQ8A 1RPXA 1AW2A 4Q33A 5ABTA 1BKSA 1EB3A 4FXSA 1SO5A 2OX1A 2Z1BA 4FB7A 3NYZA 4MPQA 2JGYA 3TV8A 3LBCA 2B7QA 1SR9A 1UJPA 2EF9A 4BFAA 3HMJG 5U7SA 3P81A 1S5TA 1RZMA 4M6VA 2TPSA 3TE9A 5I3GA 4LU0A 4O8RA 3NQAA 3W2UA 5CKSA 3A9IA 3HG3A 2RDWA 5G2WA 1SZEA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1JJKA

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