1DWJM

Study on radiation damage on a cryocooled crystal. refined part 6: structure after a radiation dose of 54*10e15 photons/mm2
Total Genus 194
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
194
sequence length
499
structure length
499
Chain Sequence
EITCQENLPFTCGNTDALNSSSFSSDFIFGVASSAYQIEGTIGRGLNIWDGFTHRYPNKSGPDHGNGDTTCDSFSYWQKDIDVLDELNATGYRFSIAWSRIIPRGKRSRGVNEKGIDYYHGLISGLIKKGITPFVTLFHWDLPQTLQDEYEGFLDPQIIDDFKDYADLCFEEFGDSVKYWLTINQLYSVPTRGYGSALDAPGRCSPTVDPSCYAGNSSTEPYIVAHHQLLAHAKVVDLYRKNYTHQGGKIGPTMITRWFLPYNDTDRHSIAATERMKEFFLGWFMGPLTNGTYPQIMIDTVGERLPSFSPEESNLVKGSYDFLGLNYYFTQYAQPSPNPVNSTNHTAMMDAGAKLTYINASGHYIGPLFEKDKADSTDNIYYYPKGIYSVMDYFKNKYYNPLIYVTENGISTPGDENRNQSMLDYTRIDYLCSHLCFLNKVIKEKDVNVKGYLAWALGDNYEFNKGFTVRFGLSYIDWNNVTDRDLKKSGQWYQTFISP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
publication title Structural Changes in a Cryo-Cooled Protein Crystal due to Radiation Damage
pubmed doi rcsb
molecule keywords MYROSINASE MA1
total genus 194
structure length 499
sequence length 499
ec nomenclature ec 3.2.1.147: Thioglucosidase.
pdb deposition date 1999-12-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
M PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1dwjM00
4TVDA 2OWCA 3WEMA 4OZOA 3GDBA 1CDGA 2VZUA 2XM2A 4EANA 3WSUA 5BROA 2E8ZA 1JFXA 2CKSA 3N04A 2VO5A 2WMKA 3W24A 3CZGA 3MKKA 3HMCA 5GNZA 3LPPA 2PBOA 1HL9A 1E6PA 5BRPA 1CXIA 5FCZA 1ISXA 1PZ2A 3EDDA 3W37A 1E4LA 3O6AA 3POHA 5FIPA 1X6NA 4TXEA 4CVUA 1AQHA 3UR7A 4W5ZA 3IJ8A 3L4TA 2WK2A 2XVLA 3AIRA 2C8NA 5D4YA 1KWGA 1H5VA 1KR0A 3M46A 2IUZA 4MJ2A 2GK1A 2BY2A 3ZT5A 1KGWA 1QBAA 4ATLA 1W1YA 2WBGA 1GW1A 1VBUA 2YL5A 3EYPA 4GXPA 4DUVA 1Q4NX 3WNOA 5I24A 4JKLA 3RO8A 3N13A 4D1IA 1FA2A 2X05A 3TTYA 4UQBA 5A8NA 1XV8A 3CUIA 1A3HA 3AIBA 1C3FA 1HKJA 4D6HA 3WDJA 2ZX9A 1TMQA 1V3KA 3BAYA 4LYRA 1MQRA 3MSGA 3VIGA 3DHPA 4P7LA 1H4PA 5I6SA 4PMXA 4DWSB 2F8QA 2GVYA 2EBNA 1EDQA 1B3XA 1XYZA 5A3HA 1ESWA 3BMWA 4UFHA 5IHSA 1KFWA 5HDRA 3TA9A 4AIEA 1UWRA 2FH6A 4Q22A 4PCTA 2Y24A 5CLTA 2O9RA 2XVGA 4WKAA 3VO0A 3K4DA 3GYCA 4WIWA 2G3NA 4ACZA 2UY2A 3GBEA 2EO7A 2WVTA 4P8UA 5EB8A 3GNPA 5M5DA 1G5AA 1VB9A 1BGGA 2OYKA 4JL2A 2JE8A 2XPKA 3GNOA 1CGVA 2GJRA 4P7RA 1WDPA 1ZS2A 1ISZA 2J7EA 1B0IA 2VNCA 3WMCA 3JUGA 2XG9A 1KBKA 1CGXA 4PEEA 1GQJA 1JF5A 1JYNA 1EDGA 1Q6GA 3MV01 5IFTA 3BSHA 3FAWA 3OZPA 1HJWA 1LLOA 4E8DA 1JDAA 4AD3A 3GXMA 1G1YA 1UD3A 3BC9A 4TTGA 3IJ9A 3NDZA 3GXIA 4B9YA 3ECQA 3VMNA 1MW2A 1OB0A 4FF5A 1JYWA 2XWEA 3SCPA 1MW1A 3WN6A 2W91A 3ZJ8A 1TE1A 4NRSA 5DFAA 2ZX5A 5EFFA 2YBUA 5CZKA 2XGIA 2VRJA 1ITXA 1CBGA 3AS0A 3KZSA 2O9OA 1UH4A 4KRTA 4LYQA 3CHDA 3VIOA 5BWFA 5CQ1A 4FMVA 1CXLA 3ZIZA 1KR1A 1XD0A 1J0HA 1HJVA 1X1NA 4W85A 3VMPA 3WFZA 4CGTA 1V08A 1B30A 1QI4A 2EQDA 2F61A 2VQTA 4UOZA 3WNNA 2BFGA 1E4MM 2J4GA 2CXGA 4W5UA 2A3AA 3WDIA 4YN5A 4PRWA 4A4AA 3WUEA 3WH7A 5JBEA 4HPHA 4PSRA 3VIJA 2J8FA 1HF6A 2DT1A 3U57A 4Q7NA 1W9PA 4CU6A 2MANA 1E55A 3MMUA 3ZJ7A 3ARTA 3CZKA 3WF3A 1B3VA 1F4HA 4QLJA 4MTVA 3UG3A 3WH6A 3OBAA 1FP9A 2WC3A 3OGVA 4B3KA 1E4NA 3W38A 3CBWA 3DHUA 5A2AA 3WF1A 1TG7A 1E5NA 3RMEA 3W53A 2EPKX 6A3HA 1LJYA 1B9ZA 3RILA 3SUWA 1OGBA 3ZSSA 1E9LA 3OG2A 4J3VA 2ZUUA 1GZJA 2ZIDA 4D6IA 3BCDA 1EHAA 3WNPA 1V6VA 2J74A 3CMGA 3EMQA 3MMDA 1BYAA 1SFSA 1J9YA 3WD2A 4PMNA 2GDVA 1GQKA 2BHYA 2WZEA 3PZMA 2X8RA 2CBJA 4X0NA 1CGUA 3KEHA 4RE2A 4HZ6A 2ZXQA 3AMGA 2ZX7A 4TX6A 4YHEA 3AMKA 1TFVA 1QNRA 1U33A 3VMOA 3WD4A 4AISA 4U3CA 1OGGA 1R8LA 4IPNB 1DWJM 1I75A 1PJ9A 4U2ZA 1OM0A 4PYSA 3UR8A 3AYRA 1UKTA 4WKFA 1UKOA 4N0RA 5I78A 1FHLA 2DSZA 1ZJAA 2VVNA 1A47A 2VI0A 2J7DA 5A2CA 2UY3A 2OSWA 1CXEA 3SCOA 2F2HA 4UCFA 3SCUA 3B9DA 4QAWA 4BQ4A 1BSIA 2QF8A 1SMAA 1MXDA 4AMCA 3AIUA 3KWXA 4W8LA 2WHLA 3S6TA 4GIAA 2PBGA 1B3WA 3CZLA 2XFFA 2A3CA 1JZ7A 1JZ6A 4U3AA 4PUEA 1D7FA 4PCSA 2OYLA 4HOWA 5BCAA 5ABEA 4W7UA 2DSVA 2WC4A 3VIPA 1V0LA 3K4AA 4GI9A 1EQCA 5FL1A 5EBAA 1XCWA 5A2BA 5A6KA 4PMRA 3CGTA 3UERA 2X2YA 1E3XA 3PZUA 3NJ3A 2DT3A 5HBFA 2G3MA 1CIUA 2VTFA 2G3JA 1DHKA 1JL8A 1E6RA 1BYBA 1HJQA 1ZBKA 1YHTA 3ZT6A 2WMIB 4IISA 4ZE4A 1H2JA 3O9NA 2ZUVA 2G3IA 3WDPP 2DSUA 5JBDA 3VM7A 4BZYA 1Q6FA 1TA3A 2VCAA 4RE3A 1KQZA 1NP2A 4D1JA 1JD7A 1HKIA 5CJ5A 4MAZA 3A4XA 1O7AA 1TR1A 3N12A 2WVVB 4AZCA 2FDMA 2C7FA 2PC8A 4UFLA 4HMDA 1FOBA 5JBFA 2CNCA 3M7SA 3WMSA 2V3FA 3EBVA 3CHFA 3J7HA 1OSEA 3SCNA 2VC9A 2E9LA 3THDA 4KRUA 1QVBA 5AY7A 4MDPA 1VEOA 1CXFA 4HMCA 4JCLA 3OGRA 1UWUA 2VZTA 4XUYA 4JFTA 2A3HA 1E6SM 5D9MA 4MPKA 2RGMA 4HZ8A 3T2OA 2VX5A 4V2XA 1AVAA 1NQ6A 4R5EA 5CPQA 1OCQA 4M81A 2YKKA 5BYWA 3W28A 3VGBA 4GI6A 1JNEA 5TD4A 1Y7VA 2J47A 1B3YA 5DEZA 4E4PA 1I1XA 4KMQA 3W81A 1VEMA 2WW5A 1MQQA 1GQLA 4RE4A 4H04A 4D6JA 2CCRA 1MVYA 1UR8A 1K9DA 5DT7A 7TAAA 4AZBA 2BHZA 1HP5A 3EDEA 1XSKA 1CYGA 2W4XA 4AXNA 2WCSA 1J18A 1GCYA 1JNDA 3L2MA 1US2A 3WNLA 1PZ3A 2GJXB 3L4VA 1BYDA 3VDCA 2VX6A 1QOXA 4GZIA 5D9OA 2XVNA 2PWHA 5I3DA 2VUYA 1E15A 4XV0A 3VX1A 4BQ5A 2XSBA 5DF0A 1UR0A 3IK2A 4N42A 1KXTA 4JFUA 2WHKA 2ESCA 2ZXDA 2DIJA 1CENA 4DUWA 3PZ9A 3L4UA 1W9DM 4J3UA 1QNSA 4DUXA 2EPLX 4JHZA 4OOZA 4W8BA 3RM8A 3QOKA 4IM4A 1OD0A 5A8PA 1WNOA 1E4IA 3F4VA 4TX8A 5E70A 1W3LA 3I3BA 5CLWA 2ZUWA 2XIIA 4XB3A 4CD5A 3AIVA 4QP0A 4MB3A 2ZOXA 1WAWA 4MNJA 2FGZA 1JAEA 1LG1A 1V3IA 3PZNA 4AC1X 3TTQA 4KGLA 4GQQA 2J7GA 4P8VA 3VDBA 1V3HA 3GH4A 3AS2A 1M04A 4HTYA 5E9AA 3WELA 5IHRA 3ARPA 2CKRA 1JDCA 1PIFA 1VENA 4JFSA 1L8NA 1B2YA 5A6MA 3NUKA 2VMFA 3WDQA 5GNXA 3MS8A 1NM9A 4LX4A 5D8WA 1GUVA 2WCAA 3IAPA 4L4OA 3WIJA 2VURA 3N18A 3NSMA 5BXRA 3UESA 1W2VA 2V38A 1DWAM 4PMUA 1NWTA 1ZBVA 4H7VA 4XX6A 3CHCA 1JYVA 2W92A 1JZ3A 1AQMA 3BGAA 1MQPA 3UG5A 1RD6A 4JKKA 4UQAA 2E8YA 2G41A 3MUZ1 1EGZA 1EHNA 4H8HA 1UWQA 3APGA 3VD5A 4UR9A 4WF7A 3NSNA 1W3JA 1M03A 2XM1A 1LQ0A 3AMLA 3W25A 3QR3A 4ZEPA 1V6WA 4OBRA 3VDHA 3VIHA 2Y8KA 1CNVA 3FW6A 2ZWYA 1K9EA 3CUHA 3M6DA 3BLKA 1ECEA 4LXFA 4J27A 2CERA 4B3LA 5DO8A 3SCWA 4CN6A 3AS3A 4CD6A 2CBIA 3HJEA 1W1VA 3WUGA 1N82A 3AXHA 3RM9A 4UFJA 4GI8A 2XVPA 1I1WA 1HKMA 4P8WA 4Y7EA 4ATDA 5HNNA 1UD2A 2PWFA 3LPOA 1HKKA 5E6ZA 3ARVA 2PWEA 3T09A 2J7FA 5A6BD 4LGXA 1UA7A 2WXDM 4AZ7A 1EOMA 3T0AA 3OLEA 1HVQA 3CIVA 2DSKA 3K1DA 2O9PA 5LA0A 1E70M 2EJ1A 1DWGM 3WBAA 4M56A 4AIOA 1IZKA 5D9NA 3W27A 3I3DA 1W1PA 4Z2LA 3DYMA 1VFOA 4M8UA 1VFUA 1OINA 1UKSA 1EDTA 1GOQA 2C0HA 3W6MA 4F79A 1H3GA 4R27A 2BV9A 1E40A 1P6WA 1NOFA 4AD5A 3LMYA 2YL6A 2V5CA 4MNKA 3POCA 4C7GA 5HXMA 3TTOA 3VKKA 5FKYA 3PZGA 2CBUA 4U33A 1UA3A 4QLLA 1LG2A 2VVSA 2XYLA 1JZ2A 2FHFA 2HVMA 1E6NA 2UWFA 2X09A 1RH9A 1NWRA 3PZVA 2J62A 2VRKA 3SCTA 1VRXA 1OIFA 4A3YA 3K8KA 2CYGA 3CH9A 1K9TA 1SR0A 1R87A 2WMFA 3ZSTA 4K68A 3KE0A 2GJPA 2DH3A 3W0KA 3VGGA 4NF7A 2NT1A 4KH2A 2WZHA 2ZXAA 4A3HA 4JL1A 2BS9A 3ZQ9A 1CLXA 1BGAA 5JUVA 1V3MA 5KEZA 3F5KA 4PN2A 2O9TA 3WQ5A 3SUVA 2WSKA 5ECUA 1E1FA 3AZSA 2CESA 1OGSA 4M82A 1BVNP 4QLKA 1WE5A 1GPFA 4JZ5A 2WC7A 2DPEA 3OZOA 4OBSA 1EIBA 1WKYA 4MDOA 5CG0A 4M24A 3W82A 1BTCA 1E3ZA 5BXSA 4PMDA 4MNLA 2J7HA 1KWKA 3AOFA 4PMZA 4P7QA 5F7UA 4IUGA 5LA2A 5HPOA 5CSUA 3GH5A 2W5FA 4J7RA 1M53A 3U5YA 4W88A 4P7OA 2Y4SA 1W9BM 3BAJA 1W2PA 4FLSA 1KXVA 4CN4A 1UWIA 4F9JA 1CXKA 3WMBA 1PIGA 3ALFA 1UYQA 5A95A 1V02A 1VFFA 1C8XA 2FH8A 3AHTA 1V0NA 1ISYA 2BHUA 4J3TA 1VFMA 4H8UA 3BAWA 1QHPA 5FL0A 1K6AA 5CXPA 1ISVA 1JG9A 3CUGA 4UQEA 2WHMA 1GORA 2J7BA 3FN9A 3TOPA 2CITA 3FXYA 1XHGA 2DT2A 1TVPA 3N15A 2YA0A 5C70A 1CZ1A 2J7CA 1PX3A 4TOQA 4P8XA 2V5DA 1OT2A 1WZAA 3M07A 3VUPA 2UY4A 1IZJA 1WPCA 1L0PA 4ATWA 3VD7A 5ABFA 5FOOA 1JXKA 3LPGA 2DT0A 4U5IA 5A6SA 2ZUSA 5A8MA 2D20A 3T2QA 2W66A 5E0FA 1GOWA 1H11A 4V27A 4AEEA 1UQYA 3BAKA 1WO2A 4UOQA 1FH9A 1YQ2A 5GPRA 1B3ZA 3UETA 5A1AA 3SCVA 1H1NA 3TP4A 3L4ZA 3F5LA 3ZMRA 1KXQA 3PBGA 4UQDA 2VR4A 3QHNA 3L4XA 2XHYA 1X6LA 2BXZA 1MW3A 5I5RA 1MYRA 2B31A 3ZJKA 1EO7A 3L4WA 3U7BA 1JDDA 3ALGA 3CZ8A 1QHOA 2ZUNA 1JI1A 1Z32X 5IDIA 1QNPA 4TTUA 1LWHA 4F8XA 2BNJA 1KCKA 8A3HA 4MNMA 2GDUA 1ZU8A 2XFYA 1V6XA 2ZXBA 3BAIA 4FLRA 3PZIA 1NH6A 4CCCA 1C8YA 1ZJBA 4JFVA 1R85A 3MSDA 4EAMA 1UH2A 1J01A 4M29A 1KCLA 3GH7A 3E1F1 1LL6A 3MO4A 1R86A 2QPSA 5JIPA 1UKPA 4HPGA 3CUJA 2GK1B 1QHZA 2XGBA 1UR2A 2W62A 3AYSA 2VX7A 3VNYA 4PMVA 3VU2A 2XSAA 3AHYA 2WHJA 3AICA 4CD7A 2NW0A 4E8CA 3NIYA 2WWCA 4HU8A 2PI6A 3K8MA 1V02E 4UZUA 2DIEA 1WZMA 2EXOA 5AYIA 5LYRA 5C8BB 1XH1A 4EK7A 4V28A 3VPLA 3WH8A 5D9PA 1JXJA 3OLIA 4AW7A 1C7TA 4GZEA 2E40A 2OWXA 2QLYA 1W9UA 3CHEA 1JZ5A 1FH8A 3VGHA 3ZO9A 5HPCA 1BF2A 2D3LA 1XCXA 4S3JA 3EMCA 3ARUA 3CZEA 4M80A 3OA5A 4DWSA 5I2UA 4AD2A 2V3DA 1JF6A 1ZBWA 3CTTA 4CKQA 5JIWA 2NSXA 4MB4A 3GXFA 1HJUA 3G6LA 3AIEA 4JIEA 4ACZB 4HOXA 3BSGA 3ZT7A 3WEOA 4TUFA 4GO8A 3KL3A 2PWGA 4AY1A 1LL7A 2G8ZA 4NRRA 2W63A 3FHQA 1CWYA 1XD1A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4TVD A;  2OWC A;  3WEM A;  4OZO A;  3GDB A;  1CDG A;  2VZU A;  2XM2 A;  4EAN A;  3WSU A;  5BRO A;  2E8Z A;  1JFX A;  2CKS A;  3N04 A;  2VO5 A;  2WMK A;  3W24 A;  3CZG A;  3MKK A;  3HMC A;  5GNZ A;  3LPP A;  2PBO A;  1HL9 A;  1E6P A;  5BRP A;  1CXI A;  5FCZ A;  1ISX A;  1PZ2 A;  3EDD A;  3W37 A;  1E4L A;  3O6A A;  3POH A;  5FIP A;  1X6N A;  4TXE A;  4CVU A;  1AQH A;  3UR7 A;  4W5Z A;  3IJ8 A;  3L4T A;  2WK2 A;  2XVL A;  3AIR A;  2C8N A;  5D4Y A;  1KWG A;  1H5V A;  1KR0 A;  3M46 A;  2IUZ A;  4MJ2 A;  2GK1 A;  2BY2 A;  3ZT5 A;  1KGW A;  1QBA A;  4ATL A;  1W1Y A;  2WBG A;  1GW1 A;  1VBU A;  2YL5 A;  3EYP A;  4GXP A;  4DUV A;  1Q4N X;  3WNO A;  5I24 A;  4JKL A;  3RO8 A;  3N13 A;  4D1I A;  1FA2 A;  2X05 A;  3TTY A;  4UQB A;  5A8N A;  1XV8 A;  3CUI A;  1A3H A;  3AIB A;  1C3F A;  1HKJ A;  4D6H A;  3WDJ A;  2ZX9 A;  1TMQ A;  1V3K A;  3BAY A;  4LYR A;  1MQR A;  3MSG A;  3VIG A;  3DHP A;  4P7L A;  1H4P A;  5I6S A;  4PMX A;  4DWS B;  2F8Q A;  2GVY A;  2EBN A;  1EDQ A;  1B3X A;  1XYZ A;  5A3H A;  1ESW A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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