1V03A

Crystal structure of the sorghum bicolor dhurrinase 1
Total Genus 188
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
188
sequence length
487
structure length
487
Chain Sequence
IHRLSPWEIPRRDWFPPSFLFGAATSAYQIEGAWNEDGKGPSTWDHFCHNFPEWIVDRSNGDVAADSYHMYAEDVRLLKEMGMDAYRFSISWPRILPKGTLAGGINEKGVEYYNKLIDLLLENGIEPYITIFHWDTPQALVEAYGGFLDERIIKDYTDFAKVCFEKFGKTVKNWLTFNDPETFCSVSYGTGVLAPGRCSPGVSCAVPTGNSLSEPYIVAHNLLRAHAETVDIYNKYHKGADGRIGLALNVFGRVPYTNTFLDQQAQERSMDKCLGWFLEPVVRGDYPFSMRVSARDRVPYFKEKEQEKLVGSYDMIGINYYTSTFSKHIDLSPNNSPVLNTDDAYASQETKGPDGNAIGPPTGNAWINMYPKGLHDILMTMKNKYGNPPMYITENGMGDIDKGDLPKPVALEDHTRLDYIQRHLSVLKQSIDLGADVRGYFAWSLLDNFEWSSGYTERFGIVYVDRENGCERTMKRSARWLQEFNGA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structural Determinants of Substrate Specificity in Family 1 Beta-Glucosidases: Novel Insights from the Crystal Structure of Sorghum Dhurrinase-1, a Plant Beta-Glucosidase with Strict Specificity, in Complex with its Natural Substrate
pubmed doi rcsb
molecule keywords DHURRINASE
molecule tags Hydrolase
source organism Sorghum bicolor milo
total genus 188
structure length 487
sequence length 487
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2004-03-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 1v03A00
2CPUA 2WKGA 1UD2A 4LYRA 5AYBA 4TX6A 2WMGA 2ZX7A 1D2KA 3IJ9A 3MUY1 4JHZA 1UD4A 3ZR5A 1UHVA 2J7BA 2WYSA 3W53A 5A6AA 3N17A 3ALFA 4TOQA 1WZAA 4GI9A 2VZSA 1OIMA 4H41A 3GM8A 5JBFA 4D71A 2DGAA 1FH8A 2AOSA 4UOJA 2VCBA 4W5ZA 1V03A 4KMQA 3RILA 5I79A 2VO5A 2WZEA 5CPTA 1QHPA 1TE1A 2PB1A 5ECUA 5D4YA 4NI3A 3S6TA 1G0CA 3OGSA 3MUIA 4OZOA 1I1WA 3POCA 1S46A 3L4TA 5A6BD 2WHKA 1NARA 5E6ZA 1BYDA 1WAWA 4WJXA 1XC6A 1EIBA 1JFHA 1CGVA 1HKKA 3VD3A 1E1EA 2W92A 4ATLA 1UD8A 3THCA 3DC0A 3CO4A 2DIJA 3VIFA 4AD4A 5M03A 2OLHA 4M80A 1ZB5A 1BSIA 3FHQA 4XB3A 2CEQA 2WKLA 5A6KA 2GJRA 1GQJA 1W1VA 1PX8A 4F9JA 4B9ZA 4HZ7A 4YHGA 4MB3A 2BY2A 2WLZA 5BROA 4ZEPA 2G8ZA 4MADA 1CGUA 3AS3A 2YA2A 1G5AA 5I0DA 2D0HA 4HOWA 2X1IA 1MW1A 1VFFA 4M1RA 4RE2A 1PAMA 2W5FA 4E4PA 5BXTA 5BRPA 5I78A 3VGGA 1Q6FA 1DWJM 3UG5A 1W3LA 3F4VA 1B3XA 1GOWA 2NW0A 2F8QA 3A4XA 3SIMA 3MUZ1 3MSGA 3MMUA 1VEOA 1PBGA 4MNKA 4UQDA 2EPKX 2FHBA 1CEOA 2DSUA 3WUEA 5EMYA 2X2YA 3VINA 2ZUSA 1XCXA 3WD3A 4GPNA 1RPKA 1J18A 1HX0A 2WHLA 4QAWA 2DEPA 4ZXLA 5I77A 1DWIM 4DWSD 9CGTA 4AZBA 3EDEA 7A3HA 3WFZA 1LL6A 2ZUUA 1GVYA 3VDBA 3N18A 5GNXA 1NWTA 1FFQA 1GHSA 4OBRA 4RE4A 3WENA 2D0GA 5EB8A 1E40A 2VCAA 4CCEA 1BQCA 4U33A 3UR8A 3ZT5A 4LGXA 3WQ8A 3KWXA 4AZ5A 1JD9A 4W8LA 3EDFA 4UZSA 3M46A 2IUZA 1JGIA 4L4PA 1GW1A 4FF5A 1VBRA 2WWCA 4UNIA 5IHRA 1UKPA 1KXQA 1A47A 1UWRA 4UFHA 1OCQA 1W91A 2D1ZA 1PIFA 4OJYA 2PWGA 4GZIA 3TTYA 1JAKA 2GJXB 1C92A 3AIVA 4Z2GA 4ZE4A 4JL2A 4RL3A 1KWKA 1BG4A 3DHPA 2WVVA 2Y5EA 3UETA 5HNNA 3ARXA 3KEHA 4AD0A 4NZCA 4AEFA 4X0VA 4WIWA 3II1A 2MANA 4BQ4A 5CLTA 5I3DA 1DTUA 3UERA 2JFEX 2GVYA 1JDCA 3AIUA 5E0FA 2VX6A 3ARRA 4GO9A 3FAXA 3MMDA 4GIAA 4CCDA 7CGTA 1ZJBA 5DF0A 1JG9A 3L2MA 1L8NA 1H4PA 3ARZA 3MMWA 3AZTA 3VMPA 3RJXA 1UWSA 3WNPA 4P8XA 2VVNA 2XIBA 3A4WA 4H8UA 3WDHA 4W7WA 2Y8VA 4MJ2A 1X6LA 3SCQA 4HOZA 5I23A 3BCDA 1VEPA 3BH4A 1KXVA 1GONA 1MQPA 2CHOA 2PBGA 4CU7A 2VX7A 1VBUA 4GKLA 3WDJA 3AZRA 4U5KA 3WQ4A 4OOUA 4PMVA 3ARQA 1QPKA 3WMBA 2C0HA 4AD3A 1B3WA 2J8GA 4D6CA 2BV9A 1PX3A 2CHNA 2OYMA 4LQ1A 4HOXA 1EQCA 1R7AA 3GNPA 3VNZA 3VIIA 3WMCA 4PMQA 2DPEA 3EMCA 1EO5A 5ABGA 5A2BA 4JFVA 1HF6A 3WQ5A 3VIKA 2DSVA 5I2UA 2BHZA 1AVAA 3QHOA 4HPGA 4BZYA 3VUPA 1AQ0A 3BAWA 2VRJA 4AD1A 3T09A 5D9NA 1U2YA 2YDQA 4P7QA 3W4RA 3F5LA 5JBDA 2V3EA 1FA2A 2CITA 3ZJ6A 2D3NA 3OZOA 2XSAA 5AC4A 3DHUA 3ARTA 2GK1A 3AMKA 1ZJAA 4UFLA 1E55A 1ECEA 4WKHA 1MFUA 3VDAA 1BLIA 3WD4A 1H09A 1XSKA 1B0IA 4BCEA 1UD3A 1GVIA 1CDGA 2X8RA 5IDIA 1KBBA 1CXLA 1IZKA 1CXEA 1MW0A 3WD0A 5HDRA 4PYSA 5A2AA 3GH4A 3MANA 2FHCA 2WVTA 1EDQA 3K1DA 3VD9A 1TVPA 3IANA 3WUGA 5JIWA 3AOFA 1QHOA 3VVGA 3LMYA 2VJXA 2BVDA 5GNYA 1C7SA 1CZ1A 3G6LA 3ZIZA 2TAAA 1VENA 2WPGA 2ZX6A 1E6QM 1MVYA 5I24A 1J0ZA 2XGIA 2V5DA 2BY0A 4DUXA 3ZSSA 4PTMA 1XHGA 2WB5A 4JCLA 4AYSA 2XM1A 2VZUA 2J7FA 1CPUA 3W6MA 5M5DA 5KZ6A 1BGAA 1BVZA 1R8LA 4HMCA 4MTVA 4EE9A 1WDRA 1H3GA 3RM9A 1E6NA 2C7FA 1EO7A 3OGVA 5FCZA 1WE5A 2E9MA 3GXMA 5EFFA 1P6WA 1JI1A 3W26A 2J47A 1V3IA 1VIWA 3FY1A 1E70M 4IISA 1HJVA 3GNRA 1OSEA 3GXFA 1W2PA 1E4IA 3BAYA 5CG0A 1FH9A 1E4MM 4D72A 3CTTA 4CU6A 1N82A 1J0JA 2IXVA 4JZ5A 4J28A 1XYFA 4JFWA 3AXHA 3N15A 1UWIA 4X0NA 1UUQA 2WVUA 1EHAA 4M8UA 1AMYA 5A6BA 1UKOA 2ZUWA 4KRTA 4CCCA 2DH3A 1UWQA 3WF2A 4C7GA 2XVKA 4QLJA 4WKFA 4FLQA 1JZ4A 2V3GA 3L4UA 2PBOA 1FH7A 4MAZA 3FAWA 5C71A 1OGSA 3WNNA 2GUYA 4W7UA 3VD7A 4PTXA 3O2LA 1SR0A 2OSXA 5A3HA 2J7EA 1J0HA 3AIRA 4PRWA 1W32A 3PHAA 1G1YA 4AXNA 4XV0A 1GJWA 2DIEA 4WK9A 1M04A 1ZL1A 1ODUA 1JZ3A 4X9YA 1R85A 4W93A 4NSBA 3CMJA 4BA0A 2ZXBA 5A2CA 1DWHM 4M56A 1CBGA 4P7LA 4YHEA 3ZO9A 5JBEA 3WF3A 3J7HA 5JIPA 3FN9A 4TVUA 2Y24A 3VD5A 1MWOA 1KR1A 5A6SA 4FLRA 2VZTA 1KQYA 2CYGA 2ZIDA 3HN3A 4HA4A 4JFTA 4D6DA 1E3ZA 2OWXA 2YBUA 1E9LA 4TVDA 2XVLA 2J77A 2ZX8A 3CHFA 3TA9A 3B9AA 3WDPP 2D0FA 3T08A 1WZKA 3DECA 1LQ0A 1V0MA 2WNWA 4TVCA 1JI2A 4HU8A 2CBJA 3VPLA 2VVSA 4BQ5A 3A47A 2YOCA 4EANA 4JIEA 1J0IA 2GK1B 2DT2A 1WP6A 4DWSA 4OUEA 3BAJA 3B9DA 5CPSA 2J79A 4H7VA 1TFVA 1HP4A 1V02A 1IT0A 4ZFMA 3WMSA 1OT1A 2O9OA 1VEMA 3CZGA 1D3CA 5CSYA 5AY7A 4B3LA 3CUJA 5BCAA 1NOUA 3T2QA 2VCCA 3AI0A 3VM7A 3LPGA 4PMRA 1Q6CA 2WZHA 1GJUA 3F5KA 1M53A 1JNDA 2CBVA 3RO8A 2WM0A 3WH6A 1BPLB 2G3MA 2WCGA 2CNCA 4DM1A 2YLAA 2PC8A 4AIUA 1HVXA 4B16A 4J3UA 3WF1A 3OB8A 3GTNA 3DYOA 4LYPA 2GFTA 3D3AA 2YL9A 2ZUMA 1CGWA 2YBTA 3WEMA 2XVGA 3APGA 1YQ2A 4KGLA 4WSKA 3K4DA 1TA3B 1JYVA 3AMGA 3T0AA 3VMNA 3N12A 1GORA 1HL8A 3PTQA 4U5IA 4UQCA 4U2ZA 3CGTA 3MO4A 2DSKA 5IFPA 1HP5A 2VOTA 1AQHA 2DDXA 4WLCA 1BTCA 3WBEA 1WDQA 4JKKA 3WQ6A 1G01A 1E6ZA 4P8UA 2ZXAA 1K9EA 3I3DA 3L4XA 1M7XA 1UKQA 3WF4A 2JF7A 5IXEA 3AYSA 1V6UA 1VFUA 3CUFA 4MDOA 2DT0A 1KCKA 4M29A 1JDDA 3ZJKA 1LF1A 3CUIA 4W5UA 3FW6A 3VGEA 6TAAA 4QLKA 2PF0A 1BF2A 1US3A 3W6LA 2QLYA 4ACZB 2EXOA 5A8QA 1HKIA 1K9DA 4UOQA 3M6DA 2E9LA 1MXDA 2QMKA 2ZUVA 1KQZA 1UH4A 1XH0A 2E40A 4CN1A 4P8WA 1WDSA 3PZTA 1UQZA 4LPCA 2W4XA 4EAMA 5D9MA 5FL1A 2HVMA 1CXHA 1XSJA 3VDCA 1CXKA 2CCRA 3JUGA 3CZKA 1UD5A 1C91A 2CERA 4BF7A 5A94A 3ZMRA 2W91A 1J01A 3MKKA 1QNQA 3ZJ8A 2G3JA 2XM2A 3VIJA 1UR4A 1C8QA 4D6JA 2J7HA 2YL8A 4AY1A 3BCFA 2Y4SA 1UOKA 2D20A 3VIHA 2JIWA 2A3CA 4LXFA 4J3TA 1JYWA 2EEXA 5D9PA 1QNPA 3ZM8A 5ABEA 1PX4A 1BHGA 2CKRA 4PCSA 4M81A 4UFIA 3IAPA 4KGJA 3EDJA 5CSUA 2UY2A 2VC9A 4E8CA 3ZJ7A 3AQUA 1LWHA 1WCGA 4NRSA 4TUFA 4UFKA 4C7FA 3UEQA 3GH5A 2XIIA 2WBKA 1JNEA 4ATWA 2YL6A 3BXWA 3WL0A 3K8KA 4D6FA 1OGBA 5FD0A 1JYNA 4UFMA 4Q7NA 3N13A 1ESWA 3NCOA 3PZNA 2UY5A 4HU0A 3VU2A 1UZ4A 4Z2JA 3L4VA 3OZPA 3ZOAA 1R7OA 1CXIA 5CJ5A 3PZOA 2CESA 3GDBA 1OINA 2UY4A 4DWSB 1VF8A 2XGBA 3AHVA 2WHJA 6CGTA 4CUCA 1EA9C 1XYZA 1BG9A 1V6YA 3QHMA 1KWGA 1J0KA 4NF7A 3W38A 1C7TA 2WMIA 4AZIA 2D23A 1DWGM 1W1TA 4W87A 5CLWA 2XYLA 5DT7A 2JEPA 3VGFA 2BXZA 4TXEA 5A6JA 3BC9A 2JF6A 1HJSA 4XUYA 2B31A 1W9VA 4F66A 1QI4A 4QFUA 5A8MA 2Y2WA 2XHYA 4PSPA 1K9FA 3M7SA 1CXFA 4AZ7A 1E4NA 2EQDA 3OLEA 4AZ6A 1WO2A 1Q6DA 1UKTA 2XWDA 5IHSA 4HZ6A 4OBSA 4GI8A 1W9UA 1B2YA 4ML4A 4FLOA 5A6LA 4W7VA 2ZX5A 4IPNB 2VUYA 4FK9A 2ESCA 3W81A 5C70A 2WSKA 3VILA 1UZ1A 4B3KA 4UQEA 1RD6A 3BGAA 3KZSA 1G94A 2VZVA 3CMGA 2W61A 3VO0A 3BAXA 1GQKA 4TX8A 4ZENA 5HPOA 4F8XA 1HVQA 1W2VA 4DUWA 2J7DA 1Q6EA 4BQ2A 4R5EA 1E6SM 3WQWA 1E5JA 1JXKA 5D8WA 1MW3A 2D2OA 4BQ3A 1BYBA 2VURA 4GO8A 5M3WA 1ZBWA 3WELA 3ARYA 2G3IA 3N1AA 2YA1A 1W9DM 1GQIA 2YIHA 2BY1A 4AZCA 1KB3A 1DWAM 1E15A 4UQ9A 4F9DA 2XFRA 2V3FA 2D3LA 1V6XA 1FP8A 4WKAA 1ISZA 2XWEA 4V28A 4PCTA 3CZLA 2WW5A 3T2PA 3VNYA 1QI2A 2RGMA 5AYIA 2EPLX 3B8SA 4GI6A 4HA1A 4PMOA 2WAGA 3MS8A 3OA5A 2BVYA 1VRXA 2OSYA 1B1YA 4LX4A 2E8YA 1WNOA 1JAEA 1BAGA 1OIFA 2DSZA 3CZ8A 2QV4A 1LL4A 5EFDA 5BRQA 4W8BA 3CZJA 1BGGA 4S3JA 4W89A 1HT6A 4IM4A 3ZT7A 4PN2A 3OG2A 3PZQA 3F5JA 3ZR6A 1DEDA 3SUSA 3AZSA 4QLLA 1JZ7A 2EPNA 2WLYA 1O7AA 2X0YA 3B9EA 4Z2KA 1CLVA 1ZBCA 2PWFA 4ZXOA 4UFJA 1VJZA 3SCNA 3RM4A 1ISYA 4P7NA 1U33A 5LYRA 1KXHA 2ZUTA 1V3LA 4W84A 4UTFA 3UR7A 3AHTA 3CH9A 5CGTA 1ZS2A 1K6AA 3IJ7A 5ABHA 1XGZA 2WZIA 3OLGA 1H0GA 3AMDA 2VZOA 1Q6GA 4MNLA 4JKLA 5CPQA 4OOZA 1DWFM 4MNJA 3AXXA 4CU8A 1TG7A 5GPRA 1IZJA 1H0IA 2JALA 1TZ7A 3K8LA 2QHAA 5HXMA 3WSUA 3KL5A 3FNDA 2FHFA 3ECQA 4PMZA 3IJ8A 2PWDA 1US2A 1XCWA 3VDHA 4PTVA 3IAQA 1UR8A 2DQXA 3BMVA 5IFTA 1CLXA 2WMFA 4EKJA 4W85A 2FGZA 4CVWA 2YL5A 5F7UA 3AXIA 3AMLA 1NQ6A 2J7CA 4UQBA 1UA7A 2WVVB 1ITCA 3WL1A 2RGLA 3M07A 2CETA 4P7OA 1ZU8A 2ZICA 2QPSA 3ZSTA 2ZWZA 3ARWA 1W9PA 1XH2A 1FP9A 7TAAA 1QNRA 5M17A 4PBGA 1J0YA 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CPU A;  2WKG A;  1UD2 A;  4LYR A;  5AYB A;  4TX6 A;  2WMG A;  2ZX7 A;  1D2K A;  3IJ9 A;  3MUY 1;  4JHZ A;  1UD4 A;  3ZR5 A;  1UHV A;  2J7B A;  2WYS A;  3W53 A;  5A6A A;  3N17 A;  3ALF A;  4TOQ A;  1WZA A;  4GI9 A;  2VZS A;  1OIM A;  4H41 A;  3GM8 A;  5JBF A;  4D71 A;  2DGA A;  1FH8 A;  2AOS A;  4UOJ A;  2VCB A;  4W5Z A;  1V03 A;  4KMQ A;  3RIL A;  5I79 A;  2VO5 A;  2WZE A;  5CPT A;  1QHP A;  1TE1 A;  2PB1 A;  5ECU A;  5D4Y A;  4NI3 A;  3S6T A;  1G0C A;  3OGS A;  3MUI A;  4OZO A;  1I1W A;  3POC A;  1S46 A;  3L4T A;  5A6B D;  2WHK A;  1NAR A;  5E6Z A;  1BYD A;  1WAW A;  4WJX A;  1XC6 A;  1EIB A;  1JFH A;  1CGV A;  1HKK A;  3VD3 A;  1E1E A;  2W92 A;  4ATL A;  1UD8 A;  3THC A;  3DC0 A;  3CO4 A;  2DIJ A;  3VIF A;  4AD4 A;  5M03 A;  2OLH A;  4M80 A;  1ZB5 A;  1BSI A;  3FHQ A;  4XB3 A;  2CEQ A;  2WKL A;  5A6K A;  2GJR A;  1GQJ A;  1W1V A;  1PX8 A;  4F9J A;  4B9Z A;  4HZ7 A;  4YHG A;  4MB3 A;  2BY2 A;  2WLZ A;  5BRO A;  4ZEP A;  2G8Z A;  4MAD A;  1CGU A;  3AS3 A;  2YA2 A;  1G5A A;  5I0D A;  2D0H A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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