4PMD | Genus

Total Genus 127

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	127
sequence length	329
structure length	329
Chain Sequence	TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTLVWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEIAKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELDISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKKAFFRIIDFL

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Hydrolase
source organism	Caldicellulosiruptor bescii
publication title	Crystal structure of CbXyn10B from Caldicellulosiruptor bescii and its mutant(E139A) in complex with hydrolyzed xylotetraose rcsb
molecule keywords	Endo-1,4-beta-xylanase
total genus	127
structure length	329
sequence length	329
ec nomenclature	ec 3.2.1.8: Endo-1,4-beta-xylanase.
pdb deposition date	2014-05-21

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00331	Glyco_hydro_10	Glycosyl hydrolase family 10

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.80	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Glycosidases	4pmdA00

3AIRA 4AYSA 2D0HA 3T0DA 1ISXA 5E70A 4F66A 1QI3A 2GJXB 2DGAA 3BLKA 1QNOA 2G8ZA 1MW0A 4FLRA 1KQYA 2ZX6A 4WKAA 3ARRA 2XVLA 2FGZA 1BYAA 4PUDA 3KEHA 5I78A 1ZU8A 3WH9A 4A4AA 1NOFA 4GKLA 2VR5A 2JIEA 3PZOA 5JBFA 1TMQA 3EMCA 1QBBA 2ZXDA 3MV01 1SMAA 1FH9A 1WP6A 3AQUA 4R27A 4D71A 3NYDA 3F5KA 1LQ0A 4FLSA 1E73M 5HPOA 1AQHA 3SUVA 4DUVA 5D9MA 2G3IA 2QHAA 4DM2A 3EDKA 5AY7A 1YHTA 3EYPA 1WPCA 1E3ZA 3BSGA 2X09A 3CHFA 2OSYA 2CYGA 2J78A 4X9YA 5GPRA 2UY4A 3GXDA 2DT0A 5C8BB 5KEZA 1AMYA 2XFFA 4P8UA 4HU8A 5TD4A 4XUYA 4D6JA 3WEZA 1HJSA 5D4YA 4BS0A 1IZJA 3GDBA 5DMYA 3VU2A 4UQDA 3RM8A 2EPMX 3HMCA 2G3MA 1ESWA 3ARTA 4GPNA 1JXKA 1LL4A 2D24A 1LL6A 2ZUWA 3VD9A 1RPKA 1UOKA 1K9EA 3EDEA 1JDDA 4JL1A 5IDIA 3UEQA 1GPFA 3G6LA 5I2UA 1TA3A 3WNMA 3MU7A 1W1TA 3APGA 5FOOA 1H41A 4KGJA 1HKJA 4GIAA 3WNLA 6CGTA 1HF6A 3I3BA 3VGFA 1E6ZA 3WL0A 2D0FA 1MYRA 2EPNA 3DHUA 2GVYA 1E4IA 1WE5A 2GUYA 2DT2A 1BGGA 2IUZA 4JKLA 4L4OA 2FGLA 1UWIA 2FHFA 1E4NA 1NWSA 5I24A 5CSYA 1EOMA 1E0XA 1V3HA 4XZBA 1J9YA 2UY3A 2W62A 1OBAA 2D23A 6TAAA 4EK7A 1S46A 2CBVA 1CXIA 1XH2A 5BROA 1UG6A 1XSIA 2O9RA 3CHEA 2WC4A 3UG5A 4M82A 3VM5A 4F8XA 3LPFA 1CGXA 2XM1A 3OLIA 1OSEA 5JIWA 2WHMA 1FH7A 1GVIA 2YDRA 1UKOA 3AICA 2CBIA 3WNOA 1MQPA 2VZTA 4AD4A 1UZ4A 4H8HA 2Q8XA 2YLAA 2W92A 3A6OA 4Q22A 3N9KA 1EDTA 1W1YA 2WANA 1QHPA 1KB3A 2WHJA 2GSJA 1XCWA 4AZ7A 4D6DA 1WCGA 4JFUA 3ZM8A 2CEQA 3CZEA 3AYSA 3E1F1 1CZ1A 2VL4A 3DYPA 1GQIA 4M24A 3SCVA 3K46A 5M5DA 4GO9A 3VILA 5M17A 4Z2GA 2ZUTA 4KMQA 2XVPA 2PWDA 2C8NA 2F2HA 3VM7A 2WMIA 4W7UA 1DP0A 4S3JA 1LG1A 1HJUA 1B0IA 3ECQA 3GTNA 2CBJA 4UR9A 1UUQA 3TP4A 3ZIZA 2VRJA 2ZUMA 3AXHA 4C7FA 3S2CA 4QCFA 1IV8A 3QHNA 3CUJA 3VD4A 3RJYA 1WAWA 3RM4A 1EDGA 3K4DA 5A6AA 2BY1A 1NWRA 3OBAA 3WUFA 2ZWYA 3WD4A 1GOOA 3A4AA 2ZX9A 1TE1A 2PBGA 1W1PA 4WKHA 3FN9A 4TVDA 5CGTA 3OGSA 4HP5A 3EMZA 4OZOA 3AIEA 2J25A 2PF0A 4MB4A 3WQ8A 1VEMA 1PBGA 1PX8A 4PUEA 5D9OA 4CD8A 3N12A 1BSIA 2XVNA 3ZJ6A 4PMQA 1V3KA 1QI2A 4PEEA 1JI2A 1QW8A 4W8AA 3K8LA 2CCRA 1F4HA 3ZT6A 1W9PA 1HNYA 1EQCA 1D3CA 2WC7A 4HPGA 2WLZA 3AMGA 3ARWA 2VJXA 3FXYA 2UWFA 2WB5A 1CWYA 2WMKA 4LYQA 4AIEA 2ZUSA 1UH3A 1QPKA 1Z32X 4WIWA 2QLYA 1MQRA 5FL0A 3WUGA 5A6SA 3EDFA 5E09A 4DM1A 2F8QA 3TTSA 4CN6A 1LG2A 1CXHA 1D7FA 1TZ7A 5CSUA 1G0CA 5IXEA 5IFPA 2CESA 3CZ8A 2YDSA 1R7OA 2BY0A 3ZR6A 3AS0A 1BYCA 2DPEA 4PCSA 5A8OA 1H11A 4MB3A 3LMYA 3D3AA 4DUXA 4BA0A 4V2XA 2VRQA 1BHGA 1M53A 4GZJA 3ZOAA 3OB8A 5IHSA 3TONA 2MANA 4U33A 3W37A 3W38A 5A8MA 4H41A 2DSWA 1ZJBA 4MB5A 2OLHA 3WF1A 1E56A 3W6MA 3N11A 3CPUA 4RL3A 2BS9A 2GDVA 1MQQA 3AJ7A 1M7XA 1GUVA 1NP0A 2Y8VA 1KBBA 2VI0A 2XSBA 3DYMA 3M7SA 3II1A 3NDYA 4B16A 4JFSA 3UERA 1ZB5A 3NUKA 4ZENA 4P7LA 1CIUA 1VJSA 2HISA 1J0HA 3NSNA 1BGAA 1J11A 1NQ6A 4JHZA 4PTXA 4W8LA 4ZE5A 3WDHA 4AZHA 5LA0A 4EAMA 1OD0A 3GBEA 3L4UA 4X0VA 1J0YA 2D3LA 4BQ4A 2XHYA 2JE8A 4AD3A 2WZHA 3PN8A 1K9TA 3WDQA 3AISA 2J7HA 5HXMA 4AXNA 1NP2A 2CIPA 3SCPA 3CTTA 2XFRA 1DWHM 1VEPA 4MNLA 1V6VA 4H04A 4BQ5A 2BY3A 3ARXA 3WMBA 2YLLA 3IK2A 4FK9A 2A3BA 1E4LA 5LA2A 5DEZA 1CPUA 1VFOA 3OLEA 2WLYA 3VIKA 1JFXA 2VQUA 3BLPX 3NIYA 5A3HA 3O9NA 3VNZA 4MPKA 4Q7NA 3WQ4A 3VD3A 1R85A 2DSZA 3IJ7A 4TTGA 1BPLB 5D9PA 4HZ8A 2XIBA 4AD5A 3T2PA 4RE4A 1V3JA 4CCDA 2G3JA 3JUGA 4BF7A 3WELA 1W3HA 5BRQA 1LJYA 4KH2A 2V38A 2VCAA 2W5FA 3QHOA 1NARA 4UQCA 3CH9A 4XZWA 4PCTA 4JKKA 1I1WA 3RJXA 3W82A 5FD0A 4JKMA 3QHMA 1MW2A 3N13A 5IFTA 4FLQA 4J27A 1OIMA 4NRSA 3VIJA 1HKIA 2J7CA 1EA9C 4KRTA 3MO4A 3FNDA 2VCBA 1B30A 3CUGA 1E9LA 3OGRA 2FH6A 1EH9A 1VFFA 5BXTA 3GH7A 3WDRA 2DT1A 1MFUA 4F9DA 3ARQA 3ZJ8A 2BXYA 2OYMA 4AD2A 2RGLA 2Y2WA 3BC9A 3ZJKA 1GHSA 4P7QA 1LL7A 1CDGA 3D5HA 1UZ1A 2AOSA 3SIMA 1J12A 1E6PA 2DH2A 1E6SM 4HZ7A 2E3ZA 3OZOA 1Q6FA 2QPUA 1U2YA 2J77A 4GO8A 7CGTA 2DSUA 3BMVA 1GQLA 4GI6A 3WIJA 1PIGA 2D0GA 1WZMA 1C8QA 4AISA 2VX4A 1EXPA 4FF5A 3CZLA 1TA3B 3WSUA 4UCFA 4AEFA 5A95A 2O9TA 3RO8A 5C70A 3KE0A 2ZUNA 1V3MA 3VGEA 4PRWA 1G9HA 2WXDM 1DEDA 1E0VA 3NSMA 2WCSA 2E9MA 3WEMA 4CU8A 4U3AA 2WW5A 4GI8A 3MMUA 1HJXA 1C8XA 3ARUA 2GK1A 2PWGA 3QOKA 3WH7A 3W6LA 5LA1A 4LXFA 4B9ZA 3W81A 2WWDA 2ZXBA 1CGYA 1BLIA 3L2LA 1JZ4A 1US2A 3VTRA 1VB9A 1UR1A 5DT7A 3RILA 4B9YA 5A2AA 1W9UA 1R8LA 3GXMA 4JFTA 4W93A 1OT2A 1KCKA 3OLGA 1JAEA 4NI3A 3MMDA 1QI5A 3W25A 1I1XA 1JFHA 3PTQA 4GXPA 3WDPP 3GNPA 3W0KA 4URIA 4E8CA 3DHPA 3AHTA 2VZSA 1ZBKA 3VGGA 2A3CA 1E5NA 1ZJAA 3W4RA 1JDAA 2G41A 2CETA 3FHAA 1VBUA 4HA4A 1ITCA 5AYBA 1JDCA 1BYDA 2DIEA 2JF7A 1G01A 4TVCA 2V3EA 2VOTA 3ZT7A 3O2LA 5I5RA 3L4ZA 1UR4A 2BNJA 1E70M 1V6WA 4LPCA 1C7TA 1QNQA 5I77A 5D8ZA 3MV11 3EDDA 4ZEPA 3WD3A 1EDQA 2W66A 1HN1A 2FHBA 4XX6A 3NJ3A 1MXDA 4QP0A 1NWUA 5DT5A 5EMYA 3WDIA 5A69A 4H2CA 1W9BM 1JGIA 1JF5A 2VTFA 2WMIB 4AW7A 1K9DA 1UHVA 3N1AA 5FKYA 3TTOA 4F79A 1BYBA 4HOZA 3WBEA 2X0HA 4IISA 3VINA 4UFIA 2WPGA 4JL2A 4XV0A 3SCQA 1UWQA 2BVYA 3KWXA 4J3SA 1W2VA 1J01A 1KWGA 1JZ8A 4V27A 2OWCA 3TTQA 2W61A 5I23A 3O6AA 1F4AA 2FHCA 3CMGA 4P7OA 1MVYA 2OYLA 3IANA 1ZBCA 4AZBA 4OUEA 5A6JA 1BTCA 2BV9A 3PZIA 3SCWA 4GINA 4PMUA 1VRXA 3LPGA 3U5YA 1TVNA 2VX7A 5KZ6A 1SFSA 4ACZA 1UD2A 4GZIA 1HX0A 2VMFA 2AAAA 1NOWA 4P7RA 1QBAA 1ZL1A 2XIIA 3N18A 1WZKA 5ABHA 1MWOA 2E8YA 5BXPA 2X8RA 1VIWA 3K8KA 3ZT5A 2J8FA 1CLVA 3T0BA 5GNZA 4DWSC 2WKLA 1HJVA 2BXZA 4AIUA 4H8VA 2WVVA 3CUIA 4IUGA 4TX8A 4Y7EA 1TG7A 5A6KA 4CKQA 4ML4A 4D1JA 4WF7A 2DDXA 3WKZA 4UFLA 3WL1A 4W86A 4CGTA 5HOSA 4HMEA 5JBDA 3GNOA 5BXRA 4QCEA 1BVNP 4AZ5A 1FFQA 4FLOA 5CPSA 3VPLA 3WH8A 4D6EA 1UR8A 5C71A 4GQRA 2JEPA 2PB1A 3N17A 5IHRA 1UWUA 1V02E 3VX0A 3BAYA 3L2MA 3UG3A 3WMCA 3AMKA 1TR1A 1M04A 4U31A 1UQYA 1DWGM 4U2YA 1QNSA 1UR0A 8CGTA 1TVPA 1A47A 2J75A 4MJ2A 3NDZA 3AMLA 1TCMA 3W29A 4HZ6A 1HP4A 2E40A 1KGUA 1XRVA 2C0HA 1QVBA 1H49A 1BG9A 1XHGA 1WKYA 1EO7A 3POCA 2EEXA 1WB0A 1R87A 1UD4A 3BAJA 4J28A 1WDSA 3WFZA 1W2PA 3LPPA 1W9XA 2E0PA 2O92A 4LYPA 1UR2A 4J3XA 1GQKA 1CECA 2IXUA 1E6NA 1KXQA 1W3JA 1W1VA 2WBGA 1DWFM 2DH3A 3W28A 4AC1X 5GQBA 2WMJA 1N82A 3HU7A 3WF3A 1BAGA 1UWSA 3AS1A 1CENA 3RDKA 3SUSA 1JZ5A 1GNXA 4WJXA 1CEOA 1PJ9A 3GYCA 4CD6A 4PMZA 2J79A 3N15A 3AZRA 2JALA 1E1FA 1JIBA 5D8WA 4W88A 1GOMA 3VDAA 5JBEA 1E6XM 2WCGA 3MMWA 4WLCA 3IAQA 3I3DA 5BXSA 1ECEA 2W67A 5I3DA 4JCMA 3AHVA 3PTKA 1H5VA 1JZ7A 1GHRA 4CD5A 4UQEA 3QGVA 2V3FA 3AIQA 3THCA 2PC8A 4J3VA 4TVUA 4W8BA 3GNRA 4MNJA 3AZTA 5HPCA 4JZ5A 1CGTA 5E6ZA 3CUHA 1J18A 2XSAA 1UD8A 3AIVA 3TOPA 3N04A 4DWSA 2WCAA 4HA3A 4CUCA 2WKGA 1Q6CA 1WDPA 2WNWA 5A6BA 2EPKX 4H7VA 2XFYA 4D6FA 3ARYA 5CGMA 5D9NA 2IXVA 4R5EA 4QLJA 3PZ9A 4MAVA 3VGHA 5GNYA 3L4VA 4HOXA 3WBAA 5CG0A 1UWTA 1OT1A 1JYNA 2BVDA 2XG9A 3KZSA 3AROA 3SCTA 1QNRA 2AMGA 2XWEA 3WY1A 3WDJA 1KGXA 4AIOA 4M29A 4UQ9A 1XD0A 1CGUA 4UFKA 4W5UA 1ZBWA 2CITA 4TUFA 1LF1A 1OCQA 1VJZA 2Y4SA 4W84A 2QMJA 3WF4A 2EBNA 3PTMA 4MJ4A 3BAWA 8A3HA 2X0YA 3VUPA 1IZKA 2D22A 4NSBA 5A8PA 4J7RA 1KXHA 1CXLA 3GH5A 4WK9A 1QHOA 1NWTA 1ISYA 3AXXA 4U2ZA 1CLXA 3U57A 2YA0A 5BCAA 4MDPA 2WSPA 1G1YA 2XVKA 2ZX8A 4TXEA 1CXKA 4CVUA 4NRRA 4M81A 4B15A 3U5UA 1UD3A 4GZEA 1VFUA 4BQ2A 4PTVA 1H0GA 3ZQ9A 4BCEA 1J0JA 2YBTA 3FY1A 4PMNA 1E1EA 1E6RA 2QMKA 4UOQA 5AC5A 1UD5A 2VC9A 3VDCA 5I6SA 1JXJA 5EFDA 1O6IA 1H1NA 3BAKA 2ZX5A 4ATDA 4AY1A 2WMGA 2J7EA 2UY2A 3VD7A 1UH2A 3A4XA 3WNKA 2DQXA 1GOQA 2CERA 1ODUA 4J3WA 3T2OA 1KWKA 4DWSD 2VUYA 1JNEA 2FH8A 2ZE0A 2GK1B 1CBGA 1R86A 2O9OA 4AZIA 5A6BD 1G5AA 1HP5A 4P8WA 4L4PA 1X6LA 3WD0A 1KBKA 3L4YA 4UNIA 1SMDA 3SUTA 1R7AA 2XM2A 5CPTA 2ZWZA 4W85A 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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 3WUE A;  5BWF A;  3ZST A;  1OGS A;  4GI9 A;  4LGX A;  1MW1 A;  3MKK A;  1UKP A;  1CXF A;  1E5J A;  3B9D A;  2W4X A;  1L8N A;  4U5I A;  2X05 A;  1JAK A;  1MFV A;  4HPH A;  2VRK A;  3THD A;  4PN2 A;  5EFF A;  1FA2 A;  2WSK A;  5E6Y A;  5I0D A;  3MSG A;  4JFW A;  4B3K A;  4KRU A;  1C90 A;  3GBD A;  2GJP A;  4WSK A;  4ATW A;  1PZ3 A;  5DO8 A;  1DWJ M;  5ABG A;  3NCO A;  3UET A;  1LLO A;  4UQB A;  4TTU A;  2G3N A;  4UFH A;  3OG2 A;  3ZSS A;  1B31 A;  2RGM A;  4D1I A;  4Z2H A;  3SUR A;  2BFG A;  4AWE A;  1RP9 A;  2XJ7 A;  4IPN B;  4RE3 A;  4PSR A;  1U33 A;  5ABF B;  1TFV A;  2YA2 A;  4M1R A;  3T2Q A;  3KL5 A;  1V3I A;  1U30 A;  1C3F A;  3VO0 A;  4MDO A;  1OGG A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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Chain Sequence

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Chord Diagram

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