4I7UA

Dihydrodipicolinate synthase of agrobacterium tumefaciens
Total Genus 113
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
113
sequence length
294
structure length
294
Chain Sequence
MFKGSIPALITPFTDNGAVDEQAFAAHVEWQIAEGSNGLVPVGTTGESPTLSHDEHKRVVELCIEVAAKRVPVIAGAGSNNTDEAIELALHAQDAGADALLVVTPYYNKPTQKGLFAHFSAVAEAVKLPIVIYNIPPRSVVDMSPETMGALVKAHKNIVGVKDATGKLDRVSEQRISCGKDFIQLSGEDSTALGFNAHGGVGCISVSANVAPRLCSEFQAAMLAGDYAKALEYQDRLMPLHRAIFMEPGVCGTKYALSKTRGCNRKVRSPLMSTLEPATEAAIDAALKHAGLMN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Biosynthetic protein
source organism Agrobacterium sp.
publication title Structure, function and allostery of the bona fide DHDPS from the plant pathogen Agrobacterium tumefaciens
rcsb
molecule keywords Dihydrodipicolinate synthase
total genus 113
structure length 294
sequence length 294
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 4.2.1.52: Transferred entry: 4.3.3.7.
pdb deposition date 2012-11-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00701 DHDPS Dihydrodipicolinate synthetase family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4i7uA00
5D30A 3GKFA 5K4ZA 1DQWA 1ICSA 3NQ8A 1QO5A 3W1MA 3UYCA 1OFOA 5AHEA 3TU9A 2RH9A 3THQA 3N34A 3O06A 4FF7A 2V81A 1F74A 3CIWA 2Y7EA 4R7JA 3SI9A 4E0CA 4AMAA 3BO9A 4Z0SA 2XN2A 2AAMA 2YYUA 4IMFA 5EL1A 3W71A 1GOXA 5D37A 3E12A 3LDVA 4EIVA 2GVJA 2ZRUA 2V0TA 1DHPA 2VFDA 4JTIA 3TJXA 2NX1A 5A8GA 2WNNA 1OFEA 1L9WA 4MY8A 4H4IA 1WOBA 2JGYA 1SZEA 5U4NA 1VS1A 3QW3A 2CW6A 3GXNA 1BKSA 3QSTA 1OX4B 3EX4A 4JTTA 1UB3A 3MP4A 3BW3A 2EGZA 3LRMA 3EEGA 1W0MA 2JKEA 1B57A 3G1FA 3RLUA 1I4NA 1RPXA 4HT3A 1EP1A 5CKSA 2F7FA 2DJLA 2FQIA 3W70A 1Q6LA 5LSMA 3GYEA 4ADUA 2JKAA 4MJMA 1CX9A 4AHPA 3TDFA 4MUZA 4OV4A 3TMLA 4O54A 3I6RA 2A6NA 4HNVA 3EWXA 4JIQA 4ICNA 1K8ZA 1AL8A 3O8AA 2Y85A 1W31A 4XQ6A 3W7EA 2E5DA 2ZZ3A 3IEBA 1MEHA 1TV5A 4WQ6A 3H54A 2X1UA 3HOJA 1MSSA 5LNWA 4Z08A 4O0ZA 1FQ0A 2DZTA 2NUYA 3SY5A 3TX9A 3QC3A 5J5RA 1FWWA 1F73A 3PBUA 2FFCA 2C19A 4NVTA 1SO3A 2PCQA 1H7PA 3W2JA 1LBFA 4LT9A 4UTWC 3C2OA 4UMCA 4C1LA 5LZLA 2Y62A 3BW2A 1P0NA 3PB0A 3OVQA 3W23A 2C18A 1AW1A 3PBWA 2H3BA 3M9YA 1T0OA 1KLYA 1JCXA 2GQ9A 1LLWA 3DKLA 1FCUA 2V5BA 1VQTA 1CI1A 1PHQA 5L6UA 1GTEA 4HSNA 5AB3A 3P8IA 1EA0A 5C5YA 1FWSA 1LOSA 4TR9A 1SR9A 3NO5A 4CNOA 4LV9A 4PEKA 1G4SA 3P7YA 1VR6A 1WQ5A 3QH2A 3S9YA 4D2JA 3A5FA 3LXCA 5K9CA 3QMRA 3R2GA 4GC4A 5AHLA 2I9EA 5FI8A 1A5AA 3CLMA 2PRHA 2G96A 3EB2A 4AHOA 3W1NA 3L0KA 1QFEA 4MFDA 1I2PA 3DHFA 4UMAA 5HUOA 2BLEA 4YL2A 5KZEA 3P82A 4ZQMA 1KV8A 1T96A 5CPMA 1V5XA 2H8ZA 4FX6M 4NX0A 2NXHA 5F2MA 4UFLA 3UPWA 4UTMA 2TMDA 2E09A 2Z0IA 1W5QA 2FTPA 1KM0A 5EA9A 5K3VA 2CLHA 3OVRA 3N2MA 3PWAA 3S1XA 3W1UA 3NZ1A 1FCQA 1ME7A 3NPXA 3W07A 4FNQA 1U83A 4XKYB 1RR2A 3U6WA 3RF9A 1SU5A 3BVJA 1JUBA 3EX3A 3G1DA 2WV8A 3PBVA 3R89A 4BK9A 4GUGA 4A22A 1J4EA 1UUMA 1QPNA 2J24A 2CZEA 5H2ZA 1TYGA 2FJKA 5FESA 4AEOA 3P5YA 2DZPA 4N2YA 4X2RA 3SFKA 3DENA 4A29A 5HWJA 1VLIA 4PFMA 3DU0A 3ZWTA 5AFDA 2VFIA 2DZSA 4UTKA 4B5NA 2BWGA 4OHQA 4X3ZA 3UWWA 2ABAA 2YZRA 5K7JA 2GOUA 1UJPA 2ZA3A 4K6AA 5D33A 1G4EA 3NM3A 1M7OA 2W0UA 3O6YX 4PC8A 4X22A 3HG2A 5BW6A 3GDTA 1FCBA 4EWND 5FF3A 3NVTA 3D0CA 3NPVA 3I7QA 5AHMA 1W5PA 3EXSA 1I45A 1YPIA 3LV6A 1WYIA 4N02A 4MZ1A 5DBUA 1OG0A 3NQ6A 2C13A 4YCOA 3TXVA 1ZHAA 2V2CA 1Z48A 2Y88A 3HBLA 4MFEA 1TTPA 5IBXC 3GNNA 1XXXA 2C6QA 3MI3A 4L4MA 2B7OA 4CQ8A 3S1WA 4Z1CA 1YXYA 3C4UA 1SZGA 1XUUA 3M41A 3THAA 3KRUA 3M44A 3W9ZA 2A0NA 3BLEA 2ZRZA 4JY9A 4UFJA 1GZGA 4S2CA 5DLCA 2DZUA 5TBOA 1GG1A 3M43A 1V7YA 4GUIA 1U5JA 3LHUA 3W7NA 4S1FA 5C2XA 4FX8A 1R30A 1EWEA 1TPWA 4JTSA 3LGEA 4UNKA 1KFLA 3G0XA 4RV8A 3DZ1A 1P5BA 3L9CA 3HIJA 4LC6A 4RXFA 4UUIA 2ZRWA 2Y7DA 4XTIA 1TIMA 1G7UA 3SZ8A 4O0KA 4WY0F 3W6YA 4AAJA 4AWSA 4ZQOA 2OCZA 3PG8A 3G0UA 4QJ1A 3NQ2A 3P80A 3M0ZA 2ZTKA 3B0PA 3UZJA 1NF7A 2I1OA 5FEZA 1O60A 4CNPA 2A2IA 3P60A 7TIMA 4I7UA 4LU0A 3EWWA 2W79A 1SSGA 3C2VA 5MHBA 4HN4A 5CPLA 3CHVA 1LBLA 4O1CA 4P61A 1XBYA 1JUKA 5KITA 4LV4A 3NL3A 4N6EA 3QQ0A 5LNSA 1Z41A 1RV8A 1OFRA 4BFAA 3DGRA 1L6YA 3RK8A 5K9DA 4LTSA 1E51A 1H51A 4N9DA 4HSOA 1C8VA 2ZZ4A 3UXDA 4R53A 3ANYA 4GWEA 1PL9A 3W7PA 4UTJA 3C6CA 3FYPA 3GDMA 4QNEA 4DF2A 4OT7A 3W72A 4O4VA 3LCFA 3W83A 3KRSA 5F1VA 4AH7A 5CZSA 4YLWA 2CLKA 1TPC1 1XKYA 3PB2A 3F4NA 2DORA 1JCNA 3KX6A 3M5ZA 3W75A 2RDTA 3FIGA 2GJNA 5D05A 4DQWA 2FPTA 3TC7A 1BWLA 1ALDA 3TSMA 3C2FA 2CU0A 3IRDA 4M6QA 2NUXA 2ISSA 1GVRA 1K8YA 3Q2DA 5H91A 1ICPA 1RQBA 3NL6A 1FBAA 4MKNA 4EF8A 3WJWA 2P0OA 3C52A 4K7VA 3DH7A 2J9YA 4DF1A 4E2BA 1A53A 2NX9A 3MUXA 3KVKA 3ABOA 3IVTA 1P1XA 4IGHA 4BWLA 4R34A 2QCCA 3PULA 4LVAA 2QJIA 4MYAA 1H5YA 3QEZA 2QCNA 5AHNA 3LHYA 2GQ8A 3HO8A 5CGQA 3VKJA 4ADTA 1QNVA 3M5XA 1H50A 1HTIA 3IIPA 1F76A 4ZL1A 4RCXA 4PTNA 4FHAA 5EMUA 5U7SA 1RVGA 2PRLA 1K7FA 3HF3A 5G2WA 3BGGA 5FF2A 5HR6A 4XTDA 1NEYA 5F4SA 4JDYA 1B4KA 3LB0A 5BOOA 4R33A 4WXYA 1UBSA 5D38A 1XC4A 1SW3A 4IX0A 3HQ1A 3HJZA 2CZFA 4NJGA 5DXXA 2YCEA 1WDWA 3EXTA 1Q6RA 4ORIA 4J9JA 4MYXA 3IVUA 4NXSA 3TC6A 3T78A 2ZYFA 2QAPA 2V30A 1N55A 3NR0A 3O05A 3SIZA 3T40A 1TTIA 3G1HA 1F6PA 4LVFA 1LOLA 1SW0A 4YMZA 3JRKA 4TX9A 3PY2A 4M7TA 1W3NA 3KOFA 3TXZA 1IXQA 3NQDA 1ZJIA 4MLJA 3DAQA 1K7EA 3GNDA 4UTTC 4O11A 4LWWA 3USBA 1FDZA 5DY3A 3DFPA 4PA8A 1QOPA 3PSWA 4JTJA 1WV2A 1ZALA 2E6FA 5F1UA 5CG7A 4DELA 3T7VA 1GYNA 5AN7A 1VCFA 5LNRA 1L6WA 3BV4A 3EKZA 3ATYA 4GUJA 2QUUA 4RLIA 3M1ZA 4WJEA 3W3OA 3TQKA 1S5VA 3QRHA 3CEPA 1QCWA 2BXVA 1O4UA 4N4PA 5FF7A 4DBDA 4FB7A 4E38A 2Y61A 2QCEA 4JTHA 5KINA 3G8EA 5G2HA 1EP3A 3STEA 2F84A 4RR4A 5D2WA 3W2MA 3N73A 3T4CA 1OFBA 4WXZA 1ZAIA 1MEWA 2P10A 3CB8A 1O95A 2X1SA 3UXAA 3NGJA 2VEMA 4MZYA 4M19A 4O28A 2Z6IA 1GQNA 4ZVJA 2E1DA 2C14A 2JBMA 2YW3A 4A2SA 3NQVA 3W1TA 3NDOA 1VHCA 4GUFA 4X9SA 4UXDA 3I7RA 3PR2A 3S6DA 1F5ZA 3QSRA 2VFHA 1IXNA 4RKAA 2G95A 3O15A 4K8HA 1EPXA 1H63A 4MPQA 4JTKA 3FFSA 2YFOA 3W74A 5D04C 4P2VA 4FO4A 1TMHA 3UNDA 4GE8A 3S5YA 4HKPA 2Q8LA 1QAPA 1JVNA 1JUEA 3I7SA 4O16A 3B03A 2DZXA 1EEPA 1KBJA 1YYAA 3P8JA 3DHDA 4LVBA 5FF0A 2YX0A 3MHFA 3M5YA 2A4AA 1EB3A 2PRMA 4RZ4A 4RZ5A 2QUVA 3PC0A 3NOEA 1HO4A 2E6AA 5DCDA 1XCFA 1TPH1 5BMXA 4IJBA 1LBMA 1HFBA 3ELFA 5DCBA 5DCEA 4DO6A 2DZVA 4WZHA 3ABSA 3LCWA 3S1VA 4UNLA 3GLCA 3VE9A 4JYEA 1H7XA 3PF3A 1LP6A 4L4LA 3MHUA 4NJHA 1PV8A 3NQCA 2DJXA 1EP2A 1X6UA 3G22A 4AWTA 5GVJA 2PE4A 3KVJA 3O07A 2VELA 4S2BA 2ZZ5A 1RQHA 4UFKA 3LV5A 3PUEA 3FJLA 3IIVA 4LS0A 1XI3A 5G4WA 2C15A 2FPYA 2DU2A 3W88A 4BR1A 4O8RA 1X1OA 1GT8A 2CLLA 2GPTA 3NEVA 2GJLA 1A50A 1RZMA 3A5VA 1W8SA 1GTHA 1DL3A 1B9BA 1JCYA 4CCCA 5KTLA 1KFEA 3QYQA 1K3UA 1H7NA 1F7BA 3EKLA 4JYFA 1W1ZA 5HWMA 3MMTA 4ZQRA 2ZZ7A 3CU2A 3QM3A 3MI6A 3CTLA 2YR1A 2FB3A 3I68A 4KFPA 3RFAA 1CW2A 2ZZ1A 3LBCA 2J6XA 4TMBA 4HNTA 3TNOA 4K7YA 3TK7A 2JK2A 4ZMGA 3PBYA 3IGSA 3LLDA 4JNMA 4LNYA 4QISA 4CNNA 1W54A 3H55A 3NQEA 2VFEA 3G3DA 1ME9A 3G24A 1H1ZA 2DP3A 4CQ9A 1SUXA 5CSSA 3QPYA 3R13A 2XN1A 4QAIA 4QQ3A 3A22A 5BMWA 5HQEA 2VEPA 2NZLA 2B7NA 1B3OA 1ADOA 1KFKA 2QAFA 1R2TA 3MYPA 5D03A 2QCHA 3ZR4A 3BG9A 5AHIA 2X30A 1D3GA 4N4QA 2X16A 3W7IA 1OX6A 2OX1A 3O6DA 3TSBA 5CSRA 2QR6A 3L68A 4N9CA 4NZFA 4IMGA 4O12A 2WJZA 3FYOA 2ZRYA 3PSVA 5FEPA 2CLOA 5A5WA 4AF0A 3O1NA 4DO5A 3LXAA 3CM4A 1F6KA 3DFSA 4ML9A 3B0UX 3LTYA 3C2EA 3UWQA 4WOZA 3PUDA 3TKFA 3L66A 4DBEA 3B05A 3LLFA 2WPBA 2G97A 1K02A 2C16A 4LY8A 2NV1A 2WNZA 4CQAA 2UV8G 4NZJA 3LXBA 3STCA 1UUOA 4JX4A 4LVGA 1GJPA 2A5HA 4PL1A 3C61A 1P0KA 2ZRVA 4JEQA 1OABA 3TFCA 4MIMA 4UFHA 5C55A 4AWUA 2X1TA 2WNQA 3AJXA 4DPQA 4OGZA 1VLWA 2Y7FA 1AW5A 1QOQA 1W5NA 1LDCA 2YXGA 1N8FA 3W76A 2ALDA 3SGZA 1PS9A 1IIGA 2VXNA 2H8XA 1NFBA 1THFD 1S5TA 1LRTA 3LCGA 4GBUA 1HO1A 3L5LA 2HTMA 2YYTA 4O18A 3QF0A 3S8HA 1M7PA 2YFNA 4KKXA 4GNJA 3MYOA 2EAWA 3EX2A 3G1XA 1SO4A 4MVAA 3BLFA 2XFWA 3ABRA 1G69A 3KAOA 1JRCA 4TMCA 3WK3A 3VNDA 4NJIA 3BW4A 1M6JA 1DQXA 4JX6A 1HUVA 4DF0A 3QMTA 4QNWA 1OJXA 3FKKA 4ZQPA 5F4WA 2RHGA 3W1AA 4WY0B 2TRSA 5HNRA 2G5WA 2A7PA 5I3HA 3KHJA 1YXDA 3ZFHA 4O52A 5D2TA 3EWYA 1PHWA 5LGXA 2OMAA 1KTCA 3TQVA 1TSIA 3OEXA 2I14A 4NJKA 4IX2A 4UFIA 5IBXA 1TB3A 1Q6OA 5FF4A 2H6RA 2X2GA 1S3HA 1FX6A 2JGQA 4K39A 3A21A 4O53A 1FWTA 4GUHA 2R14A 4UC5A 1SSDA 1YTDA 4JIPA 4JICA 1KV5A 3STFA 4K37A 2YGYA 3UD6A 3W84A 3RMJA 3DFNA 4JDBA 5K2ZA 3IGXA 1YDNA 3UY7A 1FXPA 4I9AA 1H7OA 1W3TA 3GR7A 4RK8A 3W1LA 4JTUA 3WJZA 4O10A 2VEIA 4KWWA 3R5EA 4JY8A 3NPUA 6ALDA 3GK0A 5D32A 1XM3A 1LYXA 3HGOA 3HPXA 5EY5A 5HR7A 2J9ZA 2WSRA 5KZDA 2QKFA 4I7VA 1Y0EA 1TQXA 2FPVA 3R12A 3GB6A 4HNNA 2Q3RA 1LOQA 2RDUA 2C0AA 5HMSA 2ZTJA 1BTMA 1KM2A 3LRLA 3YPIA 5DXYA 1GG0A 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 1G7V A;  3LTS A;  4Q4K A;  3SJ3 A;  2R8W A;  4IUO A;  5HUL A;  1BWK A;  3WK0 A;  4PCF A;  5DN1 A;  1P4C A;  5DY2 A;  1XBV A;  1TPV A;  3U2O A;  4U4M A;  3W85 A;  1TPF A;  3WJX A;  3LTP A;  3O16 A;  2DZW A;  4AF0 B;  1VGA A;  3N9R A;  3BGJ A;  3CWO X;  1VYP X;  4LS1 A;  4JYD A;  1O5K A;  2GVL A;  1T99 A;  1JCL A;  3UWZ A;  5D02 A;  3W86 A;  1DV7 A;  5AYY A;  4MOZ A;  2GQA A;  3GKA A;  3UWU A;  3GXP A;  5G4E A;  2ZQ0 A;  3W1X A;  1ZEN A;  4RX0 A;  1TTQ A;  5IM5 1;  1LLZ A;  1G4T A;  3C2R A;  3AO0 A;  3C8F A;  1H60 A;  2Y7G A;  4TO8 A;  1KM5 A;  3N14 A;  1H7W A;  1W5O A;  4GFS A;  5F2I A;  4JTE A;  1N7K A;  1YPF A;  2E77 A;  3W1P A;  3W7Q A;  3E96 A;  1JQV A;  2KZH A;  3OVP A;  2RDW A;  4JN6 A;  3UZ5 A;  3S5Z A;  3W2K A;  3N3M A;  4MZ8 A;  4NNA A;  3L0G A;  4MY1 A;  1VYS X;  1QML A;  4BF9 A;  1OFD A;  3PVF A;  1JUL A;  4A3U A;  3CC1 A;  2YW4 A;  4UTI A;  4TU1 A;  2Z6J A;  5KSW A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 5FJJ A;  5K4Z A;  3W1M A;  3UYC A;  5AHE A;  2HVO A;  3THQ A;  3O06 A;  2V81 A;  1F74 A;  1Q66 A;  4D6E A;  3G6L A;  3BO9 A;  1CWY A;  2AAM A;  2AKZ A;  2D23 A;  1ITQ A;  3VIH A;  3QN3 A;  4GD0 A;  1UR0 A;  4JTI A;  2NX1 A;  2PDK A;  4HNC A;  1DWF M;  1J0Y A;  4MY8 A;  3BTN A;  3DG6 A;  1WOB A;  4XO6 A;  1VS1 A;  3UG8 A;  3QW3 A;  2CW6 A;  4Q8V A;  4O1F A;  5I6S A;  5DX7 A;  1BKS A;  2DQW A;  3WNN A;  3QST A;  2WZM A;  4CD6 A;  3EEG A;  3LLX A;  4RDV A;  2QUM A;  3G1F A;  1I4N A;  4TVU A;  5CKS A;  2E40 A;  3GYE A;  2EG7 A;  1CX9 A;  2QJJ A;  3LA4 A;  4FOJ A;  4AHP A;  1RVK A;  4OV4 A;  1ZL1 A;  4HK5 A;  3RLH A;  3DES A;  2Y85 A;  1WXY A;  3EOS A;  1LG1 A;  4KCV A;  4PTV A;  2ZZ3 A;  4S3J A;  1RK6 A;  2YB4 A;  3HOJ A;  2C0H A;  1OZQ A;  4Z08 A;  3TX9 A;  1PX3 A;  5ECU A;  3S2M A;  3ZT7 A;  1SO3 A;  1H7P A;  4GZE A;  1LBF A;  4LT9 A;  4GQ0 A;  2FFI A;  3UER A;  1GVI A;  5T9B G;  1PTA A;  3IUD A;  7TAA A;  3S2N A;  1P0N A;  1KWG A;  2C18 A;  2CZV A;  1ZCC A;  3M9Y A;  4FOK A;  3GE7 A;  5BOF A; 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