2JK2 | Genus

Total Genus 90

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	90
sequence length	245
structure length	245
Chain Sequence	RKFFVGGNWKMNGRKQSLGELIGTLNAAKVPADTEVVCAPPTAYIDFARQKLDPKIAVAAQNCYKVTNGAFTGEISPGMIKDCGATWVVLGHSERRHVFGESDELIGQKVAHALAEGLGVIACIGEKLDEREAGITEKVVFEQTKVIADNVKDWSKVVLAYEPVWAIGTGKTATPQQAQEVHEKLRGWLKSNVSDAVAQSTRIIYGGSVTGATCKELASQPDVDGFLVGGASLKPEFVDIINAKQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Isomerase
source organism	Homo sapiens
publication title	Structural Basis of Human Triosephosphate Isomerase Deficiency: Mutation E104D is Related to Alterations of a Conserved Water Network at the Dimer Interface. pubmed doi rcsb
molecule keywords	TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
total genus	90
structure length	245
sequence length	245
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.3.3: Methylglyoxal synthase.
pdb deposition date	2008-06-22

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00121	TIM	Triosephosphate isomerase

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	2jk2A00

3ATYA 4P61A 3WJYA 1RPXA 5U7SA 1KV8A 1PHQA 4KWVA 4IMGA 3MHUA 4U28A 2J27A 4JGDA 1LLZA 1L2UA 3DHDA 3LXAA 2ZZ1A 4TR9A 3GLCA 5FF2A 4Z0SA 1DBTA 3W2KA 3STGA 5LSMA 5F1VA 5D2XA 4JX6A 3TAOA 4RR4A 4K7VA 3L65A 2NLIA 4UTUA 2V5BA 1TPB1 2RFGA 4FHAA 4K38A 1J4EA 3BK0A 4WUIA 3CEPA 4AF0A 3UZJA 4YCPA 4GFSA 4Z0JA 2VFEA 3G8RA 3T78A 5CSRA 5D38A 3NQDA 3HIJA 4GUFA 3FYOA 2HTMA 4O1DA 5GVJA 2EPHA 3GDTA 1FWRA 3BLFA 4QNWA 3P82A 4ALDA 5H2ZA 1AG1O 2A7NA 4LVFA 1SFJA 1UUOA 5KZDA 1JCLA 2E5BA 6ALDA 3OVQA 1TPH1 2YGYA 4JY8A 3PSWA 4BR1A 3O07A 3TKFA 4S2CA 4UFHA 3KX6A 4BI6A 3TIMA 3NGJA 3NQ6A 3TW7A 3E9AA 4QSHA 5LKYA 1Z42A 2A6NA 1O4UA 1VQTA 1F6PA 4JTGA 3TC6A 1RQBA 3GK0A 4RZ4A 3HF3A 4D2JA 5CPOA 1SUXA 2C14A 4FX7A 4LU0A 1VLIA 1DV7A 1C29A 4IMEA 5CZ0A 3TH6A 1W8SA 1RR2A 1ZAHA 3HB9A 4O28A 4H4IA 2Y70A 1HUVA 3GNNA 1LDCA 3GVGA 2Y7EA 3QH2A 2X30A 1TTQA 4DF2A 4TMCA 3SI9A 5D2TA 1IIHA 4JYFA 2PCQA 4ADTA 4OWGA 2Y7GA 1A5AA 1JVNA 4NNAA 1ICPA 1H51A 4TMBA 4JNMA 3G1VA 3ABRA 5AHLA 1WOAA 3TC7A 2QEZA 5TBOA 2DZWA 3O8AA 4MJZA 4POCA 5EY5A 4GUJA 3RU6A 2RHGA 3TFXA 2QCNA 1OFOA 1VLWA 1LYXA 3DFNA 4IX0A 4ZQRA 4ORMA 3ANYA 3S5NA 1EB3A 1KFEA 1H7RA 5DBTA 2CZDA 3LCIA 2PE4A 5J5DA 1X1OA 1WQ5A 3W07A 4WD0A 3QF0A 1H61A 3MW7A 1EIXA 4UFLA 4UXDA 1GVSA 1GZGA 1TPC1 2B0MA 4UTTC 4RXFA 5AC7A 2YYTA 4UFMA 3W2LA 5AYXA 4E2BA 2J9ZA 1HL2A 1TO3A 3W7CA 4LTSA 2QUVA 1G4EA 4WOQA 4RZ6A 3CC1A 1I2OA 2RKXA 4Q32A 4N9DA 2E1DA 4MFEA 3TK7A 2ZRYA 2Y85A 4IOTA 1XBVA 6TIMA 1W54A 2QCDA 2YW3A 4EOUA 4O4WA 1GTEA 1ZFJA 1U83A 2X16A 1F2JA 4JR5A 4GXMA 1EA0A 5F2LA 4GUGA 2FJKA 3ELFA 2W6RA 1TSIA 2ISVA 1VC4A 3O63A 3R8RA 4CCEA 2ZRVA 3W73A 1TYGA 3FJLA 3W1UA 2GQ8A 2EKCA 3Q58A 4JDBA 3WJWA 3EKZA 2YSWA 1YPIA 2ZYFA 3FLUA 4DELA 4G1KA 4P2VA 3KVKA 5AC6A 4FO4A 2V2HA 1ZNNA 1W5NA 1JCXA 1KW1A 3W7QA 5D03A 2E6AA 2C16A 3UXDA 2GJNA 3U8GA 3FOKA 1H50A 5AHNA 3M43A 3VFLA 3WK2A 4FNTA 1GG1A 4JYDA 3NAVA 1ZENA 4LY8A 3L67A 1IF2A 1XBZA 1ZCOA 3W7KA 1K3UA 5E0KA 3LCWA 5BMXA 4NJHA 4ZQOA 2YDAA 4ADUA 1Y0EA 4O1AA 5G2IA 2J9XA 3DXIA 4O8RA 3W7EA 4YWIA 4JX4A 3W2NA 3LLFA 4N2YA 3V1PA 3O05A 2WNNA 1TQJA 4JTFA 1JR1A 1SSGA 3M41A 4CQAA 1G67A 3QSTA 3MUXA 4M6QA 2ALDA 1L6WA 4M19A 4ZQPA 3LHYA 5AB3A 3M5YA 3KXQA 1I8JA 4X2RA 2WSRA 4DEFA 4RZ5A 5FESA 2TRSA 1PCKA 1GVFA 1THFD 3QPYA 5DLCA 2FLIA 4PEKA 3NR0A 4QAIA 3C2VA 3NQ8A 4WJEA 3C61A 2DZVA 4O14A 4IX2A 1LOLA 3W1MA 5HR7A 4KFNA 1XXXA 1KM5A 4CNOA 5D04C 4LS1A 3GZ3A 1O60A 4AAJA 4NQ1A 4DO4A 2NZLA 5CSSA 5FF0A 2HS8A 4R33A 1SU5A 3T7VA 3GB6A 1KBJA 5I3IA 1H7PA 1BEUA 3HO8A 5I3JA 1GT8A 4OBTA 2NUYA 4BWLC 4ZL1A 3P80A 4AHOA 3L5MA 4Y90A 4UNLA 3LV5A 3P61A 5KITA 4JIQA 1S5TA 2Q3OA 3B0PA 1GJPA 3UD6A 4O54A 3PG8A 4JDYA 5KMYA 2G5WA 2VEIA 1H7OA 2VKZG 2EF9A 1N55A 4UTWA 1TRIA 3W7JA 4XBKA 2FPVA 4OE7A 3M5VA 5T26A 3W7MA 3LCFA 2FTPA 1QDSA 4MVAA 4QQ3A 2V8ZA 3G1SA 1FCUA 5KINA 1H1ZA 3HJZA 2QCDB 4Q33A 3PB2A 2VFDA 3DI1A 1I2NA 4BFAA 3EX6A 1LP6A 1LLWA 1FWWA 1HFBA 3L5AA 4MIMA 4EF9A 3I65A 2E6YA 4IJBA 3UXAA 4O10A 2H8XA 5K9CA 3NEVA 2CZ5A 4K7YA 3LBCA 1ICQA 4LV4A 1SZEA 4O52A 3LTPA 1H1YA 3PR2A 1V7YA 1D9EA 2V81A 3GAYA 4BI5A 2CLEA 4LW7A 4DF0A 1AMKA 2X1RA 3QMRA 3BV4A 4XBSA 1EWEA 1R47A 3W84A 5F2GA 3OA3A 3PBWA 2CU0A 1AW2A 4NZFA 1GWJA 3G0SA 5KZMA 4UTJA 5I3FA 4I9AA 3HPXA 3THQA 4MLJA 3NPUA 1TJRA 3SFKA 5HUPA 4QISA 1NFBA 3UYCA 4Y6GA 2OMAA 2DJLA 4ZQCA 1EUNA 3UY8A 3EWZA 3R13A 4C1LA 3C4UA 3QJAA 2ZA3A 4IMDA 1EPXA 3C52A 4M7TA 2W0UA 3GXTA 4AHQA 1JQXA 4NXKA 4AWUA 4PL2A 1DQXA 5HINA 5DBUA 3G3MA 2NUWA 3C8FA 1XI3A 3SSJA 5C54A 3CPRA 2HMCA 3N19B 3OBKA 3W1AA 1IIGA 4E38A 5DCBA 3CLMA 3M6YA 5D09A 2Y62A 1W3TA 3I68A 4M7SA 2CZEA 2E5CA 3KFTA 2ZZ4A 5ABTA 1WV2A 4NJKA 1SW0A 3RMJA 1YTDA 3HQ1A 1LOSA 1ZAIA 1XBXA 3OEXA 4N6FA 4RKAA 4IMFA 1BTMA 4L4MA 4FXSA 1GOXA 1M7PA 3KVLA 4Q4KA 1JULA 2RDWA 4X22A 4I7WA 5FF3A 3TV8A 1OFQA 1EP2A 2R14A 5LGZA 3W7LA 3UWUA 3BW3A 4AEOA 5HULA 1TB3A 4JTHA 4KWWA 5TIMA 3G3DA 3KOFA 3LCHA 2Q8LA 3G24A 3CIXA 1YDVA 1HO1A 3UPWA 3I6RA 3TE9A 3AJXA 2JBMA 1FX6A 2PRHA 2NV2A 3ABQA 3R12A 4UC5A 3MBFA 4JTEA 1XC4A 4NXSA 3SIZA 4Y96A 2QDHA 4WXYA 1AW5A 3IGXA 5I3HA 3TJXA 2E6FA 4UTTA 5FEZA 4XZ9A 3PSVA 3IVTA 2R91A 1LORA 2A0NA 1LOQA 2BTMA 2C0AA 4K36A 4TU1A 1U5JA 3W7HA 4DPQA 3O15A 1QO5A 4MUZA 4JIPA 1NVMA 2DORA 3MYOA 1TPEA 5HNRA 5DXXA 4DXVA 4RCXA 2B7PA 3V75A 3W86A 2J6XA 1ML1A 2WKJA 4WXZA 3BVJA 2QKFA 3O6CA 3TSBA 1W5OA 3DZ1A 4CQ9A 1OK4A 3W22A 3STFA 1W5PA 4ML9A 1XKYA 5CZSA 3S1UA 2GQAA 4UMAA 1VYSX 3USBA 3MI3A 4K6AA 3FEMA 3LTSA 2KZHA 3MWAA 5D2YA 4DBEA 1NAL1 2ATSA 1LRNA 1OX6A 3TW6A 3G0XA 1KLZA 1EEPA 2O7QA 3HG5A 3C2FA 1W37A 1FCQA 1DKWA 3E0IA 3TFCA 4A22A 4FXRA 1ZHAA 3A22A 4DPPA 3T44A 3S9YA 4UFIA 2TSYA 3TR2A 1VYRA 3W2MA 3HMJG 3SW6A 4LNYA 4AXKA 3B05A 1NEYA 4XTDA 5L6UA 5G2HA 1RQHA 3PAJA 3PF3A 1IXOA 4AVFA 2WV8A 1GVQA 2G96A 3L66A 1CW2A 3G1DA 5C5YA 1FWSA 1V5XA 3W72A 3R2GA 1S3HA 4BI7A 4K37A 3W83A 2CLIA 1NSJA 2TMDA 1K7XA 3P84A 4KFPA 3I7QA 4NU7A 1GEQA 3KRUA 2OX1A 2VELA 1TQXA 4A21A 1P0NA 4MYXA 1SPQA 1AL7A 3BGGA 2ISSA 5HWMA 2ZTJA 3O16A 1OF8A 4Y8FA 3BLEA 2CZFA 4LRTA 1OVDA 5D02A 4NX0A 3JRKA 2B7OA 2XN1A 2FPTA 4O11A 4QNEA 5LNUA 5K7JA 2F7FA 4FIRA 3TQ0A 3P62A 4ICNA 1H7WA 3NM3A 3DH7A 3W75A 1O94A 3OVPA 1VHNA 3W7DA 4RLIA 1K7FA 2G95A 1FCVA 3PUOA 4O1BA 1QMLA 1TTPA 3SY5A 1OABA 4FNRA 2I1OA 4MYAA 4JY9A 2OT0A 4MZ8A 1KM0A 2ZRWA 4RX0A 1K8YA 3P5ZA 2VEPA 5LHFA 5I3KA 3S42A 4WOZA 4O18A 5HWNA 3LCLA 1FUYA 1T8XA 1WBJA 1YTKA 2Q8ZA 2FDSA 5CZTA 4EF8A 5AHMA 3ABOA 5D37A 4LVAA 4M6PA 5EYWA 3W1LA 2WJZA 5LNRA 3NDOA 1TREA 1B4EA 2C6QA 2ZZ3A 3R89A 4N9BA 3M47A 5EMUA 4K8EA 4NJIA 2FFCA 3IIOA 4MZYA 1X1ZA 3GR8A 3CU2A 3GAKA 3W88A 1ZAJA 1VH7A 3NO5A 2G97A 3BG3A 1FXPA 3PWAA 3UWYA 3LCXA 1VGAA 3IIXA 1SFLA 3DGRA 1P4CA 3LBMA 4BK9A 2JGYA 1K8XA 4RJEA 4HPJA 3GXNA 1W5MA 1QWGA 4NNCA 3UWVA 3EXRA 3AO0A 4HIBA 2I14A 3OHIA 3M7WA 1LM1A 1SZNA 2Y89A 3G8EA 3GDMA 3HPSA 3TDFA 1YTEA 5K3VA 5BNKA 3CHVA 3QW4B 4AF0B 3S5YA 4JICA 4UTMA 3SR7A 2QUTA 1QR7A 5MHBA 1F05A 2E5DA 3MI6A 3O6DA 4HSOA 4JEQA 1D3GA 1FWNA 3N34A 3UWWA 5AFDA 3M1ZA 1JCJA 2RDTA 4UFKA 5HR6A 3G1FA 4GWEA 3QQ0A 4ZMGA 5CKSA 3GDLA 4AHPA 1SO3A 3EX2A 1Z48A 4ORIA 3IRDA 1A5BA 3DFPA 2YPIA 3KHJA 4YLWA 3UWQA 1A53A 1T99A 4TX9A 1KTCA 1OX4A 2NWRA 5F1UA 1KM3A 5F4XA 3HGOA 5SWUA 4FX8A 3S5OA 1RD5A 1KLYA 3C3NA 1W3NA 2YR1A 5EBUA 2WSYA 1LBLA 4O0KA 4YL2A 1JJKA 3W85A 4AWTA 5LNSA 1K02A 1SW3A 3M9YA 3BPWA 1KFKA 5I3GA 3KVJA 4FX6M 3Q37A 2NUXA 1TPWA 1TCDA 3LERA 3MHFA 3PS7A 4DBDA 4KFOA 1QPOA 2WNZA 4UTLA 4IXHA 3BLIA 3PBUA 1OG0A 4UMCA 4PC8A 4LVBA 3LHWA 4O0ZA 1W31A 2QCEA 4LV9A 1FCBA 2QCCA 3TU9A 3RNDA 1GYLA 1OK6A 1QO2A 4IGHA 2ZA2A 4NT0A 2YYUA 3S1VA 3GDRA 1Z41A 2BSLA 5C6MA 1A5CA 1GTHA 1WA3A 4NVTA 1CI1A 1OFBA 2A1YA 3NA8A 1OFPA 2WPBA 3HGJA 2H3DA 1B4KA 1KM2A 3EWWA 1K03A 2E09A 1KA9F 1X6UA 2GUUA 3DU0A 3F1QA 5G4WA 5L9FA 3NVTA 4ZVJA 5AOUA 3T40A 1LZOA 1P0KA 2ZDRA 3PC0A 5KSWA 1L6YA 3DKLA 2B7QA 4MY1A 2OCZA 4X9SA 1OYCA 8TIMA 1MSSA 3BW4A 4M5PA 3B03A 1FY6A 3CM4A 4N9CA 3HG2A 2ZTKA 4O53A 3QRHA 1LRQA 2CLFA 1H63A 1ALDA 3EWUA 1IGSA 2QCGA 4YMZA 3PG9A 4IXXA 1VCVA 3MO7A 1Q6OA 3A21A 3UPBA 4UNKA 4MPQA 2GVGA 3P5YA 4R7JA 2NWSA 1LTDA 2VFIA 3O6YX 3CT7A 3D0CA 3LOTA 3LM7A 3PBVA 3FA5A 1DORA 1WAUA 2AQWA 4OHQA 4FEZA 3B04A 3T4CA 5D05A 5D33A 2WSQA 4E0CA 5C2XA 5EPDA 2HSAA 5U4NA 1R2SA 1XCFA 3VI2A 5G4EA 1QNVA 2HS6A 4HPXA 3NYZA 3E02A 1NF0A 5K4XA 2GQ9A 3W7PA 3M44A 3IIPA 4QIUA 2ZZ2A 5AN7A 1DOSA 2Z1BA 3JR2A 4EIVA 3DAQA 1OYBA 5IM51 2DZTA 3M16A 3FIGA 2QAFA 3ZWTA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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2JK2A

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