3QPZA

Crystal structure of the n59a mutant of the 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
276
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKAARSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESPLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Targeting the role of a key conserved motif for substrate selection and catalysis by 3-deoxy-D-manno-octulosonate 8-phosphate synthase
pubmed doi rcsb
molecule keywords 2-dehydro-3-deoxyphosphooctonate aldolase
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis
total genus 84
structure length 251
sequence length 276
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2011-02-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3qpzA00
3QMTA 3GZ3A 5FF4A 2E5CA 1R46A 3T55A 3AJXA 3F1QA 2C16A 3S5NA 4S1FA 1XI3A 1K8YA 3W83A 3NQAA 4NQ1A 3V75A 5D04C 5K3VA 2Q8ZA 2NUWA 4OT7A 4ZQPA 1ICQA 3QJAA 2A2IA 4IPIA 4RV8A 2ZRWA 1VYSX 1L2UA 4O18A 1R47A 2E68A 1G4PA 2C15A 5I3KA 3TXZA 2DZTA 1EP1A 1H1ZA 3O06A 3P82A 4O53A 4PTNA 5K9XA 6ALDA 4AHOA 4LRTA 4CNOA 3BLEA 3HIJA 5DXXA 3IEBA 1YXYA 2FIQA 2CLFA 4LTSA 3WJYA 1OFBA 3STEA 4WY0F 4IMGA 5KZEA 3OG3A 5KZMA 1XC4A 3W2NA 1OYBA 2X16A 2FDSA 3MHUA 3SFKA 4Q4KA 3TX9A 1AW2A 2JKAA 4GFSA 5A8GA 3NA8A 3WJWA 5EYWA 4D2JA 4GXMA 2ALDA 3NZ1A 3TR2A 1PL9A 1OK6A 3N9SA 4HSOA 4Z0JA 2I1OA 3QMRA 3FKKA 3VKJA 1TQXA 1TRIA 4NU7A 1RQBA 4NUWA 5AFDA 4WY0B 1PIIA 2DJLA 3W1NA 5GVJA 1VZWA 5G2HA 4R33A 2OT0A 4M5PA 3HG2A 1YYAA 1MO0A 5E0KA 5J5DA 1BEUA 3M5XA 2CLIA 4WOZA 3O07A 4JTGA 3KRUA 3DGRA 4QISA 1TPVA 2J27A 1DQWA 1W31A 3W7IA 4L4MA 2Y63A 3W7RA 3W07A 3IIVA 3UWQA 1KTNA 2OJPA 5U4NA 3A23A 1AL8A 1G4SA 1H5YA 1VYRA 5F2IA 4FF7A 4WQ6A 1W0MA 2KZHA 3RF9A 3WK0A 3W6YA 3MJYA 1A5CA 1OK4A 3W75A 3R12A 1NVMA 3NR0A 3STCA 3GDLA 3MHFA 2NX9A 5F1VA 2V9DA 2YW4A 1K3UA 2A7PA 4MFDA 4P61A 3THAA 4B5NA 5AHLA 4H4IA 2X1SA 4N6EA 3O6DA 3SY5A 1SZNA 3EWZA 3S1UA 4BWLA 3PB0A 2FPVA 3STGA 1QO2A 1FWSA 3C2VA 5I3JA 3B0UX 4TMBA 4K6AA 1XUZA 1F2JA 1W56A 1FWTA 4MY1A 3I65A 1AK5A 5HULA 2C6QA 1P4CA 2DZWA 1JCMP 2JGYA 2YW3A 4NJGA 5D2WA 3QRHA 1LOSA 3UWYA 3PS7A 3EKZA 3PUEA 4RJEA 2QAFA 2C14A 4O0KA 2R14A 2WOQA 5D38A 5CZTA 1R30A 1AW1A 1W5MA 3NQFA 4YMZA 3CEPA 3T40A 1H1YA 4UFLA 1AW5A 2FJKA 4DELA 2J9YA 1CW2A 4ORIA 3W7HA 4NVTA 3NQ2A 2V82A 4FNSA 4UTMA 4JX4A 4IMCA 3N14A 3DKJA 1YADA 3PBVA 3U8GA 3PG9A 2QUUA 2VFFA 2TMDA 5D33A 3HBLA 4UMAA 1XBZA 5HWMA 4UCGA 5LKYA 1JJKA 2ZZ7A 5CPMA 1OX5A 1GJPA 3ZS4A 4HPXA 4UC5A 1ZY9A 3TW6A 4FB7A 4LRSA 1TCDA 1WOBA 4UTJA 1JR1A 3LRMA 4CNPA 5F4XA 4O4WA 2FPTA 1GEQA 1H50A 3HPSA 3NQCA 3H55A 1O95A 1MSSA 2C0AA 4N4QA 4BR1A 3LTSA 1XM3A 3DFQA 3PWAA 1JCLA 3NPWA 1VJIA 4OBTA 3QZEA 3GKAA 4JEQA 1TPWA 1HTIA 3PR2A 3NG3A 1YDOA 2FPYA 4R53A 2Y61A 2EHHA 3EWWA 4O1DA 3N9RA 4MY9A 5D2TA 3G1XA 2VFHA 3FA5A 1O5XA 1MEWA 4NJKA 4LNYA 1A53A 3EWXA 2J9ZA 3S6DA 2C13A 3OBKA 3SI9A 1W5OA 3WFAA 2RFGA 3S1WA 3W2MA 2X1RA 2JGQA 2GUUA 5E93A 2J6XA 3PAJA 4K37A 1QOPA 1P1XA 3PUDA 5K2ZA 3DFTA 3EX6A 3MO7A 3IRDA 2Y70A 1FXQA 3E96A 5C54A 4FNPA 4PEKA 4Z08A 3HG4A 1G6CA 1JULA 1LOQA 5D2VA 5BMWA 3N19B 4DXVA 5FF7A 3LLFA 5SWUA 1O5KA 1N7KA 5I3FA 2AGKA 3N73A 1A5SA 4FXSA 4UFIA 3NL5A 2TRSA 1SW3A 1S5VA 4JS3A 5I3HA 1ICPA 2LLEA 3M5VA 4N9EA 1B4EA 1GVOA 5TBOA 3PC0A 3O63A 3EEGA 1SO5A 2PCQA 3GYEA 4PFMA 4JICA 4Z1AA 1K02A 2VFEA 1ZALA 4RR4A 1EX5A 3QPZA 1TIMA 3BV4A 3TJLA 1LBMA 2ZRUA 3DFNA 4UFMA 3K30A 3GKFA 4LVGA 3AO0A 1DJNA 3NEVA 2O7QA 1X8FA 5A5WA 3IIPA 4R7JA 1I2PA 3KVMA 4ORMA 4KWVA 1ZNNA 4LW7A 2V2CA 2A6NA 1TV7A 3G22A 1K8XA 5KMYA 3RMJA 3GNDA 3MP5A 3DKLA 3LGEA 2E09A 3LHWA 1C29A 4U4MA 1Z48A 2QCHA 2QDHA 3B8DA 3F03K 2WJZA 3I68A 4O15A 1XL9A 2E6DA 2B7NA 1OFOA 4JX6A 5C55A 2A85A 2ZCGA 4BFAA 2NV2A 1EP3A 1O60A 4GBUA 4X2RA 4DPPA 4EWND 1KM2A 3F4WA 3C52A 4AWUA 1KM1A 2QEZA 3P5ZA 2VEMA 2DZUA 4MZYA 4UTLA 4HHPA 3PBWA 1OFDA 4RZ6A 2X2GA 1W54A 4JTHA 3W70A 4RK8A 1G67A 3DH7A 3LI1A 2C19A 3LBCA 4IUOA 1KFBA 3FKRA 1UJPA 5DCBA 3IGUA 4XTIA 3LCLA 3W1MA 1YTKA 3C6CA 5G1TA 3TUUA 3L5MA 3Q94A 2QKFA 3W7LA 3LLDA 5FEPA 1K7FA 4X3ZA 5TQLA 3NQMA 2EKCA 1WBHA 3P7YA 2AAMA 3GXNA 4NXKA 3LCFA 1SO4A 3QQ1A 4RZ4A 1OX4B 4A2RA 5K9DA 1L6SA 2EGZA 1DQXA 3G3MA 4ADSA 2ZFAA 3L5AA 2F84A 3O6CA 2VKZG 5LHFA 1SPQA 4GUIA 1KM0A 3G1AA 4ZQNA 3PSWA 2E1DA 4GRSA 4PL1A 4BI6A 5AN7A 2G96A 1GTHA 4M6QA 4LC8A 1ZFJA 3UY7A 3WJZA 1UUMA 1S5WA 3BVJA 4MUZA 2RKXA 3TDFA 5DN1A 2ISVA 4UNLA 3BW2A 3BPWA 2WNNA 1NFBA 4Y96A 3HG5A 1QPOA 5CKSA 3HPXA 3TAKA 1KTBA 3W2LA 2IQTA 3QFEA 4UMBA 4EF8A 3E49A 1GVFA 1NF0A 3TSMA 3SR7A 3JRKA 2Z6JA 4JNMA 3W7PA 1ME8A 1C9DA 3GX9A 2CFFA 3FYOA 4TMCA 5L9FA 4FO4A 4DPQA 1W1ZA 3TK7A 2J88A 5DCDA 3NQ6A 1ADOA 2BTMA 4Z1CA 3T4CA 3TAOA 3S42A 2ZRZA 2JK2A 3PBUA 4UFKA 1TPUA 3CWOX 1D3HA 2QR6A 3GDTA 5F2GA 3ZR4A 1C8VA 2FLIA 3T78A 3PB2A 2QDGA 4QSHA 4MFEA 3ZWTA 3EKLA 3BGJA 5KSWA 4ICNA 1GG1A 1SO3A 4HSNA 4UTWA 3B0VC 4IX0A 1TTIA 2I14A 4O16A 4YCOA 4QIUA 2BLEA 3T44A 4XWUA 4ONVA 1OYAA 4TR9A 1DORA 3DHDA 3W7MA 2RH9A 1IF2A 5LSMA 4AAJA 5EPDA 3TU9A 3NQ7A 3L0NA 2YXGA 3ATZA 3F4NA 1SUXA 5IBXA 1WYIA 5F4WA 4AF0B 1Q45A 2Y7EA 3B06A 1QPRA 2DP3A 2NX3A 4E2BA 3USBA 3CHVA 2YPIA 3NQ8A 4FX7A 4FEZA 3H54A 3OA3A 3UWWA 3BG9A 3ATYA 4IJBA 2AQWA 4NZFA 3CTLA 4CQ8A 3HPZA 4OGZA 1SFLA 3UXAA 1EUAA 4JTIA 4O50A 1KM6A 3ZFHA 4JYDA 4LY8A 3KVJA 3UXDA 3HQ1A 1ALDA 2GVGA 1FWRA 3MI6A 3W87A 5F2LA 4WXYA 3GDKA 1F73A 4ALDA 5HQEA 3TQVA 1Z41A 3W1LA 4AVFA 3W7KA 5G1YA 3L68A 2GJLA 3RFAA 4O13A 1RQEA 5K7JA 4K8EA 1TPDA 3P80A 4ZZ9A 5BOOA 4NZJA 4CLMA 3NDOA 4X9SA 1ZAHA 3LHTA 5D02A 1Q6OA 5DY2A 3VNDA 3TFCA 1LROA 3NO5A 3CEUA 2CU0A 4BI7A 4H3DA 5CZ0A 2CWNA 3C4UA 3RLVA 3N2XA 1TPB1 2E6FA 1I2RA 3EX1A 5TIMA 3TSBA 4MLRA 4HNTA 2C18A 2TSYA 3KRZA 3B4UA 1DHPA 3MYOA 3G1VA 4KFPA 2CLEA 4UTKA 1XBYA 3FEMA 4QNWA 5EY5A 4AWSA 2E6AA 1H51A 4TX9A 3P74A 4C1KA 1SO6A 1X6UA 1TPH1 4NX5A 4ZQOA 4M6VA 2ZA2A 1VRDA 1K7EA 2ATSA 7TIMA 4MPQA 2QJIA 3GXPA 1OJXA 2A4AA 2GVJA 3I7QA 4UFHA 3NPXA 3N34A 3QM3A 1PHQA 4MVAA 2OCZA 3PF3A 2Z6IA 5FI8A 2YX0A 3NQVA 5D05A 2BSLA 2R91A 2CLHA 4FX6M 3NNTA 5AC8A 3M16A 4ZQRA 1LORA 4OU1A 1KM3A 4M19A 3MWAA 1SZGA 1FCVA 1R2TA 3HOJA 3TKFA 1TREA 4MKNA 3TFXA 4JDYA 4UTIA 2NUYA 3DENA 4NNCA 3E12A 4UFJA 3TNOA 1V5XA 1P0NA 1HG3A 1X1ZA 1VLWA 5AHEA 1TTPA 4A3UA 3CQ0A 3EWBX 4JIPA 3EB2A 3P62A 5C6MA 1NSJA 2BZNA 4Z1DA 1FUYA 3FJ6A 3LCHA 2Y6ZA 1FCBA 5HR6A 2WSRA 2Z1BA 5DCEA 4O28A 2QUTA 3P8JA 5ABTA 3O1NA 3PVFA 2PRMA 5LGZA 3TQKA 1KFCA 3QQ0A 4DO6A 4CCEA 2G97A 2H6RA 3TC6A 4FNQA 1BWLA 1A5BA 5HWJA 2YSWA 2DU2A 1IGSA 1S5TA 4O19A 3ZWSA 1OX6A 4HT3A 3RK8A 2HTMA 4FNRA 4OV4A 1L6YA 3M44A 3N2MA 3W86A 4E2DA 3DAQA 5CSSA 2E6YA 2Y7DA 2DZVA 3B0PA 4IX2A 2QCDB 3W1RA 4UTHA 2A5HA 2QUVA 1FX6A 2VEKA 2WV8A 2ZTKA 2WQPA 5HMSA 3SGZA 4IQLA 1J4EA 1ICSA 4QM1A 4S2BA 3MUXA 1WXJA 4JGDA 3GIYA 4JTKA 2FTPA 3SSJA 1OFRA 4G1KA 3LOTA 3BLFA 2F7FA 3FFSA 2TYSA 3HMJG 2QAPA 5D30A 1FWNA 3KOFA 2YDAA 3W1AA 1FDZA 3NOEA 4JYFA 1PE1A 4JR5A 4XBKA 4WY0A 1GTEA 2QCEA 1W3IA 3CM4A 1T0OA 4U28A 1GYNA 4I7UA 3DFOA 1ZCOA 3UZ5A 3TW7A 1EWEA 4XKYB 5FF2A 3WK3A 3WK2A 2OMAA 3G24A 3UD6A 4AHQA 2BX7A 4MY8A 3UWZA 1W3TA 5LNVA 3EX2A 3L9CA 3G1YA 4E0CA 1DVJA 4LUIA 2V81A 4JTTA 3STFA 4RXFA 1TV8A 3ABSA 5CGQA 3CPRA 2ZZ5A 3W7JA 2XFWA 1EUNA 1VC4A 2ZTJA 5D32A 1JRBA 3PUOA 3TCEA 4QITA 5F2MA 5K9CA 1EIXA 4UIOA 3BG3A 4GC4A 3L0KA 4CQAA 4EVZA 3A24A 2ZA1A 3CB8A 3PM6A 5DBUA 1WDWA 5CPNA 2ISWA 3O15A 3UQNA 4WOQA 4PC8A 3G0XA 3LTPA 3S5ZA 3NPVA 2JKPA 1JQXA 2ZRVA 2FB2A 1KFLA 2EF9A 1OABA 4IPJA 1YDNA 2NXGA 1Z42A 3V1PA 3C2RA 2O7SA 3R13A 1UBSA 3VCRA 3GAYA 1QO5A 3CWNA 3EXTA 2A21A 3GNNA 3HO8A 5DBTA 3QPYA 3QF0A 2GOUA 2A7NA 3Q2DA 3S0CA 5EL1A 3KFTA 4DO4A 4UTTA 3NPUA 2Y89A 3P61A 3N3MA 2X30A 1JCNA 5F1UA 3CIXA 4NXSA 3LERA 3LDVA 3DFPA 3SJ3A 6TIMA 4L4LA 1PVNA 1SSDA 2NWSA 3BG5A 4CCDA 2H8ZA 2ZBTA 3WJXA 3W7GA 1OYCA 3S5OA 1QMLA 1R2SA 1W37A 3QYQA 3NXFA 1OFEA 3M0ZA 2WPBA 3RU6A 4K7VA 5HUOA 2YFNA 4RX0A 2EAWA 5LZLA 2WNQA 2QCCA 5C5YA 2CW6A 4KFOA 1E51A 2H3BA 3LBMA 1WV2A 1OFAA 1AMKA 1B57A 1ME7A 3LHUA 3LM7A 1NAL1 4O57A 1FQ0A 2V5BA 4O12A 5EA9A 5EBUA 2ZRXA 4JX5A 3R5EA 3NQGA 4LV4A 3NGJA 5EKYA 4JYEA 2H8XA 1VHCA 1TB3A 4BK9A 3HGJA 1T8XA 4Q33A 2W6RA 2V30A 4GUFA 5G4EA 1G4EA 1U5JA 1THFD 4BWLC 1LOLA 3FS2A 4WUIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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