4WXZA

Pdxs (g. stearothermophilus) co-crystallized with r5p
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
253
structure length
242
Chain Sequence
KGGVIMDVVNAEQAKIAEAAGAVAVMALERGVARMADPTVIEEVMNAVSIPVMAVRIGHYVEARVLEALGVDYIDESEVLTPADEEFHIDKRQFTVPFVCGCRDLGEAARRIAEGASMLRTGEPGTGNIVEAVRHMRKVNAQIRKVVNMSEDELVAEAKQLGAPVEVLREIKRLGRLPVVNFAAGGVTTPADAALMMHLGADGVFVGSGIFKSENPEKYARAIVEATTHYEDYELIAHLSKG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Transferase
source organism Geobacillus kaustophilus
publication title Crystal Structures Capture Three States in the Catalytic Cycle of a Pyridoxal Phosphate (PLP) Synthase.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Pyridoxal biosynthesis lyase PdxS
total genus 85
structure length 242
sequence length 253
chains with identical sequence B, C, D, E, F
ec nomenclature ec 4.3.3.6: Pyridoxal 5'-phosphate synthase (glutamine hydrolyzing).
pdb deposition date 2014-11-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF01680 SOR_SNZ SOR/SNZ family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 4wxzA00
4ZQCA 2B7PA 5L6UA 4PEKA 3PG9A 3NM1A 4W9TA 5BRBA 1TJPA 2J88A 4Z1AA 2EF9A 4Z1DA 1KLZA 5I3IA 1N55A 3LTPA 2A7PA 5CPMA 4NNCA 3C56A 4ADSA 5T26A 5BW6A 5K9DA 5D03A 3F1QA 1UBSA 1K7XA 4JDBA 1XCFA 5MHBA 4Q33A 1F76A 1EEPA 3G3MA 5EA9A 3TQ0A 1KW1A 3WK2A 4O4WA 5D30A 1VR6A 3UXDA 1GZGA 1LRNA 3W1PA 4R53A 3W1RA 4C1KA 3N2XA 1GYLA 1P0KA 3L65A 3B0UX 4GUIA 1KLYA 1VGAA 3PVFA 1U5JA 4I7VA 3LHWA 3MHFA 4FEZA 1XDMA 5LGZA 2YSWA 3KOFA 4EF8A 3PUDA 2ATSA 3HG2A 4BF9A 3KVMA 2XN2A 4LRSA 4FX6M 6ALDA 2C3ZA 3LXCA 2NXIA 2HS8A 5LNVA 3S1UA 4OT7A 3VE9A 2VOMA 3IIPA 3MI2A 1YPFA 1WQ5A 4S1FA 1EP2A 3EWYA 3M41A 5E1QA 1GYNA 1W5MA 3QSTA 2VEIA 5KSWA 1H7XA 2XN0A 1VC4A 3PULA 4GRSA 3QH2A 3ATYA 3UWVA 4X9SA 4PC8A 2Z1BA 2PE4A 3OHIA 1DVJA 1GWJA 3LCIA 1ZNNA 2UV8G 4N2YA 4ZVJA 5DCDA 1Q3NA 2DU2A 3MHUA 1W1ZA 4O54A 3CWOX 1BEUA 1OFBA 2B4GA 3CC1A 2E5CA 1HTIA 5GVJA 1XUZA 1R2SA 1UCWA 3UXAA 3CEUA 3PBYA 5FEZA 1JR1A 2YZRA 5D38A 2HMCA 1DJQA 2Q8LA 3R13A 4UC5A 4JTGA 4UTJA 3OA3A 1H51A 3F03K 3WK3A 4FXSA 3VNDA 1G4PA 1BWKA 3MO7A 3NGJA 3TC7A 4R7JA 2JBMA 3UWYA 1LLZA 1QOPA 2DZPA 5HUPA 1OYBA 4O12A 1LYXA 2YFNA 2ZRVA 3IGXA 5LHFA 3OVQA 3W1QA 1OHLA 1ADOA 1K8XA 5E93A 2JKEA 1OJXA 3PBVA 3TCEA 2YPIA 1D9EA 3BG3A 3LTSA 1JQVA 2WNNA 3W9ZA 4A2SA 3OIXA 4HPJA 3R12A 4MIMA 3HG3A 3DFSA 2BTMA 3W22A 1V5XA 3NVTA 3LHZA 1FXPA 5FI8A 4N9CA 1X1ZA 1YDVA 4O16A 3WJYA 3P82A 3W2MA 5CPNA 1HO4A 4LRTA 4O53A 3FA5A 1FCUA 2YDAA 4UTLA 4LS0A 1BWLA 4UFJA 1KFEA 2Y6ZA 3E9AA 3KRZA 1TCDA 4DO4A 3A21A 1OFAA 2E09A 2CLIA 1LROA 2BWGA 3R2GA 3EX1A 5CZTA 5HNRA 1D3HA 3PBWA 4MJMA 1IXQA 1G4TA 3CB8A 1A5BA 2E6DA 3RK8A 1TYGA 2Y88A 4HSNA 5KZMA 1DHPA 1TREA 4QIUA 3DXIA 1L9WA 3DI0A 4UTKA 3P8JA 3NPUA 3G1DA 4JYDA 2ZTKA 3QMTA 3HJZA 1GVOA 2VFIA 3V1PA 3ZS4A 5BNKA 1OYAA 1EA0A 2FIQA 2E6AA 4HN4A 3DFOA 2ATMA 4AB4A 4XQ6A 3EXTA 1FX6A 4YMZA 3JS3A 3STGA 1X6UA 1VYSX 5AOUA 3EWWA 3NQGA 1PHWA 1AG1O 5HWJA 3NDOA 4HPXA 3FIGA 1FY6A 1UJPA 3MP5A 4IJBA 4MJZA 5HMSA 2YFOA 1TPVA 2X30A 3DENA 4GJ1A 1RQEA 2Y62A 1JULA 1PVNA 1VHNA 2GQAA 1X8FA 1TPDA 4NXSA 1SW0A 3IIOA 3GX9A 2VKZG 1FBAA 2Y85A 3OG3A 1XBYA 4GUHA 5AHEA 1EUNA 1G4SA 1TRDA 4Z1CA 5H91A 3GVGA 4AHPA 3W7PA 1BKSA 1ICPA 1JCXA 1JRBA 3W1XA 3C52A 1AW1A 1JCYA 1SSGA 1C29A 4K8HA 3W6YA 3G0UA 3W71A 1LDCA 4AMAA 4NJKA 1YADA 2V2CA 2C0AA 1TV5A 3W1UA 1F74A 3Q94A 1MZHA 5D2XA 1FCBA 3QM3A 1XDLA 5I3GA 3LX9A 3OVRA 4MZ8A 1W5QA 5K3VA 4O0KA 3HG5A 3ZWSA 4X3ZA 1TRIA 4K38A 2CLLA 3HIJA 2V81A 5IBXC 3M43A 3DFNA 4TX9A 1DJNA 2XN1A 3LDVA 1KFCA 3R89A 5TIMA 3GYEA 2JGQA 1YTDA 3ELFA 3MW7A 1XI3A 1WOBA 1T99A 2TRSA 1SFLA 3LBCA 4RR4A 3PB0A 5G2WA 3NYZA 3UWUA 2D73A 1Q6QA 5D33A 4ALDA 2ZTJA 1FCVA 2RH9A 2JK2A 5SWUA 1R2TA 3DH7A 4AF0B 2C13A 1SZGA 3HBLA 2A6LA 3H53A 4WXZA 4Y8FA 4DXVA 4MYXA 2I14A 2ZZ7A 3L9CA 3W3OA 1G4EA 3M5ZA 3G1VA 4JTUA 1H1YA 1OX5A 4H4IA 3W84A 3NQFA 3NO5A 1OX6A 3IGSA 3QC3A 3N19B 3UPBA 1GEQA 2WSYA 1F5ZA 4PA8A 1F73A 1P1XA 3TSMA 5HULA 3DBPA 3FKRA 4Q4KA 4WX2A 2J9YA 1U83A 5D04C 3O6CA 4FIQA 1DQXA 1B4KA 3BG5A 4BWLA 4DBDA 1JRCA 5K9XA 3W70A 3P8IA 4UIOA 4MYAA 4WZHA 1L2UA 3LRLA 5KMYA 2G95A 1H7NA 4MLRA 4MVAA 2WQPA 8TIMA 1LOSA 2KZHA 2EKCA 3TDFA 1YXDA 2NX3A 3DFQA 5DCBA 1VLIA 4LS1A 3W7NA 2J9ZA 4M6PA 5G5IA 2O7SA 4AWTA 2JKPA 1CI1A 3KVKA 2WOQA 2ISVA 2QUUA 5D2VA 3T4CA 5HWMA 1SZNA 5AFDA 1SR9A 4RJEA 4XTDA 2ZCGA 1SW7A 1KV8A 3C4UA 4K7VA 4O18A 2QCEA 1H7OA 3KFTA 1G7UA 4LVGA 1NSJA 2ZQ0A 2LLEA 4JTKA 1GVRA 2CLEA 1I2PA 2CLOA 3MI6A 3C2RA 4OV9A 1LZOA 3S5ZA 4UFLA 3SFKA 5D09A 1M7OA 5TQLA 1RPXA 3QQ1A 3P67A 4TU1A 4CCEA 3W7OA 2C19A 3NQ2A 1DV7A 1MEHA 3IGUA 5U4NA 1KM0A 2C14A 1W5NA 3F4WA 3GR7A 4OU1A 1FDYA 2QJIA 2DJXA 4UMBA 4RLIA 3R8RA 2C15A 4K39A 1OFOA 1TQJA 3W7EA 5I3FA 4O50A 3SJ3A 4IXHA 5KITA 3WJSA 1TV7A 4BI5A 2QUVA 1TMHA 1KM1A 2QF7A 1S5VA 5DY3A 2E6YA 3FS2A 4XBSA 3NQCA 2VFGA 3LXBA 3NQDA 4U28A 3C2FA 4RCXA 3M0ZA 3TJXA 2NWRA 2VFDA 4QNEA 1X7FA 3N2MA 5C5YA 4MZ1A 4NJHA 3KAOA 2J9XA 3DGRA 5J5DA 5KTLA 2O7QA 1GG1A 1ZCOA 4RZ6A 2QAPA 3VKJA 3WFAA 3T55A 1QNVA 4R33A 3S8HA 5DLCA 1SPQA 2ZRUA 5F4WA 1H7WA 2PRLA 4AAJA 2E77A 1SZEA 2EAWA 4PODA 1FDJA 3PWAA 4CQ8A 1AL8A 1CX9A 3O1NA 1EB3A 1GQNA 3CIWA 1NVMA 2CFFA 3FJ6A 4N4PA 3C2OA 3W1AA 4O8RA 4UFMA 3W7HA 4G1KA 2RFGA 2YCEA 2GJLA 3CIXA 3M47A 4IWWA 4JN6A 5AHIA 3P84A 2I9EA 3EX2A 4YLWA 1NFBA 5EL1A 1C9DA 1GVSA 4ADUA 4LT9A 2QKFA 3N9RA 5D02A 4XUGA 2W0UA 3INPA 3F4NA 4AHOA 4FNQA 1VYPX 3H54A 1R47A 5FF2A 1J5TA 3IVSA 4A21A 2NUYA 2V2DA 1SW3A 2QCDB 1IXNA 3S1XA 5K2ZA 5FF7A 5A5WA 4LUIA 4PH6A 3RLUA 3W83A 3HMJG 5F1UA 3A22A 1Y0EA 1KV5A 4C1LA 4U4MA 3UZJA 3E49A 1AW5A 2CWNA 2QCCA 4WOQA 3TKFA 2BZNA 3Q2DA 3GAYA 3B03A 4CQAA 4QQ3A 4DPPA 2V82A 5HJLA 1VZWA 4JTEA 4MY9A 1B4EA 4JX6A 1VCGA 3W76A 3VCRA 3E0IA 1T8XA 2Z0IA 3PBUA 4FIRA 2AGKA 3IVTA 3HB9A 3W2LA 4E2DA 3TROA 3FKKA 3O6YX 2FFCA 4M5PA 5EMUA 3S6DA 3P74A 2Y7FA 3TJLA 2ZA3A 4ML9A 1OF6A 1JCMP 4Y90A 3B05A 3PG8A 4BWLC 1TO3A 1S5TA 3TMLA 1RV8A 4O52A 3FYOA 4LUJA 3PSVA 5FF0A 3NM3A 1FWTA 3G8RA 3SW6A 1JJKA 5IBXA 1TTQA 4DO6A 3L21A 2QDGA 2ZRYA 3TSBA 4I7UA 3S5OA 2Y61A 2ZZ3A 3FOKA 4JEQA 3SGUA 1R46A 1OABA 4JDYA 2Y70A 3G0SA 2ZFAA 4WY0A 2R14A 2ZRZA 4O10A 1CW2A 4EVZA 1JCJA 1I2NA 2TSYA 4MZYA 2E5DA 1ALDA 1ZFJA 1S3HA 4HSOA 1ZENA 4A22A 1W0MA 3EXSA 3SECA 4JTHA 2FJKA 2RDWA 5G1TA 4N6FA 1KTBA 3UWWA 5J5RA 4AHQA 4TO8A 4Y9AA 1F2JA 4JD4A 1DKWA 3RF9A 2YR1A 2PRMA 5BMXA 3QFEA 3JRKA 4IX2A 1AW2A 2QJGA 1KM4A 3CWNA 2IQTA 4O17A 2OZ0A 2ZZ2A 3TMQA 4HKPA 2VFFA 3NL5A 5CSSA 2OCZA 3A5VA 5D37A 3C2EA 1DQWA 4ONVA 4LVDA 4NZFA 3QW3A 1VCFA 1GVFA 1EIXA 2Y7EA 1P4CA 1OFEA 1UB3A 1L6YA 2J24A 3QW4B 1QCWA 4JX5A 1TIMA 1KFJA 2EGZA 3EKLA 4LOCA 5KZEA 4KWWA 1FWNA 4OGZA 4P61A 1H7RA 4FNPA 5D2WA 3DZ1A 4OQVA 3G0XA 3K30A 4H6KA 5LNWA 5AC8A 5FF3A 4ZQOA 2FTPA 2ZDRA 1XKYA 4I7WA 2DZUA 1B3OA 3PC0A 1S5WA 3BLFA 1VS1A 2Y7DA 3LGEA 4RZ5A 4LVBA 3AJXA 4WUIA 3W7CA 3N3MA 4UTIA 2WO5A 2ZBTA 2TYSA 4IX0A 3GXPA 4JNMA 4M7SA 4OHQA 1RQHA 3VE7A 3B06A 1OFQA 5K7JA 2EPHA 1SO5A 1IIGA 3VI2A 4Z0SA 1IGSA 1SO3A 3W73A 1R30A 3W2JA 5IM51 3UQNA 3C2VA 4WY0B 3EX6A 2ZA2A 2V0TA 3HPSA 1TPC1 2QCMA 4LVFA 2C6QA 2H3BA 3TSDA 3P80A 1YTEA 5CPLA 3C8FA 1QFEA 1EP1A 2DZTA 3A9IA 3BW3A 3L0GA 4UCGA 4YWIA 3U2OA 3S1WA 3LERA 1MSSA 2B0MA 2E6FA 3ZR4A 4K8EA 1DL3A 1EP3A 2ZZ5A 3THQA 1QPNA 3EWUA 3FFSA 4UNKA 3YPIA 4UTHA 1DOSA 3I6RA 1XFBA 1LM1A 3UY8A 3DFTA 2BSLA 1OFRA 2OJPA 4FO4A 4AF0A 1SO4A 1RZMA 3HGOA 3NPWA 5AC6A 2FPVA 1LORA 3OBKA 5DBTA 3MJYA 1LRTA 3EX3A 4CNOA 5D2YA 1OYCA 3JR2A 3S0CA 1JUBA 1OX4A 1MXSA 4LC6A 5DXYA 4JYEA 3STFA 1HL2A 4QISA 1T0OA 2FQIA 3W7GA 2C18A 1W37A 5CG7A 3SZ8A 5EKYA 5CPOA 3TNOA 1ICQA 1TPH1 5AYXA 1WV2A 4K37A 5BMWA 2TPSA 4YL2A 3LB0A 1I8JA 3NZ1A 2H90A 3LRKA 3CLMA 3BG9A 4JICA 4M19A 4QITA 4QJ1A 4UFIA 2GVGA 2WNZA 4JTIA 2ZZ6A 5LSMA 3NAVA 3W7KA 3W7JA 3NG3A 2C16A 3IIZA 4KFPA 5DY2A 5BOOA 1RQBA 4MY1A 3MUXA 3QMSA 1LOLA 7TIMA 2ISWA 2QCLA 3M5YA 3QF0A 3KX6A 3I68A 3LTYA 4LV4A 1B57A 3W72A 2FPYA 5U7SA 3MP3A 3Q58A 3STEA 1NF0A 1HFBA 4HNVA 4PFMA 1W54A 1KFBA 3IV3A 3M1ZA 3QJAA 1IXOA 2WKJA 4JXCA 2W79A 5C55A 4XKYA 3MI3A 2G97A 1Q6OA 2NX1A 3EWZA 3LHVA 3L66A 3QPZA 2NXHA 5CZ0A 4GBUA 3DHFA 1PE1A 4K7YA 2QCFA 5AYZA 3LI1A 4UMAA 4IQLA 3PM6A 3E96A 3NPVA 3NZRA 4S2CA 4E0CA 4ZQNA 3QSRA 4NJIA 1W3IA 3A5FA 3U8GA 3BO9A 2H6RA 4HT3A 3W7LA 4I9AA 3FLUA 4RKAA 1I45A 1YLVA 3UWZA 3LM7A 4GXMA 3TW6A 4L4MA 2CLMA 2TMDA 1H60A 4OBTA 2PURA 1K8YA 1QO2A 3IEBA 1OVDA 1OX4B 4X2RA 4MLJA 1OG0A 4MOZA 4ZL1A 4YCOA 4POCA 1X1OA 4UUIA 3M5XA 2BX7A 2G96A 2CLHA 2GPTA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2XGI A;  4ZQC A;  5L6U A;  4MKV A;  3UYI A;  4PEK A;  1R3T A;  3NM1 A;  1FKW A;  4R5E A;  2V5C A;  1QRQ A;  1N55 A;  1JDA A;  1XIJ A;  4AZC B;  3C56 A;  4ADS A;  5T26 A;  2O92 A;  5D03 A;  3F1Q A;  3AHT A;  1CLX A;  3WK2 A;  3AXM A;  2GK1 B;  3W1P A;  2BNJ A;  3W1R A;  4C1K A;  1I75 A;  1EDQ A;  4MB5 A;  2O9O A;  1S2A A;  3LPF A;  2PTY A;  1P0K A;  1ZBC A;  3L65 A;  3B0U X;  3F7J A;  1W1P A;  3MHF A;  4UCF A;  1QI0 A;  3KOF A;  3PUD A;  5HNU A;  2XN2 A;  4LRS A;  1D7K A;  3SCR A;  3RYS A;  2NXI A;  3S1U A;  3EMQ A;  4OT7 A;  3VE9 A;  3QR3 A;  1HJU A;  4GGH A;  3IIP A;  2I17 A;  1YPF A;  4M8U A;  4QE4 A;  4S1F A;  3SSZ A;  1EP2 A;  2H9A A;  3M41 A;  5E1Q A;  1UR8 A;  4MB3 A;  5KSW A;  5ABG A;  4X9S A;  1UP2 A;  3E38 A;  2Z1B A;  1GWJ A;  1SJB A;  2VGB A;  3KUM A;  2PDP A;  1Q3N A;  1XH0 A;  5AVN A;  4H00 A;  3MHU A;  3TR9 A;  3ONC A;  1W3L A;  3LU2 A;  5C9R A;  1VIW A;  2B4G A;  4ICC X;  1XUZ A;  3PJU A;  3OLD A;  4XZB A;  3PBY A;  2YZR A;  5D38 A;  1DJQ A;  3WY1 A;  4B5X A;  3F03 K;  3WK3 A; 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