1U5JA

Propionibacterium shermanii transcarboxylase 5s subunit, met186ile
Total Genus 185
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
185
sequence length
471
structure length
470
Chain Sequence
REIEVSEPREVGITELVLRDAHQSLMATRMAMEDMVGACADIDAAGYWSVECWGGATYDSCIRFLNEDPWERLRTFRKLMPNSRLQMLLRGQNLLGYRHYNDEVVDRFVDKSAENGMDVFRVFDAMNDPRNMAHAMAAVKKAGKHAQGTICYTISPVHTVEGYVKLAGQLLDMGADSIALDIAALLKPQPAYDIIKAIKDTYGQKTQINLHCHSTTGVTEVSLMKAIEAGVDVVDTAISSMSLGPGHNPTESVAEMLEGTGYTTNLDYDRLHKIRDHFKAIRPKYKKFESKTLVDTSIFKSQIPGGMLSNMESQLRAQGAEDKMDEVMAEVPRVRKAAGFPPLVTPSSQIVGTQAVFNVMMGEYKRMTGEFADIMLGYYGASPADRDPKVVKLAEEQSGKKPITQRPADLLPPEWEKQSKEAATLKGFNGTDEDVLTYALFPQVAPVFFEHRAEGPHSVALTDAQLKAEA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Transcarboxylase 5S structures: assembly and catalytic mechanism of a multienzyme complex subunit.
pubmed doi rcsb
molecule keywords transcarboxylase 5S subunit
molecule tags Transferase
source organism Propionibacterium freudenreichii subsp. shermanii
total genus 185
structure length 470
sequence length 471
ec nomenclature ec 2.1.3.1: Methylmalonyl-CoA carboxytransferase.
pdb deposition date 2004-07-27

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00682 HMGL-like HMGL-like
A PF02436 PYC_OADA Conserved carboxylase domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1u5jA01
3UWQA 3PUDA 1QPNA 4LW7A 2CW6A 1H63A 1QMLA 3NL3A 4FX6M 2G95A 1GTHA 3N19B 5TBOA 5TIMA 4XUGA 1W31A 2YDAA 4E2DA 3EWYA 3W7PA 2NUWA 2QCCA 4N9EA 2PRMA 2EGZA 1QR7A 3OVPA 4PC8A 4O15A 3QJAA 1Q45A 2OZ0A 3SJ3A 4HIBA 1L2UA 1R30A 4YXGA 3W6YA 1GVFA 1SO6A 1RQBA 3PB2A 2VFHA 3EWBX 2XN0A 3IGXA 5AC7A 3P5ZA 1GVRA 3B06A 3P60A 5LZLA 3PULA 3PSVA 4NX0A 4DBDA 5F4WA 3HGRA 1VYPX 1TV8A 1YTKA 1QFEA 3NPXA 4O4VA 3AJXA 3IV3A 2R14A 1WYIA 4OHQA 2CLFA 4IXXA 2V82A 2V5BA 4RR4A 5G4WA 3FA5A 3JS3A 3IGUA 3MI6A 1TTQA 1EP1A 2RDTA 1KM3A 3S42A 3N9RA 3GXNA 1OG0A 2PCQA 3G18A 2CWNA 1SSDA 1IIHA 2NX9A 4YCOA 3DAQA 2BXVA 1K8ZA 3E49A 1JCMP 2FFCA 1VH7A 3MYPA 3UWZA 1H7PA 2ZFAA 3NQDA 2FPVA 3G1FA 1KM0A 4HSOA 3U8GA 1A5AA 2FPTA 1VCFA 1KW1A 3NM3A 1SW3A 3SECA 4LWWA 1AW1A 3FKKA 5IM51 3PBWA 1V5XA 1H50A 2DZWA 3CTLA 2Z6JA 3V1PA 1Q6RA 4RV8A 4CNPA 5C54A 2EPHA 1SO4A 2FQIA 1G7UA 4UFIA 3GKAA 2VKZG 2C19A 3STFA 3TAKA 5HR6A 3WK0A 3S5NA 5G2IA 4NXKA 3IRDA 3QMTA 5D2TA 1FXPA 4AWTA 5G2WA 3ABRA 1LOSA 4PFMA 1IXPA 2BSLA 3FEMA 3UWYA 2XN1A 5HQEA 4DBEA 4GFSA 1JVNA 1OX4B 3WJZA 1XKYA 2H3DA 2Q3RA 3W74A 1GG0A 1DKWA 4FNRA 1OFAA 1W54A 1JQVA 5KZDA 1ZCOA 5KZEA 3HG5A 3VI2A 3EWUA 4EIVA 4NZJA 4JYEA 3LCXA 4UTIA 4UIOA 2ZTJA 3G1XA 1FWNA 3DKJA 1XDLA 4JYDA 3SI9A 1JQXA 4IMCA 2FPYA 1OFRA 2ALDA 1W8SA 5E93A 1SW0A 5MHBA 3GKFA 2B7NA 5CZJA 3SZ8A 2JGYA 4Z1DA 2VFDA 4LS2A 2A6LA 1EP3A 3GB6A 1PS9A 3N34A 3BARA 2RDWA 1CX9A 5K9XA 2ZA1A 4O8RA 5K4ZA 3M5VA 1EP2A 3QMRA 5LHEA 3GR8A 1W56A 1R47A 2QKFA 4JX5A 2VFGA 4JIPA 3P82A 2V8ZA 3A23A 1GEQA 3GNNA 2GQ8A 3MJYA 2OX1A 2R91A 3U2OA 4LC8A 4WQ6A 2ZRYA 5C6MA 4PEKA 1GYLA 1PCKA 5AHFA 5AYZA 1KM5A 1UUMA 2DZTA 1EB3A 3W3OA 2H90A 3DGRA 3V75A 4HN4A 1CW2A 3Q2DA 1LCOA 2DZXA 4O57A 1MXSA 3UYCA 3NDOA 4K36A 3R13A 1H7RA 5K9CA 3M16A 4M6QA 3O06A 2PRLA 2LLEA 4YCPA 3PUOA 4UNLA 4IWWA 4JIQA 2A6NA 1W5PA 4OWGA 1B4EA 2PE4A 3BV4A 1O95A 3ELFA 2X1TA 2A5HA 3DBPA 4NVTA 3FYOA 3OVRA 1X7FA 4FNTA 1VYSX 5H2ZA 3UPBA 2ISWA 1DL3A 2QCNA 4N6FA 2A7NA 1H7WA 4XBSA 3U6WA 3W7NA 3RLVA 4N9BA 3GDKA 4MOZA 4Z1BA 2NWRA 1AK5A 5L6UA 1HFBA 4Z1CA 4WY0A 3TSMA 4RCXA 4JTGA 3W70A 3M44A 4IJBA 3GDRA 2VC6A 1H62A 3LTYA 1C9DA 1FWTA 4JX4A 3MP5A 1GWJA 1GQNA 4LOCA 1OVDA 1UJPA 3BLIA 1J2WA 4AHOA 3OVQA 2C3ZA 2X16A 1OX5A 4FNQA 2B7QA 3ABSA 5K9DA 4O1BA 3M9YA 3A5FA 1Q3NA 4JS3A 3FJLA 1IF2A 3M5ZA 4NNBA 4R33A 4DPQA 4DEFA 3HPSA 4XKYB 4ZL1A 2NXHA 2WNNA 3W1AA 5I3KA 1F6PA 4WOQA 3QSTA 1SZNA 1NF7A 4BI6A 1M5WA 4CLMA 3W84A 4CCCA 4M6VA 3S1VA 3ZWSA 3L0KA 1TPEA 3EX4A 3W22A 3P84A 3DI1A 4UTLA 4JTFA 3BGJA 3LB0A 1K03A 3UY8A 3W71A 5F1UA 1DVJA 1GTEA 3NM1A 2ISSA 3DHFA 3HBLA 1QO5A 1PL9A 4IMEA 1XBVA 3T55A 1XM3A 1TPVA 3W1PA 3TR2A 4MZ8A 3STGA 2YW3A 2V5LA 4RK8A 3W7DA 1SZEA 1YDOA 3PWAA 4GNJA 1QOQA 3GIYA 2ZA3A 4JTTA 3NYZA 4C1KA 3LLDA 3W73A 1G4SA 3AO0A 2ZRXA 4ZMGA 2W79A 3NZRA 4I7UA 1OX6A 4FF7A 1XBYA 3L0GA 4LY8A 5LHFA 2ABBA 3LXAA 1G7VA 3LCLA 4UTMA 1ZENA 2P10A 5DN1A 1GOXA 2UV8G 3R89A 1G4PA 3NGJA 5HULA 1OYBA 1YDNA 2D73A 3E96A 1NAL1 2C0AA 2FB3A 1SQ7A 4QNEA 4AB4A 1JCXA 3W7MA 3TKFA 1XL9A 4R34A 3DFTA 2JGQA 2J24A 3BK0A 3TMLA 3EX3A 3H53A 2DZSA 4N4PA 3WK1A 3QEZA 4FNUA 1GT8A 4UNKA 3IVUA 4ZQOA 4UFMA 3NL2A 2VEIA 5FF3A 5G2HA 3DI0A 3CIXA 3DENA 3LRLA 3KRZA 4M6PA 2NWSA 4ORMA 3K30A 3NQ8A 3W2UA 4NNAA 1H7XA 5A8GA 1YPIA 4AAJA 3W1XA 1XI3A 3L68A 5DELA 3ATYA 5U7SA 3NL6A 1UCWA 2PURA 5T26A 1I2NA 4IPIA 3LV6A 4CQ8A 1OFBA 2CLMA 4Q4KA 3BG3A 1YXYA 3R8RA 4UTJA 1R2RA 3O1NA 2X2GA 5DXYA 1H51A 2A1YA 2RH9A 5KMYA 3S1WA 2QAFA 5CPMA 5HWMA 5LNWA 3TAOA 4CQAA 4CCEA 1WQ5A 3HIJA 3MMTA 4C1LA 3SGUA 1T8XA 4Y9AA 3NXFA 4HNVA 3HGJA 1F5ZA 2QUUA 2TPSA 3UPWA 1DQXA 4AEOA 2ZDRA 4MY9A 5D04C 2E6DA 1KFBA 3W75A 3W2JA 3OG3A 5LGZA 3GDMA 4QSHA 5HWJA 3DFOA 5D03A 3LCWA 1FX6A 3FOKA 5CPOA 3LV5A 2BTMA 4K38A 3I7SA 3SSJA 2OMAA 1G4TA 1GVSA 2NX3A 3PBUA 3RLUA 1PIIA 2V2DA 1XUUA 1FCUA 3HF3A 3CPRA 3E02A 4GWEA 1KFJA 1JCLA 4LVBA 3O6CA 3TC7A 3NL5A 1KM2A 3QW4B 4DXVA 5FF0A 2QF7A 4QISA 5CZSA 2JBMA 1VJIA 2C6QA 1TTJA 2YYTA 3LX9A 2CU0A 3EWZA 3LBCA 3GNDA 3KVJA 3VE7A 1JUEA 3DXIA 1A5SA 1FCQA 3C61A 3P62A 1TJRA 1R2SA 2GPTA 4JXCA 3SY5A 3W7CA 4UTHA 5EYWA 4MVAA 1P0NA 3MYOA 1G4EA 1KM4A 1EWEA 2CZDA 1I2OA 3QMSA 2X1UA 2EKCA 4N2YA 2Y62A 3N2XA 3MO7A 1TYGA 4Y6GA 1TPDA 1OX4A 1L6YA 3TNOA 3C0JA 1Q6QA 4IQLA 5IBXC 2EF9A 3G1SA 3NQ6A 3EB2A 4FEZA 3ZS4A 1RQEA 4MY8A 4O1CA 5EA9A 3T78A 4YMZA 3IIVA 2WSYA 4HNNA 1FWSA 4N6EA 3TSDA 1F6KA 4O1DA 2QCHA 3L66A 2NZLA 1H7NA 5CZ0A 4QAIA 4AF0B 1VRDA 1FCVA 4N9DA 1AMKA 3HO8A 2VEMA 2JKEA 4K8EA 1JCYA 4MY1A 1KM6A 1FXQA 3TW7A 5AHNA 3ZFHA 3TIMA 3N14A 1PV8A 3BG5A 3M0ZA 1UUOA 1ME9A 3PR2A 1YYAA 3LHUA 4JTUA 3BPWA 4IMFA 2C15A 1B9BA 4Z0JA 2I9EA 1V7YA 3G24A 3EX1A 4IXHA 2GOUA 3KVMA 3NG3A 3M7WA 1PCWA 3KAOA 3BW2A 1WXJA 3FFSA 4PCFA 1W3NA 4IX0A 4KWWA 5C2XA 4QIUA 4PTNA 4O54A 4UR7A 5F4XA 2GQ9A 3KRSA 1IXOA 3HMJG 5BOOA 1M7OA 2A7RA 3C2VA 4MLJA 1TPFA 3MP3A 3LRMA 1LORA 1UB3A 4JN6A 3EWWA 3DFSA 3NAVA 4O16A 1O94A 1UASA 2HSAA 1THFD 3T40A 5EPDA 3GAYA 3UD6A 1I45A 1BEUA 3RFAA 1TRIA 5CSRA 3BVJA 1JUBA 1EWDA 5DBUA 1UBSA 5G5IA 3EXTA 3GVGA 1K7FA 4JTJA 4XTDA 2OT1A 4BR1A 1EEPA 1I2RA 3WJSA 1TREA 3T4CA 1N55A 3NOEA 1A5CA 4MJZA 1VGAA 4MKNA 4HSNA 4WZHA 3IIPA 3Q37A 4HPXA 1WDWA 5DBTA 2CLKA 3LXCA 3TJLA 3NQ7A 3CB8A 4O19A 3IVSA 4GUFA 4TX9A 5K7JA 5K3VA 2QEZA 3IVTA 1W5QA 3S5OA 4I9AA 1KM1A 4FNSA 3LI0A 5C5YA 3TA6A 3FKRA 1RR2A 2NUXA 3MBFA 4AH7A 1W3IA 5FESA 2NX1A 2B4GA 5DY2A 5AHIA 4N9CA 3C52A 4A3UA 1QCWA 5I3GA 1HO4A 5AFDA 3WJYA 4OU1A 3Q58A 1Q6OA 2WKJA 1W3TA 4AXKA 4XKYA 3S8HA 1GYNA 1KFLA 1G6CA 3BLFA 4OT7A 3PVFA 3MHGA 3W07A 2H6RA 3TE9A 2Y88A 2WOQA 3P8JA 3A22A 3NQMA 3NQCA 3LLFA 3TJXA 4O11A 1HUVA 3G1HA 4IPJA 4KFPA 1ME8A 5SWUA 2Z2UA 3PSWA 3GXTA 3KRUA 4JTHA 1I8JA 2FTPA 3F1QA 2YCEA 3BW3A 3W7OA 1EA0A 2V2CA 3NQGA 3THAA 4ZZ9A 3TFCA 2XN2A 3PC0A 3QSRA 5G1TA 3TUUA 2C18A 1FDJA 3P5YA 4O1AA 4EWND 1HO1A 1ZJIA 2RKXA 3H54A 4LNYA 4NNCA 4K39A 5LNVA 3LCHA 8TIMA 2DZVA 1KLZA 3QQ1A 4O17A 1X8FA 5DCEA 3UXAA 2CLOA 4JD4A 2ZZ7A 5J5DA 4EF9A 4LV9A 1JRCA 3WJWA 2X1SA 1MO0A 1O60A 3QF0A 3OHIA 3R5EA 4DF1A 4UC5A 4ADUA 1TO3A 2B7PA 4X2RA 3G8RA 4TMBA 3RNDA 2KZHA 4HHPA 4ONVA 4AHPA 4MYXA 4ZQRA 2CLIA 2VEKA 4ML9A 4UTUA 3IIZA 5FF4A 4R53A 1SFJA 1WA3A 1LLWA 3FYPA 3EKZA 2QJGA 5K4XA 3N2MA 4PH6A 4DO6A 1KTCA 3MP4A 1NVMA 2QJIA 1OJXA 4UUIA 2QUVA 5LSMA 4LTSA 3O6DA 3SW6A 4BWLA 5CKSA 1VPXA 4LVFA 3IIOA 1PE1A 1K8XA 4LVDA 5F4SA 5I3HA 3VE9A 3EWXA 4BWLC 1C8VA 2FLIA 3O07A 2WNQA 4YL2A 4LRSA 2I1OA 4JY9A 5J5RA 4KFOA 4M7SA 3VNDA 5BMXA 3L5LA 4UFJA 1LYXA 3OA3A 4MZYA 3TQVA 1JRBA 5HUPA 1U83A 4FO4A 1FBAA 1F76A 2ABAA 4TR9A 1ICQA 2O7QA 4DELA 1KBJA 1H5YA 1SO5A 4I7VA 2ZRUA 1MEHA 1PVNA 3ABQA 3G1VA 3N73A 4WOZA 1QOPA 3W7QA 1B3OA 3L9CA 2DJXA 2FDSA 4QQ3A 3E12A 4GC4A 5FF7A 3PBYA 2VFFA 3HGSA 4P2VA 1HG3A 4GXMA 3CHVA 1YPFA 3I65A 4D2JA 3A21A 5FEWA 4O0ZA 4JTSA 1TQXA 3T7VA 1LLZA 1WAUA 3O05A 4Q32A 3EX2A 3W7KA 4MLRA 2C16A 2OJPA 5LNRA 2BLEA 4N02A 3W1RA 1LOQA 4X22A 3YPIA 5EMUA 2GVJA 4HKPA 1MZHA 1QPQA 4RLIA 3I7QA 4FHAA 4B5NA 4NJIA 3NVTA 4O13A 2HMCA 4K7YA 4QITA 2OCZA 3DFNA 4TU1A 1S3HA 1LBMA 1W1ZA 4UTWC 1F73A 5F2LA 3EEGA 2ZZ2A 1Z48A 4MIMA 1AG1O 3Q94A 1HTIA 3NO5A 1QNVA 3RMJA 4CCDA 3B0VC 1OFQA 5D37A 2Y6ZA 3C2FA 3W1NA 3H55A 3OBKA 3B03A 3KOFA 3QFEA 1LROA 1DJNA 5D38A 3NZ1A 3MWAA 3NPVA 3W7LA 2ZRZA 3W72A 3UWUA 1WOBA 4J9JA 4BI5A 1PHQA 6TIMA 2TMDA 1NFBA 1GG1A 4KFNA 1LDCA 4NJGA 1D9EA 5I3FA 3PBVA 3A5VA 1E51A 3O8AA 1OYCA 3TMQA 5C55A 4O50A 1FCBA 4AF0A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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