3LCW | Genus

Total Genus 111

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	111
sequence length	291
structure length	291
Chain Sequence	NLRGVMAALLTPFDQQQALDKASLRRLVQFNIQQGIDGLYVGGSTGEAFVQSLSERAQVLEIVAEEAKGKIKLIAHVGCVSTAESQQLAASAKRHGFDAVSAVTPFYYPFSLEEHCDHYRAIIDSADGLPMVVYNIPALSGVKLTLGQIYTLVTLPGVGALKQTSGDLYQMEQIRREHPDLVLYNGYDEIFASGLLAGADGGIGSTYNIMGWRYQGIVKALKEGDIQTAQKLQTECNKVIDLLIKTGIFRGLKTVLHYMDVISVPLCRKPFGPVDEKCLPELKALAQQLMQ

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
source organism	Escherichia coli
publication title	Modulation of substrate specificities of D-sialic acid aldolase through single mutations of Val251 rcsb
molecule keywords	N-acetylneuraminate lyase
total genus	111
structure length	291
sequence length	291
chains with identical sequence	B, C, D
ec nomenclature	ec 4.1.3.3: N-acetylneuraminate lyase.
pdb deposition date	2010-01-12

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00701	DHDPS	Dihydrodipicolinate synthetase family

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	3lcwA00

4MIMA 3SZ8A 3PVFA 1OF8A 1JCYA 5HMSA 4OGZA 3TK7A 3LXAA 4XQ6A 4FNSA 1VCGA 4POCA 3HBLA 1K7FA 3DFNA 2CLIA 4IXHA 1W5OA 4DO5A 1RD5A 2OT1A 2X16A 2WSQA 3LHTA 4IUOA 1X6UA 3W1QA 2BTMA 3W6YA 1JR1A 4WZHA 2QKFA 2J9ZA 2H8XA 1BWLA 3PF3A 1FXPA 3G0UA 1DL3A 3NL5A 3O1NA 3WK2A 3H53A 2TYSA 5HJLA 3ZWSA 1YADA 1SPQA 2CZ5A 2LLEA 2NLIA 2JKEA 4KWWA 3W7EA 1VYRA 1OG0A 1IF2A 1QNVA 5T26A 3I7QA 3HPSA 1KM3A 3BO9A 1JQXA 3GAYA 3DFTA 4JDYA 2NWSA 1TJPA 1TPDA 5LSMA 4MYXA 4X2RA 4XKYB 4IMEA 1JCJA 1W0MA 2HTMA 3GLCA 3MWAA 4LNYA 2FPYA 4CNNA 3WJXA 3SECA 2OZ0A 1EUAA 2ABAA 2BZNA 4WX2A 3BK0A 1XCFA 2Y85A 2ZA2A 1F2JA 3W2UA 1AG1O 5F4WA 4GE8A 3EX2A 1K8YA 4O52A 1P5BA 3GB6A 2Q8LA 3TC6A 1GVSA 5AHFA 1PE1A 1LP6A 2DZPA 3KHJA 4MJMA 1LROA 5F1UA 2GQ9A 1BEUA 4ZVJA 3I7SA 1TPWA 3N2MA 3CPRA 1ME8A 3SY5A 3W7JA 1A5AA 4MY8A 2YFNA 3UQNA 4DF2A 3PBWA 4LU0A 5G4WA 3HB9A 2C19A 2DP3A 4CQAA 2E1DA 1QR7A 4AB4A 3NQDA 5G2WA 3NQMA 4IPIA 4ICNA 1DQXA 1RQEA 2VELA 1ZAHA 2CLKA 1ZENA 1JULA 3CB8A 4FB7A 1B4KA 2A1YA 4GRSA 3ZS4A 3STFA 4O18A 4G1KA 4LT9A 3W1XA 2QUTA 4O0ZA 1N8FA 2HMCA 1C8VA 1S5VA 4OT7A 2CZDA 5LNWA 1XBZA 2TMDA 1D3HA 1ALDA 1I4NA 3DFQA 3LRMA 4UR8A 2J24A 3EX3A 2OT0A 4LS1A 3BGGA 1XBXA 3L2IA 3LM7A 3OVPA 1EWDA 4MYAA 3TFXA 2ATSA 3EWYA 4RXFA 1JJKA 4FXRA 5KMYA 4KFPA 3QM3A 3CLMA 1EX5A 1C9DA 1FXQA 2I14A 4GUJA 1QDSA 5HUOA 3U8GA 1MEHA 5BRBA 1Z42A 1R2SA 1CX9A 1ZCOA 4IWWA 3W3OA 4LC8A 3EKLA 4X3ZA 3TMQA 3UWZA 1G6CA 2F7FA 1EEPA 3O6YX 1DV7A 3M44A 4CQ8A 1XM3A 1OFAA 5H91A 1TTQA 3TX9A 4K8EA 2A7PA 3FKKA 2C15A 1RZMA 4A2RA 2FTPA 4Z0SA 5DCDA 3PBVA 3GDRA 3G1AA 3F03K 2GQAA 2V5BA 1YPIA 4FNPA 4N9EA 2H8ZA 3PSWA 2VFDA 4OWGA 4LTSA 4XTDA 1GT8A 4JDBA 5D04C 5I3HA 4WQ6A 1ME9A 1F5ZA 4MZYA 3DENA 3R89A 1QPOA 5CZTA 3N9RA 2VKZG 1SQ7A 1MO0A 1MXSA 2QR6A 1JRCA 1CI1A 2ZA3A 3QRHA 4RZ5A 2Y61A 5G2HA 3L66A 3LHZA 4GXMA 1I45A 2ZZ2A 3TIMA 4CCDA 2CLOA 3GXNA 2QEZA 4GUFA 3LCLA 3MBDA 2DZVA 1XUUA 4YCPA 1X1ZA 3BLIA 5D05A 4CQ9A 1ZFJA 5AHNA 5K9XA 1VCFA 4XTIA 4O1BA 1GG1A 1SZEA 5FI8A 1H51A 3LHVA 2QCDB 3FOKA 1F6PA 3NQ7A 2WV8A 3W70A 3OIXA 1KV5A 3WJZA 1JCMP 3WK3A 3L9CA 3PSVA 3PY2A 3PBUA 3JR2A 4LS0A 5CZSA 1KFKA 1KM2A 1TMHA 4N4PA 5EBUA 1U83A 4R34A 3F4NA 1VCVA 4IJBA 3SJ3A 4UTLA 1TB3A 1A53A 5DY3A 4N4QA 1L6SA 1K8ZA 2RDTA 1K7EA 2A7NA 1HG3A 8TIMA 3C2FA 1XXXA 2FIQA 4UC5A 2WNQA 3EXTA 3AO0A 5DXXA 4BF9A 4ZQRA 3W22A 4UTJA 1GOXA 4JN6A 1UJPA 3UWQA 1P4CA 2VEPA 3NPXA 2DZSA 3EX4A 4NXSA 2B7NA 3BG5A 4NVTA 1G4TA 1B57A 2FB2A 3G1FA 5AC8A 3DKJA 2Y7GA 4Q33A 4OV4A 3DH7A 1TCDA 4NJKA 1KTBA 4Z0JA 2C16A 3USBA 1QCWA 3C52A 2CFFA 3PS7A 2YYUA 5CPLA 2QJIA 3L5AA 1C29A 1O60A 1ZNNA 1W54A 3RF9A 1OK6A 2RDUA 3DHFA 1U5JA 1LDCA 4JX5A 3WFAA 4N9CA 1Z41A 4JYEA 4ZQNA 5D03A 1TRIA 3EWBX 3PBYA 4LW7A 5D09A 4AH7A 2DU2A 3OVRA 4JTKA 3W7RA 2DZWA 2EGZA 2ZRYA 4NU7A 4B5NA 5DY2A 2Y6ZA 3C3NA 3CWOX 3O6CA 1VPXA 4EOUA 1JVNA 3NDOA 1AL8A 2E5CA 3INPA 3G1SA 4Z1AA 5TIMA 1PCWA 3W7OA 3T7VA 3S1XA 3VNDA 1M6JA 4AMAA 1AW5A 2YR1A 3GDKA 2B7OA 1D3GA 4WY0F 3MUXA 3S8HA 2Y7EA 3TMLA 5J5DA 4O11A 5K4ZA 3HJZA 1HUVA 2YPIA 2DZTA 4O50A 4O10A 3HPZA 1EUNA 4N6FA 3EX1A 3IVTA 3LOTA 4MLJA 3WK1A 1XKYA 1ICSA 1W5PA 3NO5A 4XKYA 1WDWA 2V9DA 1X8FA 1A5BA 5HQEA 3KRSA 4WD0A 3V75A 3U6WA 3GNNA 1AW1A 2GJNA 3ABQA 1A50A 4E0CA 3L68A 2OX1A 4TMBA 1ZAJA 2Z6IA 4NJJA 2YCEA 4AXKA 4FIRA 3KX6A 4Y96A 1TO3A 3B0UX 3WJWA 2YW4A 3VCRA 4HT3A 3LERA 5KZEA 3NQFA 1LORA 3SI9A 2Q8ZA 4M19A 2B7PA 1I2OA 1O94A 4Y8FA 4OV9A 3W76A 5C2XA 2GVGA 4BI7A 1FX6A 1ML1A 3NAVA 1OFQA 1TRDA 3H55A 4J9JA 1GEQA 2NUXA 4YL2A 4O4WA 3NPUA 2E77A 4FNQA 2ISWA 3WK0A 2Q3RA 4DO4A 3OVQA 3P80A 2V2HA 3TSDA 4LC6A 1S5WA 5KITA 3S1WA 4M5PA 3NL3A 4P2VA 4UNKA 3LLFA 3DHDA 4IMGA 1T99A 3S1UA 3W7HA 3FIGA 4QIUA 1CW2A 3UD6A 2X1RA 3UWYA 4I9AA 2E6YA 3GDTA 5F2LA 4CNPA 2FFCA 5K9DA 2A2IA 4IOTA 1KFJA 5D30A 1HO1A 1PV8A 3DI1A 2VXNA 5D33A 3TA6A 2RHGA 3CIXA 1OX4B 1S3HA 1P0KA 1EWEA 2GOUA 5CGQA 1FUYA 3P8IA 3FJLA 3M9YA 4Q32A 1NAL1 5BMWA 2NXGA 2EAWA 3PWAA 3W74A 1RQBA 4WY0B 4H3DA 1J5TA 4O17A 3T78A 3EKZA 3ELFA 3R2GA 3W71A 2GJLA 3HGSA 3RK8A 3H54A 4PCFA 5KZMA 3NM3A 1UUMA 3N73A 2ABBA 2KZHA 4X9SA 3FKRA 4OHQA 3UYCA 4O53A 4CCCA 3F4WA 4UTWC 3P61A 1TPH1 2EHHA 1W3TA 3G8EA 4NJIA 1EP3A 4BI5A 4FEZA 1SZFA 2EKCA 1VHCA 1AMKA 3GVGA 4TIMA 2RFGA 3V1PA 4AWUA 2GVLA 1WA3A 3L67A 2HSAA 4WXYA 2QJHA 4FF7A 1OK4A 1YDVA 3QYQA 1K8XA 4UXDA 4JEQA 3LTSA 2D73A 4UFHA 5AYZA 4TR9A 3G0XA 3VE9A 3JS3A 3LRLA 2B4GA 1IXNA 3QMTA 1ADOA 1O5XA 5EPDA 4MFEA 1EP2A 3NNTA 1ONRA 2JKPA 1TSIA 2OJPA 1Q6RA 4P61A 1G7VA 1LOSA 1I2QA 1A5CA 4EF8A 2NXIA 3STCA 4UTWA 2J88A 1ICPA 4LS2A 3RFAA 1TV8A 2GPTA 1XL9A 5DBTA 4O1DA 4ZQPA 1TJRA 5HULA 3P8JA 2QCDA 5L6UA 1SFLA 3N9SA 3LLDA 5AYYA 1LYXA 3SSJA 3CT7A 4UMAA 2CLEA 4OQVA 1KM1A 4ML9A 3W83A 5I3FA 2V5LA 3M47A 4HNUA 1W5NA 3NQ8A 3NVTA 2H3BA 2AQWA 1X1OA 3EWZA 3P5YA 3M6YA 1RPXA 1QOPA 1KM4A 1W3NA 2W79A 4UTUA 2CLFA 1KFCA 5CPMA 4IMFA 2PE4A 1DKWA 4UUIA 3W86A 1GWJA 1Z44A 4GWEA 3DBPA 4S1FA 1W31A 3TFCA 2QCHA 5HWMA 1DORA 1VQTA 1TREA 3KRUA 4E2BA 1PHWA 3IV3A 1GG0A 2ZZ1A 5FEZA 4M7SA 3SIZA 2CZEA 5F4SA 4MFDA 2VFHA 3ATYA 1OFOA 3W7QA 1QWGA 4EIVA 2WKJA 4LOCA 3MHUA 1WBHA 2Y89A 3KVJA 3W73A 3MI6A 4HSNA 4ALDA 1PL9A 5G2IA 1L2UA 3QQ1A 3LTPA 5LGZA 3M5YA 3TCEA 1FWNA 2R8WA 4IGHA 1J2WA 3DFOA 1FBAA 1GZGA 3L5MA 3PUDA 4O12A 1FCBA 4IPJA 3P67A 3LBCA 4AF0B 3RMJA 4MKNA 4TO8A 2Z6JA 4AWSA 1WV2A 3UNDA 3C2EA 1O4UA 1MZHA 2QCCA 5D38A 2ZQ0A 3KAOA 4R7JA 4PFMA 1F73A 3NQAA 3I68A 1SZGA 3VI2A 2WNNA 1JQVA 5DCBA 1XBVA 3CM4A 4QQ3A 3HMJG 2GUUA 4DO6A 3LCGA 4AHQA 4FX7A 3E49A 1L9WA 5U4NA 1F74A 3P7YA 3M0ZA 2AAMA 4FIQA 5K2ZA 4LV9A 3N14A 1ZHAA 1SO5A 4S2CA 4UMCA 3BW3A 1LRQA 1YYAA 3UXDA 3QJAA 1XC4A 3LXBA 4XBSA 2QCEA 4TMCA 1H7RA 5LHFA 2Y63A 5K7JA 5CZ0A 4ZZ9A 5FESA 5SWUA 2FJKA 2YZRA 4MZ1A 3IIOA 1NVMA 1TPUA 2ZCGA 4RJEA 4ZQOA 3IVSA 4HKPA 4KFNA 1A5SA 3YPIA 4TU1A 1H7XA 1KFBA 1H62A 1ME7A 3TJXA 4XUGA 3R12A 4AAJA 1MEIA 1QPRA 4LVFA 5AC7A 4DF0A 1Q45A 3UZJA 3B06A 1KA9F 3NM1A 1SO6A 1SW7A 2E6AA 3W85A 1FDZA 5BOOA 2P10A 3CQ0A 4JICA 3E02A 3TQKA 2ZDRA 4O19A 3SGZA 4JTJA 4LRSA 5DN1A 2E5DA 1V5XA 4UFLA 1SO4A 3ZFHA 5DXYA 3FYPA 3NQVA 1ZJIA 3RNDA 4AVFA 4JXCA 3TQ0A 3HG3A 4PEKA 4D2JA 3QMRA 4KWVA 5TBOA 3QQ0A 3HQ1A 4A22A 1VS1A 2JGYA 1SO3A 1EIXA 5K3VA 2RKXA 2G95A 1GTEA 3HG5A 2DZUA 1RV8A 2ZBTA 3M41A 3N19B 4PA8A 1F7BA 2NWRA 4RXGA 3O16A 3P5ZA 4NNBA 2XN0A 1YTEA 1H7WA 3OA3A 5G1YA 4C1LA 3BLFA 2A7RA 4NNAA 1GYLA 4JS3A 2RH9A 1I2NA 2NXHA 1HL2A 4PL2A 4DELA 4MPQA 5HR7A 2QDHA 1OYAA 1OX4A 2WSYA 3ZR4A 1G67A 1K7XA 1N7KA 2W0UA 1QPNA 3BG9A 5EY5A 3M5ZA 5E0KA 3U2OA 2VFIA 2QJGA 3K30A 2WNZA 4H6KA 4JTFA 1GVFA 4JX4A 3STGA 3IIPA 3EEGA 1TPC1 4O28A 4HNTA 5D37A 5H2ZA 1OX6A 4NT0A 4RCXA 3PAJA 2ATMA 1KBJA 3HG4A 3MYOA 2H6RA 3ABRA 3F1QA 1K3UA 1Y0EA 3NG3A 3FA5A 3LHWA 4FXSA 5CZJA 1DHPA 1YDOA 3TAOA 4BFAA 3PG8A 2PC4A 1FQ0A 2P1FA 3TC7A 2V81A 3E0IA 5I3JA 5IM51 1T96A 3PB0A 4IXXA 1WX0A 2ZRXA 5C55A 4O14A 4YXGA 5I3KA 1G4SA 3TW7A 1UB3A 4L4MA 1WOBA 3W88A 3BARA 2B0MA 5BNKA 3Q2DA 5CKSA 1TYGA 3CTLA 1AW2A 3OG3A 4I7UA 1VZWA 3GXTA 1JCNA 5AC6A 3CIWA 4NX5A 1KFLA 1ZALA 4FHAA 2FB3A 2HS6A 3IRDA 4N02A 1B9BA 3LDVA 3Q94A 4WOQA 1SSGA 4NZJA 2C3ZA 2F84A 2P0OA 3W1TA 3NPVA 3NR0A 3G0SA 3TNOA 2IQTA 3G1VA 2Z2UA 2YW3A 4ADTA 3HPXA 2OCZA 3TH6A 3VKJA 4H4IA 3NOEA 3T4CA 1DQWA 4JTGA 3G1DA 2DZXA 3W2NA 3WJYA 4IX0A 2JGQA 4QNEA 6TIMA 3S9YA 1EPXA 5E93A 4ADSA 5LNSA 4UFMA 5LNVA 1QPQA 2NX3A 4UFKA 3LXCA 3M1ZA 3LX9A 4RV8A 1YTDA 1JUEA 4LVAA 4DQWA 3TR2A 4NUWA 1J4EA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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3LCWA

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