1XCF | Genus

Total Genus 82

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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus	82
sequence length	267
structure length	238
Chain Sequence	MERYESLFAQLKERKEGAFVPFVTLGDLGIEQSLKIIDTLIEAGADALELGIPFVTPAQCFEMLAIIREKHPTIPIGLLMYANLVFNKGIDEFYARCEKVGVDSVLVADVPVEESAPFRQAALRHNVAPIFICPPNADDDLLRQIASYGRGFTYLLSRAAALPLNHLVAKLKEYNAAPPLQGFGISAPDQVKAAIDAGAAGAISGSAIVKIIEQHINEPEKMLAALKVFVQPMKAATR

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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Genus data interpretation

Chord Diagram

molecule tags	Lyase
molecule keywords	Tryptophan synthase alpha chain
publication title	Structures of wild-type and P28L/Y173F tryptophan synthase alpha-subunits from Escherichia coli pubmed doi rcsb
source organism	Escherichia coli
total genus	82
structure length	238
sequence length	267
chains with identical sequence	B
ec nomenclature	ec 4.2.1.20: Tryptophan synthase.
pdb deposition date	2004-09-01

pfam database annotations

chain	Pfam Accession Code	Pfam Family Identifier	Pfam Description
A	PF00290	Trp_syntA	Tryptophan synthase alpha chain

Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)

cath code	Class	Architecture	Topology	Homology	Domain
3.20.20.70	Alpha Beta	Alpha-Beta Barrel	TIM Barrel	Aldolase class I	1xcfA00

1YXYA 4O0KA 4UNLA 4PL1A 3PVFA 3QSTA 3DZ1A 4A3UA 2E5CA 4HNNA 4RLIA 2XN1A 4M7SA 4UTUA 1SW7A 2V0TA 1XBXA 1GOXA 3TJXA 1OHLA 2H3BA 3FIGA 4UTMA 1RR2A 2GOUA 5H2ZA 4P61A 4PEKA 1DORA 4ADUA 3MBDA 2A1YA 2NV2A 4QQ3A 3GVGA 3QW4B 3OEXA 2EGZA 4LC6A 1K8YA 2Y85A 4MUZA 1VCFA 3N3MA 1OYAA 5D2YA 5F4SA 3DHDA 4CQ9A 4MPQA 3SFKA 2V2DA 3W1LA 3VE9A 3TKFA 1VLWA 3TAOA 1FWNA 1M7OA 2VEIA 5D05A 4AH7A 2X1UA 4HNUA 2A2IA 3DKJA 1XDLA 2F7FA 3TROA 4N4PA 3LBCA 3DHFA 2R14A 3SZ8A 3HPXA 1LLWA 4DO5A 4RXFA 5AC6A 3FFSA 3PR2A 3EWZA 1YDOA 2YFOA 5BOOA 3GAYA 4YLWA 1TJRA 2JGYA 5KZEA 4FX6M 1DVJA 1ZHAA 1I2OA 1OFPA 1VGAA 3L9CA 1TQXA 1KA9F 1T96A 2EPHA 4K8HA 2NUWA 3AO0A 5KZDA 1QPNA 2G5WA 4AWSA 1K03A 3LTSA 3W72A 3R2GA 4WY0B 1JQVA 2X2GA 1P5BA 1ICPA 1SSGA 5I3JA 2R91A 4HPJA 4JEQA 1SZNA 1UASA 1ZAHA 4ZQPA 3M44A 5LGZA 1ICSA 5G4EA 2B0MA 3MP5A 3W7NA 4U28A 1TPFA 3LRLA 5E93A 3KXQA 2ISWA 1V7YA 3GK0A 4E0CA 1W5PA 3KVKA 3NVTA 2ZZ7A 1I2PA 5AC8A 3LLFA 2O7SA 5D37A 1C9DA 5DY3A 1YTKA 3TDFA 3NO5A 5D02A 3EXSA 1QPOA 1MEHA 3INPA 2NXHA 2NXIA 3CM4A 3WJWA 4ML9A 3HBLA 1OX4B 1KM6A 4OT7A 2QEZA 1A5CA 2ZTJA 1LRNA 3FYOA 4UR7A 1L6SA 1LLZA 2Q8ZA 2CFFA 4NXSA 1KM3A 3KRUA 4JTLA 2QCCA 3L5LA 4E38A 4Z0SA 3OBKA 1B3OA 2Y7EA 2VEMA 4C1LA 3GXPA 3BLEA 1IGSA 5D2WA 4RKAA 1QMLA 1TREA 4JY8A 1M7PA 1R30A 2QCDB 5CPNA 2BSLA 3NPWA 4AF0A 3UWUA 1C29A 2C16A 3L5AA 4IMCA 2VFIA 1T8XA 3QYQA 1QO5A 4AEOA 4I7UA 4O15A 2OX1A 3NQVA 4K7VA 3WJXA 4LU0A 1UB3A 1TIMA 2JBMA 4UC5A 4FHAA 1PIIA 1R2TA 2V5LA 3DFTA 4TIMA 1O95A 3BARA 1TTQA 1LDCA 2FB3A 1G6CA 5EPDA 5D32A 3S42A 3DFSA 3LGEA 4FNQA 1FWRA 3LERA 3TXZA 1IXQA 4O11A 1WV2A 4DBDA 4KFNA 2CLLA 3B8DA 2QCMA 1C8VA 3HGOA 3R89A 3C3NA 3HJZA 4QM1A 2E6YA 3UZJA 1F5ZA 4BR1A 2TRSA 4DF0A 2A5HA 1PS9A 4MYXA 4YL2A 5D2XA 4IJBA 1ME7A 3PBYA 3BK0A 3PC0A 4OWGA 1VCGA 1S5WA 5FF4A 5H91A 3NQEA 3KOFA 5D2VA 3NNTA 2ZTKA 1ONRA 3I7SA 3UXDA 1O5KA 2NX9A 3OHIA 2OZ0A 2X16A 2TPSA 3LXAA 1GYNA 2KZHA 2Y88A 3G1AA 2GUUA 3PBUA 1NFBA 3L66A 3NQ7A 4MKNA 1CI1A 2IQTA 3V75A 2VEKA 3W88A 4HSNA 1K8XA 3CPRA 1XBZA 4JTJA 2E5DA 2YR1A 4UTTA 3MP3A 5FEPA 3PULA 4JTFA 3W83A 1QWGA 3BO9A 4FNRA 2CZDA 1QAPA 4IMGA 4LNYA 4EF8A 1P4CA 2DORA 4MLJA 3MP4A 4WJEA 3G3DA 3W2NA 1I2NA 2YZRA 1AK5A 4N6EA 4ORMA 5MHBA 4M7TA 1W1ZA 2ZDRA 5HUOA 2ATSA 5KMYA 3LRKA 2JGQA 3PAJA 3NQAA 3WK1A 3CU2A 3WJSA 1GTEA 1QO2A 5FI8A 3EKZA 4JN6A 1FDYA 5J5DA 5KINA 1ADOA 2NX1A 4PTNA 3G3MA 4JGDA 1ZFJA 2BTMA 1KFBA 3TQKA 4Y6GA 1V5XA 3W74A 3LCWA 1OVDA 4NNBA 1JR1A 1YPIA 3O15A 5D03A 4WQ6A 3BGGA 2X1RA 3VCRA 4FIRA 3W3OA 2FPVA 3CWNA 2FQIA 2CLOA 4K6AA 4QISA 3QC3A 2CLEA 1SZGA 3C61A 3TNOA 2ZRYA 1H1ZA 1SW3A 3MW7A 5BW6A 3GZ3A 4NU7A 2H6RA 4I7VA 3TR2A 1LOQA 1LYXA 1SO5A 2CLKA 1XCFA 2VELA 4GUGA 2P0OA 5D04C 3QEZA 1ZNNA 4Q32A 1JCXA 5D2TA 2Y61A 2BX7A 2V9DA 1GVRA 5FEZA 3B04A 1TQJA 3EXRA 4OGZA 4L4MA 4EIVA 1XI3A 2NWRA 4UNKA 5CPLA 2JKEA 3LX9A 3C8FA 4RX0A 3ATYA 1JCYA 4HSOA 2CW6A 3IVTA 1FDZA 4E2BA 2WOQA 1F7BA 5L6UA 3NR0A 4KWWA 4R34A 5G1YA 1Q6QA 3PSWA 3GB6A 4TX9A 2A7PA 3TC6A 1G67A 2XFWA 5HUPA 1H1YA 1VC4A 4IUOA 5F4XA 3W76A 5K9DA 4LVFA 4ZQCA 1H50A 4S1FA 4X3ZA 3L67A 3S1WA 2WV8A 1IXNA 1W37A 1W3IA 4WUIA 1JRBA 1K8ZA 2X1SA 3NXFA 1DJNA 4C1KA 1TTJA 3M6YA 2ZQ0A 3LHVA 3ABOA 1N8FA 1KFKA 3NDOA 4FNUA 3KAOA 3W86A 3CEPA 3G0SA 4GBUA 4XUGA 3IRDA 3OIXA 4HKPA 1MEWA 4X22A 2V8ZA 1VHNA 1TV5A 5C6MA 1XM3A 1OK4A 3EX3A 3H54A 2Z1BA 3T4CA 3R12A 5AN7A 4XKYA 3ABRA 4POCA 3W22A 4WOQA 3CC1A 3GR7A 1LBMA 2A6LA 1AW5A 1JUKA 3EX2A 5DCDA 5FF2A 5L9FA 4JYEA 4JTTA 3M5ZA 4NUWA 3TSMA 3F1QA 3MI3A 2ZZ1A 3DH7A 4MLRA 4WXZA 1GVFA 5CPMA 2WKJA 4YWIA 2ZBTA 3SJ3A 4JX6A 2DZVA 2VFEA 1X8FA 1FWWA 3RLUA 4GC4A 3G1DA 1BTMA 3HPSA 4IOTA 3P60A 1OF8A 4IPJA 3C4UA 1KM5A 2J6XA 2Y89A 2ZA2A 2RFGA 4MVAA 1TMHA 1XXXA 3LI0A 5F4WA 3C6CA 4Y9AA 3NQ6A 3MWAA 3QSRA 1WX0A 5FF3A 3N9SA 5I3GA 1PHWA 2NLIA 3VFLA 3QW3A 3CEUA 3HG2A 1QCWA 3GR8A 2CLIA 3M9YA 3FJ6A 3WFAA 4ZQNA 4JYFA 1L6YA 4WY0F 2ABAA 2RDTA 4Y8FA 4K36A 3S8HA 3QM3A 1HFBA 3B0VC 4GUHA 1OFRA 4NJJA 2ZYFA 3MHFA 5FEXA 3MJYA 4ZQOA 3IIZA 4O54A 1SZEA 1EX5A 3O6DA 2J9ZA 4MZ8A 4N2YA 3NL3A 1K7FA 3S9YA 3L0NA 2GVGA 5LZLA 3UQNA 8TIMA 1JCJA 2GPTA 2ZZ5A 3GYEA 1YTDA 4KFPA 1RZMA 4JTUA 2YYTA 4FNPA 2ZA3A 1FDJA 3P74A 3R5EA 4OE7A 4LVAA 4UTIA 3NOEA 1SPQA 5AYZA 3GIYA 4EVZA 4O13A 4PFMA 1OX6A 1THFD 4CNOA 5AHMA 1WYIA 1F6PA 1BWKA 3TA6A 4AB4A 3N19B 4Y96A 3W1RA 2I14A 3M1ZA 1LORA 4ZMGA 1XDMA 2GVJA 5D09A 1FY6A 1K02A 2ZRUA 2X30A 4LVBA 1LTDA 1FWSA 1JUBA 3G1XA 4UTJA 4R7JA 2NUXA 3ATZA 1QOPA 5DXXA 3W2JA 3P80A 3QMRA 3W75A 3OG3A 1LCOA 1LROA 1T0OA 4IMFA 5CKSA 1KFLA 2GVLA 3W1XA 4RR4A 3E12A 4UFJA 4NJIA 3TQVA 2FTPA 3NZRA 4O10A 2YGYA 1KFEA 2QJIA 2WPBA 1VYSX 3F4WA 3LCHA 2RHGA 3W70A 2QUVA 5G4WA 3S6DA 3LTPA 3MYPA 4UUIA 3QMSA 3UPBA 3OVRA 1T99A 4DO6A 1SO3A 4A2RA 2A7RA 1G4TA 1H51A 3HGSA 2CZFA 5AYXA 4IX0A 2Z2UA 5LNVA 3MMTA 2PCQA 2F84A 3IEBA 3JS3A 1QDSA 5HR6A 3UD6A 5SWUA 5F2GA 5DY2A 1I2QA 3TXVA 4OBTA 1J2WA 2NV1A 1OFBA 1F05A 3BG5A 4GXMA 3STCA 2CU0A 1H7NA 3W23A 4MZ1A 4O17A 4LS2A 4GUIA 2ZZ4A 1H7XA 4BWLA 3UNDA 2GJLA 3PM6A 2ISSA 3W1TA 1U5JA 3LRMA 2BZNA 4IMDA 1NAL1 5E1QA 3HOJA 1ZENA 3WK2A 6ALDA 1ZY9A 1KTBA 4QITA 4BI5A 1BWLA 4UFMA 4QJ1A 2DZUA 1KFJA 3NZ1A 1I8JA 2YX0A 3QPZA 3CLMA 1K7EA 2C15A 1X1OA 3LCLA 3T44A 5DCBA 4IXHA 4AWUA 2J88A 4N9CA 2RH9A 1PVNA 3I65A 3NEVA 1ME9A 2FPTA 1A50A 2J27A 3UWVA 3EB2A 4ICNA 3SW6A 1JCLA 4MYAA 4UFKA 1Y0EA 4O1CA 1CX9A 4UTTC 1DJQA 2Q8LA 2PC4A 1VJIA 3HPZA 3UWWA 5IBXA 4HN4A 5TBOA 4AF0B 4LRSA 1RD5A 3W7PA 2AAMA 1H7WA 3EWXA 3NQGA 5AOUA 3RMJA 1QR7A 4JX5A 3HGRA 5I3FA 4DPQA 2VC6A 2G97A 3TIMA 3W7IA 4JD4A 5AC7A 5CG7A 4AHPA 4TO8A 1TPB1 2E6DA 3KVJA 3C2FA 3GDKA 1EUAA 1FQ0A 2TYSA 5LHEA 1FX6A 3STGA 3W7OA 4NZJA 3PB0A 2YXGA 3AJXA 2GQ9A 3LHZA 3LV5A 4QNEA 4HPXA 3G1HA 3T40A 1L6WA 3ZWTA 5HWJA 4DQWA 4WOZA 4O57A 3ABQA 3A22A 2I1OA 4JTGA 4Q33A 1NF7A 4WZHA 3M16A 3CIXA 3CTLA 2V81A 1YPFA 4JYDA 4XWUA 2YDAA 1TCDA 4DF1A 3FS2A 3LI1A 3EKLA 1JCMP 1TV8A 2YSWA 3W1UA 1AG1O 4O19A 2QUUA 2E6AA 1J5TA 1E51A 3PUOA 1OYCA 3Q37A 3G0UA 4LVGA 2QCEA 3Q2DA 3GKAA 1EP2A 3T78A 2DZPA 3I6RA 3IVUA 1AMKA 4NVTA 1EA0A 4PC8A 1G7VA 2HSAA 3DI0A 2WNZA 4OV4A 1ME8A 3FKRA 4RJEA 5AHFA 1FCQA 4XBSA 5TQLA 2DZWA 1TRIA 4O12A 5I3KA 3H53A 1I45A 1R2RA 3KX6A 2QF7A 3LXBA 1KTNA 3LXCA 4AHQA 4CNNA 4NJKA 1Z44A 4AXKA 4JXCA 5BNKA 4DPPA 3ANYA 1O5XA 2ZRXA 5A8GA 3NM1A 3USBA 5LGXA 5EY5A 1MZHA 4FX7A 4ORIA 4DBEA 4UCGA 5LHFA 2A21A 1GYLA 2C1HA 3VNDA 3THAA 5FESA 1YXDA 1UUOA 1WAUA 2VENA 5F1UA 1EP1A 1GWJA 4K37A 5HR7A 4LW7A 4R53A 4DELA 1UJPA 3VI2A 3NPUA 4JTSA 2JKPA 4IQLA 4EOUA 1FXPA 4JTHA 1KFCA 3GX9A 3WJYA 2VFGA 2Z6JA 2NZLA 3FEMA 4W9TA 3OVQA 1AL8A 5HNRA 3A5FA 1WQ5A 5LNSA 3STFA 3SY5A 4UTWA 4E2DA 4KKXA 1S3HA 3W84A 3RLVA 3RFAA 1W3NA 2A85A 3IVSA 3B05A 4LOCA 1FCVA 4GNJA 1SUXA 4CCEA 4I9AA 1OFEA 1H7PA 1ZALA 2JK2A 3B0PA 2VXNA 4OV9A 4L4LA 2PURA 3BLIA 3NYZA 4MY8A 3M7WA 3W7RA 3CB8A 1W31A 4GUFA 2Z0IA 2B4GA 2Y62A 1YADA 2YYUA 5LNRA 3TX9A 1FBAA 3NGJA 3KVMA 3M5VA 4JX4A 5AFDA 5LSMA 1IXPA 1XUZA 3MO7A 3PB2A 1D3GA 5LNUA 4K39A 1R47A 2E09A 4PL2A 3GDLA 3G8EA 3G1YA 1SFLA 1KV5A 5HWMA 1R46A 1Z48A 2QJHA 2E77A 4BI6A 3PBVA 4JICA 3QPYA 2Z6IA 3FA5A 3QH2A 3WK3A 4S2CA 5G2WA 1ALDA 1KTCA 1O4UA 3GDTA 1VPXA 5AB3A 1WBHA 1OFDA 5KTLA 4LWWA 3R13A 2E68A 2QCLA 4ZZ9A 1TPEA 4ONVA 3NQ2A 4H3DA 4PODA 5CGQA 4BFAA 3P8IA 3W2UA 2QAFA 3QJAA 4XTDA 3M5XA 3QRHA 1A5AA 3L65A 4O1BA 1W56A 3A24A 4BF9A 1UBSA 1RPXA 1IIGA 2AGKA 4O28A 4B5NA 1WA3A 2LLEA 1H5YA 3DBPA 1LOLA 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4O8RA 2C3ZA 1L2UA 3IIVA 3W1AA 2H8XA 2VFFA 3N34A 1M5WA 3QZEA 1ZJIA 1FCUA 2VOMA 1W5OA 4HIBA 5BMWA 3PWAA 1ICQA 3KFTA 4S2BA 2OCZA 1SO4A 3BW2A 1R2SA 3FLUA 3PSVA 1HUVA 4DF2A 3GDMA 3UWQA 2HTMA 3G0XA 1EP3A 3P5ZA 5HMSA 3G24A 4AVFA 2Q3RA 4NZFA 5FF0A 1VQTA 4NJGA 1GQNA 4FF7A 2NUYA 4Y90A 1KLZA 2V2CA 2CZEA 3IV3A 4TR9A 5EA9A 5F2IA 5IBXC 5K2ZA 3TU9A 1IF2A 4CQAA 2ZFAA 3W1NA 3WK0A 3EXTA 4LVDA 1TJPA 1OFAA 4Z1BA 2OT0A 4FIQA 1YLVA 1TSIA 4GJ1A 4K38A 1DOSA 3W7KA 3B03A 4EF9A 1MXSA 3W7DA 4CCCA 2O7QA 4IPIA 4IXXA 1PV8A 4UFLA 3EWBX 1JRCA 3YPIA 1H7RA 2VEPA 4TMBA 3N2XA 3O05A 4MFEA 5D38A 2A4AA 3E0IA 3TFCA 2WNQA 2ZRVA 4JIPA 3TMQA 1VS1A 3NQ8A 1SR9A 4FNTA 1AL7A 4NQ1A 3E02A 3IGUA 3NA8A 3T7VA 3P84A 2QAPA 4A22A 4UTKA 3LHTA 3DFNA 5IM51 1S5TA 1NF0A 3HG4A 3MUXA 2QDHA 3TV8A 2ZZ2A 4ADTA 3STEA 5DCEA 4NNCA 1F76A 1OABA 3TE9A 1D9EA 2BLEA 1GG1A 5K4ZA 1X7FA 2EF9A 2PRHA 3L21A 3DFQA 3W1MA 3UYCA 4A21A 2FJKA 3A9IA 1WBJA 3IGSA 2WO5A 4KWVA 2QCNA 3BLFA 3JR2A 2CLHA 3TSBA 3GXTA 1GPWA 3RU6A 1DBTA 3B0UX 5F2LA 4OU1A 2NXGA 1G69A 3CWOX 4UXDA 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chains in the Genus database with same CATH topology

#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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1XCFA

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