3S1VA

Transaldolase from thermoplasma acidophilum in complex with d-fructose 6-phosphate schiff-base intermediate
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
223
structure length
223
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPDGKLIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
total genus 81
structure length 223
sequence length 223
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s1vA00
3L5MA 1GYNA 3EX4A 2EKCA 3GVGA 4FNRA 1G4TA 4JDBA 4R7JA 1JCLA 1H60A 4DBDA 2CLKA 3HGSA 4LVAA 4IMEA 5F2LA 1GVOA 3GK0A 1W3TA 2VFDA 5D2YA 4O1DA 1VS1A 5AN7A 2ATSA 3STCA 1Z48A 4HN4A 5A5WA 1AG1O 2RDUA 2YW4A 4CCDA 1I2NA 4MLJA 3T78A 4Y8FA 1EIXA 1LRQA 5D2TA 3FEMA 5FEPA 4TO8A 1T99A 4DO6A 4FIRA 2C1HA 3SIZA 4BWLC 5BOOA 3HG4A 4AVFA 1EX5A 4MY8A 4NNAA 4AHOA 2OT1A 3A23A 2VELA 1U5JA 4RV8A 3DU0A 4EWND 2FTPA 7TIMA 2WPBA 1OFAA 3T44A 5F4XA 2LLEA 4UXDA 2ZZ2A 5J5DA 1SUXA 2WNNA 3G0SA 1HL2A 3U2OA 4ZQOA 4EF8A 3JRKA 2Z0IA 2WQPA 2V81A 2QCFA 4IWWA 3NQ8A 1KV5A 4Y96A 4GUJA 4CQAA 4XKYB 4S2CA 4N02A 3W6YA 1GG0A 1TB3A 3KXQA 4Q4KA 3GR8A 5LSMA 1SO3A 3M5VA 3LXBA 4DF1A 1GEQA 3FKRA 1SO4A 5G1TA 1NFBA 4UMAA 3STGA 1LROA 4O1BA 4S1FA 2R94A 2X1RA 3NQFA 1TCDA 2QKFA 2QJGA 1VLWA 4P2VA 3PSWA 2NXHA 1TPFA 1SFLA 4BF9A 4PL1A 4AMAA 3L0KA 4X22A 3GAYA 2JKPA 4O52A 3W1TA 1WAUA 3L0NA 4NUWA 5D33A 3NQGA 3HIJA 4GWEA 1IGSA 1EPXA 2ZZ6A 3MJYA 4FB7A 5LGXA 2NWSA 1R2TA 2NLIA 3N9RA 4JTLA 1NF7A 2E77A 1FQ0A 5DY3A 4O19A 4RKAA 3THAA 1MSSA 2YXGA 1F2JA 1OFEA 5KTLA 1AMKA 5F2GA 5F2MA 3TC6A 4FNPA 1SU5A 2TMDA 2KZHA 4LS0A 1DQWA 1OX6A 1W5MA 4FNQA 1EP1A 6TIMA 3PUDA 2GQ8A 1VGAA 3N73A 4U28A 3QMTA 1QO5A 4RZ4A 4N6EA 4NXKA 1AK5A 4PODA 1P5BA 5LNRA 3G0XA 5D03A 4UTJA 4ADTA 1E51A 1KLYA 2ZA3A 1YXCA 5K7JA 3NQCA 1DKWA 1Z42A 3B03A 1XBVA 1OX4A 3VCRA 3TA6A 1I2QA 3C2EA 2E5BA 4NJKA 1IIHA 1KW1A 4WJEA 1HUVA 1GPWA 4YCOA 4FO4A 1B57A 5HWJA 3G1HA 3LXCA 1OYCA 3SECA 4OV4A 3UZ5A 4TU1A 1KBIA 3G0UA 3A21A 1ICSA 8TIMA 4HHPA 1SZFA 4NT0A 1LOSA 3A24A 3M41A 1J4EA 1J5TA 4RK8A 2CLLA 1P4CA 4HNVA 1GZGA 3M7WA 3L68A 4KWVA 3CTLA 3QQ0A 2DU2A 3E49A 2PE4A 3W7GA 1W5PA 2Y88A 1IXNA 3W1NA 3P61A 3SGZA 4TX9A 4EOUA 4O13A 4UFJA 4IUOA 2DP3A 2NUXA 3W22A 1WXJA 2DZXA 4L4LA 5I3GA 1I4NA 3R89A 2ZQ0A 1SW7A 4HNUA 4O1CA 3W70A 1YDOA 3M43A 2V8ZA 2R91A 2C3ZA 3TMLA 3HO8A 1RZMA 4UTTA 2GUUA 4NVTA 4RCXA 3W07A 3HG2A 1D9EA 1T96A 2NZLA 4LVDA 4H6KA 1LRTA 2A6LA 1VLIA 5F1UA 4LOCA 5D05A 4YL2A 5DXXA 1DHPA 3P5YA 1CW2A 3LB0A 3I65A 1C9DA 4LC6A 5DCBA 3G1AA 2JBMA 3OA3A 1Q45A 2FPTA 4NNCA 2X1UA 1H63A 1HG3A 4HSNA 3NL5A 1Y0EA 4G1KA 4S2BA 3HPXA 3GR7A 5G1YA 5HMSA 1R2SA 3NEVA 2YYUA 3NQVA 5CKSA 5DBUA 1S5VA 4CNPA 4AF0B 2X1SA 2J9ZA 1FBAA 1L9WA 4UTMA 2I9EA 1NVMA 4AHQA 4JTJA 4LT9A 3P7YA 2WSRA 2A7PA 4CLMA 5DBTA 2W6RA 3GB6A 3W1PA 1XFBA 1TV8A 2YDAA 2CLFA 2E5CA 1SO6A 1HFBA 1OYBA 4TMCA 2JKEA 1TTIA 3QMRA 1L2UA 4ZQPA 5C2XA 4E2DA 2B7PA 2QCDA 2V5LA 1G7UA 4EIVA 2GVJA 4ZZ9A 3NPWA 5I3FA 3LCFA 5HWNA 1F6KA 3BPWA 3HGRA 2VEPA 3Q2DA 3NGJA 3I6RA 3B05A 4MFEA 3NYZA 3HF3A 3HG3A 2RFGA 1TTJA 3NXFA 2J6XA 5AC8A 2XN2A 1R47A 1N7KA 4CNNA 3I7SA 1VYRA 4GUGA 4M6PA 3BW2A 3SSJA 3CWOX 3KVMA 3UWUA 3IIZA 3BLEA 3DKJA 3W7NA 3S9YA 3NQ6A 3TW6A 1W56A 4JY8A 3LRMA 1TPUA 3GAKA 4XBKA 4K36A 1FXPA 4XBSA 1EUNA 1LCOA 2FPVA 4N4PA 3P5ZA 3IV3A 3O6DA 3PG8A 3N2XA 2E6DA 4MY9A 1ZJIA 4NQ1A 1OF8A 4N9CA 4AWUA 5HNRA 4CCCA 3PVFA 2H3BA 3E96A 1ZCOA 2PURA 1JCYA 3TDFA 1H1ZA 5BRBA 4MKNA 3P82A 1QCWA 4RX0A 2RDWA 1QR7A 2C6QA 3LCIA 3MP4A 4UFKA 3NQ2A 4GUIA 2ZDRA 3CM4A 4JTIA 3O16A 4Z1DA 2VEKA 4QQ3A 2FPYA 5CGQA 3BLIA 4LS2A 4JGDA 5LZLA 3O6CA 4GFSA 5LGZA 3G1FA 5TBOA 3RU6A 4O4WA 1XM3A 1FDZA 2B4GA 4YCPA 1F7BA 3LCXA 4RZ6A 4PTNA 3T55A 4HNNA 3TAOA 3EXRA 3KAOA 3ABOA 5IBXC 5KZMA 5LNVA 1EP2A 2H8XA 1KTBA 2QUVA 3M1ZA 1B9BA 3BO9A 3C6CA 1XL9A 4OHQA 1OJXA 4QIUA 2ZZ5A 2O7SA 4MY1A 3P67A 2CLOA 4O0ZA 5DELA 3A5VA 2V2DA 4DF0A 3JS3A 4JS3A 1BWKA 5C55A 2CZEA 4DPQA 1TPVA 2XFWA 4KFOA 2WV8A 5K9CA 1JCMP 4JXCA 1TMHA 2E1DA 3M5YA 4HNTA 4X9SA 3SFKA 3TU9A 4IX2A 1RD5A 5D2XA 4IQLA 4FX7A 3QJAA 5CG7A 3VFLA 4JYFA 5TQLA 2NX9A 1JRBA 3TMQA 4ZQRA 3GX9A 3UD6A 1WQ5A 2RKXA 4O11A 4QITA 5EA9A 4ZQMA 3NL2A 4NZJA 5AYYA 1BWLA 2FLIA 3GDTA 2PRLA 1F5ZA 3CQ0A 3DHDA 4FHAA 3QW4B 3GDMA 4N9BA 4OGZA 1I2RA 1K8ZA 3HOJA 3GKAA 2NXIA 1MEWA 2QCLA 3W7QA 2FJKA 2GVLA 2YR1A 2Z6JA 3CPRA 5FF4A 4UMCA 3W7RA 4WXYA 2DZPA 1FCUA 1GJPA 1ICPA 3S6DA 2YZRA 2HS8A 3FJ6A 3PWAA 1Z41A 4RR4A 4NJJA 4O10A 2H90A 3N14A 1Z44A 4JDYA 2GOUA 5K4ZA 4O54A 3S0CA 4AHPA 4MYXA 5KSWA 2JK2A 5CZTA 1XBXA 4K6AA 1G4PA 4XQ6A 5FEWA 2ZRXA 4LUIA 4CQ9A 4QNEA 1EB3A 3S1VA 3P74A 4OT7A 4ADUA 4UR8A 5BW6A 3LI1A 4O18A 5FF2A 4Y9AA 4A2SA 2DZUA 3HB9A 3TC7A 1YDNA 1I45A 3W1RA 1KM6A 1TTPA 4N4QA 3W83A 3E12A 3G3DA 1SZGA 3PULA 1ZHAA 1FWSA 1O5XA 1VHCA 2B7NA 2P0OA 4GRSA 1OF6A 3LX9A 2OCZA 4LU0A 3W72A 3VKJA 1KTNA 5CPNA 4HPXA 1SO5A 2A2IA 3FKKA 2G95A 3TE9A 2Y85A 3P81A 3W85A 4K7VA 2CW6A 3V75A 2O7QA 2PC4A 2H3DA 5F4SA 3WJSA 3KRUA 5KMYA 3BW3A 3C8FA 3LRLA 3UWVA 3SY5A 3PM6A 2QCEA 4MZ8A 1XC4A 4JTFA 1XI3A 1OFOA 3UXDA 1YYAA 1H7WA 4N9EA 3LERA 3NQEA 3QPZA 5I3KA 4POCA 3GXPA 4IMFA 1VQTA 3H55A 2QAFA 2R14A 3GXNA 1OABA 3KRZA 4MUZA 5D38A 3DENA 1JR1A 2Y61A 1R46A 4I9AA 2BZNA 2NUWA 4Q32A 2A4AA 3HG5A 1W3IA 1KFCA 4OBTA 3L2IA 2Z6IA 3E9AA 3S5OA 4EVZA 2E09A 4GXMA 1RQBA 3P8JA 5G2HA 1JVNA 3L5AA 1I2PA 3DI1A 1OYAA 4O57A 1W5QA 3ZFHA 4WX2A 4HPJA 3PAJA 3G3MA 3TQKA 3R12A 2ISVA 5HULA 4O16A 2C18A 5FF3A 3MBFA 5G2WA 4Z0JA 5HJLA 3KOFA 4QAIA 2RHGA 1SQ7A 3EX3A 3PUEA 4WOZA 3FLUA 4K8HA 3GNDA 3C56A 3L67A 4LS1A 4ZVJA 2NXGA 1B4KA 2H6RA 2VENA 4O50A 4GE8A 1MZHA 4H3DA 3NA8A 1AW5A 4MPQA 1NEYA 2FIQA 4WQ6A 3GNNA 3A22A 1EWEA 3HPZA 4A21A 2VXNA 1FWRA 3EX2A 3QF0A 3F4WA 3TQVA 2J88A 2VC6A 5IM51 4O28A 1AW1A 3A5FA 4JR5A 1LORA 4A2RA 3IIOA 3TCEA 1VZWA 1QPRA 3IIPA 3UY7A 1KM1A 5HUOA 2WSYA 1ADOA 1TRIA 2YPIA 4JNMA 1VYPX 1TSIA 4R53A 3QZEA 1QDSA 1C8VA 1AL8A 1NSJA 3LHUA 3CU2A 4XKYA 3BV4A 3DBPA 5F2IA 2BSLA 2YFNA 4UTUA 4MFDA 4MOZA 3UY8A 2VKZG 2FDSA 4ORIA 2ALDA 2WJZA 4IPIA 5AFDA 5FEZA 2IQTA 4KKXA 2EPHA 3JR2A 3EXTA 2GQAA 3KVLA 4MJZA 4UMBA 3WK1A 1TQXA 3TAKA 5AOUA 3W2UA 4RXGA 1KLZA 3S1UA 3IVUA 1RVGA 3G22A 1PV8A 1W8SA 1G67A 5EPDA 2C16A 5KZEA 1K02A 4PL2A 4X3ZA 1TPB1 1KA9F 2J24A 5AYXA 1GYLA 5LHEA 3G8EA 5HWMA 3WK0A 5K4XA 1GTHA 1K3UA 2Y7EA 3PUOA 4WD0A 1UUOA 2G96A 1SW0A 3CWNA 1LLZA 3KRSA 3W7KA 4K37A 4NNBA 3W7HA 1TPC1 2CZ5A 4JIPA 3ABQA 1UBSA 4OWGA 1B3OA 3GXTA 3NQAA 1YTEA 1H7NA 4M19A 3FOKA 3E0IA 5E1QA 1EP3A 4BI7A 2QUUA 3UWWA 1KV8A 3MP5A 1GVRA 1ICQA 4WY0F 3NO5A 1MXSA 1QPOA 4NX0A 3MP3A 2CWNA 5D2VA 4UTTC 2JGQA 1L6YA 2BLEA 1OFQA 1XBYA 3N3MA 5ABTA 4LVBA 1WV2A 1FY6A 3TNOA 2Y7DA 1K7FA 1H5YA 2UV8G 3LLDA 1K7XA 4IJBA 1DQXA 4GNJA 3O07A 3DZ1A 4UTWA 1UCWA 5AHLA 3NOEA 3IGXA 1Q6RA 1JQVA 2A1YA 1VHNA 3O05A 3UWZA 1SPQA 3AO0A 3TK7A 3MO7A 4UTHA 3WK2A 4UIOA 4WY0B 1FWWA 4IMGA 2CLMA 4UFLA 5DCDA 1W3NA 4MZ1A 3FYPA 4IXXA 1TREA 2VFIA 4LW7A 1HO1A 2G5WA 3BG9A 3ABRA 5GVJA 2NX3A 1YPFA 1H1YA 5HINA 4O4VA 1UUMA 2OJPA 4ZQCA 1PVNA 3W7DA 4LVFA 3EWWA 4ONVA 2X2GA 5HR7A 3BVJA 4JIQA 3BG5A 1SFJA 4E0CA 3C2RA 4CCEA 3LHTA 5CPMA 4HSOA 3CB8A 1O4UA 3RLUA 5AYZA 3DKLA 1KTCA 2Y7GA 2X30A 3W9ZA 3W7MA 3M44A 3SR7A 1WYIA 3MI2A 2P10A 4FXSA 1KM0A 2ABBA 2WNZA 3PY2A 3B0UX 4NXSA 4AB4A 1H7OA 1MEIA 3IIXA 1KM3A 3LBMA 2WKJA 4MYAA 1LLWA 1H62A 3TV8A 5CZJA 1SZNA 3N9SA 4FX8A 3DH7A 4XZ9A 3EX1A 4CNOA 2VEIA 1H7XA 3YPIA 4RLIA 4DEFA 4AF0A 1OFRA 3RLVA 2J9YA 2Z2UA 4KFNA 3CIWA 3ZR4A 2C19A 4UFIA 4LNYA 3I7QA 1TRDA 3NAVA 5LHFA 1H7RA 3PBYA 5J5RA 5L9FA 5T26A 3MBDA 3ELFA 4JTSA 4DXVA 1XXXA 1JCJA 5HUPA 3FIGA 4M6QA 2Q8ZA 3O1NA 3EX6A 1TQJA 3UQNA 3W7IA 4XUGA 2VFHA 5K9DA 3M9YA 4LV4A 1VC4A 1TPWA 2E6AA 5H2ZA 3G1DA 4TIMA 3IVSA 3N19B 3LDVA 4TMBA 5LNUA 5CPOA 1Q6LA 3CLMA 6ALDA 5BMXA 2BTMA 1I2OA 3LRKA 1G6CA 3PG9A 3S5YA 3ZWTA 3LI0A 4Q33A 4ZL1A 3MI3A 2NV1A 1WX0A 2E6FA 1KBJA 2OZ0A 2QCNA 3B06A 3RK8A 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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