2QKFA

Crystal structure of 3-deoxy-d-manno-octulosonate 8-phosphate synthase (kdo8ps) from neisseria meningitidis
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
277
structure length
251
Chain Sequence
MDIKINDITLGNNSPFVLFGGINVLESLDSTLQTCAHYVEVTRKLGIPYIFKASFDKANRSSIHSYRGVGLEEGLKIFEKVKAEFGIPVITDVHEPHQCQPVAEVCDVIQLPAFLARQTDLVVAMAKTGNVVNIKKPQFLSPSQMKNIVEKFHEAGNGKLILCERGSSFGYDNLVVDMLGFGVMKQTCGNLPVIFDVTHSLQGRRAQALDLALAGMATRLAGLFLESLHLLEDFLIRIKALDDLIKSQPIL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transferase
source organism Neisseria meningitidis serogroup b
publication title Re-Establishing a Metal-Binding Scaffold with Full Activity in the Metal-Independent Kdo8P Synthase from Neisseria Meningitidis
rcsb
molecule keywords 3-deoxy-D-manno-octulosonic acid 8- phosphate synthetase
total genus 81
structure length 251
sequence length 277
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.5.1.55: 3-deoxy-8-phosphooctulonate synthase.
pdb deposition date 2007-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00793 DAHP_synth_1 DAHP synthetase I family
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 2qkfA00
3BGJA 3CEUA 3CEPA 4GNJA 4UFKA 1I4NA 3TJXA 4CCEA 1NFBA 5HUOA 1FCBA 4X3ZA 1WAUA 3HBLA 2C13A 3QPYA 3P74A 1J4EA 4MJZA 3UWUA 1OFRA 5G4EA 5ABTA 4LVBA 4M19A 1DQXA 4H3DA 2YCEA 3HPSA 2YFNA 3O1NA 1QPQA 1SZFA 5D30A 3DFPA 4O54A 3LDVA 3TDFA 2V8ZA 4XBKA 3HGSA 1VC4A 4DPPA 2A4AA 4ADSA 2R94A 3STGA 3G0XA 3SW6A 5BMXA 2Y89A 3EKZA 5HWMA 2YW3A 4LS2A 5H91A 4Z1CA 3GNDA 3ATZA 4XTDA 1OHLA 3C3NA 3M5VA 5D32A 3P81A 1OX6A 1FWNA 3QPZA 2TMDA 5I3HA 3LRMA 1JULA 4CCDA 3LBMA 4IPJA 1Q6OA 2ZFAA 1W37A 1B9BA 3B0PA 3H54A 1QWGA 3IGUA 3FYPA 3GB6A 3WK0A 4EWND 4K39A 4UTKA 3BK0A 4CQ8A 4FX7A 1XUUA 4O4WA 3DAQA 2NWRA 4BI6A 1OABA 5HWJA 3WJXA 4S2BA 1DJNA 5IBXA 2BSLA 1GEQA 2WV8A 3S5NA 2CW6A 3B4UA 2QCGA 4BI7A 1GVOA 4X9SA 2VKZG 1EPXA 4ZQRA 3FJ6A 5CGQA 2NX1A 1QO2A 2ZRYA 2PC4A 2DZSA 5EBUA 1WOBA 2HS6A 2ALDA 2J24A 3LTPA 3QF0A 4ZQNA 2NLIA 3WJWA 1RV8A 1H60A 3PG9A 2X30A 2PCQA 3O6CA 1DQWA 1P1XA 3P80A 1AW1A 1G7VA 2C14A 4LS0A 3QW3A 2GJLA 3BLFA 1XI3A 2YSWA 4NT0A 3T44A 5F4XA 3MI2A 3ZS4A 3QJAA 4PC8A 5AHEA 1FWRA 1KBJA 1PL9A 4NZFA 3WJYA 1RQHA 1TYGA 3L5MA 1OX4A 2OCZA 3PC0A 3R2GA 4UMCA 1PE1A 2NUXA 4LW7A 1UBSA 1Z41A 3PBVA 3TFXA 3L21A 4OBTA 3I7RA 4O0KA 2VEMA 1WBHA 5DCBA 3G8RA 1B4KA 4K7VA 3NZRA 5SWUA 1TV5A 3LRLA 2ZRZA 2BXVA 1EP2A 3CM4A 1OFOA 3E0IA 5G4WA 2HMCA 1UASA 3PBYA 4H4IA 2QDHA 2ZA3A 1YADA 5KINA 3U6WA 1FDZA 1JUKA 4IXHA 4AF0B 1TIMA 4LUJA 3EB2A 1PV8A 3NQEA 1ZY9A 4DBEA 3TXVA 2J27A 3E9AA 3W2JA 2WPBA 3G1HA 3P5YA 3P60A 3BVJA 3LLDA 2J9XA 1RQEA 1YYAA 4JTKA 1VHCA 3W73A 4R53A 4MLJA 1QMLA 3FKKA 1LP6A 3LHTA 1FXPA 3PULA 3RLVA 5HUPA 5I3GA 1TTJA 3UD6A 1B3OA 3TSDA 5K2ZA 5EPDA 2QCCA 1NF7A 1I8JA 2CLHA 1KM3A 3ABSA 2QAFA 4Y8FA 1Q6RA 2X1TA 3NOEA 1HO1A 1UCWA 4O52A 1H7WA 3L5LA 3ABQA 5C55A 1ZENA 1WX0A 3MHFA 1YXDA 1HO4A 4Z1AA 1I2RA 4EIVA 1T0OA 4BFAA 4NJGA 3W7RA 4TU1A 3LCXA 1GVQA 4Q32A 1BKSA 4FNQA 1IXOA 3LCGA 4Q4KA 1H1YA 1O5XA 4GFSA 4CNPA 3N9SA 5AHNA 1HFBA 2RH9A 3W7LA 4UR8A 4XWUA 1H63A 3H55A 2P1FA 3A21A 3GDTA 3SZ8A 3IEBA 1EP3A 3QEZA 1IGSA 2A1YA 3S8HA 1ICPA 4OWGA 1W54A 4WD0A 1FDYA 3W88A 3QYQA 4N9DA 2A7RA 5I3IA 3UWWA 1V7YA 2QCDA 3W7EA 4QSHA 4W9TA 4NJHA 3BGGA 1ICSA 3E02A 1XBZA 2V5LA 1W3IA 1EB3A 3W7PA 3W74A 1TB3A 2QCNA 5F2MA 2EPHA 3G0SA 4UNLA 1KFBA 3SECA 4GUJA 3L5AA 2QCMA 1GJPA 2VC6A 1SQ7A 1QR7A 1AMKA 3GAKA 5E0KA 3OVQA 1X7FA 1VYPX 3MP5A 3R8RA 2CLKA 3FS2A 3LHYA 2X1UA 2PRHA 3NM3A 2B7PA 4UFLA 4IMEA 3FLUA 1VZWA 3W7DA 5D2WA 1Y0EA 2TRSA 1I2NA 2QKFA 2QCFA 3QSRA 3W9ZA 4HT3A 3DH7A 3HG3A 4Z1DA 3N73A 2D73A 2Y61A 3P8JA 1KLZA 4R33A 3TNOA 3QMTA 2JGYA 2V82A 3C61A 3DFTA 3GXNA 5LNSA 4XKYA 6TIMA 2QEZA 1P0KA 3KVLA 3LV5A 4GC4A 3WFAA 2RHGA 1W5PA 2ZYFA 1K3UA 3N19B 2XN1A 3KVMA 3WJSA 5AFDA 1HTIA 3RMJA 4UFMA 1B4EA 2BX7A 2JKEA 3B04A 1DVJA 3G3MA 2FJKA 4RR4A 1ONRA 2C1HA 5AB3A 2J9YA 4Z08A 3CLMA 2QJIA 4RKAA 4Y90A 2VFHA 3W1RA 5HR7A 2GJNA 1SUXA 1OF6A 3BW3A 5KMYA 3S1UA 1AL8A 3PS7A 4JIPA 4TMCA 5AYYA 1YDOA 1H62A 2WNQA 4DF0A 1GYNA 3PVFA 2ZTKA 3W84A 4MYAA 1W1ZA 1N7KA 3B06A 2R14A 3FYOA 3QFEA 2V81A 5D03A 1FCVA 3P82A 1XUZA 3NAVA 3MW7A 4QQ3A 1H61A 2EAWA 4LC6A 1O4UA 4DEFA 4BR1A 3LERA 2JBMA 1CX9A 3WK3A 3GDKA 4O28A 3M5ZA 3P8IA 3HG5A 1JCMP 3W6YA 3LCIA 1ML1A 4ONVA 1FWSA 3DFQA 4JNMA 5BW6A 4M6QA 1SO4A 1V5XA 1JCNA 4JX5A 1L2UA 4H6KA 1OYCA 1TQXA 3LV6A 3RNDA 3LHUA 4UFIA 1EUAA 1XDLA 4UTUA 3VKJA 1FWTA 4N6EA 1I2OA 1RZMA 2B7NA 5FEWA 2OX1A 3HG2A 2QCHA 5KTLA 2W6RA 2ISVA 2I14A 5F1UA 2ZZ4A 5LNRA 4N02A 3OIXA 1X6UA 3DI1A 4LU0A 5A5WA 3TXZA 5AOUA 4WXYA 1GTEA 1Q6QA 3BG9A 5DY2A 4NNCA 4MZYA 1UUOA 1DHPA 4U4MA 3QRHA 5L6UA 1I45A 2IQTA 1UJPA 2CWNA 3B0VC 1P5BA 3NL5A 1QAPA 4JYDA 4IQLA 3FEMA 1X1OA 1W8SA 1RR2A 3MWAA 3G1FA 2DZVA 4OHQA 5K9CA 3SR7A 3O63A 1W56A 4G1KA 4M6VA 1XBVA 2YW4A 4JX4A 2VELA 5KITA 3NYZA 1JVNA 1VR6A 1K7FA 4DF1A 4DF2A 3LI1A 3VI2A 2Z6IA 4EVZA 3KVKA 1F5ZA 1SFJA 2QR6A 2QCLA 1WA3A 5DBUA 4UC5A 1JJKA 1LM1A 2C6QA 1G4SA 5EA9A 3U8GA 4LOCA 3P62A 4RCXA 3W1TA 4HHPA 1VRDA 1SO3A 2ISWA 2RFGA 5EL1A 2A85A 4PH6A 3PSWA 4HIBA 4LTSA 2Y7GA 3TW7A 4UMAA 3IIVA 3UWQA 3KAOA 1GWJA 4IWWA 5AC8A 3O07A 4GBUA 4LC8A 1VLWA 1Q45A 4UMBA 5DY3A 3T4CA 5LKYA 2ZRUA 4AHQA 4WXZA 3U2OA 5K4ZA 1ZCOA 1G6CA 3NO5A 1P4CA 3S0CA 2DZTA 1R2RA 4I9AA 4AH7A 6ALDA 2VENA 1MEIA 5F2GA 2E1DA 3VE9A 3W87A 1SZEA 5FEZA 1C9DA 1DBTA 1LOSA 5CKSA 1XL9A 4BK9A 2Z2UA 3NPVA 1NAL1 3CT7A 3W7CA 2G96A 1ADOA 4AHPA 3NGJA 1FQ0A 3O8AA 4E2BA 3RF9A 3V75A 4L4LA 3W7JA 1WYIA 2ZRVA 1LYXA 4UTIA 1IIGA 2TPSA 3HJZA 5AC6A 4E0CA 4NXSA 3LGEA 1D3GA 2A2IA 4JTFA 3MYOA 2QCDB 5E93A 5LHFA 1KFCA 2NXHA 4NX0A 3G22A 1YTKA 2CZ5A 4XTIA 2WNZA 1O60A 2E6DA 4N4QA 1C29A 1FY6A 3QH2A 4IOTA 4NJKA 1ME9A 3GKFA 4AEOA 4KFPA 1WBJA 2V2DA 3CIWA 4MY1A 3YPIA 2BLEA 3LM7A 2O7QA 4S1FA 1I2PA 1TJPA 2ZQ0A 3TAKA 1GVSA 2WSQA 2VFIA 3QMSA 4Z1BA 3QC3A 3M9YA 3N3MA 5CZTA 2PURA 3OHIA 4Y9AA 3TC7A 3EWWA 4PODA 4FIRA 1Q3NA 1A53A 3A5VA 1EIXA 1SPQA 3MHUA 2VEKA 3R5EA 3UYCA 1F6KA 4IMCA 4TX9A 4ORIA 2NX3A 3TAOA 2TYSA 2XN2A 2ZZ7A 4GXMA 1HG3A 4JEQA 4NX5A 1NEYA 2OT0A 5G1TA 2DORA 5CPOA 4FX6M 4XKYB 3W2LA 4YCOA 4K7YA 5C2XA 2A7PA 3E12A 3C2FA 2AGKA 1KA9F 4LV9A 4WZHA 2H3DA 2BZNA 4K37A 3ZR4A 4HPXA 4AHOA 5LNVA 2GQAA 3M1ZA 2Y70A 1LOLA 4OV4A 4PEKA 1H5YA 2VOMA 4JYEA 2ZRXA 5LHEA 3PM6A 5D04C 1TJRA 4WQ6A 4M6PA 3W70A 3GK0A 4YWIA 4E38A 2Q8LA 3MMTA 5D2XA 3TK7A 2V5BA 4IMGA 1JCJA 1WQ5A 1JUEA 5F2IA 3P84A 2XN0A 1A5SA 3IV3A 3IVSA 3JS3A 2OZ0A 4WY0A 1KTBA 1LLWA 3M6YA 1EP1A 1K03A 1K7XA 4OV9A 2JKPA 5G2WA 3T7VA 1Z42A 3P61A 4M5PA 3BLIA 1VJIA 2YFOA 5FF0A 1KW1A 2V30A 1KM6A 4DO6A 3W1AA 4OQVA 4Y6GA 2P10A 5AHLA 2ZZ3A 1ZAHA 3ZFHA 1VCFA 5K9DA 4A22A 3A9IA 5F2LA 2WSRA 3NQ8A 1EUNA 3S9YA 1TPVA 1ME8A 1PHQA 2WKJA 1OX5A 5BNKA 3STEA 4RK8A 4ICNA 4PTNA 3L0KA 3LB0A 1KFEA 1H7XA 3TW6A 3GZ3A 3LCHA 2FIQA 5HULA 1PCKA 3O05A 3GNNA 3LXAA 3G1AA 1KM5A 3HPZA 4N4PA 2YYTA 4UTHA 2R91A 1G69A 3P7YA 3BLEA 4LY8A 2E5DA 4X22A 4ZQPA 1NF0A 4IUOA 4AVFA 3C2RA 3O6YX 1PHWA 4L4MA 5FI8A 1LCOA 3W75A 3W76A 2WQPA 3W7KA 3UXAA 4OU1A 4HNVA 5AHMA 5KZMA 3Q94A 4QAIA 3W2KA 3RFAA 1TPDA 2ZRWA 1L6WA 1KM4A 3W85A 2Y7EA 2YXGA 4UCGA 3PB0A 4JTSA 4ADTA 1YTEA 1LOQA 4GUIA 5AHIA 2PRLA 5DBTA 4LWWA 3THAA 1YLVA 1SFLA 4K36A 5D37A 3EXTA 3W3OA 1WDWA 1K8ZA 2FB2A 3CHVA 3GVGA 3MP4A 3TMQA 3LHVA 1GPWA 4M7SA 1EWEA 3N2MA 4YCPA 5FF4A 3EX6A 4QM1A 4WY0F 1KTCA 4LRTA 1GG0A 1TRDA 1S3HA 3T55A 2WOQA 2NXIA 3B05A 1L6YA 1LRQA 1UB3A 4UIOA 1KM1A 1ZFJA 4A2SA 1N8FA 3EWXA 3MBFA 4XQ6A 4MFEA 3W7HA 3C56A 3E96A 4ORMA 3OVPA 5KZDA 2CLLA 3TA6A 2Q8ZA 1SO6A 1LORA 4UTLA 4QISA 4P61A 2A21A 1OFAA 2ZZ2A 3GLCA 1SW7A 1VLIA 3W86A 2C18A 4JTLA 1W0MA 5AHFA 1OF8A 1G7UA 3OA3A 4RX0A 2DZPA 1F2JA 2CLFA 1M7PA 4OGZA 3DFNA 1DOSA 1O95A 1TPEA 3KRUA 1F7BA 2RDTA 2V0TA 2C19A 1GT8A 1YXYA 1MEHA 1M7OA 4LVDA 4JY9A 3F03K 4NJJA 4UTMA 4R7JA 3UXDA 1J2WA 5U4NA 4U28A 3ANYA 4FNRA 3TSBA 4CLMA 2DU2A 4HNUA 5LZLA 5BRBA 4JR5A 1XC4A 3MI6A 4CNNA 3W1UA 4O18A 1Z48A 1JRCA 5CZSA 4PA8A 5F1VA 2ATMA 2NUWA 1A5AA 4UTJA 1DV7A 4TO8A 4DO5A 1VCVA 4O0ZA 3I7SA 3T40A 2GVJA 3L66A 1W3TA 2E6YA 2VEIA 3TUUA 1IXNA 3EWBX 1TREA 1LBMA 1YXCA 5T26A 1IXQA 3G24A 4A29A 4PFMA 1XXXA 1I2QA 3NXFA 4XBSA 1O94A 3M5YA 1F74A 1ZALA 3AJXA 2NV2A 2ZA2A 3PUOA 2V2CA 5EKYA 2EF9A 3I6RA 1SW0A 4M7TA 4UNKA 4D2JA 3CB8A 3G1XA 4FO4A 3C0JA 1T99A 2Y7FA 4MZ8A 4ADUA 4J9JA 4GUGA 1S5WA 5EY5A 1YDNA 2DJXA 4UTWC 2G95A 1BEUA 3USBA 1JQXA 4MY8A 3GR7A 3CWOX 1OG0A 1FWWA 2OMAA 3T78A 1OFDA 3LX9A 3TH6A 2J9ZA 4JTEA 1G67A 3S42A 3W7QA 3KRSA 5D05A 5DN1A 2YDAA 1R2SA 2B4GA 1DJQA 1LRTA 1MEWA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
 2PDP A;  5HPO A;  3CEP A;  4GNJ A;  2HVN A;  3M64 A;  4UFK A;  3MAN A;  1NFB A;  1JL8 A;  5HUO A;  3WLM A;  3WY1 A;  2G3M A;  2VWS A;  3WQV A;  2VEF A;  4HA3 A;  4M19 A;  5C9R A;  3WH9 A;  5HK4 A;  1JI1 A;  1QPQ A;  5D30 A;  1E9Z B;  3TDF A;  4I6K A;  4BEU A;  2V8Z A;  3MTW A;  4H9M A;  3NIY A;  2R94 A;  3VXG A;  3CUF A;  5ENL A;  5HWM A;  1TV4 A;  2YW3 A;  1EHN A;  4Z1C A;  4XTD A;  1MFU A;  2VUY A;  1ZP4 A;  2PDY A;  3O0K A;  3M5V A;  2CWX A;  1EIB A;  5I3H A;  1VEM A;  4M0X A;  3ENL A;  4G8T A;  4ZO6 A;  4K8G A;  1JUL A;  4W7U A;  2VRK A;  3LBM A;  3CL8 A;  2NSO A;  2BFG A;  2PWD A;  5AEC A;  2DSZ A;  3ITV A;  3GFY A;  4UCF A;  3FYP A;  3GB6 A;  4EWN D;  4K39 A;  3VDA A;  1XX1 A;  4CQ8 A;  2J7B A;  4NAE B;  4O4W A;  1Z89 A;  1QI2 A;  1W1B 1;  2WB5 A;  1XGD A;  3MPG A;  5HWJ A;  4B91 A;  1DJN A;  5IBX A;  5HAT A;  2CW6 A;  1BQC A;  2DFA A;  4X9S A;  1EPX A;  5CGQ A;  2NX1 A;  4Z2K A;  1WAW A;  4L6O A;  1QPK A;  1BF6 A;  4JFU A;  3VZZ A;  1SM9 A;  1WOB A;  2DV0 A;  2ALD A;  4HP5 A;  3BZJ A; 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