3S0CA

Transaldolase wt of thermoplasma acidophilum
Total Genus 81
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
81
sequence length
218
structure length
218
Chain Sequence
MKIFLDTANIDEIRTGVNWGIVDGVTTNPTLISKEAVNGKKYGDIIREILKIVDGPVSVEVVSTKYEGMVEEARKIHGLGDNAVVKIPMTEDGLRAIKTLSSEHINTNCTLVFNPIQALLAAKAGVTYVSPFVGRLDDIGEDGMQIIDMIRTIFNNYIIKTQILVASIRNPIHVLRSAVIGADVVTVPFNVLKSLMKHPKTDEGLAKFLEDWKKVSPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Twisted Schiff base intermediates and substrate locale revise transaldolase mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Probable transaldolase
molecule tags Transferase
source organism Thermoplasma acidophilum
total genus 81
structure length 218
sequence length 218
chains with identical sequence B, C, D, E
ec nomenclature ec 2.2.1.2: Transaldolase.
pdb deposition date 2011-05-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00923 TAL_FSA Transaldolase/Fructose-6-phosphate aldolase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3s0cA00
3P82A 4OHQA 4JD4A 4PEKA 2WSRA 2WNZA 3W1MA 1WBHA 4LVGA 2H90A 3NM1A 2DZWA 2CZEA 4UFKA 1KTCA 3NR0A 4QIUA 2Z1BA 2B7PA 2QCNA 3TMLA 3PUEA 3H55A 4WOQA 4DF0A 3W22A 5H91A 4K39A 4CQ9A 1SW7A 1LYXA 2TMDA 3CU2A 5LNSA 3LLFA 4X9SA 3L0GA 2FB2A 1O5KA 3PVFA 4FNTA 3LTYA 3G3MA 1WX0A 4O13A 3CEUA 3CQ0A 4FXSA 3LBCA 3MHFA 2CW6A 4NJGA 4GRSA 5CG7A 3LDVA 4DO5A 2EAWA 2NXIA 1EB3A 1OF8A 1S5WA 1VPXA 1TV5A 3NQ2A 3O6YX 3ABQA 3MI6A 3MP4A 4HSOA 5DELA 2ZZ4A 1FXQA 5FF4A 1WA3A 3UWUA 2E1DA 1YDNA 5DLCA 2XN1A 4FXRA 5HWMA 5L9FA 2EKCA 1Z41A 4AHOA 1ML1A 3FLUA 3S0CA 1EA0A 3I6RA 4BR1A 3PB2A 3B0UX 2PRLA 4BI5A 2A2IA 1YDVA 5AC8A 1ALDA 1L6SA 4YLWA 3W7RA 5G2HA 1TB3A 3W7NA 2Y7DA 4FO4A 3LM7A 2BX7A 4JNMA 2ZZ7A 5F2LA 4HNTA 2A5HA 1G7UA 1NF7A 4LRTA 5DXXA 5BNKA 3CIXA 3GX9A 1F76A 5CPNA 1AL7A 4NXSA 4M19A 4Q32A 3LTSA 3EWUA 1M5WA 1WBJA 1OFDA 4O0ZA 1GWJA 1K7EA 1WOBA 3O06A 4QISA 2Y70A 4YCOA 3TJLA 3C61A 4K7YA 3ATZA 5K7JA 3PB0A 1JUEA 4HNUA 1BKSA 1MXSA 4K38A 5EKYA 1L2UA 4IUOA 2C3ZA 4FIQA 2YFNA 3M6YA 1SFLA 1RV8A 2WJZA 2QCDA 3EB2A 3QMRA 4K7VA 2NX1A 1CI1A 2GUUA 4O57A 4IMGA 2RHGA 3ABRA 2B7NA 4GBUA 1B3OA 2ZA3A 3G0XA 1FWSA 1KM0A 1NF0A 4HNVA 1RQEA 3Q37A 1RPXA 3G1FA 3O1NA 1KM4A 4GNJA 1G67A 2R91A 4RK8A 3WK1A 3R2GA 1T8XA 3LV6A 4LC6A 2PE4A 5AYZA 3HF3A 4CCEA 3NVTA 1TPB1 3NAVA 1DOSA 3CB8A 5HMSA 4ZQOA 1DV7A 5ABTA 1H7RA 1JCMP 2JGQA 4NQ1A 3C2OA 4LVDA 1PV8A 4CCCA 5LNWA 4TIMA 3T78A 5CGQA 3RF9A 1W37A 2B4GA 3W84A 3RK8A 1EP1A 4MKNA 1GVSA 3UPWA 1O4UA 3DFNA 1OG0A 1UB3A 3BW3A 3FOKA 4LOCA 4AVFA 3BG3A 4N9CA 3O8AA 5TQLA 2NLIA 2ZRVA 3NQGA 5I3JA 3LHZA 2E6DA 2X30A 1W8SA 3WK3A 4GUJA 1P4CA 2PURA 3GLCA 3KOFA 1LBMA 1NAL1 1KM2A 1MO0A 4L4MA 1W56A 1M7OA 3GKAA 4LV4A 1YDOA 3MJYA 3DHFA 3KVKA 3O63A 3UPBA 4BI6A 2QUVA 3P80A 2VFFA 4EF9A 3T7VA 4DELA 5D2WA 3IGUA 5AYYA 2XN0A 3U6WA 2C0AA 3GDKA 3T55A 3LI0A 3NOEA 1PCKA 5AHIA 3BW4A 1F5ZA 4Y8FA 1JCLA 3ABOA 1LLZA 4JTFA 3W75A 3NQFA 3SZ8A 5KSWA 4I7VA 1Z42A 1HO4A 1GTEA 1OYBA 3DI1A 3PBVA 1DL3A 4ZL1A 3ZS4A 5K4XA 2YDAA 4JDYA 2V30A 3W1LA 5I3FA 2J9ZA 1W3TA 5D04C 4S2BA 1O94A 1KA9F 4MLRA 3UWZA 5DCBA 1QOPA 4MOZA 2ZZ1A 3DZ1A 3EEGA 5IBXC 1KV8A 3LCXA 3ELFA 5C5YA 3TA6A 1ICQA 3QM3A 1TIMA 4CNPA 3OVQA 4XWUA 1KM6A 1OK4A 3LGEA 4WOZA 2PRMA 3TFCA 2JK2A 1W5MA 2GQAA 3N9RA 4XKYA 1QCWA 1YXDA 2ZRYA 2NUWA 1ZHAA 1X8FA 2C1HA 4M7SA 3NNTA 5E1QA 5U4NA 4E0CA 4WY0B 3TROA 3EWBX 1VR6A 4AAJA 4JX4A 2E5DA 1ZNNA 1OF6A 2ZTKA 2ZRXA 4HNNA 3NG3A 3PULA 2QCGA 2HS6A 3ANYA 3UXAA 3G24A 1XFBA 3C56A 1TRIA 5I3GA 4O19A 4TX9A 3QFEA 4FB7A 4TU1A 3O15A 3C0JA 3HGOA 4LS1A 1KM1A 5G1YA 1SO6A 3UD6A 2X2GA 4O50A 2ATSA 3IGSA 4NNBA 5FEPA 5CPOA 2FDSA 3CC1A 3PS7A 4RZ4A 5DY2A 1Q6OA 4UTIA 1BEUA 1ICPA 1IGSA 3EX2A 1QPOA 2GQ8A 2YPIA 3P8JA 5DCEA 5KINA 1W5OA 2HS8A 2NX9A 2QCEA 2J88A 2YGYA 2OJPA 3F03K 3W9ZA 5E0KA 3C52A 3STEA 5AC7A 2G5WA 3G22A 4HPXA 2VFIA 1EP2A 1KTBA 2JKPA 3LHVA 2A1YA 3LCFA 3NZRA 1YTEA 1LROA 4IMDA 3P74A 1ZAHA 1QMLA 3OHIA 3GXPA 1GYNA 4WX2A 4DPPA 1MEHA 4AH7A 4YXGA 3IGXA 3PG9A 3W7EA 4CNNA 4ALDA 1PS9A 4JY8A 3GAYA 4GUGA 3TC7A 2Z6IA 4G1KA 1JCNA 5FF2A 4AMAA 4LC8A 4LVAA 3HGSA 2AQWA 2QUTA 1KV5A 2G97A 4IXHA 5EY5A 2DU2A 1XC4A 2A7PA 1J5TA 5AFDA 2FB3A 4OV9A 4M6PA 3W6YA 2VEMA 5IBXA 4A2RA 4ZZ9A 2ZZ2A 4AWTA 2QKFA 1YTKA 3E12A 2OT0A 3CTLA 4PFMA 5C2XA 4WJEA 3VKJA 1WXJA 4RX0A 2VEKA 1W1ZA 5LNVA 3PSWA 3IVSA 4P61A 1M6JA 5LGXA 2P0OA 2B7OA 5D2XA 4TMCA 2C15A 3L2IA 5AYXA 1LBFA 1PE1A 2CLLA 2OX1A 3QRHA 3TE9A 4Y9AA 5TIMA 3W7JA 3FEMA 3CHVA 4WXYA 1RQBA 2QCHA 3HQ1A 2C6QA 2GPTA 3QF0A 4EVZA 2A7NA 3SGZA 4M7TA 4LVFA 3HG3A 1XL9A 3FJLA 4IMFA 3TSMA 1K8XA 3NZ1A 4H6KA 2UV8G 1MSSA 4N9DA 5KZEA 4AEOA 1ZY9A 5KZDA 1GZGA 1Z48A 4O52A 4RR4A 1ZFJA 4N9EA 5AN7A 4UTKA 4JTTA 5HR7A 4RXGA 3DH7A 1G6CA 4BWLC 2WPBA 1SFJA 2QEZA 2VELA 1LTDA 2VFGA 2B0MA 3G1VA 3W7DA 4UNKA 2QDHA 4NZFA 3BLFA 1LRTA 3OG3A 5LNRA 1E51A 4NT0A 2ZA1A 1VQTA 5BMWA 4KFOA 5C54A 1EX5A 2NWSA 3G1XA 3I65A 3C2EA 4O10A 1Q6LA 5H2ZA 3N3MA 2QDGA 5F4WA 3NO5A 5BW6A 5DBTA 3V75A 1NSJA 3IIVA 5K9CA 3LCWA 2QJGA 3W7MA 1JR1A 5LSMA 3P67A 1P0KA 3EXTA 1G69A 5AHLA 2O7SA 4LS0A 4Z1BA 3WJWA 1GYLA 2A4AA 3L0KA 1JVNA 2PCQA 3CT7A 1FCBA 1SZEA 5TBOA 5D33A 4ONVA 3W2UA 1UJPA 5FEXA 1I2OA 1DHPA 4JS3A 1OK6A 1XM3A 2B7QA 4GUFA 3ATYA 5K9XA 3S5YA 5D09A 3NL6A 5D2YA 1LZOA 1K02A 1FY6A 2ZFAA 4O0KA 2WOQA 3CWOX 2EPHA 3BG5A 3PAJA 1TPUA 1HO1A 4UIOA 4MVAA 3G3DA 1GVQA 5LGZA 3NXFA 4GFSA 1HG3A 2QAFA 3OVRA 4HN4A 4QITA 3E0IA 4X22A 2P10A 1W0MA 4JTSA 1MZHA 4PTNA 3TV8A 3W2MA 1S3HA 3M0ZA 1JQXA 3TU9A 2PC4A 2ISVA 4KFPA 1LBLA 1GOXA 1GG1A 3MI3A 3P5ZA 4JYEA 1VGAA 3FFSA 4JXCA 2VXNA 3TW6A 3THAA 5MHBA 1LP6A 3PUOA 2TSYA 1X6UA 3UWVA 1WAUA 1H1YA 4NVTA 2G96A 3E49A 4ZQRA 5EL1A 1VJIA 4FX8A 2AAMA 4BWLA 3W70A 3LHTA 3WJSA 1KFKA 1R2SA 3OIXA 5KMYA 1M7PA 4O16A 1H7NA 5U7SA 4JTIA 4JEQA 2GJLA 3B4UA 1PL9A 2A6NA 3IIPA 2CU0A 3QW4B 1VYSX 3DU0A 3OA3A 1KFBA 1TQJA 3LOTA 4C1KA 4H3DA 3NYZA 1QPRA 3TC6A 1F73A 3L65A 4O8RA 1NEYA 3S1XA 3IRDA 2CLKA 4DBDA 3BGJA 3KVJA 3STCA 3TR2A 8TIMA 4KWVA 3C2VA 1H60A 3KVLA 3T44A 3LCHA 1B9BA 1AL8A 4JTEA 4UC5A 3SR7A 5EA9A 1FDYA 3N14A 5HR6A 3N2MA 4GJ1A 4WD0A 2BTMA 1C9DA 5F4SA 3S1VA 1AMKA 4O18A 1B4EA 3NEVA 3MO7A 1VCVA 4O1CA 4AB4A 4J9JA 1LM1A 1JQVA 1O95A 3M16A 4Z1DA 2V81A 4Z0SA 3W7GA 4FHAA 4ADUA 3I68A 3YPIA 1W3NA 2WSYA 4UTTC 4KWWA 4DF2A 1KLYA 1G7VA 3W7CA 3G1HA 4UTHA 3PF3A 5AB3A 2KZHA 1PHWA 1F6KA 3INPA 4DPQA 1G4PA 4R33A 3TXVA 2E6YA 5D02A 3SY5A 2TRSA 3EX1A 2E68A 4EOUA 1FCVA 2ISWA 1PHQA 2GVJA 3M5XA 1H7OA 2YSWA 2RDUA 3G18A 4AXKA 1I2QA 3MP3A 4FNPA 4RJEA 3KRUA 4C1LA 3QJAA 5KZMA 3VI2A 4FNUA 3S9YA 1ZALA 4AF0B 2ZRWA 4MY8A 1YTDA 3CIWA 1HL2A 3LTPA 3W1AA 5G2IA 3QSRA 3STFA 3GNDA 2ISSA 1QPNA 3R89A 1K8YA 1FBAA 2ZTJA 3NQ8A 4H4IA 3A24A 2Q3RA 3DAQA 5EMUA 1O60A 3W1NA 2TYSA 3SECA 4PH6A 3MYPA 4NJIA 2VFHA 1W5NA 2O7QA 5LHEA 3HG5A 3LV5A 3B04A 5AC6A 4A29A 3KXQA 3W1PA 4UTJA 3G0UA 3P81A 1FCQA 1JUBA 3OVPA 2W0UA 5F2IA 2CLEA 3Q58A 3C4UA 3TUUA 4JX6A 3M43A 3NQVA 4FNSA 4M5PA 5CKSA 4YWIA 5DY3A 4IXXA 1O5XA 3KFTA 3HPZA 1RQHA 5I3KA 3TH6A 3JS3A 5FEWA 3TSDA 3L67A 1VCGA 3LXAA 2YYTA 4JTHA 1ZAIA 2E09A 4O4VA 3HOJA 3EWWA 4CQ8A 4XBKA 3ZFHA 3TJXA 4WY0A 2TPSA 3LRLA 4QQ3A 1I4NA 2FTPA 2E5BA 1EPXA 4ORMA 4RCXA 2J9XA 3NGJA 3C3NA 4POCA 4UFHA 1JCJA 4UTTA 5D03A 1K7FA 3HPSA 2D73A 1EIXA 1OJXA 4ADSA 2BXVA 4N9BA 3HG4A 2XN2A 2V5LA 3IIZA 2Q3OA 2QAPA 1WV2A 4YL2A 4OV4A 4RLIA 2Y88A 3AJXA 3O16A 5CZTA 2CLHA 4UFIA 1AW5A 1QO2A 1KM3A 1IXNA 2HTMA 1F74A 3O07A 2JGYA 1OX4B 3S42A 5DN1A 1I2PA 1YXYA 1MEWA 3GVGA 3QYQA 4UCGA 2WO5A 4E38A 2BSLA 4DQWA 3DFPA 2DZSA 5LHFA 1FCUA 2CWNA 1SW0A 1YPFA 2NV2A 1LRQA 4GC4A 2VEIA 4LRSA 5FEZA 3DKLA 3W7HA 2FPTA 1GT8A 4QNEA 4QNWA 4N4QA 3ZWTA 4WXZA 1OYAA 1TPFA 1TV8A 3H54A 1SSGA 1X7FA 2H8XA 5C6MA 1VYRA 2QCFA 3HG2A 3KRZA 1Q3NA 1H7XA 3UWYA 1Y0EA 5LNUA 3GIYA 2YR1A 2CFFA 3QQ0A 1SSDA 1I2RA 3W1UA 5FF3A 4O54A 4BFAA 3NA8A 5HULA 1CW2A 1OX5A 4MJMA 1HTIA 4Y96A 2LLEA 1K7XA 2YCEA 4ICNA 4O1AA 1H63A 2ZDRA 1VS1A 4MY9A 3W88A 3CM4A 1XDLA 1R47A 2R8WA 3S8HA 2ABBA 1OABA 1IXPA 3LX9A 3SW6A 5L6UA 3USBA 1IIGA 3QZEA 4IPJA 3W74A 3LCIA 2JBMA 3FIGA 3TFXA 3W76A 4UTLA 4NJJA 3EWXA 5FESA 4N2YA 1YLVA 3ZWSA 2QCLA 1XKYA 3UNDA 4ZMGA 4BI7A 4RZ5A 4YMZA 3UYCA 4ADTA 4TO8A 3OBKA 4B5NA 1SW3A 2A6LA 3R8RA 1FWWA 3W2LA 3L5AA 3Q2DA 3QH2A 2VEPA 1UUOA 2W79A 2QCMA 1FUYA 2BLEA 1ZENA 4LWWA 2Y89A 3FYOA 4E2BA 2WNQA 1GEQA 4LNYA 4MIMA 4XZ9A 3G1DA 3I7SA 4JR5A 4TMBA 3T40A 1OFPA 4NJHA 5SWUA 2JKAA 4PCFA 3UZJA 2QF7A 3VFLA 3LB0A 1VLIA 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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