1F07A

Structure of coenzyme f420 dependent tetrahydromethanopterin reductase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
MKFGIEFVPNEPIEKIVKLVKLAEDVGFEYAWITDHYNNKNVYETLALIAEGTETIKLGPGVTNPYVRSPAITASAIATLDELSNGRATLGIGPGDKATFDALGIEWVKPVSTIRDAIAMMRTLLAGEKTESGAQLMGVKAVQEKIPIYMGAQGPMMLKTAGEISDGALINASNPKDFEAAVPLIKEGAEAAGKSIADIDVAAYTCCSIDEDAAAAANAAKIVVAFIAAGSPPPVFERHGLPADTGKKFGELLGKGDFGGAIGAVDDALMEAFSVVGTPDEFIPKIEALGEMGVTQYVAGSPIGPDKEKSIKLLGEVIASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
publication title Structure of coenzyme F(420) dependent methylenetetrahydromethanopterin reductase from two methanogenic archaea.
pubmed doi rcsb
molecule keywords COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTE
total genus 117
structure length 321
sequence length 321
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.5.98.2: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase.
pdb deposition date 2000-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1f07A00
1TVLA 1BRLA 1RHCA 3B9NA 2B81A 4J2PA 1LUCA 1M41A 4US5D 3RAOA 3B9OA 3B4YA 1F07A 5AECA 1YW1A 3SDOA 1XKJA 3FGCB 5LXEA 2I7GA 1BRLB 3C8NA 1NFPA 1EZWA 4UWMA 5DQPA 4US5A 1FVPA 1NQKA 1LUCB 3FGCA 1Z69A 1BSLA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3B03A 3GG1A 1TA3A 3F4WA 6TAAA 3OJGA 2ZBTA 1FA2A 3IK2A 1Z44A 5HMDA 1XLGA 4PN2A 2ZZ4A 3WNLA 1QXLA 3VDCA 2YBVA 1JCMP 4UQBA 1Q6OA 4RNHA 3HQNA 1PYMA 5CQ1A 2G50A 3C86A 3U2OA 3HG3A 3RX2A 3LRKA 1S5MA 4GXWA 2I5GA 1PX4A 3UJFA 1OFEA 3UBPC 3WLNA 4HPHA 1YQ2A 1GQIA 3L4ZA 3VGEA 3W7HA 1GVQA 5C2XA 1IE7C 1SJBA 1PB0A 1H7NA 4YVPA 1ZB5A 4PTDA 1WZKA 1ZRQA 3WNPA 2YA2A 4JX5A 1CXEA 4PTXA 4B92A 3G5EA 3TA6A 1DWFM 2F8QA 2GJPA 1T6MA 1A3WA 4M82A 2P10A 2DIEA 1RH9A 1XR2A 3USZA 2QHAA 3TN6A 3W72A 4L64A 4JNYA 4Q4RA 4QCEA 3E6EA 4BI6A 4RCXA 3EMCA 1U1HA 3TNOA 3UWUA 4H7ZA 4C91A 3U0HA 2DIKA 4YNGA 1L6WA 4DWDA 1K03A 3TCEA 5KSWA 1ZNNA 4LCRA 2RDUA 3KOFA 3V5FA 3KRBA 1J0KA 3NA8A 4E8DA 4PUKA 2VFGA 2OMAA 4J2MA 1ZCCA 1SQ7A 4KQNA 4S3KA 3PZQA 3W87A 4X61A 5ABHA 2J79A 3HQ1A 2D1ZA 2PDCA 4EWJA 3KHDA 1SO5A 3AISA 3S0CA 3RYSA 3EZ4A 2BASA 4E6MA 4XZ9A 1VHCA 2ZZ5A 4N02A 3MT1A 5MF5A 1WDDA 1O12A 3L5AA 4KFOA 2PBOA 1C91A 3OG3A 1T8XA 4EVZA 3DN5A 3THQA 4IOTA 4PGLA 5M3WA 2G3IA 2NSOA 1KM3A 4QG9A 2WCGA 4HNVA 4MDPA 3W7RA 4C6QA 3L5MA 3DG7A 4IJRA 3M0LA 1TSIA 3A5VA 4FNUA 3DH7A 3HO8A 2OODA 3CT7A 1M7OA 2BX7A 1KB3A 3G8EA 3IK4A 3UERA 2BOEX 1CXKA 2WZMA 1H60A 1WOAA 3VXGA 3DFSA 3LOTA 2C71A 4FXSA 4BEQA 3ATZA 5KZMA 3IRSA 1B0IA 3FYPA 4TU1A 1POKA 2OWXA 1F2JA 2Y2WA 1EC9A 3HN3A 3T78A 1GTEA 2WM0A 3MSDA 4LNYA 1VFFA 1TKKA 1P0KA 5JIPA 4HA3A 1SJDA 3OPSA 2HE8A 3DC0A 4LYPA 3CUHA 1UIOA 3HIJA 1ZS2A 1AZ2A 3LZ3A 3RLGA 1H7XA 1GZ1A 3PUGA 3RMJA 3ZIZA 4AG0A 4EOUA 1NVMA 3ITLA 3VNZA 4NJJA 3C52A 3FDKA 2W92A 4MMWA 5FESA 4K8HA 1A5KC 4IJBA 2ODOA 3WDHA 3VNDA 1J9YA 3TU9A 4O16A 1E4NA 3G1SA 4LF2A 3KOZA 1Y5VA 4GI6A 2AKMA 5LYRA 1X98A 2W4XA 3V18A 1UW9A 1TVNA 4EK7A 1XYAA 3EOLA 3SUWA 3QC3A 3CU2A 4JDBA 3HFYA 1GOKA 1T0OA 3V16A 4X2PA 1IZCA 3S6TA 3PUDA 2IKHA 3W7QA 3O6AA 7XIMA 1J18A 3MO4A 4PMUA 3AHXA 5A6BD 1VCVA 1W5PA 2Y8KA 3H2OA 3FYYA 1LT8A 3TAOA 1E1CA 3S1WA 3MUZ1 4JX6A 4CVUA 1EIBA 3QN3A 5BYWA 1GW1A 2HXTA 4F4RA 1AW5A 2FTWA 2OQHA 1UR4A 5LNSA 3H23A 4WY0A 3LBMA 4TMCA 5E5CA 2OPJA 3E2QA 1FRBA 2DPEA 1IR2A 4IGSA 5DMYA 1XRSA 3TSDA 1BSIA 1L6GA 1PHQA 3ZM8A 1LCOA 4DJDD 4UFIA 2OKTA 4KWSA 2VRKA 4O15A 3N12A 5KEZA 4IICA 2ZZ7A 3B05A 3WF3A 3GDLA 1MDLA 2NLYA 3IRDA 1M04A 2PS2A 4ICNA 3KTCA 4I90A 1NF7A 1QATA 5CPLA 2ZUMA 3U4AA 4FALA 2NXHA 5AECA 1HL8A 3B06A 4DZ5A 4CCEA 3DBNA 1MUWA 3R79A 3G0XA 1CXLA 4DWSC 3PNZA 2EO7A 3ZSSA 4O4WA 5DELA 3T0CA 4GC3A 4AX7A 5CGQA 4PRTA 1HW6A 1Q6LA 1V6TA 1UWAA 1VJSA 2GZXA 3UXLA 3L0NA 1P6WA 1ITQA 4ACZA 3ABSA 1VLIA 7A3HA 1JXJA 3VO0A 2XVKA 2PC4A 4JTFA 2UZ9A 4JEQA 5LNVA 3NQFA 5H8MA 2UY3A 4AC1X 3CO4A 5AHEA 5CBIA 1K9TA 2TMDA 3IAQA 4D6IA 4MKSA 2BMBA 3BQ5A 1I8JA 1J0IA 1O5RA 3W81A 3EOOA 1UJQA 2JF7A 3Q37A 4A8NA 5CC6A 3NPXA 4CQ9A 1WDPA 3VKJA 1K9EA 4G56A 3R6IA 4QJ4B 3L4XA 3VC6A 3P93A 1NDZA 2ANUA 1X8CA 3VFCA 2UV8G 4JTRA 4L9YA 2F7FA 7ENLA 3H4WA 3EWZA 4X9SA 3TLLA 1YKWA 1LT7A 4L65A 2WHKA 1B4EA 1REQA 1A4MA 1AW2A 3UY7A 1S3TC 3E0WA 3K4AA 4GXPA 1AQ0A 5A6KA 4IFOA 1E6XM 2QIIA 3M0ZA 3IPWA 1DJZA 2W62A 4B5WA 2W6RA 4IWWA 4B5TA 5KZEA 2DU2A 3MUXA 1F61A 4UNLA 3VZYA 2X7VA 1CGWA 2G97A 3BV4A 5AYZA 1GK8A 3E49A 3R12A 2J24A 4GIAA 2YR1A 3VNYA 2W63A 4IGMA 1ICQA 3CGTA 1OM0A 2WNNA 3U2EA 4H9ZA 3IVTA 4NZCA 1J0HA 4M7TA 1W31A 3N17A 5LKYA 3VUPA 1P6BA 5IRPA 3VOHA 3FJ6A 1PKNA 2IPGA 1UROA 3ZOAA 4XWUA 3FJLA 4HMEA 1MXGA 2ZUVA 3TSBA 4PCTA 1X38A 3AZRA 3W53A 4E4UA 4JTKA 4LVFA 5DMMA 2CLOA 2MNRA 4GH1A 3ANUA 3VKDA 3QYQA 1F7BA 5A6LA 1H5YA 2DVUA 1QT1A 2I56A 4NJKA 3N3TA 1NWSA 1Q8AA 3DGBA 1JRCA 3ZJ7A 3IANA 1J8VA 4JHMA 1F6PA 2XGIA 5LIYX 1JGMA 3F5JA 4P7NA 2OX4A 4WKFA 2WSKA 4OECA 3LA4A 3QR3A 1XC6A 5ABGA 3WYZA 3PVFA 2WPBA 4IG2A 2O92A 4V15A 4I3GA 2V68A 1FX6A 5F4XA 5DO8A 1EWEA 2W61A 3CHFA 5K7JA 3VAVA 4HNNA 3SGZA 2X30A 3B0YA 1WZMA 3LMYA 1R38A 1ZAIA 3T07A 3S5ZA 2I17A 1W32A 1W2PA 1RD6A 1CZ1A 2IQDA 4LUJA 5D8WA 1NY1A 3T08A 4GHRA 2PURA 4QS6A 4M56A 4QISA 1MSSA 2ZX5A 2WQPA 5HA7A 4RR4A 2RDTA 1DQUA 3BW4A 1NSJA 3BLDA 4BKNA 3O05A 4FS9A 3DU0A 3C2VA 3N14A 3XIMA 4B4FA 4JTSA 3WEOA 5I77A 2EPOA 5BXSA 5U7SA 3CTTA 1C8VA 4PTNA 3W75A 1QI0A 4PC8A 3S46A 1LYXA 3MV11 1DTUA 4QFUA 1O4UA 4RK8A 4RW3A 3TYAA 3U5UA 1E3XA 2XINA 4ATWA 4S3CA 3KBWA 3R43A 3PAJA 2QR6A 1T99A 3QR1A 4DO5A 2ZRWA 1Q13A 4HHPA 2DT1A 2PGRA 1Q7MA 3NJ3A 3CH0A 2QPUA 3BPWA 1WOBA 3URBA 3VMOA 1FWBC 4H04A 3AIVA 3WQGA 2XH0A 3VNLA 1HG3A 5EU9A 7REQB 3GXDA 4AEFA 2H6RA 4PMYA 3IV8A 2CZEA 1MUCA 3N73A 4YTTA 1TRIA 1XD0A 3M6YA 4GVHA 2QUNA 3IJDA 2NT1A 5CXPA 1MO0A 3GLCA 1R3YA 2FMOA 2ACUA 3W7PA 1IWPA 3AAMA 4L6DA 4MAVA 3UXIA 1WBJA 4RV3A 1X96A 2VFDA 4DBUA 4YLWA 4JFVA 3BO9A 2NSXA 1D2KA 1F3WA 3TJLA 2A1YA 1LZOA 3APTA 1WE5A 1WB0A 3WLSA 5CG0A 5DX7A 1JF6A 4RXFA 2XTKA 3QBUA 3QGKC 4KEUA 5C0QA 1TUFA 3GH7A 4Q4MA 1DJHA 3LS9A 4B3LA 3FVDA 3WMCA 1VCFA 3T40A 1JDDA 4FIRA 1XIFA 2NUYA 1X97A 1J12A 1TE6A 2FTPA 1PZ2A 3R8HA 2VHLA 1OWQA 2ONEA 4OV4A 5I03A 4X63A 1M5WA 3N9SA 4POCA 3WBWA 2J9ZA 3IJ8A 1R3QA 3HF3A 1WDQA 3CL7A 1VEPA 3INPA 4HVXA 4Z1AA 4KFNA 3DIPA 3R0KA 4AXNA 4NKCA 4D71A 4KERA 3PF3A 1DQXA 1W1TA 2GWGA 3ID7A 2PB1A 1H62A 2W9MA 4Z1DA 4O1CA 1XIEA 1X1ZA 1KM0A 2AQVA 2IXVA 3OBEA 4AD2A 3G1AA 1WAWA 2YCLB 1WKFA 4WDUA 1V79A 3T2OA 1GT8A 5HMFA 3B9DA 3WENA 2GUUA 5LA1A 1I75A 5FOOA 2R94A 3ALFA 3ES7A 2QF8A 4XZNX 3QZ6A 3WBXA 1A5LC 3BG3A 5HDRA 3HURA 1YDOA 1BTCA 1P6CA 1IWBA 4GIRA 3LV5A 3NQEA 3SCSA 2D0FA 4FNPA 3LXBA 4UR9A 2VELA 3E38A 1LBMA 2Y5EA 1HKKA 1JIBA 2OGYA 4GKLA 1HL9A 1TV4A 4GQRA 3VGBA 1Z8AA 3N4FA 4PCPA 3WLJA 3R4IA 4JN6A 4Y8EA 5TQLA 4MDOA 4ZOAA 2BGSA 1V0KA 2PDBA 3PJWA 1XINA 1YHTA 4HSNA 1E56A 3P0WA 3CZJA 3TYZA 2GL5A 4K7YA 1X7FA 1RA5A 2VVSA 3MZ2A 2FH8A 4QE5A 4FNQA 1MVYA 3SCTA 2E7FA 2XFRA 4O8RA 5FJUA 1J0ZA 1SFTA 3R8RA 3W82A 2ZXDA 1H2JA 2PDXA 3F4NA 2GUBA 3QSRA 3WQWA 1FCBA 1PS9A 3QMSA 2C3ZA 2Z24A 1HJSA 1IGWA 4GYPA 1G4SA 1IHIA 3TTYA 5AC6A 4Z42C 1AMKA 5A2CA 1WXJA 4HMNA 3L66A 4ZTYA 4IIEA 3KWXA 1W3IA 3ARXA 3VIGA 3TR9A 5T8GA 3EOSA 3QOMA 4QJ5B 3MYPA 3P5YA 2X0SA 2W66A 3R1ZA 1X6NA 2DP3A 1Q6DA 2PC8A 2Y7DA 3K8KA 4PTVA 3NEVA 2V38A 2PDWA 1DIKA 3C61A 4GX9A 3MS8A 1UH2A 3CMGA 5LNWA 3W25A 3BCFA 3GNPA 5KZDA 4DNHA 3KS6A 3GUGA 1RPKA 4OFCA 3ZVHA 1GCYA 3SJNA 4LW7A 2XM2A 4WOQA 3T6CA 1YPIA 4DUVA 1G6CA 3AWNA 3MC5A 3EBVA 4YL2A 3MKKA 3WFLA 1YNQA 1UPMB 4H7CA 1S38A 3WF0A 3VE7A 2HPIA 2BG5A 1PDYA 1P0DA 1XLHA 3VK5A 3IJIA 3VIJA 4PRRA 1WDWA 3O06A 1MFVA 4Q8OA 3NO1A 2ZTJA 4HIBA 5G4EA 5CGTA 4DM1A 3KTSA 5CEWA 3S5NA 3WNOA 2EHHA 3PK7A 1UJPA 1RA0A 3RILA 5DCDA 1RD5A 4NZJA 3JRKA 4QE1A 4HNOA 2DT2A 3TNBA 1GOIA 1TTIA 5BXTA 2VX7A 1V77A 3CQIA 1OZMA 3OGSA 3MP3A 3PBUA 3GDBA 1H11A 3A4AA 5G2HA 2RAGA 4LV9A 4GIEA 1A49A 5E9AA 4NZ5A 1W3HA 2E8ZA 4KESA 4C1NB 4IP4A 2A7RA 5DXXA 2PTXA 3JR2A 4K1WA 4DAFA 3WQCA 2GK1B 1X8FA 4I7VA 1RR2A 3WD1A 4FX6M 2YB4A 5DN1A 2KZHA 4H19A 4NRSA 3QF0A 2J88A 2QJHA 5HPOA 2KX9A 1XSIA 2HJPA 4E38A 1ADOA 3TN3A 1QNSA 1JCYA 5K4ZA 3FS2A 2B0MA 2XVPA 3IVUA 4CNOA 2J4GA 2XIOA 4M1BA 2VDHA 2CCRA 3KS5A 4DN1A 3OZYA 2QUTA 4NASA 4PCNA 3WLKX 5A8PA 3Q4DA 3UXKA 2VJXA 3VCCA 4O11A 3W1RA 1ZJHA 1LL4A 3THCA 1U1UA 4QE4A 1V3KA 3BL3A 3BQ6A 1F3TA 2ICSA 4B2DD 2VR4A 2W0UA 3N34A 4UZSA 1LOLA 4QDWA 3NYZA 5A69A 3MKVA 2V5LA 3LBOA 1GVRA 3RG6A 2PU1A 4W5ZA 4KETA 1THFD 4QS5A 3O6YX 2YOCA 4ZB2A 5CBBA 1E15A 3N11A 3EB2A 5CPOA 2HQAA 3E9AA 4MJZA 1TTQA 1ZLPA 2D2GA 3PZGA 4FZIA 3BWWA 2ZC1A 4K36A 3RCNA 3I6TA 3ARWA 4GVFA 3NSMA 1CECA 1AH0A 1O68A 2HPMA 4GZEA 4LVGA 3UWVA 1WBHA 3B0UX 4IGNA 1GJPA 3PG8A 2E9BA 3CZ8A 4EWND 4BF9A 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