1F07A

Structure of coenzyme f420 dependent tetrahydromethanopterin reductase from methanobacterium thermoautotrophicum
Total Genus 117
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
117
sequence length
321
structure length
321
Chain Sequence
MKFGIEFVPNEPIEKIVKLVKLAEDVGFEYAWITDHYNNKNVYETLALIAEGTETIKLGPGVTNPYVRSPAITASAIATLDELSNGRATLGIGPGDKATFDALGIEWVKPVSTIRDAIAMMRTLLAGEKTESGAQLMGVKAVQEKIPIYMGAQGPMMLKTAGEISDGALINASNPKDFEAAVPLIKEGAEAAGKSIADIDVAAYTCCSIDEDAAAAANAAKIVVAFIAAGSPPPVFERHGLPADTGKKFGELLGKGDFGGAIGAVDDALMEAFSVVGTPDEFIPKIEALGEMGVTQYVAGSPIGPDKEKSIKLLGEVIASF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Oxidoreductase
molecule keywords COENZYME F420-DEPENDENT N5,N10-METHYLENETETRAHYDROMETHANOPTE
publication title Structure of coenzyme F(420) dependent methylenetetrahydromethanopterin reductase from two methanogenic archaea.
pubmed doi rcsb
total genus 117
structure length 321
sequence length 321
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 1.5.98.2: 5,10-methylenetetrahydromethanopterin reductase.
pdb deposition date 2000-05-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00296 Bac_luciferase Luciferase-like monooxygenase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.30 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Luciferase-like domain 1f07A00
1RHCA 4US5A 5LXEA 1NQKA 3B9OA 3B4YA 2I7GA 1YW1A 3C8NA 1FVPA 1Z69A 5AECA 1BSLA 1XKJA 1BRLB 4J2PA 1BRLA 1NFPA 5DQPA 3SDOA 1TVLA 3B9NA 1M41A 1F07A 3RAOA 2B81A 4US5D 4UWMA 3FGCB 3FGCA 1EZWA 1LUCB 1LUCA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3SJ3A 5I5RA 1CLVA 4Q8WA 3W1LA 1VFLA 2YCLB 3NPVA 2TRSA 4L5ZA 3GK0A 1FWBC 1YDVA 1HW6A 3B8TA 3KRZA 1D3GA 5BW6A 4OE7A 1ML1A 1E1EA 3M47A 4ZQOA 4MNKA 3SR7A 4JFSA 3EEZA 1GHSA 4NAEA 5FF7A 4D8ZA 4F3HA 3MO4A 3W7DA 2A3EA 3BG9A 2VZVA 2ACUA 1FWJC 3Q45A 4XAFA 5AYZA 1IYXA 3V0UA 1C3FA 2IS7A 1ICSA 3F4WA 4DBWA 2NUYA 1WNOA 1FWIC 5AYIA 2WMHA 3FLUA 1GOIA 3VZXA 4LUTB 3II1A 4PMYA 4MUPA 3A64A 1ONEA 1VYSX 3WDJA 4QQ3A 1XP3A 1KFKA 3GHTA 2PTYA 3BAKA 2VCCA 1LWIA 1Q7QA 3CB8A 3C86A 3EX4A 3PG8A 3BH4A 1E1CB 3TCEA 3UYCA 3VGBA 3PZIA 4KCWA 1VPXA 2E09A 2AAAA 4X9YA 4BQ3A 2FKPA 2DFAA 4MDOA 3WMCA 1BXCA 3VD7A 2EPKX 2QPXA 2VUNA 3WD1A 3H21A 4FK9A 2D22A 1IEWA 2Z0IA 1TSIA 4HTBA 2QF7A 2XIIA 3VE9A 2GK1B 1OHLA 3KBVA 1DYSA 1OFDA 1HQTA 3WN6A 3BL3A 4AMAA 3N9SA 2VTFA 2XN1A 3WH6A 1DXEA 1UC4A 4CU8A 1V93A 1E6PA 3EDDA 3QR1A 1W3NA 1EOKA 4TVUA 2OODA 3GKAA 3U2OA 1UR2A 4ZB5A 1VS1A 3VDGA 3A4WA 3WLQA 1TRDA 1EC8A 1QW7A 1B4EA 1KA9F 3NXLA 4Y6GA 4C6PA 3OVGA 4J40A 3SQSA 4B4FA 2ZXDA 3MP5A 4GH1A 1LL7A 1RY0A 4K38A 4H9TA 3QKEA 2JK2A 3L12A 1UUOA 1GUVA 4GYPA 4IMAA 3FXGA 2OZTA 4HMDA 3O15A 2QMKA 5I3GA 4EXBA 1GYLA 1EEPA 3N29A 3MI6A 2HVMA 3ZLFA 4HK5A 7ODCA 4BK9A 1Q8AA 3T42A 3DFNA 2DIKA 3MUZ1 5AECA 3IK2A 3FA4A 3UG5A 4S3EA 3JU2A 3MHGA 1Q66A 1A5CA 3GXMA 1YDNA 4Q8TA 2YPIA 1XISA 4S3GA 5HBFA 2QUVA 2I57A 1I2RA 1EO5A 3R58A 3TN3A 3NJ3A 3M7WA 3ZOAA 4H6QA 4E8CA 2WQDA 4HSOA 2E25A 3ABXA 3C8FA 3E0WA 3TTYA 4W8LA 3WUEA 4MLRA 1XM3A 3LG3A 4D6HA 3VD3A 2E5BA 1QNOA 1KWKA 1QOXA 1DJGA 1JAKA 4BHYA 2HVNA 3N9KA 3WK1A 3QZAA 5CPQA 3GDTA 2HDJA 1GOWA 2EAWA 2X0YA 4L64A 4GWEA 3RGTA 1AQMA 4FA3A 3ME3A 1FP9A 4UNKA 4I3GA 4X0VA 2ISSA 2EBNA 3WLIA 5CZ0A 3RXZA 5FOOA 1LUCB 3QV6A 1XRFA 2OG9A 3UBPC 3HG3A 2HNEA 3V1PA 4O0QA 3DFSA 4WSHA 4IGSA 2HXUA 1JYXA 5BU9A 1WXYA 5J04A 2YGYA 4CD4A 2Z27A 1EUAA 1KFWA 4RUBA 3WLKX 5AHNA 4HQVA 4CU7A 5AFDA 4PUNA 3MSYA 3MANA 4MKVA 2V3DA 3L4XA 4J28A 3M6YA 3ZR4A 1FDZA 4H7ZA 2PWDA 4HBKA 1PWLA 2C15A 3DFHA 3L7RA 1W6TA 2G95A 4DZ5A 4J2PA 5JUVA 2YKKA 4BI5A 5D38A 5DANA 2ZADA 4HGXA 4GZ7A 3BARA 2GDVA 1WDDA 2TODA 3EB3A 3OP2A 1K8YA 1W8GA 4IIDA 4UTUA 2Z1VA 4QX4A 2DT3A 7CGTA 2ZUTA 4FLSA 3MDUA 4DJFD 2E5CA 3NQEA 4I6KA 2DV0A 1XRVA 5E09A 3TAOA 2YBVA 2A6LA 4HHHA 4X0NA 1YLVA 1TTQA 1Z7AA 2QCNA 2Y5SA 3UWQA 4A8RA 2X1TA 3SSZA 5K3VA 4OECA 1F3TA 1CCWB 1S5TA 2WSRA 1UOKA 3E2SA 3KCLA 2PFHA 2VJXA 5ABFB 3AS2A 4HTYA 3ZVHA 4GCAA 2QLYA 3TXVA 5DF0A 1BTCA 3AMLA 3N34A 1ADOA 1RVKA 4QFUA 4WOZA 2HV5A 3WF1A 3NEVA 1OJXA 3NM3A 3OO2A 3C8NA 1FHLA 2X41A 1SPQA 1S2TA 3W53A 3U5UA 3U8GA 4RZ6A 3AMDA 4GGHA 2RDWA 1CLKA 4C6LA 3WH7A 5FF4A 1XYZA 4K7YA 3AAMA 5PTDA 4GVHA 7REQB 3MBDA 1R85A 1CGXA 3GIYA 3TXZA 1ZUAX 3ICJA 4Q8UA 1R46A 3FA5A 3MUIA 3BXWA 3KVLA 4MKSA 1R3YA 3ZYZA 2PURA 3A23A 4Z08A 3NL3A 4TQTA 2YDAA 2GWGA 3FDKA 3SECA 2DJLA 2GZXA 2PDMA 4FAMA 4ZQRA 2PDGA 4FOKA 3IV3A 3NWRA 2UBPC 2DSUA 1A5MC 4F8XA 3A3XA 4C6OA 2NSOA 1XD0A 2W5FA 4DEFA 2EKGA 4EACA 3GLCA 1LBMA 3U2ZA 3K4AA 1C8YA 5HPOA 4UR8A 4IQLA 5TD4A 2BY3A 1VEPA 5D2TA 2QJIA 2W61A 3N73A 4AC1X 3E74A 5CG7A 4HJWA 2NQ9A 3RHGA 1V8EA 2CBVA 1S3HA 4IP7A 1F4AA 4E4PA 1UROA 5BZAA 1KGUA 2VCAA 1AK5A 3QMRA 1C9WA 4PYSA 4EIVA 1E0VA 4B9YA 1PS9A 1W9UA 1PKYA 2YX0A 1UASA 3BDKA 3UXAA 2QIWA 3NVDA 1ONWA 4CQBA 1J0JA 4KEMA 4J3WA 3QF0A 1V3JA 3SCSA 3HURA 4FF5A 3WQ8A 3DG6A 3ECQA 4ICNA 2ZUMA 5B7ZA 2OZ8A 1Z48A 3L2MA 3GXIA 2E40A 4D6FA 3BQ5A 3G1XA 4NL1A 1OY0A 4LNYA 5CC6A 1E9ZB 3MHFA 4D6GA 3GFYA 2J7CA 3LXAA 1IEQA 3WEZA 5K9CA 4KEUA 3KDOA 3EA2A 4Q4MA 1RA5A 4C5YA 4GBUA 2PWEA 3EOLA 1P6BA 1A4MA 5C0QA 5CAKA 4KBXA 4MFDA 3VMPA 3LRLA 3EWZA 4PBEA 5DT5A 4AYGA 3WNPA 4Y96A 2PDYA 1B3WA 1OF6A 1Q6GA 1W5PA 2WPGA 4IX2A 3M07A 3ZO9A 1KQZA 1SMDA 4DWSB 2V5BA 2RHGA 4N7QA 5HWNA 1G0CA 5I07A 1P48A 1J5TA 1K7FA 3BW2A 3M7SA 3UT0A 3KOZA 2WCSA 3N3TA 1VBUA 3WF4A 3Q94A 3GHUA 5HMDA 3STEA 5A2CA 4JQ3A 4LAOA 3KWXA 3DGBA 1KW1A 2KAUC 3H55A 2FH6A 1VGAA 5I3DA 1T7LA 3CU2A 4NXSA 3CV6A 4BFAA 1L2QA 2ABAA 1A5BA 4MY9A 1JI1A 2V0TA 1F4HA 2D0HA 4XD4A 5BROA 1X8FA 1BQCA 3VIGA 1I45A 3H7UA 1A4LA 1FRBA 1UR0A 2FGBA 4GINA 2G97A 5FEZA 1ZP3A 4AVFA 1BKSA 3QZ6A 1JDAA 2WKLA 3USZA 4O11A 1KR1A 4QJ1A 3ANUA 1TV3A 5A3HA 1WOAA 3E1F1 4KCVA 4B5TA 4NHVA 3EWBX 2ZXBA 2XFYA 2V2DA 6TAAA 1I60A 1HO1A 4BCEA 3VOGA 4QR6A 2XZ9A 5J8LA 4I6VA 5A69A 3MT1A 2FZDA 2E7FA 4W7WA 1EZ2A 3QHMA 3LXCA 3O0FA 2QGHA 2VURA 3ZSSA 3G22A 3EA3A 4DUXA 3W7LA 2A4AA 3AWNA 1PE1A 1ZJBA 2VENA 4C90A 3C3NA 5D9MA 4JS3A 4LEFA 4JTFA 2CC0A 4GIEA 1V6YA 1W1PA 2QR6A 2W67A 3P62A 3D47A 3KDNA 1BGGA 3A47A 3N2XA 3PFMA 3RR1A 3LK6A 4R9XA 4LVFA 2Q02A 1DQUA 1LF1A 4QQUA 1EFZA 1ZL1A 4KS0A 5BMWA 5BWAA 3PWAA 2E6FA 3W7OA 4AZCA 2WJFA 2XIBA 1BG4A 2J25A 2VD8A 2DU2A 2F8QA 1JPKA 4A2SA 3U0HA 3FW6A 1XQLA 4J3VA 1RQHA 1XSJA 2J8GA 2ZDRA 2FVMA 3T2OA 1OG0A 5HQLA 4AW7A 2UV8G 3BZJA 3B9OA 3VNIA 3KL3A 1YW1A 3W7HA 4HVXA 4U31A 2X05A 3TH6A 4KW2A 1U2YA 3STFA 4LUSB 4O16A 4UNLA 4RDWA 1NDZA 4FX8A 2B7OA 2V5DA 3LMYA 3PZNA 4QDMA 3F1QA 2VCBA 2YB1A 2A7PA 1VC4A 3CPGA 4QE1A 2FZ9A 3NVTA 1FVPA 5A6LA 1VBJA 4GYJA 4XUGA 3P61A 1F7BA 3ARSA 2JEQA 1S2UA 1XBYA 2OEJA 4HMEA 2O92A 2ZBTA 2VFIA 1TWDA 3HA1A 3O6CA 1PCWA 3WLJA 4H01A 3QM3A 4M29A 3PUEA 4DNMA 2QUTA 1PKNA 2PEVA 1SM9A 3T9PA 4AEEA 3DU0A 1Q5MA 2V5KA 4AZBA 4X9SA 5D4YA 2DZTA 1KFLA 4MY1A 1M7XA 1S38A 3AMKA 4UTHA 2HK1A 1M5WA 2NQHA 3C0QA 1NQKA 2X2YA 1QCWA 1OC5A 5IDIA 4F2BA 1JUBA 4PCFA 2C16A 4M3PA 3SUTA 5LHFA 1BF2A 1OQFA 1FH8A 3A3WA 3PBGA 2SFPA 8XIMA 2VO5A 4WLCA 5K4ZA 1H7NA 4YL2A 4EF9A 3EX1A 4DPQA 3QFEA 2TAAA 4AEOA 2G3IA 5FESA 3BOFA 4ZR8A 3EXSA 5CAHA 2VOMA 1E4MM 1Z42A 3B03A 5AHFA 5CSSA 1N2VA 4FXRA 2YYTA 2PWVA 1Z9AA 4HK6A 1L8NA 5HMEA 4NJKA 2BDQA 2I16A 4F0LA 2G0WA 1S5NA 3VAVA 1S39A 1UKTA 1DE5A 4KT2A 3THQA 3L5LA 2W3ZA 3AFBA 1W5MA 3G18A 4TVDA 3IV8A 3TYAA 1D7FA 2EKCA 2TMDA 3LPFA 2DP3A 1PX3A 4FI4A 4AVNA 3VNLA 2E1DA 1W9VA 1PHQA 4GISA 3THDA 3VKAA 4KWSA 4AHQA 1H7PA 1B57A 2G3MA 3IJDA 3GWQA 4NIRA 1UWSA 1KNWA 1KBIA 3QY6A 4JTEA 3FFSA 4OU1A 1J79A 3QXBA 3URAA 2AQWA 4LAZA 2PS2A 1B1YA 1LTDA 2WWCA 3L4TA 3OVRA 1PYFA 4E38A 3CZEA 1WQ5A 4WF7A 5F2IA 2NWRA 5EGRA 3UPWA 3S2LA 4KEZA 3W1PA 4AUBA 2CW6A 3IJ8A 4S3AA 2ZVIA 3K4WA 1IT8A 3T0CA 3EKLA 1XFBA 3AJ7A 2BVTA 3URBA 5A8GA 3W01A 4IG2B 1VLWA 2P8CA 2DQWA 1SSGA 4DJEA 4QGCA 4QITA 1OX4B 3W85A 4MF4A 4CCZA 3TMQA 2ASHA 1GORA 4A3QA 4UTLA 4QEHA 1L9WA 4YU1A 4AHOA 4MMWA 1PTAA 5DRCA 1UQZA 3MKVA 3WNKA 5FL0A 4INFA 1B54A 3DUGA 2NQ5A 3TLQA 2GFTA 4WZHA 3W82A 1U30A 2DSZA 1YXYA 1FTXA 2W79A 1F6PA 3N12A 4MZYA 1CEOA 3CV1A 4IPLA 4PSRA 3S2JA 3LU2A 1NF0A 1JVNA 1ZZMA 3E38A 4IWWA 3NPWA 1SW0A 1H49A 3ARPA 4A35A 1T41A 2HS8A 2WNNA 1TV8A 3AHVA 1POKA 2YL8A 5FEXA 1TE6A 3AXMA 3FGCB 4WY0A 1B3YA 2JF7A 2I17A 2Y63A 1CXIA 4KMQA 1GOOA 1MUMA 1WDPA 3AIEA 2PP0A 3PWIA 1T6MA 1J2BA 4N4PA 2J27A 2DVXA 1BSLA 3FHQA 3K8KA 5D37A 4TXEA 4G1NA 1ZQ5A 1TB3A 2B7QA 4EKJA 3ABRA 4UMCA 4D1JA 3FAXA 4AZ6A 4R53A 5EMUA 1Y5WA 4X61A 2P76A 2VC7A 3CAWA 3SGUA 2CLEA 3F2DA 4JTJA 1E6SM 4NJJA 4GJIA 2QULA 2Y7FA 3GHRA 4QG8A 4C6CA 4JIRA 3FYOA 3QY8A 4P7RA 4AF0B 4JIQA 3GW0A 4O54A 1IHIA 3GXDA 2VZOA 1OVDA 3VK5A 1V77A 1RD5A 1EBHA 4HN8A 1RVGA 1I1XA 3W83A 2JKEA 2PTDA 4EE9A 5I77A 3S9IA 1ZRQA 2ZQ0A 3UD6A 2ZA2A 2ZZ7A 3O63A 1REQA 4DNHA 4JTKA 4GI8A 4D6IA 5KSWA 5GNXA 3N6JA 4UFJA 1B4KA 3QRHA 5C55A 1FDJA 1E4NA 2I1OA 2C18A 3HPZA 3TN4A 2CLPA 3IGXA 4JL1A 1JDEA 2AKZA 1O94A 3W1NA 4TTUA 4ACZB 1EGMA 3N2OA 4O50A 4H7VA 5I79A 5HR6A 4GYFA 2NW0A 3SRKA 5EMKA 1ALDA 3QPEA 4JYEA 1HL2A 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 3KBV A;  1DYS A;  1OFD A;  1HQT A;  3WN6 A;  3BL3 A;  4AMA A;  3N9S A;  2VTF A;  2XN1 A;  3WH6 A;  1DXE A;  1UC4 A;  4CU8 A;  1V93 A;  1E6P A;  3EDD A;  3QR1 A;  1W3N A;  1EOK A;  4TVU A;  2OOD A;  3GKA A;  3U2O A;  1UR2 A;  4ZB5 A;  1VS1 A;  3VDG A;  3A4W A;  3WLQ A;  1TRD A;  1EC8 A;  1QW7 A;  1B4E A;  1KA9 F;  3NXL A;  4Y6G A;  4C6P A;  3OVG A;  4J40 A;  3SQS A;  4B4F A;  2ZXD A;  3MP5 A;  4GH1 A;  1LL7 A;  1RY0 A;  4K38 A;  4H9T A;  3QKE A;  2JK2 A;  3L12 A;  1UUO A;  1GUV A;  4GYP A;  4IMA A;  3FXG A;  2OZT A;  4HMD A;  3O15 A;  2QMK A;  5I3G A;  4EXB A;  1GYL A;  1EEP A;  3N29 A;  3MI6 A;  2HVM A;  3ZLF A;  4HK5 A;  7ODC A;  4BK9 A;  1Q8A A;  3T42 A;  3DFN A;  2DIK A;  3MUZ 1;  5AEC A;  3IK2 A;  3FA4 A;  3UG5 A;  4S3E A;  3JU2 A;  3MHG A;  1Q66 A;  1A5C A;  3GXM A;  1YDN A;  4Q8T A;  2YPI A;  1XIS A;  4S3G A;  5HBF A;  2QUV A;  2I57 A;  1I2R A;  1EO5 A;  3R58 A;  3TN3 A;  3NJ3 A;  3M7W A;  3ZOA A;  4H6Q A;  4E8C A;  2WQD A;  4HSO A;  2E25 A;  3ABX A;  3C8F A;  3E0W A;  3TTY A;  4W8L A; 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