3VIFA

Crystal structure of beta-glucosidase from termite neotermes koshunensis in complex with gluconolactone
Total Genus 200
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
200
sequence length
473
structure length
473
Chain Sequence
DTVYTFPDEFKLGAATASYQIEGAWDENGKGPNIWDTLTHEHPDYVVDGATGDIADDSYHLYKEDVKILKELGAQVYRFSISWARVLPEGHDNIVNQDGIDYYNNLINELLANGIEPMVTMYHWDLPQALQDLGGWPNLVLAKYSENYARVLFKNFGDRVKLWLTFNEPLTFMDGYASEIGMAPSINTPGIGDYLAAHTVIHAHARIYHLYDQEFRAEQGGKVGISLNINWCEPATNSAEDRASCENYQQFNLGLYAHPIFTEEGDYPAVLKDRVSRNSADEGYTDSRLPQFTAEEVEYIRGTHDFLGINFYTALLGKSGVEGYEPSRYRDSGVILTQDAAWPISASSWLKVVPWGFRKELNWIKNEYNNPPVFITENGFSDYGGLNDTGRVHYYTEHLKEMLKAIHEDGVNVIGYTAWSLMDNFEWLRGYSEKFGIYAVDFEDPARPRIPKESAKVLAEIMNTRKIPERFRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title High-resolution structures of Neotermes koshunensis beta-glucosidase mutants provide insights into the catalytic mechanism and the synthesis of glucoconjugates
pubmed doi rcsb
molecule keywords Beta-glucosidase
molecule tags Hydrolase
source organism Neotermes koshunensis
total genus 200
structure length 473
sequence length 473
ec nomenclature ec 3.2.1.21: Beta-glucosidase.
pdb deposition date 2011-10-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00232 Glyco_hydro_1 Glycosyl hydrolase family 1
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 3vifA00
3LPOA 2ZX7A 1XSJA 2YL8A 4E8CA 2WMFA 1WNOA 2QHAA 1J0IA 2ZE0A 4MAZA 1VEOA 4LGXA 1J11A 4AEFA 2ZX6A 1EO5A 1CGTA 4U5KA 5BRPA 3FHQA 4PMVA 4YPJA 1B3XA 4UFIA 3QHOA 4H2CA 1V6YA 2WW5A 2ZX9A 1HKJA 1V0KA 2IXVA 1GVIA 1DHKA 2EQDA 2F8QA 2A3EA 4CU8A 1E72M 4GKLA 3AXXA 2OWXA 3T2PA 2CBVA 1MVYA 2YL5A 1E3ZA 4MNLA 5CLTA 5A2CA 2BY3A 3WH6A 1E15A 1HX0A 1KBKA 3CHDA 2FGLA 1KXVA 2ZXDA 3OIHA 4CCDA 1GPFA 2WLZA 5FKYA 3W82A 1TVPA 3S2CA 1B30A 4D72A 2O9TA 4MDPA 1B9ZA 3AMLA 4CCCA 2VI0A 3NSXA 5HNNA 2WMJA 3W24A 4C7GA 1UR8A 3SCVA 2DT2A 2V3GA 4AZGA 2WB5A 2V5DA 1R7AA 1H4PA 5A8MA 4M1RA 1QI3A 2WC4A 1BQCA 5HOSA 3K8LA 1UR0A 1HJXA 2VT0A 5JIPA 1NH6A 3THCA 4B9ZA 2X05A 2CBIA 4FLSA 3W81A 2J25A 3G6LA 3ZT6A 3WIJA 2PC8A 1HT6A 3N15A 3PZUA 2A3AA 1NM9A 3VDHA 1JZ6A 1B0IA 1KR0A 3SUVA 2NT1A 1LL6A 4JCMA 5C71A 3N04A 3DYOA 1PX3A 1EOMA 3CZ8A 1Q4NX 3W4RA 1UG6A 2CXGA 3RCNA 4KH2A 3W38A 3OG2A 2ZXAA 3BCDA 3A6OA 1NOWA 2NT0A 3T2OA 1UQYA 3PTKA 2DH3A 3BMWA 5F7UA 4Q22A 3WQ5A 5I77A 2AOSA 3BXWA 1E70M 1LWJA 1MYRA 4DUVA 2EPNA 1K6AA 3D5HA 1V3KA 3SCOA 3AHXA 3AS1A 2EPLX 2WVSA 4IUGA 2WANA 1SR0A 1GOQA 2IUZA 3WF3A 3CBWA 4HZ8A 1W1TA 1G1YA 1XSIA 5A8NA 3KEHA 2HISA 4PTVA 1KB3A 2GJPA 3VD5A 1UQZA 2J47A 3WD1A 3CHCA 1JD7A 2CBJA 3VX1A 1KFWA 4PMZA 1QW8A 1UD5A 3VD7A 2OSXA 4TTGA 2D3LA 2BS9A 2J8FA 5LA1A 3AFBA 3CMJA 3NDZA 3ARYA 3MMUA 4UQ9A 1EH9A 4CVWA 3WEOA 4ZENA 1M03A 1W9XA 5I3DA 3SUWA 4XB3A 4D6DA 1EIBA 4H8UA 1VENA 3W25A 3AI0A 2VOTA 1VEPA 1JF6A 4W85A 2CCRA 1GVYA 2BHZA 2BVTA 2ZXBA 1ZJAA 4PTWA 1OBAA 2J7FA 4OJYA 1CLVA 1C3FA 1J18A 7TAAA 3BAJA 2J77A 2J7CA 2JF6A 3SURA 2J7HA 3ZR6A 3AS3A 1U2YA 3PZTA 3CHEA 4ACZA 3AICA 4NF7A 2E9BA 3MANA 1E5NA 1WZAA 2D0HA 2XSBA 2DEPA 2VURA 2JF7A 4XZBA 2XGIA 4C7DA 5BROA 1JF5A 5A6KA 4OOUA 1JG9A 2WNWA 1LQ0A 3AHVA 2WSKA 3VVGA 4AZHA 3RO8A 2O9RA 4ZXOA 5HXMA 4H41A 4K68A 1VBUA 3S6TA 2A3HA 1CLXA 4MB5A 1TR1A 1NARA 4JKLA 3DC0A 3E1F1 3T2QA 1TMQA 4EKJA 2XFFA 3RMEA 2EJ1A 2V3EA 3WSUA 1E5JA 5ABFB 4GI9A 4YN5A 3EMZA 4ZXLA 1GOKA 2VTFA 2ZOXA 3B9AA 3KL0A 3AISA 2VJXA 4TUFA 5D9NA 2D2OA 2FH8A 4TVDA 5A69A 4J7RA 3UERA 1G0CA 1RPKA 3I3BA 3VILA 3ZM8A 5I24A 5HBFA 5EFFA 1WCGA 1WAWA 2VR5A 4WLCA 3L4ZA 2EPMX 1H11A 2A3CA 1VBRA 1HVQA 2YA0A 1J0YA 1RP8A 1PZ3A 3VIJA 1B1YA 3O6AA 3ZJKA 5IFPA 3L2MA 5CPQA 4CD5A 1LL7A 4MAVA 1VEMA 4W5UA 4AD5A 4CD7A 1GUVA 2CNCA 3O2LA 3M46A 4W87A 3RIKA 1OINA 4KGJA 4FMVA 4UOZA 1QI2A 5A6BA 1VRXA 2VVSA 3PN8A 1UA7A 5M3WA 4GO8A 1EO7A 3VMOA 5JBDA 4QCFA 2ESCA 4J3UA 1XCWA 2W91A 1OIMA 1W9PA 4W86A 2WPGA 4CN6A 4X0VA 4TOQA 3I3DA 1FP8A 3GM8A 3GNRA 2WSPA 5AC5A 1H5VA 4WK9A 1C93A 1TA3A 1EHNA 1FP9A 1N82A 5D8ZA 2XM1A 3WUEA 4CGTA 5CGMA 1BG4A 4PMQA 4W89A 1EA9C 3MUY1 1I1WA 1W91A 2WM0A 3BSGA 4CKQA 3BH4A 1ZBWA 4UCFA 4AD0A 4D71A 2O9OA 2WVUA 3PZVA 3CH9A 3T0DA 1R7OA 2ZUTA 3AZSA 3OZOA 1W2PA 1GOIA 3CTTA 1JYWA 1KR1A 1NWSA 1KQZA 2W5FA 1LWHA 5A8OA 3HN3A 2CHNA 4LYRA 5C8BB 1BG9A 2VX4A 2J7BA 2X09A 2E8ZA 1UZ4A 3WMCA 1LL4A 3EMCA 3PZOA 1CDGA 2GFTA 2VNCA 3RM9A 2WHJA 4L4OA 2OLHA 3MUZ1 4AISA 4EK7A 4IPNB 5M03A 1KQYA 4IM4A 3FXYA 4V27A 2VX7A 5ABEA 2CEQA 4FLQA 3VNZA 2WZHA 1UYQA 4Z2KA 2J8GA 1NQ6A 4DUWA 4JFUA 4F9JA 1U33A 5FL0A 5A2AA 2DSVA 2WZIA 1K9FA 5D9OA 3VUPA 4PTXA 4TTUA 3WNMA 3WQ8A 1LLOA 8A3HA 1E56A 5I23A 5A2BA 5A3HA 1BPLB 3RM4A 3ZJ7A 4W8BA 2EPOA 1UKQA 7CGTA 3BC9A 3F5LA 2QMKA 2WMHA 4DWSC 3K46A 3O9NA 2XVGA 1HN1A 3LPPA 4AZBA 3VIGA 2XFRA 3L4YA 3VIOA 2WHLA 4KGLA 4AY1A 5CXPA 7A3HA 3AHYA 4UZSA 4EAMA 1BSIA 1QW9A 3VKKA 4GO9A 1ISYA 4NSBA 1V02E 1E1FA 2GDUA 3SCRA 4QLJA 1F4AA 1KXTA 2V3FA 1SMDA 4U2ZA 5AY7A 1HP5A 4S3KA 4UFMA 4D6HA 2CESA 2GUYA 2YL9A 5EB8A 3RJYA 2GJXB 1UD4A 4PMDA 3WNKA 2QV4A 1E0XA 3TOPA 1UWTA 3AIRA 3GBDA 3AHTA 3IANA 4N0RA 1BLIA 1CGVA 2CPUA 2CHOA 4GI6A 3UEQA 2EXOA 1D3CA 1E43A 5ECUA 3UETA 2WMGA 4HMCA 2OYKA 2VC9A 2DQXA 1J0ZA 2XVLA 3PTQA 5FCZA 5DEZA 4D6EA 3F5KA 4PCSA 1LG1A 4LPCA 3DYPA 1BYAA 1HKIA 1OCQA 3VDCA 2WVVA 1ISVA 1CBGA 4MB4A 2VCBA 4W84A 1AVAA 1TG7A 1V3HA 4BQ3A 4UTFA 3A3HA 1E9LA 1TCMA 4GI8A 3N1AA 1E6XM 3UR7A 3OLGA 3W26A 5A6LA 3F4VA 4MJ4A 1Q6DA 4PCTA 1QPKA 2E3ZA 1LG2A 2EBNA 4MJ2A 1W1PA 1K9TA 3VOCA 3ZJ6A 1Y7VA 3CUJA 1V03A 2DIEA 2OSYA 3VGEA 3AHZA 4HZ6A 4MB1A 1UKOA 1C7SA 2DT0A 4HTYA 3M6DA 1ISXA 3AIVA 3II1A 3TTYA 1EDGA 4PYSA 1EHAA 4PN2A 1BTCA 1UH3A 1HF6A 3VO0A 4PRWA 3EDDA 1B2YA 1MW0A 1QHPA 1VJSA 3IAQA 2XHYA 2PI6A 1QOXA 1CXIA 1FHDA 2VR4A 5E6ZA 3CPUA 2E9MA 3BGAA 4WIWA 3BAXA 1KGUA 4LQ1A 4WKAA 3WENA 4QP0A 1E71M 5HPOA 4AZ6A 3OLIA 3ARQA 1JAKA 1ZL1A 4PEEA 2BY1A 2Y4SA 4QLLA 3OGVA 4PUDA 1JZ8A 5BWFA 4QDMA 2JFEX 2WCSA 3VIMA 5A6BD 1BF2A 1KCKA 3VDBA 4WKFA 3AIUA 2DT1A 1MW1A 3MV01 2WBGA 4PMNA 3AOFA 3ZSTA 1MQQA 1HJWA 1ZBCA 1I75A 1UD3A 4HU0A 3IK2A 4GQRA 5FD0A 5DT5A 1DWAM 4CCEA 5LA0A 1C8YA 3NUKA 5AYBA 1PEZA 3GNPA 4J3TA 1FFQA 2XGBA 3W0KA 1AQ0A 3PBGA 1ZU8A 2CKRA 1R87A 4MADA 1RH9A 4OBSA 4S3JA 2PWFA 3N12A 5D9MA 3BCFA 4PUEA 1EGZA 5IXEA 4LYQA 4L4PA 4UZUA 1X1NA 5A94A 1OD8A 1CEOA 4PMYA 1PIFA 2WC3A 1UWIA 4CUCA 1GJWA 4UQCA 1OGGA 2VCAA 3ZT5A 2VQTA 4BF7A 3L2LA 1G9HA 2YA1A 1E55A 1E6QM 5AYIA 4QAWA 3VDAA 3ARXA 1UD6A 2PBGA 2YIHA 1PPIA 3G6MA 3RPMA 3WQ4A 1JGIA 3OBAA 1J0HA 1E3XA 3WF2A 2CYGA 5EMYA 3VMPA 1NWRA 4D6CA 3WEZA 4NRRA 1QI4A 1C7TA 4AEEA 5E09A 1W2VA 1NP0A 1WZLA 4AWEA 1EDTA 5FL1A 5I78A 4XZWA 1V3IA 5CQ1A 2Q8XA 4W88A 4HA1A 1ITXA 1OB0A 1OD0A 3FNDA 3MKKA 4AZIA 3FAXA 4JCLA 2DDXA 1JZ7A 1V6WA 1W9BM 2XFYA 2XTKA 1VIWA 3VIHA 3WDIA 1CECA 3APGA 3ZJ8A 2ZWYA 4TVUA 3SEPA 5CJ5A 4NRSA 1CGWA 1H49A 2G3MA 4TVCA 1W32A 2VZUA 4P8UA 3T09A 3IJ9A 1FOBA 4PMXA 3BMVA 2FH6A 1SMAA 3D3AA 4F8XA 3OA5A 1UH4A 2DH2A 2J7DA 1KXQA 4HA4A 4CD4A 3VGBA 4BZYA 2WHMA 2XIBA 2WKLA 1OT1A 3WQVA 5IHSA 2DSUA 4YHGA 3MV11 3VD3A 1XD0A 1JYNA 1E4IA 3AS0A 3NCOA 1HXJA 3VIIA 4EE9A 4KMQA 3W27A 1HIZA 5CPTA 2BFGA 1CYGA 4HA3A 4BQ2A 3AQUA 2BXZA 1CGYA 4U2YA 4W8AA 4F9DA 4D1IA 4M8UA 3WDHA 3F5JA 5D9PA 3EBVA 1IZKA 1UWSA 3MS8A 3WUFA 3L4XA 1ECEA 2WWCA 2G41A 1XGZA 4M81A 5FOOA 4OIFA 1D7FA 4J3VA 1FH9A 2WLYA 3U5YA 4DWSA 3B9EA 2HVMA 3GTNA 4C7FA 2XWDA 1V3LA 1DP0A 2BXYA 4AD3A 2EEXA 4WSJA 3PZMA 1JD9A 1CGXA 2GK1A 3GH4A 1MWOA 4UR9A 1D2KA 1JFHA 1E0WA 5CG0A 1V6UA 4AZCB 3CUIA 2W67A 5TD4A 2XVPA 1VJZA 1W1VA 1UHVA 5M17A 2EO7A 2YJQA 4HMDA 3KWXA 1HKMA 3AMGA 1HVXA 1WP6A 2OYMA 4J27A 1UUQA 4AW7A 3BAYA 3K8MA 4PTMA 1VFMA 2Y8KA 1XCXA 2VZVA 4HP5A 1QNRA 3BAIA 1VFFA 1QNQA 2FDMA 4KWUA 4CN4A 2ZUNA 2XM2A 3CUGA 2GDVA 1TZ7A 2VRQA 2CKSA 1JNDA 1KBBA 3AIBA 2DSKA 2FGZA 1CXLA 3ARWA 4HOZA 4Z2LA 4ZFMA 3UG4A 4A4AA 1B3ZA 1GHSA 2VL4A 1MQRA 2QF8A 2O92A 1KWGA 4MNMA 4H04A 1CGUA 3EDJA 2GJRA 4H8VA 3ARTA 3MMWA 2XJ7A 3WH9A 3W37A 2D20A 3WMBA 1QHOA 3POCA 3NDYA 4WKHA 2JIWA 1H2JA 1QI0A 2WCAA 3WUBA 4W7WA 2W92A 1PX8A 5BRQA 1E6RA 4B16A 1GW1A 4J3XA 2W63A 3ZOAA 2VQUA 1E73M 2X2YA 3AIQA 1UR4A 3ARUA 4ATDA 2FHFA 1ZS2A 5E70A 2GSJA 3GDBA 2DT3A 4CU6A 2JEPA 5A1AA 3M7SA 4AIEA 2XVKA 1GORA 2PWEA 4W5ZA 2F2HA 4Z2JA 3NJ3A 2FHBA 3RM8A 3W53A 1E4LA 2PBOA 2PWDA 1WDRA 1V3MA 5LYRA 3ZR5A 2VRJA 3BAKA 3W28A 3AMCA 1GQJA 1XRVA 3FN9A 1CPUA 4FLOA 1ZBVA 3AJ7A 4AC1X 2YBTA 3L4WA 5DFAA 4OZOA 3LPGA 4IISA 5E6YA 3TA9A 2YL6A 4ML4A 2WYSA 1JDAA 4J28A 1BGGA 3SUSA 1W3JA 1XSKA 5FIPA 3SIMA 2Z1KA 2Y2WA 3VNYA 1MW2A 1J12A 3VGDA 2VZOA 1J0JA 3A4XA 3WD4A 1J10A 1E6ZA 2CERA 1MFUA 4P7NA 2DGAA 2YKKA 2C8NA 3PZGA 4H8HA 1FA2A 4E8DA 3MO4A 3UR8A 4BQ5A 1VAHA 3K1DA 4UQAA 4FF5A 1K9EA 4U3AA 4V2XA 1CXKA 2D3NA 2WCGA 1S46A 5A8QA 3VD9A 2ZUSA 2WC7A 4UQEA 5BXSA 4OOZA 1ZB5A 3U7BA 1BHGA 3W29A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3LPO A;  2ZX7 A;  1XSJ A;  2YL8 A;  4E8C A;  2WMF A;  1WNO A;  2QHA A;  1J0I A;  2ZE0 A;  4MAZ A;  1VEO A;  4LGX A;  1J11 A;  4AEF A;  2ZX6 A;  1EO5 A;  1CGT A;  4U5K A;  5BRP A;  3FHQ A;  4PMV A;  4YPJ A;  1B3X A;  4UFI A;  3QHO A;  4H2C A;  1V6Y A;  2WW5 A;  2ZX9 A;  1HKJ A;  1V0K A;  2IXV A;  1GVI A;  1DHK A;  2EQD A;  2F8Q A;  2A3E A;  4CU8 A;  1E72 M;  4GKL A;  3AXX A;  2OWX A;  3T2P A;  2CBV A;  1MVY A;  2YL5 A;  1E3Z A;  4MNL A;  5CLT A;  5A2C A;  2BY3 A;  3WH6 A;  1E15 A;  1HX0 A;  1KBK A;  3CHD A;  2FGL A;  1KXV A;  2ZXD A;  3OIH A;  4CCD A;  1GPF A;  2WLZ A;  5FKY A;  3W82 A;  1TVP A;  3S2C A;  1B30 A;  4D72 A;  2O9T A;  4MDP A;  1B9Z A;  3AML A;  4CCC A;  2VI0 A;  3NSX A;  5HNN A;  2WMJ A;  3W24 A;  4C7G A;  1UR8 A;  3SCV A;  2DT2 A;  2V3G A;  4AZG A;  2WB5 A;  2V5D A;  1R7A A;  1H4P A;  5A8M A;  4M1R A;  1QI3 A;  2WC4 A;  1BQC A;  5HOS A;  3K8L A;  1UR0 A;  1HJX A;  2VT0 A;  5JIP A;  1NH6 A;  3THC A;  4B9Z A;  2X05 A;  2CBI A;  4FLS A;  3W81 A;  2J25 A;  3G6L A;  3ZT6 A;  3WIJ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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