1TPDA

Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism
Total Genus 94
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
94
sequence length
249
structure length
249
Chain Sequence
SKPQPIAAANWKCNGSQQSLSELIDLFNSTSINHDVQCVVASTFVHLAMTKERLSHPKFVIAAQNAIAKSGAFTGEVSLPILKDFGVNWIVLGHSERRAYYGETNEIVADKVAAAVASGFMVIACIGETLQERESGRTAVVVLTQIAAIAKKLKKADWAKVVIAYEPVWAIGTGKVATPQQAQEAHALIRSWVSSKIGADVAGELRILYGGSVNGKNARTLYQQRDVNGFLVGGASLKPEFVDIIKATQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Structures of the "open" and "closed" state of trypanosomal triosephosphate isomerase, as observed in a new crystal form: implications for the reaction mechanism.
pubmed doi rcsb
molecule keywords TRIOSEPHOSPHATE ISOMERASE
molecule tags Isomerase(intramolecular oxidoreductase)
source organism Trypanosoma brucei brucei
total genus 94
structure length 249
sequence length 249
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 5.3.1.1: Triose-phosphate isomerase.
pdb deposition date 1994-02-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00121 TIM Triosephosphate isomerase
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 1tpdA00
5J5RA 4JX5A 1J2WA 2RHGA 4QIUA 3FOKA 1EPXA 1LOSA 2ATSA 3LCHA 1AL8A 3W72A 5HMSA 4A3UA 2A7RA 3LCWA 3M1ZA 3S6DA 3U2OA 2TSYA 2Z1BA 2E6YA 1K8ZA 5EA9A 3WJSA 4K8HA 5DLCA 3GDTA 1QR7A 4O53A 2QCMA 2B7OA 3GNNA 3T78A 1OFEA 3S42A 2R14A 1H7OA 1I2RA 4UTTC 3UWQA 1UJPA 2H3DA 4WOQA 4GUHA 3EWBX 4C1KA 1G69A 3NQEA 3UYCA 4OV9A 1QDSA 1EIXA 1BEUA 1YPFA 1F73A 1YDNA 4DF1A 1A5AA 3QM3A 5E93A 5AB3A 1FWSA 3O8AA 3A22A 1X8FA 4JGDA 3S1WA 4GC4A 1GYNA 2ZZ1A 4XKYA 1L9WA 1QO5A 1XC4A 5DY2A 3B8DA 2WNZA 3BGGA 3DXIA 1R47A 2FPTA 3MWAA 4H3DA 1C9DA 2I1OA 3G3MA 2CLLA 1M6JA 2C19A 1OX5A 1X1OA 2V2HA 4JX4A 5F2MA 1RZMA 4O1CA 5G4EA 1VPXA 1AG1O 5HWMA 2NV1A 1W0MA 3GX9A 1W5NA 4Y90A 3I7RA 4LUJA 2DP3A 5HUOA 3S0CA 2R8WA 4BR1A 3FJLA 4UR7A 3TW7A 1YXCA 1UUOA 3CWOX 3ZFHA 2Y70A 3LHYA 3NL5A 2A1YA 1XXXA 3D0CA 2E6AA 1HL2A 3MI3A 3LHTA 3EEGA 1FXQA 4R33A 1K8XA 3STEA 1XDMA 3HOJA 1PHQA 3FKKA 1GVFA 4AHOA 1PV8A 3QYQA 3STFA 1HFBA 4O8RA 1N7KA 1ZFJA 3NZRA 2DZSA 1T8XA 2ABBA 2ZA3A 3L9CA 2NWSA 4JIPA 3W23A 1TB3A 4K38A 1Z44A 2J27A 5LNSA 2QCDB 4RLIA 4FEZA 5D04C 5DN1A 2YYTA 4ZQCA 5D2WA 4JDBA 2V5LA 3B0VC 1SU5A 3NQ7A 1X1ZA 2Y89A 2XN2A 1JQXA 5AFDA 5LNVA 3L0GA 3G1FA 3TQKA 3FS2A 3S5ZA 1L6YA 3N14A 4N9CA 4ADUA 3C4UA 4U4MA 5FEXA 5CG7A 3ANYA 1WYIA 3R89A 3MP3A 3S8HA 1KTNA 1NEYA 4JYFA 3VE9A 3C56A 1OFBA 1W8SA 1SO3A 2DORA 3W1XA 1G4SA 5CPOA 1LOLA 1K7XA 2FIQA 5I3GA 4MYAA 1XDLA 3LCGA 3G1YA 3PBYA 1D3GA 1WOBA 3IVSA 5ABTA 5FESA 5DCEA 4KWVA 1B4EA 1KW1A 1AW2A 3LCIA 1C29A 1KA9F 4RJEA 3AO0A 4WY0F 4HNTA 1GZGA 1YXDA 1H7RA 3EXRA 2EAWA 4O1BA 1B3OA 3BW2A 4N6EA 1QFEA 3G1XA 3BW4A 2DJLA 5DBUA 1FWRA 4QM1A 3HMJG 4UFMA 4EF8A 6TIMA 1PCWA 1MSSA 3EWUA 1W5QA 3G0XA 3NPWA 4MPQA 4UTIA 3W1UA 3AJXA 4PODA 2VKZG 1GEQA 5EPDA 5KZEA 1GVQA 2BTMA 3B0UX 3TFXA 4DO5A 4ONVA 4GUIA 4MUZA 3HG5A 1QNVA 4RX0A 1YXYA 4FNRA 5FF7A 3W84A 4LRTA 4UR8A 4PA8A 3C0JA 4RZ6A 1XKYA 4LC6A 3H55A 5AC6A 4O52A 1RQHA 1S5VA 3GYEA 4MFEA 5GVJA 1LRTA 2BXVA 3S1VA 5FEWA 1DV7A 2Y7GA 1JRBA 1LRNA 3SSJA 3UQNA 3BARA 4N02A 5AYYA 5C5YA 3SIZA 1YTDA 5H91A 3RU6A 3STCA 4G1KA 2WSRA 3MI6A 1QOQA 3L2IA 2Q8ZA 1KM1A 3QFEA 1G4PA 3KOFA 2YX0A 4M5PA 5IBXA 1TMHA 1JCLA 1JUEA 4FHAA 4AH7A 4LUIA 4UFKA 4EVZA 2CLHA 3L67A 2QF7A 1VHCA 6ALDA 2VEMA 4RV8A 4RZ5A 3NQFA 3QQ1A 3IGUA 4UTJA 5F2IA 1TREA 4UFIA 1M7PA 1FWTA 3G24A 3PUOA 3LRLA 3WK0A 3W1PA 3TDFA 2NZLA 5EMUA 4RCXA 4DEFA 1H7WA 4UNKA 1VR6A 4UTLA 1HO4A 2C16A 3QMRA 1EWDA 4P61A 3UY8A 3N9SA 3R2GA 3Q58A 4JICA 4ALDA 1GWJA 1TRIA 3G0SA 3DFSA 4BK9A 1OVDA 4TMCA 1LTDA 4I7UA 3W1RA 4E0CA 4HNVA 1NVMA 4FO4A 1OFQA 3LBMA 5BMWA 1AW5A 1K3UA 4QQ3A 2TRSA 2ZRZA 2B7QA 2O7QA 1N55A 1ZJIA 3LHVA 4MY9A 4ZQRA 3TQ0A 1EP2A 3W7OA 3B0PA 1H50A 1OJXA 2V8ZA 8TIMA 2ZZ7A 4YCPA 1I8JA 5TBOA 3LOTA 1O94A 2D73A 4JTEA 5AHNA 2RKXA 3LGEA 1ICSA 1WBJA 3NNTA 4BI7A 1M7OA 2QJIA 4NJIA 5F2LA 1FWNA 1OG0A 1I2OA 2ZZ5A 3TAOA 3FLUA 1ADOA 4LVGA 2NX3A 1V5XA 4JYDA 1OF6A 1Q6QA 2GVJA 3I65A 1OFPA 4UFJA 1OF8A 2A5HA 1L6SA 1S3HA 3DKJA 1SQ7A 3C61A 2RFGA 4O50A 1Z42A 2QCDA 1ICPA 2EHHA 4FIRA 5I3HA 3VCRA 3NM3A 4EF9A 4FF7A 2A2IA 2J88A 3N9RA 5KINA 3VFLA 2Y61A 3S5OA 4XTIA 5HWJA 4JTKA 2ZZ4A 4YCOA 1O5KA 3HIJA 3L21A 1KM0A 1BTMA 3HO8A 5D33A 2Y62A 3O6YX 4AVFA 3G1DA 4RKAA 2JK2A 3ABRA 4UCGA 1Q6RA 5F1UA 2G96A 4BI5A 4NNCA 5G2HA 5BNKA 5LHEA 3E12A 4AB4A 3HGJA 2Y63A 3LXCA 1VGAA 2NUWA 4O28A 4M19A 4YWIA 5D2XA 1EEPA 3MP4A 4XQ6A 1EUNA 3V1PA 4PEKA 5LZLA 2FB3A 4QJ1A 4UTTA 4XKYB 3P8IA 3ABOA 2CZ5A 1K7FA 2RDUA 2E5CA 4XUGA 1GG1A 2JGYA 2YW3A 2YDAA 3IGXA 5CKSA 3W2KA 2ZRWA 4DO4A 1SW0A 3GR8A 4OHQA 2H6RA 4UFHA 4K7VA 3DFOA 3HG3A 2NV2A 1MO0A 4JTHA 3TSBA 3OBKA 4D2JA 3CB8A 5D37A 5T26A 4O4WA 3PUEA 4WZHA 1KFEA 4IXHA 2G5WA 2JKAA 3QW3A 1KM4A 4WQ6A 3UWUA 3H53A 3QQ0A 1W5OA 4QITA 4LT9A 4KFNA 3C2OA 4JY8A 3GDRA 4WY0A 2EGZA 4ORIA 3DBPA 3O6CA 1FQ0A 4JTFA 2GVGA 4DBEA 1XM3A 4A29A 3NL3A 2VFIA 3LHUA 3IIVA 4GBUA 4QNEA 1QOPA 5EKYA 3TE9A 2VC6A 3W7PA 3NVTA 1N8FA 3W2NA 1JCNA 5CSRA 4QAIA 3W7EA 1TPUA 3MBDA 1Z48A 3UWVA 2A6NA 3DAQA 3MI2A 3L5LA 4FXSA 2KZHA 2BLEA 3KVLA 1F74A 4O4VA 4LVDA 2QDHA 3CTLA 2QJHA 1SO6A 4OT7A 1XFBA 4MY8A 1IXNA 3G18A 4O1DA 3GLCA 5F2GA 3QEZA 2NUXA 5L6UA 5FEZA 3IIZA 1IXPA 4FNPA 1SO5A 3O63A 4JTTA 3TMLA 5LSMA 3WJZA 2YZRA 1OABA 3NA8A 3ZWTA 3GXPA 4IMCA 2FDSA 4L4LA 1TPWA 3C2FA 4FX7A 4R53A 3IIXA 1U83A 3P81A 3TQVA 1QCWA 5K4XA 1GTHA 4GRSA 3NAVA 1F05A 3UPBA 1IXOA 1QWGA 3NQVA 4CNNA 3FYOA 4CNOA 5FF0A 5HR7A 2E09A 1S5WA 3W1NA 3VI2A 2FLIA 4FNTA 3WJXA 2QR6A 1TV5A 2C13A 2YSWA 1YDVA 5EYWA 4AAJA 3NQ2A 5IM51 4M6PA 3E02A 4JTIA 2QKFA 4K39A 1LZOA 1WX0A 4N9DA 4JY9A 2PRMA 1OYBA 1IGSA 3P84A 3EX1A 4PL2A 4Q4KA 4JTSA 1SR9A 1KFCA 2OJPA 4LVAA 4DPQA 3LBCA 2Y88A 3V75A 3HG4A 3Q37A 2GPTA 2FB2A 3BGJA 1RVGA 4HKPA 1TIMA 2C14A 3G8RA 2V30A 1XUUA 1LORA 3SI9A 2H3BA 4NX5A 1QMLA 3Q2DA 3USBA 4CNPA 1AK5A 2ZA1A 3LI0A 1GJPA 3KFTA 5FF2A 4JXCA 1SZNA 4DBDA 2R94A 4XBKA 4OBTA 1DJNA 1VCFA 2H8ZA 1VYSX 2Q3RA 3RLVA 1I2PA 5AHIA 4HT3A 4DQWA 3SJ3A 1DORA 3M41A 2Z0IA 3S5NA 1JUBA 1OFOA 2VFFA 3DH7A 2CLEA 2XFWA 3G8EA 1RV8A 2P10A 4EIVA 1ICQA 3JR2A 3CC1A 3LHZA 3PVFA 5FEPA 5K3VA 2UV8G 4KKXA 4XZ9A 1F5ZA 2CLOA 3TIMA 3TR2A 4FX6M 4JTLA 1KM2A 4CCDA 4POCA 1H5YA 4M7TA 2WOQA 1HO1A 1JCJA 3SECA 3L65A 4GNJA 5HULA 1JCYA 4NUWA 3N2MA 5CPLA 3MO7A 3GR7A 4QNWA 5D09A 1FX6A 1LBMA 1TQXA 4LV4A 2VEPA 4IMGA 2A85A 1TJRA 2OX1A 4LNYA 1B4KA 2PRLA 2BWGA 3LDVA 3GB6A 5F4WA 1JR1A 5DELA 4ZVJA 5LNRA 1RR2A 5AHEA 3SGZA 1RPXA 2F84A 1MEHA 1Q45A 2ABAA 5EL1A 2VENA 2WSQA 4EOUA 2YFNA 3MHGA 3QZEA 3PC0A 5AOUA 5AHLA 3WJYA 2E6DA 1TPDA 3EXTA 2WJZA 2FFCA 2FPYA 2ZZ2A 2NLIA 4UMAA 1LM1A 2Z6IA 3G22A 1TPH1 3T4CA 5BOOA 1KM3A 4TO8A 3C52A 4RXGA 2V2CA 3PBWA 4AWUA 1TTJA 1XBXA 1TPC1 2FJKA 4W9TA 5K9XA 3PBVA 3CPRA 3Q94A 3W7HA 3EWYA 3L68A 5C2XA 4N2YA 1ME8A 1PCKA 3HPSA 1R2SA 2A21A 5K9CA 1VZWA 1TYGA 3M9YA 3C2VA 5E0KA 1RQBA 2TYSA 1FCUA 4WX2A 3SY5A 4FXRA 1E51A 2B0MA 3W7IA 2LLEA 2VELA 3QPZA 1TRDA 4O11A 1SZGA 4XBSA 1P1XA 4GJ1A 3R13A 3L0NA 3W9ZA 1KLYA 3DI0A 1K03A 4K36A 5DXYA 5DCBA 1W3NA 3O6DA 1SW3A 2PE4A 1TSIA 3L5AA 3R8RA 4A2SA 2DZVA 4O0ZA 4B5NA 2WO5A 5D30A 2E5BA 3GXTA 2ZCGA 2X2GA 3MYOA 1XUZA 4E38A 3B4UA 3RMJA 3UZJA 5F4SA 2DZWA 1SO4A 2FPVA 4Q33A 4AF0A 1F2JA 5HNRA 4O15A 3O05A 2WNNA 3EXSA 4UUIA 4TR9A 4M6VA 2X1SA 5E1QA 4FIQA 2YXGA 3LRMA 1ZAHA 3TW6A 1VYPX 4UTUA 2YW4A 2P1FA 5J5DA 1J5TA 4WY0B 5AN7A 4NXKA 2PCQA 1SSGA 3BG9A 4AWTA 2QCLA 3HB9A 1ME7A 2ZRUA 3W22A 4LS2A 1G6CA 2QCGA 3A9IA 2QAPA 4AHPA 1WA3A 3TJXA 1A50A 5MHBA 1D3HA 2QAFA 1BWKA 3PY2A 4JS3A 2ISWA 2WPBA 4I7VA 3P60A 4UMCA 1C8VA 2AQWA 1QO2A 3CT7A 3W1MA 4KFOA 4O54A 1KBJA 3ABQA 3WK1A 3GKFA 1FWWA 1ME9A 4LS1A 4C1LA 3W76A 3SZ8A 2HS6A 3E49A 3O1NA 2C6QA 5G4WA 3S1UA 3F03K 5D38A 3MHUA 3IVTA 1UB3A 3G1VA 3NPXA 1VQTA 3HGRA 5LNWA 4WUIA 3NQMA 2IQTA 4LC8A 1P0NA 4YL2A 1KFKA 1H60A 3CWNA 3LTSA 4LRSA 3P62A 1D9EA 3QRHA 2ZA2A 2WKJA 5A5WA 1R46A 2OT0A 4UMBA 3NEVA 4JNMA 2VOMA 4HPXA 2A0NA 3NL6A 2OMAA 3W1AA 2E5DA 1GT8A 3W2MA 1B9BA 5TQLA 1TPFA 4JN6A 2WSYA 3P8JA 1LYXA 5DCDA 3SFKA 1VRDA 4NQ1A 4LVBA 3PUDA 5D2VA 3YPIA 3BLFA 2XN0A 2W0UA 1LBLA 3LCFA 4JTGA 3NQAA 2EPHA 4CQ8A 1A5CA 4CLMA 2V9DA 2J24A 4NX0A 4MLJA 4N6FA 3CQ0A 4LW7A 3W2LA 4OU1A 4GUFA 3C3NA 1T96A 3QH2A 2PRHA 1K7EA 2JGQA 4OQVA 5EBUA 1MEWA 3KVJA 1YDOA 5C54A 1O60A 3HGSA 5LKYA 3CM4A 3W74A 2CZEA 1WXJA 3RF9A 3T40A 5I3JA 5HJLA 3B03A 4DO6A 3MYPA 3W85A 1A53A 4M6QA 1SUXA 1KFJA 1ALDA 3F1QA 2NX1A 4K6AA 3GVGA 2C0AA 2ZDRA 1H7NA 5LGXA 1LOQA 2NUYA 3M5XA 4WD0A 3KHJA 4I7WA 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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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#chains in the Genus database with same CATH topology
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