4ES4A

Crystal structure of ydiv and flhd complex
Total Genus 67
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
67
sequence length
223
structure length
206
Chain Sequence
SDCYFLPIRDNQQVLVGVELITHQLTEEQHWQLFSEQLELLKSCQHFFIQHKLFAWLNLTPQVATLLLERDNYAGELLKYPFIELLINENYPHLNEGKDNRGLLSLSQVYPLVLGNLGAGNSTMKAVFDGLFTRVMLDKSFIQQQITHRSFEPFIRAIQAQISPCCNCIIAGGIDTAEILAQITPFDFHALQGCLWPAVPINQITT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Transcription
source organism Escherichia coli
publication title Structural insight of a concentration-dependent mechanism by which YdiV inhibits Escherichia coli flagellum biogenesis and motility
pubmed doi rcsb
molecule keywords Putative cyclic di-GMP regulator CdgR
total genus 67
structure length 206
sequence length 223
chains with identical sequence C, E, G
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-04-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00563 EAL EAL domain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.450 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel EAL domain 4es4A00
4Y9PA 2W27A 4LJ3A 3PJXA 4RNFA 3U2EA 3GFZA 3GG0A 4HU4A 3HV9A 4HJFA 4AG0A 4RNJA 5M1TA 2BASA 4Q6JA 4FOJA 3PJUA 3GG1A 5MKGA 3KZPA 2R6OA 4KIEA 3GFXA 3SY8A 3GFYA 4LYKA 3TLQA 4Y9OA 4ES4A 4J40A 4HU3A 4RNHA 3PJWA 4Y9MA 4F3HA 4Y9NA 3PJTA 3HV8A 5MF5A 4FOKA 4Y8EA 4AFYA 4RNIA 4F48A 5MKGB 3PFMA 3S83A 4FOUA 3N3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1I2QA 1FHDA 3HQNA 5C7VA 3FA3A 1EEPA 3MHUA 2VEIA 3OW1A 2G37A 4UTJA 1TVNA 3VCNA 4W8LA 4E2BA 3DFOA 1FDJA 1H7XA 3TMLA 4UFKA 1KCXA 3E0LA 4CCCA 3AO0A 3GDBA 3SCUA 1NF7A 3NQFA 3I4KA 3SCTA 2EPNA 3LXCA 1F6PA 4WDWA 2CU0A 4AVFA 3L0GA 1P6WA 4Z0JA 3QGKC 4MNJA 4MOZA 1QAPA 4GINA 3WD4A 5JUVA 1YBQB 3UJEA 3F5KA 3FJ4A 3ANYA 1XUUA 2DZSA 4E4UA 3V18A 4HNOA 3SSJA 3TTQA 2X2YA 1RUSA 1EYWA 3THUA 1GEHA 4JIEA 4PA8A 4FNSA 4DUWA 5M2FX 1QPOA 4YU1A 1W32A 1JCXA 1OGSA 2P53A 1XKJA 1E1CB 3PR2A 4PBEA 4LB4A 3TVAA 3GIPA 1DHKA 5A8NA 3NPXA 1KGUA 3MMWA 3STFA 4HMEA 3TTSA 3DKLA 4A22A 4M24A 4HJWA 5HMSA 1V0KA 5IFTA 1YPIA 1G01A 4L65A 2TRSA 3DKJA 4LBSA 3LBMA 5HWJA 1PDYA 2NSOA 3EKGA 2PE4A 1QMLA 4R3UA 2FZMA 3B4YA 3FGCB 4LWWA 4AW7A 5BNKA 3CV6A 2DDXA 3SURA 1XBVA 3NZPA 1PTDA 2R8WA 4ADUA 1BXBA 4JYFA 4RV8A 5CGQA 1FP9A 5LIUX 1W1PA 5F2IA 1GHSA 1XSJA 1OFQA 3ZWTA 1QRQA 3MWAA 3ES7A 1GZ1A 1A3HA 3NR0A 1XRSA 1VS1A 1E9LA 4L1GA 2QPXA 1WYIA 1K7EA 1V8EA 1A0EA 3WNLA 3ABXA 3I6EA 3BG5A 5M5DA 1WDSA 3MKKA 3B3DA 3P82A 4PFHA 3MC5A 5I2UA 3LY0A 2HK1A 4LUSB 1JZ8A 5J04A 2JF6A 1MDRA 3ARPA 1GORA 3R8GA 3ITGA 4CU7A 3QLLA 4EKJA 1I2PA 3GTHA 4RZ4A 1UKQA 3AMKA 1Q6RA 1XW8A 3IUHA 3T7VA 5C2XA 3L67A 3S1GA 1X7FA 1U1UA 1TVLA 1YNQA 3BO9A 3MUAA 2J79A 4Q8QA 5I3DA 1XP3A 1UIPA 3TC6A 4LSBA 1B4KA 1F3EA 1UYQA 3HGRA 3OLEA 3UNDA 4MWAE 3N4EA 3BG3A 4QSFA 3W53A 3SRHA 4NZ1A 3RLHA 4KQNA 2X09A 3AUOA 2WSPA 4ZOBA 1UUOA 3APGA 1VD6A 2QAPA 1WZKA 4HIBA 1ZBKA 2NV2A 1O1ZA 2UBPC 2QNEA 1ITCA 3CAWA 3GG1A 3MV01 3OYXA 1XPGA 3K8LA 1EWEA 1SZEA 2Q02A 3CUHA 2Y5SA 2VENA 4LEQA 1R7AA 4JN7A 1JDEA 2OZ0A 4CNUA 4RJEA 5LYRA 1C3FA 1GW1A 4FALA 4UOZA 4XZLX 4IQDA 3WH9A 2G3NA 3AWOA 1SZNA 1UC4A 2MANA 1UD5A 1ICQA 3TN5A 1Q6CA 1ODZA 1I75A 3DFQA 4AYGA 2A7PA 3OZPA 3TU9A 2FQIA 3WN6A 1PSCA 2PPGA 1PDZA 1B3VA 2ISDA 1MVYA 4NAFB 3W38A 4IMEA 5C9WA 2PF0A 5G4EA 2YCLA 4L4LA 2JGYA 1R87A 3M0LA 1L8NA 2NXGA 1XSIA 5I06A 1S46A 4J1OA 5HUOA 2I14A 2QDDA 4HB7A 2QCFA 4BKNA 2XGZA 1UKSA 3CIWA 1ZJBA 2HQAA 4KF1A 1JDFA 3SN4A 3M5ZA 1EYEA 2G95A 3LPGA 4RKAA 4GI4A 4H1ZA 2G41A 1LBMA 3DDMA 4MZYA 3HQ1A 1BYCA 4GCXA 1QW7A 3PAOA 3CWHA 2Z2BA 1W3JA 1EZWA 2EPKX 1S5TA 2XH7A 1N82A 3EWCA 5EFDA 1EJVC 1LBLA 4CGTA 4HTYA 4YHGA 1QI4A 1CXIA 8XIAA 3FS2A 4AFYA 4JQ1A 1RA5A 4NYYA 2OXNA 3BV4A 4R27A 4W84A 4RCXA 2QJIA 2ZX8A 3CIVA 1UR0A 1QNPA 2G3JA 3C52A 4XTDA 2F6KA 1TZ7A 3AFBA 3TR9A 5DMNA 4H8VA 4DO4A 1SO4A 2XH2A 3U4FA 4DM2A 2B7QA 3HG2A 3H2EA 2DORA 2G50A 4C6PA 2OGJA 1V51A 2NV1A 3RCYA 4GQGA 3FV9A 2FGLA 2RAGA 4AXKA 1PO9A 1RR2A 3CUJA 3CU2A 1F8MA 1JAKA 1ME7A 2EKCA 1AUSL 4I7WA 1R3WA 4LS1A 4WK9A 3BARA 3TOYA 3VDCA 5I5RA 4GZ7A 4D1JA 3HV8A 2R9RA 3RITA 1ICSA 2ZC1A 2Q8XA 4OUIA 1X6UA 2I17A 1G7UA 4E4FA 3ZT7A 8TIMA 1LZOA 1UOZA 1OEPA 4HNVA 5JIPA 1NELA 2FPYA 2GL5A 3LDVA 1OBAA 3UPWA 1F73A 4G1KA 4WLCA 1ZP3A 3GKFA 3W00A 1XYBA 3VX0A 2XINA 4QE1A 1EJRC 1SUXA 1J5TA 1A5MC 5I3GA 1FWWA 1JULA 1FCVA 3PWGA 5FJRA 1F6KA 4RE4A 1F4HA 4LAKA 4XV0A 4C91A 4IPLA 1U30A 4P8VA 2VURA 3QR3A 4PZVA 5F4WA 4CD8A 3I6TA 3R1ZA 1R7OA 2DUXA 3V75A 2BY1A 4WOQA 2Y62A 3CLWA 4YTTA 2G5WA 1EX1A 3W70A 2A85A 3QQ0A 2NUWA 1UBSA 4EIVA 1SFTA 4ERGA 3QR0A 1E9YB 5FJUA 3G3DA 3WMCA 1Y5WA 1YDVA 4JDYA 2R82A 2PDQA 2ZDSA 5A6TC 3L2LA 2XIMA 3ZVHB 1FXQA 3WUEA 4J28A 1P4CA 4F66A 4NX5A 3FAWA 1ZRQA 1PAMA 5FEPA 4FNQA 4Q4MA 4DJDD 4HNLA 1BYAA 2W92A 1EC7A 5TIMA 2TSYA 1TX2A 3LZ5A 1T96A 1TIWA 1L6YA 4KFPA 4CU6A 4FEZA 4DQWA 1MXSA 4ASTA 2DSVA 5E09A 4KWVA 2WAGA 3HOJA 1TPEA 1V77A 2R1LA 3TCEA 1PZ3A 3W86A 1E40A 4AHQA 1IGSA 2WWCA 1A4LA 3MBFA 1VBJA 4TU1A 2QJHA 2XVGA 2DIKA 4Z2KA 2ZZ6A 4FLOA 4R88A 5AHMA 3PPHA 1DKWA 1G1YA 2JK2A 3S1WA 1QCWA 1ECEA 1T6MA 4Z08A 2YLAA 2O7SA 1XCWA 3UR5A 1GTEA 2AL1A 3TV8A 4V33A 3C0LA 3WLNA 2BVYA 1JG9A 2O9PA 3B0YA 3W9ZA 4N7QA 3OA3A 3WFLA 2OSXA 3UF9A 3CEPA 2DPEA 1ISZA 4WDXA 2ANUA 2OG9A 2AGTA 1TJ2A 3AHVA 4MLRA 1HFBA 1AA1B 3FNDA 3QRHA 3HPSA 1V02E 5ABFA 2DH3A 4UTUA 1D8CA 1MUWA 3D3FA 4V27A 2QVHA 3LTYA 2OMAA 4CNSA 3BAKA 2X7WA 1RBOB 3EXRA 1FBAA 4XG1A 3S5YA 5GNYA 2EG8A 4IL2A 1IGWA 2WOQA 3C6CA 1KV5A 2J6XA 3VDGA 4BJHA 1EF2A 2D2OA 2OZ3A 5IM51 1EPVA 1W5MA 3UJRA 2A3EA 1F4AA 2QCMA 3OZMA 4Q4OA 5TBOA 3EWXA 2HEJA 3M0HA 1TPB1 1LLZA 2JBMA 5AYXA 3DG6A 1WB0A 4ZCWA 5LXXA 3H54A 2Q09A 2UY2A 3UQNA 1VEOA 3NPVA 2ZTKA 1DWIM 3ABZA 2WPGA 2GGHA 4NI8A 2X0SA 3L4UA 5A6JA 2GQ8A 5A1AA 3F2DA 1RK6A 1NFPA 3GKAA 1R86A 2QYGA 1XCXA 2Q3OA 3CL7A 4JIPA 1AG1O 4BEUA 1US2A 4FX6M 5MKGB 3NVTA 3EPMA 2GJLA 1V08A 4EWND 1P0DA 2FTWA 2NXIA 4DWSC 2PSNA 5E93A 2PWFA 2DQWA 5GJNA 2RKXA 3DAQA 3BOXA 3H21A 1UASA 2O4MA 3QM3A 5DCDA 2WM1A 4TMCA 5BWFA 2FDMA 3O06A 4IICA 2B31A 1KRMA 2NQHA 3RF9A 2ZFAA 1DJNA 1F3TA 1PIGA 4NXKA 4RW5A 4Z42C 3IUDA 5A6LA 3HB9A 3A47A 4AU0A 1HVQA 4ILSA 3UWYA 1FH7A 4GACA 3AXKA 4N9DA 3STCA 3BXWA 1GOKA 3IGHX 3MPGA 2YW3A 1FA2A 3EWDA 4AEEA 1JCMP 4UR8A 2OQHA 1IWAA 5JMUA 1UC5A 2DUZA 3BOLA 3M5VA 4GJJA 4OBSA 5CZTA 1Z6KA 3JRKA 4DZ5A 1OM0A 3KCLA 2C91A 4HK5A 1MXGA 1VRXA 1V3KA 1XLBA 4C65A 1H41A 5M1TA 4JQ2A 3TYBA 4HCLA 2A3BA 1EA0A 4E2OA 1Q7MA 3VIHA 3MKCA 1JRBA 1Z89A 1OYCA 3MSDA 3OYZA 2Y8VA 2ZZ5A 3NSXA 3NO5A 2BFGA 3B8IA 1XBZA 3SCVA 3GU1A 4IG2B 3IVUA 1TTQA 2FGZA 3G0SA 1K1DA 4KIEA 3XIMA 4X3ZA 4ROPA 4FMVA 4QX4A 3NQAA 3OIHA 3GNXA 1SGJA 3LCGA 1PHWA 3AYSA 2X2GA 1A49A 2OSYA 3HIJA 4JBRA 1A50A 2VUYA 4ENLA 4PEEA 3E2SA 3WEOA 1WNOA 2G3FA 3NOEA 3TYEA 1HUVA 3FFSA 2O4QA 3AMGA 4J2PA 3TFXA 5B80A 3QY7A 4LF2A 3WUGA 5K4XA 4HK6A 3GVRA 3BSHA 4NXSA 1OT1A 1V6YA 3BJSA 3IARA 4UFHA 4OOUA 4WDTA 1VB9A 1CTNA 3VX1A 3KL0A 5BRBA 3L0KA 4Y9MA 1RBLA 4BWLA 1W37A 4POCA 3VOCA 4E4PA 1X38A 4LRSA 1XLFA 1X1OA 3FK4A 1YW1A 4NNAA 3PUDA 1UMLA 1FCQA 3PWIA 2CXGA 3DOPA 4M8UA 5FSEC 2VUNA 2CC0A 4E5TA 4MVAA 1DIKA 3EMZA 3UGRA 1I6NA 3IJ7A 4C6IA 1QK0A 2P3ZA 3KRUA 4F3HA 4F4RA 3K4WA 1XLJA 1U5HA 2E25A 3RPMA 4RXGA 1CENA 4XIMA 1KB3A 4QQ3A 1K8YA 1CLVA 4CQCA 5BU6A 5JIWA 1GKPA 3I7QA 1MSSA 4LYRA 3KZPA 1KGWA 1LWIA 5HAOA 1XYZA 7REQB 3AHZA 4GK8A 5DBUA 2Y1HA 4JEJA 5CJMA 4QNWA 1KTNA 2G0WA 3OGSA 4LFYA 3OHIA 4M1RA 2OWXA 2FMOA 1Q6GA 4AIUA 2QIIA 2PB1A 2YB1A 4NP7A 1O4UA 3P80A 2E6YA 1XWYA 3THAA 3EB3A 4BK9A 3BAWA 1S2CA 4G6CA 2Y4SA 2A7RA 4OIFA 3OVQA 3PB2A 2YPIA 2PRHA 2VX7A 4O0ZA 3QVQA 2Z4GA 3KL3A 1O1HA 3GFZA 3BG9A 4LS0A 2Y8UA 4JTQA 2HVMA 1GJWA 1Q6OA 4LVGA 3HTWA 2VWTA 4PTXA 4RE2A 3UP8A 2P88A 2V9DA 3U5UA 3BK0A 4UBPC 1JRCA 3M0JA 2WVVA 3TROA 3WQ4A 2OR2A 4XZ9A 2IKHA 3D46A 1J0IA 3VA8A 5A8OA 4MTVA 1F9CA 1E1FA 1X97A 5FJOA 4RL3A 2CZVA 1M1BA 2YB4A 3QXBA 2ACQA 2X7VA 4MLJA 3CNYA 3WF1A 2PP0A 3LCLA 2V67A 3W6YA 2V81A 5FJJA 1AZ2A 3ABRA 3VIJA 1YTDA 1KXHA 4PMVA 4UFLA 2E5BA 3PNUA 2PBOA 4NAFA 1RCOB 4UCFA 1NFBA 1KNWA 2PWEA 4W93A 4FK9A 3VDAA 3VCCA 2WMFA 1WAUA 1XL9A 4GH3A 4MJMA 2QCDA 1SJCA 4QS6A 1JGMA 2J8FA 3QPZA 2PGWA 4R33A 3PSWA 1EDQA 3TXZA 1O5QA 1WZAA 2PU1A 2RH9A 4W8BA 2CZDA 4J3TA 1B3XA 4N9EA 1QUMA 3MW7A 1M7OA 3WQGA 2HPIA 4IQJA 4H9YA 2PD9A 1FWBC 1W3KA 4LV9A 3S5NA 3CUXA 1UPPA 2E8YA 4IZGA 2DJXA 3U3HA 3D5HA 1KCZA 2J47A 2OJPA 4R5EA 4QNEA 5E9XA 3RX4A 1DIDA 4F2UA 4Q6JA 4Z2GA 1Q7QA 4R9XA 3MCNA 3GTIA 5FF0A 3CV1A 3L65A 2DZUA 1HG3A 4H2HA 4WXYA 1R3SA 6ENLA 4PTDA 4R85A 4ACYA 4GKTA 3AZRA 1LOQA 2YXXA 3OVGA 1MMFA 3N3MA 1FDYA 4Y7EA 5E0FA 5U4NA 4MG4A 3MP3A 4XO7A 1XS2A 1TE6A 3GK0A 3U2CA 3C3NA 3RPTA 1OFBA 1V3JA 5K3VA 1TV8A 4GMEA 4B91A 1EJWC 2BLEA 3KXQA 4JFVA 4GVFA 1JYWA 2DSZA 3SCRA 1DTUA 4H6QA 5AZ1A 5G2WA 1KM6A 3ANUA 4KIRA 1JI1A 1I2RA 3PZNA 4QISA 3GDKA 4WKHA 1VH7A 2C1IA 2FH6A 2GZXA 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