4AD3A

Structure of the gh99 endo-alpha-mannosidase from bacteroides xylanisolvens in complex with glucose-1,3-deoxymannojirimycin
Total Genus 130
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
130
sequence length
345
structure length
345
Chain Sequence
TELDYDTFCFYYDWYGSEAIDGQYRHWAHAIAPDPNGGSGQNPGTIPGTQESIASNFYPQLGRYSSSDPNILTKHMDMFVMARTGVLALTWWNEQDETEAKRIGLILDAADKKKIKVCFHLEPYPSRNVQNLRENIVKLITRYGNHPAFYRKDGKPLFFIYDSYLIEPSEWEKLLSPGGSITIRNTAYDALMIGLWTSSPTVQRPFILNAHFDGFYTYFAATGFTYGSTPTNWVSMQKWAKENGKIFIPSVGPGYIDTRIRPWNGSVIRTRTDGQYYDAMYRKAIEAGVSAISITSFNEWHEGSQIEPAVPYTSSEFTYLDYENREPDYYLTRTAYWVGKFRESK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords GLYCOSYL HYDROLASE FAMILY 71
publication title Structural and Mechanistic Insight Into N-Glycan Processing by Endo-Alpha-Mannosidase.
pubmed doi rcsb
source organism Bacteroides xylanisolvens
total genus 130
structure length 345
sequence length 345
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 3.2.1.130: Glycoprotein endo-alpha-1,2-mannosidase.
pdb deposition date 2011-12-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF16317 Glyco_hydro_99 Glycosyl hydrolase family 99
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.80 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Glycosidases 4ad3A00
2XTKA 1JFXA 1A3HA 1B3VA 1KQYA 1WZKA 1TA3B 3MUAA 1S46A 3CIVA 4X0VA 1UH3A 3ARUA 2ZOXA 1GOQA 1UD6A 1C7SA 3ARZA 1GQLA 3UG3A 3RCNA 1BVNP 4FMVA 1TG7A 4C7DA 2WWDA 3POHA 5A8MA 5I3DA 1GVIA 4NRSA 1HJSA 4EKJA 1B2YA 1HJWA 1JZ6A 1ISWA 3WD2A 3WD4A 4CU7A 2J78A 3WNOA 3ARSA 3RM4A 3WNLA 5DFAA 4UQ9A 5LA2A 4M56A 4AISA 4CN1A 1E56A 4CUCA 1KQZA 3VIKA 3AYRA 3KL5A 1EH9A 4W84A 3BLPX 1C92A 5E09A 4M8UA 4CN4A 1E72M 1JGIA 2YJQA 2WC3A 1EHAA 1E0VA 3AI0A 3ZJKA 3T0AA 1V02A 1E9LA 4AMCA 3BSGA 4GZJA 1JXJA 1O7AA 4GZEA 4H8HA 1EDQA 1BSIA 4JHOA 3SUTA 3QGVA 2X0HA 1MQQA 5CZKA 2XGBA 3WFZA 2PBGA 4OZOA 4AXNA 2D0HA 3AHXA 2D0FA 2J75A 4Q7NA 3RMEA 1JD7A 3AZTA 3TP4A 1RD6A 1MYRA 1X1NA 4HA1A 2AOSA 4GXPA 4CD5A 3BAXA 4TUFA 5BROA 3CMJA 4EAMA 2ZUVA 4AWEA 4UCFA 3VD4A 2YDQA 3CHDA 1JDDA 4J3VA 1VRXA 1PZ3A 4PMVA 3VDBA 2BHZA 3NYDA 3M6DA 2CERA 3K1DA 3DC0A 3WDIA 1TFVA 4MNKA 4ZFMA 2PWDA 3VNYA 3A4XA 3WL1A 4X9YA 2VRQA 3T2QA 4UQCA 4ZE5A 4QCEA 1HJUA 4W7UA 1VJZA 4QLJA 1QI2A 3TTYA 1SYTA 5A6JA 1VBUA 3HN3A 3BAJA 2EEXA 1VB9A 1CWYA 2XJ7A 4M82A 1LG2A 2X1IA 3SCUA 4JKKA 3N12A 1CIUA 3J7HA 2J7GA 2VCCA 1WDRA 4J28A 4PMNA 3WDQA 1NWSA 1XYFA 1FOBA 2DT2A 2WHLA 3BAWA 3U57A 1BYCA 3L4UA 3NDYA 3ZJ7A 2EPMX 1HVQA 3VMPA 1W1TA 2OWCA 1BFNA 3AS2A 3MSGA 1UWQA 3CMGA 2VMFA 3VMNA 1H11A 3RM8A 2IUZA 2DSWA 4UR9A 3L4ZA 4FK9A 3SEPA 4W5UA 1E43A 1CENA 1E3ZA 1GOMA 6A3HA 3KL3A 4B9ZA 2PC8A 4H41A 1KGXA 4MAVA 1UD3A 2JF6A 3WEMA 3FHAA 1K9EA 1W9XA 2OSWA 3ZT7A 4MNLA 4U31A 1JAEA 5GQBA 5E70A 2CITA 5JIWA 1E6PA 1E73M 1E6XM 5E6ZA 1ZBWA 2WVSA 4PMZA 4DM2A 1UR4A 3UERA 2CBVA 1GHRA 2QMKA 1HF6A 3KWXA 4GI8A 1DEDA 3VDAA 3WH9A 1PAMA 1H0GA 4OOZA 4IPLA 3SCNA 1CTNA 1BHGA 3UR8A 1AQHA 3SURA 1ISVA 1WO2A 5I77A 1V0KA 1JYWA 3IAQA 1CXEA 1UD5A 4JFUA 2ZWZA 2NT1A 1XH2A 2F2HA 3WF1A 1BYBA 2J7FA 2VI0A 5A1AA 1KBBA 1G01A 3CZEA 4GO9A 1LL7A 5HXMA 2E9BA 3W53A 2BVTA 2FH6A 4H8UA 2VR4A 1E15A 4FLSA 4TXEA 2QV4A 1XH1A 2CKSA 2JIEA 3FNDA 2XM2A 3S2CA 3VIPA 1PBGA 2IXUA 3WD3A 3WMBA 1FFRA 3CZKA 4GI6A 3JUGA 4PTVA 1J18A 1PJ9A 2JEPA 3CGTA 3SUWA 4W87A 1ODUA 1UKTA 4CCCA 2G3MA 3GBDA 3VGFA 1OIFA 2WKGA 1NP2A 4QDMA 4W93A 2D20A 4NI3A 3ZJ6A 1V3IA 5CLTA 2ZUWA 3F4VA 3THDA 3PZOA 3TTSA 3VGHA 4E8CA 2DT3A 4P7LA 2ZUUA 1FHDA 3DYPA 3QHNA 5ABFB 1GNXA 4TOQA 3GNRA 4B3LA 1CGVA 4HMDA 3NUKA 1Z32X 1UUQA 3WIJA 1MWOA 2BFGA 2J47A 2J74A 2QLYA 4ML4A 3ARRA 3AIRA 1KR0A 3HJEA 3DECA 1V6VA 3WNMA 3AQUA 4MADA 1CLVA 4PEEA 4PUDA 4URIA 4WSKA 4ZXLA 1BG4A 3UCQA 4R27A 1QW9A 1EDTA 5BCAA 1UR9A 3T0DA 3NIYA 3ARYA 3THCA 4AD1A 5CJ5A 4YPJA 1H2JA 2W61A 1M01A 4JAWA 2W92A 4B16A 5CGMA 1JD9A 3A4AA 3OBAA 2W5FA 2C0HA 1UKOA 3W6LA 2ZXAA 3SCOA 2G3NA 1R86A 3NSMA 1ZS2A 1OM0A 1ISZA 4UFKA 5BRQA 4MPKA 2OWWA 1ODZA 1X6LA 3OGRA 4AZHA 3WH5A 3WEOA 1DP0A 1JYNA 3GZAA 3OZPA 1VFMA 2VX5A 4CD7A 3AFBA 1G1YA 5BXTA 1CXFA 1QNOA 3PTQA 1JZ7A 2WW5A 3GXDA 3BAKA 4PTMA 2VX6A 1B30A 2D2OA 1KXTA 3OA5A 5DMYA 2J8GA 2WSPA 4IUGA 4W8LA 2CIPA 3T09A 2VRJA 3AZSA 4W86A 3TOPA 5ECUA 4QLKA 5GNZA 3K4DA 1PIGA 3CBWA 2WM0A 1VEMA 1OBAA 2WMHA 1E71M 1HL9A 3VIGA 3VNZA 6TAAA 2OLHA 3W38A 2DIEA 5I23A 5E0FA 1UYQA 1E4IA 3AXHA 5FL0A 1B3WA 1V3KA 2DH2A 3TONA 1J9YA 4MDOA 4UOZA 3CZ8A 1IT0A 3FAWA 2XFYA 3NSXA 2ZUTA 4M29A 1WAWA 5DT5A 1UHVA 4E8DA 3PZGA 1G9HA 3WEZA 3GXMA 2ZX7A 4HPGA 4WF7A 1KFWA 2PWEA 4S3JA 2UY2A 1YQ2A 1MVYA 5ABFA 2WAGA 2WMFA 1GQIA 2CNCA 5BXSA 2W4XA 2WCGA 1MFVA 2XGIA 1UWRA 4M81A 1WZLA 4MTVA 1PX4A 2RGLA 5A95A 3ZO9A 1E6NA 3A6OA 1GORA 2WKLA 1J0JA 1UQYA 2CESA 4DM1A 2ZUNA 1U2YA 4J3XA 2EPKX 4L4PA 5E0CA 1QI0A 1BG9A 1W3JA 3PTMA 3K8LA 4JL1A 1WCGA 3CLWA 1UKPA 2D23A 2V3DA 2WMGA 1Q6CA 1H49A 3DHPA 1JZ4A 7TAAA 1A47A 4X0NA 2WHKA 3FHQA 3K8KA 3PZNA 1CZ1A 1M7XA 4CVWA 4BF7A 4ATDA 3VD5A 4U5IA 5A94A 3AHTA 5GPRA 1BLIA 1NH6A 2V5CA 3MUY1 4HTYA 4M24A 5CQ1A 1LJYA 2JE8A 3VDCA 2WANA 1LF1A 1UKSA 2BY0A 5GNXA 1R8LA 4UQBA 5I78A 3WUGA 3OGSA 3VILA 1OIMA 1EGZA 3IK2A 4AIUA 4AZ5A 1V02E 1E0WA 3PZVA 4W85A 1G0CA 3GNOA 2J7CA 3KZSA 2BY2A 4B15A 3ZQ9A 1BYAA 4ATWA 1UQZA 2WPGA 2YDSA 3ECQA 2VZVA 1US2A 2PBOA 3LMYA 3WKZA 1W1YA 4AEEA 2F61A 2FGLA 4TX8A 5A3HA 3AROA 2E8YA 4J27A 4GQQA 2OWXA 3D3AA 1K9TA 4PMQA 2YOCA 1PPIA 2OSXA 1YHTA 1XD0A 3WD0A 1GPFA 1XH0A 2QMJA 3EMZA 3VIMA 2ESCA 2G3JA 1CEOA 3GXIA 4Z2IA 2XUCA 3PTKA 4N42A 1CGYA 4KGJA 4LQ1A 2E3ZA 4GINA 4IM4A 3GTNA 3PBGA 4MJ4A 4AEFA 3MV01 5FKYA 1LQ0A 2J77A 5DF0A 3APGA 3T2OA 3AXXA 1WKYA 4XUYA 1TR1A 5EFDA 2CPUA 1BYDA 3WH7A 3BMVA 3W82A 4BQ3A 2E8ZA 3O6AA 5BWFA 5A2CA 1UH2A 5CG0A 1EO5A 2C8NA 3WQVA 3VX1A 2VL4A 1CXLA 2C7FA 3S6TA 1B90A 1PX3A 1OB0A 2CHNA 3AZRA 2VT0A 3RPMA 2VOTA 1GW1A 3WD1A 4CU6A 2WSKA 4YHGA 3OLIA 5D9MA 1JXKA 3I3EA 3T08A 4WSJA 2WZHA 4DUWA 3ZIZA 1C90A 1KXVA 1UA7A 3VIHA 4CGTA 4WKHA 4HU8A 1F4HA 3G6MA 2HISA 4RL3A 2WMIB 3WF2A 3PZIA 2DIJA 3RJYA 1QPKA 4V28A 1TMQA 1GHSA 1JL8A 3VOCA 5AC4A 2GSJA 2EBNA 4RE2A 2WCAA 3A3HA 4BCEA 3CHEA 1BVZA 1V0NA 2F8QA 3VDHA 4H8VA 3VMOA 2WMKA 5D8ZA 1PX8A 4HZ6A 1E5JA 3DHUA 2WHMA 1W3KA 5A2BA 3QHMA 3ZMRA 3GM8A 3WUFA 4AZCB 1LWJA 1QHPA 1UD4A 1VFFA 5F7UA 4S3KA 4UQDA 1WZAA 4GO8A 4PCSA 2CKRA 3VGGA 2BHUA 2GJXB 4NF7A 4OUEA 1RH9A 1MXDA 1X6NA 3HU7A 4W8BA 3M46A 3CHFA 4FLOA 1HX0A 1UH4A 1XCWA 3GDBA 3K4AA 5EB8A 2E9LA 4HA3A 1DTUA 4BQ2A 2VTFA 3M07A 5ABGA 5FD0A 1I1WA 1ZB5A 1CNVA 1D7FA 2WC7A 4V27A 4WIWA 1LL6A 1SMAA 1RPKA 1HKKA 2VVNA 4C7FA 4XV0A 2J8FA 1QHOA 2PWFA 2A3CA 3VO0A 1IZJA 4W89A 5I24A 1ZBVA 2V3EA 2YBUA 2DSKA 4D6GA 1HJVA 2JIWA 3W37A 5M5DA 1KCLA 1ZU8A 5TD4A 3ZOAA 4J7RA 1AQ0A 4JCLA 5A2AA 1R87A 3WNKA 4UZSA 5CXPA 1MW3A 2XHYA 1V03A 3A4WA 1EXPA 3W24A 3WELA 1BPLB 3SCTA 3VM5A 5D4YA 9CGTA 2XM1A 1MXGA 4QLLA 5LA1A 5HPOA 3AIEA 2PB1A 4GQRA 4OKDA 2D22A 3VUPA 3SIMA 1VEPA 2J7HA 2BY3A 2EPOA 3GH4A 2DH3A 3SCVA 1HXJA 3NJ3A 2DDXA 2WMIA 5JBDA 4J3TA 2ZXBA 1GOKA 2ZX5A 3AMLA 3KEHA 3UESA 1NQ6A 4KMQA 3GYCA 3WQWA 3LPOA 1TUXA 4QCFA 3L2LA 4PMRA 1UWIA 1HN1A 4UFJA 2J7BA 1JDCA 2XFFA 5FL1A 3K8MA 4EK7A 5CGTA 1D3CA 5BYWA 4LXFA 3IJ7A 1OSEA 3W4RA 1UZ1A 4K68A 4IISA 2FGZA 1EOKA 2EPNA 3BGAA 1B0IA 1W9PA 2A3AA 2V5DA 3WF0A 5GNYA 2XSBA 2CETA 1XD1A 4HP5A 2WVUA 5D9NA 1C93A 3TTOA 4AZCA 3MV11 3SCWA 2VCBA 3AXIA 2X05A 3WMSA 4D6FA 2GJXA 2XWEA 5JUVA 3D5HA 4CD4A 4PSRA 2AAAA 1Q6EA 1WE5A 3T0BA 1QBBA 6CGTA 1GZJA 1JF5A 4JKLA 3I3BA 3WH8A 1M53A 3AS0A 4PMXA 2G41A 3UG5A 3AOFA 5A6MA 3VX0A 2B31A 2W67A 2WC4A 4R5EA 2JFEX 5M03A 4U5KA 2WNWA 3MMUA 4P7OA 2YLAA 1H4PA 3WMCA 4U3CA 2VX4A 1FP8A 3L4YA 3QHOA 4Z2LA 4HPHA 1VENA 3AYSA 5A6BA 1D2KA 3TTQA 1CLXA 3ARVA 2WYSA 3MSDA 4YHEA 1E40A 3CZGA 4D6CA 2YBTA 1N82A 2EPLX 4KWUA 3KE0A 1J0YA 3N9KA 3VIOA 1E3XA 1H3GA 5IFPA 1JG9A 1EIBA 3L4TA 3CUJA 1I1XA 3PZMA 4JFTA 2YA2A 1AVAA 4F9JA 4AZ6A 1MFUA 1H41A 1CXHA 3WDJA 3MO4A 1TVNA 2QHAA 2ZE0A 4E2OA 3N13A 2WMJA 2AMGA 4BQ5A 3TA9A 2XVLA 5BRPA 3VIIA 4AD5A 1JZ5A 4ATLA 4P8UA 4XX6A 4KH2A 3ARXA 3EDDA 1QHZA 4PSPA 2CHOA 4CD8A 3ARTA 3ZR5A 2HVMA 3BC9A 4E4PA 3WQ6A 4AZBA 4CVUA 3BMWA 1V6WA 1BGGA 4OBRA 2WVVB 3IJ8A 5LA0A 2ZXDA 1FP9A 4JFSA 1KWKA 1XSJA 1ZJAA 3OGVA 4HOWA 5CPTA 4ACZB 3CUHA 1M04A 3CPUA 1QOXA 3CUFA 5A6AA 1JDAA 2Y24A 1I75A 2Y4SA 3QR3A 2ZICA 3MMDA 2PWHA 4D71A 2DPEA 1VF8A 4GIAA 3ALFA 2WXDM 4D1IA 2XIIA 1RP9A 4AZIA 1GOIA 5E6YA 1U33A 5I6SA 1GUVA 1UR0A 2PF0A 3LPFA 2VX7A 4GI9A 1JF6A 3B9AA 2OYMA 2UWFA 1TZ7A 1HVXA 1ECEA 1XCXA 4UOQA 4DWSB 3WF4A 5KZ6A 3PZUA 3ARPA 3I3DA 3GH5A 3VD3A 4AIOA 3N17A 4AD4A 2YIHA 4JFWA 2ZUSA 4JHZA 4BQ4A 4RE4A 3RILA 4XB3A 2WZIA 1V6UA 1J0IA 2YA0A 5A69A 2NSXA 1C8YA 4W8AA 5D8WA 4DUVA 3VM7A 3MMWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XTK A;  1JFX A;  1A3H A;  1B3V A;  1KQY A;  1WZK A;  1TA3 B;  3MUA A;  1S46 A;  3CIV A;  4X0V A;  1UH3 A;  3ARU A;  2ZOX A;  1GOQ A;  1UD6 A;  1C7S A;  3ARZ A;  1GQL A;  3UG3 A;  3RCN A;  1BVN P;  4FMV A;  1TG7 A;  4C7D A;  2WWD A;  3POH A;  5A8M A;  5I3D A;  1GVI A;  4NRS A;  1HJS A;  4EKJ A;  1B2Y A;  1HJW A;  1JZ6 A;  1ISW A;  3WD2 A;  3WD4 A;  4CU7 A;  2J78 A;  3WNO A;  3ARS A;  3RM4 A;  3WNL A;  5DFA A;  4UQ9 A;  5LA2 A;  4M56 A;  4AIS A;  4CN1 A;  1E56 A;  4CUC A;  1KQZ A;  3VIK A;  3AYR A;  3KL5 A;  1EH9 A;  4W84 A;  3BLP X;  1C92 A;  5E09 A;  4M8U A;  4CN4 A;  1E72 M;  1JGI A;  2YJQ A;  2WC3 A;  1EHA A;  1E0V A;  3AI0 A;  3ZJK A;  3T0A A;  1V02 A;  1E9L A;  4AMC A;  3BSG A;  4GZJ A;  1JXJ A;  1O7A A;  4GZE A;  4H8H A;  1EDQ A;  1BSI A;  4JHO A;  3SUT A;  3QGV A;  2X0H A;  1MQQ A;  5CZK A;  2XGB A;  3WFZ A;  2PBG A;  4OZO A;  4AXN A;  2D0H A;  3AHX A;  2D0F A;  2J75 A;  4Q7N A;  3RME A;  1JD7 A;  3AZT A;  3TP4 A;  1RD6 A;  1MYR A;  1X1N A;  4HA1 A;  2AOS A;  4GXP A;  4CD5 A;  3BAX A;  4TUF A;  5BRO A;  3CMJ A;  4EAM A;  2ZUV A;  4AWE A;  4UCF A;  3VD4 A;  2YDQ A;  3CHD A;  1JDD A;  4J3V A;  1VRX A;  1PZ3 A;  4PMV A;  3VDB A;  2BHZ A;  3NYD A;  3M6D A;  2CER A;  3K1D A;  3DC0 A;  3WDI A;  1TFV A;  4MNK A;  4ZFM A;  2PWD A;  3VNY A;  3A4X A;  3WL1 A;  4X9Y A;  2VRQ A;  3T2Q A;  4UQC A;  4ZE5 A;  4QCE A;  1HJU A;  4W7U A;  1VJZ A;  4QLJ A;  1QI2 A;  3TTY A;  1SYT A;  5A6J A;  1VBU A;  3HN3 A;  3BAJ A;  2EEX A;  1VB9 A;  1CWY A;  2XJ7 A;  4M82 A;  1LG2 A;  2X1I A;  3SCU A;  4JKK A;  3N12 A;  1CIU A;  3J7H A;  2J7G A;  2VCC A;  1WDR A;  4J28 A;  4PMN A;  3WDQ A;  1NWS A;  1XYF A;  1FOB A;  2DT2 A;  2WHL A;  3BAW A;  3U57 A;  1BYC A;  3L4U A;  3NDY A;  3ZJ7 A;  2EPM X;  1HVQ A;  3VMP A;  1W1T A;  2OWC A;  1BFN A;  3AS2 A;  3MSG A;  1UWQ A;  3CMG A;  2VMF A;  3VMN A;  1H11 A;  3RM8 A;  2IUZ A;  2DSW A;  4UR9 A;  3L4Z A;  4FK9 A;  3SEP A;  4W5U A;  1E43 A;  1CEN A;  1E3Z A;  1GOM A;  6A3H A;  3KL3 A;  4B9Z A;  2PC8 A;  4H41 A;  1KGX A;  4MAV A;  1UD3 A;  2JF6 A;  3WEM A;  3FHA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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