3NQVA

Optimization of the in silico designed kemp eliminase ke70 by computational design and directed evolution r5 7/4a
Total Genus 96
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
96
sequence length
249
structure length
246
Chain Sequence
LKASSLRALKLMHLATDDTDENVIALCHQAKTPVGNTDAIFIYPRFIPIARKTLKEQGTPEIRICTSTNFPHGNDDIDIALAETRAAIAYGADSVAVVFPYRALMAGNEQVGFDLVKACKEACAAANVLLAVIIETGELKDEALIRKASEISIKAGADNIVTSTPGKVAEGATPESARIMMEVIRDMGVEKTVGFIPVGGVRTAEDAQKYLAIADELFGADWADSRHYAFGASSSLLASLLKALGH
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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publication title Optimization of the in-silico-designed kemp eliminase KE70 by computational design and directed evolution
pubmed doi rcsb
molecule keywords deoxyribose phosphate aldolase
molecule tags Lyase
source organism Escherichia coli
total genus 96
structure length 246
sequence length 249
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-06-29
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
3.20.20.70 Alpha Beta Alpha-Beta Barrel TIM Barrel Aldolase class I 3nqvA00
3MYOA 2NXIA 4IMCA 8TIMA 1QO2A 1WAUA 2ISVA 3UWQA 4K36A 5FEZA 4S1FA 1HFBA 4XBKA 4MPQA 5ABTA 1R2RA 3HG5A 4MKNA 1PE1A 3DFTA 3M6YA 4JTFA 3GAKA 5IBXA 1AL8A 3G1HA 3N73A 2ATMA 1VPXA 1JUKA 2DZWA 3CC1A 4Q4KA 4NNCA 3I6RA 3NNTA 2WKJA 2Y62A 4TIMA 1O4UA 3IIOA 3GXTA 3HG2A 3TH6A 1NAL1 1ME9A 4PC8A 2E5CA 3V75A 1GVFA 1EWEA 4MY8A 5AHEA 2HSAA 4NXSA 5KZMA 1QCWA 1NSJA 3DGRA 3W7EA 1LP6A 3DHDA 4BI6A 1XUZA 2I9EA 3VI2A 1EA0A 4Q33A 3C52A 1H7RA 4U4MA 1XXXA 2E68A 2VEPA 3MP4A 4MJZA 1RQEA 4AF0B 3H55A 1L6WA 3G3MA 1JCMP 2PE4A 3W1PA 2X1TA 3NQ2A 3W88A 4AF0A 4O28A 1GZGA 4JYDA 4YLWA 2Q8LA 1KLZA 1KBJA 3H53A 3F4NA 3LTPA 3QW3A 4AAJA 1GQNA 2J9ZA 4MZ8A 5I3HA 5AHLA 4M7SA 3FOKA 1GYLA 1CX9A 1VZWA 3PY2A 1YXDA 4FO4A 3MUXA 3LHTA 4FXRA 3QEZA 3SECA 3JRKA 1TJPA 2QCDB 3S42A 3L9CA 3N19B 3W7OA 2QCDA 2OT1A 4IXXA 5DN1A 3W7DA 3Q2DA 1H62A 5G2IA 1XI3A 3B0PA 1LBMA 2H8XA 3TU9A 1JCYA 3QJAA 1WXJA 1SZEA 1U5JA 4RZ4A 4CNNA 3N14A 4YCPA 2F84A 3G0UA 3CM4A 4NZFA 3LGEA 5C5YA 1TPDA 4RKAA 4DF2A 4JX4A 4FEZA 3BGJA 1L6YA 3NL6A 1TPB1 3W71A 1M6JA 3ANYA 3W2UA 3W75A 4AHOA 2ZRVA 2VELA 4XUGA 1DVJA 4GUIA 1CI1A 3QQ0A 2RDUA 3M5XA 1GVSA 1S5VA 1GPWA 1Z41A 3EXSA 3IRDA 4LVGA 5C6MA 4UFHA 3LCIA 1XKYA 1P4CA 3GDRA 3MP3A 1F2JA 2RH9A 5D2TA 2V0TA 3ZWTA 3CEPA 3R13A 5FF7A 1I8JA 2BWGA 4LVAA 5CPLA 2Y6ZA 1R47A 3P84A 3QPZA 5K4XA 1OJXA 1L6SA 1VGAA 4UFIA 4GBUA 3ELFA 3VE9A 2HTMA 3G0SA 5F1VA 2JKPA 3ZWSA 1W5MA 1IXQA 4PA8A 1X7FA 1R2TA 3NQCA 1SO5A 3N9RA 2GJLA 3N9SA 4UR8A 1V5XA 2B7PA 4DO6A 2QJHA 4CCCA 2FPVA 1VCFA 1FUYA 4XBSA 3G1XA 3W2KA 5DY2A 3C6CA 2YX0A 1W31A 3E96A 4S2CA 2V9DA 3HGRA 1H1ZA 3LI1A 3KXQA 1KA9F 4EIVA 1W56A 4BR1A 4BI5A 1FQ0A 2YZRA 3DBPA 3PSVA 2RFGA 3GB6A 2OCZA 3CEUA 3W23A 2C16A 3M16A 1KFKA 1Q6LA 3W9ZA 1G4EA 5K3VA 3R8RA 4O1CA 4FIQA 3MO7A 1WBHA 3PSWA 4ADUA 1BWLA 1LBLA 1A5SA 4M6VA 1VLIA 3UWZA 1K03A 3ABQA 3MHGA 2JK2A 3P80A 3NL2A 3M1ZA 1X1ZA 3KVLA 3EWXA 4O10A 2YW3A 3LERA 4NZJA 4UFKA 3RF9A 3IVUA 5TIMA 3T7VA 2NXGA 3C2RA 2VKZG 5EPDA 1YXYA 1T8XA 1AK5A 1M7OA 2TYSA 2CZ5A 2ZQ0A 1PHWA 1DOSA 2J24A 2ZRXA 3I65A 1FCUA 2WPBA 3C56A 4O16A 1YADA 1OK4A 1KTBA 4RXGA 2VOMA 1H63A 1L9WA 3NL5A 4IJBA 2PCQA 3STFA 1G7UA 5LNWA 3PF3A 2VFFA 1D3HA 1RPXA 1FWNA 4KWVA 4UTLA 5AB3A 4HSOA 3P8JA 3LOTA 4M6PA 3QQ1A 3SJ3A 1OFQA 1SW3A 4QJ1A 1R30A 2A6NA 2D73A 4L4MA 3M5ZA 3PB0A 5FF2A 1LORA 1S3HA 4RR4A 3LXBA 4OWGA 2R8WA 4H6KA 2CZEA 1N55A 4OE7A 3PUEA 1T0OA 2XFWA 5EBUA 2H90A 3GDLA 3A5VA 4GE8A 1I2RA 1KV8A 3ABOA 3W7GA 2FB2A 2UV8G 5BRBA 2Y89A 3EWUA 4K8HA 3Q58A 3TMQA 3M5VA 1A5AA 5HWJA 1KLYA 5AC6A 1LROA 1VH7A 3EEGA 3TW6A 3A21A 4NT0A 3W7CA 1HG3A 4HNVA 4OBTA 2VEIA 3MBDA 3HBLA 5KMYA 5C55A 2EGZA 1OG0A 1TO3A 5I3KA 5A8GA 1PL9A 2FIQA 3LB0A 3NQ6A 3PUOA 2DZUA 3W72A 4JGDA 4HIBA 2WV8A 1WBJA 4PTNA 4O53A 4JTSA 1QPOA 3LBCA 2YDAA 2DORA 3GDKA 3L65A 4ZQPA 2CZDA 3INPA 1VJIA 3FJLA 4ZMGA 1TTQA 4RJEA 5KTLA 4UTWA 3P81A 2WSRA 4QISA 3NXFA 1F73A 4JD4A 1JCNA 3C8FA 3KVKA 1OX4A 2YR1A 2NX1A 5F4SA 2V5BA 2VC6A 2EF9A 1VS1A 2QCHA 1W1ZA 3S5ZA 5H91A 1YTDA 3HG3A 2OX1A 4HHPA 4DPQA 2PURA 2C1HA 3VFLA 5IM51 5G1YA 1JQXA 3EX4A 4ZZ9A 1OFRA 5G2WA 3OIXA 3FJ6A 4UTTA 2FB3A 4BF9A 3W1LA 2QCGA 1ICSA 3GXNA 2V2DA 3G1SA 5DLCA 3LHZA 4EF9A 3CIWA 3JS3A 4GUFA 4AHPA 1SO6A 5CSSA 1H7OA 4RXFA 4I7VA 4CQAA 2W79A 3TAKA 2EPHA 3I7RA 3HB9A 3KOFA 4O8RA 4O18A 5CPNA 1MEWA 2VFHA 2J9XA 3TX9A 2C14A 3W7QA 1OFDA 2YYTA 3D0CA 3SSJA 3L5LA 1GVQA 4H3DA 1ZAIA 1HO1A 3P74A 2ZRUA 5KZDA 4O13A 1I2OA 2EKCA 3IIZA 4LU0A 1LYXA 1G7VA 4K38A 1GYNA 1QR7A 3F4WA 3TAOA 1ZY9A 5CPOA 4Z0JA 2GVGA 1DORA 3LV6A 1NF7A 3B0VC 1OX5A 4UUIA 1KV5A 1GVOA 4HNNA 5EY5A 3C2FA 2W6RA 4M19A 5HULA 4TMBA 1LLZA 4UTIA 1WQ5A 1O5XA 1N8FA 2XN2A 1T99A 1XBVA 2JKEA 5KINA 3NPWA 3HMJG 4BWLA 4AXKA 1RR2A 2VFEA 1D9EA 2VFDA 5HNRA 3EX6A 4D2JA 3HPSA 3A9IA 4E2BA 5AN7A 2FQIA 3TQVA 3W1TA 2X1RA 4WY0F 3P61A 1QMLA 2YYUA 3TSMA 2ALDA 5KITA 3TUUA 4WOZA 1OYAA 4IX0A 1JQVA 4K8EA 3ATYA 3LRLA 1ZENA 4JEQA 2QUTA 1I2NA 1H7PA 3WK2A 4NJKA 4JR5A 2OZ0A 3DU0A 3LDVA 1KM1A 1YDVA 1SU5A 2Z1BA 4JIQA 4WQ6A 1O5KA 4KFOA 3LLDA 3W1MA 3TA6A 1TPWA 1G4SA 1P1XA 4DXVA 2P1FA 4O14A 3NQFA 3P82A 3G24A 1UB3A 4JY8A 3DFQA 2ISWA 3NAVA 3HO8A 4WX2A 4N9BA 2QR6A 4LS2A 1JCXA 5I3IA 3QH2A 1UJPA 4S2BA 1SW0A 2BXVA 1FDJA 3W3OA 1J5TA 4JTIA 3RNDA 4HN4A 4UIOA 1JVNA 3FS2A 1SFJA 1QO5A 3DFNA 3W1QA 1FCVA 3W86A 3LHVA 1ZJIA 1FXPA 2Y7FA 1YXCA 4UNLA 1IXOA 1MZHA 4XKYB 3SI9A 5HWNA 4Z1CA 4XKYA 3W2MA 2RKXA 2GQAA 4JX5A 3W74A 3QSTA 1DL3A 1QOPA 1F05A 2CZFA 4ADSA 5CZTA 4JN6A 1YLVA 3BLEA 5D2YA 1QPNA 2B7NA 3BPWA 1Q45A 1EWDA 1ONRA 4MY9A 3MI3A 1FWTA 3L66A 4O52A 1W37A 2WOQA 4UC5A 2H6RA 4FNTA 3GIYA 3M41A 5CZ0A 1EB3A 1ME7A 4UFMA 1IGSA 4PCFA 4N2YA 4LY8A 3RLUA 3RLVA 4Z0SA 1YPFA 1O94A 2C15A 3IV3A 3S1WA 3TQKA 3W2NA 3W7RA 4QIUA 4YCOA 1FBAA 3O8AA 4I7UA 3SIZA 4UMBA 3M7WA 1MEIA 2FFCA 1ZAJA 1B3OA 2V2CA 3QFEA 1DBTA 4EOUA 2EHHA 5CKSA 5G4WA 5DCEA 1SPQA 3DFPA 1W3IA 4N6FA 3SGZA 1GG0A 3W1AA 3NL3A 3EXRA 2VENA 3KFTA 1TJRA 5DCDA 3A23A 1F6KA 4AWTA 3B03A 4NX5A 4MIMA 3KRUA 2WNQA 2ZYFA 2QCLA 1P5BA 2O7QA 5G4EA 4Y8FA 4LTSA 1BEUA 5D38A 1ZCOA 4JDBA 1W5PA 4GUJA 1TTPA 3L2IA 1M7PA 4RX0A 3O16A 1MSSA 3UPWA 3WJSA 4N9CA 2CLEA 1VYSX 3S9YA 3L0KA 2A85A 2VFGA 3R5EA 3G1YA 4WUIA 3EWBX 4FNPA 4PODA 3K30A 3ZFHA 3HPZA 4GFSA 1OYCA 2CLMA 4FNQA 4MOZA 3CTLA 1HUVA 1LTDA 2NUWA 4AEOA 1TRIA 1SUXA 2CWNA 4MUZA 4A21A 5K2ZA 1WOBA 5D30A 5C2XA 4WD0A 3QZEA 5G1TA 2YFOA 3AO0A 1C29A 5H2ZA 1TQXA 3QYQA 1VQTA 2CLKA 4ONVA 3T4CA 2CW6A 3MBFA 3G1VA 4ADTA 3MWAA 3NM1A 2Y70A 1LZOA 4UCGA 2GUUA 3HJZA 2Z2UA 4O0KA 4YL2A 4OHQA 5J5DA 3TROA 3O6CA 5D37A 3FEMA 3NM3A 4ZQNA 3UD6A 1MO0A 3W1NA 2GPTA 3IVSA 6ALDA 1C8VA 3KVJA 1Z48A 5LHEA 1OFOA 4A22A 3W22A 2A21A 5T26A 4YWIA 3EX2A 4JTEA 3MMTA 1TIMA 3RFAA 1LOLA 2DZXA 2ISSA 2NWSA 3PVFA 2PRLA 3GKAA 4UTMA 1VCVA 2R91A 2B4GA 2QF7A 2WO5A 3CIXA 4C1LA 5DXYA 3UWWA 4X3ZA 3DAQA 2A6LA 3IGSA 4GWEA 3TCEA 1XC4A 3BG3A 1GG1A 5AYXA 2PC4A 4RZ5A 1DJNA 1O60A 5BMWA 3UWYA 5LHFA 1ADOA 1EUAA 3MHUA 3UNDA 3S1XA 4WXYA 2ZRYA 4QITA 3UWVA 3P60A 3GK0A 4IPJA 3CB8A 1T96A 4WXZA 2NZLA 3IGXA 2E77A 3LCLA 3SZ8A 1SFLA 2X1SA 4LVDA 1WX0A 4ALDA 5EYWA 4I9AA 2R94A 1AL7A 5FEWA 3CHVA 2ZCGA 2DZSA 1Q6RA 1C9DA 1JUEA 4XWUA 4AWSA 2ZA3A 3KRSA 2GQ9A 3U8GA 5I3GA 4Q32A 5CZSA 4FNUA 3S6DA 1A50A 4CQ9A 3IEBA 2OT0A 2X16A 4FNSA 3BW4A 4FIRA 3GAYA 3TV8A 5AHMA 1AW1A 1VC4A 1EEPA 1XL9A 3QM3A 4DELA 4R33A 2E6AA 4OU1A 3SR7A 3PC0A 1RD5A 1KFJA 1VYRA 2DZPA 4B5NA 3IIPA 3NQDA 2E5DA 1TV5A 3T78A 1OVDA 1QAPA 3KRZA 1KFBA 1OFBA 3CU2A 1OK6A 2A5HA 1A5BA 1EP2A 3DKLA 2A7PA 1JCJA 4MZ1A 2C18A 1SW7A 5DCBA 3W7HA 2IQTA 3G8RA 2ZZ6A 5EL1A 3UZJA 4UFLA 5K9DA 2AQWA 3LHYA 2QUUA 3LCFA 3LV5A 1YYAA 3AJXA 3BV4A 4FF7A 5K4ZA 1F7BA 2Q3RA 4MVAA 3TFCA 1GTHA 5D03A 4NQ1A 2NLIA 2RDWA 1I2QA 3PWAA 1K8XA 5I3JA 1MXSA 1U83A 5E1QA 1JULA 3S0CA 3L5MA 3FA5A 4HPXA 3A24A 5L6UA 3I7QA 1DQWA 4E38A 1KFLA 5D02A 3CPRA 3MHFA 3LRMA 4JTKA 3A5FA 5IBXC 1BTMA 2WSYA 4NNBA 4FX8A 2C0AA 1BWKA 1TTJA 1SO4A 1TYGA 1XDMA 3HPXA 3GYEA 1QDSA 4Y6GA 1JR1A 3NA8A 3NGJA 3W83A 1H61A 1QOQA 2ABBA 3NYZA 4JTJA 4LW7A 4LVFA 3RU6A 3YPIA 4A29A 3QMTA 1TSIA 4O19A 3I68A 4Z1DA 3RK8A 4OT7A 1Q6OA 4RV8A 1ZHAA 3BG9A 4CLMA 4NUWA 3UWUA 2JGYA 1V7YA 1ALDA 1TTIA 1OHLA 4NNAA 2ATSA 2A7RA 1D3GA 4H4IA 2ZZ1A 1OX4B 4LV9A 2G95A 1EUNA 4ML9A 2A2IA 5KSWA 2QCMA 3TMLA 4Z1BA 1TRDA 3EWYA 3BO9A 2Y88A 2WSQA 1H7NA 2E6FA 4W9TA 3STGA 1LCOA 3P5YA 2GOUA 5FESA 3OA3A 4UNKA 3UYCA 1XBXA 3DI1A 4WZHA 3C3NA 1FWRA 2NXHA 4DF0A 1OFEA 1XM3A 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 3R12 A;  4NVT A;  1FY6 A;  1LOS A;  3LCW A;  2BZN A;  3LCH A;  4ICN A;  3MP5 A;  1F74 A;  4LNY A;  4NXK A;  4HSN A;  3THA A;  4O12 A;  3GR7 A;  1VYP X;  2FDS A;  4O15 A;  3HQ1 A;  1AW5 A;  3L5A A;  1TV7 A;  3GR8 A;  3WJY A;  1VLW A;  4K7Y A;  3UQN A;  2YW4 A;  4PL1 A;  3QPY A;  4GRS A;  1Y0E A;  1H7W A;  4FB7 A;  3TC7 A;  3DKJ A;  3O15 A;  1FX6 A;  3OVR A;  3WJZ A;  2ZZ2 A;  1K3U A;  4K39 A;  4IPI A;  1AW2 A;  4UMA A;  4HKP A;  1FDZ A;  3GZ3 A;  5CZJ A;  1LOQ A;  1N7K A;  1Z44 A;  4UXD A;  2I1O A;  3KAO A;  4LUI A;  2QJI A;  5K9C A;  4G1K A;  4LV4 A;  1B57 A;  1GT8 A;  1THF D;  1S5T A;  3C2E A;  3NR0 A;  4XTD A;  3HG4 A;  2J9Y A;  2B7O A;  5F4X A;  4JTT A;  2CU0 A;  4FX7 A;  4CNP A;  2BLE A;  1UUO A;  2V8Z A;  5LNS A;  4CNO A;  4O1D A;  2CLO A;  1RQB A;  3N34 A;  3O6Y X;  1G4P A;  1WDW A;  3KX6 A;  1VHC A;  4P61 A;  1DQX A;  1YDN A;  3E9A A;  3LRK A;  4R53 A;  1TPC 1;  1R2S A; 
#chains in the Genus database with same CATH topology
 2NXI A;  8TIM A;  1WAU A;  1SFT A;  1W9U A;  2BY0 A;  2ISV A;  3I6T A;  2F38 A;  5M03 A;  4WJ8 A;  4TQT A;  5ABT A;  2P50 A;  1R2R A;  3HG5 A;  3NZP A;  1HJS A;  4D1J A;  2FJU B;  1QI4 A;  1B1Y A;  3F4V A;  5IBX A;  4CN1 A;  2WBG A;  4QLJ A;  3G1H A;  2ATM A;  4U10 A;  2HIS A;  2DH2 A;  3KBJ A;  3ARR A;  4NNC A;  1DTU A;  1UG6 A;  1UR8 A;  1K70 A;  2Y62 A;  3G6M A;  3ZSS A;  4TIM A;  3GXT A;  3WQD A;  3TH6 A;  1HVX A;  4GZJ A;  1GVF A;  1EWE A;  3T07 A;  5AHE A;  4NXS A;  3WLJ A;  5KZM A;  4DNM A;  4C6L A;  4CVU A;  3H2N A;  3AZS A;  1Y8B A;  3ERP A;  4BI6 A;  1XUZ A;  3VI2 A;  2E68 A;  3EOL A;  4J3S A;  2PZN A;  4HVX A;  2PE4 A;  3W1P A;  1TVL A;  3W88 A;  5IHR A;  5M17 A;  1GZG A;  3LS9 A;  4JYD A;  4CN6 A;  2PGE A;  1PZ1 A;  1KBJ A;  4F0H A;  3H53 A;  2XVK A;  3GXD A;  3PTK A;  1GQN A;  2J9Z A;  4MZ8 A;  5I3H A;  1EJR C;  3U4A A;  1YXD A;  4FO4 A;  3LZ3 A;  1C8Y A;  3TWA A;  1UBP C;  5ABE A;  3AI0 A;  1XDJ A;  2CIT A;  3S42 A;  4C6O A;  3B8U A;  2WAN A;  4QJ5 B;  1MFV A;  1ISW A;  1UIP A; 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